🎥 treatment for Parkinson's disease
درمان جدید پارکینسون
⏳Duration: 1 min
💾Size: 8 MB
✨ #Parkinson
🌐 www.ParsSilico.com
آزمایشگاه پارس سیلیکو
🔗https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

🔔 مقاله جالب و به روز درباره مقایسه ابزارهای شبیه ساز نتایج NGS
📝 A comparison of tools for the simulation of genomic next-generation sequencing data
💾 Nature Reviews Genetics (2016)
💡 doi:10.1038/nrg.2016.5
⏳Published online: 20 June 2016
✨ #NGS
🌐 www.ParsSilico.com
آزمایشگاه پارس سیلیکو
🔗https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

💾 Nature Reviews Genetics (2016)
💡 doi:10.1038/nrg.2016.5
⏳Published online: 20 June 2016
✨ #NGS
🌐 www.ParsSilico.com

http://goo.gl/Eld1Bk

📣 کلان داده یا Big Data چیست و کاربرد آن در #بیوانفورماتیک

📂 عبارت Big Data مدت‌ها است که برای اشاره به حجم‌هاي عظیمی از داده‌‌ها که توسط سازمان‌های بزرگی مانند گوگل یا ناسا ذخیره و تحلیل مي‌شوند مورد استفاده قرار مي‌گیرد. اما به تازگي، این عبارت بیشتر برای اشاره به مجموعه‌های داده‌اي بزرگی استفاده مي‌شود که به قدری بزرگ و حجیم هستند که با ابزارهای مدیریتی و پایگاه‌هاي داده سنتي و معمولي قابل مدیریت نیستند.
🔹مشکلات اصلي در کار با این نوع داده‌‌ها مربوط به برداشت و جمع‌آوری، ذخیره‌سازی، جست‌وجو، اشتراک‌گذاری، تحلیل و نمایش آن‌ها است. این مبحث، به این دلیل هر روز جذابیت و مقبولیت بیشتری پیدا مي‌کند که با استفاده از تحلیل حجم‌هاي بیشتری از داده‌ها، مي‌توان تحلیل‌هاي بهتر و پيشرفته‌تري را برای مقاصد مختلف، از جمله مقاصد تجاری، پزشکی‌ و امنیتی، انجام داد و نتایج مناسب‌تری را دریافت‌کرد.
🔸بيشتر تحلیل‌های مورد نیاز در پردازش داده‌هاي عظیم، توسط دانشمندان در علومی مانند #ژنتیک، #شبیه‌سازی‌هاي پیچیده فیزیک، تحقیقات #زیست‌شناسی و محیطی، هواشناسی، جست‌وجوی اینترنت، تحلیل‌هاي اقتصادی و مالی و تجاری مورد استفاده قرار مي‌گیرد. حجم داده‌هاي ذخیره‌شده در مجموعه‌هاي داده‌اي #Big_Data ، عموماً به‌خاطر تولید و جمع‌آوری داده‌‌ها از مجموعه بزرگی از تجهیزات و ابزارهای مختلف در حال افزایش است.
🔸حجم شگفت آور از اطلاعات زیست پزشکی، #کلان داده، حاصل از مطالعات آزمایشگاهی، سوابق بیمار و تعیین توالی #ژنوم، توسط دانشمندان علوم زیستی و پزشکی در سراسر جهان در حال گرد آوری است. این حجم عظیم و در دسترسی کلان داده ها فرصتها برای برنامه های پزشکی در حوزه های مانند personalized medicine و next-generation DNA sequencing فراهم می کند..

🔎 عضویت در کانال بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

🎥 What is big data? کلان داده چیست؟
⏳ Duration: 2 min
💾 Size: 8 MB
✨ #big_data #Bioinformatics
🌐 www.ParsSilico.com
آزمایشگاه پارس سیلیکو
🔗https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

📚 کتاب هفته:
📙 Big Data Analysis for Bioinformatics and ..
✒️ Author: Ye, Shui Qing
⏳ Year: 2016
💾 Size: 6 MB
✨ #NGS #Book
🌐 www.DrugDesign.ir
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

