#خلاصه_سمینار 🧬🧬


عارضۀ جانبی دارو، معیار مهمی برای ارزیابی ایمنی دارو است. ویژگی‌های ساختاری و شیمیایی داروها نیز، نقش مهمی در عملکرد داروها دارند. عدم شناسایی دقیق علائم و اثرهای جانبی دارو در طول دورۀ آزمایشگاهی آن، از عوامل اصلی بروز مکرر عارضه‌های دارویی می باشد.

بنابراین درک دقیق بر خواص ساختاری و بررسی ساختارهای موجود، می‌تواند کمک قابل توجهی در بررسی مکانیسم عمل دارو و به ویژه بررسی اثرات جانبی دارو داشته باشد.
بسیاری از محققان در حال توسعۀ روش‌هایی برای شناسایی عوارض جانبی داروها هستند. ما در این سمینار به بررسی روش‌های شناسایی عوارض جانبی داروها، پایگاه‌های اطلاعاتی رایج در این حوزه و چالش‌های موجود در آن می‌پردازیم.

#میلاد_بشارتی_فرد

@CBRC_aut

📌 #با_سخنرانان_ICoBi

#زوران_نیکولوسکی از اساتید موسسه زیست‌شناسی و بیوشیمی دانشگاه "پستدام" و رئیس گروه تحقیقاتی " مدلسازی ریاضی و زیست سیستمی " در موسسه فیزیولوژی مولکولی ماکس پلانک است.


#علاقه‌مندی‌ها


📊 شبکه‌های پیچیده
📚 مدلسازی مبتنی بر محدودیت
🧪 شبکه‌های سلولی


برنامه هایی نظیر "CytoSeg2.0" و "PlaNet" ابزارهای کاربردی طراحی شده توسط پروفسور #زوران_نیکولوسکی و همکارانش می باشند. از تالیفات او می توان به کتاب های " زیست مولکولی مبتنی بر شبکه " و " مهندسی متابولون های مصنوعی: از مدلسازی متابولیکی تا طراحی منطقی دستگاه‌های بیوسنتتیک " اشاره کرد.

🌐 جهت دریافت اطلاعات بیشتر به وبسایت ما مراجعه فرمایید:
http://bioinformatics.aut.ac.ir/2ndWorkshop/index.php/speaker/zoran-nikoloski/


#2ndICoBi

@CBRC_aut

📌 #با_سخنرانان_ICoBi

#نیما_آقایی_پور استادیار دانشکده درمان های پس از جراحی، درد و بیهوشی در مرکز پزشکی دانشگاه استنفورد می باشد.



#علاقه‌مندی‌ها


🖥 یادگیری ماشین
🦠 ایمونولوژی
🩺 فنوتیپ بالینی
🕶 ابزارهای پوشیدنی
📚 ادغام داده های مولتی اومیک


از جدیدترین کارهای ارائه شده توسط #نیما_آقایی_پور و همکارانش می توان به روش "پیش‌بینی چند متغیره موثر در بیماری پارکینسون" و " بررسی واکنش سیستم ایمنی تعدیل شده به چالش های H1N1 در انسان " اشاره نمود.


🌐 جهت دریافت اطلاعات بیشتر به وبسایت ما مراجعه فرمایید:
http://bioinformatics.aut.ac.ir/2ndWorkshop/index.php/speaker/nima-aghaeepour/


#2ndICoBi

@CBRC_aut

🔸ثبت‌نام دومین دوره ورکشاپ بین المللی ICoBi آغاز شد.

آزمایشگاه CBRC دانشگاه امیرکبیر، پس از برگزاری موفقیت آمیز اولین دوره ورکشاپ بین المللی ICoBi در سال ۱۳۹۶، دومین دوره این ورکشاپ را با حضور اساتیدی از دانشگاه های برجسته دنیا نظیر "هاروارد"، "استنفورد"، "پستدام"، "تهران"، "امیرکبیر"، "گوتینگن" و مراکز مطرحی از قبیل "IPM" ، و "EMBL-EBI" و "انستیتو پاستور" برگزار می نماید.

