به عنوان کسی که مدت ها وقت و زمانش صرف کار ژنومیکس مقایسه ای کرده و با ژنوم های مختلف برای مقاصد مختلف کار کرده بهتون میگم که موقعی که ژنومیکس مقایسه ای کار می کنین خیلی مهمه خروجی هایی که میگیرین قابل تفسیر باشن. به عنوان مثال ژنوم یک پروکاریوت یا یک پلاست یا یک ویروس رو بهتون دادن و از شما میخان که ژنوم هدف رو 1- حاشیه نویسی کنین 2- فواصل ژنیش رو بدست بیارین 3- مقایسات درون ژنومی رو براش انجام بدین. دقت کنین برای همه این کارها ابزارهای مختلفی وجود داره که با توجه به کاربردشون ممکنه خروجی های متفاوتی برای شما ایجاد کنن. ولی بهترین کار اینکه خودتون دستبکار بشین و کد نویسی کنین تا اینکه متکی به ابزارها باشین. اینطوری هم خروجی های شما قابل انعطاف هستش هم تنظیمات کلی دست خودتون هستش و می تونین کلی تغییرات مفید تو کارتون ایجاد کنین. تصویر پیوست ما با R ترسیم کردیم و همونطور که میبینین کیفیت خروجی که گرفتیم عالی هستش. لذا به شما توصیه میکنیم حتما R یاد بگیرین و روزی یک ساعت برای کدنویسی با R وقت بزارین...
🧬@IRBioinformatics

یکی از نکات کلیدی که بایستی هنگام آنالیزهای ترانسکریپتومی و کار با ژنوم پلاستیدها و نماتدها و اساسا یوکاریوت ها حتما بهش توجه کنین بحث cis/trans splicing هستش. حتما میدونین که فرایند جداشدن ناحیه اینترونی از اگزون ها برای همه ی ژن ها یکسان نیست و اساسا هر ژن با توجه به عملکردی که داره splicing یا پیراش خاص خودش رو هم داره-با توجه به تعداد اگزونش-. در حالت سیس کمپلکس U1/2 snRNP به ناحیه 3 و 5 پریم اینترون (در ساختمان mRNA نابالغ) میچسپه و فرایند جداسازیش رو انجام میده و دو اگزون همزمان پیرایش میشن. ولی تو حالت ترانس معمولا جایگاه پیرایش 5 پریم وجود نداره و به ناحیه 3 پریم میچسپه اون کمپلکس و جایگاه پیرایش 5 پریمش رو یک کمپلکس هادی در فرایند پیرایش باهاش به اشتراک میزاره که فرایند رو تکمیل کنه. توی نماتد الگانس کمپلکس دهنده جایگاه 5 پریم در فرآیند پیرایش SL snRNP هستش. مکانیسم مشابهی هم در ژنوم پلاستیدها وجود داره. بنابراین شناسایی ژن های cis/trans بعد از حاشیه نویسی یکی از کارهای مهم پروژه شماست...
🧬@IRBioinformatics

معرفی ابزار Glimmer
حاشیه نویسی ژنوم و مشاهده توالی و موقعیت ژن های جدید در یک ژنوم به همراه شناسایی مجموعه ژنی یک ژنوم توالی یابی شده همیشه یکی از چالش های بزرگ دنیای بیوانفورماتیک هستش. محققان دانشگاه جان هاپکینز ابزار Glimmer رو دولوپ کردن که اختصاصا برای حاشیه نویسی ژنوم یوکاریوت ها بخصوص یوکاریوت های پلی پلوئید هستش که نسخه های متفاوتی از کروموزوم ها در ژنوم خودشون دارن. در ادامه فایل آخرین ورژن این ابزار قرار داده شده است.
با ما همراه باشید.

🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است

آخرین بیلد ابزار Glimmer قابل نصب در سیستم عامل 64 بیتی
مراحل نصب:
1-مطابق اسکریپت زیر ابتدا گلایمر را از حالت فشرده خارج کنید
2- سپس به پوشه ایجاد شده بروید
3- وارد پوشه src شوید
4- دستور make را بزنید تا فایل های قابل اجرا ایجاد شود
5- در پوشه گلیمر یک فولدر به نام bin ایجاد می شود که میتونین محتویاتش توی مسیر دلخواهتون کپی کنین و در نهایت برای انوتیشن ژنوم ازش استفاده کنین..

$ tar xzf glimmer302.tar.gz
$ cd glimmer3.02
$ cd src
$ make 
$ cd .. 
$ cp /glimmer3.02/bin  /your path/ 

با ما همراه باشید.

🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است

فرمت خروجی glimmer برخلاف ابزارهای دیگه که به صورت gff3 هستش نیست، و به صورت .predict هستش. در نتیجه شما نیاز دارین یک کانورژنی هم بین فرمت ها انجام بدین تا بتونین cdsها، orfها، اینترون ها، اگزون ها و ... که با گلیمر حاشیه نویسی شدن رو ببینین. برای اینکار یک اسکریپت پرل هستش که جدای از مجموعه گلیمر باید ران کنین تا بتونین خروجی های گلیمر رو در فرمت معقولی ببینین. در ادامه این رو براتون گذاشتم

برای ران این اسکریپت، اون رو دانلود کنین و تو پوشه خروجی های گلایمر بندازین و بعدش به صورت زیر در کرنال ترمینالتون در اوبنتو رانش کنین

$ perl GlimmerPredict2Gff3.pl ~/TestIn.predict 2 ~/TestOut.gff3

بعد از ران گلیمر یک فایل جدید در پوشه خروجی انوتیشن ژنومتون ایجاد میشه که در نهایت میتونین از این فایل gff3 برای انالیزا و تفاسیر بعدی استفاده کنین. همین قدر ساده و مفید، هست مراحل انجامش نیازم نیست توی اون ورکشاپای عجیب غریب میلیونی شرکت کنید :) کافیه کانال ما رو چندماه دنبال کنید خودتون به ی متخصص بیوانفورماتیک خودبخود تبدیل میشید...

با ما همراه باشید.

🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است

برای مشاهده خروجی های glimmer و سایر ابزارهای انوتیشن ژنوم میتونین از نرم افزار IGV استفاده کنین. این ابزار یه نمایشگر عالی برای مشاهده نواحی مختلف ژنومی و اجزای مولکولی ژنوم هستش. فقط دوستان یادتون باشه خیلی از این ابزاراها بخصوص گلیمر و IGV حتما روی سیستمی ران کنین که از لحاظ سخت افزاری مناسب باشه نرین روی ی لپتاپ قدیمی ران کنین که هنگ کنه بعد بگین ابزاره کار نکرد :)
نکته مهم: نرم افزار IGV خروجی خطی از اجزای مولکولی ژنوم ایجاد میکنه که شما بایستی با برش نواحی مختلفش تصویر دلخواهتون بسازین، اما اگر بخواین کل کروموزوم هاتون رو به صورت یکدست نشون بدین باید از circos استفاده کنین که قبلا لینک و سورسش براتون گذاشتم.

آخرین ورژن نرم افزار IGV برای ویندوز 64 همراه با java از پیش نصب شده
با ما همراه باشید.

🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است

آخرین ورژن نرم افزار IGV برای لینوکس 64 همراه با java از پیش نصب شده
با ما همراه باشید.

🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است

آخرین ورژن نرم افزار IGV برای ویندوز 64 بدون جاوا - برای استفاده از این ورژن باید جاوا 17 را نصب کنید.
با ما همراه باشید.

🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است

ابزارهای کامندلاین igv برای تمام ورژن های ویندوزی و لینوکسی
با ما همراه باشید.

🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است

جاوا ورژن 17
با ما همراه باشید.

🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است

نکات ضروری برای جستجوی هدفمند گوگل اسکالر و دریافت منابع علمی و رصد رکوردهای علمی
حتما این ویدیو رو ببینید اگر میخاین در حوزه های کاریتون سرچ هدفمند و استراتژیکی داشته باشین و به بهترینا برسین.
با ما همراه باشید.

🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است

ضروریات سرچ علمی و جستجوی پایگاه های علمی.
حتما این ویدیو رو ببینید اگر میخاین در حوزه های کاریتون سرچ هدفمند و استراتژیکی داشته باشین و به بهترینا برسین.
با ما همراه باشید.

🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است

معرفی نرم افزار
یکی از بهترین ابزارهای کموانفورماتیک و ارزیابی ساختارهای شیمیایی نرم افزار mercury است که می توان از آن برای مقاصد مختلفی استفاده کرد. در این پست می توانید آخرین بیلد مرکوری برای سه سیستم عامل ویندوز، لینوکس و مک دانلود کنید. نسخه آپلود شده نسخه 4.2 مرکوری است که براساس آخرین اپدیت شرکت سازنده آن می باشد.
با ما همراه باشید.

🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است

نسخه 4.2 مرکوری برای ویندوز
با ما همراه باشید.

🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است

نسخه 4.2 مرکوری برای لینوکس
با ما همراه باشید.

🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است