Retrograde signaling
سیگنالدهی رتروگراد در زیستشناسی فرآیندی است که در آن سیگنال از منبع هدف به سمت منبع اولیه خود بازمیگردد. به عنوان مثال، هسته سلول منبع اولیه برای ایجاد پروتئینهای سیگنالدهی است. در طول سیگنالدهی رتروگراد، به جای اینکه سیگنالها از هسته خارج شوند، به سمت هسته ارسال میشوند.
@irbioinformatics
در زیستشناسی سلولی، این نوع سیگنالدهی معمولاً بین میتوکندریها یا کلروپلاستها و هسته سلول رخ میدهد. مولکولهای سیگنالی از میتوکندری یا کلروپلاست بر هسته تأثیر میگذارند تا بیان ژنهای هستهای را تحت تأثیر قرار دهند. در این زمینه، کلروپلاست یا میتوکندری به عنوان حسگری برای تحریکات داخلی و خارجی عمل میکنند که یک مسیر سیگنالدهی را فعال میسازد.
سیگنالدهی رتروگراد در زیستشناسی فرآیندی است که در آن سیگنال از منبع هدف به سمت منبع اولیه خود بازمیگردد. به عنوان مثال، هسته سلول منبع اولیه برای ایجاد پروتئینهای سیگنالدهی است. در طول سیگنالدهی رتروگراد، به جای اینکه سیگنالها از هسته خارج شوند، به سمت هسته ارسال میشوند.
@irbioinformatics
در زیستشناسی سلولی، این نوع سیگنالدهی معمولاً بین میتوکندریها یا کلروپلاستها و هسته سلول رخ میدهد. مولکولهای سیگنالی از میتوکندری یا کلروپلاست بر هسته تأثیر میگذارند تا بیان ژنهای هستهای را تحت تأثیر قرار دهند. در این زمینه، کلروپلاست یا میتوکندری به عنوان حسگری برای تحریکات داخلی و خارجی عمل میکنند که یک مسیر سیگنالدهی را فعال میسازد.
👍5
وراثت عمودی (Vertical Inheritance) به انتقال صفات و ویژگیهای ژنتیکی از والدین به فرزندان در یک خط خانوادگی اشاره دارد. این فرآیند بهطور عمده از طریق تولید مثل انجام میشود و اطلاعات ژنتیکی در DNA موجود در گامتها (سلولهای جنسی) منتقل میشود. وراثت عمودی شامل انتقال ویژگیهای فیزیکی، بیماریها و صفات دیگر از نسل به نسل است و این امر میتواند تأثیرات چشمگیری بر تکامل و تنوع زیستی داشته باشد. بهعنوان مثال، صفات ارثی مانند رنگ چشم، قد و مستعد بودن به برخی بیماریها از طریق وراثت عمودی به فرزندان منتقل میشود.
@irbioinformatics
در مقابل، وراثت افقی (Horizontal Inheritance) به انتقال ویژگیها و صفات بین افراد غیر مرتبط یا درون گروههای مختلف اشاره دارد. این نوع وراثت معمولاً در موجودات میکروسکوپی مانند باکتریها دیده میشود، جایی که ژنها میتوانند از یک سلول به سلول دیگر از طریق روشهایی مانند ترانسفورمیشن (جذب DNA از محیط)، ترانسداکشن (انتقال DNA از طریق ویروسها) یا کانژوگیشن (انتقال DNA از یک سلول به سلول دیگر از طریق تماس مستقیم) منتقل شوند. وراثت افقی میتواند به سرعت تنوع ژنتیکی را افزایش دهد و در مواردی مانند مقاومت به آنتیبیوتیکها در باکتریها نقش مهمی ایفا کند.
