📸 تصاویر زیبا از جنین حیوانات در رحم مادرشان
(فیل،پلنگ،دلفین و کوسه)
National geographic

آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

معرفی زبان برنامه نویسی R
نرم افزار R برای اولین بار به عنوان یک پروژه تحقیقاتی توسط راس ایهاکا و رابرت جنتلمن نوشته شد، و در حال حاضر توسط گروهی از متخصصان علم آمار به نام "تیم هسته نرم افزار R" با صفحه ای در آدرس www.r-project.org در حال توسعه می باشد. نرم افزار R بصورت رایگان در دسترس می باشد.
http://drugdesign.ir/images/blog/9781420063677.jpg
نرم افزار R حاوی محدودهٔ گسترده‌ای از تکنیک‌های آماری (از جمله: مدل‌سازی خطی و غیرخطی، آزمون‌های کلاسیک آماری، تحلیل سری‌های زمانی، رده‌بندی، خوشه‌بندی و غیره) و قابلیت‌های گرافیکی است. در محیط R، کدهای سی، سی++ و فورترن قابلیت اتصال و فراخوانی هنگام اجرای برنامه را دارند.گرچه نرم‌افزار R اغلب به منظور انجام محاسبات آماری به کار می‌رود، این نرم‌افزار قابل به کارگیری در محاسبات ماتریسی است و در این زمینه، همپای نرم‌افزارهایی چون متلب است. R، همچنین نرم‌افزار قدرتمندی برای ایجاد اشکال گرافیکی و نمودارهاست.

💎 نرم افزار R به سرعت در حال تبدیل شدن به مهم ترین زبان برنامه نویسی برای هر دو، زیست شناسان تجربی و محاسباتی است .به خوبی طراحی شده است، بسیار کارآمد و به طور گسترده ای مورد استفاده قرار می گیرد شما می توانید از R برای تقریبا تمام موضوعات بیوانفورماتیک، پروتئومیکس، تجزیه و تحلیل آماری استفاده کنید ( بطور مثال NGS, Flow_Cytometry, Seqeunce manipulation انالیز دیتاهای میکروارری و بیانی ژن و... ) برای این کار پکیج Bioconductor در دسترس است که می تواند برای تجزیه و تحلیل و درک داده های ژنومی بدست آمده از آزمایشگاه های زیست شناسی مولکولی مورد استفاده قرار گیرد
در مطالب بعدی، تعدای از پکیج های پر کاربرد زبان R در بیوانفورماتیک را معرفی خواهم کرد
#برنامه_نویسی #R

آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

✍ سیستم بیولوژی چیست؟


آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

✍ سیستم بیولوژی چیست؟

برای سیستم بیولوژی تا به اکنون تعاریف بسیار متفاوت و گوناگونی ارایه شده و هنوز یک تعریف جامع و کامل که مورد توافق اکثریت باشد معرفی نشده است . از این رو سعی می کنم با ارایه تعاریف مختلف از منابع گوناگون، به همراه یکدیگر به درک درستی از مفهوم سیستم بیولوژی برسیم.
@practicalbioinformatics

💎تا کنون علوم زیستی و پزشکی درصدد کشف جزئیات فرایند های سلولی و مولکولی و نفوذ در ذرات جهان و جزئی نگری بوده اند و لیکن خداوند دو چشم بر انسان عطا فرموده است تا در حین توجه به جزئیات کلیات را نیز در نظر داشته باشد
توجه به جزئیات به تنهایی نمی تواند پاسخگوی سئوالات بشر و جهان پیچیده باشد همچنان که باید جزئیات را دید باید نگاهی نیز به تصویر کلی حیات داشت در چند سال گذشته دانشمندان متوجه شده اند برای مشاهده تصویری بزرگ از هستی، علاوه بر کشف ذرات، باید دیدی کلی به جهان داشت، این دانش به سیستم بیولوژی و یا نگرش سیستمیک به حیات و پدیده های مرتبط زیستی گفته می شود

💊سیستم بیولوژی و داروسازی
يكي از كاربرد هاي اصلي اين رشته كه امروزه هزينه ها و تمركز زيادي را به خود اختصاص داده است، استفاده از سيتم بيولوژي در مدل سازي اثر دارو ها در سلول هاي هدف و ميسر هاي بيوشيميايي درگير است. دانشمندان اميدوارند كه در آينده نزديك با مدل سازي هاي دقيق تر بتوانند دارو هاي اختصاصي تر با اثرات جانبي كمتر و بهينه را طراحي كنند.
@practicalbioinformatics
به عنوان مثال نشان داده شده است كه گيرنده فاكتور رشد اپيدرمال كه امروزه مورد هدف بسياري از دارو هاي جديد سرطان است، متعلق به يك خانواده است كه چهار نوع از انواع گيرنده هاي هم خانواده را شامل مي شود. نشان داده شده است كه اين گيرنده ها توسط 30 بر همكنش مختلف با مولكول هاي متفاوت تحريك مي شوند. فلذا اين بر همكنش پيچيده ايجاب مي نمايد كه دياگرام و طرحي از نحوه ي عملكرد اين مولكول ها و نقش هر كدام از آن ها را داشته باشيم. در اين صورت براحتي و با هزينه كم مي توانيم اثر هر نوع دارويي را كه طراحي مي كنيم در نحوه عملكرد اين تركيب پيچيده پيش بيني كنيم. بعلاوه مدل هاي كه توسط سيستم بيولوژي طراحي مي شوند اين امكان را فراهم مي كنند كه واكنش سلول و مسير هاي بيوشيميايي آن را نسبت به شرايط محيطي كه نمي توان براحتي در آزمايشگاه مطالعه كرد را آناليز كنيم.
به طور كلي دانش سيستم بيولوژي بر سه پايه اصلي استوار است:
جمع آوري و ادغام داده هاي آزمايشگاهي
پردازش داده ها
مدل سازي
موضوعات اصلي در سيستم بيولوژي شامل آناليز شبكه هاي مختلف است كه مهمترين اين شبكه ها عبارتند از :
شبكه هاي ژني
شبكه هاي برهمكنش پروتئين ها
شبكه هاي متابوليسمي
شبكه هاي سيگنالي
و...
http://drugdesign.ir/images/blog/sysbio.jpg

واضح است كه براي مدل سازي هر كدام از اين شبكه ها با توجه به ويژگي هاي كه هر كدام از آن ها دارند از روش ها و الگوريتم هاي خاصي استفاده مي شود ولي آن چه مهم است اين است كه در نهايت هدف سيستم بيولوژي رسيدن به يك مدل واحد و كشف ارتباطات بين اين شبكه ها و نقش آن ها در حيات سلول ، ارتباط بين سلول ها و شرايط محيطي و در نهايت پاسخ موجود به تغييرات محيطي است.
منبع: دانشگاه علوم پزشکی بقیة الله
#سیستم_بیولوژی #بیوانفورماتیک #شبکه


آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

💎هدف اصلی در سیستم بیولوژی این است که قادر به فهم و تغییر، در مکانیسم های مولکولی اصلی سیستم های زیستی باشیم.
اهداف سیستم بیولوژی
1. اندازه گیری پاسخ های در سطح مولکولی و دیگر خروجی های سیستم های زیستی و شبکه ها
2. فرموله کردن شبکه های زیستی به زبان ریاضی
3. بازسازی مدل های شبکه زیستی، حاصل از داده های تجربی و یا اطلاعات پایگاه داده
4. به روش محاسباتی پیش بینی می کند که یک شبکه، تحت شرایط آزمایشی جدید، چگونه رفتار می کند
5. تست و آزمایش پیش بینی های محاسباتی بصورت تجربی و آزمایشگاهی
6. بفهمیم در یک بیماری کدام مکانیسم های شبکه تغییر کرده است.
7. طراحی "داروها، شرایط خارجی، محیط های مصنوعی و یا مولکول ها" برای ایجاد تغییرات در شبکه های زیستی


✍ مقدمه ای بر شبکه های زیستی

در گذشته، تکنیک های سنتی آزمایشگاهی برروی برهمکنش های تکی تمرکز داشت، به عنوان مثال:
پروتئین 1 ⬅️ ژن2 را تنظیم می کند
سیستم بیولوژی مدرن از چندین نوع از روش های اندازه گیری برای توصیف، شناسایی و مدل سازی شبکه های زیستی استفاده می کند.
1. اندازگیری در هر دو مقیاس بزرگ و کوچک
2. اندازه گیری با توان بالا High-throughput
3. سنجش و اندازه گیری کمی و/ یا کیفی
به جای تجزیه و تحلیل اجزاء و عناصر تکی مانند ژن ها و پروتئین ها، هدف شناخت و درک سیستم به عنوان یک مجموعه کل (رویکرد جامع) است
http://drugdesign.ir/images/blog/net.jpg

✍انواع شبکه های بیولوژیکی

شبکه های رونویسی
شبکه های سیگنالینگ
شبکه های متابولیک
شبکه های برهمکنش پروتئین – پروتئین
شبکه های دارو-هدف
شبکه های ژن-بیماری
شبکه های عصبی
شبکه های زیست محیطی
شبکه های اپیدمیولوژیک
و ...

