لیست کردن تمام کارت های حافظه قابل استفاده سیستم عامل بعد از نصب لینوکس:

lsblk

برای مشاهده اطلاعات کارت شبکه در سیستم عامل لینوکس از کامند زیر استفاده کنید

lshw -C network

مشاهده مشخصات پایه سیستم عامل و کرنال لینوکس:

uname -a

معرفی نرم افزار:
مجموعه نرم افزاری امبر یکی از بهترین ابزارهای محاسباتی برای انجام دینامیک مولکولی است که در دو نسخه فری و تجاری برای کاربران ارائه می شود. همانند گرومکس این ابزار می تواند در بازه های زمانی مختلف برای انجام انواع شبیه سازی های دینامیک مولکولی مورد استفاده قرار گیرد و همچنین می توان از آن برای کارهای محاسباتی همانند مدلسازی های کوانتومی بهره برد. در این بخش فایل آخرین ورژن نرم افزار امبر و امبرتولز 23 برای کاربران عزیز قرار داه شده است.
🧬@IRBioinformatics

دانلود اخرین بیلد نرم افزار محاسباتی امبر22
🧬@IRBioinformatics

ورژن 20 برنامه امبر
🧬@IRBioinformatics

ورژن 20 برنامه ambertools
🧬@IRBioinformatics

راهنمای کار با امبر 2023
🧬@IRBioinformatics

نرم افزار miniconda محیط تلفیقی بر پایه پایتون برای نصب و اجرای نرم افزارهای وابسته با پایتون
🧬@IRBioinformatics

نصب امبرتولز با واسطه conda: برای مشاهده کدها و شیوه نصب فایل readme را مشاهده کنید

🧬@IRBioinformatics

نصب آسان و سریع کوندا در محیط لینوکس:
برای نصب سریع و بدون دردسر مینی کوندا در محیط لینوکس از کد دستورسی زیر استفاده کنید. در صورتی که فایل مینی کوندا را از قبل دانلود کرده اید نیاز به اجرای کامند wget و دانلود مجدد پلتفرم مذکور نمی باشد. به ترتیب کامندها را وارد کنید و برنامه را نصب کنید.سپس با مطالعه این راهنما می توانید آمبرتولز را نیز به راحتی در مینی کوندا نصب نمایید.

mkdir -p ~/miniconda3 
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O ~/miniconda3/miniconda.sh 
bash ~/miniconda3/miniconda.sh -b -u -p ~/miniconda3 
rm -rf ~/miniconda3/miniconda.sh

~/miniconda3/bin/conda init bash 
~/miniconda3/bin/conda init zsh

میخای با Anaconda تو محیط پایتون فایل های تراژکتوری خروجی گرومکس رو آنالیز کنی؟ پس حتما حتما کار با nglview رو یاد بگیرین. نحوه نصب و راه اندازیش رو تو فایل بعدی براتون گذاشتم. بعد از اینکه از حالت فشرده خارجش کردین مطابق فایل README اون رو نصب کنین و ازش استفاده کنین

🧬@IRBioinformatics

نصب آسان در محیط کوندا:

conda install nglview -c conda-forge

نصب آسان به عنوان یک بسته پایتون:

pip install nglview

با ما همراه باشید

آموزش نصب و راه اندازی nglview به همراه فایل های ضروری برای اجرای برنامه
🧬@IRBioinformatics

در صورتی که برای اجرای کدها در این فایل مشکل دارید نسخه دسکتاپ گیت هاب را نصب کنید و فایل فشرده بالا را مستقیما در درون آن اجرا کنید.

نحوه نصب نسخه در حال توسعه:

    git clone https://github.com/arose/nglview 
    cd nglview 
    python setup.py install

    # if you edit files in ./js folder, make sure to rebuild the code 
    cd js 
    npm install 
 
    # probably need to activate widgetsnbextension 
    # python -m ipykernel install --sys-prefix 
    # jupyter nbextension enable --py --sys-prefix widgetsnbextension 
    # jupyter nbextension enable --py --sys-prefix nglview 
 
    # tested with ipywidgets 5.2.2, notebook 4.2.1

نحوه اجرای ابزار:
1- اجرای jupyter notebook
2- درج کد زیر در نوت بوک:

import nglview 
view = nglview.show_pdbid("3pqr")  # load "3pqr" from RCSB PDB and display viewer widget 
view

با ما همراه باشید.

🧬@IRBioinformatics

معرفی ابزار Kleborate:
یکی از ابزارهای کلیدی برای تحقیقات بروی ژنوم میکروارگانیسم های عفونی. به طور کلی کلبوریت ابزاری برای غربال مجموعه های ژنومی کلبسیلا پنومونیه و مجموعه گونه های کلبسیلا پنومونیه (KpSC) برای موارد زیر :
1- شناسایی سویه های مقاوم به انتی بیوتیک ها
2- شناسایی لوکوس های بیماری زا
3- پیش بینی استریوتایپ ها
و...
این برنامه دارای لایسنس رایگان است و آخرین نسخه آن در این کانال قرار داده شده است. دوستان می توانند آن را دانلود کنند و از آن برای انجام تحقیقات ژنومی خود استفاده نمایند.
🧬@IRBioinformatics

برای نصب این ابزار موارد زیر را انجام دهید
1- اطمینان حاصل کنید آخرین ورژن پایتون بر روی سیستم عامل شما نصب باشد.
2- از نصب بیوپایتون، mash و blastn اطمینان حاصل فرمایید. در ترمینال خود می توانید کد دستوری زیر را بزنید تا مطمن شوید ابزارهای فوق نصب شده اند

python3 --version 
python3 -c "import Bio; print(Bio.__version__)" 
blastn -version 
mash --version

3- در ادامه کد دستوری زیر را بزنید تا این ابزار برای شما نصب شود:

git clone --recursive https://github.com/klebgenomics/Kleborate.git 
cd Kleborate/kaptive 
git pull https://github.com/klebgenomics/Kaptive master 
cd .. 
python3 setup.py install 
kleborate -h

4- در صورتی که نمی خواهید از این ابزار به صورت نصبی استفاده نمایید می توانید از کد دستوری زیر استفاده کنید:

git clone --recursive https://github.com/klebgenomics/Kleborate.git  
cd Kleborate/kaptive  
git pull https://github.com/klebgenomics/Kaptive master  
cd ..  
./kleborate-runner.py -h 

5- دقت داشته باشید عملکرد صحیح این ابزار زمانی است که شما پایگاه داده MLST آن را همیشه به روز و آپدیت در اختیار داشته باشید. برای این کار می توانید از اسکریپت زیر برای بروزرسانی پایگاه داده این ابزار استفاده کنید:

cd Kleborate/noscripts 
python3 getmlst.py --species "Klebsiella pneumoniae" 
mv Klebsiella_pneumoniae.fasta ../kleborate/data 
mv profiles_csv ../kleborate/data/kpneumoniae.txt 
rm -f ../kleborate/data/Klebsiella_pneumoniae.fasta.n*

با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics

اخرین بیلد توسعه یافته Kleborate
🧬@IRBioinformatics

معرفی ابزار Polypolish
برای خیلی از دوستانی که در رشته میکروبیولوژی یا بیوتک میکروبی یا صنعتی فعالیت می کنند و برای پایان نامه یا تزشون قصد دارن روی ژنومیکس میکروارگانیسم ها کار کنند خیلی مهمه که از ابزارهای خاص و دقیقی برای ایجاد خروجی های کاربردی استفاده کنن. ابزار polypolish ی ابزار حرفه ای هستش که شما از طریق اون میتونید به راحتی خوانش ها (یا همان reads) توالی یابی ژنومتون رو پولیش بدین و خطاهای احتمالی موجود در خوانش ها رو به حداقل برسونید و بهترین خروجی اسمبلی رو داشته باشید. کار با این ابزار خیلی ساده هستش و میتونین به راحتی ازش استفاده کنین.
با ما همراه باشید.
🧬@IRBioinformatics