@irbioinformatics
در مقابل، وراثت افقی (Horizontal Inheritance) به انتقال ویژگیها و صفات بین افراد غیر مرتبط یا درون گروههای مختلف اشاره دارد. این نوع وراثت معمولاً در موجودات میکروسکوپی مانند باکتریها دیده میشود، جایی که ژنها میتوانند از یک سلول به سلول دیگر از طریق روشهایی مانند ترانسفورمیشن (جذب DNA از محیط)، ترانسداکشن (انتقال DNA از طریق ویروسها) یا کانژوگیشن (انتقال DNA از یک سلول به سلول دیگر از طریق تماس مستقیم) منتقل شوند. وراثت افقی میتواند به سرعت تنوع ژنتیکی را افزایش دهد و در مواردی مانند مقاومت به آنتیبیوتیکها در باکتریها نقش مهمی ایفا کند.
👍9
اگر روزی دنیا را دوست نداشتی، جایت را عوض کن تا از زاویه ای دیگر به آن بنگری.
دنیا از بعضی زوایا دوست داشتنی ست و در بعضی زوایا نه. در بعضی از زوایا بهتر و زیباست، در بعضی زوایا تاریک و خسته کننده. یادت باشد تو باید جایت را عوض کنی، چرا که دنیا هرگز از جایش تکان نخواهد خورد
صبح سهشنبهتون بخیر
😘😘
دنیا از بعضی زوایا دوست داشتنی ست و در بعضی زوایا نه. در بعضی از زوایا بهتر و زیباست، در بعضی زوایا تاریک و خسته کننده. یادت باشد تو باید جایت را عوض کنی، چرا که دنیا هرگز از جایش تکان نخواهد خورد
صبح سهشنبهتون بخیر
😘😘
👍5
آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی
اپیستازی چیست و چه کاربردی دارد؟ https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/1036
اپیستازی به معنای تأثیر یک ژن بر بیان یا عملکرد ژن دیگر است. این پدیده میتواند در فرآیندهای وراثتی و توسعه صفات مختلف در موجودات زنده نقش مهمی ایفا کند. به عبارت دیگر، وقتی دو یا چند ژن در یک مسیر بیوشیمیایی یا یک فرآیند بیولوژیکی تعامل دارند، یکی از ژنها میتواند تأثیر دیگری را مهار یا تقویت کند. این نوع تعاملات میتوانند منجر به تنوع و پیچیدگی در صفات فنوتیپی شوند.
یکی از مثالهای بارز اپیستازی، تأثیر رنگ پوست در برخی از حیوانات است. در این حالت، یک ژن میتواند رنگ پوست را تحت تأثیر قرار دهد، در حالی که ژن دیگری ممکن است بر توزیع یا شدت رنگ تأثیر بگذارد. بنابراین، حتی اگر یک ژن خاص برای تولید رنگ خاصی وجود داشته باشد، وجود یا عدم وجود ژنهای دیگر میتواند مانع از بروز آن رنگ شود یا آن را تغییر دهد. این نوع تعاملات میتوانند به طور قابل توجهی بر روی ویژگیهای ظاهری و عملکردی موجودات زنده تأثیر بگذارند.
اپیستازی همچنین میتواند در زمینههای تحقیقاتی و پزشکی اهمیت زیادی داشته باشد. درک این پدیده میتواند به دانشمندان کمک کند تا الگوهای وراثتی بیماریها را بهتر شناسایی کنند و در نتیجه درمانهای مؤثرتری ارائه دهند. به عنوان مثال، در برخی از بیماریها، ترکیب خاصی از ژنها ممکن است خطر ابتلا به بیماری را افزایش دهد، در حالی که وجود یک ژن دیگر میتواند این خطر را کاهش دهد. بنابراین، مطالعه اپیستازی میتواند به کشف راهکارهای جدید برای پیشگیری و درمان بیماریها کمک کند.
اپیستازی به چند نوع مختلف تقسیم میشود که هر یک ویژگیها و تأثیرات خاص خود را دارند. در زیر به برخی از انواع اصلی اپیستازی اشاره میکنم:
1. اپیستازی غالب (Dominant Epistasis):
• در این نوع، وجود یک آلل غالب در یک ژن میتواند اثرات ژن دیگر را کاملاً مهار کند. به عبارت دیگر، حتی اگر یک ژن دیگر دارای آللهای مختلف باشد، فقط وجود آلل غالب کافی است تا اثر آن ژن تحت تأثیر قرار گیرد.
