🎥 What are Antibody-drug Conjugates (ADCs)?
⏳ Duration: 4 min
💾 Size: 9 MB
✨ #Antibody #drug
🌐 www.DrugDesign.ir
آزمایشگاه پارس سیلیکو

📣کارگاه های فصل پاییز
✔️طراحی دارو، مدلسازی پروتئین،دینامیک مولکولی، لینوکس، زبان R و..
⌛️برگزارکننده: آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
📞تماس: ۰۹۱۰۶۶۶۵۵۹۰
👇اطلاعات بیشتر

https://goo.gl/EQNKW6

📊‌نرم‌افزار اکسل علت «۲۰ درصد» از اشتباهات مقاله‌های علم ژنتیک


📃اکسل مسبب بیست درصد از اشتباهات مقالات علمی مرتبط با علم ژنتیک است.

مقاله‌ای به تازگی در مجله علمی ژنوم بایولوژی منتشر شد است که فرمت پیش‌فرض شده برنامه اکسل (که یکی از برنامه‌های اداری شرکت مایکروسافت است) را مسئول حدود بیست درصد از خطاهای موجود در مقالات علمی در علم ژنتیک می‌داند.
@practicalbioinformatics
پژوهشگران دریافته‌اند که این خطاها از آنجا ناشی می‌شوند که برنامه تصحیح خودکار (auto correcting) اکسل،نام‌های متداول ژن‌ها را به تاریخ یا عدد تبدیل می‌کند. از آنجا که هیچ راهی برای خاموش کردن این گزینه اکسل وجود ندارد، دانشمندان باید این خطاهای خودکار را به طور دستی درست کنند؛ کاری که بسیاری از آنها فراموش می‌کنند و در نهایت، مقاله با همان خطای درست نشده،‌ منتشر می‌شود.
@practicalbioinformatics
یک گروه استرالیایی که به بررسی خطاهای موجود در صفحات اکسل مقالات ژنتیکی پرداخته می‌گوید اگر برای پردازش داده‌های ژنتیکی از اکسل در همان فرمت اولیه و خودکارش استفاده شود، آن وقت نام ژن‌ها به تاریخ و همینطور اعداد عوض می‌شود.
@practicalbioinformatics
این گروه تحقیقاتی بیش از سی و پنج هزار صفحه اکسل متعلق به بیش از سه هزار و پانصد مقاله علمی منتشر شده در ۱۹ مجله متفاوت در سال‌های بین ۲۰۰۵ و ۲۰۱۵ در حوزه علم ژنتیک را بررسی کرد و به این نتیجه رسید که تقریبا یک پنجم تمام مقالاتی که از اکسل در آنها استفاده شده است، دارای خطا هستند.
@practicalbioinformatics
به گزارش واشینتگن پست، اگر محققی نام ژن MARCH1 را در اکسل وارد کند و دکمه Enter را بزند، اکسل به طور خودکار این نام را به تاریخ یکم مارچ یا 1-MAR عوض می‌کند. اگر محقق در همان زمان متوجه این اشتباه بشود و دکمه Undo را بزند، نام اولیه باز نمی‌گردد بلکه اکسل عدد 42430 را جایگزین می‌کند. چرا که این عدد معادل همان تاریخ یک مارس در برنامه‌ریزی داخلی اکسل است.
@practicalbioinformatics

goo.gl/Up1Xlh

📢موقعیت پسا دکترا ، بیوانفورماتیک ، زیست شناسی محاسباتی در سلولهای بنیادی

🔔Postdoc Position Available – Computational Biology/Bioinformatics in Human Embryology and Stem Cell Biology Laboratory

▪️Organisation: The Francis Crick Institute
▪️Location: Midland Road, London
▪️Contract: Fixed-Term (4 years), Full- time
▪️Salary: Competitive with benefits, subject to skills

🔴project scope/ denoscription
Dr Niakan’s laboratory focuses on understanding the mechanisms of lineage specification in human embryos and the establishment of novel human stem cells.

🌐 اطلاعات بیشتر :
http://www.crick.ac.uk/kathy-niakan

⏳ آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
🔗https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

https://goo.gl/xV0Wm8

⁣💥معرفی ابزار GEO2R

🔔بایگاه داده با دسترسی آزاد GEO از زیرمجموعه های دیتابیس NCBI که حاوی دیتاهای بیان ژن با هزاران مجموعه داده دارای بیش از 600،000 نمونه دیتای میکرو ارری و یا سیکونسینگ می باشد. شما می توانید داده ها را از GEO با استفاده از FTP دانلود کنید، و یا به طور مستقیم با استفاده ازابزار GEOquery از بسته bioconductor در R دانلود و وارد کنید. و با استفاده از ابزار limma آنالیز کنید.
@practicalbioinformatics
💎 ابزار GEO2R یک ابزار مبتنی بر وب بسیار خوب برای انجام این کار بصورت گرافیکی و خودکار می باشد.

