📃Diffusion Models in De Novo Drug Design

📔Journal: Journal of Chemical Information and Modeling (I.F.=5.6) - Q1
🗓Publish year: 2024

🧑‍💻Authors: Amira Alakhdar, Barnabas Poczos, Newell Washburn
🏢Universities: Carnegie Mellon University, USA

📎 Study the paper

📲Channel: @irBioinformatics
#review #drug #diffusion

چه استعدادهایی در این مملکت در گمنامی خاموش می شوند 😢 ناز نفست ایشالا هرجا هستی در سلامتی و تندرستی باشی برادر عزیز

منظور از big data چیست و چه کاربردی دارد؟
@irbioinformatics
مفهوم "بیگ دیتا" (Big Data) در حوزه علوم زیستی به مجموعه‌ای از داده‌های بسیار بزرگ و پیچیده اشاره دارد که به‌طور معمول از منابع مختلفی جمع‌آوری می‌شوند. این داده‌ها شامل اطلاعات ژنتیکی، داده‌های بالینی، نتایج آزمایش‌ها، تصاویر پزشکی و حتی داده‌های مربوط به رفتارهای محیطی و اجتماعی هستند. با توجه به رشد سریع تکنولوژی‌های جمع‌آوری داده، حجم این اطلاعات به‌طور تصاعدی افزایش یافته و نیاز به ابزارهای تحلیلی پیشرفته را ایجاد کرده است.

استفاده از بیگ دیتا در علوم زیستی می‌تواند به درک بهتر بیماری‌ها، شناسایی الگوهای جدید در سلامت و پیشگیری از بیماری‌ها کمک کند. به‌عنوان مثال، با تحلیل داده‌های ژنتیکی و بالینی، محققان می‌توانند ارتباطات بین ژن‌ها و بیماری‌ها را شناسایی کنند. همچنین، با استفاده از داده‌های بزرگ، می‌توان به شناسایی عوامل محیطی مؤثر بر سلامت انسان پرداخت و برنامه‌های پیشگیرانه موثرتری طراحی کرد.

چالش‌های مرتبط با بیگ دیتا در علوم زیستی شامل مسائل مربوط به حریم خصوصی، امنیت داده‌ها و یکپارچگی اطلاعات است. همچنین، نیاز به مهارت‌های تحلیلی و فنی برای پردازش و تفسیر این داده‌ها وجود دارد. پژوهشگران باید قادر باشند تا از ابزارهای پیشرفته مانند یادگیری ماشین و هوش مصنوعی برای استخراج اطلاعات مفید از این حجم وسیع داده استفاده کنند.

در نهایت، بیگ دیتا پتانسیل تغییرات بنیادی در تحقیقات زیستی و پزشکی را دارد. با استفاده از این داده‌ها، می‌توان به توسعه درمان‌های شخصی‌سازی‌شده، بهبود کیفیت مراقبت‌های پزشکی و افزایش دقت تشخیص بیماری‌ها دست یافت. این روند نه‌تنها به پیشرفت علم کمک می‌کند بلکه می‌تواند تأثیرات مثبت زیادی بر روی سلامت عمومی و کیفیت زندگی افراد داشته باشد.
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/1044

نرگس بیمار تو گشته پرستار من

تا چه کند این طبیب با دل بیمار من

تا چه کند این طبیب با دل بیمار من

نرگس بیمار تو گشته پرستار من

تا چه کند این طبیب با دل بیمار من

رسم تو عاشق کشی پیشه‌ی من عاشقی

تیغ و زدن کار تو کشته شدن کار من
تا ز خط عنبرین حسن تو شد بیش تر

عاشق روی توام بیشتر از پیش تر

پرسش اگر میکنی عاشق درویش را

از همه عاشق ترم وز همه درویش تر

از عشق تو شیدا شدم شیدا شدم شیدا

از عشق تو رسوا شدم رسوا شدم رسوا
فروغی بسطامی

فعال‌سازی رونویسی وابسته به پروتئین Rob

اختصاصی کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی
@irbioinformatics
فعال‌سازی رونویسی وابسته به پروتئین Rob به فرآیندی اشاره دارد که در آن پروتئین Rob (Right Origin Binding) بیان ژن‌های خاصی را به ویژه در پاسخ به استرس‌های محیطی یا تغییرات تنظیم می‌کند. Rob یکی از اعضای خانواده تنظیم‌کننده‌های رونویسی AraC/XylS است و نقش کلیدی در پاسخ‌های استرسی باکتری‌ها مانند استرس اکسیداتیو، مقاومت به آنتی‌بیوتیک و آسیب‌های غشایی دارد. این پروتئین به نواحی پروموتر خاصی در ژن‌های هدف متصل می‌شود و به تسهیل یا افزایش جذب RNA پلی‌مراز کمک می‌کند، که منجر به شروع رونویسی آن ژن‌ها می‌شود.
@irbioinformatics
فعال‌سازی رونویسی وابسته به Rob به دلیل توانایی آن در تنظیم بیان ژن در پاسخ به سیگنال‌های مختلف محیطی شناخته می‌شود. پروتئین Rob می‌تواند هم به عنوان سرکوبگر و هم به عنوان فعال‌کننده عمل کند، اما عملکرد فعال‌کننده آن در شرایط استرس بیشتر برجسته است. این پروتئین قادر است سیگنال‌های متنوعی مانند حضور آنتی‌بیوتیک‌ها، فلزات سنگین یا گونه‌های اکسیژن واکنشی را تشخیص دهد و سپس موجب افزایش بیان ژن‌های مرتبط با مقاومت به استرس، پمپ‌های خروجی (efflux pumps) و دیگر مکانیزم‌های محافظتی شود.
@irbioinformatics
یک نمونه مورد مطالعه از فعال‌سازی رونویسی وابسته به Rob نقش آن در تنظیم مجموعه ژنی mar (مقاومت به چندین آنتی‌بیوتیک) در اشریشیا کلی (Escherichia coli) است. در این سیستم، Rob بیان ژن‌هایی را فعال می‌کند که پمپ‌های خروجی و دیگر عواملی را که باکتری را در برابر ترکیبات مضر محافظت می‌کنند، رمزگذاری می‌کنند. این فعال‌سازی برای بقای باکتری تحت استرس آنتی‌بیوتیکی حیاتی است و نقش Rob در ترویج مقاومت چنددارویی را برجسته می‌کند.

برای آشنایی و مطالعه بیشتر در مورد مکانیسم مولکولی فعالیت پروتئین Rob در خصوص فعال سازی رونویسی می توانید این دو مقاله ارزشمند را مطالعه نمایید. با کلیک بر روی لینک های زیر فایل pdf مقالات مربوطه را دانلود کنید

1-Posttrannoscriptional Activation of the Trannoscriptional Activator Rob by Dipyridyl in Escherichia coli

@irbioinformatics

2-Structural basis of trannoscription activation by Rob, a pleiotropic AraC/XylS family regulator

Crystallography Reveals Metal-Triggered Restructuring of β-Hairpins
@irbioinformatics
Metal binding to β-sheets occurs in many metalloproteins and is also implicated in the pathology of Alzheimer's disease. De novo designed metallo-β-sheets have been pursued as models and mimics of these proteins. However, no crystal structures of canonical β-sheet metallopeptides have yet been obtained, in stark contrast to many examples for ɑ-helical metallopeptides, leading to a poor understanding for their chemistry. To address this, we have engineered tryptophan zippers, stable 12-residue β-sheet peptides, to bind Cu(II) ions and obtained crystal structures through single crystal X-ray diffraction (SC-XRD). We find that metal binding triggers several unexpected supramolecular assemblies that demonstrate the range of higher-order structures available to metallo-β-sheets. Overall, these findings underscore the importance of crystallography in elucidating the rich structural landscape of metallo-β-sheet peptides.

ساختار سه بعدی metal binding B-sheets
@irbioinformatics

#اخبار_بیوانفورماتیک
گروهی از محققان ایرانی به سرپرستی دکتر بابک خرسند موفق شدند جامع ترین دیتابیس پپتیدهای مرتبط با سرطان با ابزارهای جستجوی پیشرفته پپتیدهای موردنظر را توسعه دهند. در این دیتابیس که توسط این گروه از محققان برجسته ایرانی ارائه شده است هم چنین هزاران فیچر پروتئینی را برای استفاده در مطالعات ماشین لرنینگ مورد استفاده قرار می گیرد ایندکس شده است. نکته جالب توجه در رابطه با این دیتابیس این است که این محققان برای سهولت مطالعات بعدی فایل های pdb پپتیدهای ارزیابی شده در پژوهش خود را نیز در دسترس عموم قرار داده اند تا محققان در مطالعات بعدی از این ساختارهای بهینه شده برای توسعه پپتیدهای ضدسرطان جدیدتری بهره ببرند. تیم ادمین کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی از تلاش های ارزنده اقای دکتر خرسند و تیم ایشان کمال تشکر و قدردانی را به عمل می آورد و امید است شاهد موفقیت این دانشمندان جوان در آینده ای نزدیک باشیم.
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/1056

🔴اولین دوره آنالیز و تفسیر داده های آماری در کشاورزی
(با استفاده از نرم افزارهای SAS,  SPSS,  R)

✅زمان برگزاری:
پس از تکمیل ظرفیت (آبان ماه ۱۴۰۳)

✅اعطای گواهینامه دو زبانه معتبر از سوی دانشکده کشاورزی دانشگاه تهران

✅ویژگی دوره:
➖ضبط محتوا و انتشار فایل های آموزشی
➖ایجاد گروه آموزشی تلگرامی با حضور مدرسان دوره و رفع اشکال
➖پروژه محور
➖تخفیفات دانشجویی و گروهی

--------------------------------------

آکادمی مهارت دانشکده کشاورزی دانشگاه تهران

تلگرام | اینستاگرام | وب سایت

«قلبت هر شکلی باشد،
دنیا آن‌گونه به چشمت می‌آید.»

#اخبار_بیوتکنولوژی
در یک مطالعه جدید که اخیرا چاپ شده است یافته های مهمی در مورد متاستاز سرطان سینه ارائه شده است . این مطالعه نشان می‌دهد که رگ‌های خونی درون تومورها مولکولی ترشح می‌کنند که اعصاب حسی را به تومورها نزدیک‌تر می‌کند. این نزدیکی باعث فعال شدن ژن‌هایی در سلول‌های سرطانی می‌شود که فرآیند متاستاز را تحریک می‌کنند
این مطالعه نشان می دهد که که چگونه سلول‌های تومورهای سینه (1) اعصاب نزدیک را جذب می‌کنند تا (2) وارد تومورها شوند و (3) به گسترش سرطان به سایر بخش‌های بدن کمک کنند.
@irbioinformatics

معرفی مقاله
در مقاله پیوست که به عنوان
Machine learning methods to study disordered proteins
به صورت انلاین در دسترس قرار گرفته است نویسنده تلاش می کند تا با بهره گیری از روش‌های یادگیری ماشین الگویی مناسب برای بحث disordered proteins ارائه دهد، این نویسنده با تمرکز بر پیوند دادن توالی‌ها به مجموعه‌ها (از طریق شبیه‌سازی یا مدل‌های تولیدی؛ یا با استفاده از طراحی های مبتنی بر یادگیری ماشین)، ویژگی‌های زیست‌فیزیکی و عملکردهای بیولوژیکی پروتئین های disorder شده را مجددا بازیابی کند.
@irbioinformatics