• مثال: در گیاهان، وجود یک آلل غالب ممکن است رنگ گل را به طور کامل تغییر دهد، صرفنظر از ژنهای دیگر.
2. اپیستازی مغلوب (Recessive Epistasis):
• در این نوع، برای اینکه اثر یک ژن مهار شود، باید هر دو آلل آن ژن مغلوب باشند. به عبارت دیگر، فقط در صورت وجود دو آلل مغلوب در یک ژن، اثر آن ژن قابل مشاهده نیست.
• مثال: در برخی از حیوانات، وجود دو آلل مغلوب ممکن است باعث شود که رنگ خاصی از مو یا پوست ظاهر نشود.
3. اپیستازی مکمل (Complementary Epistasis):
• در این نوع، دو ژن مختلف باید هر دو فعال باشند تا یک صفت خاص بروز کند. اگر یکی از این دو ژن غیرفعال باشد، صفت مورد نظر بروز نخواهد کرد.
• مثال: در برخی از گیاهان، برای تولید یک رنگ خاص، هر دو ژن باید فعال باشند؛ در غیر این صورت، رنگ مورد نظر ایجاد نمیشود.
4. اپیستازی متقابل (Antagonistic Epistasis):
• در این نوع، یک ژن میتواند اثرات دیگری را کاهش دهد یا معکوس کند. این نوع اپیستازی معمولاً به صورت تعاملات پیچیدهای بین چندین ژن بروز میکند.
• مثال: در برخی از موجودات زنده، وجود یک ژن میتواند اثرات مثبت یک ژن دیگر را کاهش دهد.
5. اپیستازی چندگانه (Multiple Epistasis):
• در این نوع، چندین ژن به طور همزمان بر روی یک صفت تأثیر میگذارند و تعاملات پیچیدهای میان آنها وجود دارد.
• مثال: رنگ پوست در انسانها تحت تأثیر چندین ژن قرار دارد که هر کدام به تنهایی و به صورت ترکیبی بر روی رنگ نهایی تأثیر میگذارند.
در مجموع، اپیستازی میتواند نقش مهمی در تنوع و پیچیدگی صفات موجودات زنده ایفا کند و مطالعه آن میتواند به درک بهتر فرآیندهای وراثتی و بیولوژیکی کمک کند.
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/1037
یکی از مثالهای بارز اپیستازی، تأثیر رنگ پوست در برخی از حیوانات است. در این حالت، یک ژن میتواند رنگ پوست را تحت تأثیر قرار دهد، در حالی که ژن دیگری ممکن است بر توزیع یا شدت رنگ تأثیر بگذارد. بنابراین، حتی اگر یک ژن خاص برای تولید رنگ خاصی وجود داشته باشد، وجود یا عدم وجود ژنهای دیگر میتواند مانع از بروز آن رنگ شود یا آن را تغییر دهد. این نوع تعاملات میتوانند به طور قابل توجهی بر روی ویژگیهای ظاهری و عملکردی موجودات زنده تأثیر بگذارند.
اپیستازی همچنین میتواند در زمینههای تحقیقاتی و پزشکی اهمیت زیادی داشته باشد. درک این پدیده میتواند به دانشمندان کمک کند تا الگوهای وراثتی بیماریها را بهتر شناسایی کنند و در نتیجه درمانهای مؤثرتری ارائه دهند. به عنوان مثال، در برخی از بیماریها، ترکیب خاصی از ژنها ممکن است خطر ابتلا به بیماری را افزایش دهد، در حالی که وجود یک ژن دیگر میتواند این خطر را کاهش دهد. بنابراین، مطالعه اپیستازی میتواند به کشف راهکارهای جدید برای پیشگیری و درمان بیماریها کمک کند.
اپیستازی به چند نوع مختلف تقسیم میشود که هر یک ویژگیها و تأثیرات خاص خود را دارند. در زیر به برخی از انواع اصلی اپیستازی اشاره میکنم:
1. اپیستازی غالب (Dominant Epistasis):
• در این نوع، وجود یک آلل غالب در یک ژن میتواند اثرات ژن دیگر را کاملاً مهار کند. به عبارت دیگر، حتی اگر یک ژن دیگر دارای آللهای مختلف باشد، فقط وجود آلل غالب کافی است تا اثر آن ژن تحت تأثیر قرار گیرد.
