🎞 #ویدیو_کلیپ زیبا درباره "تاثیر استرس بر روی مغز انسان"
حجم: ۱۵ مگابایت
مدت: ۴ دقیقه


🔎 عضویت در کانال آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

🎞 #ویدیو_کلیپ زیبا و آموزشی "سیستم بیولوژی"

حجم: ۱۵ مگابایت
مدت: ۴ دقیقه

#سیستم_بیولوژی

🔎 عضویت در کانال آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

✍ فیلوژنتیک چیست؟

#فیلوژنی #تکامل
آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ ]

☀️آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
📂موضوع : #فیلوژنی

📰 تعریف فیلوژنی

الگوهای واقعی تاریخچه تکامل، فیلوژنی یا درخت تکاملی نامیده می شود. در واقع مطالعه ارتباط های تکاملی میان ژن ها و گونه ها است
یک درخت نیز یک ساختار ریاضیاتی است که جهت مدل کردن تاریخچه واقعی تکامل یک گروهی از توالی ها یا ارگانیسم ها استفاده می شود.
داده های مورد استفاده برای تحلیل فیلوژنتیکی مولکولی نوکلئوتید ها و آمینو اسید ها هستند (قبلا رده بندی بر اساس خصوصیات ریخت شناسی بوده است)


“Nothing in Biology makes sense except in the light of Evolution”
(Theodosius Dobzhansky (1900-1975)


🔎 عضویت در کانال آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

☀️آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
📂موضوع : #فیلوژنی #تکامل

📰 نظریه تکامل و سازوکارهای (مکانیسم های) آن

نظریه تکامل: همه موجودات از یک جد مشترک تکامل یافته اند و سازوکارهای متفاوت دستیابی به دگرگونی عامل تنوع زیستی امروزی است.
سازوکارها: شامل جهش ها، دوبرابر شدن ژن ها (Gene duplication in recombination events)، حذف و اضافه، سازماندهی دوباره ی ژنوم ها (نوآرایی) و نوترکیبی
در میان اینها بیشتر از جهش ها، جهت ارزیابی روابط میان ژن ها توسط روش های متفاوت فیلوژنتیک مولکولی به کار گرفته شده است
جهش
حاصل اشتباهات هنگام همانند سازی و/یا دگرگونی اطلاعات نوکلئوتیدی به واسطه عوامل محیطی(اشعه UV، مواد شیمیایی و غیره) و عدم تصحیح و ترمیم آن = جهش نقطه ای (Point mutation)
جهش های خاموش (silent) یا هم معنی (Synonymous)
جهش غیر خاموش یا غیر مترادف (nonsynonymous) یا بدمعنا (missense)
جهش خنثی (neutral)
جهش انتقالی (Transition) : پورین به پورین یا پریمیدین به پریمیدین
جهش تقاطعی (Transversion) : تغییر پورین به پریمیدن یا بلعکس



🔎 عضویت در کانال آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

☀️آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
📂موضوع : #فیلوژنی #تکامل

📰 اصلاحات تکاملی

Plesimorphic :
ویژگی یکسان توالی های مورد مطالعه با هم و با جد اولیه مشترک
Apomorphyic:
یک ویژگی در نتایج و جد مشترک نزدیکتر وجود دارد ولی در جد مشترک اولیه نیست
Autapomorphy :
اگر اپو مورفی در تنها یک فرد دیده شود
Synapomorphy:
اگر اپو مورفی در چند فرد دیده شود
Homology:
اگر دو توالی شباهت یکسانی داشته باشند، ممکن است هر دو آن ها، این شباهت را از جدی که آن ویژگی را داشته است، گرفته باشند
Homoplasy:
اما اگر این شباهت از یک جد مشترک نباشد و در هر فرد به طور مستقل به دست آمده باشد، به آن تشابه اکتسابی می گویند. انواع هموپلازی عبارت است از تکامل موازی (parallel evolution)، تکامل همگرا (Convergent evolution) و از دست رفتگی ثانویه (Secondary loss).
ژن های پارالوگ (Paralogous) : ژن هایی که از یک رویداد دو برابر شدن (Gene duplication) تقریبا جدید ناشی شده اند جهت نمایش جد مشترک در سطح نوکلئوتیدی یا امینواسیدی آنها از اصطلاح پارالوگ استفاده می شود..
ژن های ارتولوگ: (Orthologous ) ژن های همسان در گونه های مختلف، که تکامل جداگانه ای را به خاطر جداشدن گونه هایشان طی کرده اند ارتولوگ نامیده می شوند. بررسی چنین ژن هایی با بررسی فیلوژنتیکی به اطلاعاتی در زمینه رویداد گونه زایی (speciation) می انجامد.هنگام بررسی فیلوژنتیکی روی ژن های همسان (هومولوگ)، دانستن این که آیا ژن ها ارتولوگ هستند یا پارالوگ مهم است. این موضوع از نتیجه گیری اشتباه در مورد رویدادهای گونه زایی یا استفاده از ژن های پارالوگ به جای ژن های ارتولوگ جلوگیری می کند.



🔎 عضویت در کانال آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

✍ غربالگیری مجازی چیست؟



🔎 عضویت در کانال آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

📂موضوع : #طراحی_دارو #کموانفورماتیک

📰 غربالگري مجازي

غربالگري مجازي يك روش محاسباتي مورد استفاده در فرآيند كشف دارو است كه براي جستجوي كتابخانه هايي از مولكول هاي كوچك مورد استفاده قرار مي گيرد. هدف از انجام آن شناسايي ساختارهايي است كه با بيشترين احتمال با يك هدف دارويي كه معمولا يك گيرنده پروتئيني يا آنزيم است پيوند تشكيل مي دهند. غربالگري مجازي روشي است كه بطور اتوماتيك كتابخانه هاي بسيار بزرگي از تركيبات را با استفاده از برنامه هاي كامپيوتري بررسي مي كند. در اين فرايند تعداد بيشماري از تركيبات كه در فضاي شيميايي بعنوان داروي هدف مورد نظر محتمل هستند به تعداد كمي كه قابل سنتز، خريداري يا تست زيستي هستند كاهش مي يابد.
همزمان با افزايش صحت روش هاي غربالگري مجازي، اين روش به بخش مهمي در فرايند كشف دارو تبديل شده است. غربالگري مجازي به دو دسته تقسيم مي شود: روش هاي براساس ساختار ليگاند و روش هاي بر اساس ساختار پروتئين هدف.
با داشتن مجموعه اي متنوع از ليگاندهايي كه با يك گيرنده پيوند تشكيل مي دهند، مدلي از گيرنده با توجه به اطلاعات موجود در مجموعه ليگاندها ساخته مي شود. به اين مدل ها، مدل هاي فارماكوفوري گفته مي شود. سپس ليگاند كانديد را مي توان با مدل فارماكوفوري مقايسه نمود تا تعيين شود كه آيا با آن انطباق دارد يا خير. در نتيجه براي پيوند شدن به آن محتمل است يا خير. روش ديگر استفاده از روش هاي آناليز مشابهت شيميايي دو بعدي براي بررسي مجموعه داده اي از مولكول ها نسبت به يك يا چند ساختار ليگاند فعال است. روش ديگر متداول بر اساس ساختار ليگاند بر مبناي جستجوي مولكولهايي با شكل مشابه نسبت به مولكول هاي فعال شناخته شده است. از آنجايي كه چنين مولكول هايي به سايت پيوندي هدف منطبق مي شوند، مولكولهاي كانديد نيز با هدف دارويي پيوند تشكيل خواهند داد. رايج ترين روش انجام غربالگري مجازي بر اساس پروتئين هدف انجام الحاق نمودن است. همچنين روش هاي فارماكوفوري بر اساس ساختار پروتيئن نيز در اين دسته قرار مي گيرند.
بنابراين روش هاي غربالگري مجازي را مي توان به دسته غربالگري مجازي فارماكوفوري، جستجوي مشابهت، و داکینگ تقسيم نمود.


🔎 عضویت در کانال آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

⏳چطور یک طراح پیشرفته در طراحی های علوم زیستی شویم؟

1.اولین مورد در کنار همت و اراده بالا، خلاقیت و ضریب هوشی و ذهن شبکه ای می باشد که قادر است بین حوزه های گوناگون علمی ارتباط منطقی برقرار کند.

2. دانش بالایی و یا متوسطه از بخش هایی از علوم #بیوشیمی ، #ژنتیک #بیوتکنولوژی ، #میکروب_شناسی، #داروسازی، #شیمی ، #مهندسی_پروتیین، #بیوانفورماتیک (در حوزه های پایه، ساختاری و مدل سازی، #کموانفورماتیک #ایمونوانفورماتیک #فیلوژنتیک و تکاملی ، #ژنتیک_جمعیت ، #سیستم_بیولوژی و #دینامیک_مولکولی )، که حداقل چهار سال زمان می برد

3. انجام طراح های متعدد تا مرحله ازمایشگاهی و چالش زایی در حیوانات مدل حیوانی

4.چاپ مقالات معتبر و توجه به نظرات داوران بین المللی

5. خوره مقاله و کتاب باشید! و جدیدترین طراحی ها را رصد کنید.

6.صنعتی و تولیدی فکر کنید و تنها پژوهش محور نباشید و کیفیت کار شما به صورتی باشد که قابلیت تولید داشته باشد و منفعت اقتصادی و ملی داشته باشد.



🔎 عضویت در کانال آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

✍ پیش نیاز های علوم #بیوانفورماتیک

💠 #کموانفورماتیک : بیوانفورماتیک عمومی، بیوانفورماتیک ساختاری، داروسازی و شیمی و دینامیک مولکولی،
زبان برنامه نویسی پایتون...

💠 #ایمونوانفورماتیک :
بیوانفورماتیک عمومی، بیوانفورماتیک ساختاری، ایمونولوژی و میکروبیولوژی و دینامیک مولکولی...

💠 #فیلوژنی و انالیزهای تکاملی:
بیوانفورماتیک عمومی و ژنتیک و بیولوژی سیستمی و اشنایی با الگوریتم های فیلوژنی...

💠 #دینامیک_مولکولی :
بیوانفورماتیک عمومی و ساختاری و شیمی و بیوفیزیک...

💠 #ژنتیک_جمعیت : بیوانفورماتیک عمومی و اشنایی با ژنتیک جمعیت و اصول اماری...

💠 #انالیز_داده های ریزارایه ها، توالی یابی عمیق و RNAse :
اشنایی با زیست مولکولی و مفاهیم اماری و روش مورد استفاده. زبان R و...

💠 #سم_شناسی مجازی. دانش عمیق از سم شناسی و داروسازی

💠 #کیوسار و #فارماکوفور :
دانش عمیق از شیمی فیزیک و تا اندازه ای داروسازی.
امار، روش های کلاسترینگ و دسته بندی

💠 #سیستم_بیولوژی :
شناخت شبکه های زیستی و توانایی انالیز و تفسیر شبکه. آشنایی با نظریه های گراف و شبکه..




🔎 عضویت در کانال آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

☀️ سوالات مطرح شده در گروه:

📂موضوع : #دینامیک_مولکولی

📰 بررسی تاثیر جهش بر روی ساختار پروتئین

❔با سلام خدمت همکاران عزیز در مورد تاثیر جهش های یک ژن بر روی ساختار پروتئین چه نرم افزاری را پیشنهاد ميکنيد؟ (تاثیر جهش بر روی ساختار دوم و سوم پروتئین)

📎 پاسخ های مطرح شده :
شما می توانید تاثیر جهش بروی ساختار پروتئین را با تکنیک #دینامیک_مولکولی بررسی کنید (با پکیج های #گرومکس و #NAMD)
۱-ابتدا با نرم افزار های مانند SPDV جهش های مورد نظرتان را بروی ساختار پروتئین ایجاد کرده.
۲- با استفاده از تکنیک دینامیک مولکولی (پکیج گرومکس) ساختار پروتئین تغییر داده شده را مینیمایز کرده و ساختار های دوم و سوم ان را انالیز کنید.
*سورس پکیج گرومکس در اینترنت موجود است و برروی سیستم عامل #لینوکس نصب می شود*

برخی از نرم افزارهای دینامیک مولکولی مثل gromcas رایگان (free) هستند و برخی نیاز به license دارند. برای مورد شما گرومکس گزینه مناسبی است.
غیر از نرم افزارها، می تونید از server هایی که به این منظور طراحی شدن هم استفاده کنید.

http://mordred.bioc.cam.ac.uk/sdm/sdm.php
http://cupsat.tu-bs.de/
http://omictools.com/protein-stability-change-prediction-category
❔سوال ( 2)
آیا منبع آموزشی و یا مراکزی وجود دارد برای یادگیری تکنیک دینامیک مولکولی؟
📎 پاسخ
منابع آموزشی در اینترنت موجود است. همچنین شما میتوانید از دوره های آموزشی عمومی و خصوصی آزمایشگاه پارس سیلیکو استفاده نمایید.


🔎 عضویت در کانال آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

☀ #سیستم_فارماکولوژی

📂موضوع : #سیستم_بیولوژی

رهیافت های سیستم بیولوژِی در #فارماکولوژی از دیرباز برای درک اثر #دارو استفاده می شده است. به کارگیری روش های سیستم های محاسباتی و تجربی زیست شناسی در فارماکولوژی به ما این اجازه را می دهد تا اصطلاح "#سیستم_فارماکولوژی" را معرفی کنیم، سیستم فارماکولوژی توصیف کننده زمینه ای تازه از تحقیقات در داروسازی می باشد که به ما درباره چگونگی اثر داروها یک دید جامع می دهد. و توصیف میکند که نحوه عمل دارو، ریشه در برهمکنش های مولکولی بین دارو و اهداف خود در بافت سلولی انسان دارد، . پیشرفت ها در سیستم فارماکولوژی، در دراز مدت، به توسعه در کشف داروهای جدید و درمان های موثر برای مدیریت درمان بیمار کمک می کند. چندین کاربرد مهم بالینی در کشف دارو وجود دارد که روش های سیستم های زیست شناسی سهم قابل توجهی در رشد و پیشرفت آن ها داشته است. در اینجا، می توان به پنج مورد از کاربرد های سیستم بیولوژی در کشف دارو اشاره کرد:
(1) شبکه های دارو - هدف
(2) پیش بینی های برهمکنش های بین دارو - هدف
(3) بررسی عوارض جانبی داروها
(4) تغییر استفاده از از دارو و کشف هدف های جدید برای دارو
(5) پیش بینی و پیشگویی استفاده از ترکیب چند دارو


در مطالب بعدی درباره این موارد بیشتر توضیح خواهم داد.

🔎 عضویت در کانال آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

شماره اپریل مجله Sсiеncе
English | 162 pages | True PDF | 71.20 MB
کانال بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

Sсiеncе - 8 April 2016
English | 162 pages | True PDF | 71.20 MB
🔎 عضویت در کانال بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

☀️ سوالات مطرح شده در گروه (پرسش و پاسخ بیوانفورماتیک):

📂موضوع : #پیشگویی_ساختار_پروتئین

📰 سرورهای پیشگویی ساختار دوم پروتئین

سوال (۱)
🔒با سلام برای بدست آوردن ساختار دوم یک پروتئین توالی آن را به 4 سرور Cfssp, Gor4, Rapturx, Predict protein دادم. نتایج با هم متفاوت است. کدام سرور را ملاک قرار بدهم.؟


🔑 پاسخ های مطرح شده :

1- در انتخاب سرور های که برای #پیشگویی_ساختار استفاده می کنید . دقت کافی داشته باشید. از #الگوریتمی که سرور برای پیشگویی استفاده میکنند اطلاع داشته باشید بعضی از سرور های از متد ها و الگوریتم های بسیار قدیمی استفاده میکنند و جواب مناسبی به شما نمیدهند.
2- از سرور های بیشتر و به روزتر و تخصصی تری استفاده کنید. یکی - دو تا از سرور های که استفاده کرده اید. out-of-data و برای پیشگویی ساختار دوم غیر تخصصی هستند.
3- اصولا سرور های "درصد دقت پیشگویی "متد خودشان را ذکر میکنند . به این مورد هم توجه کنید.
2- جدولی تهیه کرده و در یک ستون سرور ها مورد استفاده و متد های مورد استفاده در این سرور ها را درج کنید و در ستون دیگر نتایج پیشگویی، سپس با بررسی این جدول، نتیجه ای که بیشترین اشتراک را در سرور ها داشته را انتخاب نمایید .
لیستی از سرور های پیشگویی ساختار دوم👇
http://www.expasy.org/resources/search/keywords:secondary%20structure%20prediction
http://toolkit.tuebingen.mpg.de/sections/secstruct
http://www.russelllab.org/gtsp/secstrucpred.html


