ابزار ImageJ
ابزار پردازش و تجزیه و تحلیل تصاویر ژنتیکی، سلولی، مولکولی، ژل های الکتروفورز، شاخص سطح برگ، سطح نکروز توموری، ارزیابی سطح زخم و ...
🧬@IRBioinformatics
ابزار پردازش و تجزیه و تحلیل تصاویر ژنتیکی، سلولی، مولکولی، ژل های الکتروفورز، شاخص سطح برگ، سطح نکروز توموری، ارزیابی سطح زخم و ...
🧬@IRBioinformatics
❤1👍1
آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی
ابزار ImageJ ابزار پردازش و تجزیه و تحلیل تصاویر ژنتیکی، سلولی، مولکولی، ژل های الکتروفورز، شاخص سطح برگ، سطح نکروز توموری، ارزیابی سطح زخم و ... 🧬@IRBioinformatics
یکی از مشکلات عمده ای که کاربران بیوانفورماتیکی یا بیوتکنولوژیست های عزیز هنگام کار با نرم افزار ImageJ باهاش مواجه بشن این هستش که وقت زیادی باید صرف کنن تا دایرکتوری فایل های example نرم افزار رو دانلود کننن، نه تنها در مورد این نرم افزار، کلا در مورد ابزارهایی که پوشه example یا دیتای همراه دارن و ممکنه توی ی پوشه صدها فایل باشه دانلود این فایلا هستش. بهترین راه دانلود این فایل ها این هستش که با دستور wget دانلود بشن. برای اینکار کافیه subsystem لینوکس ویندوز 10 یا 11 رو فعال کنید، و از طریق کد دستوری زیر تمام اون فایل ها رو بدون دردسر دانلود کنید. کارهایی که باید انجام بدین عبارتند از:
1- ابتدا مسیر https یا http که فایلا در اون ذخیره شدن رو مشخص کنید: در مورد ImageJ این پوشه در آدرس زیر هستش:
https://imagej.net/ij/images/
در پوشه بالا تمام فایل های ایندکس نمونه برای کار با منوهای مختلف ImageJ برای کاربران قرار داده شده. حالا شما کافیه ترمینال لینوکستون رو باز کنید و به ترتیب دستورات زیر رو در اون بزنین:
2- ابتدا با دستور mkdir یک پوشه جدید بسازید: مثلا من اینجا از لینوکس ویندوز 10 استفاده می کنم، در نتیجه مسیر home من کلا توی /mnt/ هستش و من باید در مسیر /mnt/c/ یک پوشه جدید به اسم index درست کنم به این صورت:
3- الان که این پوشه رو درست کردم الان توی مرحله بعدی باید ترمینال اپدیت کنم و با دستور wget کل فایل های اون پوشه سایت imagej یا هر repository دیگه ای رو به داخل پوشه خودم منتقل کنم. این رویه باعث میشه هم کم کم کار با لینوکس رو یاد بگیرین و هم سرعت عمل در جابجایی فایل ها داشته باشین. در دستور زیر بعد از دستور index.html ادرس url دلخواهتون رو میتونین وارد کنید. که در اینجا از imagej استفاده شده. با سرعت 5 مگابایت برثانیه در حداقل حالت ممکن دانلود این پوشه حدودا 1 تا 3 دقیقه طول میکشه که بسته به سرعت اینترنتتون متفاوت.
4- همانطور که در ادامه مشاهده می کنید تمام فایل های موجود در پوشه ایندکس سایت مورد نظر که به صورت ftp در قالب پرتکل https یا http ذخیره شدن براتون توی پوشه دلخواه که با دستور mkdir در مسیر دلخواه درست کردین ذخیره میشه.
5- اگر به هر دلیلی نمیتونید روی سیستمون نرم افزار imageJ رو نصب کنید، می تونید از نسخه انلاینش در ادرس زیر استفاده کنید:
https://ij.imjoy.io/
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
1- ابتدا مسیر https یا http که فایلا در اون ذخیره شدن رو مشخص کنید: در مورد ImageJ این پوشه در آدرس زیر هستش:
https://imagej.net/ij/images/
در پوشه بالا تمام فایل های ایندکس نمونه برای کار با منوهای مختلف ImageJ برای کاربران قرار داده شده. حالا شما کافیه ترمینال لینوکستون رو باز کنید و به ترتیب دستورات زیر رو در اون بزنین:
2- ابتدا با دستور mkdir یک پوشه جدید بسازید: مثلا من اینجا از لینوکس ویندوز 10 استفاده می کنم، در نتیجه مسیر home من کلا توی /mnt/ هستش و من باید در مسیر /mnt/c/ یک پوشه جدید به اسم index درست کنم به این صورت:
cd /mnt/c/
mkdir index
cd index
3- الان که این پوشه رو درست کردم الان توی مرحله بعدی باید ترمینال اپدیت کنم و با دستور wget کل فایل های اون پوشه سایت imagej یا هر repository دیگه ای رو به داخل پوشه خودم منتقل کنم. این رویه باعث میشه هم کم کم کار با لینوکس رو یاد بگیرین و هم سرعت عمل در جابجایی فایل ها داشته باشین. در دستور زیر بعد از دستور index.html ادرس url دلخواهتون رو میتونین وارد کنید. که در اینجا از imagej استفاده شده. با سرعت 5 مگابایت برثانیه در حداقل حالت ممکن دانلود این پوشه حدودا 1 تا 3 دقیقه طول میکشه که بسته به سرعت اینترنتتون متفاوت.
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
wget -r -np -nH --cut-dirs=3 -R index.html https://imagej.net/ij/images/
4- همانطور که در ادامه مشاهده می کنید تمام فایل های موجود در پوشه ایندکس سایت مورد نظر که به صورت ftp در قالب پرتکل https یا http ذخیره شدن براتون توی پوشه دلخواه که با دستور mkdir در مسیر دلخواه درست کردین ذخیره میشه.
5- اگر به هر دلیلی نمیتونید روی سیستمون نرم افزار imageJ رو نصب کنید، می تونید از نسخه انلاینش در ادرس زیر استفاده کنید:
https://ij.imjoy.io/
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
ij.imjoy.io
ImageJ.JS
ImageJ.JS is an open source image processing web application designed for scientific multidimensional images
👍1
همانطور که مشاهده می شود تمام فایل های فولدر ایندکس imagej با موفقیت بر روی سیستم عامل شما منتقل گردید و از این طریق می توانید با اطمینان خاطر بیشتری از نرم افزار استفاده کنین. برای اطمینان از انتقال تمام فایل ها هم یک ls در ترمینال اجرا کنید مطابق تصاویر پیوستی تا مطمن شوید تمام فایل ها منتقل شده است.
🆔🧬 @IRBioinformatics
🆔🧬 @IRBioinformatics
👍2
هادوپ (Hadoop) چیست؟
هادوپ چارچوبی است که از ذخیره سازی توزیع شده و پردازش موازی برای ذخیره و مدیریت کلان داده ها استفاده می کند. این نرم افزاری است که بیشتر توسط تحلیلگران داده برای مدیریت کلان داده استفاده می شود و اندازه بازار آن همچنان در حال رشد است. اگرچه این چارچوب به خوبی در حوزه بیوانفورماتیک در ایران توسعه داده نشده است یا استفاده کنندگان محدودی در ایران دارد، اما بایستی گفت که یکی از زیرساخت های کلیدی برای مدیریت کلان داده های محاسباتی و ساختاری است. اخیرا یک مقاله مروری در رابطه با کاربردهای هادوپ در حوزه بیوانفورماتیک ساختاری به چاپ رسیده است که در آن نویسندگان از اهمیت هادوپ در انالیزهای ساختاری و توسعه این پلتفرم برای مدیریت داده های بزرگ مربوط به پروتئین ها سخن گفته اند. در ادامه می توانید این مقاله ارزشمند به همراه آخرین ورژن زیرساخت هادوپ را دانلود نمایید.
توجه: در صورتی که کاربر ادوانس بیوانفورماتیک نیستید و با برنامه نویسی و کار با مخازن داده آشنا نیستید از دانلود و اجرای برنامه هادوپ بر روی سیستم عامل خود خوداری نمایید چرا که در هنگام نصب بایستی ابزار مذکور به درستی کانفیگ شود.
هادوپ چارچوبی است که از ذخیره سازی توزیع شده و پردازش موازی برای ذخیره و مدیریت کلان داده ها استفاده می کند. این نرم افزاری است که بیشتر توسط تحلیلگران داده برای مدیریت کلان داده استفاده می شود و اندازه بازار آن همچنان در حال رشد است. اگرچه این چارچوب به خوبی در حوزه بیوانفورماتیک در ایران توسعه داده نشده است یا استفاده کنندگان محدودی در ایران دارد، اما بایستی گفت که یکی از زیرساخت های کلیدی برای مدیریت کلان داده های محاسباتی و ساختاری است. اخیرا یک مقاله مروری در رابطه با کاربردهای هادوپ در حوزه بیوانفورماتیک ساختاری به چاپ رسیده است که در آن نویسندگان از اهمیت هادوپ در انالیزهای ساختاری و توسعه این پلتفرم برای مدیریت داده های بزرگ مربوط به پروتئین ها سخن گفته اند. در ادامه می توانید این مقاله ارزشمند به همراه آخرین ورژن زیرساخت هادوپ را دانلود نمایید.
توجه: در صورتی که کاربر ادوانس بیوانفورماتیک نیستید و با برنامه نویسی و کار با مخازن داده آشنا نیستید از دانلود و اجرای برنامه هادوپ بر روی سیستم عامل خود خوداری نمایید چرا که در هنگام نصب بایستی ابزار مذکور به درستی کانفیگ شود.
👍2
hadoop-3.3.6-src.tar.gz
35.6 MB
فایل سورس نسخه 3.3.6 هادوپ برای نصب در سیستم عامل لینوکس
پس از دانلود این فایل و هر فایل دیگری از سایت هادوپ برای اعتبار سنجی فایل های مذکور و تایید اصالت فایل ها می توانید از دستورات زیر استفاده کنید:
فایل های مورد نیاز برای اصالت سنجی سورس نرم افزار. معمولا این نرم افزار نیاز به انجام این مرحله دارد و بایستی قبل از نصب حتما این مورد را انجام دهید.
فایل checksum
فایل signature
پس از دانلود این فایل و هر فایل دیگری از سایت هادوپ برای اعتبار سنجی فایل های مذکور و تایید اصالت فایل ها می توانید از دستورات زیر استفاده کنید:
% gpg --import KEYS
% gpg --verify downloaded_file.asc downloaded_file
# OR
% pgpk -a KEYS % pgpv downloaded_file.asc
فایل های مورد نیاز برای اصالت سنجی سورس نرم افزار. معمولا این نرم افزار نیاز به انجام این مرحله دارد و بایستی قبل از نصب حتما این مورد را انجام دهید.
فایل checksum
فایل signature
👍3
نرم افزار GeneRunner
ابزار حرفه ای و چندمنظوره طراحی پرایمر و انجام فرآیندهای مولکولی و همسانه سازی ژن
🆔🧬 @IRBioinformatics
با ما همراه باشید...
ابزار حرفه ای و چندمنظوره طراحی پرایمر و انجام فرآیندهای مولکولی و همسانه سازی ژن
🆔🧬 @IRBioinformatics
با ما همراه باشید...
👍4