• مثال: در گیاهان، وجود یک آلل غالب ممکن است رنگ گل را به طور کامل تغییر دهد، صرفنظر از ژنهای دیگر.
2. اپیستازی مغلوب (Recessive Epistasis):
• در این نوع، برای اینکه اثر یک ژن مهار شود، باید هر دو آلل آن ژن مغلوب باشند. به عبارت دیگر، فقط در صورت وجود دو آلل مغلوب در یک ژن، اثر آن ژن قابل مشاهده نیست.
• مثال: در برخی از حیوانات، وجود دو آلل مغلوب ممکن است باعث شود که رنگ خاصی از مو یا پوست ظاهر نشود.
3. اپیستازی مکمل (Complementary Epistasis):
• در این نوع، دو ژن مختلف باید هر دو فعال باشند تا یک صفت خاص بروز کند. اگر یکی از این دو ژن غیرفعال باشد، صفت مورد نظر بروز نخواهد کرد.
• مثال: در برخی از گیاهان، برای تولید یک رنگ خاص، هر دو ژن باید فعال باشند؛ در غیر این صورت، رنگ مورد نظر ایجاد نمیشود.
4. اپیستازی متقابل (Antagonistic Epistasis):
• در این نوع، یک ژن میتواند اثرات دیگری را کاهش دهد یا معکوس کند. این نوع اپیستازی معمولاً به صورت تعاملات پیچیدهای بین چندین ژن بروز میکند.
• مثال: در برخی از موجودات زنده، وجود یک ژن میتواند اثرات مثبت یک ژن دیگر را کاهش دهد.
5. اپیستازی چندگانه (Multiple Epistasis):
• در این نوع، چندین ژن به طور همزمان بر روی یک صفت تأثیر میگذارند و تعاملات پیچیدهای میان آنها وجود دارد.
• مثال: رنگ پوست در انسانها تحت تأثیر چندین ژن قرار دارد که هر کدام به تنهایی و به صورت ترکیبی بر روی رنگ نهایی تأثیر میگذارند.
در مجموع، اپیستازی میتواند نقش مهمی در تنوع و پیچیدگی صفات موجودات زنده ایفا کند و مطالعه آن میتواند به درک بهتر فرآیندهای وراثتی و بیولوژیکی کمک کند.
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/1037
👍5
Cultivating Success: Interview with Mark van Gerven, UC Davis Outstanding Student Award Winner
✅ Link
✅ Seed World Europe
-------------------------------
@IRBioinformatics
✅ Link
✅ Seed World Europe
-------------------------------
@IRBioinformatics
👍4
اگر میتونستم و اگر قدرت این رو داشتم که فقط یکچیز، تنها یکچیز رو از هستی و روزگار محو کنم، فقر بود.
❤6👌3🔥1
💭 هرچی بیشتر به زندگی آدمهای تاثیرگذار نگاه میکنم بیشتر متوجه میشم که اونها تو "نه گفتن" تمایل حیرتانگیزی دارن. نه گفتن به هرچیزی که اونها رو از اولویتهاشون دور میکنه. میخواد نه گفتن به وسوسه چک کردن گوشی حین درس خوندن باشه! میخواد نه گفتن به یه کنجکاوی بیجای خونه خراب کن…
📌 میخواد "نه گفتن" به آدمی باشه که میدونیم قراره وقت و انرژی و هزینهمون رو بگیره! و میخواد نه گفتن به یه لذتی باشه که میدونیم الان حال میده اما بعدا حتما حالمونرو میگیره!.
📍نه گفتن از تعهد میاد و اگر به چیزی متعهد نباشیم، هرچیزی میتونه حواس ما رو به خودش پرت کنه...
📌 میخواد "نه گفتن" به آدمی باشه که میدونیم قراره وقت و انرژی و هزینهمون رو بگیره! و میخواد نه گفتن به یه لذتی باشه که میدونیم الان حال میده اما بعدا حتما حالمونرو میگیره!.
