ابزار Docker
امروزه برای نصب و راه اندازی و همچنین انجام بسیاری از فرآیندهای محاسباتی نیاز به انسجام زیرساخت های نرم افزاری و سخت افزاری است و برای کاربرانی که سرعت و کیفیت آنالیزها برای آنها مهم است استفاده از زیر ساخت های نرم افزاری مناسب یکی از اهداف اصلی کار آن است. Docker مجموعه ای از پلتفرم ها به عنوان محصولات خدماتی است که از مجازی سازی در سطح سیستم عامل برای ارائه نرم افزار در بسته هایی به نام کانتینر استفاده می کند. این سرویس دارای دو سطح رایگان و پریمیوم است. در حال حاضر بسیاری از ابزارهای بیوانفورماتیک و محاسباتی از داکر به عنوان یک هاب محاسباتی ویژه برای ارائه خدمات خود به کاربران استفاده می کنند.

با ما همراه باشید.
🧬@IRBioinformatics

نصب Docker در لینوکس (دیبان، اوبنتو، فدورا 64 بیتی):
برای نصب داکر در لینوکس بایستی مراحل زیر را طی کنید:
1- پکیج سورس داکر را دانلود نمایید: می توانید از این لینک به صورت مستقیم استفاده کنید. اگر به هر دلیلی در دانلود آن مشکل داشتید می توانید فایل مربوطه را از داخل کانال دانلود کنید.
2- با استفاده از کامندهایی که در پست های قبلی ارائه شد حداقل حافظه و نوع cpu سیستم خود را مشاهده کنید. برای ران داکر cpuهای شما بایستی حتما از پارالل سازی پشتیبانی نمایند و حداقل 4 گیگ رم بر روی سیستم عامل خود داشته باشید.
3- پس از دانلود فایل داکر با استفاده از کامند زیر آن را نصب کنید:

$ sudo apt-get update 
$ sudo apt-get install ./docker-desktop-<version>-<arch>.deb

4- همچنین برای حذف نصب آن می توانید از کد دستوری زیر استفاده کنید

sudo apt remove docker-desktop

5- در صورتی که سیستم عامل لینوکس شما از نوع غیر گنوم است می توانید با دستور زیر آن را برای شروع کار با داکر بهینه کنید:

sudo apt install gnome-terminal

اکنون همه چیز آماده است و می توانید به راحتی از داکر استفاده کنید.

با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics

ابزار docker نسخه لینوکس توزیع اوبنتو 64 بیتی
🧬@IRBioinformatics

ابزار docker نسخه ویندوز 64 بیتی
🧬@IRBioinformatics

دانلود ابزار docker برای مک نسخه نهایی
🧬@IRBioinformatics

ابزار ImageJ
ابزار پردازش و تجزیه و تحلیل تصاویر ژنتیکی، سلولی، مولکولی، ژل های الکتروفورز، شاخص سطح برگ، سطح نکروز توموری، ارزیابی سطح زخم و ...
🧬@IRBioinformatics

نسخه ویندوز نرم افزار ImageJ

نسخه لینوکس نرم افزار imagej

نسخه mac نرم افزار imageJ

نسخه مک 2:
ImageJ bundled with Zulu OpenJDK 13.0.6.

یکی از مشکلات عمده ای که کاربران بیوانفورماتیکی یا بیوتکنولوژیست های عزیز هنگام کار با نرم افزار ImageJ باهاش مواجه بشن این هستش که وقت زیادی باید صرف کنن تا دایرکتوری فایل های example نرم افزار رو دانلود کننن، نه تنها در مورد این نرم افزار، کلا در مورد ابزارهایی که پوشه example یا دیتای همراه دارن و ممکنه توی ی پوشه صدها فایل باشه دانلود این فایلا هستش. بهترین راه دانلود این فایل ها این هستش که با دستور wget دانلود بشن. برای اینکار کافیه subsystem لینوکس ویندوز 10 یا 11 رو فعال کنید، و از طریق کد دستوری زیر تمام اون فایل ها رو بدون دردسر دانلود کنید. کارهایی که باید انجام بدین عبارتند از:
1- ابتدا مسیر https یا http که فایلا در اون ذخیره شدن رو مشخص کنید: در مورد ImageJ این پوشه در آدرس زیر هستش:
https://imagej.net/ij/images/
در پوشه بالا تمام فایل های ایندکس نمونه برای کار با منوهای مختلف ImageJ برای کاربران قرار داده شده. حالا شما کافیه ترمینال لینوکستون رو باز کنید و به ترتیب دستورات زیر رو در اون بزنین:
2- ابتدا با دستور mkdir یک پوشه جدید بسازید: مثلا من اینجا از لینوکس ویندوز 10 استفاده می کنم، در نتیجه مسیر home من کلا توی /mnt/ هستش و من باید در مسیر /mnt/c/ یک پوشه جدید به اسم index درست کنم به این صورت:

cd /mnt/c/

mkdir index

cd index

3- الان که این پوشه رو درست کردم الان توی مرحله بعدی باید ترمینال اپدیت کنم و با دستور wget کل فایل های اون پوشه سایت imagej یا هر repository دیگه ای رو به داخل پوشه خودم منتقل کنم. این رویه باعث میشه هم کم کم کار با لینوکس رو یاد بگیرین و هم سرعت عمل در جابجایی فایل ها داشته باشین. در دستور زیر بعد از دستور index.html ادرس url دلخواهتون رو میتونین وارد کنید. که در اینجا از imagej استفاده شده. با سرعت 5 مگابایت برثانیه در حداقل حالت ممکن دانلود این پوشه حدودا 1 تا 3 دقیقه طول میکشه که بسته به سرعت اینترنتتون متفاوت.

sudo apt-get update

sudo apt-get upgrade

wget -r -np -nH --cut-dirs=3 -R index.html https://imagej.net/ij/images/

4- همانطور که در ادامه مشاهده می کنید تمام فایل های موجود در پوشه ایندکس سایت مورد نظر که به صورت ftp در قالب پرتکل https یا http ذخیره شدن براتون توی پوشه دلخواه که با دستور mkdir در مسیر دلخواه درست کردین ذخیره میشه.

5- اگر به هر دلیلی نمیتونید روی سیستمون نرم افزار imageJ رو نصب کنید، می تونید از نسخه انلاینش در ادرس زیر استفاده کنید:
https://ij.imjoy.io/
با ما همراه باشید

🧬@IRBioinformatics

هادوپ (Hadoop) چیست؟
هادوپ چارچوبی است که از ذخیره سازی توزیع شده و پردازش موازی برای ذخیره و مدیریت کلان داده ها استفاده می کند. این نرم افزاری است که بیشتر توسط تحلیلگران داده برای مدیریت کلان داده استفاده می شود و اندازه بازار آن همچنان در حال رشد است. اگرچه این چارچوب به خوبی در حوزه بیوانفورماتیک در ایران توسعه داده نشده است یا استفاده کنندگان محدودی در ایران دارد، اما بایستی گفت که یکی از زیرساخت های کلیدی برای مدیریت کلان داده های محاسباتی و ساختاری است. اخیرا یک مقاله مروری در رابطه با کاربردهای هادوپ در حوزه بیوانفورماتیک ساختاری به چاپ رسیده است که در آن نویسندگان از اهمیت هادوپ در انالیزهای ساختاری و توسعه این پلتفرم برای مدیریت داده های بزرگ مربوط به پروتئین ها سخن گفته اند. در ادامه می توانید این مقاله ارزشمند به همراه آخرین ورژن زیرساخت هادوپ را دانلود نمایید.

توجه: در صورتی که کاربر ادوانس بیوانفورماتیک نیستید و با برنامه نویسی و کار با مخازن داده آشنا نیستید از دانلود و اجرای برنامه هادوپ بر روی سیستم عامل خود خوداری نمایید چرا که در هنگام نصب بایستی ابزار مذکور به درستی کانفیگ شود.

کاربردهای هادوپ در پردازش و آنالیز داده های ساختاری
🆔🧬 @IRBioinformatics
با ما همراه باشید...

فایل سورس نسخه 3.3.6 هادوپ برای نصب در سیستم عامل لینوکس
پس از دانلود این فایل و هر فایل دیگری از سایت هادوپ برای اعتبار سنجی فایل های مذکور و تایید اصالت فایل ها می توانید از دستورات زیر استفاده کنید:

% gpg --import KEYS
% gpg --verify downloaded_file.asc downloaded_file
# OR

% pgpk -a KEYS % pgpv downloaded_file.asc

فایل های مورد نیاز برای اصالت سنجی سورس نرم افزار. معمولا این نرم افزار نیاز به انجام این مرحله دارد و بایستی قبل از نصب حتما این مورد را انجام دهید.

فایل checksum
فایل signature

نرم افزار GeneRunner
ابزار حرفه ای و چندمنظوره طراحی پرایمر و انجام فرآیندهای مولکولی و همسانه سازی ژن

🆔🧬 @IRBioinformatics
با ما همراه باشید...