Centromere sequence-independent but biased loading of subgenome-specific CENH3 variants in allopolyploid Arabidopsis suecica
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/902

زیست فناوری سنتزی یا synthetic biology چیست و چه کاربردی دارد؟
در زیست‌فناوری سنتزی، سلول‌ها و فرآیندهای زیستی تجزیه و دوباره سرهم‌بندی می‌شوند تا سیستم‌های نوینی ساخته شوند که کارهای مفیدی انجام دهند. طراحی‌ها توسط دی‌اِن‌اِی (اسید دئوکسی‌ریبونوکلئیک) رمزگذاری می‌شوند؛ دی‌اِن‌اِی اجزای زیستی (بیوپارت‌ها) را می‌سازد؛ بیوپارت‌ها با هم ترکیب می‌شوند تا دستگاه‌هایی ایجاد کنند؛ و این دستگاه‌ها در سیستم‌های زیستی جایگذاری می‌شوند. در تمام مراحل چرخه طراحی-ساخت-آزمایش-یادگیری، از کامپیوترها استفاده می‌شود، از مدل‌سازی ریاضی گرفته تا استفاده از ربات‌ها برای خودکارسازی فرآیند مونتاژ و آزمایش. در این مقاله به صورت کلیدی اساس و پایه زیست فناوری سنتزی توضیح داده شده است و علاقه مندان به این حوزه می توانند با مطالعه آن اطلاعات خود را از این حوزه جذاب و جدید می توانند افزایش دهند.

با انتشار این مطالب در میان دوستان خود و معرفی این کانال به گسترش مخاطبان ما کمک کنید تا با همکاری هم از به روز ترین مطالب زیستی اطلاع پیدا کنیم....
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/903

Principles of synthetic biology
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/904

چگونه گیاهان تراریخته را شناسایی کنیم؟
یکی از مباحث کاربردی که هنوز در حوزه بیوتکنولوژی گیاهی طرفداران خاص خود را دارد بحث شناسایی و ردیابی گیاهان تراریخته می باشد. در حال حاضر روش ها و متدهای متنوعی با توجه به امکانات در دسترس در آزمایشگاه برای شناسایی محصولات گیاهی تراریخته وجود دارد که پژوهشگران با استفاده از آنها می توانند ارقام یا محصولات تراریخته را شناسایی کنند. این روش ها به صورت کلی به سه دسته تقسیم بندی می شوند: دسته اول، روش های مبتنی بر DNA، دسته دوم روش های مبتنی بر RNA و دسته سوم روش های مبتنی بر پروتئین هستند. در ادامه این روش ها بحث شده است.

انتشار و استفاده از این مطلب با ذکر نام کانال مجاز است.
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/905

برای شناسایی یک گیاه تراریخته (ترانس‌ژنیک) که در آن ژن‌های خارجی وارد شده‌اند، چندین روش مختلف علمی وجود دارد که به شناسایی و تأیید حضور ژن خارجی یا تغییرات ژنتیکی کمک می‌کند. این روش‌ها به دو دسته کلی مبتنی بر DNA، مبتنی بر RNA و مبتنی بر پروتئین تقسیم می‌شوند.

روش‌های مبتنی بر DNA
واکنش زنجیره‌ای پلیمراز: یکی از رایج‌ترین و سریع‌ترین روش‌ها برای شناسایی گیاهان تراریخته است. در این روش، توالی ژنتیکی خاصی که به گیاه اضافه شده است (ژن خارجی)، تکثیر و شناسایی می‌شود. اگر ژن تراریخته در نمونه وجود داشته باشد، این روش آن را به‌طور دقیق تشخیص می‌دهد.
روش Real-time PCR: یک نسخه پیشرفته‌تر از PCR است که علاوه بر شناسایی ژن، میزان آن را نیز می‌سنجد و برای ارزیابی دقیق‌تر بیان ژن‌های تراریخته به‌کار می‌رود
روش Southern Blot : این روش برای تأیید حضور و همچنین تعداد نسخه‌های ژن تراریخته در گیاه استفاده می‌شود. با جداسازی DNA و استفاده از پروب‌های خاص، توالی‌های خارجی شناسایی و موقعیت آن‌ها در ژنوم مشخص می‌شود.
روش‌های مبتنی بر RNA
واکنش زنجیره‌ای پلیمراز معکوس: این روش مشابه PCR است، اما در آن ابتدا RNA به cDNA تبدیل شده و سپس مورد آزمایش قرار می‌گیرد. این روش نشان می‌دهد که آیا ژن تراریخته به RNA پیام‌رسان (mRNA) تبدیل شده و در نتیجه بیان شده است یا خیر
روش . Northern Blot این روش به شناسایی RNAهای خاصی که از ژن تراریخته حاصل شده‌اند، می‌پردازد و برای بررسی سطح بیان ژن استفاده می‌شود
روش‌های مبتنی بر پروتئین:
روش ELISA (آزمون ایمونوسوربنت مرتبط با آنزیم): این روش پروتئین تولیدشده توسط ژن تراریخته را شناسایی می‌کند. آنتی‌بادی‌های خاص برای تشخیص پروتئین مورد نظر در گیاه به کار گرفته می‌شوند.
روش Western Blot : این روش برای تشخیص و اندازه‌گیری پروتئین‌های خاص در گیاه استفاده می‌شود. پروتئین‌های گیاه استخراج شده و پس از الکتروفورز و انتقال به غشا، با استفاده از آنتی‌بادی‌های خاص شناسایی می‌شوند.
روش‌های بیوانفورماتیک و شناسایی علائم فیزیکی:
شناسایی علائم ظاهری: برخی از گیاهان تراریخته دارای صفات قابل مشاهده مانند مقاومت به آفت‌ها یا تغییرات در رنگ و شکل برگ‌ها یا میوه‌ها هستند که به‌عنوان علائم اولیه مورد بررسی قرار می‌گیرند. آنالیز توالی ژنتیکی: استفاده از روش‌های بیوانفورماتیک و آنالیز ژنوم برای شناسایی نواحی دست‌ورزی‌شده ژنتیکی در گیاهان تراریخته.
روش‌های بیولوژیکی: آزمایش‌های زیستی: برخی گیاهان تراریخته صفات مقاومت به آفت‌کش‌ها یا علف‌کش‌های خاصی را دارند. آزمایش‌های زیستی می‌تواند توانایی گیاه را در تحمل این مواد بررسی کند و به طور غیرمستقیم تراریخته بودن آن را نشان دهد. این روش‌ها می‌توانند به صورت ترکیبی استفاده شوند تا نتایج دقیق‌تری درباره تراریخته بودن یک گیاه به دست آید.
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/906

Neutrophil extracellular traps in homeostasis and disease
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/913

راستی چه خبر از تایید داروهای تایدی توسط سازمان غذا و دارو آمریکا؟
در مقاله پیوست گزارش شده است که در سال 2023، مجموعاً 9 داروی تاید یا tide (شامل پپتیدها و اولیگونوکلئوتیدها) توسط FDA تأیید شده اند. چهار اولیگونوکلئوتید تأیید شده برای درمان انواع مختلفی از اختلالات به کار می‌روند، از جمله اسکلروز جانبی آمیوتروفیک (ALS)، آتروفی ژئوگرافیکی، هایپراکسالوری اولیه نوع 1 و پلی‌نوروپاتی ناشی از آمیلوئیدوز ارثی وابسته به ترانس‌تیرتین. همه این اولیگونوکلئوتیدها دارای ساختارهای شیمیایی اصلاح‌شده‌ای هستند که پایداری و اثربخشی درمانی آنها را به عنوان الیگومرهای آنتی‌سنس یا اپتامر افزایش می‌دهد. برخی از آن‌ها انواع مختلفی از پیوندهای ترکیبی به لیگاندهای محرک را نشان می‌دهند، که برای بهبود عملکرد درمانی‌شان استفاده می‌شود.
انتشار برای اولین بار در کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی.
استفاده و انتشار این مطلب با ذکر نام کانال مجاز است.
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/914

پپتیدهای تأیید شده توسط FDA شامل ساختارهای مختلفی مانند پپتیدهای خطی، حلقوی و لیپوپپتیدها هستند و کاربردهای متنوعی دارند. جالب اینکه، FDA برای اولین بار صلاحیت درمانی برای بیماری های orphan را به یک داروی مبتنی بر پپتید اعطا کرده است که به‌عنوان یک آنتاگونیست بسیار انتخابی برای کموکاین عمل می‌کند. این نشان‌دهنده اهمیت فزاینده پپتیدها در درمان بیماری‌های نادر و هدف‌مند است. در مقاله پیوست اخرین تحولات و تاییدهای داروهای تایدی را مطالعه خواهید کرد و به درک عمیق تری از این داروها خواهید رسید.
منظور از داروهای تاید عبارت است از داروهایی که در ساختار نام خود پسوند tide را دارند. این داروها شامل peptides و oligonucleotides می باشند
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/915