🔑پاسخ 2
تعیین ساختار دوم ، به سبب رشد روزافزون برنامه های پیشگویی ساختار سوم (که ساختار دوم را نیز در خود دارد) و با عملکرد پروتئین نیز رابطه مستقیم داشته و شکل نهایی پروتئین است، مهجور گشته است و محققان تنها در موارد خاص از آن استفاده میک نند. سرور gorV نیز (که شما نسخه 4 آن را ذکر کرده اید) با عملکرد بهتر توسعه یافته است. جهت چاپ مقاله معمول ترین سرور که در مقالات به تواتر استفاده شده استgor می باشد و از نظر داوران قابل پذیرش است. شما به صورت چشمی نیز در صورت داشتن علم کافی از بیوانفورماتیک ساختاری می توانید میان سرورها قضاوت کنید و در معرفی هر سرور ارائه شد بهترین را از نظر حساسیت و دقت انتخاب کنید. شایان ذکر است امروزه با پیشرفت پایگاههای داده پروتئین نیاز به انجام این انالیز وجود ندارد و پایگاههای داده به صورت پایه این انالیز و انالیزهای سطح پایه را انجام می دهند. رجوع شود به پایگاه داده uniprotkb


🔒سوال ( 2)
آیا در انتخاب سرور مناسب باید به تعدد استفاده سرور در مقالات بسنده کنیم که نشانه اعتماد عمومی به سرور موردنظر است و یا اینکه به ادعای دقت سرورهای جدید و روشهای پیشگویی مدرنتر توجه کنیم که شاید مانند قبلی پر استفاده هم نباشد.
مثلا روش neural network که جدیدتر است و ادعای دقت 70 درصدی را در مقابل روش gor با دقت 65درصدی دارد و از آن هم جدیدتر روش deep neural network سرور spider2 و سرور قدیمیتر Rapturx است که دقت بالای 80 درصدی دارند؟


🔑 پاسخ (1)
تعدد استفاده از یک سرور ، ملاک "مناسب بودن آن سرور" نمی‌تواند باشد.
خوب بودن سرور و متد مورد استفاده، باید از روی اعتبارسنجی که بروی سرور ها صورت گرفته ، تعیین شود.
در مورد deep learning، مقالات جدید، نشون داده که نتایج بهتری در پیشگویی ساختار پروتئین میدهد.

🔑 پاسخ (2)
یک سرور پیشگویی کننده می بایست حداقل شش ماه تا یک سال از زمان تاسیس آن بگذرد تا عملکرد درست ان برای پروتئین های مختلف مشخص شود و همچنین در مقایسه سرورها، علاوه بر توجه به دقت و حساسیت آن ، می بایست به Trained dataset داده شده جهت توسعه اشان توجه کرد . *همچنین در صورت وجود پروتئین جدید، ما می توانیم به نتایج پروتئین های موجود از همان پروتئین یا پروتئین های هومولگ در پایگاه داده نگاهی انداخته و پروتئین خود را برمبنای انها، جهت ساختار دوم بررسی کنیم همچنین اگر کریستالوگرافی پروتئین موجود باشد بسیار این امر اسان تر می گردد.* از سوی دیگر الگوریتم های recurrent neural network و svm نسبت به الگوریتم NN معمولی کارایی بالاتری دارد. در #بیوانفورماتیک هیبرید کار کردن و استفاده از چند سرور می تواند مفید باشد.


👇👇👇
◀️نظر شما در مورد پاسخ های ارایه شده چیست؟؟؟▶️
💎پاسخ خود را می توانید با مدیریت کانال با ایدی @Bioinformatics1 در میان بگذارید.💎


🔎 عضویت در کانال آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

☀️ جلسه رفع اشکال

📂موضوع : جلسه رفع اشکال طراحی دارو ( #داکینگ )

آزمایشگاه پارس سیلیکو با توجه به رسالت خود که معرفی و آموزش علوم #زیست_شناسی_محاسباتی و #بیوانفورماتیک به جامعه اکادمیک کشور می باشد.اقدام به برگزاری دوره های تخصصی در این زمینه کرده است از آنجایی که یادگیری پایدار نتیجه آموزش مداوم است، پشتیبانی و راهنمایی طولانی مدت کاراموزان و شرکت کنندگان در این دوره ها را جزء وظایف خود می داند، از این رو در نظر دارد جلساتی تحت عنوان #رفع_اشکال را برای این عزیزان فراهم نمایید.

💎جلسه رفع اشکال #طراحی_دارو و #داکینگ بصورت رایگان در روز چهار شنبه 95/02/08 از ساعت 16 و 30 دقیقه الی 19 در محل آزمایشگاه برگزار می گردد.💎
⬅️دوستانی که تمایل به شرکت در این جلسه را دارند. از طریق یکی از 2 راه ارتباطی زیر اعلام آمادگی نمایند.
1-از طریق ارسال ایمیل به info@drugdesign.ir
2-تماس با ادمین کانال @bioinformatics1

📎جلسات رفع اشکال مباحث دیگر مانند: #ایمونوانفورماتیک، #دینامیک_مولکولی و #کیوسار نیز به زودی اعلام خواهد شد.

با تشکر
مدیریت آزمایشگاه پارس سیلیکو
WWW.DRUGDESIGN.IR

☀️ #سمینار

📂موضوع : معرفی روش های نوین در #طراحی_دارو
http://drugdesign.ir/images/blog/seminar2f.jpg
آزمایشگاه #پارس_سیلیکو با توجه به رسالت خود که معرفی و آموزش علوم #زیست_شناسی_محاسباتی و #بیوانفورماتیک به جامعه اکادمیک کشور می باشد.اقدام به برگزاری دوره های تخصصی و سمینارهای رایگان در این زمینه کرده است. لذا به اطلاع علاقه مندان می رساند. سمیناری تحت عنوان 💊""معرفی روش های نوین در طراحی دارو""💊
بصورت رایگان در روز چهارشنبه 95/02/15 از ساعت 16 و 30 دقیقه الی 18 در محل آزمایشگاه برگزار می گردد.

⬅️دوستانی که تمایل به شرکت در این جلسه را دارند. از طریق مراجعه به آدرس زیر و تکمیل فرم مربوطه، برای حضور در سمینار اعلام امادگی نمایند.⬅️
http://drugdesign.ir/index.php/j-blog/218-seminar

✨اولویت با کاراموزان و شرکت کنندگان در دروه های آزمایشگاه پارس سیلیکو می باشد.

🔎 عضویت در کانال آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

📥 Molegro Molecular Viewer (Windows)
✨ #Protein_analyzer #PDB
💾 6.5 MB
🏆ParsSilico Laboratory
🌐www.DrugDesign.ir

#نرمافزار Molegro Molecular Viewer یک نرم افزار تخصصی برای مشاهده ساختار ماکرومولکولها است. که به شما امکان مطالعه و تجزیه و تحلیل #اینتراکشن بین #لیگاند و #ماکرومولکول ها را میدهد.با امکاناتی که دارد می توانید ماکرومولکول ها را با جزئیات بررسی و مطالعه بفرمایید. رایگان و ساده می باشد. فرمت های SDF MOL2 PDB را می خواند .
http://drugdesign.ir/images/parssilico.jpg
با درج کد چهار رقمی PDB امکان دریافت ساختار ماکرومولکول بصورت انلاین را نیز دارد. برای ادیت کردن #پروتئین بسیار کاربردی است.

🔎 عضویت در کانال آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

☀️ پرسش و پاسخ مطرح شده گروه:

📂موضوع : #طراحی_دارو #داکینگ
📰 معرفی داکینگ معکوس


🔒سوال

با سلام reverse docking چیست؟ و چه تفاوتی با داکینگ مرسوم دارد.؟

🔑 پاسخ های مطرح شده :
🔑پاسخ 1

داکینگ مرسوم معمولا به این صورت هست که یک سری بزرگ از ترکیبات لیگاندی علیه یک هدف (پرتئین) غربالگری می شوند. اما در ریورس داگینگ(داکینگ برگشتی، داکینگ معکوس) شما یک ترکیب یا تعداد کوچکی ترکیب رو علیه تعدادی هدف داک می کنید. این روش میتواند باعث شود که دارو های موجود یا بلقوه رو برای مقاصد درمانی دیگری استفاده گردند
http://www.cell.com/cms/attachment/2008137029/2030915388/gr1.jpg

🔑پاسخ 2

داکینگ معکوس یک ابزار بسیار قدرتمند در repositioning دارو و یافتن تارگت جدیدی دارویی می باشد.
داکینگ معکوس یعنی داکینگ لیگاند یا داروی کوچک در پاکت های اتصالی بلقوه تعدادی از ماکرومولکولهای تارگت که از نظر بالینی به هم مرتبط هستند.انالیز نتایج داکینگ منجر به شناسایی تارگت جدید برای دارو می باشد.

از وب تولز های داکینگ معکوس می توان به وب سرور TarFisDock اشاره کرد.
http://www.dddc.ac.cn/tarfisdock/
مقالات بسیار جذابی در این زمینه وجود دارد که در ادامه ارسال خواهد شد.

🔎 عضویت در کانال بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

📚 کتاب هفته:
Peptide Chemistry and Drug Design
Author(s): Ben M. Dunn
Year: 2015
Size: 3 MB
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