http://goo.gl/tSFdKI
☀️ مراحل ساخت درخت فیلوژنتیک



🔹 1- استخراج، جمع آوری داده ھای مورد بررسی
Acquiring the Sequences

2- ھمردیفی چندگانه مناسب و دقیق توالی ھا
Multiple alignment strategy (MSA)

3- انتخاب روش مناسب ساخت درخت
Neighbor Joining, UPGMA, Maximum Parsimony, Maximum Likelihood

4- ساخت درخت
Tree-building/Construction

5- ارزیابی و اعتبارسنجی درخت فیلوژنتیکی
Tree evaluation

6- بھینه سازی نحوه نمایش درخت
Make it pretty

7- تفسیر صحیح و علمی درخت


🖥 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

http://goo.gl/I2Z8cK

📂 بلاست
(Basic Local Alignment Search Tool)

🔹بعد از شناسایی یک ژن یا پروتئین جدید، جستجوی بانک های اطلاعاتی برای یافتن توالی های همسان یا مشابه انجام می شود.

🔹آنجه در برنامه بلاست انجام می شود پیداکردن جفت قطعاتی از توالی است که امتیاز همردیفی آن ها از یک آستانه مشخص بالاتر است که این قطعات HSP یا (high scoring segment pairs) نامیده می شوند.

🔸با توجه به طول بلند توالی ها و امکان جایگزینی و حذف و اضافه در آن ها، جستجوی یک توالی میان میلیون ها رکورد در بانک های اطلاعاتی نیازمند عملیات سنگینی است که از عهده ی رایانه های امروزی خارج است و برنامه ریزی پویا برای برون رفت از این مشکل است.

🖥 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

📚 انواع بلاست
🔸بر اساس نوع توالی مورد نظر و نوع پایگاه مورد جستجو برنامه های بلاست طراحی شده اند. در هر مورد نتیجه جستجو، توالی های مشابه توالی الگو است که بر اسا شاخص های آماری، میزان شباهت و همسانی آن ها نشان داده می شود.

🔹بلاست BLASTN : در این نوع بلاست، توالی مورد جستجو نوکلئوتیدی است و جستجو در پایگاه توالی های نوکائوتیدی انجام می شود.

🔹بلاست BLASTP : در این نوع بلاست توالی مورد جستجو پروتئینی است و جستجو در پایگاه توالی های پروتئینی انجام می شود.

🔹بلاست BLASTX : در این نوع بلاست توالی مورد جستجو نوکلئوتیدی است که در شش قالب خواندنی ترجمه شده و به صورت توالی پروتئینی در پایگاه توالی های پروتئینی جستجو می شود.

🔹بلاست TBLASTN : در این نوع بلاست توالی مود جستجو پروتئینی است که در شش قالب خواندنی ترجمه معکوس شده و به صورت توالی پروتئینی در پایگاه توالی های نوکلئوتیدی انجام می شود.

🔹بلاست TBLASTX : در این نوع بلاست توالی های مورد تقاضا نوکلئوتیدی است که در شش قالب خواندنی به پروتئین ترجمه می شود و در پایگاه توالی های نوکلئوتیدی که ان نیز در شش قالب خواندنی به پروتئین ترجمه می شود، مورد جستجو قرار می گیرد.


🖥 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

لینارت نیلسون ( Lennart Nilsson ) دوازده سال از عمر خود را صرف تهیه تصاویری از رشد نوزاد درون رحم کرده است .
این تصاویر پایین یکی از لحظات باورنکردنی با استفاده از دوربین های مجهز به لنز ماکرو و همچنین میکروسکوپ الکترونی گرفته شده است.
در تصویر زیر اولین دیدار بین اسپرم و تخمک را ملاحظه می کنید.

🖥 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

تصویری جالب از لحظه دیدار اسپرم و تخمک
عکاس: لینارت نیلسون

🖥 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

🔔 مقاله برتر ماه

⬅️در این مقاله مروری که در مجله Nature Reviews Genetics چاپ گردیده Hubert Hackl و همکارانشان اقدام به معرفی و بررسی ابزارهای ژنومیک محاسباتی مختلفی کرده اند که برای مطالعات ایمونولوژی سرطان کاربرد دارند.

