#شما_پرسیدید

❓سوال: آیا پس از شرکت در این ورکشاپ به من #سرتیفیکیت تعلق می گیرد؟

پاسخ: بله، به تمام شرکت کنندگان در این ورکشاپ، یک سرتیفیکیت آنلاین تعلق خواهد گرفت. اعتبار این سرتیفیکیت که به زبان انگلیسی صادر می‌شود، مورد تایید برگزارکننده آن، آزمایشگاه cbrc از دانشکده ریاضی و علوم کامپیوتر دانشگاه صنعتی امیرکبیر است.

❓سوال: این ورکشاپ به زبان انگلیسی برگزار می‌شود یا زبان فارسی؟

پاسخ: با توجه به بین المللی بودن ورکشاپ ICoBi، حضور اساتیدی از خارج از کشور و ثبت نام مخاطبان خارجی، این ورکشاپ به زبان انگلیسی برگزار خواهد شد.



❓سوال: چرا هزینه ورکشاپ به صورت سه قیمت نوشته شده است؟

پاسخ: هزینه اصلی ثبت نام در ورکشاپ 100 هزار تومان است ولی جهت پیش بینی تعداد افراد شرکت کننده و تهیه زیرساخت مورد نیاز، این مبلغ برای دوستانی که در بازه زمانی اولیه (15 آبان تا 30 آبان) ثبت‌نام خود را قطعی نمایند 60 هزار تومان،
برای عزیزانی که در بازه زمانی دوم(1 آذر تا 15 آذر) ثبت نام فرمایند، 80 هزار تومان و برای دوستانی که از 16 آذر تا زمان شروع ورکشاپ اقدام به ثبت‌نام نمایند 100 هزار تومان می باشد.

@Second_ICoBi

چهت آشنایی با فرآیند پرداخت و قطعی شدن ثبت نام در ورکشاپ ICoBi فایل پی دی اف زیر را دانلود فرمایید.

@Second_ICoBi

#یکشنبه_و_آموزش_بیوانفورماتیک
پروتئین به عنوان بزرگترین درشت‌ مولکول‌های موجود در بدن، از جمله مهمترین اجزای بدن است که نقش‌های بسیار حیاتی و مهمی در بدن را دارد.
پروتئین‌ها مانند زنجیری از یک کلاف سه‌بعدی پلیمرهایی هستند که از توالی آمینو اسیدها حاصل می‌شوند.آمینواسیدها مثل یک زنجیر خطی توسط پیوند پپتیدی میان گروه‌های کربوکسیل و آمین مجاور به یکدیگر متصل می‌شوند تا یک پلی پپتید را به وجود بیاورند.ترتیب آمینو اسیدها در یک پروتئین توسط ژن مشخص می‌شود و کد ژنتیک ۲۰ آمینو اسید استاندارد را معرفی می‌کند.

پروتئین‌ها طبق نوع و محل حضورشان عملکرد متفاوتی دارند، از جمله این وظایف میتوان به فعالیت آنزیمی به منظور کاتالیز فرایند، شناسایی میکروب‌ها و سلول‌های سرطانی، انتقال موادی مانند گازهای تنفسی و سیگنال‌دهی اشاره کرد.
@CBRC_aut

🔸آغاز ثبت‌نام دومین دوره ورکشاپ بین المللی ICoBi

آزمایشگاه CBRC دانشگاه صنعتی امیرکبیر، در نظر دارد دومین دوره از ورکشاپ بین المللی زیست شناسی محاسباتی، ICoBi، را در آذر ماه سال جاری برگزار کند. در این دوره نیز همچون دوره‌ی اول این ورکشاپ، سخنرانانی از دانشگاه‌های برجسته دنیا این مرکز را همراهی خواهند کرد.

♦️مباحثی که در این ورکشاپ مطرح خواهند شد عبارتند از : "طراحی RNA"، "طراحی پروتئین"، "شبکه های زیستی"، "تمایز سلول های بنیادی"، "تحلیل داده‌های بیان ژنی"، "تحلیل ژنوم SARS-CoV2" و "یادگیری ماشین در بیوانفورماتیک".

📅 زمان برگزاری: ۱۹ آذر لغایت ۲۱ آذر ۱۳۹۹

🖥 این ورکشاپ به صورت مجازی و در بستر AdobeConnect برگزار خواهد شد.