📍نه گفتن از تعهد میاد و اگر به چیزی متعهد نباشیم، هرچیزی میتونه حواس ما رو به خودش پرت کنه...
👍7🔥2🐳2
📄 Deep learning methods for protein structure prediction
📘Journal: MedComm – Future Medicine
🗓Publish year: 2024
🧑💻Authors: Yiming Qin, Zihan Chen, Ye Peng, ...
🏢University: Macau University of Science and Technology, China
📎 Study the paper
📲Channel: @irBioinformatics
#review #deep_learning #protein
📘Journal: MedComm – Future Medicine
🗓Publish year: 2024
🧑💻Authors: Yiming Qin, Zihan Chen, Ye Peng, ...
🏢University: Macau University of Science and Technology, China
📎 Study the paper
📲Channel: @irBioinformatics
#review #deep_learning #protein
👍3
📃Diffusion Models in De Novo Drug Design
📔Journal: Journal of Chemical Information and Modeling (I.F.=5.6) - Q1
🗓Publish year: 2024
🧑💻Authors: Amira Alakhdar, Barnabas Poczos, Newell Washburn
🏢Universities: Carnegie Mellon University, USA
📎 Study the paper
📲Channel: @irBioinformatics
#review #drug #diffusion
📔Journal: Journal of Chemical Information and Modeling (I.F.=5.6) - Q1
🗓Publish year: 2024
🧑💻Authors: Amira Alakhdar, Barnabas Poczos, Newell Washburn
🏢Universities: Carnegie Mellon University, USA
📎 Study the paper
📲Channel: @irBioinformatics
#review #drug #diffusion
👍3
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
چه استعدادهایی در این مملکت در گمنامی خاموش می شوند 😢 ناز نفست ایشالا هرجا هستی در سلامتی و تندرستی باشی برادر عزیز
❤5👍1😭1
منظور از big data چیست و چه کاربردی دارد؟
@irbioinformatics
مفهوم "بیگ دیتا" (Big Data) در حوزه علوم زیستی به مجموعهای از دادههای بسیار بزرگ و پیچیده اشاره دارد که بهطور معمول از منابع مختلفی جمعآوری میشوند. این دادهها شامل اطلاعات ژنتیکی، دادههای بالینی، نتایج آزمایشها، تصاویر پزشکی و حتی دادههای مربوط به رفتارهای محیطی و اجتماعی هستند. با توجه به رشد سریع تکنولوژیهای جمعآوری داده، حجم این اطلاعات بهطور تصاعدی افزایش یافته و نیاز به ابزارهای تحلیلی پیشرفته را ایجاد کرده است.
استفاده از بیگ دیتا در علوم زیستی میتواند به درک بهتر بیماریها، شناسایی الگوهای جدید در سلامت و پیشگیری از بیماریها کمک کند. بهعنوان مثال، با تحلیل دادههای ژنتیکی و بالینی، محققان میتوانند ارتباطات بین ژنها و بیماریها را شناسایی کنند. همچنین، با استفاده از دادههای بزرگ، میتوان به شناسایی عوامل محیطی مؤثر بر سلامت انسان پرداخت و برنامههای پیشگیرانه موثرتری طراحی کرد.
چالشهای مرتبط با بیگ دیتا در علوم زیستی شامل مسائل مربوط به حریم خصوصی، امنیت دادهها و یکپارچگی اطلاعات است. همچنین، نیاز به مهارتهای تحلیلی و فنی برای پردازش و تفسیر این دادهها وجود دارد. پژوهشگران باید قادر باشند تا از ابزارهای پیشرفته مانند یادگیری ماشین و هوش مصنوعی برای استخراج اطلاعات مفید از این حجم وسیع داده استفاده کنند.
در نهایت، بیگ دیتا پتانسیل تغییرات بنیادی در تحقیقات زیستی و پزشکی را دارد. با استفاده از این دادهها، میتوان به توسعه درمانهای شخصیسازیشده، بهبود کیفیت مراقبتهای پزشکی و افزایش دقت تشخیص بیماریها دست یافت. این روند نهتنها به پیشرفت علم کمک میکند بلکه میتواند تأثیرات مثبت زیادی بر روی سلامت عمومی و کیفیت زندگی افراد داشته باشد.
