راهنمای کار با امبر 2023
🧬@IRBioinformatics

نرم افزار miniconda محیط تلفیقی بر پایه پایتون برای نصب و اجرای نرم افزارهای وابسته با پایتون
🧬@IRBioinformatics

نصب امبرتولز با واسطه conda: برای مشاهده کدها و شیوه نصب فایل readme را مشاهده کنید

🧬@IRBioinformatics

نصب آسان و سریع کوندا در محیط لینوکس:
برای نصب سریع و بدون دردسر مینی کوندا در محیط لینوکس از کد دستورسی زیر استفاده کنید. در صورتی که فایل مینی کوندا را از قبل دانلود کرده اید نیاز به اجرای کامند wget و دانلود مجدد پلتفرم مذکور نمی باشد. به ترتیب کامندها را وارد کنید و برنامه را نصب کنید.سپس با مطالعه این راهنما می توانید آمبرتولز را نیز به راحتی در مینی کوندا نصب نمایید.

mkdir -p ~/miniconda3 
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O ~/miniconda3/miniconda.sh 
bash ~/miniconda3/miniconda.sh -b -u -p ~/miniconda3 
rm -rf ~/miniconda3/miniconda.sh

~/miniconda3/bin/conda init bash 
~/miniconda3/bin/conda init zsh

میخای با Anaconda تو محیط پایتون فایل های تراژکتوری خروجی گرومکس رو آنالیز کنی؟ پس حتما حتما کار با nglview رو یاد بگیرین. نحوه نصب و راه اندازیش رو تو فایل بعدی براتون گذاشتم. بعد از اینکه از حالت فشرده خارجش کردین مطابق فایل README اون رو نصب کنین و ازش استفاده کنین

🧬@IRBioinformatics

نصب آسان در محیط کوندا:

conda install nglview -c conda-forge

نصب آسان به عنوان یک بسته پایتون:

pip install nglview

با ما همراه باشید

آموزش نصب و راه اندازی nglview به همراه فایل های ضروری برای اجرای برنامه
🧬@IRBioinformatics

در صورتی که برای اجرای کدها در این فایل مشکل دارید نسخه دسکتاپ گیت هاب را نصب کنید و فایل فشرده بالا را مستقیما در درون آن اجرا کنید.

نحوه نصب نسخه در حال توسعه:

    git clone https://github.com/arose/nglview 
    cd nglview 
    python setup.py install

    # if you edit files in ./js folder, make sure to rebuild the code 
    cd js 
    npm install 
 
    # probably need to activate widgetsnbextension 
    # python -m ipykernel install --sys-prefix 
    # jupyter nbextension enable --py --sys-prefix widgetsnbextension 
    # jupyter nbextension enable --py --sys-prefix nglview 
 
    # tested with ipywidgets 5.2.2, notebook 4.2.1

نحوه اجرای ابزار:
1- اجرای jupyter notebook
2- درج کد زیر در نوت بوک:

import nglview 
view = nglview.show_pdbid("3pqr")  # load "3pqr" from RCSB PDB and display viewer widget 
view

با ما همراه باشید.

🧬@IRBioinformatics

معرفی ابزار Kleborate:
یکی از ابزارهای کلیدی برای تحقیقات بروی ژنوم میکروارگانیسم های عفونی. به طور کلی کلبوریت ابزاری برای غربال مجموعه های ژنومی کلبسیلا پنومونیه و مجموعه گونه های کلبسیلا پنومونیه (KpSC) برای موارد زیر :
1- شناسایی سویه های مقاوم به انتی بیوتیک ها
2- شناسایی لوکوس های بیماری زا
3- پیش بینی استریوتایپ ها
و...
این برنامه دارای لایسنس رایگان است و آخرین نسخه آن در این کانال قرار داده شده است. دوستان می توانند آن را دانلود کنند و از آن برای انجام تحقیقات ژنومی خود استفاده نمایند.
🧬@IRBioinformatics

برای نصب این ابزار موارد زیر را انجام دهید
1- اطمینان حاصل کنید آخرین ورژن پایتون بر روی سیستم عامل شما نصب باشد.
2- از نصب بیوپایتون، mash و blastn اطمینان حاصل فرمایید. در ترمینال خود می توانید کد دستوری زیر را بزنید تا مطمن شوید ابزارهای فوق نصب شده اند

python3 --version 
python3 -c "import Bio; print(Bio.__version__)" 
blastn -version 
mash --version

3- در ادامه کد دستوری زیر را بزنید تا این ابزار برای شما نصب شود:

git clone --recursive https://github.com/klebgenomics/Kleborate.git 
cd Kleborate/kaptive 
git pull https://github.com/klebgenomics/Kaptive master 
cd .. 
python3 setup.py install 
kleborate -h

4- در صورتی که نمی خواهید از این ابزار به صورت نصبی استفاده نمایید می توانید از کد دستوری زیر استفاده کنید:

git clone --recursive https://github.com/klebgenomics/Kleborate.git  
cd Kleborate/kaptive  
git pull https://github.com/klebgenomics/Kaptive master  
cd ..  
./kleborate-runner.py -h 

5- دقت داشته باشید عملکرد صحیح این ابزار زمانی است که شما پایگاه داده MLST آن را همیشه به روز و آپدیت در اختیار داشته باشید. برای این کار می توانید از اسکریپت زیر برای بروزرسانی پایگاه داده این ابزار استفاده کنید:

cd Kleborate/noscripts 
python3 getmlst.py --species "Klebsiella pneumoniae" 
mv Klebsiella_pneumoniae.fasta ../kleborate/data 
mv profiles_csv ../kleborate/data/kpneumoniae.txt 
rm -f ../kleborate/data/Klebsiella_pneumoniae.fasta.n*

با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics

اخرین بیلد توسعه یافته Kleborate
🧬@IRBioinformatics

معرفی ابزار Polypolish
برای خیلی از دوستانی که در رشته میکروبیولوژی یا بیوتک میکروبی یا صنعتی فعالیت می کنند و برای پایان نامه یا تزشون قصد دارن روی ژنومیکس میکروارگانیسم ها کار کنند خیلی مهمه که از ابزارهای خاص و دقیقی برای ایجاد خروجی های کاربردی استفاده کنن. ابزار polypolish ی ابزار حرفه ای هستش که شما از طریق اون میتونید به راحتی خوانش ها (یا همان reads) توالی یابی ژنومتون رو پولیش بدین و خطاهای احتمالی موجود در خوانش ها رو به حداقل برسونید و بهترین خروجی اسمبلی رو داشته باشید. کار با این ابزار خیلی ساده هستش و میتونین به راحتی ازش استفاده کنین.
با ما همراه باشید.
🧬@IRBioinformatics

برای نصب ابزار PolyPolish به یکی از 2طریق زیر عمل کنید
1- نصب از طریق فایل مرجع: برای این کار از اسکریپت زیر استفاده کنید:

git clone https://github.com/rrwick/Polypolish.git
cd Polypolish
cargo build --release

2- با استفاده از Docker می توانید آن را به راحتی نصب کنید. برای این کار از کد زیر استفاده کنید:

docker run --rm -v path/to/datas:/datas --name polypolish maximebranger/polypolish polypolish /datas/assembly.fasta /datas/alignment.sam

به راحتی با استفاده از کدهای بالا می توانید این ابزار فوق العاده عالی رو نصب کنید و از اون برای کارهای ژنومی که قراره در آینده انجام بدین استفاده کنین. خیلی کار باهاش خوب و عالی و راحته حتما تستش کنین و کلا یادگیری این ابزار حدود 4 ساعت از نصب تا رانش وقت میبره.
🧬@IRBioinformatics

اخرین بیلد ابزار Polypolish برای نصب در سیستم عامل لینوکس
🧬@IRBioinformatics

نحوه فعال سازی بیوکوندا در محیط مینی کوندا یا آناکوندا

همونطور که می دونید برای فعالسازی و اجرای ی سری نرم افزارهای بیوانفورماتیکی حتما نیازه از کوندا یا اناکوندا استفاده کنیم. ولی گاها استفاده از این ابزارها نیازمند نصب یک زیرساخت مناسب تری از اناکوندا هستش که میتونه کار ما رو خیلی راحت کنه برای کار با ابزارا. برای اینکار فقط کافیه مراحل زیر رو دنبال کنین تا به راحتی بیوکوندا براتون فعال بشه و ازش به بهترین نحو ممکن برای کارتون استفاده کنین
🧬@IRBioinformatics

مراحل فعال سازی بیوکوندا:
1- اول Anaconda یا Miniconda را نصب کنید، و سیستم عامل خود را ریستارت کنید
2- اکنون کدهای دستوری زیر را وارد کنید تا محیط Bioconda برای شما سازماندهی شود:

conda config --add channels defaults 
conda config --add channels bioconda 
conda config --add channels conda-forge 
conda config --set channel_priority strict

3- دقت داشته باشید بعد از اجرای کدهای بالا فایل "~/.condarc" نیز آپدیت می شود و تا زمانی که اناکوندا بر روی سیستم شما نصب باشد بیوکوندا نیز بر روی آن فعال است.

🧬@IRBioinformatics

معرفی ابزار Unicycler:

چند وقت پیش داشتم یه ژنوم ی باکتری رو انالیز می کردم متوجه شدم که خروجی هایی که به من دادن دارای خوانش های کوتاهی هستند و با یکی از پلتفرم های ایلومینا توالی یابی شده بودن، ولی دیتای دیگه ای از این ژنوم وجود داشت که با پلتفرم نانوپور توالی یابی شده بود و خوانش های طویلی داشت، اینجا بود که میخاستم ی ابزار خوب داشته باشم که بتونم به راحتی از دوتا فایل توالی یابی ک داشتم یک اسمبلی واحد داشته باشم و ضریب خطامو ب حداقل برسونم، برای اینکار رفتم سراغ این ابزار که همزمان می تونه خوانش های کوتاه و طویل باهم بگیره و ی اسمبلی فوق العاده عالی به کاربر تحویل بده. کار باهاش خیلی راحته و مراحل نصب و راه اندازیش رو میتونین در ادامه ببینین

با ما همراه باشید.

