درود بر همگی دوستان و همراهان نوروسینتکس

بعد از حدود 6-7 سال فعالیت، تصمیم گرفتم برای آکادمی نوروسینتکس یک لوگوی رسمی طراحی کنم. یک لوگوی در حال کار بعد از چندین رفت و برگشت طراحی کردم که اینجا قرار میدم. این لوگو بر مبنای دیدگاه های زیر ساخته شده:

- طی چندین سالی که در کنار شما مطالعه کردم و آموزش دادم به این نگاه رسیدم که ما باید برای شناخت مغز رویکردی مبتنی بر چندین حوزه علوم پیچیدگی نوین در آزمایشگاه های تجربی ایجاد کنیم. این حوزه ها شامل نظریه Network control theory و Dynamics on Complex Networks میشه که هر دو این پرسش را دنبال میکنند که ارتباط میان دینامیک تولید شده در یک سیستم، و ساختار شبکه ای اون سیستم چه هست و چطور توپولوژی یک سیستم بر روی کنترل اون اثر میگذاره. بخش سمت راست لوگو مفهوم دینامیک پدیدار شده بر روی یک شبکه رو نشان میده. بخش بالا نگاره فاز یک سیستم تولید کننده نوسان هست و پایین یک شماتیک از شبکه.

- رویکردی دیگری که از دوران دکتری دنبال میکنم اینکه برای فهم چگونگی کارکرد مغز یک مسیر مفید بررسی تکاملی رفتار-عصب هست. این رویکرد مبتنی بر این دیدگاهه که برای فهمیدن شناخت باید چگونگی برخورد یک جاندار با زیست-محیطش رو در نظر گرفت. این در هم تنیدگی جاندار-محیط بسته به تنوع رفتار جاندار هست که خودش وابسته به محدودیت های بدنی (در کنار عصبی) هست. عملکرد ساختار های نورونی درون سامانه جاندار-محیط معنا پیدا میکنه و برای فهم اینکه چه نوع راهکارهای تکاملی برای هر نوع برخورد بکار گرفته شده و متناسب با اون چه نوع تغییراتی در هماهنگی میان مغز-بدن ایجاد شده بهتره عصبی پژوهی رو در گونه های مختلف ادامه بدیم. سمت چپ لوگو چندین گونه ای که در نوروسینتکس بیشتر بررسی شدن قرار گرفتن تا نمایانگر این دیدگاه تکاملی باشن.


این لوگو نسخه در حال کار هست و شاید نهایی نباشه. با بازخوردی که از شما میگیرم این لوگو بهبود پیدا خواهد کرد تا به یک نسخه نهایی و ثابت تبدیل بشه. خوشحال میشم دیدگاه های خودتون رو بنویسید. لطفا پیش از نوشتن دیدگاه ها محتوایی که بر مبنای اون لوگو در حال طراحی هست رو بررسی کنید.

❗️❗️اگر کسی هم طراحی هست و دوست داره روی این لوگو وقت بذاره پیام بده تا فایل AI رو براش ارسال کنم.

درود بر همه دوستان و همراهان،

نوروزتون پیروز

امیدوارم که سالی پر از سلامتی و شادی پیش رو داشته باشید و لحظاتی سرشار از نیکی و مهر برای خودتون و زیست جهان پیرامونتون خلق کنید.

آزمایشگاه نوروسینتکس - فصل 2 - قسمت 3 - High-density spike sorting with Kilosort and Phy


محتوای این جلسه:


High-density spike sorting with Kilosort and Phy

Spike sorting with template-matching algorithms
Manual curation with phy

Large-scale neural recordings for new insights to link brain and behavior
Novel electrode technologies for large ensemble recordings
Novel scientific methods lead to uncovering new patterns
Spike Sorting with Kilosort
Kilosort parameters
Phy - Interactive visualization of ephys data
Inter-spike interval, auto- and cross correlogram
Manual Curation
Noise, False Positives and False Negatives
Waveform inspection
Spatial decay
Positive extracellular spikes can correspond to return currents
Double-counted spikes
Complex spikes challenges clustering
Overlapping spikes or spike collisions
Fisher linear discriminant analysis

کانال تلگرام:
https://news.1rj.ru/str/Neuro_Syntax

فردا، شنبه، جلسه بعدی Spike Sorting برگزار خواهد شد و درباره کنترل کیفی نتایج Spike Sorting بحث خواهیم کرد.

ساعت: هشت شب
مکان: آنلاین-زوم

تصویر از:
https://github.com/Julie-Fabre/bombcell

آزمایشگاه نوروسینتکس - فصل 2 - قسمت 4 - High-density spike sorting Quality Control

Spike Sorting Quality Control
Refractory Period Violations
What factors affect RPV
Missing Spikes
Single unit stability metrics
Gradual Drift and it's consequences

کانال تلگرام:
https://news.1rj.ru/str/Neuro_Syntax

درود دوستان

با توجه به اینکه اختلاف ساعت به 7:30 برگشته، برگزاری جلسات ساعت 8 که طبق نظرسنجی انتخاب شده بود ممکنه هر هفته امکان پذیر نباشه. شاید ساعت رو تغییر بدم. این هفته به شکل خاص ممکنه خیلی عقب بیاد به دلیل اینکه ممکنه نیاز بشه برم آزمایشگاه ولی در کل سعی میکنم خیلی عقب نیارم و تا جایی که ممکنه هم همون 8 رو نگه دارم. پیام رو برای برنامه ریزی های آینده شما قرار میدم.

زمان دقیق جلسه این هفته رو فردا اعلام میکنم.

سپاس

جلسه شنبه این هفته رو ساعت هفت آغاز میکنیم. توضیحات جلسه در پست بالا

آزمایشگاه نوروسینتکس - فصل 2 - قسمت 5 - Two-photon calcium imaging of neuronal activity

در مجموعه جلسات آزمایشگاه علوم اعصاب، تلاش می‌کنیم خود را جای پژوهشگران مقالات علمی قرار داده و پرسش‌ها و رویکردهای آن‌ها را نقد کنیم. با استفاده از داده‌های به اشتراک‌گذاشته‌شده، به روش‌های متنوع تحلیل داده‌ها آشنا می‌شویم.

محتوای این جلسه:

Why optical imaging?
The principles of fluorescence calcium imaging
Pipeline of two-photon calcium imaging
Types of calcium indicators
Expressing GECIs in the brain
Considerations for choosing calcium indicators
Common window preparations for in vivo imaging
Components of a 2P microscope
2PCI analysis pipeline with Suite2p
Image Registration
Source localization and activity extraction
Neuropil
Spike inference
Convolution due to kinetics of GECI fluorescence
Limitations of 2p calcium imaging



کانال تلگرام:
https://news.1rj.ru/str/Neuro_Syntax

کانال آکادمی نوروسینتکس در یوتیوب را دنبال کنید. از شما یک کلیک زمان میبره ولی در گسترش کانال اثر بسزایی داره.

https://www.youtube.com/@neurosyntaxacademy

درود بر همگی دوستان،

بر مبنای برنامه ریزی که کرده بودیم نیمی از فصل دوم آزمایشگاه نوروسینتکس رو پشت سر گذاشتیم. این هفته من چگونگی کار کردن با نرم افزار Suite2p و آنالیز سیگنال های کلسیمی رو به گونه ای عملی به شما آموزش خواهم داد. در هفته های آینده متدهای FaceMap و Rastermap را بررسی خواهیم کرد و فصل دوم را به پایان میبریم.

جلسه این هفته نوروسینتکس یکشنبه ساعت 8 شب برگزار خواهد شد.

سپاس