This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
🎥 GEO2R: Analyze GEO Data
⏳ Duration: 5 min
💾 Size: 8.4 MB
✨ #GEO #DEG
🌐 www.DrugDesign.ir
آزمایشگاه پارس سیلیکو
🔗https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ
⏳ Duration: 5 min
💾 Size: 8.4 MB
✨ #GEO #DEG
🌐 www.DrugDesign.ir
آزمایشگاه پارس سیلیکو
🔗https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ
https://goo.gl/K6O4pA
💥محاسبه coverage و reads در توالی یابی
🔔 چه مقدار reads لازم دارم؟ عمق توالی یابی من چیست؟ این سوالات متداولی است که در اغلب اوقات از من پرسیده می شود محاسبه اینکه چه مقدار reads شما نیاز دارید تا بطور مثال منطقه مورد نظر، عمق همپوشانی آن 30X باشد، و یا برعکس، چه عمقی پوشش داده می شود برای یک مقدار مشخص از reads ، با داشتن اطلاعات پایه ای در جبر، به راحتی می توان به این سوال پاسخ داد. با داشتن مقدار یکی از reads و یا coverage (همپوشانی) و بعلاوه سایز ژنوم و طول reads ها شما میتوانید (همپوشانی) coverage و یا reads را محاسبه کنید.
@practicalbioinformatics
میزان Coverage بر این اساس محاسبه می شود.
C=LN/G
و مقدار reads هم بر این اساس محاسبه می شود
N=CG/L
C = Coverage (X)
L = Read length (bp)
G = Haploid genome size (bp)
N = Number of reads
@practicalbioinformatics
🔎 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
🔗https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ
💥محاسبه coverage و reads در توالی یابی
🔔 چه مقدار reads لازم دارم؟ عمق توالی یابی من چیست؟ این سوالات متداولی است که در اغلب اوقات از من پرسیده می شود محاسبه اینکه چه مقدار reads شما نیاز دارید تا بطور مثال منطقه مورد نظر، عمق همپوشانی آن 30X باشد، و یا برعکس، چه عمقی پوشش داده می شود برای یک مقدار مشخص از reads ، با داشتن اطلاعات پایه ای در جبر، به راحتی می توان به این سوال پاسخ داد. با داشتن مقدار یکی از reads و یا coverage (همپوشانی) و بعلاوه سایز ژنوم و طول reads ها شما میتوانید (همپوشانی) coverage و یا reads را محاسبه کنید.
@practicalbioinformatics
میزان Coverage بر این اساس محاسبه می شود.
C=LN/G
و مقدار reads هم بر این اساس محاسبه می شود
N=CG/L
C = Coverage (X)
L = Read length (bp)
G = Haploid genome size (bp)
N = Number of reads
@practicalbioinformatics
🔎 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
🔗https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ
📚مجموعه از Computational Biology Primers چاپ شده در مجله Nature Biotechnology
https://goo.gl/cE4z5z
⬅️ من به تازگی مجموعه ای از پرایمرهای زیست شناسی محاسباتی در Nature Biotechnology را جمع آوری کردم. بسیاری از این ها قدیمی هستند، اما هنوز مرجع و منبع خوبی برای رسیدن به درک مناسبی از موضوعات مختلف می باشند. در اینجا لیستی از از این مباحث به همراه لینک دسترسی به آن ها، برای دوستداران علوم بیوانفورماتیک و زیست شناسی محاسباتی، قرار داده شده است.
@practicalbioinformatics
♦️♦️♦️♦️♦️♦️
How does multiple testing correction work?
http://www.nature.com/nbt/journal/v27/n12/full/nbt1209-1135.html
What is principal component analysis?
http://www.nature.com/nbt/journal/v26/n3/full/nbt0308-303.html
SNP imputation in association studies
http://www.nature.com/nbt/journal/v27/n4/full/nbt0409-349.html
How does gene expression clustering work?
http://www.nature.com/nbt/journal/v23/n12/full/nbt1205-1499.html
What is a hidden Markov model?
http://www.nature.com/nbt/journal/v22/n10/full/nbt1004-1315.html
What is a support vector machine?
http://www.nature.com/nbt/journal/v24/n12/full/nbt1206-1565.html
What is the expectation maximization algorithm?