📝 Computational genomics tools for dissecting tumour–immune cell interactions

💾 Nature Reviews Genetics (2016)

💡 doi:10.1038/nrg.2016.67

⏳Published online: 04 July 2016

✨ #genomics

🌐 www.ParsSilico.com

🖥 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

📝 Computational genomics tools for dissecting tumour–immune cell interactions

💾 Nature Reviews Genetics (2016)

💡 doi:10.1038/nrg.2016.67

⏳Published online: 04 July 2016

✨ #genomics

⚜با raybot آشنا شوید!!
🔰نیمه ماشین! نیمه موجود زنده
اطلاعات بیشتر درباره این موجود در مجله Science

🖥 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

Science Magazine – 8 July 2016
English | 114 pages | True PDF | 48 MB

🖥 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

🔔 موقعیت پسا دکترا
⏳ موضوع: Genomics of adaptation in fungi at ULaval
🕘 استخدام کننده: Landry Laboratory at Universite Laval in Quebec City
✨ رشته متقاضیان: PhD in biology, bioinformatics or computational biology
🏆 شرایط و توانایی های لازم: strong background in bioinformatics and statistics (R, Python)

🌐 وب سایت http://landrylab.ibis.ulaval.ca/?page_id=10
✨ آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

💡مجموعه کارگاه های آموزشی پارس سیلیکو
✨طراحی دارو
✨طراحی واکسن
✨بیوانفورماتیک عمومی
✨بیوانفورماتیک سرطان
✨بایو لینوکس
✨دینامیک مولکولی
✨مدلسازی پروتئین
✨برنامه نویسی پایتون و R
✨و .
www.DrugDesign.ir

http://goo.gl/L9lpcR

⁣💥توالی یابی نسل جدید NGS

🔔 بخش دوم کنترل کیفیت و حذف و فیلتر کردن دیتاها

ارزیابی کیفیت اولین مرحله در مسیر بیوانفورماتیک RNA-seq می باشد. اغلب، برای فیلتر کردن داده، حذف توالی با کیفیت پایین و یا بازها (پیرایش)، آداپتورها ، آلودگی ها ، overrepresented و یا تصحیح اشتباهات و برای اطمینان از داشتن نتیجه نهایی دقیق ، لازم است.

💎 (2-1) معرفی ابزار های کنترل کیفیت Quality control

✔️پکیج dupRadar : یک پکیج R برای کنترل کیفیت و انالیز میزان Duplication برای دیتا های RNA-seq

✔️ابزار FastQC : ابزار جامعی برای کنترل کیفیت دیتا های NGS بر پایه جاوا . نسخه ویندوز لینوکس و مک موجود می باشد. فرمت فایل های ورودی میتواند BAM, SAM و FASTQ باشد

✔️ابزار RNA-SeQC : ابزار کنترل کیفیت دیتا های RNA-seq که بر پایه جاوا می باشد. ورودی نرم فزار یک یا چند فایل BAM می باشد

💎 (2-2) حذف اداپتور ها و فیلتر کردن

🔷ابزار Trimmomatic : نرم افزار بر پایه جاوا که برروی هر دو نوع (single or pair-ended) فایل های fastq عمل Trimming و حذف اداپتور ها را انجام می دهد

🔷ابزار clean_reads : ابزاری برای تمیز کردن دیتا های NGS . حذف نواحی با کیفیت پایین، اداپتور ها و..

🔷ابزار cutadapt : ابزاری برای حذف اداپتور ها از دیتا های NGS

🔷ابزار FASTX : بسته نرمافزاری جهت تبدیل فرمت FASTQ به FASTA ، دریافت اطلاعات کیفیت فایل و حذف و فیلتر کردن باز ها و توالی ها

🔷پکیج ShortRead : یک پکیج R برای کنترل کیفیت دیتا ها و دستکاری و فیلتر کردن آن ها می باشد.

🖥 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

🔔 موقعیت دکترا
⏳ موضوع:Pathogen Genomics and Metagenomics
🕘 استخدام کننده: University of Canterbury in New Zealand
🏆 شرایط و توانایی های لازم: An honours or masters degree in a biological or mathematical discipline such as biochemistry, genetics, molecular biology, maths, statistics, physics, computer science or equivalent, and a demonstrated interest in developing bioinformatic skills.

🌐 وب سایت http://www.canterbury.ac.nz/courses/grad_postgrad/phd.shtml
✨ آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

🔔 وبینار رایگان Upcoming Webinar

💎با موضوع : Crystallography as a Drug Design and Delivery Tool

📢 سرفصل ها:

🔸How and why we use Protein X-ray Crystallography
🔸How we apply it to drug discovery and design
🔸What is fragment-based drug discovery ...
🔸Case studies of crystal form changes during development

🏆مجری برگزاری: American Chemical Society

🕘 پنجشنبه 28 مرداد ساعت 22:30 الی 23:30

🌐 لینک ثبت نام https://attendee.gotowebinar.com/register/7516179394736264450

⏳ آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

🔔 دانلود جدیدترین نسخه نرم افزار #گرومکس

📥 #gromacs v5.1.3 (linux)

✨ #Molecular_dynamics (MD)

💾 25 MB

🏆ParsSilico Laboratory

🌐www.DrugDesign.ir

📥 gromacs v5.1.3 (linux)
✨ Molecular_dynamics (MD)
💾 25 MB
🏆ParsSilico Laboratory
🌐www.DrugDesign.ir

🔔 راهنمایی نصب گرومکس

ساده ترین راه برای نصب جدید ترین نسخه گرومکس در لینوکس با استفاده از دستورات زیر صورت میگیرد.

(1) tar xfz gromacs-5.1.3.tar.gz
(2) cd gromacs-5.1.3
(3) mkdir build
(4) cd build
(5) cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON
(6) make
(7) make check
(8) sudo make install
(9) source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC
✔️نکته : سیستم در هنگام نصب گرومکس باید به اینترنت متصل باشد.
https://goo.gl/Zf423Z

🔎 عضویت در کانال بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

📽 هنگامی که در اوایل سال 2014 ویروس ابولا زئیر سراسر غرب آفریقا را فرا گرفت، یک تیم تحقیقاتی به رهبری پردیس ثابتی عضو Broad Institute با همکارانی از سیرالئون و سراسر جهان مشغول به کار برای جمع آوری نمونه، توالی یابی سریع ژنوم و اشتراک گذاری داده ها به منظور سرعت بخشیدن به تلاش برای جلوگیری از شیوع این ویروس شدند.
🔹🔹🔹🔹

در این ويدیو الهام بخش TED که در کنفرانس TEDWomen در مه 2015 ضبط شده، ثابتی تلاش های روزهای اولیه تیم خود در پاسخ به ابولا را تعریف میکند، و درس های که از دوستان و همکاران در سراسر جهان آموخته است را به اشتراک گذاشته . و با ارائه چشم انداز و نظرات خودش توضیح می دهد که چگونه به اشتراک گذاری سریع و اشکار اطلاعات می تواند به بهبود واکنش جهانی به شیوع بیماری های ویروسی کمک کند.

🔎 عضویت در کانال بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

🎥 Pardis Sabeti: How we'll fight the next deadly virus
⏳ Duration: 9 min
💾 Size: 40 MB
✨ #virus #Ebola
🌐 www.drugdesign.ir
آزمایشگاه پارس سیلیکو

http://goo.gl/UHzJJX

🔔 وبینار رایگان Upcoming Webinar

💎با موضوع : How to Analyze RNA-Seq Data to Identify Biological Affects of Zika Virus Infection

📢 سرفصل ها:


🔸 Perform RNA-Seq analysis from beginning to end in a point-and-click environment including quality control, exploratory and statistical analysis
🔸 Explore data through interactive visualizations
🔸 Exploratory data analysis
🔸 Identify the pathways being affected by Zika virus infection
🔸 Save analysis steps in a pipeline for use in future experiments


🏆مجری برگزاری: Partek

🕘 چهارشنبه 10 شهریور ساعت 10:30

🌐 لینک ثبت نام http://www.partek.com/zika_webinar

🌐سایت آزمایشگاه www.DrugDesign.ir

⏳ آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
🔗https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