✔️ از GEO2R برای مقایسه دو یا چند گروه نمونه به منظور شناسایی ژن هایی که در شرایط آزمایشگاهی به صورت متفاوت بیان شده است ( ( DEGs ( differentially expressed genes ) )، استفاده می شود.
@practicalbioinformatics
✔️شماره سری GEO نمونه را در کادر جستجو وارد کنید . سپس گروه های را کاربر تعریف می کند (به عنوان مثال کنترل در مقابل بیمار)، و در ادامه نمونه ها برای اضافه کردن به گروه ها انتخاب شده. و در انتها با کلیک بروی منو TOP 250 مراحل لود دیتا ها و انالیز آنها بصورت اتوماتیک انجام شده ، در نهایت لیستی حاوی تعداد 250 ژن (با کمترین p-values ) که بصورت افتراقی در بین گروه ها بیان شده اند به کاربر ارایه میدهد.
@practicalbioinformatics
🔎 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

🎥 GEO2R: Analyze GEO Data
⏳ Duration: 5 min
💾 Size: 8.4 MB
✨ #GEO #DEG
🌐 www.DrugDesign.ir
آزمایشگاه پارس سیلیکو
🔗https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

https://goo.gl/K6O4pA

💥محاسبه coverage و reads در توالی یابی

🔔 چه مقدار reads لازم دارم؟ عمق توالی یابی من چیست؟ این سوالات متداولی است که در اغلب اوقات از من پرسیده می شود محاسبه اینکه چه مقدار reads شما نیاز دارید تا بطور مثال منطقه مورد نظر، عمق همپوشانی آن 30X باشد، و یا برعکس، چه عمقی پوشش داده می شود برای یک مقدار مشخص از reads ، با داشتن اطلاعات پایه ای در جبر، به راحتی می توان به این سوال پاسخ داد. با داشتن مقدار یکی از reads و یا coverage (همپوشانی) و بعلاوه سایز ژنوم و طول reads ها شما میتوانید (همپوشانی) coverage و یا reads را محاسبه کنید.
@practicalbioinformatics
میزان Coverage بر این اساس محاسبه می شود.
C=LN/G
و مقدار reads هم بر این اساس محاسبه می شود
N=CG/L

C = Coverage (X)
L = Read length (bp)
G = Haploid genome size (bp)
N = Number of reads
@practicalbioinformatics

🔎 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
🔗https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

📚مجموعه از Computational Biology Primers چاپ شده در مجله Nature Biotechnology
https://goo.gl/cE4z5z

⬅️ من به تازگی مجموعه ای از پرایمرهای زیست شناسی محاسباتی در Nature Biotechnology را جمع آوری کردم. بسیاری از این ها قدیمی هستند، اما هنوز مرجع و منبع خوبی برای رسیدن به درک مناسبی از موضوعات مختلف می باشند. در اینجا لیستی از از این مباحث به همراه لینک دسترسی به آن ها، برای دوستداران علوم بیوانفورماتیک و زیست شناسی محاسباتی، قرار داده شده است.
@practicalbioinformatics

♦️♦️♦️♦️♦️♦️

How does multiple testing correction work?
http://www.nature.com/nbt/journal/v27/n12/full/nbt1209-1135.html

What is principal component analysis?
http://www.nature.com/nbt/journal/v26/n3/full/nbt0308-303.html

SNP imputation in association studies
http://www.nature.com/nbt/journal/v27/n4/full/nbt0409-349.html

How does gene expression clustering work?
http://www.nature.com/nbt/journal/v23/n12/full/nbt1205-1499.html

What is a hidden Markov model?
http://www.nature.com/nbt/journal/v22/n10/full/nbt1004-1315.html

What is a support vector machine?
http://www.nature.com/nbt/journal/v24/n12/full/nbt1206-1565.html

What is the expectation maximization algorithm?
http://www.nature.com/nbt/journal/v26/n8/full/nbt1406.html

Where did the BLOSUM62 alignment score matrix come from?
http://www.nature.com/nbt/journal/v22/n8/full/nbt0804-1035.html

What are DNA sequence motifs?
http://www.nature.com/nbt/journal/v24/n4/full/nbt0406-423.html

How does DNA sequence motif discovery work?
http://www.nature.com/nbt/journal/v24/n8/full/nbt0806-959.html

What are decision trees?
http://www.nature.com/nbt/journal/v26/n9/full/nbt0908-1011.html

What is dynamic programming?
http://www.nature.com/nbt/journal/v22/n7/full/nbt0704-909.html

What is Bayesian statistics?
http://www.nature.com/nbt/journal/v22/n9/full/nbt0904-1177.html

What are artificial neural networks?
http://www.nature.com/nbt/journal/v26/n2/full/nbt1386.html

How does eukaryotic gene prediction work?
http://www.nature.com/nbt/journal/v25/n8/full/nbt0807-883.html

How to map billions of short reads onto genomes
http://www.nature.com/nbt/journal/v27/n5/full/nbt0509-455.html

How to apply de Bruijn graphs to genome assembly
http://www.nature.com/nbt/journal/v29/n11/full/nbt.2023.html

♦️♦️♦️♦️♦️♦️

@practicalbioinformatics

🔎 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
🔗https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

https://goo.gl/QwTXsn

📢موقعیت پسا دکتری ،'در زمینه شناسایی جهش های وابسته بالینی از طریق توالی یابی نمونه های سرطان ریه

🔔تقاضا کننده : دانشگاه و بیمارستان تحقیقاتی اتاوا، کانادا

💫واجدین شرایط: متقاضیان باید دارای سابقه در حداقل یکی از زمینه های بیوانفورماتیک ، ریاضیات زیستی ، یادگیری ماشین و زیست شناسی محاسباتی داشته باشند

📢Postdoctoral Position: "Detecting Clinically-Relevant Mutations from Sequencing of Lung Cancer Biopsies"
▪️Institution/Company:
Ottawa Hospital Research Institute / University of Ottawa

▪️Job Denoscription:

The Perkins Lab at the Ottawa Hospital Research Institute / University of Ottawa is seeking a skilled and enthusiastic Postdoctoral Fellow to work on a project evaluating different approaches to the detection of clinically relevant mutations in high-throughput DNA sequencing of cancer biopsies. Specifically, the project concerns non-small cell lung cancer, and will involve: evaluating the success of detection of mutations in both mock and real patient samples; assessing detection limits from heterogeneous samples; evaluating different high-throughput sequencing platforms and different detection pipelines; and designing a panel of clinically relevant mutations. At the end of the project, we expect our findings to be put into practice in the molecular oncology diagnostic laboratory of the Ottawa Hospital and other participating units. The position is available immediately, will remain open until filled, and is renewable for up to three years.


🌐 اطلاعات بیشتر :

www.perkinslab.ca

⏳ آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
🔗https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

🔔 دوره آموزشی R و آنالیز دیتای بیان ژنی
🕘 14 جلسه 23 ساعت
⏳ 13-14 الی 20-21 آبان ماه
🌐 سایت www.DrugDesign.ir
آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

🏆آموختن برنامه نویسی بهترین نوع سرمایه گذاری است که شما می توانید برای پژوهش یا کارتان انجام دهبد. "پایتون برای زیست شناس ها"، یک دوره برنامه نویسی کامل برای مبتدیان است که مهارت های مورد نیاز شما را برای مواجهه با مسایل رایج زیستی و بیوانفورماتیکی فراهم می آورد.
@practicalbioinformatics
🔹چرا برنامه نویسی بیاموزیم؟
ممکن است دیده باشید که همکاران شما برای صرفه جویی در زمان و تعامل با مجموعه داده های بزرگ، برنامه نویسی می کنند.
ممکن است مسئول شما از شما خواسته باشد تا برای پروژه آینده تان برنامه نویسی بیاموزید.
ممکن است شما در میان آگهی های شغلی جستجو کرده باشید و متوجه شده باشید که چه تعداد از آنها مهارت های برنامه نویسی را از شما طلب می کنند.
ممکن است ، جهت ادامه تحصیل در رشته های مرتبط در ایران و دیگر کشور ها، داشتن مهارت برنامه نویسی یکی از ملزومات پذیرش دانشگاه باشد.
@practicalbioinformatics
🔹فهرست مطالب
🔸در جلسات ابتدایی، شما خواهید آموخت که چرا پایتون انتخاب مناسبی برای زیست شناس ها و مبتدیان است. همچنین می آموزید که چگونه پایتون را بر روی سیستم عامل خود نصب کنید و نیز چگونه محیط برنامه نویسی خود را تنظیم کنید. این جلسات با مرتبط کردن شما با تمام نرم افزارهای رایگان مورد نیاز شما تکمیل می شود.
🔸در ادامه، شما خواهید آموخت که چگونه می توانید مانند توالی های DNA و پروتئین را دستکاری کنید و چگونه اشتباهاتتان در برنامه نویسی را برطرف کنید. مثال: محاسبه ی محتوای GC و AT، تبدیل توالی DNA و RNA به یکدیگر و پروتئین. و..
🔸در بخش سوم، چگونگی خواندن و نوشتن داده ها در فایلها را فرا خواهید گرفت. همچنین می آموزید که چگونه با مسیرهای فایل ها و فرمت فایل FASTA دست و پنجه نرم کنید. مثال: تقسیم DNAی ژنومی، نوشتن یک فایل FASTA. و..
🔸در بخش پنجم، می آموزید که چگونه در یک برنامه واحد، قسمت های مختلف و زیادی از داده ها را پردازش کنید و با ابزارهای پیشرفته تری برای دستکاری توالی ها آشنا خواهید شد. مثال: مقایسه و الایمنت توالی ها، تریم کردن (پیرایش) توالی ها، الحاق اگزون ها. پیدا کردن موتیف ها و..
🔸همچنین، خواهید آموخت که چگونه با خلق دستورالعمل های شخصی خودتان، می توانید پایتون را مفیدتر کنید و نیز بهترین راه ارزیابی آن دستورالعمل ها در جهت بالا بردن سرعت کار را فرا می گیرید. مثال: تحلیل ترکیب آمینواسیدی توالی پروتئین. ابزار تحلیل متون و مقالات موجود در pubmed . و..
....
@practicalbioinformatics
🔹جامعه ی مخاطبان
این کارگاه برای تمام پژوهشگران و محققین و دانشجویان در زمینه ی زیست شناسی که می خواهند برنامه نویسی بیاموزند، طراحی شده است. سرفصل دروس برای افراد مبتدی تنظیم شده است، از افرادی که تجربه های قبلی در برنامه نویس دارند با افتخار دعوت می شود تا در این کارگاه جهت یادآوری حضور پیدا کنند، اما احتمالا سرعت پیشرفت کلاس برای این افراد کمی کند به نظر خواهد رسید. اگر هنوز مردد هستید جهت مشاوره و دریافت اطلاعات بیشتر با ما تماس بگیرید
👇🏻👇🏻👇🏻👇🏻👇🏻👇🏻👇🏻👇🏻
📞 09106665590
☎️ 02188347723
🌐www.DrugDesign.ir
🌐www.ParsSilico.com
@practicalbioinformatics

🏴نشاني: خیابان طالقاني -خیابان سميه - بین مفتح و موسوی - جنب هتل آزادی پلاک 132-طبقه 4 - واحد 44

🔵دوره آموزشی زبان برنامه نویسی پایتون و کاربرد آن در بیوانفورماتیک
مدت دوره: 14 جلسه 22 ساعت
هزینه دوره: 450 هزار تومان
تاریخ جلسات: روزهای پنجشنبه و جمعه، از ساعت 14 تا 19 برگزار می گردد
هفته اول: 14 -13 آبان ماه 95
هفته دوم: 20 - 21 آبان ماه 95

⏳ آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
🔗https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

📊نظر سنجی پارس سیلیکو
📢با سلام جهت پر بار بودن و کارایی بهتر کانال پارس سیلیکو، با شرکت در نظر سنجی و ارسال آن به دیگران ما را این امر یاری بفرمایید.
🙏با تشکر
🔹مدیریت آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

📊نظر سنجی پارس سیلیکو 👇👇

🔔به کدامیک از مباحث زیر بیشتر علاقه مند هستید؟
💡تمایل دارید مطالب کدامیک از مباحث زیر بیشتر در کانال پوشش داده شود؟

@practicalbioinformatics

📚آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🔔 28 اکتبر 1955 تولد بیل گیتس

🎂🎉 تولدتون مبارک آقای #بیل_گیتس! ممنون به خاطر همه‌ی ابزارهای خوب و البته ارورهای نوستالژیک‌شون 😉

📚آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🔔اهمیت توالی یابی نسل جدید در مطالعات سرطان

📚آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

📣کارگاه های فصل پاییز
✔️طراحی دارو، مدلسازی پروتئین،دینامیک مولکولی، لینوکس، زبان R و..
⌛️برگزارکننده: آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
📞تماس: ۰۹۱۰۶۶۶۵۵۹۰
👇اطلاعات بیشتر

https://goo.gl/EQNKW6

🔔 مقاله برتر

⬅️ این مقاله جالب با عنوان "متاژنومیکس: ابزارها و بینش مورد نیاز برای آنالیز داده های توالی یابی نسل بعد (NGS) که از پژوهش های تنوع زیستی بدست آمده اند.
پیشرفت در روش توالی یابی نسل بعد (NGS) موجبات وقوع جهش های عظیمی در مطالعات اکولوژی میکروبی را فراهم آورده است. این امر به توسعه ی سریع پژوهشهایی در درون محیط طبیعی زندگی میکروبها و شکل گیری علمی با نام "متاژنومیکس" منجر شده است. این عبارت غالبا تحت عنوان "آنالیز DNA درون اجتماعات میکروبی و در نمونه های محیطی بدون نیاز به کشت دادن آنها" تعریف می شود. بسیاری از ابزارهای محاسباتی/آماری متاژنومیکس و پایگاه های داده ی مربوط به آنها به منظور بهره برداری از هجوم عظیم داده هایی که مرتبا تولید می شوند، ایجاد شده اند.
دراین مقاله ی مروری ما به بررسی این موضوع پرداخته ایم که چگونه فناوریهای توالی یابی به طرز بی نظیری با انواع مختلف پژوهش های متاژنومیکس وفق داده و سازگار شده اند. دراین میانه تمرکز ما بر تکنیک ها، ابزارها و روش های بیوانفورماتیکی بوده است که در حال حاضر در دسترس ما هستند تا بتوانیم هر بخش منحصر بفرد از آنالیز مجموعه داده های متاژنومیک خاص را انجام دهیم. از سوی دیگر، سرنوشت و روند آینده ی این مطالعات را با توجه به توسعه ی ابزارها و فناوری های موجود، مورد بررسی قرار داده ایم. علاوه بر تمام اینها، ما ابزارهای مدیریت، توزیع و یکپارچه سازی داده ها را مورد بحث قرار داده ایم. ابزارهایی که ظرفیت و توان بالقوه ی انجام تحلیل های مقایسه ای متاژنومیک را بر روی مجموعه داده های چندگانه، دارا هستند و این عمل را از طریق استفاده از دیتابیس های خوش ساخت و استانداردهای تفسیر موجود انجام می دهند.

📝 Metagenomics: Tools and Insights for Analyzing Next-Generation Sequencing Data Derived from Biodiversity Studies

💾 Bioinformatics and Biology Insights (2015)

💡 doi:10.1093/gbe/evw046

✨ #Metagenomics #NGS

🌐 www.ParsSilico.com

🖥 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

📝 Metagenomics: Tools and Insights for Analyzing Next-Generation Sequencing Data Derived from Biodiversity Studies

💾 Bioinformatics and Biology Insights (2015)

✨ @practicalbioinformatics

🎥 Computing cancer
⏳ Duration: 2 min
💾 Size: 5 MB
✨ #cancer
🌐 www.ParsSilico.com
آزمایشگاه پارس سیلیکو

🔔 مجموعه ویدیو های آموزشی در زمینه توالی یابی نسل جدید از شرکت ®abm
https://goo.gl/ozrS0E
⬅️ این مجموعه کلیپ آموزشی در 4 قسمت ارایه شده است.
1) Next Generation Sequencing (NGS) - An Introduction
2) Next Generation Sequencing (NGS) - Sample Preparation
3) Next Generation Sequencing (NGS) - Coverage & Sample Quality Control
4) Next Generation Sequencing (NGS) - Data Analysis



👁@practicalbioinformatics

🔸تماشایی این کلیپ های آموزشی را برای آن دسته از دوستانی که آشنایی چندانی با مبحث Next Generation Sequencing ندارند، پیشنهاد میکنیم.
🔹بزودی کلیپ های آموزشی در سطح پیشرفته، در زمینه کنترل کیفیت و انالیز دیتای NGS خدمت اعضایی کانال ارائه خواهیم کرد.

🌐 www.ParsSilico.com

🖥 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
👁@practicalbioinformatics

🎥 1) Next Generation Sequencing (NGS) - An Introduction
⏳ Duration: 10 min
💾 Size: 17 MB
✨ #NGS
🌐 www.ParsSilico.com
آزمایشگاه پارس سیلیکو