مشاهده مشخصات پایه سیستم عامل و کرنال لینوکس:

uname -a

معرفی نرم افزار:
مجموعه نرم افزاری امبر یکی از بهترین ابزارهای محاسباتی برای انجام دینامیک مولکولی است که در دو نسخه فری و تجاری برای کاربران ارائه می شود. همانند گرومکس این ابزار می تواند در بازه های زمانی مختلف برای انجام انواع شبیه سازی های دینامیک مولکولی مورد استفاده قرار گیرد و همچنین می توان از آن برای کارهای محاسباتی همانند مدلسازی های کوانتومی بهره برد. در این بخش فایل آخرین ورژن نرم افزار امبر و امبرتولز 23 برای کاربران عزیز قرار داه شده است.
🧬@IRBioinformatics

دانلود اخرین بیلد نرم افزار محاسباتی امبر22
🧬@IRBioinformatics

ورژن 20 برنامه امبر
🧬@IRBioinformatics

ورژن 20 برنامه ambertools
🧬@IRBioinformatics

راهنمای کار با امبر 2023
🧬@IRBioinformatics

نرم افزار miniconda محیط تلفیقی بر پایه پایتون برای نصب و اجرای نرم افزارهای وابسته با پایتون
🧬@IRBioinformatics

نصب امبرتولز با واسطه conda: برای مشاهده کدها و شیوه نصب فایل readme را مشاهده کنید

🧬@IRBioinformatics

نصب آسان و سریع کوندا در محیط لینوکس:
برای نصب سریع و بدون دردسر مینی کوندا در محیط لینوکس از کد دستورسی زیر استفاده کنید. در صورتی که فایل مینی کوندا را از قبل دانلود کرده اید نیاز به اجرای کامند wget و دانلود مجدد پلتفرم مذکور نمی باشد. به ترتیب کامندها را وارد کنید و برنامه را نصب کنید.سپس با مطالعه این راهنما می توانید آمبرتولز را نیز به راحتی در مینی کوندا نصب نمایید.

mkdir -p ~/miniconda3 
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O ~/miniconda3/miniconda.sh 
bash ~/miniconda3/miniconda.sh -b -u -p ~/miniconda3 
rm -rf ~/miniconda3/miniconda.sh

~/miniconda3/bin/conda init bash 
~/miniconda3/bin/conda init zsh

میخای با Anaconda تو محیط پایتون فایل های تراژکتوری خروجی گرومکس رو آنالیز کنی؟ پس حتما حتما کار با nglview رو یاد بگیرین. نحوه نصب و راه اندازیش رو تو فایل بعدی براتون گذاشتم. بعد از اینکه از حالت فشرده خارجش کردین مطابق فایل README اون رو نصب کنین و ازش استفاده کنین

🧬@IRBioinformatics

نصب آسان در محیط کوندا:

conda install nglview -c conda-forge

نصب آسان به عنوان یک بسته پایتون:

pip install nglview

با ما همراه باشید

آموزش نصب و راه اندازی nglview به همراه فایل های ضروری برای اجرای برنامه
🧬@IRBioinformatics

در صورتی که برای اجرای کدها در این فایل مشکل دارید نسخه دسکتاپ گیت هاب را نصب کنید و فایل فشرده بالا را مستقیما در درون آن اجرا کنید.

نحوه نصب نسخه در حال توسعه:

    git clone https://github.com/arose/nglview 
    cd nglview 
    python setup.py install

    # if you edit files in ./js folder, make sure to rebuild the code 
    cd js 
    npm install 
 
    # probably need to activate widgetsnbextension 
    # python -m ipykernel install --sys-prefix 
    # jupyter nbextension enable --py --sys-prefix widgetsnbextension 
    # jupyter nbextension enable --py --sys-prefix nglview 
 
    # tested with ipywidgets 5.2.2, notebook 4.2.1

نحوه اجرای ابزار:
1- اجرای jupyter notebook
2- درج کد زیر در نوت بوک:

import nglview 
view = nglview.show_pdbid("3pqr")  # load "3pqr" from RCSB PDB and display viewer widget 
view

با ما همراه باشید.

🧬@IRBioinformatics

معرفی ابزار Kleborate:
یکی از ابزارهای کلیدی برای تحقیقات بروی ژنوم میکروارگانیسم های عفونی. به طور کلی کلبوریت ابزاری برای غربال مجموعه های ژنومی کلبسیلا پنومونیه و مجموعه گونه های کلبسیلا پنومونیه (KpSC) برای موارد زیر :
1- شناسایی سویه های مقاوم به انتی بیوتیک ها
2- شناسایی لوکوس های بیماری زا
3- پیش بینی استریوتایپ ها
و...
این برنامه دارای لایسنس رایگان است و آخرین نسخه آن در این کانال قرار داده شده است. دوستان می توانند آن را دانلود کنند و از آن برای انجام تحقیقات ژنومی خود استفاده نمایند.
🧬@IRBioinformatics

برای نصب این ابزار موارد زیر را انجام دهید
1- اطمینان حاصل کنید آخرین ورژن پایتون بر روی سیستم عامل شما نصب باشد.
2- از نصب بیوپایتون، mash و blastn اطمینان حاصل فرمایید. در ترمینال خود می توانید کد دستوری زیر را بزنید تا مطمن شوید ابزارهای فوق نصب شده اند

python3 --version 
python3 -c "import Bio; print(Bio.__version__)" 
blastn -version 
mash --version

3- در ادامه کد دستوری زیر را بزنید تا این ابزار برای شما نصب شود:

git clone --recursive https://github.com/klebgenomics/Kleborate.git 
cd Kleborate/kaptive 
git pull https://github.com/klebgenomics/Kaptive master 
cd .. 
python3 setup.py install 
kleborate -h

4- در صورتی که نمی خواهید از این ابزار به صورت نصبی استفاده نمایید می توانید از کد دستوری زیر استفاده کنید:

git clone --recursive https://github.com/klebgenomics/Kleborate.git  
cd Kleborate/kaptive  
git pull https://github.com/klebgenomics/Kaptive master  
cd ..  
./kleborate-runner.py -h 

5- دقت داشته باشید عملکرد صحیح این ابزار زمانی است که شما پایگاه داده MLST آن را همیشه به روز و آپدیت در اختیار داشته باشید. برای این کار می توانید از اسکریپت زیر برای بروزرسانی پایگاه داده این ابزار استفاده کنید:

cd Kleborate/noscripts 
python3 getmlst.py --species "Klebsiella pneumoniae" 
mv Klebsiella_pneumoniae.fasta ../kleborate/data 
mv profiles_csv ../kleborate/data/kpneumoniae.txt 
rm -f ../kleborate/data/Klebsiella_pneumoniae.fasta.n*

با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics

اخرین بیلد توسعه یافته Kleborate
🧬@IRBioinformatics

معرفی ابزار Polypolish
برای خیلی از دوستانی که در رشته میکروبیولوژی یا بیوتک میکروبی یا صنعتی فعالیت می کنند و برای پایان نامه یا تزشون قصد دارن روی ژنومیکس میکروارگانیسم ها کار کنند خیلی مهمه که از ابزارهای خاص و دقیقی برای ایجاد خروجی های کاربردی استفاده کنن. ابزار polypolish ی ابزار حرفه ای هستش که شما از طریق اون میتونید به راحتی خوانش ها (یا همان reads) توالی یابی ژنومتون رو پولیش بدین و خطاهای احتمالی موجود در خوانش ها رو به حداقل برسونید و بهترین خروجی اسمبلی رو داشته باشید. کار با این ابزار خیلی ساده هستش و میتونین به راحتی ازش استفاده کنین.
با ما همراه باشید.
🧬@IRBioinformatics

برای نصب ابزار PolyPolish به یکی از 2طریق زیر عمل کنید
1- نصب از طریق فایل مرجع: برای این کار از اسکریپت زیر استفاده کنید:

git clone https://github.com/rrwick/Polypolish.git
cd Polypolish
cargo build --release

2- با استفاده از Docker می توانید آن را به راحتی نصب کنید. برای این کار از کد زیر استفاده کنید:

docker run --rm -v path/to/datas:/datas --name polypolish maximebranger/polypolish polypolish /datas/assembly.fasta /datas/alignment.sam

به راحتی با استفاده از کدهای بالا می توانید این ابزار فوق العاده عالی رو نصب کنید و از اون برای کارهای ژنومی که قراره در آینده انجام بدین استفاده کنین. خیلی کار باهاش خوب و عالی و راحته حتما تستش کنین و کلا یادگیری این ابزار حدود 4 ساعت از نصب تا رانش وقت میبره.
🧬@IRBioinformatics

اخرین بیلد ابزار Polypolish برای نصب در سیستم عامل لینوکس
🧬@IRBioinformatics

نحوه فعال سازی بیوکوندا در محیط مینی کوندا یا آناکوندا

همونطور که می دونید برای فعالسازی و اجرای ی سری نرم افزارهای بیوانفورماتیکی حتما نیازه از کوندا یا اناکوندا استفاده کنیم. ولی گاها استفاده از این ابزارها نیازمند نصب یک زیرساخت مناسب تری از اناکوندا هستش که میتونه کار ما رو خیلی راحت کنه برای کار با ابزارا. برای اینکار فقط کافیه مراحل زیر رو دنبال کنین تا به راحتی بیوکوندا براتون فعال بشه و ازش به بهترین نحو ممکن برای کارتون استفاده کنین
🧬@IRBioinformatics