📄 در انتهای دوره به شرکت کنندگان مدرک معتبر تعلق خواهد گرفت.

💸 هزینه‌ی ورکشاپ با توجه به زمان ثبت نام، متغیر خواهد بود.

🌐جهت دریافت اطلاعات بیشتر و ثبت‌نام میتوانید از لینک زیر اقدام فرمایید:

http://bioinformatics.aut.ac.ir/2ndWorkshop/


#2ndICoBi

اخبار و اطلاعات تکمیلی را از کانال CBRC دنبال کنید:

@CBRC_aut
@Second_ICoBi

🔸️《برگزاری سمینار بیوانفورماتیک 》



📌موضوع: پیش‌بینی ارتباط میکرو RNA و بیماری

ارائه دهنده: #سهراب_صالحی

📆 زمان: چهارشنبه، ۲۱ آبان ۱۳۹۹ ، ساعت ۱۸:۳۰

این سمینار به صورت مجازی برگزار خواهد گردید و حضور برای عموم آزاد است.

🌐جهت ثبت نام از لینک زیر اقدام فرمایید:
http://bioinformatics.aut.ac.ir/seminars/2020/register.php?seminar_id=8

برای دریافت اطلاعات بیشتر، کانال CBRC را دنبال نمایید.

@CBRC_aut

#خلاصه_سمینار 🧬🧬


‌روش های مقابله با بیماری در حوزه‌ی بیوانفورماتیک عموما به کشف دارو برای هدف قراردادن پروتئین ها در سلول، محدود شده است.
آیا این شیوه، شیوه‌ی موثری است؟ چه مقدار از داده‌های ژنتیکی ما به پروتئین‌ها ترجمه می‌شوند؟

در شیوه‌های نوین، تمرکز محققین بر روی شناسایی آر‌ان‌ای‌ها و عملکرد‌های آن‌ها در سلول و ارتباط آن‌ها با بیماری‌ بوده است تا بتوانند با هدف قرار دادن آن‌ها گام دیگری در جهت درمان بیماری‌ها بردارند. اما مرحله‌ی اول کشف ارتباط بیماری و آر‌ان‌ای‌هاست.

در این سمینار علاوه بر پاسخ به سوالات ذکر شده، پایگاه داده های مربوطه را ببرسی می نماییم روش‌های محاسباتی کشف ارتباط بیماری-میکروآران‌ای را معرفی می‌کنیم و همچنین به چالش‌هایی که با آن‌ها مواجه هستیم می‌پردازیم.

#سهراب_صالحی

#پنجشنبه_و_معرفی_مقاله 📝

یادگیری نظارت شده‌ی شبکه‌های تنظیم ژنی
شناسایی کامل برهم‌کنش‌های تنظیم ژنی در شبکه‌های زیستی، این امکان را می دهد تا بتوان فاکتورهای مولکولی کلیدیِ تاثیرگذار بر ویژگی‌های مهم در سطح سلول، بافت و کل ارگانیزم را تعیین نمود. پیشرفت‌های خوبی در روش‌ها و فناوری‌های آزمایشگاهی جهت شناسایی اتصال مستقیم فاکتورهای رونویسی به مناطق پروموتور پایین دستِ ژن‌های هدف به دست آمده است. اما همچنان روش‌های محاسباتی ای که از مجموعه‌ی بزرگ داده‌های رونویسی استفاده میکنند، از مهم‌ترین روش‌ها برای پیش‌بینی اهداف مستقیم پایین دست فاکتورهای رونویسی، و همچنین در بازسازی شبکه‌های تنظیم ژنی تمام ژنوم (GRNs) ، به حساب می‌آیند. این روش‌ها به طور کلی به دو دسته باناظر و بدون‌ناظر تقسیم می گردند. این دسته‌بندی بسته به این که آیا این داده، به طور آزمایشگاهی، در برهم‌کنش‌های تنظیم شبکه ژنی در فرایند بازسازی GRN به کار گرفته شده یا خیر، تقسیم می‌شوند. در این مقاله، ابتدا گام‌های کلی روش‌های باناظر برای بازسازی GRN توصیف شده است و در ادامه چگونگی استفاده از این روش‌ها با داده‌هایی از ارگانیزم‌های مدل، که پیش‌بینی های دقیق‌تری از برهم‌کنش‌های تنظیم ژنی حاصل می‌نماید، نشان داده می‌شود.

#نویسنده: #زوران_نیکولوسکی و #زهرا_رزاقی_مقدم
#با_سخنرانان_ICoBi

#تهیه_و_تنظیم : #زهرا_سراج

https://www.nature.com/articles/s41540-020-0140-1

@CBRC_aut

#یکشنبه_و_آموزش_بیوانفورماتیک

یک میکرو آر ان ای (microRNA یا به اختصار miRNA) یک مولکول کوچک RNA ای غیر کد کننده است که در گیاهان، جانوران و برخی از ویروس ها یافت می شود. این RNA ای‌ها در یوکاریوت‌ها  دیده می‌شوند و حدود ۱۷–۲۳ نوکلئوتید طول دارند. وظیفهٔ اصلی آن‌ها در تنظیم بیان ژن پس از رونویسی است؛ که با برهمکنش با آر ان ای پیک (mRNA) و خاموش کردن آن تولید پروتئین ژن مورد نظر را سرکوب و بعضاً فعال می‌کنند. ۶۰ درصد ژنوم پستانداران را تشکیل می‌دهند و ژنوم انسان می‌تواند حدود ۱۰۰۰ نوع از آن‌ها را رمزدهی کند. در متازوآها و قارچ‌ها و حتی گیاهان و جانوران انواع مختلف آن‌ها وجود دارد.

@CBRC_aut

🔸 از امشب به بررسی خلاصه سخنرانان ورکشاپ ICoBi در هشتگ #خلاصه می‌پردازیم.

@Second_ICoBi

جهت اطلاعات بیشتر می توانید در کانال ورکشاپ عضو شوید.

🔸《برگزاری سمینار بیوانفورماتیک 》



📌موضوع: یافتن ترکیبات مناسب برای کشف دارو

ارائه دهنده: #مهدی_پیکان_حیرتی

📆 زمان: چهارشنبه، 28 آبان ۱۳۹۹ ، ساعت ۱۸:۳۰

این سمینار به صورت مجازی برگزار خواهد گردید و حضور برای عموم آزاد است.

🌐جهت ثبت نام از لینک زیر اقدام فرمایید:
http://bioinformatics.aut.ac.ir/seminars/2020/register.php?seminar_id=9

برای دریافت اطلاعات بیشتر، کانال CBRC را دنبال نمایید.

@CBRC_aut

#خلاصه_سمینار 🧬🧬

امکان یافتن زیرساختارهای مناسب در فرایند کشف دارو یک مسئله مهم تلقی می‌شود. از آنجا که تعداد زیر ساختارهای شیمیایی موجود زیاد است، مسئله شناسایی و بهینه سازی یک مولکول کوچک که خاصیت شبه دارویی یا فعالیت زیستی دارد، براساس روش‌های شیمیایی کاری زمان‌بر است. به همین علت در دو دهه اخیر دانشمندان به روش‌های محاسباتی روی آورده‌اند.
در این سمینار علاوه بر پاسخ به این سوال که یافتن این زیر ساختارها چه کمکی به کشف دارو خواهد کرد، چند پایگاه‌ اطلاعاتی رایج در این حوزه را مورد بررسی قرار داده، به مرور چالش‌های موجود در این کار می‌پردازیم و همچنین روش های محاسباتی کشف زیر ساختار های دارویی را معرفی می‌کنیم.

@CBRC_aut

📢 برای ثبت نام در دومین دوره از ورکشاپ بین المللی ICoBi به مبلغ ۶۰ هزار تومان، تنها تا پایان آبان فرصت باقی است...

هزینه ثبت نام از اول آذر ۸۰ هزار تومان خواهد بود.

🌐 جهت ثبت‌نام و کسب اطلاعات بیشتر از لینک زیر اقدام فرمایید :
bioinformatics.aut.ac.ir/2ndWorkshop/

#2ndICoBi

@CBRC_aut

#پنجشنبه_و_معرفی_مقاله

#با_سخنرانان_ICoBi

#شیوا_اکبری

پیوند اعضا، تنها استراتژی درمانی قطعی‌ برای بیمارانی که از نارسایی عضو رنج می برند، شناخته شده است. یکی از بزرگترین مشکلات پزشکی امروز، کمبود اعضای اهدا شده است. بنابراین، نیاز به توسعۀ استراتژی‌های جایگزین ضروری می‌باشد. ج
هت حل چنین چالش‌هایی محققان بر آن شده‌اند تا از مواد طبیعی یا مصنوعی برای تولید اعضای(organ) جدید به عنوان منبع جایگزین جهت پیوند استفاده کنند. بنابراین، بازسازی اعضای بدن روش جدیدی را برای درمان اعضا یا بافت‌های آسیب دیده ایجاد کرده است.
امروزه، با توجه به پیشرفت قابل‌ توجه در زمینۀ "مهندسی بافت" و "چاپ‌های بیولوژیکی سه بعدی" ، مهندسی زیستی (Biological engineering) یک راه‌حل امیدوار کننده برای ساخت اعضای جایگزین، اندام‌های آسیب دیده است. اگرچه هنوز چالش‌های زیادی برای تولید مجدد برخی اعضای پیچیده (به عنوان مثال قلب ، ریه ، کلیه‌ها ، کبد و لوزالمعده) وجود دارد که باید مورد توجه قرار بگیرد، اما ساخت اعضای پیوندی، نوید جایگزینی اعضای بدن را می‌دهد و همچنان مورد توجه محققان این حوزه است. در این مطالعه در مورد استراتژی‌های معمول استفاده شده برای تولید اعضا، بر اساس تکثیر سلول‌های جدا شده از نگهدارنده‌های (scaffolds) شبکه‌های خارج سلولی، بحث شده است. همچنین گزارش‌هایی از برخی موفقیت‌هایی که در ساخت مجدد اعضا حاصل شده است نیز بیان شده و در انتها به بررسی محدودیت‌های موجود در این زمینه پرداخته شده است.
#تهیه_و_تنظیم : #میلاد_بشارتی_فرد

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/B9780128122587000058

@CBRC_aut

🔸 تمامی جلسات سمینارهای هفتگی بیوانفورماتیک در کانال آپارات بارگذاری شده است.

🌐 جهت مشاهده می توانید از لینک زیر اقدام فرمایید:
https://www.aparat.com/bioinformatics_aut

@CBRC_aut

📝 آغاز ثبت نام پری ورکشاپ ICoBi

هدف از این دوره، آشنایی شرکت کنندگان ورکشاپ و علاقه مندان با مفاهیم مطرح شده توسط سخنرانان در دومین دوره از ورکشاپ زیست شناسی محاسباتی ICoBi است.

مباحث مورد ارائه:
🧬 DNA
📝Genome Sequencing
🧪 RNA
🔬 Protein Structures
🧫 Gene Regulatory Network
🩺 Metabolic Network
🖥 Machine Learning
🌡 H.pYlori Bacteria
🦠 Corona Virus
📄 Sequence Alignment
🦠 SARS-CoV2 genome
💻 GISAID DataBase

🔸این پری‌ورکشاپ در بستر Adobe Connect برگزار می‌گردد و شرکت برای عموم رایگان است.

📆 زمان برگزاری: 12 و 13 آذر 1399

❗️برای حضور در این دوره، ثبت نام الزامی می‌باشد.

‼️به خاطر داشته باشید که با هر نام کاربری، تنها یک کاربر می‌تواند حضور یابد.

✅ اینترنت شما برای شرکت در این دوره رایگان می باشد.

🌐جهت ثبت نام و کسب اطلاعات بیشتر به لینک زیر مراجعه فرمایید:
http://bioinformatics.aut.ac.ir/2ndWorkshop/index.php/pre-workshop/

