در صورتی که در نصب ابزار motiffinder با مشکل مواجه شدید می توانید از طریق فایل سورس ابزار را نصب کنید. کافی است در یک مسیر دلخواه این فایل را کپی کنید و سپس ادرس فایل سورس unzip شده را به نرم افزار R داده و به صورت دستی آن را نصب کنید
🆔🧬 @IRBioinformatics

☄خبر_جدید
یه خبر خوب هم برای بچه های رشته خاک شناسی و بیوتکنولوژی خاک داریم. به زودی آموزشای اختصاصی این رشته که با رویه محاسباتی و یادگیری ماشین هستش همراه با معرفی ابزارها و الگوریتم های مورد استفاده و همچنین تسهیل آنالیز داده های ماهواره ای و متامیکروارگانیسم ها در کانال قرار میدیم تا بتونیم به این عزیزان هم به صورت کلی در پلن جاری کانال کمکی کرده باشیم
🆔🧬 @IRBioinformatics

معرفی نرم افزار Graphpad Prism
GraphPad Prism نرم افزاری قدرتمند که می توان از آن در مسائل اساسی آماری، نمودارهای مناسب و گراف های علمی استفاده نمود. Prism همه ی آن چه که شما از یک برنامه ی گرافیکی علمی حرفه ای انتظار دارید، در اختیار شما قرار می دهد، اما چیزی که باعث منحصر به فرد بودن این نرم افزار می شود فقط کاری که انجام می دهد نیست، بلکه نحوه ی انجام این کار سبب خاص بودن این نرم افزار شده است. این محصول نه تنها برای آمارگران بلکه برای تمام دانشمندان اهل عمل طراحی شده است.
🆔🧬 @IRBioinformatics

آموزش نصب و فعال سازی نرم افزار ورژن 10
دسترسی به اینترنت را قطع کنید.
نرم افزار را نصب کنید و بعد از نصب از نرم افزار خارج شوید.
فایل موجود در پوشه Crack را در مسیری که نرم افزار نصب شده است کپی کنید و جایگزین فایل قبلی کنید.
به روی فایل Block Host.cmd کلیک راست کنید و گزینه Run as administrator را بزنید
فایل keygen را اجرا کنید و روی دکمه Generate کلیک کنید و سریال ساخته شده را کپی کنید.
نرم افزار را اجرا کنید.
در پنجره فعال سازی گزینه Serial Number را انتخاب کنید و سریال بالا را در مراحل نصب وارد کنید و Next بزنید.
در مرحله بعد اعداد روبروی Machine ID را داخل keygen و در قسمت Machine ID تایپ کنید ( با حروف بزرگ ) و دکمه Activate را بزنید.
در پنجره فعال سازی روی دکمه Enter Activation Code کلیک کنید و Activation Code که داخل keygen ساخته شده را در این قسمت وارد کنید و تیک گزینه I Agree را بزنید و روی دکمه Start Using Prism کلیک کنید.
در پنجره ای که از شما اطلاعات نام و ایمیل روی دکمه Quit کلیک کنید.
نرم افزار را اجرا کنید.
🆔🧬 @IRBioinformatics

نرم افزار Gaussian نرم افزاری برای متخصصین شیمی محاسباتی است. اولین نسخه این برنامه سال 1970 عرضه شد ولی به مرور زمان به یکی از برنامه های مشهور در زمینه شیمی محاسباتی مبدل گشت. این برنامه توسط پروفسور John Pople و تیم تحقیقاتی اش در دانشگاه ملون ساخته شد. پروفسور Pople و شاگردانش با استفاده از توانایی های این نرم افزار تحقیقات خوبی در شیمی کوانتومی و سایر شاخه ها انجام دادند که نشان دهنده کاربرد عملی این محصول است. Gaussian توانایی های زیادی در Modeling ساختار های الکترونیکی دارد، نسخه ویندوزی این نرم افزار دارای پسوند w است (مانند 09w) و همچنین برای کامپیوترهای مک مبتنی بر power pc نرم افزار پسوند m خواهد داشت . یک نسخه 32 بیتی تک سی پی یو نیز به عنوان نسخه لایت در اختیار محققین است که دارای پسوند IM است مثلا 09IM. نسخه ویندوزی Gaussian امکان اجرا به صورت تک پردازنده ای و یا چند پردازنده ای را داراست.
🆔🧬 @IRBioinformatics

آموزش فعال سازی نرم افزار نسخه 09 گوسین
فایل را از حالت فشرده خارج کنید.
نرم افزار را نصب و اجرا کنید.
با استفاده از سریال نرم افزار را رجیستر کنید.

