با تصمیم گیری های جدیدی که صورت گرفت، ساختار جلسات آکادمی رو تغییر دادیم. طی چندین جلسه آینده جلسات به صورت Data Blitz ارائه میشود. در این حالت هر ارائه دهنده زمان محدودی در اختیار دارد تا محتوای مدنظر خود را ارائه دهد. این زمان 15 دقیقه در نظر گرفته شده است. در Data Blitz این هفته مقالات زیر ارائه شدند:


1.Dendritic plasticity of CA1 pyramidal neurons after transient global ischemia
ارائه دهنده: غزل طیرانیان - دانشجوی کارشناسی بیوتکنولوژی دانشگاه آزاد مشهد

2.Tolerance to ambiguous uncertainty predicts prosocial behavior
ارائه دهنده: رویا محمدصادق - دانشجوی کارشناسی ارشد علوم شناختی گرایش روان‌شناسی شناختی دانشگاه تربیت مدرس

3.Vision Substitution by Tactile Image Projection
ارائه دهنده: سارا فرودی - دانشجوی کارشناسی زیست‌شناسی سلولی و مولکولی دانشگاه فردوسی مشهد

4.Systemic infections and inflammation affect chronic neurodegeneration
ارائه دهنده: زهرا برداغی - دانشجوی کارشناسی ارشد فیزیولوژی پزشکی دانشگاه علوم پزشکی مشهد

5.Attention as an effect not a cause
ارائه دهنده: زینب حقیان - کارشناسی روان‌شناسی دانشگاه شهید بهشتی

6.The cognitive neuroscience of remote episodic, semantic and spatial memory
ارائه دهنده: نورا عربشاهی - کارشناسی زیست‌شناسی سلولی و مولکولی دانشگاه فردوسی مشهد

7.Brain neural patterns and the memory function of sleep
ارائه دهنده: سامان عباس‌پور - دانشجوی دکتری علوم اعصاب سیستمی دانشگاه وندربیلت آمریکا

افرادی که علاقه مند هستن در آکادمی Data Blitz
(ارائه های کوتاه 15 دقیقه ای) بدن میتونن عنوان و لینک مقاله موردنظر خودشون رو برای آیدی زیر ارسال کنن. سعی کنید مقالاتی که انتخاب میکنید یک نگاه کلی به افراد غیر متخصص بده. موضوعاتی که انتخاب میکنید باید در سطح نورونی و/یا سطح رفتاری ارگانیسم ها باشه.

** پذیرش ارائه شده به معنای حضور دائمی در گروه نخواهد بود. در صورتی که عملکرد شما در ارائه مورد قبول باشد و علاقه مند باشید میتوانید برای حضور در آکادمی اقدام کنید.

این جمعه جلسه دیتابلیز برگزار خواهد شد. شما میتوانید برای این هفته و یا هفته های آینده برنامه ریزی کنید.

@neurosyntax_bot

علاقه مند هستم یک سری جلسات صمیمانه و غیررسمی برای آموزش تحلیل داده های الکتروفیزیولوژی خارج سلولی (Spike و LFP) برگزار کنم. جلسات رایگان خواهد بود. محتوای جلسات تخصصی هستن و عملکردی با استفاده از برنامه نویسی متلب. البته با توجه به اینکه تئوری ها رو هم پوشش خواهم داد و بحث خواهم کرد شاید برای افرادی که حتی میخوان تئوری رو بفهمن خوب باشه. بخش LFP برای افرادی که با EEG کار میکنن هم مناسب خواهد بود.

جلسات در این دوره ضبط نخواهد شد و به اشتراک گذاشته نخواهد شد. شاید مجدد زمانی که مطالب رو سازمان بندی کنم و مرتب و منظم کنم ضبط کنم و بذارم. اگر در این حوزه کار میکنید و یا علاقه مند هستید برای مقاطع بالاتر کار کنید لطفا در نظرسنجی پایین شرکت کنید. برای شرکت در کارگاه نیاز به ارسال رزومه و یا انگیزه نامه خواهد بود. پس لطفا اگر پیش زمینه ای در این حوزه ندارید و علاقه ای هم ندارید شرکت نکنید. ( یک عده کلا دوست دارن همه جا باشن. لطفا اگر جزو این عده هستید در نظرسنجی شرکت نکنید.)

سامان عباس‌پور - دانشجوی دکتری علوم اعصاب سیستمی دانشگاه وندربیلت آمریکا

افرادی که علاقه مند هستن لطفا به آیدی پایین رزومه و یا انگیزه نامه ارسال کنن. اولویت با افرادی هست که در حال کار با چنین داده ای هستن و میخوان بیشتر بیاموزن. در صورتی که در این گروه قرار دارید لطفا در رزومه خودتون حتما ذکر کنید. این دسته شامل افرادی میشن که دارن از انسان EEG ثبت میکنن، و یا در مدل های جانوری مثل جوندگان و یا پریمات های غیرانسانی مشغول ثبت خارج سلولی هستن و یا به چنین داده ای دسترسی دارن و پروژه ای رو این حوزه دارن. ذکر کنید در کدام آزمایشگاه مشغول هستید.

افرادی که تجربه کار با این نوع داده ندارن ولی علاقه مند هستن، لطفا انگیزه نامه ارسال کنن و توضیح بدن چرا علاقه مند هستن و در آینده میخوان در چه مسیری گام بردارن. در صورت امکان پرسش پژوهشی که بهش علاقه مند هستن رو هم قرار بدن.

* لطفا در رزومه و یا انگیزه نامه خودتون قید کنید که تجربه شما در برنامه نویسی با متلب چقدر هست.

—————————————

با توجه به اینکه دوره در متلب خواهد بود نیاز هست برای انجام تمرینات با این زبان برنامه نویسی آشنا باشید. ما مقدمه ای روی این زبان نخواهیم داشت. به غیر از مبانی متلب به هیچ چیز دیگری نیاز ندارید برای ورود به دوره. دوره بعد از 28 دسامبر آغاز خواهد شد ولی شاید یک جلسه قبل 10 دسامبر بذارم که توضیح بدم چه مسائلی لازم هست تا مطالعه کنید.

لطفا دقت کنید این دوره تخصصی هست و برای افرادی که با انواع داده های دیگر کار میکنن مناسب نیست. افرادی که با داده های رفتاری، fMRI و یا تصویر برداری کلسیمی کار میکنن مطالب مرتبط در این دوره نخواهند آموخت.

در دوره تئوری و عملی با هم هست. من تئوری رو خواهم گفت و در ملتب روش پیاده سازی رو مطرح میکنیم. در بخش تئوری مبانی و مفاهیم متد ها بحث خواهد شد، تا حدودی پیشینه استفاده از متدها، محدودیت ها، و تئوری هایی که از عملکرد مغز بر اساس هر کدوم از این رویکرد ها میتونیم داشته باشیم هم تا حدودی بحث خواهد شد.

سرفصل دقیق در آینده ارائه خواهد شد.

ظرفیت 30 نفر هست.

—————————————————————————

در پیام نخست نوشتم غیررسمی به این دلیل هست که من معمولا پیش از دوره هام سعی میکنم محتوا رو جمع آوری کنم، اسلاید ها آماده باشه و ... در این دوره فرصت نمیکنم و برای نخستین بار هم هست برگزار میکنم. به همین دلیل شاید کمی از نظر ساختمان بندی از حالت ایده آل فاصله داشته باشه.


@neurosyntax_bot

جلسات آموزشی مبانی متلب من رو میتونید از کانال زیر دریافت کنید:
https://news.1rj.ru/str/SophyPhiliaAcademy

با هشتگ #Matlab

سرفصل های دوره:

1️⃣ Fundamentals of Electrophysiological recordings and data type

2️⃣ Spike Analysis

- Fundamentals of the neurobiological origin of spiking activity
- Fundamentals of Spike sorting for single channel recordings and high-density probe recordings (We will cover Wave_clus, Kilosort, and Phy)
- Cross/autocorrelogram (CCG/ACG) and interspike interval (ISI) plots and their interpretation for Spike sorting quality control, burst index, and cell-cell interaction and oscillatory modulation
- Raster plots, and peristimulus time histograms (PSTH)
- Population vector analysis
- State-space analysis, reactivation, and replay

3️⃣ Local Field Potentials (LFP) Analysis
For LFP analysis, we will develop our own codes using Mike X Cohen tutorials, and in addition we will learn how to use MATLAB built-in signal-processing functions, and Fieldtrip

- Fundamentals of the neurobiological origin of LFP
- Signal preprocessing: conversion, artifact rejection
- Filters: When, Why, and How (Not) to Use Them
- Fourier transform, power analysis
- Time-frequency decomposition: Short-time Fourier transform, Hilbert transform, and wavelet analysis
- Oscillatory bout detection
- Parameterizing neural power spectra into periodic and aperiodic components
- Cycle-by-cycle analysis of neural oscillations
- Analysis of asymmetric oscillatory activity
- Phase analysis: phase concentration, cross-frequency phase coupling (phase-phase, phase-amplitude, amplitude-amplitude)
- Laminar profile: Current-source density
- Functional connectivity analysis: Granger causality, Information theoretic approaches

4️⃣ Spike-LFP Analysis
- spike-triggered average LFP (stLFP)
- Phase Locking, Spike-LFP Coherence
- Pairwise phase consistency


5️⃣ Behavioral Analysis
- Learning curves

برخی از منابعی که متناسب با سرفصل کارگاه هستند:

1.CellExplorer: A framework for visualizing and characterizing single neurons

2.Framework for analyzing single cells

3.Spike sorting for large, dense electrode arrays

4.Past, present and future of spike sorting techniques

5.Filters: When, Why, and How (Not) to Use Them

6.Investigating large-scale brain dynamics using field potential recordings: analysis and interpretation

7.The origin of extracellular fields and currents — EEG, ECoG, LFP and spikes

8.Methodological considerations for studying neural oscillations

9.Local Field Potentials: Myths and Misunderstandings

10.Parameterizing neural power spectra into periodic and aperiodic components

11.Cycle-by-cycle analysis of neural oscillations

12.Data analysis lecturelets by Mike X Cohen

13.What does gamma coherence tell us about inter-regional neural communication?

