📥 Molegro Molecular Viewer (Windows)
✨ #Protein_analyzer #PDB
💾 6.5 MB
🏆ParsSilico Laboratory
🌐www.DrugDesign.ir

#نرمافزار Molegro Molecular Viewer یک نرم افزار تخصصی برای مشاهده ساختار ماکرومولکولها است. که به شما امکان مطالعه و تجزیه و تحلیل #اینتراکشن بین #لیگاند و #ماکرومولکول ها را میدهد.با امکاناتی که دارد می توانید ماکرومولکول ها را با جزئیات بررسی و مطالعه بفرمایید. رایگان و ساده می باشد. فرمت های SDF MOL2 PDB را می خواند .
http://drugdesign.ir/images/parssilico.jpg
با درج کد چهار رقمی PDB امکان دریافت ساختار ماکرومولکول بصورت انلاین را نیز دارد. برای ادیت کردن #پروتئین بسیار کاربردی است.

🔎 عضویت در کانال آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

☀️ پرسش و پاسخ مطرح شده گروه:

📂موضوع : #طراحی_دارو #داکینگ
📰 معرفی داکینگ معکوس


🔒سوال

با سلام reverse docking چیست؟ و چه تفاوتی با داکینگ مرسوم دارد.؟

🔑 پاسخ های مطرح شده :
🔑پاسخ 1

داکینگ مرسوم معمولا به این صورت هست که یک سری بزرگ از ترکیبات لیگاندی علیه یک هدف (پرتئین) غربالگری می شوند. اما در ریورس داگینگ(داکینگ برگشتی، داکینگ معکوس) شما یک ترکیب یا تعداد کوچکی ترکیب رو علیه تعدادی هدف داک می کنید. این روش میتواند باعث شود که دارو های موجود یا بلقوه رو برای مقاصد درمانی دیگری استفاده گردند
http://www.cell.com/cms/attachment/2008137029/2030915388/gr1.jpg

🔑پاسخ 2

داکینگ معکوس یک ابزار بسیار قدرتمند در repositioning دارو و یافتن تارگت جدیدی دارویی می باشد.
داکینگ معکوس یعنی داکینگ لیگاند یا داروی کوچک در پاکت های اتصالی بلقوه تعدادی از ماکرومولکولهای تارگت که از نظر بالینی به هم مرتبط هستند.انالیز نتایج داکینگ منجر به شناسایی تارگت جدید برای دارو می باشد.

از وب تولز های داکینگ معکوس می توان به وب سرور TarFisDock اشاره کرد.
http://www.dddc.ac.cn/tarfisdock/
مقالات بسیار جذابی در این زمینه وجود دارد که در ادامه ارسال خواهد شد.

🔎 عضویت در کانال بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

📚 کتاب هفته:
Peptide Chemistry and Drug Design
Author(s): Ben M. Dunn
Year: 2015
Size: 3 MB
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

📥 Peptide Chemistry and Drug Design
✨ #Peptide #Book
💾 3 MB
🏆ParsSilico Laboratory
🌐www.DrugDesign.ir

☀️ #کتاب هفته

📰 Peptide Chemistry and Drug Design

میاحث این کتاب بر پپتیدهایی دارویی متمرکز است #پپتید های دارویی در چند سال اخیر به عنوان یک موضوع جذاب و تازه ای در مباحث تحقیق و توسعه دارویی مطرح شده است. این کتاب به خوانندگان برای حل مشکلاتشان در کشف، توسعه، تولید و انتقال داروهای مبتنی بر پپتید کمک کند. از این کتاب به عنوان یک مرجع تخصصی و هم یک منبع آموزشی برای دانشجویان یاد می کنند.
امیدارم که دوستان علاقه مند از مطالعه این کتاب لذت ببرند.
🔎 عضویت در کانال بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

Advanced Drug Design Workshop
Pars Silico Bioinformatics Laboratory
کارگاه طراحی دارو پیشرفته
www.DrugDesign.ir

☀️آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

📂موضوع : #ژنومیکس_مقایسه_ای
📰 تعریف ژنومیکس مقایسه ای و کاربرد های آن

ژنومیکس مقایسه ای یک حوزه هیجان انگیز از تحقیقات بیولوژیکی است که که در آن پژوهشگران با استفاده از انواع ابزارها، از جمله آنالیز های بر پایه کامپیوتر، توالی های کل #ژنوم گونه های مختلف را با هم مقایسه می کند. با مقایسه دقیق ژنوم ارگانیسم های مختلف - از جمله ژنوم موجودات اعم از انسان به شامپانزه تا مخمر - محققان می توانند مناطق مشابه و متفاوت را بطور دقیق تعیین کنند. این اطلاعات به دانشمندان کمک کند تا درک بهتری از ساختار و عملکرد ژن های انسان و تهیه استراتژی های جدید برای مبارزه با بیماری های انسانی داشته باشند.
________________________________________
سالها مطالعات برروی ژنومیکس مقایسه ای به نتایج چشمگیری رسیده است. محققان به طور فزاینده ای از #ژنومیکس مقایسه ای برای کشف حوزه های مختلفی از علوم زیستی و پزشکی، اعم از مطالعه توسعه و رفتار انسان تا بررسی متابولیسم و کشف استعداد ابتلا به بیماری استفاده می کنند. محققان از ژنومیکس مقایسه ای برای آشکار ساختن زیربنا و اساس ژنومی بیماری ها در حیوانات استفاده می کنند تا به بینش جدید در درمان بیماری در انسان برسند.
محققان #ژنوم صدها گونه از حیوانات و گیاهان را به طور کامل توالی یابی کرده اند بیش از 250 گونه های جانوری و 50 گونه از پرندگان، و به این لیست بطور مرتبط و روزانه اضافه می شود.
http://drugdesign.ir/images/blog/comprtive_genomics.jpg
________________________________________
🔆 مثال های از نتایج مطالعات ژنومیک مقایسه ای 🔆
________________________________________
✨ یک مطالعه نشان داد که حدود 60 درصد از ژن ها بین #مگس میوه و #انسان حفاظت شده است، به این معنی که به نظر می رسد دو ارگانیسم مجموعه ای از ژن ها را به اشتراک گذاشتن اند. دو سوم از ژن های انسان که در #سرطان نقش داشته باشد مشابه آن در مگس میوه نیز وجود دارد.
✨ تجزیه و تحلیل ژنومیکس مقایسه ای شش گونه #مخمر دانشمندان را وادار کرد تا کاتولوگ اولیه تهیه شده از ژن ها مخمر را بازبینی کنند و در نتیجه این تجزیه تحلیل مجموعه ای جدید از عناصر عملکردی که نقش مهمی در تنظیم فعالیت ژنوم، نه تنها در در مخمر بلکه در بسیاری از گونه های دیگر بازی می کنند، را کشف کردند.
✨ محققان که برروی تولید شیر مطالعه می کردند با نقشه برداری ژن های که باعث افزایش تولید شیر با چربی بالا در گاو می شوند ،باعث افزایش تولید شیر به میزان بالاتری و در نتیجه تاثیر چشمگیری در اقتصاد ایجاد کرده اند .این یکی از بسیاری از مطالعات با هدف افزایش تولید مواد غذایی است.
✨ دانشمندان ژن ها که باعث افزایش ماهیچه سازی در گاو را کشف کردند. همچنین آنها همان ژن ها را در سگهای مسابقه پیدا کردند، و نتایج این یافته ها به مطالعاتی که بروی افزایش عملکرد انسانها صورت می گیرد نیز کمک می کند.
✨ مقایسه ژنوم، نزدیک به 50 گونه پرنده یک #شبکه_ژنی مسئول آواز در پرندگان را اشکار ساخت که ممکن است این شبکه ژنی نقش مهمی در سخن گفتن و زبان انسان نیز داشته باشد. محققان همچنین شبکه های ژنی مسئول صفات مانند پر و منقار را نیز کشف کرده اند.
✨ در مطالعات دیگر، محققان NHGRI برای درک بهتر از نحوه رشد و توسعه موجودات و برای رسیدن به این پاسخ که ژنها چگونه برروی شکل و اندازه بدن تأثیر می گذارد ژنوم سگ های با اندازه های مختلف.را با هم مقایسه کرده اند. همچنین مطالعات انجام شده برروی سگ های مبتلا به مشکلات خواب، ژن ها و مسیرهای درگیر را آشکار و برای درمان مشکلات خواب، اهداف دارویی تازه ای را پیشنهاد کرده اند.
🔆 اینها چندین مثال از صد ها مثال کاربرد ژنومیکس مقایسه ای بود. نتایج مطالعه ژنومیکس مقایسه ای می تواند در مطالعات #فیلوژنی و #تکامل ، کشف ژن های درگیر در مسیر های مختلف بیوشیمیایی، در شناسایی ژن های عامل صفات منحصر به فرد در یک موجود، عامل ایجاد بیماری و... به کار برده شود.
🔎 عضویت در کانال بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

🖥 معرفی نرم افزار

📂موضوع : نرم افزار مدلر برای مدلسازی و بهینه سازی ساختار پروتئین

#مدلر #modeller برای #مدلسازی #همولوژی و یا مدل سازی مقایسه ای ساختارهای سه بعدی #پروتئین استفاده می شود. کاربر برای مدلسازی، یک توالی الاینمنت شده را به نرم افزار داده تا مدلسازی با استفاده از ساختارهای شناخته شده مرتبط به آن توالی انجام شود.سپس مدلر به طور خودکار یک مدل که شامل تمام اتم ها بجز هیدروژن است را می سازد.
همچنین می توان از مدلر برای مدل سازی لوپ ها در ساختارهای پروتئینی، بهینه سازی مدل های مختلف از ساختار پروتئین با توجه به انعطاف پذیری تعریف شده ، #الایمنت چند تایی #توالی های پروتئینی و / یا ساختار های آن، خوشه بندی، جستجو توالی از پایگاه داده ها، مقایسه ساختارهای پروتئین، و غیره .. استفاده کرد.
http://drugdesign.ir/images/modeller.jpg
نرمافزار مدلر برای نسخه های #لینوکس، #ویندوز و #مک در دسترس است.
🔑لایسنس نرم افزار 👈 MODELIRANJE

✨نرمافزار مدلر در کارگاه بیوانفورماتیک ساختاری آموزش داده می شود.

⬅️دوستانی که تمایل به شرکت درکارگاه آموزشی بیوانفورماتیک ساختاری ( مدلسازی ساختار پروتئین، داکینگ پروتئین- پروتئین دارند از طریق مراجعه به آدرس زیر و تکمیل فرم مربوطه، اقدام به ثبت نام نمایند.⬅️
http://drugdesign.ir/index.php/e-services/structural-bioinformatics


🔎 عضویت در کانال آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

📥 #Modeller (Windows-32bit)
✨ #Protein_modelling #PDB
💾 13 MB
🏆ParsSilico Laboratory
🌐www.DrugDesign.ir

☀️ جلسه رفع اشکال #دینامیک_مولکولی #گرومکس
✨آخرین فرصت برای شرکت در جلسه رایگان رفع اشکال مولکولار دینامیک و نرم افزار گرومکس
http://drugdesign.ir/images/articles/md/mp-MD.jpg

🖥جلسه رفع اشکال #دینامیک_مولکولی #گرومکس ✨بصورت رایگان در روز چهار شنبه 95/02/22 از ساعت 17 الی 18:30 ✨در محل آزمایشگاه برگزار می گردد.
⬅️ ثبت نام از طریق لینک زیر👇👇👇
http://drugdesign.ir/index.php?option=com_rsform&formId=4



با تشکر
مدیریت آزمایشگاه پارس سیلیکو
WWW.DRUGDESIGN.IR

📣 #سخنرانی با موضوع :
✅(( روش های مدرن در #طراحی_دارو ))
امروز ساعت 21
💎