معرفی سیستم عامل Lubuntu
سیستم عامل Lubuntu یکی از توزیع های توسعه داده شده لینوکس از نسخه روتین Ubuntu است که دارای محیط کاربری جذاب تر و نیاز سخت افزاری کمتر است و برای انجام کارهای بیوانفورماتیکی و اجرای نرم افزار های بیوانفورماتیکی به صورت موثری می تواند مورد استفاده قرار گیرد. با استفاده از این سیستم عامل به راحتی می توانید برای یادگیری بیوانفورماتیک و اجرای برنامه های مربوطه اقدام کنید
دانلود و مطالعه بیشتر
https://lubuntu.me/

https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/916

همراهان گرامی در رابطه با روش speed Breeding در کارهای اصلاح نژاد گیاهی چه می دانید؟ ایا می دانستید این تکنولوژی می تواند به صورت موثری روند اصلاح گیاهان زراعی برای صفات مطلوب را به مدت زمان کوتاهی تقلیل دهد و در مقابله با چالش های تغییرات اقلیمی به صورت موفقیت آمیزی فائق شود؟
خلاصه مقاله پیوست:
بهبود محصولات کشاورزی می‌تواند به ما در مقابله با چالش تأمین غذای جمعیت ۱۰ میلیارد نفری کمک کند، اما آیا می‌توانیم با سرعت کافی ارقام بهتری را پرورش دهیم؟ فناوری‌هایی مانند ژنوتایپینگ، انتخاب مبتنی بر نشانگر، فنوتیپ‌گیری با توان بالا، ویرایش ژنوم، انتخاب ژنومی و اهلی‌سازی de novo می‌توانند با استفاده از روش speed breeding تقویت شوند تا به بهنژادگران امکان دهند همگام با محیط در حال تغییر و جمعیت انسانی رو به افزایش حرکت کنند. روش speed breeding این قابلیت را دارد که چرخه تولید نسل‌های جدید را تسریع کرده و به بهبود بهره‌وری محصولات کمک کند

انتشار برای اولین بار در کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی. انتشار این مطلب با ذکر نام کانال مجاز است.
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/917

Breeding crops to feed 10 billion
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/918

همراهان گرامی در مورد سرقت زیستی یا Biopiracy چه می دانید؟

امروزه بیوپایریسی (Biopiracy) یا دزدی زیستی به عنوان یک "بیماری خاموش" به سختی قابل تشخیص است، زیرا اغلب ردپایی از خود باقی نمی‌گذارد. یکی از مهم‌ترین تهدیدات سلامتی در این عصر، تسلط شرکت‌های بزرگ بر منابع غذایی است. این شرکت‌ها با استفاده از حقوق مالکیت فکری، گیاهان دارویی بومی، بذرها، منابع ژنتیکی و داروهای سنتی را ثبت اختراع می‌کنند. عصر جدید زیست‌فناوری بر ژن‌های موجودات زنده به عنوان مواد خام متکی است، به‌طوری که "حمله برای ژن ها" مشابه با "حمله برای طلا" در گذشته شده است. به عنوان مثال سری‌لانکا به عنوان یکی از 34 نقطه داغ تنوع زیستی جهان شناخته شده است. همچنین، در مناطق گرمسیری، نسل‌های انسانی در سری‌لانکا از انواع گونه‌های گیاهی برای درمان‌های گیاهی و بیماری‌ها استفاده کرده‌اند.

پس از جنگ داخلی 30 ساله، سری‌لانکا به سوی رشد پایدار و حفاظت از محیط‌زیست حرکت می‌کند که یکی از اجزای کلیدی توسعه پایدار محسوب می‌شود و سیاستمداران سریلانکایی تمرکز خود را بر حفاظت از منابع زیستی می گذارند. حفاظت از تنوع زیستی در این فرآیند سیاسی-اجتماعی نقش مهمی ایفا می‌کند. در مقاله پیوست، نمای کلی از موارد معمول دزدی زیستی جهانی ارائه شده است و زیست‌کاوی (bioprospecting) از طریق معرفی روش‌های مقرون‌به‌صرفه مانند اثر انگشت‌گذاری DNA و پروتکل‌های بین‌المللی با استفاده از مفهوم مشارکت بخش خصوصی-عمومی-مردم را به عنوان الگوهای مؤثر برای استفاده از منابع طبیعی بررسی شده است.

به طور کلی موارد زیر شامل سرقت زیستی است:

1. ثبت اختراعات بر روی گیاهان و جانوران بومی:
استفاده از گیاهان دارویی، دانه‌ها یا منابع ژنتیکی بومی برای تولید دارو یا محصولات تجاری و ثبت اختراع آنها بدون اجازه یا جبران برای جوامع محلی.
2. استفاده از دانش سنتی:
استخراج دانش و تجربیات سنتی جوامع بومی درباره خواص دارویی گیاهان یا تکنیک‌های کشاورزی بدون جبران و احترام به حقوق مالکیت معنوی آنها.
3. تجارت غیرمجاز منابع ژنتیکی:
استخراج و تجارت منابع ژنتیکی مانند بذرها، DNA و سلول‌ها از گونه‌های بومی بدون اجازه و بدون پرداخت حق‌الزحمه به جوامع محلی.
4. بدست آوردن نمونه‌های زیستی:
جمع‌آوری نمونه‌های زیستی (مانند گیاهان، جانوران و میکروارگانیسم‌ها) از کشورها یا مناطق بومی بدون رعایت قوانین محلی یا بدون توافق با جوامع بومی.
5. پتنت کردن فرآیندهای سنتی:
ثبت اختراعات بر روی فرآیندها یا تکنیک‌هایی که توسط جوامع بومی توسعه یافته‌اند، بدون در نظر گرفتن حق و حقوق آن جوامع.
6. تجارت غیرقانونی محصولات طبیعی:
تجارت محصولات طبیعی مانند گیاهان دارویی، مواد غذایی یا مواد خام دیگر که از جوامع بومی به‌دست آمده‌اند، بدون اجازه و جبران.
7. عدم رعایت توافقات بین‌المللی:
نقض توافقات بین‌المللی مرتبط با حفاظت از تنوع زیستی و دسترسی به منابع زیستی، مانند پروتکل Nairobi یا پروتکل Cartagena .
این موارد به‌طور کلی نشان‌دهنده فعالیت‌هایی هستند که می‌توانند به حقوق جوامع بومی آسیب بزنند و موجب کاهش تنوع زیستی و دانش سنتی شوند. حفاظت از منابع زیستی و احترام به حقوق جوامع محلی و بومی از اهمیت بالایی برخوردار است.
ترجمه و تدوین: کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی
انتشار بدون ذکر نام این کانال غیر مجاز است.
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/919

Biopiracy: Abolish Corporate Hijacking of Indigenous Medicinal Entities
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/920

در رابطه با پرتکل Nairobi و Cartagena چه می دانید؟

پروتکل Nairobi و پروتکل Cartagena به دو توافق بین‌المللی مرتبط با حفاظت از تنوع زیستی و مدیریت دسترسی به منابع زیستی و بهره‌برداری از دانش سنتی اشاره دارند. در زیر به توضیح هر یک پرداخته می‌شود:

1. پروتکل Nairobi :
پروتکل نایروبی، که به‌طور رسمی به عنوان پروتکل نایروبی در مورد دسترسی به منابع ژنتیکی و تقسیم منصفانه منافع شناخته می‌شود، در سال 2000 در نایروبی، کنیا به تصویب رسید. این پروتکل به منظور حمایت از جوامع بومی و محلی در برابر سرقت زیستی و بیوپایریسی (biopiracy) طراحی شده است.

اهداف و ویژگی‌ها:
دسترسی عادلانه: تأکید بر نیاز به دسترسی عادلانه به منابع ژنتیکی و دانش سنتی جوامع بومی.
تقسیم منصفانه منافع: تضمین اینکه منافع حاصل از استفاده از منابع ژنتیکی به‌طور منصفانه بین جوامع محلی و شرکت‌هایی که از این منابع بهره‌برداری می‌کنند، تقسیم شود.
حفاظت از تنوع زیستی: کمک به حفاظت از تنوع زیستی و ارتقاء آگاهی درباره اهمیت آن.
2. پروتکل Cartagena :
پروتکل Cartagena، که به‌طور رسمی به عنوان پروتکل کارتاجنا (Cartagena Protocol) شناخته می‌شود، توافقی بین‌المللی در زمینه امنیت زیستی است که در سال 2000 در کارتاجنا، کلمبیا به تصویب رسید. هدف این پروتکل حفاظت از تنوع زیستی در برابر خطرات ناشی از موجودات زنده اصلاح‌شده ژنتیکی (GMOs) است.

اهداف و ویژگی‌ها:
حفاظت از تنوع زیستی: اطمینان از اینکه استفاده از موجودات زنده اصلاح‌شده ژنتیکی تأثیر منفی بر تنوع زیستی نداشته باشد.
اطلاعات و آگاهی: تضمین اینکه کشورها اطلاعات کافی درباره ریسک‌ها و مزایای موجودات زنده اصلاح‌شده دریافت کنند.
اجازه‌نامه: تأکید بر ضرورت دریافت مجوز قبل از انتقال و استفاده از موجودات زنده اصلاح‌شده در کشورها.

هر دو پروتکل به حفاظت از تنوع زیستی و حمایت از حقوق جوامع محلی و بومی پرداخته و به‌عنوان ابزارهایی برای مقابله با چالش‌های ناشی از بیوپایری و خطرات ناشی از موجودات زنده اصلاح‌شده ژنتیکی عمل می‌کنند. این توافقات به اهمیت عدالت اجتماعی و حفاظت از محیط‌زیست تأکید می‌کنند.

ترجمه و تدوین: کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی
انتشار بدون ذکر نام این کانال غیر مجاز است.
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/921