📙 Big Data Analysis for Bioinformatics and ..
✒️ Author: Ye, Shui Qing
⏳ Year: 2016
💾 Size: 6 MB
✨ #NGS #Book
🌐 www.DrugDesign.ir
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

🔔پایتون برای زیست شناسی
🕘 18 جلسه 27 ساعت
⏳ 26 تیر ماه
🌐 سایت www.DrugDesign.ir
آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

http://goo.gl/tSFdKI
☀️ مراحل ساخت درخت فیلوژنتیک



🔹 1- استخراج، جمع آوری داده ھای مورد بررسی
Acquiring the Sequences

2- ھمردیفی چندگانه مناسب و دقیق توالی ھا
Multiple alignment strategy (MSA)

3- انتخاب روش مناسب ساخت درخت
Neighbor Joining, UPGMA, Maximum Parsimony, Maximum Likelihood

4- ساخت درخت
Tree-building/Construction

5- ارزیابی و اعتبارسنجی درخت فیلوژنتیکی
Tree evaluation

6- بھینه سازی نحوه نمایش درخت
Make it pretty

7- تفسیر صحیح و علمی درخت


🖥 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

http://goo.gl/I2Z8cK

📂 بلاست
(Basic Local Alignment Search Tool)

🔹بعد از شناسایی یک ژن یا پروتئین جدید، جستجوی بانک های اطلاعاتی برای یافتن توالی های همسان یا مشابه انجام می شود.

🔹آنجه در برنامه بلاست انجام می شود پیداکردن جفت قطعاتی از توالی است که امتیاز همردیفی آن ها از یک آستانه مشخص بالاتر است که این قطعات HSP یا (high scoring segment pairs) نامیده می شوند.

🔸با توجه به طول بلند توالی ها و امکان جایگزینی و حذف و اضافه در آن ها، جستجوی یک توالی میان میلیون ها رکورد در بانک های اطلاعاتی نیازمند عملیات سنگینی است که از عهده ی رایانه های امروزی خارج است و برنامه ریزی پویا برای برون رفت از این مشکل است.

🖥 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

📚 انواع بلاست
🔸بر اساس نوع توالی مورد نظر و نوع پایگاه مورد جستجو برنامه های بلاست طراحی شده اند. در هر مورد نتیجه جستجو، توالی های مشابه توالی الگو است که بر اسا شاخص های آماری، میزان شباهت و همسانی آن ها نشان داده می شود.

🔹بلاست BLASTN : در این نوع بلاست، توالی مورد جستجو نوکلئوتیدی است و جستجو در پایگاه توالی های نوکائوتیدی انجام می شود.

🔹بلاست BLASTP : در این نوع بلاست توالی مورد جستجو پروتئینی است و جستجو در پایگاه توالی های پروتئینی انجام می شود.

🔹بلاست BLASTX : در این نوع بلاست توالی مورد جستجو نوکلئوتیدی است که در شش قالب خواندنی ترجمه شده و به صورت توالی پروتئینی در پایگاه توالی های پروتئینی جستجو می شود.

🔹بلاست TBLASTN : در این نوع بلاست توالی مود جستجو پروتئینی است که در شش قالب خواندنی ترجمه معکوس شده و به صورت توالی پروتئینی در پایگاه توالی های نوکلئوتیدی انجام می شود.

🔹بلاست TBLASTX : در این نوع بلاست توالی های مورد تقاضا نوکلئوتیدی است که در شش قالب خواندنی به پروتئین ترجمه می شود و در پایگاه توالی های نوکلئوتیدی که ان نیز در شش قالب خواندنی به پروتئین ترجمه می شود، مورد جستجو قرار می گیرد.


🖥 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

لینارت نیلسون ( Lennart Nilsson ) دوازده سال از عمر خود را صرف تهیه تصاویری از رشد نوزاد درون رحم کرده است .
این تصاویر پایین یکی از لحظات باورنکردنی با استفاده از دوربین های مجهز به لنز ماکرو و همچنین میکروسکوپ الکترونی گرفته شده است.
در تصویر زیر اولین دیدار بین اسپرم و تخمک را ملاحظه می کنید.

🖥 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

تصویری جالب از لحظه دیدار اسپرم و تخمک
عکاس: لینارت نیلسون

🖥 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

🔔 مقاله برتر ماه

⬅️در این مقاله مروری که در مجله Nature Reviews Genetics چاپ گردیده Hubert Hackl و همکارانشان اقدام به معرفی و بررسی ابزارهای ژنومیک محاسباتی مختلفی کرده اند که برای مطالعات ایمونولوژی سرطان کاربرد دارند.

📝 Computational genomics tools for dissecting tumour–immune cell interactions

💾 Nature Reviews Genetics (2016)

💡 doi:10.1038/nrg.2016.67

⏳Published online: 04 July 2016

✨ #genomics

🌐 www.ParsSilico.com

🖥 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

📝 Computational genomics tools for dissecting tumour–immune cell interactions

💾 Nature Reviews Genetics (2016)

💡 doi:10.1038/nrg.2016.67

⏳Published online: 04 July 2016

✨ #genomics

⚜با raybot آشنا شوید!!
🔰نیمه ماشین! نیمه موجود زنده
اطلاعات بیشتر درباره این موجود در مجله Science

🖥 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

Science Magazine – 8 July 2016
English | 114 pages | True PDF | 48 MB

🖥 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

🔔 موقعیت پسا دکترا
⏳ موضوع: Genomics of adaptation in fungi at ULaval
🕘 استخدام کننده: Landry Laboratory at Universite Laval in Quebec City
✨ رشته متقاضیان: PhD in biology, bioinformatics or computational biology
🏆 شرایط و توانایی های لازم: strong background in bioinformatics and statistics (R, Python)

🌐 وب سایت http://landrylab.ibis.ulaval.ca/?page_id=10
✨ آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

💡مجموعه کارگاه های آموزشی پارس سیلیکو
✨طراحی دارو
✨طراحی واکسن
✨بیوانفورماتیک عمومی
✨بیوانفورماتیک سرطان
✨بایو لینوکس
✨دینامیک مولکولی
✨مدلسازی پروتئین
✨برنامه نویسی پایتون و R
✨و .
www.DrugDesign.ir

http://goo.gl/L9lpcR

⁣💥توالی یابی نسل جدید NGS

🔔 بخش دوم کنترل کیفیت و حذف و فیلتر کردن دیتاها

ارزیابی کیفیت اولین مرحله در مسیر بیوانفورماتیک RNA-seq می باشد. اغلب، برای فیلتر کردن داده، حذف توالی با کیفیت پایین و یا بازها (پیرایش)، آداپتورها ، آلودگی ها ، overrepresented و یا تصحیح اشتباهات و برای اطمینان از داشتن نتیجه نهایی دقیق ، لازم است.

💎 (2-1) معرفی ابزار های کنترل کیفیت Quality control

✔️پکیج dupRadar : یک پکیج R برای کنترل کیفیت و انالیز میزان Duplication برای دیتا های RNA-seq

✔️ابزار FastQC : ابزار جامعی برای کنترل کیفیت دیتا های NGS بر پایه جاوا . نسخه ویندوز لینوکس و مک موجود می باشد. فرمت فایل های ورودی میتواند BAM, SAM و FASTQ باشد

✔️ابزار RNA-SeQC : ابزار کنترل کیفیت دیتا های RNA-seq که بر پایه جاوا می باشد. ورودی نرم فزار یک یا چند فایل BAM می باشد

💎 (2-2) حذف اداپتور ها و فیلتر کردن

🔷ابزار Trimmomatic : نرم افزار بر پایه جاوا که برروی هر دو نوع (single or pair-ended) فایل های fastq عمل Trimming و حذف اداپتور ها را انجام می دهد

🔷ابزار clean_reads : ابزاری برای تمیز کردن دیتا های NGS . حذف نواحی با کیفیت پایین، اداپتور ها و..

🔷ابزار cutadapt : ابزاری برای حذف اداپتور ها از دیتا های NGS

🔷ابزار FASTX : بسته نرمافزاری جهت تبدیل فرمت FASTQ به FASTA ، دریافت اطلاعات کیفیت فایل و حذف و فیلتر کردن باز ها و توالی ها

🔷پکیج ShortRead : یک پکیج R برای کنترل کیفیت دیتا ها و دستکاری و فیلتر کردن آن ها می باشد.

🖥 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو