جلسات آموزشی مبانی متلب من رو میتونید از کانال زیر دریافت کنید:
https://news.1rj.ru/str/SophyPhiliaAcademy

با هشتگ #Matlab

سرفصل های دوره:

1️⃣ Fundamentals of Electrophysiological recordings and data type

2️⃣ Spike Analysis

- Fundamentals of the neurobiological origin of spiking activity
- Fundamentals of Spike sorting for single channel recordings and high-density probe recordings (We will cover Wave_clus, Kilosort, and Phy)
- Cross/autocorrelogram (CCG/ACG) and interspike interval (ISI) plots and their interpretation for Spike sorting quality control, burst index, and cell-cell interaction and oscillatory modulation
- Raster plots, and peristimulus time histograms (PSTH)
- Population vector analysis
- State-space analysis, reactivation, and replay

3️⃣ Local Field Potentials (LFP) Analysis
For LFP analysis, we will develop our own codes using Mike X Cohen tutorials, and in addition we will learn how to use MATLAB built-in signal-processing functions, and Fieldtrip

- Fundamentals of the neurobiological origin of LFP
- Signal preprocessing: conversion, artifact rejection
- Filters: When, Why, and How (Not) to Use Them
- Fourier transform, power analysis
- Time-frequency decomposition: Short-time Fourier transform, Hilbert transform, and wavelet analysis
- Oscillatory bout detection
- Parameterizing neural power spectra into periodic and aperiodic components
- Cycle-by-cycle analysis of neural oscillations
- Analysis of asymmetric oscillatory activity
- Phase analysis: phase concentration, cross-frequency phase coupling (phase-phase, phase-amplitude, amplitude-amplitude)
- Laminar profile: Current-source density
- Functional connectivity analysis: Granger causality, Information theoretic approaches

4️⃣ Spike-LFP Analysis
- spike-triggered average LFP (stLFP)
- Phase Locking, Spike-LFP Coherence
- Pairwise phase consistency


5️⃣ Behavioral Analysis
- Learning curves

برخی از منابعی که متناسب با سرفصل کارگاه هستند:

1.CellExplorer: A framework for visualizing and characterizing single neurons

2.Framework for analyzing single cells

3.Spike sorting for large, dense electrode arrays

4.Past, present and future of spike sorting techniques

5.Filters: When, Why, and How (Not) to Use Them

6.Investigating large-scale brain dynamics using field potential recordings: analysis and interpretation

7.The origin of extracellular fields and currents — EEG, ECoG, LFP and spikes

8.Methodological considerations for studying neural oscillations

9.Local Field Potentials: Myths and Misunderstandings

10.Parameterizing neural power spectra into periodic and aperiodic components

11.Cycle-by-cycle analysis of neural oscillations

12.Data analysis lecturelets by Mike X Cohen

13.What does gamma coherence tell us about inter-regional neural communication?

14.MATLAB for Brain and Cognitive Scientists 📚

15.Analyzing Neural Time Series Data: Theory and Practice 📚

16.Spectral fingerprints of large-scale neuronal interactions

17.Large-scale cortical correlation structure of spontaneous oscillatory activity

18.A mechanism for cognitive dynamics: neuronal communication through neuronal coherence

19.Rhythms for Cognition: Communication through Coherence

20.Neuronal Oscillations in Cortical Networks

21.Rhythms of the Brain 📚

22.The Brain from Inside Out 📚

23.Mechanisms of Gamma Oscillations

24.Synchronization of Cortical Activity and its Putative Role in Information Processing and Learning

25.Dynamic predictions: Oscillations and synchrony in top–down processing

26.Neuronal Synchrony: A Versatile Code for the Definition of Relations?

27.Neural synchrony in cortical networks: history, concept and current status

28.Measuring fundamental frequencies in local field potentials

29. Handbook of Neural Activity Measurement 📚

دوستان دیگه لطفا رزومه ارسال نکنید. ظرفیت کارگاه تکمیل شد. با تشکر

Mechanisms and Functions of Theta Rhythms

ارائه دهنده: زینب حقیان - کارشناسی روان‌شناسی دانشگاه شهید بهشتی

Decision Making Under Uncertainty

ارائه دهنده: رویا محمدصادق - دانشجوی کارشناسی ارشد علوم شناختی گرایش روان‌شناسی شناختی دانشگاه تربیت مدرس


بانظارت سامان عباس‌پور (دانشجوی دکتری علوم اعصاب سیستمی دانشگاه وندربیلت آمریکا)

#Video #Advanced_Neuroscience

Make war not love: The neural substrate underlying a state-dependent switch in female social behavior


ارائه دهنده: هدیه صابری - دانشجوی کارشناسی ارشد علوم شناختی دانشگاه فردوسی مشهد

#Video #Advanced_Neuroscience

The Path: Data Visualization

من چندین وقت قبل این گروه رو زدم برای اینکه منابع مربوط به Visualization رو به اشتراک بذارم. گروه برای چت نیست. بیشتر به شکل یک آرشیو میشه بهش نگاه کرد از محتوایی که کمک میکنه زیباتر تصاویر علمی خودمون رو بسازیم و ارائه کنیم.

ویدیو جلسه نخست کارگاه دینامیک مغز: تئوری، آنالیز و تفسیر

مباحث:
* مقدمه ای بر انواع سیگنال های مغزی و زیرساخت های بیولوژیک آنها (پتانسیل عمل، LFP و ...)

*ورود به بحث سیگنال ها و مقدمه ای بر آنالیز فوریه

سامان عباس‌پور - دانشجوی دکتری علوم اعصاب سیستمی دانشگاه وندربیلت آمریکا


#Video #Advanced_Neuroscience #BrainDynamicsWorkshop
#Session1

جلسه نخست کارگاه دینامیک مغز: تئوری، آنالیز و تفسیر

مباحث:
📌 مقدمه ای بر انواع سیگنال های مغزی و زیرساخت های بیولوژیک آنها (پتانسیل عمل، LFP و ...)

📌 ورود به بحث سیگنال ها و مقدمه ای بر آنالیز فوریه

سامان عباس‌پور - دانشجوی دکتری علوم اعصاب سیستمی دانشگاه وندربیلت آمریکا


#Slides #Advanced_Neuroscience #BrainDynamicsWorkshop #Session1

ویدیو جلسه دوم کارگاه دینامیک مغز: تئوری، آنالیز و تفسیر

مباحث جلسه:

* Discrete Time Fourier Transform
* Welch Power Spectrum
* Sampling Frequency Theorem, Aliasing, Nyquist Frequency
* Spectral Leakage
* Window Functions

+ Matlab Implementations

#Video #Advanced_Neuroscience #BrainDynamicsWorkshop
#Session2

جلسه دوم کارگاه دینامیک مغز: تئوری، آنالیز و تفسیر

مباحث جلسه:

* Discrete Time Fourier Transform
* Welch Power Spectrum
* Sampling Frequency Theorem, Aliasing, Nyquist Frequency
* Spectral Leakage
* Window Functions

+ Matlab Implementations

#Slides #Advanced_Neuroscience #BrainDynamicsWorkshop #Session2

کدهای متلب جلسه دوم کارگاه دینامیک مغز: تئوری، آنالیز و تفسیر

پیاده سازی DFTF و Welch

#Code #Matlab #Advanced_Neuroscience #BrainDynamicsWorkshop #Session2

تنها بخش آموزشی جلسات ضبط میشود. در صورتی که تمایل دارید در جلسات شرکت کنید و در پرسمان و گفتگوی انتهای جلسه حضور پیدا کنید میتوانید به گروه زیر وارد شوید:

https://news.1rj.ru/str/+WQP_0SsdS29mMzY8

جلسه سوم کارگاه دینامیک مغز: تئوری، آنالیز و تفسیر

مباحث جلسه:

* Accurate scaling of fourier coefficients
* The effect of varying window length and overlap on power spectrum
* What are oscillators?
* How can oscillations be generated in the brain? Mechanisms of oscillations in the brain
* Neural oscillations: sustained activity or transient bursts?
* Stationarity and Non-stationarity
* Short-time fourier transform
* Morlet Wavelet representation

+ Matlab Implementations

#Video #Advanced_Neuroscience #BrainDynamicsWorkshop #Session3