♦️مباحث این ورکشاپ عبارتند از :

💊 جایگزینی دارو
🧬 طراحی RNA
🔍 طراحی پروتئین
🧪 شبکه های زیستی
💉 تمایز سلول های بنیادی
🧫 تحلیل داده‌های بیان ژنی
🦠 تحلیل ژنوم Sars_cov2
🖥 یادگیری ماشین در بیوانفورماتیک

📅 زمان برگزاری: ۱۹ آذر لغایت ۲۱ آذر ۱۳۹۹



🌐جهت دریافت اطلاعات بیشتر و پیش ثبت‌نام میتوانید از لینک زیر اقدام فرمایید:

http://bioinformatics.aut.ac.ir/2ndWorkshop/


#2ndICoBi

اخبار و اطلاعات تکمیلی را از کانال CBRC دنبال کنید:

@CBRC_aut

#پنجشنبه_و_معرفی_مقاله 📝

آشکارسازی اهداف(Targets) و مکانیزم‌های ویتامین آ در درمان COVID-19


ا SARS-CoV-2 مسبب بیماری کروناویروس 2019 (COVID-19) است، یک بیماری واگیردار که با عفونت سریع و کُشندگی بالا شناخته میشود. تشخیص بالینی بیماران کووید19، به خصوص در کشورهای غربی، به شدت افزایش یافته است. درمان موثر برای بیماری کووید19 در سراسر جهان محدود است.
مطالعات نشان داده که ویتامین آ، در کنترل التهاب ریه، دارای خواص دارویی است. بنابراین در این مقاله به بررسی نقش ویتامین آ به عنوان یک رژیم غذایی ضد SARS-CoV-2 پرداخته اند.
در این مطالعه، از آنالیزهای بیوانفورماتیکی و آزمایش های محاسباتی، به کمک یک روشِ شبکه داروشناختی، برای کشف اهداف درمانی و مکانیزم های ویتامین آ در درمان کووید19 استفاده شده است.
در ابتدا اهداف کاندید، عملکردهای دارویی و راه¬های درمانی ویتامین آ در برابر SARS-CoV-2 را شناسایی کردند. یافته‌های بیوانفورماتیکیِ به دست آمده، نشان داد که مکانیزم عملکرد ویتامین آ در برابر SARS-CoV-2 شامل افزایش واکنش ایمنی ، جلوگیری از واکنش التهابی و فرایندهای زیستی مربوط به گونه اکسیژنِ واکنش پذیر است. علاوه بر این، هفت هدف اصلی ویتامین آ برضد کویید19 شامل MAPK1، IL10،EGFR ، ICAM1، MAPK14، CAT و PRKCB شناسایی شدند. در این گزارش برای اولین بار، عملکردها و مکانیزم های ویتامین آ برضد SARS-CoV-2 مشخص گشته و ویتامین آ به عنوان یک گزینه درمان بالقوه برای این اپیدمی جهانی کشنده؛ یعنی کووید19 پیشنهاد شده است.

#تهیه_و_تنظیم : #زهرا_سراج

🌐جهت مطالعه مقاله به وبسایت زیر مراجعه فرمایید:

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32805728/

@CBRC_auc

📌 #با_سخنرانان_ICoBi

#بهاره_عطاران دانشیار دانشکده میکروبیولوژی از دانشگاه الزهرا می باشد.


#علاقه‌مندی‌ها


🦠 میکروب شناسی
🧫 میکروبیولوژی کاربردی
🔬 بیوتکنولوژی میکروبی
🧪 بیماری زایی باکتری H.Pylori
🧬 بایوفیلم
💊 مقاومت آنتی میکروبیال


مطالعات اخیر #بهاره_عطاران و همکاران او بر روی گونه هلیکوباکتر پیلوری است. این باکتری عامل اصلی بیماری‌های نظیر زخم معده می باشد. در این مطالعات به بررسی اتصال داروی کلاریترومایسین به ریبوزوم در سویه‌های جهش‌یافته هلیکوباکتر پیلوری و همچنین شیوع مقاومت آنتی بیوتیکی در هلیکوباکتر پیلوری مختص به بیماران ایرانی پرداخته شده است.


🌐 جهت دریافت اطلاعات بیشتر به وبسایت ما مراجعه فرمایید:
http://bioinformatics.aut.ac.ir/2ndWorkshop/index.php/speaker/bahareh-attaran/


#2ndICoBi

@CBRC_aut

🔸از این پس اطلاعات مربوط به برگزاری ورکشاپ ICoBi را از طریق کانال 2ndICoBi به آدرس زیر دنبال کنید:
@Second_ICoBi

پیشاپیش از توجه شما سپاسگزاریم.

@CBRC_aut

#شما_پرسیدید

❓سوال: آیا پس از شرکت در این ورکشاپ به من #سرتیفیکیت تعلق می گیرد؟

پاسخ: بله، به تمام شرکت کنندگان در این ورکشاپ، یک سرتیفیکیت آنلاین تعلق خواهد گرفت. اعتبار این سرتیفیکیت که به زبان انگلیسی صادر می‌شود، مورد تایید برگزارکننده آن، آزمایشگاه cbrc از دانشکده ریاضی و علوم کامپیوتر دانشگاه صنعتی امیرکبیر است.

❓سوال: این ورکشاپ به زبان انگلیسی برگزار می‌شود یا زبان فارسی؟

پاسخ: با توجه به بین المللی بودن ورکشاپ ICoBi، حضور اساتیدی از خارج از کشور و ثبت نام مخاطبان خارجی، این ورکشاپ به زبان انگلیسی برگزار خواهد شد.



❓سوال: چرا هزینه ورکشاپ به صورت سه قیمت نوشته شده است؟

پاسخ: هزینه اصلی ثبت نام در ورکشاپ 100 هزار تومان است ولی جهت پیش بینی تعداد افراد شرکت کننده و تهیه زیرساخت مورد نیاز، این مبلغ برای دوستانی که در بازه زمانی اولیه (15 آبان تا 30 آبان) ثبت‌نام خود را قطعی نمایند 60 هزار تومان،
برای عزیزانی که در بازه زمانی دوم(1 آذر تا 15 آذر) ثبت نام فرمایند، 80 هزار تومان و برای دوستانی که از 16 آذر تا زمان شروع ورکشاپ اقدام به ثبت‌نام نمایند 100 هزار تومان می باشد.

@Second_ICoBi

چهت آشنایی با فرآیند پرداخت و قطعی شدن ثبت نام در ورکشاپ ICoBi فایل پی دی اف زیر را دانلود فرمایید.

@Second_ICoBi

#یکشنبه_و_آموزش_بیوانفورماتیک
پروتئین به عنوان بزرگترین درشت‌ مولکول‌های موجود در بدن، از جمله مهمترین اجزای بدن است که نقش‌های بسیار حیاتی و مهمی در بدن را دارد.
پروتئین‌ها مانند زنجیری از یک کلاف سه‌بعدی پلیمرهایی هستند که از توالی آمینو اسیدها حاصل می‌شوند.آمینواسیدها مثل یک زنجیر خطی توسط پیوند پپتیدی میان گروه‌های کربوکسیل و آمین مجاور به یکدیگر متصل می‌شوند تا یک پلی پپتید را به وجود بیاورند.ترتیب آمینو اسیدها در یک پروتئین توسط ژن مشخص می‌شود و کد ژنتیک ۲۰ آمینو اسید استاندارد را معرفی می‌کند.

پروتئین‌ها طبق نوع و محل حضورشان عملکرد متفاوتی دارند، از جمله این وظایف میتوان به فعالیت آنزیمی به منظور کاتالیز فرایند، شناسایی میکروب‌ها و سلول‌های سرطانی، انتقال موادی مانند گازهای تنفسی و سیگنال‌دهی اشاره کرد.
@CBRC_aut

🔸آغاز ثبت‌نام دومین دوره ورکشاپ بین المللی ICoBi

آزمایشگاه CBRC دانشگاه صنعتی امیرکبیر، در نظر دارد دومین دوره از ورکشاپ بین المللی زیست شناسی محاسباتی، ICoBi، را در آذر ماه سال جاری برگزار کند. در این دوره نیز همچون دوره‌ی اول این ورکشاپ، سخنرانانی از دانشگاه‌های برجسته دنیا این مرکز را همراهی خواهند کرد.

♦️مباحثی که در این ورکشاپ مطرح خواهند شد عبارتند از : "طراحی RNA"، "طراحی پروتئین"، "شبکه های زیستی"، "تمایز سلول های بنیادی"، "تحلیل داده‌های بیان ژنی"، "تحلیل ژنوم SARS-CoV2" و "یادگیری ماشین در بیوانفورماتیک".

📅 زمان برگزاری: ۱۹ آذر لغایت ۲۱ آذر ۱۳۹۹

🖥 این ورکشاپ به صورت مجازی و در بستر AdobeConnect برگزار خواهد شد.

📄 در انتهای دوره به شرکت کنندگان مدرک معتبر تعلق خواهد گرفت.

💸 هزینه‌ی ورکشاپ با توجه به زمان ثبت نام، متغیر خواهد بود.

🌐جهت دریافت اطلاعات بیشتر و ثبت‌نام میتوانید از لینک زیر اقدام فرمایید:

http://bioinformatics.aut.ac.ir/2ndWorkshop/


#2ndICoBi

اخبار و اطلاعات تکمیلی را از کانال CBRC دنبال کنید:

@CBRC_aut
@Second_ICoBi

🔸️《برگزاری سمینار بیوانفورماتیک 》



📌موضوع: پیش‌بینی ارتباط میکرو RNA و بیماری

ارائه دهنده: #سهراب_صالحی

📆 زمان: چهارشنبه، ۲۱ آبان ۱۳۹۹ ، ساعت ۱۸:۳۰

این سمینار به صورت مجازی برگزار خواهد گردید و حضور برای عموم آزاد است.

🌐جهت ثبت نام از لینک زیر اقدام فرمایید:
http://bioinformatics.aut.ac.ir/seminars/2020/register.php?seminar_id=8

برای دریافت اطلاعات بیشتر، کانال CBRC را دنبال نمایید.

@CBRC_aut

#خلاصه_سمینار 🧬🧬


‌روش های مقابله با بیماری در حوزه‌ی بیوانفورماتیک عموما به کشف دارو برای هدف قراردادن پروتئین ها در سلول، محدود شده است.
آیا این شیوه، شیوه‌ی موثری است؟ چه مقدار از داده‌های ژنتیکی ما به پروتئین‌ها ترجمه می‌شوند؟

در شیوه‌های نوین، تمرکز محققین بر روی شناسایی آر‌ان‌ای‌ها و عملکرد‌های آن‌ها در سلول و ارتباط آن‌ها با بیماری‌ بوده است تا بتوانند با هدف قرار دادن آن‌ها گام دیگری در جهت درمان بیماری‌ها بردارند. اما مرحله‌ی اول کشف ارتباط بیماری و آر‌ان‌ای‌هاست.

در این سمینار علاوه بر پاسخ به سوالات ذکر شده، پایگاه داده های مربوطه را ببرسی می نماییم روش‌های محاسباتی کشف ارتباط بیماری-میکروآران‌ای را معرفی می‌کنیم و همچنین به چالش‌هایی که با آن‌ها مواجه هستیم می‌پردازیم.

#سهراب_صالحی

#پنجشنبه_و_معرفی_مقاله 📝

یادگیری نظارت شده‌ی شبکه‌های تنظیم ژنی
شناسایی کامل برهم‌کنش‌های تنظیم ژنی در شبکه‌های زیستی، این امکان را می دهد تا بتوان فاکتورهای مولکولی کلیدیِ تاثیرگذار بر ویژگی‌های مهم در سطح سلول، بافت و کل ارگانیزم را تعیین نمود. پیشرفت‌های خوبی در روش‌ها و فناوری‌های آزمایشگاهی جهت شناسایی اتصال مستقیم فاکتورهای رونویسی به مناطق پروموتور پایین دستِ ژن‌های هدف به دست آمده است. اما همچنان روش‌های محاسباتی ای که از مجموعه‌ی بزرگ داده‌های رونویسی استفاده میکنند، از مهم‌ترین روش‌ها برای پیش‌بینی اهداف مستقیم پایین دست فاکتورهای رونویسی، و همچنین در بازسازی شبکه‌های تنظیم ژنی تمام ژنوم (GRNs) ، به حساب می‌آیند. این روش‌ها به طور کلی به دو دسته باناظر و بدون‌ناظر تقسیم می گردند. این دسته‌بندی بسته به این که آیا این داده، به طور آزمایشگاهی، در برهم‌کنش‌های تنظیم شبکه ژنی در فرایند بازسازی GRN به کار گرفته شده یا خیر، تقسیم می‌شوند. در این مقاله، ابتدا گام‌های کلی روش‌های باناظر برای بازسازی GRN توصیف شده است و در ادامه چگونگی استفاده از این روش‌ها با داده‌هایی از ارگانیزم‌های مدل، که پیش‌بینی های دقیق‌تری از برهم‌کنش‌های تنظیم ژنی حاصل می‌نماید، نشان داده می‌شود.

#نویسنده: #زوران_نیکولوسکی و #زهرا_رزاقی_مقدم
#با_سخنرانان_ICoBi

#تهیه_و_تنظیم : #زهرا_سراج

https://www.nature.com/articles/s41540-020-0140-1

@CBRC_aut

#یکشنبه_و_آموزش_بیوانفورماتیک

یک میکرو آر ان ای (microRNA یا به اختصار miRNA) یک مولکول کوچک RNA ای غیر کد کننده است که در گیاهان، جانوران و برخی از ویروس ها یافت می شود. این RNA ای‌ها در یوکاریوت‌ها  دیده می‌شوند و حدود ۱۷–۲۳ نوکلئوتید طول دارند. وظیفهٔ اصلی آن‌ها در تنظیم بیان ژن پس از رونویسی است؛ که با برهمکنش با آر ان ای پیک (mRNA) و خاموش کردن آن تولید پروتئین ژن مورد نظر را سرکوب و بعضاً فعال می‌کنند. ۶۰ درصد ژنوم پستانداران را تشکیل می‌دهند و ژنوم انسان می‌تواند حدود ۱۰۰۰ نوع از آن‌ها را رمزدهی کند. در متازوآها و قارچ‌ها و حتی گیاهان و جانوران انواع مختلف آن‌ها وجود دارد.

@CBRC_aut

🔸 از امشب به بررسی خلاصه سخنرانان ورکشاپ ICoBi در هشتگ #خلاصه می‌پردازیم.

@Second_ICoBi

جهت اطلاعات بیشتر می توانید در کانال ورکشاپ عضو شوید.

🔸《برگزاری سمینار بیوانفورماتیک 》



📌موضوع: یافتن ترکیبات مناسب برای کشف دارو

ارائه دهنده: #مهدی_پیکان_حیرتی

📆 زمان: چهارشنبه، 28 آبان ۱۳۹۹ ، ساعت ۱۸:۳۰

این سمینار به صورت مجازی برگزار خواهد گردید و حضور برای عموم آزاد است.

🌐جهت ثبت نام از لینک زیر اقدام فرمایید:
http://bioinformatics.aut.ac.ir/seminars/2020/register.php?seminar_id=9

برای دریافت اطلاعات بیشتر، کانال CBRC را دنبال نمایید.

@CBRC_aut

#خلاصه_سمینار 🧬🧬

امکان یافتن زیرساختارهای مناسب در فرایند کشف دارو یک مسئله مهم تلقی می‌شود. از آنجا که تعداد زیر ساختارهای شیمیایی موجود زیاد است، مسئله شناسایی و بهینه سازی یک مولکول کوچک که خاصیت شبه دارویی یا فعالیت زیستی دارد، براساس روش‌های شیمیایی کاری زمان‌بر است. به همین علت در دو دهه اخیر دانشمندان به روش‌های محاسباتی روی آورده‌اند.
در این سمینار علاوه بر پاسخ به این سوال که یافتن این زیر ساختارها چه کمکی به کشف دارو خواهد کرد، چند پایگاه‌ اطلاعاتی رایج در این حوزه را مورد بررسی قرار داده، به مرور چالش‌های موجود در این کار می‌پردازیم و همچنین روش های محاسباتی کشف زیر ساختار های دارویی را معرفی می‌کنیم.

@CBRC_aut

📢 برای ثبت نام در دومین دوره از ورکشاپ بین المللی ICoBi به مبلغ ۶۰ هزار تومان، تنها تا پایان آبان فرصت باقی است...

هزینه ثبت نام از اول آذر ۸۰ هزار تومان خواهد بود.

🌐 جهت ثبت‌نام و کسب اطلاعات بیشتر از لینک زیر اقدام فرمایید :
bioinformatics.aut.ac.ir/2ndWorkshop/

#2ndICoBi

@CBRC_aut

#پنجشنبه_و_معرفی_مقاله

#با_سخنرانان_ICoBi

#شیوا_اکبری

پیوند اعضا، تنها استراتژی درمانی قطعی‌ برای بیمارانی که از نارسایی عضو رنج می برند، شناخته شده است. یکی از بزرگترین مشکلات پزشکی امروز، کمبود اعضای اهدا شده است. بنابراین، نیاز به توسعۀ استراتژی‌های جایگزین ضروری می‌باشد. ج
هت حل چنین چالش‌هایی محققان بر آن شده‌اند تا از مواد طبیعی یا مصنوعی برای تولید اعضای(organ) جدید به عنوان منبع جایگزین جهت پیوند استفاده کنند. بنابراین، بازسازی اعضای بدن روش جدیدی را برای درمان اعضا یا بافت‌های آسیب دیده ایجاد کرده است.
امروزه، با توجه به پیشرفت قابل‌ توجه در زمینۀ "مهندسی بافت" و "چاپ‌های بیولوژیکی سه بعدی" ، مهندسی زیستی (Biological engineering) یک راه‌حل امیدوار کننده برای ساخت اعضای جایگزین، اندام‌های آسیب دیده است. اگرچه هنوز چالش‌های زیادی برای تولید مجدد برخی اعضای پیچیده (به عنوان مثال قلب ، ریه ، کلیه‌ها ، کبد و لوزالمعده) وجود دارد که باید مورد توجه قرار بگیرد، اما ساخت اعضای پیوندی، نوید جایگزینی اعضای بدن را می‌دهد و همچنان مورد توجه محققان این حوزه است. در این مطالعه در مورد استراتژی‌های معمول استفاده شده برای تولید اعضا، بر اساس تکثیر سلول‌های جدا شده از نگهدارنده‌های (scaffolds) شبکه‌های خارج سلولی، بحث شده است. همچنین گزارش‌هایی از برخی موفقیت‌هایی که در ساخت مجدد اعضا حاصل شده است نیز بیان شده و در انتها به بررسی محدودیت‌های موجود در این زمینه پرداخته شده است.
#تهیه_و_تنظیم : #میلاد_بشارتی_فرد

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/B9780128122587000058

@CBRC_aut