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/1044
@irbioinformatics
مفهوم "بیگ دیتا" (Big Data) در حوزه علوم زیستی به مجموعهای از دادههای بسیار بزرگ و پیچیده اشاره دارد که بهطور معمول از منابع مختلفی جمعآوری میشوند. این دادهها شامل اطلاعات ژنتیکی، دادههای بالینی، نتایج آزمایشها، تصاویر پزشکی و حتی دادههای مربوط به رفتارهای محیطی و اجتماعی هستند. با توجه به رشد سریع تکنولوژیهای جمعآوری داده، حجم این اطلاعات بهطور تصاعدی افزایش یافته و نیاز به ابزارهای تحلیلی پیشرفته را ایجاد کرده است.
استفاده از بیگ دیتا در علوم زیستی میتواند به درک بهتر بیماریها، شناسایی الگوهای جدید در سلامت و پیشگیری از بیماریها کمک کند. بهعنوان مثال، با تحلیل دادههای ژنتیکی و بالینی، محققان میتوانند ارتباطات بین ژنها و بیماریها را شناسایی کنند. همچنین، با استفاده از دادههای بزرگ، میتوان به شناسایی عوامل محیطی مؤثر بر سلامت انسان پرداخت و برنامههای پیشگیرانه موثرتری طراحی کرد.
چالشهای مرتبط با بیگ دیتا در علوم زیستی شامل مسائل مربوط به حریم خصوصی، امنیت دادهها و یکپارچگی اطلاعات است. همچنین، نیاز به مهارتهای تحلیلی و فنی برای پردازش و تفسیر این دادهها وجود دارد. پژوهشگران باید قادر باشند تا از ابزارهای پیشرفته مانند یادگیری ماشین و هوش مصنوعی برای استخراج اطلاعات مفید از این حجم وسیع داده استفاده کنند.
در نهایت، بیگ دیتا پتانسیل تغییرات بنیادی در تحقیقات زیستی و پزشکی را دارد. با استفاده از این دادهها، میتوان به توسعه درمانهای شخصیسازیشده، بهبود کیفیت مراقبتهای پزشکی و افزایش دقت تشخیص بیماریها دست یافت. این روند نهتنها به پیشرفت علم کمک میکند بلکه میتواند تأثیرات مثبت زیادی بر روی سلامت عمومی و کیفیت زندگی افراد داشته باشد.
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/1044
👍3
آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی
چه استعدادهایی در این مملکت در گمنامی خاموش می شوند 😢 ناز نفست ایشالا هرجا هستی در سلامتی و تندرستی باشی برادر عزیز
Khofte Bidar [ GisoMusic.com ]
Salar Aghili [ GisoMusic.com ]
نرگس بیمار تو گشته پرستار من
تا چه کند این طبیب با دل بیمار من
تا چه کند این طبیب با دل بیمار من
نرگس بیمار تو گشته پرستار من
تا چه کند این طبیب با دل بیمار من
رسم تو عاشق کشی پیشهی من عاشقی
تیغ و زدن کار تو کشته شدن کار من
تا ز خط عنبرین حسن تو شد بیش تر
عاشق روی توام بیشتر از پیش تر
پرسش اگر میکنی عاشق درویش را
از همه عاشق ترم وز همه درویش تر
از عشق تو شیدا شدم شیدا شدم شیدا
از عشق تو رسوا شدم رسوا شدم رسوا
فروغی بسطامی
تا چه کند این طبیب با دل بیمار من
تا چه کند این طبیب با دل بیمار من
نرگس بیمار تو گشته پرستار من
تا چه کند این طبیب با دل بیمار من
رسم تو عاشق کشی پیشهی من عاشقی
تیغ و زدن کار تو کشته شدن کار من
تا ز خط عنبرین حسن تو شد بیش تر
عاشق روی توام بیشتر از پیش تر
پرسش اگر میکنی عاشق درویش را
از همه عاشق ترم وز همه درویش تر
از عشق تو شیدا شدم شیدا شدم شیدا
از عشق تو رسوا شدم رسوا شدم رسوا
فروغی بسطامی
👍4
فعالسازی رونویسی وابسته به پروتئین Rob
اختصاصی کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی
@irbioinformatics
فعالسازی رونویسی وابسته به پروتئین Rob به فرآیندی اشاره دارد که در آن پروتئین Rob (Right Origin Binding) بیان ژنهای خاصی را به ویژه در پاسخ به استرسهای محیطی یا تغییرات تنظیم میکند. Rob یکی از اعضای خانواده تنظیمکنندههای رونویسی AraC/XylS است و نقش کلیدی در پاسخهای استرسی باکتریها مانند استرس اکسیداتیو، مقاومت به آنتیبیوتیک و آسیبهای غشایی دارد. این پروتئین به نواحی پروموتر خاصی در ژنهای هدف متصل میشود و به تسهیل یا افزایش جذب RNA پلیمراز کمک میکند، که منجر به شروع رونویسی آن ژنها میشود.
