🔔 موقعیت پسا دکترا
⏳ موضوع: Genomics of adaptation in fungi at ULaval
🕘 استخدام کننده: Landry Laboratory at Universite Laval in Quebec City
✨ رشته متقاضیان: PhD in biology, bioinformatics or computational biology
🏆 شرایط و توانایی های لازم: strong background in bioinformatics and statistics (R, Python)

🌐 وب سایت http://landrylab.ibis.ulaval.ca/?page_id=10
✨ آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

💡مجموعه کارگاه های آموزشی پارس سیلیکو
✨طراحی دارو
✨طراحی واکسن
✨بیوانفورماتیک عمومی
✨بیوانفورماتیک سرطان
✨بایو لینوکس
✨دینامیک مولکولی
✨مدلسازی پروتئین
✨برنامه نویسی پایتون و R
✨و .
www.DrugDesign.ir

http://goo.gl/L9lpcR

⁣💥توالی یابی نسل جدید NGS

🔔 بخش دوم کنترل کیفیت و حذف و فیلتر کردن دیتاها

ارزیابی کیفیت اولین مرحله در مسیر بیوانفورماتیک RNA-seq می باشد. اغلب، برای فیلتر کردن داده، حذف توالی با کیفیت پایین و یا بازها (پیرایش)، آداپتورها ، آلودگی ها ، overrepresented و یا تصحیح اشتباهات و برای اطمینان از داشتن نتیجه نهایی دقیق ، لازم است.

💎 (2-1) معرفی ابزار های کنترل کیفیت Quality control

✔️پکیج dupRadar : یک پکیج R برای کنترل کیفیت و انالیز میزان Duplication برای دیتا های RNA-seq

✔️ابزار FastQC : ابزار جامعی برای کنترل کیفیت دیتا های NGS بر پایه جاوا . نسخه ویندوز لینوکس و مک موجود می باشد. فرمت فایل های ورودی میتواند BAM, SAM و FASTQ باشد

✔️ابزار RNA-SeQC : ابزار کنترل کیفیت دیتا های RNA-seq که بر پایه جاوا می باشد. ورودی نرم فزار یک یا چند فایل BAM می باشد

💎 (2-2) حذف اداپتور ها و فیلتر کردن

🔷ابزار Trimmomatic : نرم افزار بر پایه جاوا که برروی هر دو نوع (single or pair-ended) فایل های fastq عمل Trimming و حذف اداپتور ها را انجام می دهد

🔷ابزار clean_reads : ابزاری برای تمیز کردن دیتا های NGS . حذف نواحی با کیفیت پایین، اداپتور ها و..

🔷ابزار cutadapt : ابزاری برای حذف اداپتور ها از دیتا های NGS

🔷ابزار FASTX : بسته نرمافزاری جهت تبدیل فرمت FASTQ به FASTA ، دریافت اطلاعات کیفیت فایل و حذف و فیلتر کردن باز ها و توالی ها

🔷پکیج ShortRead : یک پکیج R برای کنترل کیفیت دیتا ها و دستکاری و فیلتر کردن آن ها می باشد.

🖥 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

🔔 موقعیت دکترا
⏳ موضوع:Pathogen Genomics and Metagenomics
🕘 استخدام کننده: University of Canterbury in New Zealand
🏆 شرایط و توانایی های لازم: An honours or masters degree in a biological or mathematical discipline such as biochemistry, genetics, molecular biology, maths, statistics, physics, computer science or equivalent, and a demonstrated interest in developing bioinformatic skills.

🌐 وب سایت http://www.canterbury.ac.nz/courses/grad_postgrad/phd.shtml
✨ آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

🔔 وبینار رایگان Upcoming Webinar

💎با موضوع : Crystallography as a Drug Design and Delivery Tool

📢 سرفصل ها:

🔸How and why we use Protein X-ray Crystallography
🔸How we apply it to drug discovery and design
🔸What is fragment-based drug discovery ...
🔸Case studies of crystal form changes during development

🏆مجری برگزاری: American Chemical Society

🕘 پنجشنبه 28 مرداد ساعت 22:30 الی 23:30

🌐 لینک ثبت نام https://attendee.gotowebinar.com/register/7516179394736264450

⏳ آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

🔔 دانلود جدیدترین نسخه نرم افزار #گرومکس

📥 #gromacs v5.1.3 (linux)

✨ #Molecular_dynamics (MD)

💾 25 MB

🏆ParsSilico Laboratory

🌐www.DrugDesign.ir

📥 gromacs v5.1.3 (linux)
✨ Molecular_dynamics (MD)
💾 25 MB
🏆ParsSilico Laboratory
🌐www.DrugDesign.ir

🔔 راهنمایی نصب گرومکس

ساده ترین راه برای نصب جدید ترین نسخه گرومکس در لینوکس با استفاده از دستورات زیر صورت میگیرد.

(1) tar xfz gromacs-5.1.3.tar.gz
(2) cd gromacs-5.1.3
(3) mkdir build
(4) cd build
(5) cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON
(6) make
(7) make check
(8) sudo make install
(9) source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC
✔️نکته : سیستم در هنگام نصب گرومکس باید به اینترنت متصل باشد.
https://goo.gl/Zf423Z

🔎 عضویت در کانال بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

📽 هنگامی که در اوایل سال 2014 ویروس ابولا زئیر سراسر غرب آفریقا را فرا گرفت، یک تیم تحقیقاتی به رهبری پردیس ثابتی عضو Broad Institute با همکارانی از سیرالئون و سراسر جهان مشغول به کار برای جمع آوری نمونه، توالی یابی سریع ژنوم و اشتراک گذاری داده ها به منظور سرعت بخشیدن به تلاش برای جلوگیری از شیوع این ویروس شدند.
🔹🔹🔹🔹

در این ويدیو الهام بخش TED که در کنفرانس TEDWomen در مه 2015 ضبط شده، ثابتی تلاش های روزهای اولیه تیم خود در پاسخ به ابولا را تعریف میکند، و درس های که از دوستان و همکاران در سراسر جهان آموخته است را به اشتراک گذاشته . و با ارائه چشم انداز و نظرات خودش توضیح می دهد که چگونه به اشتراک گذاری سریع و اشکار اطلاعات می تواند به بهبود واکنش جهانی به شیوع بیماری های ویروسی کمک کند.

🔎 عضویت در کانال بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

🎥 Pardis Sabeti: How we'll fight the next deadly virus
⏳ Duration: 9 min
💾 Size: 40 MB
✨ #virus #Ebola
🌐 www.drugdesign.ir
آزمایشگاه پارس سیلیکو

http://goo.gl/UHzJJX

🔔 وبینار رایگان Upcoming Webinar

💎با موضوع : How to Analyze RNA-Seq Data to Identify Biological Affects of Zika Virus Infection

📢 سرفصل ها:


🔸 Perform RNA-Seq analysis from beginning to end in a point-and-click environment including quality control, exploratory and statistical analysis
🔸 Explore data through interactive visualizations
🔸 Exploratory data analysis
🔸 Identify the pathways being affected by Zika virus infection
🔸 Save analysis steps in a pipeline for use in future experiments


🏆مجری برگزاری: Partek

🕘 چهارشنبه 10 شهریور ساعت 10:30

🌐 لینک ثبت نام http://www.partek.com/zika_webinar

🌐سایت آزمایشگاه www.DrugDesign.ir

⏳ آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
🔗https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

🔔 موقعیت همکار تحقیقاتی (دکترا و کارشناسی ارشد)

⏳ موضوع: Research Assistant/Research Associate – Bioinformatician

🕘 استخدام کننده: Imperial College London - National Heart and Lung Institute (NHLI

🏆 اطلاعات بیشتر:
Location: London
Salary: £31,740 to £43,350 per annum
Hours: Full Time
Placed on: 19th August 2016
Closes: 15th September 2016

Salary: Research Assistant - £31,740 - £33,370 per annum
Research Associate - £36,070 - £43,350 per annum

💥شرایط و توانایی های لازم:
Candidates with either a PhD or MSc will be considered for the post. You will be a highly motivated scientist with the capacity to absorb new information quickly. You will provide a range of technical and research support for the NIHR HPRU in Respiratory Infections under the direction of Dr Anthony Underwood (PHE) and Professor Ajit Lalvani (Imperial College). You will have previous experience of dealing with sequence data, bioinformatic pipeline development and statistical analysis.

🌐 اطلاعات بیشتر: http://goo.gl/F8dVGx

✨سایت آزمایشگاه www.DrugDesign.ir

⏳ آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
🔗https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

📣 کارگاه Next-Generation Sequencing Data Analysis
🕙 ۱۳ الی ۱۵ شهریور
💰 ۴۰۰ هزار تومان
⌛️ ۸ صبح تا ۱۳
📞تماس: ۰۹۱۰۶۶۶۵۵۹۰
👇اطلاعات بیشتر
🌐 http://drugdesign.ir/index.php/e-services/ngs

💎A workflow for analysis of small RNA sequencing data
🔎 عضویت در کانال پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

💥نقشه راه برای انالیز دیتا های توالی یابی RNA کوچک

🔔محققان دانشگاه اسلو کتابخانه RNA کوچک به دست آمده از بخش های مختلف سلولی از جمله در هستک را ساخته اند. در این مقاله آنها نقشه راهی را برای تجزیه و تحلیل داده های توالی RNA کوچک تولید شده توسط توالی یابی یون تورنت PGM از نمونه به دست آمده از بخش های مختلف سلولی ارائه داده اند
🔎 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

🎥 کلیپی دیدنی از نحوه حل شدن قرص ها در آب
⏳ مدت: 1 دقیقه
💾 حجم:2.8 مگابایت
آزمایشگاه پارس سیلیکو
🔗https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

🎥 کلیپی دیدنی از محققان دانشگاه هاروارد برای بررسی مقاومت باکتری ها نسبت به انتی بیوتیک
⏳ مدت: ۲ دقیقه
💾 حجم: ۱.۵ مگابایت
آزمایشگاه پارس سیلیکو
🔗https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

🎥 Tutorial – RNA-seq analysis of human breast cancer data
⏳ Duration: 14 min
💾 Size: 22 MB
✨ #RNA_seq #cancer
🌐 www.DrugDesign.ir
آزمایشگاه پارس سیلیکو

vhdo.nl/2cxRFQv
گزارش مجله‌ی #ساینس از بازار خرید و فروش مقالات و پایان‌نامه‌های دانشگاهی در ایران. sciencemag.org/news/2016/09/shady-market-scientific-papers-mars-iran-s-rise-science

از متن:
💬
« اگر پایان‌نامه‌ی شما کار آزمایشگاهی لازم نداشته باشد 1.8 میلیون تومان (600$) + 400$ هم اگر مقاله منتشر شده در ژورنال بخواهید»
💬
«تخمین زده میشود که سالانه 5000 پایان نامه دانشگاهی در دوره فوق لیسانس و دکترا از چنین بازاری خریداری می‌شود»
💬
« یکی از فروشندگان میگوید بهای هرمقاله‌ی ISI حداقل 5 میلیون تومان (1660$) است.دیتاها معتبرند و متخصص هر رشته مقاله را تایید میکند»
💬
«رشد این بازاراصلا عجیب نیست. کار، کم است و به‌همین‌دلیل، فارغ التحصیلان جوان به سمت کسب‌و‌کار مقاله و پایان‌نامه روی می آورند»
💬
«دکتر آخانی: این پدیده خسارت عظیمی به دانش‌ورانی میزند که تقلب نمی‌کنند واعتبار علمی ایران را در جوامع بین‌المللی خدشه دار میکند.
و
💬
«ساینس» به نقل از یکی از دانشگاهیان «مدرک‌گرایی مسئولان سیاسی و نیازشان به پایان‌نامه ومقاله» را عامل دیگر تقویت این بازار ذکر کرده

📡 @VahidOnline