@CBRC_aut

#پنجشنبه_و_معرفی_مقاله

#با_سخنرانان_ICoBi

#نجمه_صالحی #بهاره_عطاران #فاطمه_زارع

تغییر در اتصال کلاریتروماسیسین به ریبوزوم در سویه های جهش یافته H pylori

جلوگیری از تولید پروتئین، از طریق ایجاد محدودیت دارویی در تونل خروج پپتیدهای نو (NPET) واقع در ریبوزوم، می‌تواند از رشد باکتری جلوگیری کند. در این مقاله با مطالعه ساختار دوم و سوم دومین V مربوط به 23S rRNA در نوع اصلی و جهش-یافته (مقاوم)، سویه‌های H pylori، به بررسی مکانیزم‌های برهم‌کنش آن‌ها با داروی کلاریترومایسین (CLA) پرداخته‌اند. در این پژوهش، سویه های H pylori جدا شده از بیوپسی گوارشی کشت یافته را تحت آزمایش مستعد بودن CLA با تست E قرار داده اند، سپس با روش PCR تکثیر نموده اند و دومین V مربوط به 23S rRNA را توالی یابی کرده اند. همولوژی مدلینگ این دومین در H pylori و پروتئین‌های پیرامونی L4 و L22، براساس ساختار سه بعدی ریبوزوم E. coli مشخص شده است.
از 70 سویه H pylori، که از 200 بیمار دارای اختلال هاضمه بدست آمد، 11 مورد (16%) در برابر CLA مقاوم بودند. با کمک توالی‌یابی دی ان آ، سه دسته‌ی بدون جهش (A)، با جهش A2142G (B) و با جهش A2143G (C) شناسایی شد. مطالعه اتصال همولوژی این مدل از کمپلکس 23S rRNA و با CLA، مکان‌های منحرف شده‌ای را از دسته‌های B و C در مقایسه با دسته A با مقادیر RMSD به ترتیب برابر Å 12.19 و Å 7.92 نشان داد. در هر دو دسته جهش‌یافته، CLA برهم‌کنشش با مکان‌های 2142 و 2587 را از دست داده و دو پیوند جدید با پروتئین پیرامونی L4 ایجاد کرده بود.
داده¬های این مقاله نشان داد که در سویه‌های H pylori جهش‌یافته، زمانی که نوکلئوتیدهای مکان‌های 2142 و 2587 از دارو جدا می‌شوند، CLA با پروتئین پیرامونی L4، برهم‌کنش می‌کند و محدودیت فضایی درNPET تحمیل شده توسط دارو را از بین می‌برد.

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/hel.12731



@CBRC_aut

🔸شرکت در این پری ورکشاپ برای عموم رایگان است.
جهت شرکت، از طریق لینک زیر ثبت نمایید:
🌐 http://bioinformatics.aut.ac.ir/2ndWorkshop/index.php/pre-workshop/

#2ndICoBi

@CBRC_aut

#یکشنبه_و_آموزش_بیوانفورماتیک

#DNA_Replication

همانندسازی DNA، فرآیندی است که طی آن DNA در حین تقسیم سلولی از خود کپی می کند.
در اولین مرحله، پیوند هیدروژنی بین قسمتی از رشته های مکمل توسط آنزیم هلیکاس باز می گردد، و شکلی همچون حرف Y را ایجاد می نماید. سپس به کمک DNA Polymerase و Primer نوکلئوتیدهای آزاد رشته مکمل را تولید می کنند. درنهایت آنزیم DNA Ligase دوباره دو رشته DNA را به یکدیگر متصل می نماید.
برای اطلاعات بیشتر می توانید این ویدئو را مشاهده نمایید.
@CBRC_aut

🔸 برنامه جلسات پری ورکشاپ ICoBi

در راستای برگزاری ورکشاپ بین المللی ICoBi با حضور اساتیدی از دانشگاه‌های مطرح جهان، آزمایشگاه CBRC دوره پری ورکشاپ را به هدف آشنایی مخاطبان با مفاهیم مورد بحث در ورکشاپ، برگزار می نماید.

❗️ هزینه اینترنت و شرکت در این ورکشاپ رایگان است.
‼️ ثبت نام شما جهت حضور الزامی است.

📆 زمان برگزاری: 12 و 13 آذر 1399

جهت شرکت، از طریق لینک زیر ثبت نمایید:
🌐 http://bioinformatics.aut.ac.ir/2ndWorkshop/index.php/pre-workshop/

#2ndICoBi

@CBRC_aut

❗️#اطلاعیه
بدین وسیله به اطلاع همراهان گرامی می رسانیم که در زمان بندی برنامه روز دوم پری ورکشاپ تغییر اندکی ایجاد شده است. در زمان بندی کلی و تعداد ارائه ها تفاوتی ایجاد نشده و تنها به جای 3 قسمت به 2 قسمت تبدیل شده است.
پیشاپیش از شما پوزش میخواهیم.

📆 زمان برگزاری: 12 و 13 آذر
از ساعت 15 الی 19

تیم اجرایی ورکشاپ ICoBi

@CBRC_aut