14.MATLAB for Brain and Cognitive Scientists 📚

15.Analyzing Neural Time Series Data: Theory and Practice 📚

16.Spectral fingerprints of large-scale neuronal interactions

17.Large-scale cortical correlation structure of spontaneous oscillatory activity

18.A mechanism for cognitive dynamics: neuronal communication through neuronal coherence

19.Rhythms for Cognition: Communication through Coherence

20.Neuronal Oscillations in Cortical Networks

21.Rhythms of the Brain 📚

22.The Brain from Inside Out 📚

23.Mechanisms of Gamma Oscillations

24.Synchronization of Cortical Activity and its Putative Role in Information Processing and Learning

25.Dynamic predictions: Oscillations and synchrony in top–down processing

26.Neuronal Synchrony: A Versatile Code for the Definition of Relations?

27.Neural synchrony in cortical networks: history, concept and current status

28.Measuring fundamental frequencies in local field potentials

29. Handbook of Neural Activity Measurement 📚

دوستان دیگه لطفا رزومه ارسال نکنید. ظرفیت کارگاه تکمیل شد. با تشکر

Mechanisms and Functions of Theta Rhythms

ارائه دهنده: زینب حقیان - کارشناسی روان‌شناسی دانشگاه شهید بهشتی

Decision Making Under Uncertainty

ارائه دهنده: رویا محمدصادق - دانشجوی کارشناسی ارشد علوم شناختی گرایش روان‌شناسی شناختی دانشگاه تربیت مدرس


بانظارت سامان عباس‌پور (دانشجوی دکتری علوم اعصاب سیستمی دانشگاه وندربیلت آمریکا)

#Video #Advanced_Neuroscience

Make war not love: The neural substrate underlying a state-dependent switch in female social behavior


ارائه دهنده: هدیه صابری - دانشجوی کارشناسی ارشد علوم شناختی دانشگاه فردوسی مشهد

#Video #Advanced_Neuroscience

The Path: Data Visualization

من چندین وقت قبل این گروه رو زدم برای اینکه منابع مربوط به Visualization رو به اشتراک بذارم. گروه برای چت نیست. بیشتر به شکل یک آرشیو میشه بهش نگاه کرد از محتوایی که کمک میکنه زیباتر تصاویر علمی خودمون رو بسازیم و ارائه کنیم.

ویدیو جلسه نخست کارگاه دینامیک مغز: تئوری، آنالیز و تفسیر

مباحث:
* مقدمه ای بر انواع سیگنال های مغزی و زیرساخت های بیولوژیک آنها (پتانسیل عمل، LFP و ...)

*ورود به بحث سیگنال ها و مقدمه ای بر آنالیز فوریه

سامان عباس‌پور - دانشجوی دکتری علوم اعصاب سیستمی دانشگاه وندربیلت آمریکا


#Video #Advanced_Neuroscience #BrainDynamicsWorkshop
#Session1

جلسه نخست کارگاه دینامیک مغز: تئوری، آنالیز و تفسیر

مباحث:
📌 مقدمه ای بر انواع سیگنال های مغزی و زیرساخت های بیولوژیک آنها (پتانسیل عمل، LFP و ...)

📌 ورود به بحث سیگنال ها و مقدمه ای بر آنالیز فوریه

سامان عباس‌پور - دانشجوی دکتری علوم اعصاب سیستمی دانشگاه وندربیلت آمریکا


#Slides #Advanced_Neuroscience #BrainDynamicsWorkshop #Session1

ویدیو جلسه دوم کارگاه دینامیک مغز: تئوری، آنالیز و تفسیر

مباحث جلسه:

* Discrete Time Fourier Transform
* Welch Power Spectrum
* Sampling Frequency Theorem, Aliasing, Nyquist Frequency
* Spectral Leakage
* Window Functions

+ Matlab Implementations

#Video #Advanced_Neuroscience #BrainDynamicsWorkshop
#Session2

جلسه دوم کارگاه دینامیک مغز: تئوری، آنالیز و تفسیر

مباحث جلسه:

* Discrete Time Fourier Transform
* Welch Power Spectrum
* Sampling Frequency Theorem, Aliasing, Nyquist Frequency
* Spectral Leakage
* Window Functions

+ Matlab Implementations

#Slides #Advanced_Neuroscience #BrainDynamicsWorkshop #Session2

کدهای متلب جلسه دوم کارگاه دینامیک مغز: تئوری، آنالیز و تفسیر

پیاده سازی DFTF و Welch

#Code #Matlab #Advanced_Neuroscience #BrainDynamicsWorkshop #Session2