نحوه نصب گوسین 016 نسخه لینوکس
برای نصب فایل گوسین مراحل زیر را در لینوکس به ترتیب انجام دهید. بهتر است این نرم افزار را بر روی سیستم عامل اوبنتو یا سنتوس نصب کنید.

#Create a working folder
$ mkdir -p $ HOME / opt / gaussian / scr
#export path
$ export g16root = $ HOME / opt / Gaussian
#unzip the downloaded file and follow the
$ tar xvjf G16-A03-AVX2.tbz -C $ g16root
$ export GAUSS_EXEDIR = $ g16root / g16
$ export GAUSS_SCRDIR = $ g16root / scr
$ chmod -R $ 700 GAUSS_EXEDIR
$ cd $ GAUSS_EXEDIR
$ ./bsd/install
# Run the calculation :
$ GAUSS_EXEDIR / g16 example.inp

پس از انجام موارد بالا، اکنون می توانید گوسین را بر روی سیستم عامل خود نصب و اجرا کنید. برای انجام ران های پیچیده و چند مرحله ای حتی المقدور از پردازنده های قوی استفاده کنید و از لپتاپ برای گرفتن خروجی استفاده نکنید.
🆔🧬 @IRBioinformatics

آخرین بیلد نرم افزار GraphPad Prism برای Mac
GraphPad Prism 9.5.1 macOS
🆔🧬 @IRBioinformatics

GraphPad Prism 9.5.1 macOS
🆔🧬 @IRBioinformatics

معرفی نرم افزار CPU-Z
اگر هنگام نصب برنامه های ویندوز از مشخصات سخت افزاری سیستم عامل خود اطلاعی ندارید و نمی دانید لپتاپ یا کامپیوتر شما دارای چه کانفیگ سخت افزاری است می توانید از نرم افزار CPU-z که یک ابزار رایگان است برای مشاهده مشخصات CPU، کارت گرافیک، MOBO، و سایر مواردی که مربوط به زیر ساخت سخت افزاری شما است استفاده کنید. دقت داشته باشید که یه بیوتکنولوژیست، بیولوژیست و بیوانفورماتیست خوب همیشه علاوه بر اطلاعات نرم افزاری بایستی اطلاعات سخت افزاری فوق العاده بالایی برای چینش کانفیگ های محاسباتی داشته باشد.
🆔🧬 @IRBioinformatics

نسخه نهایی نرم افزار CPU-z برای مشاهده زیرساخت های سخت افزاری کامپیوتر و لپتاپ
🆔🧬 @IRBioinformatics

معرفی ابزارIntel® Processor Diagnostic Tool
اگر پردازنده مرکزی سیستم عامل شما از سری پردازنده های اینتل است، حتما نیاز است هرزگاهی بعد از هر کار محاسباتی سلامتی پردازنده ها و تعامل آنها با سایر بخش های سخت افزاری و نرم افزاری سیستم خود را چک کنید. برای اینکار شرکت اینتل یک ابزار خیلی خوب توسعه داده است که هم رایگان است و هم اینکه می تواند به نحو موثری به کاربر کمک نماید تا ایرادات پردازنده ها و مشکلات سخت افزاری مربوط به آنها را شناسایی کند و در اسرع وقت اقدام به رفع این ایرادات و نجات سیستم خود نماید. در ادامه می توانید ورژن 32 و 64 بیتی این ابزار رایگان را دانلود کنید و بر روی سیستم عامل خود نصب نمایید و هرزگاهی از لحاظ کیفی پردازنده های خود را چک نمایید
🆔🧬 @IRBioinformatics

