آزمایشگاه نوروسینتکس - فصل 2 - قسمت 3 - High-density spike sorting with Kilosort and Phy


محتوای این جلسه:


High-density spike sorting with Kilosort and Phy

Spike sorting with template-matching algorithms
Manual curation with phy

Large-scale neural recordings for new insights to link brain and behavior
Novel electrode technologies for large ensemble recordings
Novel scientific methods lead to uncovering new patterns
Spike Sorting with Kilosort
Kilosort parameters
Phy - Interactive visualization of ephys data
Inter-spike interval, auto- and cross correlogram
Manual Curation
Noise, False Positives and False Negatives
Waveform inspection
Spatial decay
Positive extracellular spikes can correspond to return currents
Double-counted spikes
Complex spikes challenges clustering
Overlapping spikes or spike collisions
Fisher linear discriminant analysis

کانال تلگرام:
https://news.1rj.ru/str/Neuro_Syntax

فردا، شنبه، جلسه بعدی Spike Sorting برگزار خواهد شد و درباره کنترل کیفی نتایج Spike Sorting بحث خواهیم کرد.

ساعت: هشت شب
مکان: آنلاین-زوم

تصویر از:
https://github.com/Julie-Fabre/bombcell

آزمایشگاه نوروسینتکس - فصل 2 - قسمت 4 - High-density spike sorting Quality Control

Spike Sorting Quality Control
Refractory Period Violations
What factors affect RPV
Missing Spikes
Single unit stability metrics
Gradual Drift and it's consequences

کانال تلگرام:
https://news.1rj.ru/str/Neuro_Syntax

درود دوستان

با توجه به اینکه اختلاف ساعت به 7:30 برگشته، برگزاری جلسات ساعت 8 که طبق نظرسنجی انتخاب شده بود ممکنه هر هفته امکان پذیر نباشه. شاید ساعت رو تغییر بدم. این هفته به شکل خاص ممکنه خیلی عقب بیاد به دلیل اینکه ممکنه نیاز بشه برم آزمایشگاه ولی در کل سعی میکنم خیلی عقب نیارم و تا جایی که ممکنه هم همون 8 رو نگه دارم. پیام رو برای برنامه ریزی های آینده شما قرار میدم.

زمان دقیق جلسه این هفته رو فردا اعلام میکنم.

سپاس

جلسه شنبه این هفته رو ساعت هفت آغاز میکنیم. توضیحات جلسه در پست بالا

آزمایشگاه نوروسینتکس - فصل 2 - قسمت 5 - Two-photon calcium imaging of neuronal activity

در مجموعه جلسات آزمایشگاه علوم اعصاب، تلاش می‌کنیم خود را جای پژوهشگران مقالات علمی قرار داده و پرسش‌ها و رویکردهای آن‌ها را نقد کنیم. با استفاده از داده‌های به اشتراک‌گذاشته‌شده، به روش‌های متنوع تحلیل داده‌ها آشنا می‌شویم.

محتوای این جلسه:

Why optical imaging?
The principles of fluorescence calcium imaging
Pipeline of two-photon calcium imaging
Types of calcium indicators
Expressing GECIs in the brain
Considerations for choosing calcium indicators
Common window preparations for in vivo imaging
Components of a 2P microscope
2PCI analysis pipeline with Suite2p
Image Registration
Source localization and activity extraction
Neuropil
Spike inference
Convolution due to kinetics of GECI fluorescence
Limitations of 2p calcium imaging



کانال تلگرام:
https://news.1rj.ru/str/Neuro_Syntax

کانال آکادمی نوروسینتکس در یوتیوب را دنبال کنید. از شما یک کلیک زمان میبره ولی در گسترش کانال اثر بسزایی داره.

https://www.youtube.com/@neurosyntaxacademy

درود بر همگی دوستان،

بر مبنای برنامه ریزی که کرده بودیم نیمی از فصل دوم آزمایشگاه نوروسینتکس رو پشت سر گذاشتیم. این هفته من چگونگی کار کردن با نرم افزار Suite2p و آنالیز سیگنال های کلسیمی رو به گونه ای عملی به شما آموزش خواهم داد. در هفته های آینده متدهای FaceMap و Rastermap را بررسی خواهیم کرد و فصل دوم را به پایان میبریم.

جلسه این هفته نوروسینتکس یکشنبه ساعت 8 شب برگزار خواهد شد.

سپاس

برای فصل سوم آزمایشگاه نوروسینتکس، تصمیم گرفتم بین دو موضوع پایین یکی رو ارائه کنم که میتونید از میانشون انتخاب کنید:

* Capturing the Dynamical Repertoire of Neurons with Generalized Linear Models

* Uncovering temporal structure in neural data with Hidden Markov Models
Uncovering temporal structure in hippocampal output patterns

در موضوعات بالا بیش از اینکه روی متد های یک مقاله تمرکز کنیم، روی یک خانواده از آنالیز ها که GLM یا HMM هستن تمرکز خواهیم کرد و کاربردهای گوناگون این رویکردها رو در کار کردن با انواع داده (نورونی، رفتاری، نورونی-رفتاری) خواهیم گفت.