📽
۱- قدم زدن پروتئین موتور سلولی(کینزین) حامل وزیکول برروی رشته های میکروتوبولی+جابجایی میتوکندری در سلول

کانال آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
🚩 @PracticalBioinformatics

📽
۳- حمله سلول های خونی ائوزینوفیل به کرم الگانس

کانال آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
🚩 @PracticalBioinformatics

📂در مطالب گذشته اشاره ای به میکروبیوم داشته ایم .در این مطلب می خواهم مقاله ای را به شما معرفی کنم که در آن نقش میکروبیوم بروی متابولیسم میزبان بررسی شده.
تیتر مقاله مورد نظر که در اخرین شماره مجله Molecular Systems Biology به چاپ رسیده به شرح زیر می باشد:

📚 The gut microbiota modulates host amino acid and glutathione metabolism in mice
Adil Mardinoglu, Saeed Shoaie, Mattias Bergentall, Pouyan Ghaffari, Cheng Zhang, Erik Larsson, Fredrik Bäckhed, Jens Nielsen
در خلاصه مقاله آمده است که : پیشنهاد شده که باکتری های روده به عنوان یک فاکتور محیطی می تواند عامل تسریع دهنده بیماری های متابولیکی باشند: از این رو ما ( نویسندگان مقاله ) با استفاده از دیتا های بیان ژنی و شبکه های متابولیکی سلولها و باکتری های موجود در چند منطقه از روده و کبد موش به این نتایج دست یافتیم که "باکتری های موجود در روده می تواند برروی متابولیسم اسید های امینه میزبان تاثیر گذاشته و باعث تغییر در متابولیسم گلوتاتیون می شود".
لینک دسترسی به مقاله:👇
http://msb.embopress.org/content/11/10/834

آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
🚩 @PracticalBioinformatics

📚کتاب این هفته:
📎 Computational Biology
Author(s): Niranjan Nagarajan, ...
Year: 2010
Size: 8 MB
🚩 @PracticalBioinformatics

آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
🚩 @PracticalBioinformatics

خرس آبی یا جانور تنبل یک ابر حیوان!!


آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
🚩 @PracticalBioinformatics

ابن جانوران کوچک با طولی برابر نیم میلی متر می توانند در هر شرایطی زندگی کنند. آن ها را در هر جای از کره زمین می توان یافت از بلندترین قله های کوه ها تا کف دریا در عمیق ترین بخش های اقیانوس، از مناطق قطبی تا مناطق گرم سیری . آنها حتی می توانند در خارج از جو زمین تا ده روز زنده بمانند.
یه سری حقایق درباره خرس آبی بدانیم:
✔️آنها می توانند در شرایط دمایی شدیدی زنده بمانند: آنها حتی در دمای یک درجه بالا صفر مطلق نیز حیات دارند.
✔️آنها شرایط بی آبی را برای ده سال تحمل می کنند
✔️آنها در شرایط فشار بالا نیز زنده میمانند. حتی در فشار بیشتر از فشار عمیقترین اقیانوس ها .
✔️میزان مقاوت آنها نسبت به اشعه رادیو اکتیو 100 برابر بیشتر از دیگر حیوانات می باشد.
✔️تعداد سلولهای خرس های آبی بالغ با یکدیگر برابر هستند

قطع به یقین تعدای از باکتری ها وجود دارند که شرایط بسیار بدتری را نیز تحمل می کنند. اما خرس آبی از این جهت اهمیت دارد که یک حیوان پیچیده دارای مغز می باشد.

آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
🚩 @PracticalBioinformatics

تفاوت بین بیولوژیست آزمایشگاهی با بیولوژیست محاسباتی 😄😄

آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
🚩 @PracticalBioinformatics

پپتید های دارویی !!

آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
🚩 @PracticalBioinformatics

💎پپتیدهای دارویی 💊
پپتیدها در درمان سرطان، دیابت، آلرژی، بیماریهای عصبی و همچنین به عنوان ضد درد، ضد میکروبی، ضد ویروسی و ... کاربرد دارند. در حال حاضر تعداد پپتیدهای که در فاز پری کلنیکال وجو دارند حدود 400 پپتید می‌باشند:
در فاز 1= 40
در فاز 2= 75
در فاز 3= 30
تائید شده= 60
بازار پپتیدهای دارویی در حدود 1.5 درصد کل فروش داروها را تشکیل می‌دهد. در حال حاضر در بازار دارویی 5 پپتید مصرف بالاتری نسبت به بقیه پپتیدها دارند:
Glatiramer برای درمان MS
Leuprolide برای درمان سرطان پروستات
Gasproline برای درمان سرطان پروستات
Octrotide درمان آکرومگالی
Cetrotide درمان ناباروری
این چند پپتید حدود یک بیلیون دلار در سال مصرف دارند.
با این وجود طراحی و تولید پپتیدها به عنوان داروهای درمانی دارای مزایا و معایبی می‌باشند.
مزایای پپتیدهای دارویی:
اثرگذاری و فعالیت بیشتر نسبت به مولکول‌های کوچک دارند، از فعالیت زیستی بالایی برخوردار بوده، با توجه به اندازه آنها احتمال اتصال به هدفهای غیر از هدف اصلی کمتر است، احتمال تجمع آنها در بدن نسبت به داروهای دیگر به علت هضم توسط پروتئازها کمتر است. همچنین یکی از مهم ترین مزایای پپتیدها به عنوان دارو این است که معمولاً چنین داروهایی عوارض جانبی نداشته و به علت داشتن سمیت پایین، مشکلاتی را برای بیمار به وجود نخواهند آورد.
معایب پپتیدهای دارویی:
هضم پپتیدها توسط آنزیمهای مختلف مانند پروتئازها، کندی سرعت انتقال این نوع داروها از غشاء و انعطاف پذیری بالای آنها، داشتن نیمه عمر کوتاه و بالابودن هزینه فرموله کردن آنها در مقایسه با داروهای جدید نیز از دیگر معایب این گروه از داروهاست. علاوه بر این، پپتیدها ترکیباتی هیدرفیلیک یا آب دوست هستند و نمی توانند از سد خونی مغزی عبور کنند.
برای رفع معایب این داروها و افزایش فعالیت زیستی و نیمه عمر آنها از استراتژی‌های مختلفی میتوان استفاده کرد:
1- استفاده از D- آمینواسیدها، N-آلکیل آمینواسیدها به جای L- آمینواسیدهای طبیعی
2- PASylation، PEGylation، lipidation و HESylation
برروی پپتیدهای دارویی برای افزایش پایداری و هیدروفوبسیتی آنها
3-Cyclization
سبب تولید پپتیدهای با ساختمان خاص می‌شوند که قابل شناسایی توسط آنزیمهای پروتئاز نیستن و نیمه عمر آنها افزایش می‌یابد



آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
🚩 @PracticalBioinformatics

به زودی مطالبی در مورد سیستم بیولوژی و شبکه های زیستی مانند .شبکه ها پروتئین-پروتئین، شبکه های بیماری-بیماری و.. در کانال قرار خواهم داد.
ولی در این پست ویدیو جذابی در مورد شبکه زمین ارسال میکنم. که به شرح شبکه های بزرگ حاکم بر کره زمین از شبکه های اکو سیستم میکروسکوپی تا شبکه های جهانی مهاجرت اشاره میکند و به جایگاه روش های محاسباتی در تجزیه تحلیل این شبکه ها و کمک به نجات کره زمین🌍 می پردازد

آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

📽 #وبینار
بررسی و مشاهده شبکه بیماری #پارکینسون
Dr. Danail Bonchev

آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

📚 نکات مهم در طراحی پپتید


آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🖍 توالی یک پپتید مهمترین فاکتور موثر بر فعالیت بیولوژیک آن است.توالی و ترکیب آمینواسیدی یک پپتید، همچنین بر نتیجه سنتز و خالص سازی و همینطور حلالیت آن نیز موثر است. برای یک پروژه پپتیدی موفق، فاکتورهای مانند سهولت سنتز با کمترین هزینه و امکان بکارگیری پپتید برای کاربردهای مختلف بر حسب پایداری و حلالیت آن مهم است.

@practicalbioinformatics

اکثر پپتیدهای حال حاضر در بازار و تحقیقات بیولوژیکی از انتهای N، انتهای Cیا توالی میانی پروتئین‌های طبیعی مشتق شده اند. البته پپتیدها را می‌توانند بصورت de novo( از ابتدا) طراحی شوند. برای طراحی یک پپتید مناسب نکات بسیاری را باید رعایت کرد. در این مطلب همکاران ازمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو بخش های از پروتکل خود که در طراحی پپتید لحاظ می کنند را در اختیار عموم قرار داده اند:

این نکات می‌تواند به کاهش مشکلات معمول در طول سنتز، خالص سازی و به کارگیری پپتید کمک کند.
@practicalbioinformatics
1. طول توالی پپتید: محدودیت طول توالی در حدود 10-15 باقی مانده برای افزایش بازده کلی، خلوص، به حداقل رساندن ناخالصی و کاهش قیمت مفید است. خلوص پپتیدهای سنتزی معمولا با افزایش طول توالی کاهش می‌یابد.
@practicalbioinformatics
2. ساختمان دوم پپتید: بعضی پپتیدها ساختمان دوم از نوع صفحه بتا تشکیل می‌دهند. در طول سنتز تشکیل صفحه بتا به علت حلالیت ناقص پپتید در حال سنتز و تجمع آن سبب درجه بالای از حذف توالی در محصول نهایی می‌شود. برای جلوگیری از چنین موردی توالی های فاقد باقی مانده های متعدد و متوالی مانند والین، ایزولوسین، تیروزین، تریپتوفان، لوسین، گلایسین و ترئونین طراحی می شود. در صورتی که امکان چنین کاری نباشد، جایگزینی اسیدامینه صورت می گیرد و با قرار دادن گلایسین یا پرولین در هر سه باقی مانده انجام شود و یا جایگزینی گلایسین با آسپارژین و جایگزینی ترئونین با سرین.
@practicalbioinformatics
3. تمایل باقیمانده‌ها برای اکسیداسیون: پپتیدهای حاوی چندین باقیمانده‌ Cys، Met یا Trp تمایل به اکسیداسیون داشته و واکنش‌های جانبی اثر منفی بر حلالیت و خلوص پپتید دارد. جلوگیری یا به حداقل رساندن چنین باقیمانده های در توالی یا جایگزینی با باقیماندهای جایگزین مشابه می‌تواند مفید واقع شود. بطور مثال نورلوسین می‌تواند به عنوان جایگزین برای Met ، و سرین یک جایگزین کمتر واکنش پذیر برای Cys است.
@practicalbioinformatics
4. ترکیب آمینواسیدی: ترکیب کلی آمینواسیدی یک پپتید اغلب در طول طراحی نادیده گرفته می‌شود. این ترکیب بر حلالیت نهایی، سنتز پپتید و خالص سازی تاثیر خواهد گذاشت. حفظ مقدار آمینواسیدهای آبگریز (Leu، Val، Ile، Met، Phe، Trp و غیره) زیر 50 درصد و اطمینان از وجود حداقل یک اسید آمینه باردار به ازای هر 5 آمینواسید. جایگزینی Ala با Gly یا اضافه کردن باقیمانده های قطبی (چندین آرژنین، لایزین و PEG کوچک) به انتهای N و C حلالیت را بهبود می‌بخشد.
@practicalbioinformatics

آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

5. آمیداسیون و کلاهک گذاری: برای توالیهای درونی...

آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

....برای توالیهای درونی مشتق از پروتئین‌های طبیعی کلاهک برای انتهای N و C یا هر دو به منظور جلوگیری از باردار بودن که در توالی طبیعی وجود ندارد. انتهای C و N می‌توانند به صورت گروه آمیدی یا استیل به ترتیب بلوکه شوند.
@practicalbioinformatics
6. ترکیب آمینواسیدهای انتهای N: از قرار دادن گلوتامین در انتهای N اجتناب شود زیرا گلوتامین تحت شرایط اسیدی به پیروگلوتامات کاتالیز می‌شود. در صورتی که لازم است گلوتاماین در این موقعیت باشد یک گروه استیل به گروه آمینو گلوتامین اضافه کرده یا از پیروگلوتامات به جای آن در توالی استفاده شود. اجتناب از آسپارژین در انتهای N برای جلوگیری از ایجاد مشکل در طول برداشت گروه محافظ بعد از سنتز.
@practicalbioinformatics
7. ترکیب آمینواسید در انتهای C: آمینواسیدهای مانند سیستئین، پرولین و گلایسین باید در انتهای C به علت موارد مختلفی مانند راسمیزاسیون، تشکیل دی پپتید، تشکیل دی کتوپیپرازین و ... قرار داده نشوند. اگرچه امروزه روشهای سنتزی برای جلوگیری از چنین مشکلاتی وجود دارد. در صورتیکه یک اسیدآمینه غیرمعمول مانند D-آمینواسیدها در انتهای C وجود داشته باشد اضافه کردن گروه آمیدی در انتهای C توصیه می‌شود. اگر مدیفیکاسیونی (مانند بیوتین، فلورسین) در انتهای C وجود داشته باشد ترجیحا باید توسط زنجیره جانبی لایزین متصل شود.
@practicalbioinformatics
8. آمینواسیدهای مشکل ساز: از تعداد متعددی از آمینواسیدهای شامل پرولین (ایزومریزاسیون سیس و ترانس)، آسپارتیک اسید (تشکیل آسپارتیماید)، گلاسین (پیوند هیدروژنی و تشکیل ژل) و سرین (مشکل جفت شدن) باید در توالی اجتناب شود. همچنین نباید بیش از 10 آمینواسید بعد از فسفوآمینواسید از سمت انتهای C قرار گیرد.
@practicalbioinformatics
9. اتصال لیگاند: اتصال یک فاصله دهنده (spacer) بین پپتید و لیگاند بزرگ برای به حداقل رساندن تاثیر لیگاند بر تاخوردگی پپتید.

🏆آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics