Neutrophil extracellular traps in homeostasis and disease
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/913

راستی چه خبر از تایید داروهای تایدی توسط سازمان غذا و دارو آمریکا؟
در مقاله پیوست گزارش شده است که در سال 2023، مجموعاً 9 داروی تاید یا tide (شامل پپتیدها و اولیگونوکلئوتیدها) توسط FDA تأیید شده اند. چهار اولیگونوکلئوتید تأیید شده برای درمان انواع مختلفی از اختلالات به کار می‌روند، از جمله اسکلروز جانبی آمیوتروفیک (ALS)، آتروفی ژئوگرافیکی، هایپراکسالوری اولیه نوع 1 و پلی‌نوروپاتی ناشی از آمیلوئیدوز ارثی وابسته به ترانس‌تیرتین. همه این اولیگونوکلئوتیدها دارای ساختارهای شیمیایی اصلاح‌شده‌ای هستند که پایداری و اثربخشی درمانی آنها را به عنوان الیگومرهای آنتی‌سنس یا اپتامر افزایش می‌دهد. برخی از آن‌ها انواع مختلفی از پیوندهای ترکیبی به لیگاندهای محرک را نشان می‌دهند، که برای بهبود عملکرد درمانی‌شان استفاده می‌شود.
انتشار برای اولین بار در کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی.
استفاده و انتشار این مطلب با ذکر نام کانال مجاز است.
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/914

پپتیدهای تأیید شده توسط FDA شامل ساختارهای مختلفی مانند پپتیدهای خطی، حلقوی و لیپوپپتیدها هستند و کاربردهای متنوعی دارند. جالب اینکه، FDA برای اولین بار صلاحیت درمانی برای بیماری های orphan را به یک داروی مبتنی بر پپتید اعطا کرده است که به‌عنوان یک آنتاگونیست بسیار انتخابی برای کموکاین عمل می‌کند. این نشان‌دهنده اهمیت فزاینده پپتیدها در درمان بیماری‌های نادر و هدف‌مند است. در مقاله پیوست اخرین تحولات و تاییدهای داروهای تایدی را مطالعه خواهید کرد و به درک عمیق تری از این داروها خواهید رسید.
منظور از داروهای تاید عبارت است از داروهایی که در ساختار نام خود پسوند tide را دارند. این داروها شامل peptides و oligonucleotides می باشند
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/915

معرفی سیستم عامل Lubuntu
سیستم عامل Lubuntu یکی از توزیع های توسعه داده شده لینوکس از نسخه روتین Ubuntu است که دارای محیط کاربری جذاب تر و نیاز سخت افزاری کمتر است و برای انجام کارهای بیوانفورماتیکی و اجرای نرم افزار های بیوانفورماتیکی به صورت موثری می تواند مورد استفاده قرار گیرد. با استفاده از این سیستم عامل به راحتی می توانید برای یادگیری بیوانفورماتیک و اجرای برنامه های مربوطه اقدام کنید
دانلود و مطالعه بیشتر
https://lubuntu.me/

https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/916

همراهان گرامی در رابطه با روش speed Breeding در کارهای اصلاح نژاد گیاهی چه می دانید؟ ایا می دانستید این تکنولوژی می تواند به صورت موثری روند اصلاح گیاهان زراعی برای صفات مطلوب را به مدت زمان کوتاهی تقلیل دهد و در مقابله با چالش های تغییرات اقلیمی به صورت موفقیت آمیزی فائق شود؟
خلاصه مقاله پیوست:
بهبود محصولات کشاورزی می‌تواند به ما در مقابله با چالش تأمین غذای جمعیت ۱۰ میلیارد نفری کمک کند، اما آیا می‌توانیم با سرعت کافی ارقام بهتری را پرورش دهیم؟ فناوری‌هایی مانند ژنوتایپینگ، انتخاب مبتنی بر نشانگر، فنوتیپ‌گیری با توان بالا، ویرایش ژنوم، انتخاب ژنومی و اهلی‌سازی de novo می‌توانند با استفاده از روش speed breeding تقویت شوند تا به بهنژادگران امکان دهند همگام با محیط در حال تغییر و جمعیت انسانی رو به افزایش حرکت کنند. روش speed breeding این قابلیت را دارد که چرخه تولید نسل‌های جدید را تسریع کرده و به بهبود بهره‌وری محصولات کمک کند

انتشار برای اولین بار در کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی. انتشار این مطلب با ذکر نام کانال مجاز است.
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/917

Breeding crops to feed 10 billion
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/918

همراهان گرامی در مورد سرقت زیستی یا Biopiracy چه می دانید؟

امروزه بیوپایریسی (Biopiracy) یا دزدی زیستی به عنوان یک "بیماری خاموش" به سختی قابل تشخیص است، زیرا اغلب ردپایی از خود باقی نمی‌گذارد. یکی از مهم‌ترین تهدیدات سلامتی در این عصر، تسلط شرکت‌های بزرگ بر منابع غذایی است. این شرکت‌ها با استفاده از حقوق مالکیت فکری، گیاهان دارویی بومی، بذرها، منابع ژنتیکی و داروهای سنتی را ثبت اختراع می‌کنند. عصر جدید زیست‌فناوری بر ژن‌های موجودات زنده به عنوان مواد خام متکی است، به‌طوری که "حمله برای ژن ها" مشابه با "حمله برای طلا" در گذشته شده است. به عنوان مثال سری‌لانکا به عنوان یکی از 34 نقطه داغ تنوع زیستی جهان شناخته شده است. همچنین، در مناطق گرمسیری، نسل‌های انسانی در سری‌لانکا از انواع گونه‌های گیاهی برای درمان‌های گیاهی و بیماری‌ها استفاده کرده‌اند.

پس از جنگ داخلی 30 ساله، سری‌لانکا به سوی رشد پایدار و حفاظت از محیط‌زیست حرکت می‌کند که یکی از اجزای کلیدی توسعه پایدار محسوب می‌شود و سیاستمداران سریلانکایی تمرکز خود را بر حفاظت از منابع زیستی می گذارند. حفاظت از تنوع زیستی در این فرآیند سیاسی-اجتماعی نقش مهمی ایفا می‌کند. در مقاله پیوست، نمای کلی از موارد معمول دزدی زیستی جهانی ارائه شده است و زیست‌کاوی (bioprospecting) از طریق معرفی روش‌های مقرون‌به‌صرفه مانند اثر انگشت‌گذاری DNA و پروتکل‌های بین‌المللی با استفاده از مفهوم مشارکت بخش خصوصی-عمومی-مردم را به عنوان الگوهای مؤثر برای استفاده از منابع طبیعی بررسی شده است.

به طور کلی موارد زیر شامل سرقت زیستی است:

1. ثبت اختراعات بر روی گیاهان و جانوران بومی:
استفاده از گیاهان دارویی، دانه‌ها یا منابع ژنتیکی بومی برای تولید دارو یا محصولات تجاری و ثبت اختراع آنها بدون اجازه یا جبران برای جوامع محلی.
2. استفاده از دانش سنتی:
استخراج دانش و تجربیات سنتی جوامع بومی درباره خواص دارویی گیاهان یا تکنیک‌های کشاورزی بدون جبران و احترام به حقوق مالکیت معنوی آنها.
3. تجارت غیرمجاز منابع ژنتیکی:
استخراج و تجارت منابع ژنتیکی مانند بذرها، DNA و سلول‌ها از گونه‌های بومی بدون اجازه و بدون پرداخت حق‌الزحمه به جوامع محلی.
4. بدست آوردن نمونه‌های زیستی:
جمع‌آوری نمونه‌های زیستی (مانند گیاهان، جانوران و میکروارگانیسم‌ها) از کشورها یا مناطق بومی بدون رعایت قوانین محلی یا بدون توافق با جوامع بومی.
5. پتنت کردن فرآیندهای سنتی:
ثبت اختراعات بر روی فرآیندها یا تکنیک‌هایی که توسط جوامع بومی توسعه یافته‌اند، بدون در نظر گرفتن حق و حقوق آن جوامع.
6. تجارت غیرقانونی محصولات طبیعی:
تجارت محصولات طبیعی مانند گیاهان دارویی، مواد غذایی یا مواد خام دیگر که از جوامع بومی به‌دست آمده‌اند، بدون اجازه و جبران.
7. عدم رعایت توافقات بین‌المللی:
نقض توافقات بین‌المللی مرتبط با حفاظت از تنوع زیستی و دسترسی به منابع زیستی، مانند پروتکل Nairobi یا پروتکل Cartagena .
این موارد به‌طور کلی نشان‌دهنده فعالیت‌هایی هستند که می‌توانند به حقوق جوامع بومی آسیب بزنند و موجب کاهش تنوع زیستی و دانش سنتی شوند. حفاظت از منابع زیستی و احترام به حقوق جوامع محلی و بومی از اهمیت بالایی برخوردار است.
ترجمه و تدوین: کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی
انتشار بدون ذکر نام این کانال غیر مجاز است.
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/919

Biopiracy: Abolish Corporate Hijacking of Indigenous Medicinal Entities
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/920

در رابطه با پرتکل Nairobi و Cartagena چه می دانید؟

پروتکل Nairobi و پروتکل Cartagena به دو توافق بین‌المللی مرتبط با حفاظت از تنوع زیستی و مدیریت دسترسی به منابع زیستی و بهره‌برداری از دانش سنتی اشاره دارند. در زیر به توضیح هر یک پرداخته می‌شود:

1. پروتکل Nairobi :
پروتکل نایروبی، که به‌طور رسمی به عنوان پروتکل نایروبی در مورد دسترسی به منابع ژنتیکی و تقسیم منصفانه منافع شناخته می‌شود، در سال 2000 در نایروبی، کنیا به تصویب رسید. این پروتکل به منظور حمایت از جوامع بومی و محلی در برابر سرقت زیستی و بیوپایریسی (biopiracy) طراحی شده است.

اهداف و ویژگی‌ها:
دسترسی عادلانه: تأکید بر نیاز به دسترسی عادلانه به منابع ژنتیکی و دانش سنتی جوامع بومی.
تقسیم منصفانه منافع: تضمین اینکه منافع حاصل از استفاده از منابع ژنتیکی به‌طور منصفانه بین جوامع محلی و شرکت‌هایی که از این منابع بهره‌برداری می‌کنند، تقسیم شود.
حفاظت از تنوع زیستی: کمک به حفاظت از تنوع زیستی و ارتقاء آگاهی درباره اهمیت آن.
2. پروتکل Cartagena :
پروتکل Cartagena، که به‌طور رسمی به عنوان پروتکل کارتاجنا (Cartagena Protocol) شناخته می‌شود، توافقی بین‌المللی در زمینه امنیت زیستی است که در سال 2000 در کارتاجنا، کلمبیا به تصویب رسید. هدف این پروتکل حفاظت از تنوع زیستی در برابر خطرات ناشی از موجودات زنده اصلاح‌شده ژنتیکی (GMOs) است.

اهداف و ویژگی‌ها:
حفاظت از تنوع زیستی: اطمینان از اینکه استفاده از موجودات زنده اصلاح‌شده ژنتیکی تأثیر منفی بر تنوع زیستی نداشته باشد.
اطلاعات و آگاهی: تضمین اینکه کشورها اطلاعات کافی درباره ریسک‌ها و مزایای موجودات زنده اصلاح‌شده دریافت کنند.
اجازه‌نامه: تأکید بر ضرورت دریافت مجوز قبل از انتقال و استفاده از موجودات زنده اصلاح‌شده در کشورها.

هر دو پروتکل به حفاظت از تنوع زیستی و حمایت از حقوق جوامع محلی و بومی پرداخته و به‌عنوان ابزارهایی برای مقابله با چالش‌های ناشی از بیوپایری و خطرات ناشی از موجودات زنده اصلاح‌شده ژنتیکی عمل می‌کنند. این توافقات به اهمیت عدالت اجتماعی و حفاظت از محیط‌زیست تأکید می‌کنند.

ترجمه و تدوین: کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی
انتشار بدون ذکر نام این کانال غیر مجاز است.
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/921

قابل توجه بهنژادگران و متخصصین بیوتکنولوژی کشاورزی کشور!
آیا می دانستید که سازمان جهانی خواربار و کشاورزی ملل متحد یا FAO در سال 2023 گزارشی مبتنی بر کارایی، چالش ها و فرصت های تکنولوژی های ویرایش ژن و ژنوم در بهبود برنامه های غذایی ارائه داده است؟
خلاصه گزارش:
فناوری‌های ویرایش ژن به عنوان ابزاری جدید و امیدوارکننده برای پرورش گیاهان و حیوانات در کشورهای با درآمد پایین و متوسط محسوب می‌شوند. این فناوری‌ها دقت و کارایی بیشتری نسبت به روش‌های فعلی پرورش فراهم می‌آورند و می‌توانند منجر به توسعه سریع ارقام گیاهی و نژادهای دامی بهبود یافته شوند. با این حال، مانند هر فناوری جدید، این فناوری‌ها نیز مزایا و معایب خود را دارند. هنوز هیچ اجماع بین‌المللی درباره اینکه آیا و چگونه باید موجودات ویرایش‌شده ژنی را تنظیم کرد وجود ندارد و اینکه آیا رهاسازی آنها تحت چارچوب قانونی پرتکل Cartagena در مورد ایمنی زیستی به کنوانسیون تنوع زیستی یا Convention on Biological Diversityقرار می‌گیرد یا خیر.
@irbioinformatics
گزارش پیوست مبتنی بر شواهد علمی در مورد ویرایش ژن و سیستم‌های کشاورزی و غذایی، بحثی متعادل درباره مهم‌ترین جنبه‌های ویرایش ژن ارائه می‌دهد، از جمله عواقب آن برای گرسنگی انسانی، سلامت انسان، ایمنی غذایی، تأثیرات بر محیط‌زیست، رفاه حیوانات، تأثیرات اجتماعی-اقتصادی و توزیع منافع. نگرانی‌های اخلاقی ذاتی و مسائل حاکمیت و تنظیم مقررات نیز در این گزارش مورد توجه قرار گرفته و نقش‌های بخش‌های عمومی و خصوصی، به‌تنهایی و در همکاری با یکدیگر، خلاصه شده است. سناریوهای مختلفی نیز برای نحوه استفاده از تکنولوژی ویرایش ژن در آینده به منظور کمک به تحول سیستم‌های کشاورزی و غذایی در این گزارش سازمان FAO در سال 2023 ارائه شده است.

انتشار برای اولین بار در کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی.
استفاده و بازنشر این مطلب در کانال های دیگر و مراجع علمی با ذکر نام این کانال مجاز است.
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/924

فایل گزارش رسمی فائو در مورد مزایا و معایب تکنولوژی ویرایش ژن و اثرات آن بر آینده غذایی و کشاورزی ملل متحد
Gene editing and agrifood systems
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/925

کنترل کیفیت در صنعت دارویی
یکی از مهمترین فعالیت های انجام شده در صنعت دارویی کنترل کیفیت خط تولید محصولات دارویی است که در ان تمامی موارد دخیل در تهیه مواد اولیه، پرسنل، خط تولید و... هنگام تولید یک فرآورده دارویی مورد ارزیابی و کنترل و پایش قرار می گیرد. در این راستا دستورالعمل های جهانی برای انجام بهتر فرآیند QC در صنعت دارویی توسعه داده شده است که با بکارگیری آنها می توان یک داروی باکیفیت و عاری از هرگونه نقصان و الودگی بیولوژیک تولید کرد. یکی از مهمترین دستورالعمل هایی که در این زمینه مورد استفاده قرار میگیرد پرتکل کنترل کیفیت ارائه شده توسط سازمان جهانی بهداشت یا WHO است که در ادامه می توانید این فایل را دانلود و مطالعه کنید.
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/926

WHO good practices for pharmaceutical
quality control laboratories
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/927

دانستنی هایی در مورد برنده نوبل شیمی به خاطر کشف کوانتوم دات ها
در سال 1993، موانجی باوندی، برنده جایزه نوبل شیمی۲۰۲۳، تولید شیمیایی کوانتوم دات ها یا quantum dots را به انقلابی تبدیل کرد. این ذرات به قدری کوچک هستند که اندازه آن‌ها ویژگی‌هایشان را تعیین می‌کند. یکی از کاربردهای شگفت‌انگیز آن‌ها تولید نور رنگی است که امروزه در صفحه‌نمایش‌های تلویزیونی و لامپ‌های LED استفاده می‌شود. اما برای رسیدن به این نقطه، محققان نیاز داشتند روشی برای ساخت نقاط کوانتومی بی‌نقص با اندازه‌ای بسیار دقیق پیدا کنند.
باوندی در سال 1988 دوره پسا‌دکتری خود را در آزمایشگاه لویی بروس، همکار برنده جایزه نوبلش، آغاز کرد؛ جایی که کارهای فشرده‌ای برای بهبود روش‌های تولید نقاط کوانتومی در جریان بود. آن‌ها با استفاده از طیف گسترده‌ای از حلال‌ها، دماها و تکنیک‌های مختلف، روی مواد مختلف آزمایش کردند تا نانوکریستال‌های منظم و باکیفیت تولید کنند. کریستال‌ها به مرور بهتر می‌شدند، اما هنوز به کیفیت مورد نظر نرسیده بودند.با این حال، باوندی تسلیم نشد.... ادامه داستان را در اینجا بخوانید

در مورد بیماری نقرس چه می دانید؟
تهیه و تدوین: تیم ادمین کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی

#نقرس یک نوع شایع از آرتریت التهابی است که به دلیل رسوب کریستال‌های مونو سدیم اورات (MSU) به وجود می‌آید. این کریستال‌ها در شرایط افزایش سطح اورات در خون (هایپراوریسمی) تشکیل می‌شوند. نقرس ابتدا به صورت حملات حاد متناوب، معمولاً در اندام‌های تحتانی، به ویژه مفصل شست پا ظاهر می‌شود. نقرس می‌تواند به حالت مزمن تبدیل شود و به علائم چند مفصلی، علائم بین حملات، و رسوب‌های کریستالی MSU مانند گرانولوم در بافت‌های نرم و/یا مفاصل (توفی) منجر شود.

برای کنترل التهاب و درد ناشی از حملات نقرس، داروهای ضد التهابی غیر استروئیدی (NSAIDs)، کلشی‌سین، و استروئیدها به عنوان اولین خط درمان توصیه می‌شوند و همچنین برای پیشگیری از حملات نقرس در شروع درمان کاهنده اورات که دارای ریسک بالای حمله است، به کار می‌روند. اینترلوکین-1β (IL-1β) نقش مهمی در ایجاد التهاب ناشی از نقرس دارد و مسدود کردن آن اثربخشی خوبی در کاهش درد و التهاب مرتبط با نقرس نشان داده است. در بیمارانی که به درمان‌های استاندارد پاسخ نمی‌دهند، توصیه می‌شود که مهارکننده‌های IL-1β برای درمان حملات نقرس مورد استفاده قرار گیرند.
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/929

انتشار این مطلب با ذکر نام کانال مجاز است.

#تصویر_روز
خانواده‌های جدیدی از مهارکننده‌های IL-1β، مانند پپتیدهای کوچک، در حال توسعه هستند که ویژگی‌های جالبی برای درمان چندین بیماری التهابی نشان می‌دهند. در اینجا ساختار کریستالی IL-1β انسانی در ترکیب با یک مهارکننده پپتیدی (کد PDB: 8RZB) را می‌توان مشاهده کرد.
اختصاصی کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/930

در مورد تنش اکسیداتیو یا Oxidative stress در سلول های جانوری چه می دانید؟
تهیه و تدوین: تیم ادمین کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی

استرس اکسیداتیو به عدم تعادل بین تولید گونه‌های فعال اکسیژن (ROS) و توانایی سیستم بیولوژیکی برای دفع سریع این واسطه‌های واکنشی یا ترمیم آسیب‌های حاصل از آن اشاره دارد. اختلال در حالت طبیعی اکسید و احیاء (ردوکس) سلول‌ها می‌تواند از طریق تولید پراکسیدها و رادیکال‌های آزاد که به تمامی اجزای سلول از جمله پروتئین‌ها، لیپیدها و DNA آسیب می‌زنند، اثرات سمی ایجاد کند. استرس اکسیداتیو ناشی از متابولیسم اکسیداتیو باعث آسیب به بازهای DNA و شکست در رشته‌های DNA می‌شود. آسیب به بازها عمدتاً به‌صورت غیرمستقیم و توسط گونه‌های فعال اکسیژن مانند O2− (رادیکال سوپراکسید)، OH (رادیکال هیدروکسیل) و H2O2 (پراکسید هیدروژن) ایجاد می‌شود.
@irbioinformatics
فعال‌سازی فاکتور هسته‌ای مرتبط با اریتروئید 2 (Nrf2) به عنوان یک استراتژی امیدبخش برای مقابله با هر دو استرس اکسیداتیو و التهاب در درمان بیماری‌های مزمن در نظر گرفته می‌شود. اخیراً، مهار مستقیم تعامل پروتئین-پروتئین (PPI) بین Nrf2 و پروتئین مرتبط با Kelch-like ECH (Keap1) به عنوان یک استراتژی جذاب برای فعال‌سازی Nrf2 در ارگانیسم‌ها مطرح شده است. توسعه فعلی مهارکننده‌های PPI Keap1-Nrf2 عمدتاً بر اساس تعامل بین Keap1 و موتیف ETGE موجود در Nrf2 استوار است. با این حال، در دهه گذشته گروهی از پروتئین‌ها که دارای موتیف ETGE مشابه Nrf2 هستند به عنوان سوبستراهای جدید Keap1 شناخته شده‌اند.

انتشار این مطلب با ذکر نام کانال مجاز است.
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/931

#تصویر_روز
در اینجا می‌توانید ساختار کریستالی با وضوح بالای پروتئین Kelch-like ECH-associated (Keap1) را در ترکیب با یک مهارکننده با وزن مولکولی پایین مشاهده کنید (کد PDB: 8XGK).
اختصاصی کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/932