پارامتر PAE یا Predicted aligned error در نرم افزار آلفافولد2
تهیه و تدوین: ح. رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
@irbioinformatics
خطای هم‌ترازی پیش‌بینی‌شده (PAE) معیاری از میزان اطمینان AlphaFold2 در موقعیت نسبی دو رزیدیو در ساختار پیش‌بینی‌شده برای توالی اعمال شده به نرم افزار است. PAE به‌عنوان خطای موقعیتی مورد انتظار در رزیدیوی آمینواسیدی X، که بر حسب آنگستروم (Å) اندازه‌گیری می‌شود، تعریف شده است، اگر ساختارهای پیش‌بینی‌شده و واقعی بر روی رزیدیوی آمینواسیدی Y هم‌تراز شوند.
@irbioinformatics

بنابراین، پارامتر PAE عملاً معیاری از میزان اطمینان AlphaFold2 از قرارگیری مناسب دامین ها و دقت موقعیت نسبی دامین ها در ساختار پیش‌بینی‌شده است.
یک امتیاز PAE پایین بین دو رزیدیو از دو دامین مختلف به معنای خطای پیش‌بینی‌شده کم است. این به نوبه خود به این معناست که AlphaFold2 به موقعیت این رزیدیوها اطمینان دارد. برعکس، امتیاز PAE بالا به این معناست که AlphaFold2 به موقعیت نسبی آن‌ها اطمینان ندارد.
نادیده گرفتن امتیاز PAE می‌تواند به تفسیر نادرست موقعیت نسبی دامین ها منجر شود. یک نمونه از این مورد، پروتئین checkpoint protein 1 حدواسط اسیب DNA (شناسه AlphaFold: AF-Q14676-F1) است. دو دامین آن به نظر می‌رسد که در فضای سه‌بعدی به هم نزدیک هستند، اما PAE نشان می‌دهد که موقعیت این دامین ها در ساختار پروتئین اساساً تصادفی است.
نمودار PAE همیشه یک خط قطری سبز تیره دارد که از بالا-چپ به پایین-راست کشیده شده است. این خط نمایانگر رزیدیوهایی است که در مقابل خود هم‌تراز شده‌اند، جایی که اطمینان به‌طور تعریف‌شده همیشه بالا است، بنابراین اطلاعات مفیدی ارائه نمی‌دهد و می‌توان آن را نادیده گرفت. اطلاعات مربوط به صحت ساختار پروتئین، از نظر جهت‌گیری‌های نسبی، در نواحی دور از خط قطری موجود در پلات قرار دارد.

پارامتر PAE می‌تواند به‌صورت یک نمودار PAE قابل‌تفسیر به تصویر کشیده شود. هر ساختار پروتئینی پیش‌بینی‌شده در پایگاه داده ساختار پروتئینی AlphaFold (AFDB) همراه با یک نمودار PAE است. این نمودار یک گراف دو بعدی است که رزیدیوهای پروتئینی در امتداد محورهای آن قرار دارند. در هر مربع، سایه سبز نشان‌دهنده خطای فاصله مورد انتظار به آنگستروم (Å) برای یک جفت رزیدیو است. یک مربع سبز تیره نشان‌دهنده پیش‌بینی خوب (خطای کم) است، در حالی که یک مربع سبز روشن در این گراف نشان‌دهنده پیش‌بینی ضعیف (خطای بالا) است.
@irbioinformatics

این متن دیدم خیلی قشنگ بود: مضمون کلیش اینه: به عنوان یک دانشجوی دکترا، خودتان را بپذیرید. از افراد معمولی مشاوره نگیرید. نسبت به انجام کار خوب و کمک به بشریت وسواس داشته باشید. همواره کنجکاو باشید. به شدت یاد بگیرید. این‌ها ویژگی‌های مثبت هستند.
@irbioinformatics

گفتم بذار جای تاکسی پیاده برم، هم ارزون‌تره هم سالم‌تر؛ تو راه بستنی، شیرکاکائو کیک و بادو‌م‌زمینی خوردم، نه ارزون شد نه سالم!

😂

🔴اولین دوره آنالیز و تفسیر داده های آماری در کشاورزی
(با استفاده از نرم افزارهای SAS,  SPSS,  R)

✅زمان برگزاری:
پس از تکمیل ظرفیت (آبان ماه ۱۴۰۳)

✅اعطای گواهینامه دو زبانه معتبر از سوی دانشکده کشاورزی دانشگاه تهران

✅ویژگی دوره:
➖ضبط محتوا و انتشار فایل های آموزشی
➖ایجاد گروه آموزشی تلگرامی با حضور مدرسان دوره و رفع اشکال
➖پروژه محور
➖تخفیفات دانشجویی و گروهی

--------------------------------------

آکادمی مهارت دانشکده کشاورزی دانشگاه تهران

تلگرام | اینستاگرام | وب سایت

🧬PCR, Methods and Protocols 2023


@irbioinformatics

🎵ای دریغ

🎙#معین


با همه دریا دلی دل را به دریاها زدم
پشت پا بر اصل بی‌بنیاد این دنیا زدم

با هزاران آرزو با صدهزار شوق و امید
از پس دیروز و امروز ناگهان فردا رسید

ای دریغ از عمر رفته ، ای دریغ
قصهٔ ابریشم و بیداد تیغ

هوش مصنوعی انقدر قوی شده که کم‌کم دیگه نیاز سخت افزاری برای انجام MD به حداقل میرسونه
این مقاله رو بخونین و این ابزار جدید شبیه سازی دینامیک مولکولی چک‌کنین تا به قدرت هوش مصنوعی در پردازش اطلاعات زیستی پی ببرین
https://www.nature.com/articles/s41586-024-08127-z

بخاطر اورید اولین زنی که جایزه نوبل دریافت کرد، اولین فردی که دو جایزه نوبل گرفت و هنوز تنها فردی است که در دو دسته علمی مختلف دو جایزه نوبل دریافت کرده است: ماری اسکودوفسکا کوری.

این صفحه مخصوص بیماران در مجله JAMA به انواع خارش مزمن، علائم و نشانه‌های آن و راهبردهای درمانی می‌پردازد.

«عجله کن کارتو تموم کن که من هم بتونم به کارم برسم.»

گفته می‌شود ماری اسکودوفسکا کوری این جمله را هنگام این جلسه عکاسی در آزمایشگاهش به عکاس گفته است. این عکس در اوایل قرن بیستم گرفته شده است.

تلاش خستگی‌ناپذیر کوری برای تحقیق، با نگاهی به دستاوردهای علمی‌اش کاملاً آشکار می‌شود. او بی‌وقفه و با وجود کار فیزیکی سخت و در نهایت مرگبار، عناصر پلونیوم و رادیوم را کشف کرد، استفاده از تابش در پزشکی را ترویج داد و درک ما از رادیواکتیویته را به‌طور بنیادین تغییر داد. برای فداکاری علمی و پیشرفت‌های چشمگیرش، او جایزه نوبل فیزیک در سال ۱۹۰۳ و جایزه نوبل شیمی در سال ۱۹۱۱ را دریافت کرد. او دانشمندی پیشگام بود.

با برندگان نوبل در حوزه پروتئین چقدر آشنایی دارین؟ در این فایل ارزشمند لیست تمام محققانی که در حوزه پروتئین موفق به دریافت جایزه نوبل شده اند گنجانده شده است.

لیست تمام برندگان نوبل در حوزه پروتئین