🧬@IRBioinformatics

برای نصب UniCycler بایستی ابتدا پیش نیازهای نصب این ابزار را بر روی سیستم عامل خود نصب کنید و بعد با یک کد دستوری ساده اون رو نصب کنید: برای اینکار ابتدا:
1- مطمن شوید BLAST+ بر روی سیستم شما نصب است.
2- آخرین ورژن پایتون را نصب کرده باشید.
3-ابزار Racon را نصب کرده باشید
4- ابزار SPAdes v3.14.0 را نصب کرده باشید.
5- ابزارهای ICC و Clang را نصب کرده باشید
6- ابزار GCC 4.9.1 را نصب کرده باشید
7- کامپایلر C++14 بر روی سیستم عامل شما نصب باشد.

8- بعد از اینکه موارد بالا را نصب کردید اکنون با استفاده از اسکریپت زیر فایل اخرین بیلد ابزار را دانلود کنید و سپس نصب کنید.

git clone https://github.com/rrwick/Unicycler.git
cd Unicycler
python3 setup.py install

9- اگر هم میخوایین بدون نصب ازش استفاده کنید از کد دستوری زیر استفاده کنین:

git clone https://github.com/rrwick/Unicycler.git 
cd Unicycler 
make

10-فقط هواستون باشه که آخرین ورژن اوبنتو رو نصب کرده باشین. چون خیلی مهمه که کتابخونه های سیستم عامل شما با کتابخونه های مورد استفاده توسط این اسمبلر سازگار باشن.

11- برای اجرای این ابزار هم فقط کافیه کدهای دستوری زیر رو بزنین:

#Illumina-only assembly:  
unicycler -1 short_reads_1.fastq.gz -2 short_reads_2.fastq.gz -o output_dir  
  
#Long-read-only assembly:  
unicycler -l long_reads.fastq.gz -o output_dir  
  
#Hybrid assembly:  
unicycler -1 short_reads_1.fastq.gz -2 short_reads_2.fastq.gz -l long_reads.fastq.gz -o output_dir

با ما همراه باشید.
🧬@IRBioinformatics

آخرین بیلد نرم افزار Unicycler برای سیستم عامل اوبنتو 20 به بالا. برای سهولت در استفاده از فایل ها، فایل فشرده در فرمت zip در کانال بارگذاری شده است.
🧬@IRBioinformatics

راهنمای کامل و جامع نرم افزار گرومکس بیلد 2023.3
🧬@IRBioinformatics

راهنمای کامل و جامع نرم افزار گرومکس بیلد 2023.3
🧬@IRBioinformatics

ابزار Docker
امروزه برای نصب و راه اندازی و همچنین انجام بسیاری از فرآیندهای محاسباتی نیاز به انسجام زیرساخت های نرم افزاری و سخت افزاری است و برای کاربرانی که سرعت و کیفیت آنالیزها برای آنها مهم است استفاده از زیر ساخت های نرم افزاری مناسب یکی از اهداف اصلی کار آن است. Docker مجموعه ای از پلتفرم ها به عنوان محصولات خدماتی است که از مجازی سازی در سطح سیستم عامل برای ارائه نرم افزار در بسته هایی به نام کانتینر استفاده می کند. این سرویس دارای دو سطح رایگان و پریمیوم است. در حال حاضر بسیاری از ابزارهای بیوانفورماتیک و محاسباتی از داکر به عنوان یک هاب محاسباتی ویژه برای ارائه خدمات خود به کاربران استفاده می کنند.

با ما همراه باشید.
🧬@IRBioinformatics

نصب Docker در لینوکس (دیبان، اوبنتو، فدورا 64 بیتی):
برای نصب داکر در لینوکس بایستی مراحل زیر را طی کنید:
1- پکیج سورس داکر را دانلود نمایید: می توانید از این لینک به صورت مستقیم استفاده کنید. اگر به هر دلیلی در دانلود آن مشکل داشتید می توانید فایل مربوطه را از داخل کانال دانلود کنید.
2- با استفاده از کامندهایی که در پست های قبلی ارائه شد حداقل حافظه و نوع cpu سیستم خود را مشاهده کنید. برای ران داکر cpuهای شما بایستی حتما از پارالل سازی پشتیبانی نمایند و حداقل 4 گیگ رم بر روی سیستم عامل خود داشته باشید.
3- پس از دانلود فایل داکر با استفاده از کامند زیر آن را نصب کنید:

$ sudo apt-get update 
$ sudo apt-get install ./docker-desktop-<version>-<arch>.deb

4- همچنین برای حذف نصب آن می توانید از کد دستوری زیر استفاده کنید

sudo apt remove docker-desktop

5- در صورتی که سیستم عامل لینوکس شما از نوع غیر گنوم است می توانید با دستور زیر آن را برای شروع کار با داکر بهینه کنید:

sudo apt install gnome-terminal

اکنون همه چیز آماده است و می توانید به راحتی از داکر استفاده کنید.

با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics