برای آشنایی و مطالعه بیشتر در مورد مکانیسم مولکولی فعالیت پروتئین Rob در خصوص فعال سازی رونویسی می توانید این دو مقاله ارزشمند را مطالعه نمایید. با کلیک بر روی لینک های زیر فایل pdf مقالات مربوطه را دانلود کنید

1-Posttrannoscriptional Activation of the Trannoscriptional Activator Rob by Dipyridyl in Escherichia coli

@irbioinformatics

2-Structural basis of trannoscription activation by Rob, a pleiotropic AraC/XylS family regulator

Crystallography Reveals Metal-Triggered Restructuring of β-Hairpins
@irbioinformatics
Metal binding to β-sheets occurs in many metalloproteins and is also implicated in the pathology of Alzheimer's disease. De novo designed metallo-β-sheets have been pursued as models and mimics of these proteins. However, no crystal structures of canonical β-sheet metallopeptides have yet been obtained, in stark contrast to many examples for ɑ-helical metallopeptides, leading to a poor understanding for their chemistry. To address this, we have engineered tryptophan zippers, stable 12-residue β-sheet peptides, to bind Cu(II) ions and obtained crystal structures through single crystal X-ray diffraction (SC-XRD). We find that metal binding triggers several unexpected supramolecular assemblies that demonstrate the range of higher-order structures available to metallo-β-sheets. Overall, these findings underscore the importance of crystallography in elucidating the rich structural landscape of metallo-β-sheet peptides.

ساختار سه بعدی metal binding B-sheets
@irbioinformatics

#اخبار_بیوانفورماتیک
گروهی از محققان ایرانی به سرپرستی دکتر بابک خرسند موفق شدند جامع ترین دیتابیس پپتیدهای مرتبط با سرطان با ابزارهای جستجوی پیشرفته پپتیدهای موردنظر را توسعه دهند. در این دیتابیس که توسط این گروه از محققان برجسته ایرانی ارائه شده است هم چنین هزاران فیچر پروتئینی را برای استفاده در مطالعات ماشین لرنینگ مورد استفاده قرار می گیرد ایندکس شده است. نکته جالب توجه در رابطه با این دیتابیس این است که این محققان برای سهولت مطالعات بعدی فایل های pdb پپتیدهای ارزیابی شده در پژوهش خود را نیز در دسترس عموم قرار داده اند تا محققان در مطالعات بعدی از این ساختارهای بهینه شده برای توسعه پپتیدهای ضدسرطان جدیدتری بهره ببرند. تیم ادمین کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی از تلاش های ارزنده اقای دکتر خرسند و تیم ایشان کمال تشکر و قدردانی را به عمل می آورد و امید است شاهد موفقیت این دانشمندان جوان در آینده ای نزدیک باشیم.
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/1056

🔴اولین دوره آنالیز و تفسیر داده های آماری در کشاورزی
(با استفاده از نرم افزارهای SAS,  SPSS,  R)

✅زمان برگزاری:
پس از تکمیل ظرفیت (آبان ماه ۱۴۰۳)

✅اعطای گواهینامه دو زبانه معتبر از سوی دانشکده کشاورزی دانشگاه تهران

✅ویژگی دوره:
➖ضبط محتوا و انتشار فایل های آموزشی
➖ایجاد گروه آموزشی تلگرامی با حضور مدرسان دوره و رفع اشکال
➖پروژه محور
➖تخفیفات دانشجویی و گروهی

--------------------------------------

آکادمی مهارت دانشکده کشاورزی دانشگاه تهران

تلگرام | اینستاگرام | وب سایت

«قلبت هر شکلی باشد،
دنیا آن‌گونه به چشمت می‌آید.»

#اخبار_بیوتکنولوژی
در یک مطالعه جدید که اخیرا چاپ شده است یافته های مهمی در مورد متاستاز سرطان سینه ارائه شده است . این مطالعه نشان می‌دهد که رگ‌های خونی درون تومورها مولکولی ترشح می‌کنند که اعصاب حسی را به تومورها نزدیک‌تر می‌کند. این نزدیکی باعث فعال شدن ژن‌هایی در سلول‌های سرطانی می‌شود که فرآیند متاستاز را تحریک می‌کنند
این مطالعه نشان می دهد که که چگونه سلول‌های تومورهای سینه (1) اعصاب نزدیک را جذب می‌کنند تا (2) وارد تومورها شوند و (3) به گسترش سرطان به سایر بخش‌های بدن کمک کنند.
@irbioinformatics

معرفی مقاله
در مقاله پیوست که به عنوان
Machine learning methods to study disordered proteins
به صورت انلاین در دسترس قرار گرفته است نویسنده تلاش می کند تا با بهره گیری از روش‌های یادگیری ماشین الگویی مناسب برای بحث disordered proteins ارائه دهد، این نویسنده با تمرکز بر پیوند دادن توالی‌ها به مجموعه‌ها (از طریق شبیه‌سازی یا مدل‌های تولیدی؛ یا با استفاده از طراحی های مبتنی بر یادگیری ماشین)، ویژگی‌های زیست‌فیزیکی و عملکردهای بیولوژیکی پروتئین های disorder شده را مجددا بازیابی کند.
@irbioinformatics

نکات زیست‌شناسی مولکولی
چندشکلی طول قطعات محدودکننده (RFLP)
@irbioinformatics

نکات زیست‌شناسی مولکولی
چندشکلی طول قطعات محدودکننده (RFLP)

تکنیک RFLP تکنیکی است که تفاوت‌های طول قطعات محدودکننده را در الکتروفورز ژل نشان می‌دهد. این روش اغلب برای نمایش تغییرات خاص در توالی DNA دو رشته‌ای به کار می‌رود. این تکنیک بر اساس ویژگی‌های خاص اندونوکلئازهای محدودکننده و وجود محل‌های محدودکننده است و DNA را در آن نقاط برش می‌دهد.

الگوی خاصی از RFLP هنگام جداسازی الکتروفورزی DNA هضم‌شده پدیدار می‌شود که طول‌های مختلفی از قطعات برش‌خورده ایجاد می‌کند.
تکنیک RFLP می‌تواند بین ارگانیسم‌ها یا گونه‌ها تفاوت قائل شود بر اساس هرگونه جهشی که منجر به تغییر یک محل محدودکننده شده و به تبع آن، تغییر در الگوی قطعات به دست‌آمده رخ می‌دهد. RFLP پیش‌تر به طور گسترده در تعیین نوع ژنتیکی، انگشت‌نگاری DNA، نقشه‌برداری ژنی و تشخیص اختلالات ژنتیکی استفاده می‌شد.

مراحل آنالیز RFLP
اولین مرحله استخراج DNA از نمونه است.
سپس DNA خالص‌شده با آنزیم‌های محدودکننده به قطعات تقسیم می‌شود. تعداد برش‌هایی که ایجاد می‌شود برای هر فرد منحصر به فرد است.

قطعات محدودکننده بار منفی دارند و با استفاده از الکتروفورز ژل، بر اساس اندازه‌شان جدا می‌شوند.
نمونه‌های DNA که با آنزیم‌های محدودکننده درمان شده‌اند در ردیف‌های جداگانه‌ای روی ژل الکتروفورزی قرار می‌گیرند که یک میدان الکتریکی از آن عبور داده می‌شود. قطعات به سمت الکترود مثبت مهاجرت می‌کنند، قطعات کوچک‌تر سریع‌تر از قطعات بزرگ‌تر حرکت می‌کنند و به این ترتیب DNA به باندهای مجزا تفکیک می‌شود.

کاربردهای RFLP
آنالیز تغییرات RFLP در ژنوم‌ها ابزاری مهم در نقشه‌برداری ژنوم و تحلیل بیماری‌های ژنتیکی بوده است. آنالیز RFLP همچنین مبنای روش‌های اولیه انگشت‌نگاری ژنتیکی بوده است که در شناسایی نمونه‌های به دست آمده از صحنه‌های جرم، تعیین والدیت، و شناسایی تنوع ژنتیکی یا الگوهای پرورشی در جمعیت‌های حیوانی مفید بوده است.

کاربردهای دیگر RFLP شامل موارد زیر است:

برای تعیین وضعیت بیماری‌های ژنتیکی مانند فیبروز کیستیک در یک فرد.
برای تعیین یا تأیید منبع یک نمونه DNA، مانند آزمایش‌های والدیت یا تحقیقات جنایی.
در نقشه‌برداری ژنتیکی برای تعیین نرخ بازآرایی که فاصله ژنتیکی بین لوکوس‌ها را نشان می‌دهد.
برای شناسایی حامل جهش بیماری‌زا در یک خانواده.
معایب RFLP
از زمان اختراع آن، RFLP به عنوان یکی از تکنیک‌های پرکاربرد تحلیل ژنوم در علم پزشکی قانونی، پزشکی و مطالعات ژنتیکی استفاده شده است.
با این حال، با ظهور تکنولوژی‌های نسبتاً ساده‌تر و ارزان‌تر نمایه‌سازی DNA مانند (PCR)، RFLP تقریباً منسوخ شده است.
علاوه بر این، RFLP نیاز به نمونه DNA بزرگ دارد که جداسازی آن می‌تواند فرآیندی پرزحمت و زمان‌بر باشد.
علاوه بر آن، شناسایی پلی‌مورفیسم‌های تک‌نوکلئوتیدی در پروژه ژنوم انسان تقریباً نیاز به RFLP در تحلیل وضعیت بیماری را از بین برده است.
@irbioinformatics

این مقاله که با عنوان
Unlocking the future of osteoarthritis: Material engineering and drug delivery confluence for advanced therapeutic approaches
در ژورنال Journal of Drug Delivery Science and Technology به چاپ رسیده است یکی از مقالات جالب در خصوص اینده درمانی بیماری ارتروز و همچنین مروری بر درمان های حاضر و روش های نوین برای مقابله با این بیماری است. مقاله به صورت open access هستش و میتونین با کلیک بر روی لینک بالا اون رو به راحتی دانلود کنید.

برخلاف استراتژی معمول تخریب پروتئین هدفمند (TPD: Targeted protein degradation )، که با اجبار به پیوند پروتئین هدف (TP: target protein) با لیگاز E3 اوبیکوئیتین (Ub) عمل می‌کند و منجر به پلی‌اوبیکوئیتین‌دار شدن TP و در نهایت تخریب آن توسط پروتئازوم می‌شود، یک مطالعه جدید به بررسی تخریب‌کننده‌های مستقیم به پروتئازوم (DPD: Direct-to-proteasome degraders) به عنوان یک استراتژی جایگزین پرداخته است که نیاز به پلی‌اوبیکوئیتین‌دار شدن را با پیوند مستقیم پروتئین هدف به پروتئازوم دور می‌زند. برای مطالعه بر روی لینک زیر کلیک کنید
@irbioinformatics