در مطالب بعدی بیشتر درباره شبکه ها توضیح خواهم داد.

#سیستم_بیولوژی #بیوانفورماتیک #شبکه

ویدیو کلیپ و مطالب آموزشی در کانال آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

☀️آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
📂موضوع : #سیستم_بیولوژی

📰 واژه نامه سیستم بیولوژی

Dynamical system
سیستم های پویا، مجموعه ای از اجزایی است که خواص آن ها (بطور مثال. مقدارشان، سطح فعالیت و غیره) در زمان تغییر می کند .و این تغییر به علت اینتراکشن بین خود اجزا و یا تحت تاثیر نیرو های خارجی اعمال می شود.
Node
گره شبکه، یک جزء اصلی تشکیل دهنده شبکه می باشد. در شبکه های بیولوژیکی اغلب به عنوان گونه های مولکولی شناخته می شوند (بطور مثال، ژن، انواع RNA، پروتئین و..).
Interaction
برهم کنش ( یال )، ارتباط بین گره های شبکه است. در شبکه های بیولوژیکی برهم کنش بدان معنی است که دو گره بطور شیمیایی با هم واکنش دهند، یکدیگر را تنظیم کنند، و یا به طور موثر فعالیت های یکدیگر را تحت تاثیر قرار دهند.برهم کنش عمدتا دو به دو هستند ، اما می توان مرتبه بالاتر هم باشند و همچنین. آنها می توانند جهت دار یا بدون جهت باشند و معمولا به واسطه یک اینتراکشن قوی توصیف می شوند.
Network
شبکه، یک سیستم از اینتراکشن گره ها است. یک شبکه می تواند به صورت ریاضی مانند یک گراف نمایش داده شود، که در آن رئوس این گراف گره ها می باشند و یال ها نشان دهنده ارتباط بین گره ها است . شبکه های بیولوژیکی اغلب به عنوان سیستم های دینامیکی شناخته می شوند.
Pathway
مسیر، یک زیر مجموعه از گره ها و برهمکنشهای (یال ها) در یک شبکه است که در امتداد آن اطلاعات یا انرژی و ماده در یک مسیر جهت دار جریان دارد.

🔎 عضویت در کانال آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

✍ نود و یال در یک شبکه

#سیستم_بیولوژی
آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

🎞 #ویدیو_کلیپ زیبا درباره "نحوه تشکیل جنین انسان"
حجم: ۲۸ مگابایت
مدت: ۴ دقیقه


🔎 عضویت در کانال آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

🎞 #ویدیو_کلیپ زیبا درباره "تاثیر استرس بر روی مغز انسان"
حجم: ۱۵ مگابایت
مدت: ۴ دقیقه


🔎 عضویت در کانال آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

🎞 #ویدیو_کلیپ زیبا و آموزشی "سیستم بیولوژی"

حجم: ۱۵ مگابایت
مدت: ۴ دقیقه

#سیستم_بیولوژی

🔎 عضویت در کانال آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

✍ فیلوژنتیک چیست؟

#فیلوژنی #تکامل
آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ ]

☀️آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
📂موضوع : #فیلوژنی

📰 تعریف فیلوژنی

الگوهای واقعی تاریخچه تکامل، فیلوژنی یا درخت تکاملی نامیده می شود. در واقع مطالعه ارتباط های تکاملی میان ژن ها و گونه ها است
یک درخت نیز یک ساختار ریاضیاتی است که جهت مدل کردن تاریخچه واقعی تکامل یک گروهی از توالی ها یا ارگانیسم ها استفاده می شود.
داده های مورد استفاده برای تحلیل فیلوژنتیکی مولکولی نوکلئوتید ها و آمینو اسید ها هستند (قبلا رده بندی بر اساس خصوصیات ریخت شناسی بوده است)


“Nothing in Biology makes sense except in the light of Evolution”
(Theodosius Dobzhansky (1900-1975)


🔎 عضویت در کانال آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

☀️آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
📂موضوع : #فیلوژنی #تکامل

📰 نظریه تکامل و سازوکارهای (مکانیسم های) آن

نظریه تکامل: همه موجودات از یک جد مشترک تکامل یافته اند و سازوکارهای متفاوت دستیابی به دگرگونی عامل تنوع زیستی امروزی است.
سازوکارها: شامل جهش ها، دوبرابر شدن ژن ها (Gene duplication in recombination events)، حذف و اضافه، سازماندهی دوباره ی ژنوم ها (نوآرایی) و نوترکیبی
در میان اینها بیشتر از جهش ها، جهت ارزیابی روابط میان ژن ها توسط روش های متفاوت فیلوژنتیک مولکولی به کار گرفته شده است
جهش
حاصل اشتباهات هنگام همانند سازی و/یا دگرگونی اطلاعات نوکلئوتیدی به واسطه عوامل محیطی(اشعه UV، مواد شیمیایی و غیره) و عدم تصحیح و ترمیم آن = جهش نقطه ای (Point mutation)
جهش های خاموش (silent) یا هم معنی (Synonymous)
جهش غیر خاموش یا غیر مترادف (nonsynonymous) یا بدمعنا (missense)
جهش خنثی (neutral)
جهش انتقالی (Transition) : پورین به پورین یا پریمیدین به پریمیدین
جهش تقاطعی (Transversion) : تغییر پورین به پریمیدن یا بلعکس



🔎 عضویت در کانال آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

☀️آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
📂موضوع : #فیلوژنی #تکامل

📰 اصلاحات تکاملی

Plesimorphic :
ویژگی یکسان توالی های مورد مطالعه با هم و با جد اولیه مشترک
Apomorphyic:
یک ویژگی در نتایج و جد مشترک نزدیکتر وجود دارد ولی در جد مشترک اولیه نیست
Autapomorphy :
اگر اپو مورفی در تنها یک فرد دیده شود
Synapomorphy:
اگر اپو مورفی در چند فرد دیده شود
Homology:
اگر دو توالی شباهت یکسانی داشته باشند، ممکن است هر دو آن ها، این شباهت را از جدی که آن ویژگی را داشته است، گرفته باشند
Homoplasy:
اما اگر این شباهت از یک جد مشترک نباشد و در هر فرد به طور مستقل به دست آمده باشد، به آن تشابه اکتسابی می گویند. انواع هموپلازی عبارت است از تکامل موازی (parallel evolution)، تکامل همگرا (Convergent evolution) و از دست رفتگی ثانویه (Secondary loss).
ژن های پارالوگ (Paralogous) : ژن هایی که از یک رویداد دو برابر شدن (Gene duplication) تقریبا جدید ناشی شده اند جهت نمایش جد مشترک در سطح نوکلئوتیدی یا امینواسیدی آنها از اصطلاح پارالوگ استفاده می شود..
ژن های ارتولوگ: (Orthologous ) ژن های همسان در گونه های مختلف، که تکامل جداگانه ای را به خاطر جداشدن گونه هایشان طی کرده اند ارتولوگ نامیده می شوند. بررسی چنین ژن هایی با بررسی فیلوژنتیکی به اطلاعاتی در زمینه رویداد گونه زایی (speciation) می انجامد.هنگام بررسی فیلوژنتیکی روی ژن های همسان (هومولوگ)، دانستن این که آیا ژن ها ارتولوگ هستند یا پارالوگ مهم است. این موضوع از نتیجه گیری اشتباه در مورد رویدادهای گونه زایی یا استفاده از ژن های پارالوگ به جای ژن های ارتولوگ جلوگیری می کند.



🔎 عضویت در کانال آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

✍ غربالگیری مجازی چیست؟



🔎 عضویت در کانال آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

📂موضوع : #طراحی_دارو #کموانفورماتیک

📰 غربالگري مجازي

غربالگري مجازي يك روش محاسباتي مورد استفاده در فرآيند كشف دارو است كه براي جستجوي كتابخانه هايي از مولكول هاي كوچك مورد استفاده قرار مي گيرد. هدف از انجام آن شناسايي ساختارهايي است كه با بيشترين احتمال با يك هدف دارويي كه معمولا يك گيرنده پروتئيني يا آنزيم است پيوند تشكيل مي دهند. غربالگري مجازي روشي است كه بطور اتوماتيك كتابخانه هاي بسيار بزرگي از تركيبات را با استفاده از برنامه هاي كامپيوتري بررسي مي كند. در اين فرايند تعداد بيشماري از تركيبات كه در فضاي شيميايي بعنوان داروي هدف مورد نظر محتمل هستند به تعداد كمي كه قابل سنتز، خريداري يا تست زيستي هستند كاهش مي يابد.
همزمان با افزايش صحت روش هاي غربالگري مجازي، اين روش به بخش مهمي در فرايند كشف دارو تبديل شده است. غربالگري مجازي به دو دسته تقسيم مي شود: روش هاي براساس ساختار ليگاند و روش هاي بر اساس ساختار پروتئين هدف.
با داشتن مجموعه اي متنوع از ليگاندهايي كه با يك گيرنده پيوند تشكيل مي دهند، مدلي از گيرنده با توجه به اطلاعات موجود در مجموعه ليگاندها ساخته مي شود. به اين مدل ها، مدل هاي فارماكوفوري گفته مي شود. سپس ليگاند كانديد را مي توان با مدل فارماكوفوري مقايسه نمود تا تعيين شود كه آيا با آن انطباق دارد يا خير. در نتيجه براي پيوند شدن به آن محتمل است يا خير. روش ديگر استفاده از روش هاي آناليز مشابهت شيميايي دو بعدي براي بررسي مجموعه داده اي از مولكول ها نسبت به يك يا چند ساختار ليگاند فعال است. روش ديگر متداول بر اساس ساختار ليگاند بر مبناي جستجوي مولكولهايي با شكل مشابه نسبت به مولكول هاي فعال شناخته شده است. از آنجايي كه چنين مولكول هايي به سايت پيوندي هدف منطبق مي شوند، مولكولهاي كانديد نيز با هدف دارويي پيوند تشكيل خواهند داد. رايج ترين روش انجام غربالگري مجازي بر اساس پروتئين هدف انجام الحاق نمودن است. همچنين روش هاي فارماكوفوري بر اساس ساختار پروتيئن نيز در اين دسته قرار مي گيرند.
بنابراين روش هاي غربالگري مجازي را مي توان به دسته غربالگري مجازي فارماكوفوري، جستجوي مشابهت، و داکینگ تقسيم نمود.


🔎 عضویت در کانال آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

⏳چطور یک طراح پیشرفته در طراحی های علوم زیستی شویم؟

1.اولین مورد در کنار همت و اراده بالا، خلاقیت و ضریب هوشی و ذهن شبکه ای می باشد که قادر است بین حوزه های گوناگون علمی ارتباط منطقی برقرار کند.

2. دانش بالایی و یا متوسطه از بخش هایی از علوم #بیوشیمی ، #ژنتیک #بیوتکنولوژی ، #میکروب_شناسی، #داروسازی، #شیمی ، #مهندسی_پروتیین، #بیوانفورماتیک (در حوزه های پایه، ساختاری و مدل سازی، #کموانفورماتیک #ایمونوانفورماتیک #فیلوژنتیک و تکاملی ، #ژنتیک_جمعیت ، #سیستم_بیولوژی و #دینامیک_مولکولی )، که حداقل چهار سال زمان می برد

3. انجام طراح های متعدد تا مرحله ازمایشگاهی و چالش زایی در حیوانات مدل حیوانی

4.چاپ مقالات معتبر و توجه به نظرات داوران بین المللی

5. خوره مقاله و کتاب باشید! و جدیدترین طراحی ها را رصد کنید.

6.صنعتی و تولیدی فکر کنید و تنها پژوهش محور نباشید و کیفیت کار شما به صورتی باشد که قابلیت تولید داشته باشد و منفعت اقتصادی و ملی داشته باشد.



🔎 عضویت در کانال آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

✍ پیش نیاز های علوم #بیوانفورماتیک

💠 #کموانفورماتیک : بیوانفورماتیک عمومی، بیوانفورماتیک ساختاری، داروسازی و شیمی و دینامیک مولکولی،
زبان برنامه نویسی پایتون...

💠 #ایمونوانفورماتیک :
بیوانفورماتیک عمومی، بیوانفورماتیک ساختاری، ایمونولوژی و میکروبیولوژی و دینامیک مولکولی...

💠 #فیلوژنی و انالیزهای تکاملی:
بیوانفورماتیک عمومی و ژنتیک و بیولوژی سیستمی و اشنایی با الگوریتم های فیلوژنی...

💠 #دینامیک_مولکولی :
بیوانفورماتیک عمومی و ساختاری و شیمی و بیوفیزیک...

💠 #ژنتیک_جمعیت : بیوانفورماتیک عمومی و اشنایی با ژنتیک جمعیت و اصول اماری...

💠 #انالیز_داده های ریزارایه ها، توالی یابی عمیق و RNAse :
اشنایی با زیست مولکولی و مفاهیم اماری و روش مورد استفاده. زبان R و...

💠 #سم_شناسی مجازی. دانش عمیق از سم شناسی و داروسازی

💠 #کیوسار و #فارماکوفور :
دانش عمیق از شیمی فیزیک و تا اندازه ای داروسازی.
امار، روش های کلاسترینگ و دسته بندی

💠 #سیستم_بیولوژی :
شناخت شبکه های زیستی و توانایی انالیز و تفسیر شبکه. آشنایی با نظریه های گراف و شبکه..




🔎 عضویت در کانال آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

☀️ سوالات مطرح شده در گروه:

📂موضوع : #دینامیک_مولکولی

📰 بررسی تاثیر جهش بر روی ساختار پروتئین

❔با سلام خدمت همکاران عزیز در مورد تاثیر جهش های یک ژن بر روی ساختار پروتئین چه نرم افزاری را پیشنهاد ميکنيد؟ (تاثیر جهش بر روی ساختار دوم و سوم پروتئین)

📎 پاسخ های مطرح شده :
شما می توانید تاثیر جهش بروی ساختار پروتئین را با تکنیک #دینامیک_مولکولی بررسی کنید (با پکیج های #گرومکس و #NAMD)
۱-ابتدا با نرم افزار های مانند SPDV جهش های مورد نظرتان را بروی ساختار پروتئین ایجاد کرده.
۲- با استفاده از تکنیک دینامیک مولکولی (پکیج گرومکس) ساختار پروتئین تغییر داده شده را مینیمایز کرده و ساختار های دوم و سوم ان را انالیز کنید.
*سورس پکیج گرومکس در اینترنت موجود است و برروی سیستم عامل #لینوکس نصب می شود*

برخی از نرم افزارهای دینامیک مولکولی مثل gromcas رایگان (free) هستند و برخی نیاز به license دارند. برای مورد شما گرومکس گزینه مناسبی است.
غیر از نرم افزارها، می تونید از server هایی که به این منظور طراحی شدن هم استفاده کنید.

http://mordred.bioc.cam.ac.uk/sdm/sdm.php
http://cupsat.tu-bs.de/
http://omictools.com/protein-stability-change-prediction-category
❔سوال ( 2)
آیا منبع آموزشی و یا مراکزی وجود دارد برای یادگیری تکنیک دینامیک مولکولی؟
📎 پاسخ
منابع آموزشی در اینترنت موجود است. همچنین شما میتوانید از دوره های آموزشی عمومی و خصوصی آزمایشگاه پارس سیلیکو استفاده نمایید.


🔎 عضویت در کانال آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

☀ #سیستم_فارماکولوژی

📂موضوع : #سیستم_بیولوژی

رهیافت های سیستم بیولوژِی در #فارماکولوژی از دیرباز برای درک اثر #دارو استفاده می شده است. به کارگیری روش های سیستم های محاسباتی و تجربی زیست شناسی در فارماکولوژی به ما این اجازه را می دهد تا اصطلاح "#سیستم_فارماکولوژی" را معرفی کنیم، سیستم فارماکولوژی توصیف کننده زمینه ای تازه از تحقیقات در داروسازی می باشد که به ما درباره چگونگی اثر داروها یک دید جامع می دهد. و توصیف میکند که نحوه عمل دارو، ریشه در برهمکنش های مولکولی بین دارو و اهداف خود در بافت سلولی انسان دارد، . پیشرفت ها در سیستم فارماکولوژی، در دراز مدت، به توسعه در کشف داروهای جدید و درمان های موثر برای مدیریت درمان بیمار کمک می کند. چندین کاربرد مهم بالینی در کشف دارو وجود دارد که روش های سیستم های زیست شناسی سهم قابل توجهی در رشد و پیشرفت آن ها داشته است. در اینجا، می توان به پنج مورد از کاربرد های سیستم بیولوژی در کشف دارو اشاره کرد:
(1) شبکه های دارو - هدف
(2) پیش بینی های برهمکنش های بین دارو - هدف
(3) بررسی عوارض جانبی داروها
(4) تغییر استفاده از از دارو و کشف هدف های جدید برای دارو
(5) پیش بینی و پیشگویی استفاده از ترکیب چند دارو


در مطالب بعدی درباره این موارد بیشتر توضیح خواهم داد.

🔎 عضویت در کانال آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

شماره اپریل مجله Sсiеncе
English | 162 pages | True PDF | 71.20 MB
کانال بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