معرفی نرم افزار
نرم افزار MedCalc نرم افزاری آماری برای تحقیقات زیست پزشکی است که با مجموعه ای غنی از توابع، انواع نمودار و ماژولی پیشرفته می تواند انواع منحنی های عملکرد سیستم را تحلیل و بررسی کند. MedCalc به گونه ای طراحی شده است تا الزامات و نیاز های تحقیقات رشته های طبیعی و زیست پزشکی را با توجه تجزیه و تحلیل محاسبات آماری پروژه، برطرف کند. این نرم افزار، ابزار ها و امکانات ضروری را برای تجزیه و تحلیل منحنی مشخصه عملکرد سیستم (ROC)، ترسیم داده ها و انجام محاسبات آماری فراهم کرده است.

🆔🧬 @IRBioinformatics

نرم افزار MedCalc نسخه 64 بیتی
برای نصب ابزار به فایل readme.txt در داخل پوشه کرک مراجعه نمایید
🆔🧬 @IRBioinformatics

۵ توصیه مهم برای موفق شدن در انجام صحیح کارهای محاسباتی


🎈 مطالعه مکرر و خواندن نوشتارهای منسجم و معتبر علمی

🎈 تمرین و تکرار فراوان (حتی با وجود مواجه شدن با خطاهای نرم افزاری)

🎈 مطالعه مطالب انجمن ها و فروم های مربوط به نرم افزارها و متدولوژی های محاسباتی مختلف

🎈 اعتماد به توانایی های ذاتی خود

🎈 تکرار مراحل ۱ تا ۴

با آرزوی موفقیت برای شما
با ما همراه باشید
🆔@IRBioinformatics

نحوه نصب Amber22 در اوبنتو 2023:
برای نصب Amber در لینوکس مراحل زیرا را انجام دهید.
1- نصب پیش نیازهای امبر: ابتدا به مسیر روت رفته و سپس دستورات زیر را در ترمینال اجرا کنید. دقت کنید که برای رفتن به روت سیستم باید از دستور sudo su یا sudo -s استفاده کنید.

$ sudo apt-get update & upgrade
$ sudo apt install cmake
$ sudo apt -y update
$ sudo apt -y install tcsh make
$ sudo apt install gcc
$ sudo apt -y install gcc gfortran
$ sudo apt -y install flex bison patch
$ sudo apt -y install bc xorg-dev libbz2-dev wget
$ sudo apt-get install gcc build-essential

2- پس از نصب موارد بالا، اکنون در مسیر /opt/ بایستی یک زیرفولدر دیگر به اسم amber با استفاده از دستورات زیر ایجاد کنید. برای اینکار ابتدا با استفاده از دستور cd به مسیر /opt/ رفته و سپس با استفاده از mkdir یک پوشه به اسم amber مطابق فرامین زیر ایجاد نمایید.

$ cd /opt/
$ mkdir amber
$ cd amber/

3- اکنون فایل های AmberTools22.tar.bz2 و Amber22.tar.bz2 را در پوشه امبر کپی کنید. این فایل ها در کانال موجود است و میتوانید مستقیم آنها را از این کانال دانلود کنید. در صورت مشکل دانلود، می توانید از سایت امبر نیز آنها را دریافت نمایید. در این آدرس https://ambermd.org/GetAmber.php می توانید فایل های بالا را دانلود کنید. سپس با استفاده از دستور tar xvjf این دو فایل را از حالت فشرده خارج کنید.
4- اکنون پس از باز کردن فایل های مرحله 3 با استفاده از دستور cd وارد پوشه build در مسیر /opt/amber/amber22_src/build شوید و دستور زیر را اجرا کنید. دقت داشته باشید قبل از اجرای این دستورات بایستی در فایل run_cmake_file مقدار پارامتر DOWNLOAD_MINICONDA را بر روی FALSE تنظیم کنید و به cmake اجازه دهید به صورت اتوماتیک مسیر نصب پایتون را بر روی سیستم شما پیدا کند.

$ cd    /opt/amber/amber22_src/build
$ ./run_cmake
$ make install
$ source /opt/amber/amber22/amber.sh

5- برای اینکه به طور کامل به امبر در ترمینال دسترسی داشته باشید مسیر نصب امبر را در انتهای فایل bashrc سیستم عامل کپی کنید و آن را ذخیره کنید. و در نهایت ترمینال را اپدیت کرده، و ببندید. تبریک! شما با موفقیت نرم افزار امبر را نصب کردید و نیاز نیست در هیچ ورکشاپی برای یادگیری این مورد شرکت کنید و ساعت ها وقت و هزینه خود را صرف یادگیری این مبحث نمایید. برای نصب امبرتولز 2022 هم میتوانید موارد بالا را انجام دهید.

🧬@IRBioinformatics

نحوه جستجو و ارجاع به مقالات علمی با استفاده از اسکالر.
1- جستجوی رفرنس
2- انتخاب دکمه ارجاع یا cite
3- انتخاب پلتفرم رفرنس نویسی
#اندنوت
#آموزش
#ارجاع
🧬@IRBioinformatics

نصب ambertools
به طور کلی برای نصب امبرتولز موارد زیر را انجام دهید
1- نرم افزار امبرتولز (ورژن دلخواه 20، 22 یا 23) را دانلود کنید و در مسیر دلخواه قرار دهید.
2- با استفاده از دستورات زیر آن را نصب کنید. دقت داشته باشید باید پیش نیازهایی که در نصب امبر نیاز است از قبل بر روی سیستم عامل شما نصب شده باشد

tar xvf AmberTools*.tar.bz2
cd AmberTools*
./configure
make
make test
sudo make install

3- پس از نصب ابزار، مسیر نصب آن را به فایل bashrc سیستم عامل اضافه کنید. ترمینال را اپدیت کنید و ابزار را فراخوانی کنید. در صورتی که برای نصب آن با مشکل مواجه شدید به فایل readme داخل فایل فشرده دقت فرمایید. ورژن های بعدی امبرتولز به زودی در کانال بارگذاری می شود.
🧬@IRBioinformatics

برای یادگیری بیوانفورماتیک از کجا شروع کنیم
برای یادگیری بیوانفورماتیک بایستی همیشه مطالعه کنید و مهمتر از همه باید رودمپ داشته باشین اینکه وقت و هزینتون هدر بدین و فقط برین دوره شرکت کنین و ورکشاپ برین و کلی هزینه کنین فقط بهتره که اول خودتون مهک بزنین.

اول از همه باید یک بیس اماری داشته باشین و مفاهیم و فرمول های اماری رو به صورت کاربردی بلد باشین. مفاهیمی مانند واریانس، انحراف معیار، میانگین و... رو بلد باشین.

دوم بیوشیمی پروتئین ها و ترکیبات ارگانیک رو بلد باشید. حتی المقدور برای لیگاندها و متابولیت ها روی یک گروه خاص متمرکز شوید و در همان راستا جلو روید.

سوم، مباحث پایه ژنتیکی و ژنومی رو بلد باشین تا بتونین از لحاظ مولکولی تفسیرگر خوبی باشین.

چهارم با اسکریپت نویسی با یکی از زبان های برنامه نویسی مثل bash، python یا R آشنایی داشته باشین و بتونین کارتون رو جلو ببرین.

پنجم، ساختار ژن ها و پروتئین ها رو بلد باشین و اطلاعات داشته باشین.

ششم متناسب با بیس لیسانس و ارشدتون دنبال بیوانفورماتیک برین.

هفتم، جستجوگر خیلی خوبی در محیط اکادمیک باشین و با روش تحقیق و پرسشگری اشنا باشید.

هشتم، مقالات مرتبط رو بخونین و مطالعه پیوسته داشته باشید.

نهم، وقتتون تو ورکشاپا و دوره های بی فایده و بدون عملکرد تلف نکنین.

دهم، خودتون رو غرق یادگیری صدها ابزار نکنین. یه ابزار خوب یادبگیرین باهاش صدتا کار انجام بدین و مهمتر از همه بایستی برنامه نویسی بلد باشین تا بتونین ماهیت کلی ساختار داده های زیستی دریابید. در ادامه نکات بیشتری براتون میزاریم که در مدت زمان کمتری فرایندهای محاسباتی رو یاد بگیرید.

🧬@IRBioinformatics