معرفی نرم افزارFADiff
امروزه مدلسازی پروتئین های چند زیرواحدی یکی از سخت ترین فرآیندهای محاسباتی است که نیازمند دانش تجربی و تئوری بالایی است. اگرچه ابزارهای مدلسازی گسترده ای برای پیش بینی ساختار پروتئین ها ارائه شده است اما با این حال این ابزارها در هنگامی که پروتئین های مونومری را مدلسازی میکنند بهترین کارایی را از خود نشان می دهند. در نتیجه مهمترین نقطه ضعف آنها در مدلسازی پروتئین های چند زیرواحدی است. ابزار FADiff یک ابزار مدلسازی پروتئین است که اخیرا نسخه ادکامیک و رایگان آن منتشر شده است و محققان می توانند از آن به عنوان ابزاری برای توسعه و مدلسازی پروتئین های چند زیرواحدی استفاده نمایند.
مقاله ابزار:
https://arxiv.org/html/2406.03141v1
کدهای اجرایی ابزار:
https://github.com/aim-uofa/FADiff

این ابزار در محیط لینوکس و با استفاده از پلتفرم اناکوندا یا مینی کوندا قابل اجرا می باشد و برای اجرای ان بایستی از نسخه بروز شده پایتون 3 استفاده کنید.
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/898

مزایا و معایب ترانسکریپتومیکس
مزایای ترانسکریپتومیکس: ترانسکریپتومیکس، که مطالعه کل RNAهای بیان‌شده در یک سلول یا بافت در زمان خاصی است، به محققان امکان می‌دهد تا به شکلی جامع و دقیق فعالیت ژن‌ها را بررسی کنند. یکی از مهم‌ترین مزایای آن این است که می‌توان تغییرات در بیان ژن‌ها را تحت شرایط مختلف محیطی، بیماری‌ها، یا درمان‌ها به‌طور همزمان مشاهده کرد. این تکنیک به تشخیص بهتر مکانیسم‌های مولکولی بیماری‌ها، شناسایی اهداف دارویی جدید و توسعه درمان‌های شخصی‌سازی‌شده کمک می‌کند.

معایب ترانسکریپتومیکس: با وجود مزایای زیاد، ترانسکریپتومیکس معایب خاص خود را نیز دارد. اول اینکه به دلیل پیچیدگی‌های بیولوژیکی و تکنیکی، تحلیل داده‌های ترانسکریپتومیکس بسیار چالش‌برانگیز و زمان‌بر است. نیاز به تجهیزات پیشرفته و پرهزینه، مانند توالی‌یابی RNA (RNA sequencing)، و تخصص بالا در تحلیل داده‌ها از جمله محدودیت‌های این روش محسوب می‌شود. همچنین، بیان RNA لزوماً همیشه با سطح پروتئین‌های تولیدشده از ژن‌ها مطابقت ندارد، بنابراین نتایج ترانسکریپتومیکس باید با سایر تکنیک‌ها تأیید شوند.

کاربردها و ملاحظات عملی: ترانسکریپتومیکس در بسیاری از حوزه‌ها، از جمله تحقیقات سرطان، بیماری‌های خودایمنی و متابولیکی، مورد استفاده قرار می‌گیرد. این فناوری به محققان اجازه می‌دهد که تغییرات بیان ژنی را در سطح تک‌سلولی یا در کل سیستم‌های پیچیده ارزیابی کنند. اما در استفاده از این تکنیک باید به تعداد نمونه‌های مناسب برای جلوگیری از نتایج نادرست توجه کرد و از استانداردهای کیفی برای پردازش داده‌ها پیروی کرد. همچنین، جمع‌آوری و تفسیر داده‌ها به مهارت‌های خاصی نیاز دارد تا نتایج به‌درستی تفسیر شوند.
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/899

تحولات و چالش های حوزه ترانسکریپتومیکس گیاهان دارویی
اگر به بحث ترانسکریپتومیکس در حوزه گیاهان دارویی علاقه مند هستید می توانید این مقاله مروری ارزشمند را مطالعه کنید.
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/900