@irbioinformatics
فعالسازی رونویسی وابسته به Rob به دلیل توانایی آن در تنظیم بیان ژن در پاسخ به سیگنالهای مختلف محیطی شناخته میشود. پروتئین Rob میتواند هم به عنوان سرکوبگر و هم به عنوان فعالکننده عمل کند، اما عملکرد فعالکننده آن در شرایط استرس بیشتر برجسته است. این پروتئین قادر است سیگنالهای متنوعی مانند حضور آنتیبیوتیکها، فلزات سنگین یا گونههای اکسیژن واکنشی را تشخیص دهد و سپس موجب افزایش بیان ژنهای مرتبط با مقاومت به استرس، پمپهای خروجی (efflux pumps) و دیگر مکانیزمهای محافظتی شود.
@irbioinformatics
یک نمونه مورد مطالعه از فعالسازی رونویسی وابسته به Rob نقش آن در تنظیم مجموعه ژنی mar (مقاومت به چندین آنتیبیوتیک) در اشریشیا کلی (Escherichia coli) است. در این سیستم، Rob بیان ژنهایی را فعال میکند که پمپهای خروجی و دیگر عواملی را که باکتری را در برابر ترکیبات مضر محافظت میکنند، رمزگذاری میکنند. این فعالسازی برای بقای باکتری تحت استرس آنتیبیوتیکی حیاتی است و نقش Rob در ترویج مقاومت چنددارویی را برجسته میکند.
اختصاصی کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی
@irbioinformatics
فعالسازی رونویسی وابسته به پروتئین Rob به فرآیندی اشاره دارد که در آن پروتئین Rob (Right Origin Binding) بیان ژنهای خاصی را به ویژه در پاسخ به استرسهای محیطی یا تغییرات تنظیم میکند. Rob یکی از اعضای خانواده تنظیمکنندههای رونویسی AraC/XylS است و نقش کلیدی در پاسخهای استرسی باکتریها مانند استرس اکسیداتیو، مقاومت به آنتیبیوتیک و آسیبهای غشایی دارد. این پروتئین به نواحی پروموتر خاصی در ژنهای هدف متصل میشود و به تسهیل یا افزایش جذب RNA پلیمراز کمک میکند، که منجر به شروع رونویسی آن ژنها میشود.
@irbioinformatics
فعالسازی رونویسی وابسته به Rob به دلیل توانایی آن در تنظیم بیان ژن در پاسخ به سیگنالهای مختلف محیطی شناخته میشود. پروتئین Rob میتواند هم به عنوان سرکوبگر و هم به عنوان فعالکننده عمل کند، اما عملکرد فعالکننده آن در شرایط استرس بیشتر برجسته است. این پروتئین قادر است سیگنالهای متنوعی مانند حضور آنتیبیوتیکها، فلزات سنگین یا گونههای اکسیژن واکنشی را تشخیص دهد و سپس موجب افزایش بیان ژنهای مرتبط با مقاومت به استرس، پمپهای خروجی (efflux pumps) و دیگر مکانیزمهای محافظتی شود.
@irbioinformatics
یک نمونه مورد مطالعه از فعالسازی رونویسی وابسته به Rob نقش آن در تنظیم مجموعه ژنی mar (مقاومت به چندین آنتیبیوتیک) در اشریشیا کلی (Escherichia coli) است. در این سیستم، Rob بیان ژنهایی را فعال میکند که پمپهای خروجی و دیگر عواملی را که باکتری را در برابر ترکیبات مضر محافظت میکنند، رمزگذاری میکنند. این فعالسازی برای بقای باکتری تحت استرس آنتیبیوتیکی حیاتی است و نقش Rob در ترویج مقاومت چنددارویی را برجسته میکند.
👍4
در اینجا میتوانید ساختار کریو-EM از کمپلکس فعالسازی رونویسی وابسته به Rob با DNA را مشاهده کنید (کد PDB: 7VWY). این ساختار کریو-الکترون میکروسکوپی (cryo-EM) نشاندهنده تعامل بین پروتئین Rob و DNA است که برای تنظیم بیان ژنها در پاسخ به استرسهای محیطی نقش حیاتی دارد. با استفاده از این ساختار، میتوان درک بهتری از نحوه اتصال Rob به نواحی پروموتر و تسهیل یا افزایش رونویسی توسط RNA پلیمراز به دست آورد.
اختصاصی کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی
@irbioinformatics
اختصاصی کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی
@irbioinformatics
👍4
برای آشنایی و مطالعه بیشتر در مورد مکانیسم مولکولی فعالیت پروتئین Rob در خصوص فعال سازی رونویسی می توانید این دو مقاله ارزشمند را مطالعه نمایید. با کلیک بر روی لینک های زیر فایل pdf مقالات مربوطه را دانلود کنید
1-Posttrannoscriptional Activation of the Trannoscriptional Activator Rob by Dipyridyl in Escherichia coli
@irbioinformatics
2-Structural basis of trannoscription activation by Rob, a pleiotropic AraC/XylS family regulator
1-Posttrannoscriptional Activation of the Trannoscriptional Activator Rob by Dipyridyl in Escherichia coli
@irbioinformatics
2-Structural basis of trannoscription activation by Rob, a pleiotropic AraC/XylS family regulator
👍3
#اخبار_بیوانفورماتیک
یکی از مهمترین اتفاقاتی که در طی دو ماه گذشته در حوزه بیوشیمی ساختاری و تعیین ساختار پروتئین ها اتفاق افتاده است تعیین ساختار صفحات بتا متصل شونده به فلزات می باشد که تحت عنوان metal binding B-sheets از آنها یاد می شود. این دامین ها در اکثر متالوپروتئین ها وجود دارند ولی با اینحال توپولوژی های ساختاری انها به ندرت مورد ارزیابی قرار گرفته است. تحقیقات نشان داده است این صفحات بتا متصل شونده به فلزات در پیشرفت بیماری الزایمر نقش دارند ...برای اولین بار ساختار سه بعدی این دامین ها دوماه پیش گزارش شده است و اکنون به عنوان تارگت جدیدی در مطالعات بالینی مربوط به الزایمر می توان از آنها استفاده کرد.
@irbioinformatics
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/1051
یکی از مهمترین اتفاقاتی که در طی دو ماه گذشته در حوزه بیوشیمی ساختاری و تعیین ساختار پروتئین ها اتفاق افتاده است تعیین ساختار صفحات بتا متصل شونده به فلزات می باشد که تحت عنوان metal binding B-sheets از آنها یاد می شود. این دامین ها در اکثر متالوپروتئین ها وجود دارند ولی با اینحال توپولوژی های ساختاری انها به ندرت مورد ارزیابی قرار گرفته است. تحقیقات نشان داده است این صفحات بتا متصل شونده به فلزات در پیشرفت بیماری الزایمر نقش دارند ...برای اولین بار ساختار سه بعدی این دامین ها دوماه پیش گزارش شده است و اکنون به عنوان تارگت جدیدی در مطالعات بالینی مربوط به الزایمر می توان از آنها استفاده کرد.
@irbioinformatics
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/1051
👍3