یکی از نکاتی که در رابطه با سانترومرهای کروموزومی بایستی به آن واقف باشید توجه به این موضوع است در سازماندهی سانترومرها هیستون H3 کانونیکال با یک هیستون H3 مدیفای شده اختصاصی ناحیه سانترومر جایگزین شده است. با توجه به اینکه در برنامه های اصلاحی و تولید سطوح پلوییدی مهندسی سانترومر می تواند از نقش کلیدی برخوردار باشد، در نتیجه کسب اطلاعات در این زمینه به صورت شایانی می تواند به محققان علوم زراعی و بیوتک گیاهی در اصلاح گونه های زراعی بخصوص در الوپلی پلوئیدها کمک نماید. در این مقاله به این مبحث پرداخته شده است و همراهان گرامی می توانند با مطالعه این مقاله از دستاوردهای آن در برنامه های بهنژادی خود استفاده نمایند. https://link.springer.com/article/10.1007/s11103-024-01474-5

این پژوهش با همکاری یک گروه ایرانی از دپارتمان بیوتک کشاورزی دانشگاه تربیت مدرس و محققان آلمانی با سرپرستی پرفسور Andreas Houben و سرکار خانم دکتر راحله کریمی آشتیانی از گروه بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس منتشر شده است.
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/901

Centromere sequence-independent but biased loading of subgenome-specific CENH3 variants in allopolyploid Arabidopsis suecica
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/902

زیست فناوری سنتزی یا synthetic biology چیست و چه کاربردی دارد؟
در زیست‌فناوری سنتزی، سلول‌ها و فرآیندهای زیستی تجزیه و دوباره سرهم‌بندی می‌شوند تا سیستم‌های نوینی ساخته شوند که کارهای مفیدی انجام دهند. طراحی‌ها توسط دی‌اِن‌اِی (اسید دئوکسی‌ریبونوکلئیک) رمزگذاری می‌شوند؛ دی‌اِن‌اِی اجزای زیستی (بیوپارت‌ها) را می‌سازد؛ بیوپارت‌ها با هم ترکیب می‌شوند تا دستگاه‌هایی ایجاد کنند؛ و این دستگاه‌ها در سیستم‌های زیستی جایگذاری می‌شوند. در تمام مراحل چرخه طراحی-ساخت-آزمایش-یادگیری، از کامپیوترها استفاده می‌شود، از مدل‌سازی ریاضی گرفته تا استفاده از ربات‌ها برای خودکارسازی فرآیند مونتاژ و آزمایش. در این مقاله به صورت کلیدی اساس و پایه زیست فناوری سنتزی توضیح داده شده است و علاقه مندان به این حوزه می توانند با مطالعه آن اطلاعات خود را از این حوزه جذاب و جدید می توانند افزایش دهند.

با انتشار این مطالب در میان دوستان خود و معرفی این کانال به گسترش مخاطبان ما کمک کنید تا با همکاری هم از به روز ترین مطالب زیستی اطلاع پیدا کنیم....
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/903

Principles of synthetic biology
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/904

چگونه گیاهان تراریخته را شناسایی کنیم؟
یکی از مباحث کاربردی که هنوز در حوزه بیوتکنولوژی گیاهی طرفداران خاص خود را دارد بحث شناسایی و ردیابی گیاهان تراریخته می باشد. در حال حاضر روش ها و متدهای متنوعی با توجه به امکانات در دسترس در آزمایشگاه برای شناسایی محصولات گیاهی تراریخته وجود دارد که پژوهشگران با استفاده از آنها می توانند ارقام یا محصولات تراریخته را شناسایی کنند. این روش ها به صورت کلی به سه دسته تقسیم بندی می شوند: دسته اول، روش های مبتنی بر DNA، دسته دوم روش های مبتنی بر RNA و دسته سوم روش های مبتنی بر پروتئین هستند. در ادامه این روش ها بحث شده است.

انتشار و استفاده از این مطلب با ذکر نام کانال مجاز است.
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/905

برای شناسایی یک گیاه تراریخته (ترانس‌ژنیک) که در آن ژن‌های خارجی وارد شده‌اند، چندین روش مختلف علمی وجود دارد که به شناسایی و تأیید حضور ژن خارجی یا تغییرات ژنتیکی کمک می‌کند. این روش‌ها به دو دسته کلی مبتنی بر DNA، مبتنی بر RNA و مبتنی بر پروتئین تقسیم می‌شوند.

روش‌های مبتنی بر DNA
واکنش زنجیره‌ای پلیمراز: یکی از رایج‌ترین و سریع‌ترین روش‌ها برای شناسایی گیاهان تراریخته است. در این روش، توالی ژنتیکی خاصی که به گیاه اضافه شده است (ژن خارجی)، تکثیر و شناسایی می‌شود. اگر ژن تراریخته در نمونه وجود داشته باشد، این روش آن را به‌طور دقیق تشخیص می‌دهد.
روش Real-time PCR: یک نسخه پیشرفته‌تر از PCR است که علاوه بر شناسایی ژن، میزان آن را نیز می‌سنجد و برای ارزیابی دقیق‌تر بیان ژن‌های تراریخته به‌کار می‌رود
روش Southern Blot : این روش برای تأیید حضور و همچنین تعداد نسخه‌های ژن تراریخته در گیاه استفاده می‌شود. با جداسازی DNA و استفاده از پروب‌های خاص، توالی‌های خارجی شناسایی و موقعیت آن‌ها در ژنوم مشخص می‌شود.
روش‌های مبتنی بر RNA
واکنش زنجیره‌ای پلیمراز معکوس: این روش مشابه PCR است، اما در آن ابتدا RNA به cDNA تبدیل شده و سپس مورد آزمایش قرار می‌گیرد. این روش نشان می‌دهد که آیا ژن تراریخته به RNA پیام‌رسان (mRNA) تبدیل شده و در نتیجه بیان شده است یا خیر
روش . Northern Blot این روش به شناسایی RNAهای خاصی که از ژن تراریخته حاصل شده‌اند، می‌پردازد و برای بررسی سطح بیان ژن استفاده می‌شود
روش‌های مبتنی بر پروتئین:
روش ELISA (آزمون ایمونوسوربنت مرتبط با آنزیم): این روش پروتئین تولیدشده توسط ژن تراریخته را شناسایی می‌کند. آنتی‌بادی‌های خاص برای تشخیص پروتئین مورد نظر در گیاه به کار گرفته می‌شوند.
روش Western Blot : این روش برای تشخیص و اندازه‌گیری پروتئین‌های خاص در گیاه استفاده می‌شود. پروتئین‌های گیاه استخراج شده و پس از الکتروفورز و انتقال به غشا، با استفاده از آنتی‌بادی‌های خاص شناسایی می‌شوند.
روش‌های بیوانفورماتیک و شناسایی علائم فیزیکی:
شناسایی علائم ظاهری: برخی از گیاهان تراریخته دارای صفات قابل مشاهده مانند مقاومت به آفت‌ها یا تغییرات در رنگ و شکل برگ‌ها یا میوه‌ها هستند که به‌عنوان علائم اولیه مورد بررسی قرار می‌گیرند. آنالیز توالی ژنتیکی: استفاده از روش‌های بیوانفورماتیک و آنالیز ژنوم برای شناسایی نواحی دست‌ورزی‌شده ژنتیکی در گیاهان تراریخته.
روش‌های بیولوژیکی: آزمایش‌های زیستی: برخی گیاهان تراریخته صفات مقاومت به آفت‌کش‌ها یا علف‌کش‌های خاصی را دارند. آزمایش‌های زیستی می‌تواند توانایی گیاه را در تحمل این مواد بررسی کند و به طور غیرمستقیم تراریخته بودن آن را نشان دهد. این روش‌ها می‌توانند به صورت ترکیبی استفاده شوند تا نتایج دقیق‌تری درباره تراریخته بودن یک گیاه به دست آید.
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/906

Neutrophil extracellular traps in homeostasis and disease
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/913

راستی چه خبر از تایید داروهای تایدی توسط سازمان غذا و دارو آمریکا؟
در مقاله پیوست گزارش شده است که در سال 2023، مجموعاً 9 داروی تاید یا tide (شامل پپتیدها و اولیگونوکلئوتیدها) توسط FDA تأیید شده اند. چهار اولیگونوکلئوتید تأیید شده برای درمان انواع مختلفی از اختلالات به کار می‌روند، از جمله اسکلروز جانبی آمیوتروفیک (ALS)، آتروفی ژئوگرافیکی، هایپراکسالوری اولیه نوع 1 و پلی‌نوروپاتی ناشی از آمیلوئیدوز ارثی وابسته به ترانس‌تیرتین. همه این اولیگونوکلئوتیدها دارای ساختارهای شیمیایی اصلاح‌شده‌ای هستند که پایداری و اثربخشی درمانی آنها را به عنوان الیگومرهای آنتی‌سنس یا اپتامر افزایش می‌دهد. برخی از آن‌ها انواع مختلفی از پیوندهای ترکیبی به لیگاندهای محرک را نشان می‌دهند، که برای بهبود عملکرد درمانی‌شان استفاده می‌شود.
انتشار برای اولین بار در کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی.
استفاده و انتشار این مطلب با ذکر نام کانال مجاز است.
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/914

پپتیدهای تأیید شده توسط FDA شامل ساختارهای مختلفی مانند پپتیدهای خطی، حلقوی و لیپوپپتیدها هستند و کاربردهای متنوعی دارند. جالب اینکه، FDA برای اولین بار صلاحیت درمانی برای بیماری های orphan را به یک داروی مبتنی بر پپتید اعطا کرده است که به‌عنوان یک آنتاگونیست بسیار انتخابی برای کموکاین عمل می‌کند. این نشان‌دهنده اهمیت فزاینده پپتیدها در درمان بیماری‌های نادر و هدف‌مند است. در مقاله پیوست اخرین تحولات و تاییدهای داروهای تایدی را مطالعه خواهید کرد و به درک عمیق تری از این داروها خواهید رسید.
منظور از داروهای تاید عبارت است از داروهایی که در ساختار نام خود پسوند tide را دارند. این داروها شامل peptides و oligonucleotides می باشند
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/915

معرفی سیستم عامل Lubuntu
سیستم عامل Lubuntu یکی از توزیع های توسعه داده شده لینوکس از نسخه روتین Ubuntu است که دارای محیط کاربری جذاب تر و نیاز سخت افزاری کمتر است و برای انجام کارهای بیوانفورماتیکی و اجرای نرم افزار های بیوانفورماتیکی به صورت موثری می تواند مورد استفاده قرار گیرد. با استفاده از این سیستم عامل به راحتی می توانید برای یادگیری بیوانفورماتیک و اجرای برنامه های مربوطه اقدام کنید
دانلود و مطالعه بیشتر
https://lubuntu.me/

https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/916

همراهان گرامی در رابطه با روش speed Breeding در کارهای اصلاح نژاد گیاهی چه می دانید؟ ایا می دانستید این تکنولوژی می تواند به صورت موثری روند اصلاح گیاهان زراعی برای صفات مطلوب را به مدت زمان کوتاهی تقلیل دهد و در مقابله با چالش های تغییرات اقلیمی به صورت موفقیت آمیزی فائق شود؟
خلاصه مقاله پیوست:
بهبود محصولات کشاورزی می‌تواند به ما در مقابله با چالش تأمین غذای جمعیت ۱۰ میلیارد نفری کمک کند، اما آیا می‌توانیم با سرعت کافی ارقام بهتری را پرورش دهیم؟ فناوری‌هایی مانند ژنوتایپینگ، انتخاب مبتنی بر نشانگر، فنوتیپ‌گیری با توان بالا، ویرایش ژنوم، انتخاب ژنومی و اهلی‌سازی de novo می‌توانند با استفاده از روش speed breeding تقویت شوند تا به بهنژادگران امکان دهند همگام با محیط در حال تغییر و جمعیت انسانی رو به افزایش حرکت کنند. روش speed breeding این قابلیت را دارد که چرخه تولید نسل‌های جدید را تسریع کرده و به بهبود بهره‌وری محصولات کمک کند

انتشار برای اولین بار در کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی. انتشار این مطلب با ذکر نام کانال مجاز است.
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/917

Breeding crops to feed 10 billion
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/918