http://www.nature.com/nbt/journal/v26/n8/full/nbt1406.html
Where did the BLOSUM62 alignment score matrix come from?
http://www.nature.com/nbt/journal/v22/n8/full/nbt0804-1035.html
What are DNA sequence motifs?
http://www.nature.com/nbt/journal/v24/n4/full/nbt0406-423.html
How does DNA sequence motif discovery work?
http://www.nature.com/nbt/journal/v24/n8/full/nbt0806-959.html
What are decision trees?
http://www.nature.com/nbt/journal/v26/n9/full/nbt0908-1011.html
What is dynamic programming?
http://www.nature.com/nbt/journal/v22/n7/full/nbt0704-909.html
What is Bayesian statistics?
http://www.nature.com/nbt/journal/v22/n9/full/nbt0904-1177.html
What are artificial neural networks?
http://www.nature.com/nbt/journal/v26/n2/full/nbt1386.html
How does eukaryotic gene prediction work?
http://www.nature.com/nbt/journal/v25/n8/full/nbt0807-883.html
How to map billions of short reads onto genomes
http://www.nature.com/nbt/journal/v27/n5/full/nbt0509-455.html
How to apply de Bruijn graphs to genome assembly
http://www.nature.com/nbt/journal/v29/n11/full/nbt.2023.html
♦️♦️♦️♦️♦️♦️
@practicalbioinformatics
🔎 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
🔗https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ
https://goo.gl/cE4z5z
⬅️ من به تازگی مجموعه ای از پرایمرهای زیست شناسی محاسباتی در Nature Biotechnology را جمع آوری کردم. بسیاری از این ها قدیمی هستند، اما هنوز مرجع و منبع خوبی برای رسیدن به درک مناسبی از موضوعات مختلف می باشند. در اینجا لیستی از از این مباحث به همراه لینک دسترسی به آن ها، برای دوستداران علوم بیوانفورماتیک و زیست شناسی محاسباتی، قرار داده شده است.
@practicalbioinformatics
♦️♦️♦️♦️♦️♦️
How does multiple testing correction work?
http://www.nature.com/nbt/journal/v27/n12/full/nbt1209-1135.html
What is principal component analysis?
http://www.nature.com/nbt/journal/v26/n3/full/nbt0308-303.html
SNP imputation in association studies
http://www.nature.com/nbt/journal/v27/n4/full/nbt0409-349.html
How does gene expression clustering work?
http://www.nature.com/nbt/journal/v23/n12/full/nbt1205-1499.html
What is a hidden Markov model?
http://www.nature.com/nbt/journal/v22/n10/full/nbt1004-1315.html
What is a support vector machine?
http://www.nature.com/nbt/journal/v24/n12/full/nbt1206-1565.html
What is the expectation maximization algorithm?
http://www.nature.com/nbt/journal/v26/n8/full/nbt1406.html
Where did the BLOSUM62 alignment score matrix come from?
http://www.nature.com/nbt/journal/v22/n8/full/nbt0804-1035.html
What are DNA sequence motifs?
http://www.nature.com/nbt/journal/v24/n4/full/nbt0406-423.html
How does DNA sequence motif discovery work?
http://www.nature.com/nbt/journal/v24/n8/full/nbt0806-959.html
What are decision trees?
http://www.nature.com/nbt/journal/v26/n9/full/nbt0908-1011.html
What is dynamic programming?
http://www.nature.com/nbt/journal/v22/n7/full/nbt0704-909.html
What is Bayesian statistics?
http://www.nature.com/nbt/journal/v22/n9/full/nbt0904-1177.html
What are artificial neural networks?
http://www.nature.com/nbt/journal/v26/n2/full/nbt1386.html
How does eukaryotic gene prediction work?
http://www.nature.com/nbt/journal/v25/n8/full/nbt0807-883.html
How to map billions of short reads onto genomes
http://www.nature.com/nbt/journal/v27/n5/full/nbt0509-455.html
How to apply de Bruijn graphs to genome assembly
http://www.nature.com/nbt/journal/v29/n11/full/nbt.2023.html
♦️♦️♦️♦️♦️♦️
@practicalbioinformatics
🔎 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
🔗https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ
https://goo.gl/QwTXsn
📢موقعیت پسا دکتری ،'در زمینه شناسایی جهش های وابسته بالینی از طریق توالی یابی نمونه های سرطان ریه
🔔تقاضا کننده : دانشگاه و بیمارستان تحقیقاتی اتاوا، کانادا
💫واجدین شرایط: متقاضیان باید دارای سابقه در حداقل یکی از زمینه های بیوانفورماتیک ، ریاضیات زیستی ، یادگیری ماشین و زیست شناسی محاسباتی داشته باشند
📢Postdoctoral Position: "Detecting Clinically-Relevant Mutations from Sequencing of Lung Cancer Biopsies"
▪️Institution/Company:
Ottawa Hospital Research Institute / University of Ottawa
▪️Job Denoscription:
The Perkins Lab at the Ottawa Hospital Research Institute / University of Ottawa is seeking a skilled and enthusiastic Postdoctoral Fellow to work on a project evaluating different approaches to the detection of clinically relevant mutations in high-throughput DNA sequencing of cancer biopsies. Specifically, the project concerns non-small cell lung cancer, and will involve: evaluating the success of detection of mutations in both mock and real patient samples; assessing detection limits from heterogeneous samples; evaluating different high-throughput sequencing platforms and different detection pipelines; and designing a panel of clinically relevant mutations. At the end of the project, we expect our findings to be put into practice in the molecular oncology diagnostic laboratory of the Ottawa Hospital and other participating units. The position is available immediately, will remain open until filled, and is renewable for up to three years.
🌐 اطلاعات بیشتر :
www.perkinslab.ca
⏳ آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
🔗https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ
📢موقعیت پسا دکتری ،'در زمینه شناسایی جهش های وابسته بالینی از طریق توالی یابی نمونه های سرطان ریه
🔔تقاضا کننده : دانشگاه و بیمارستان تحقیقاتی اتاوا، کانادا
💫واجدین شرایط: متقاضیان باید دارای سابقه در حداقل یکی از زمینه های بیوانفورماتیک ، ریاضیات زیستی ، یادگیری ماشین و زیست شناسی محاسباتی داشته باشند
📢Postdoctoral Position: "Detecting Clinically-Relevant Mutations from Sequencing of Lung Cancer Biopsies"
▪️Institution/Company:
Ottawa Hospital Research Institute / University of Ottawa
▪️Job Denoscription:
The Perkins Lab at the Ottawa Hospital Research Institute / University of Ottawa is seeking a skilled and enthusiastic Postdoctoral Fellow to work on a project evaluating different approaches to the detection of clinically relevant mutations in high-throughput DNA sequencing of cancer biopsies. Specifically, the project concerns non-small cell lung cancer, and will involve: evaluating the success of detection of mutations in both mock and real patient samples; assessing detection limits from heterogeneous samples; evaluating different high-throughput sequencing platforms and different detection pipelines; and designing a panel of clinically relevant mutations. At the end of the project, we expect our findings to be put into practice in the molecular oncology diagnostic laboratory of the Ottawa Hospital and other participating units. The position is available immediately, will remain open until filled, and is renewable for up to three years.
🌐 اطلاعات بیشتر :
www.perkinslab.ca
⏳ آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
🔗https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ
🔔 دوره آموزشی R و آنالیز دیتای بیان ژنی
🕘 14 جلسه 23 ساعت
⏳ 13-14 الی 20-21 آبان ماه
🌐 سایت www.DrugDesign.ir
آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
🕘 14 جلسه 23 ساعت
⏳ 13-14 الی 20-21 آبان ماه
🌐 سایت www.DrugDesign.ir
آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
🏆آموختن برنامه نویسی بهترین نوع سرمایه گذاری است که شما می توانید برای پژوهش یا کارتان انجام دهبد. "پایتون برای زیست شناس ها"، یک دوره برنامه نویسی کامل برای مبتدیان است که مهارت های مورد نیاز شما را برای مواجهه با مسایل رایج زیستی و بیوانفورماتیکی فراهم می آورد.
@practicalbioinformatics
🔹چرا برنامه نویسی بیاموزیم؟
ممکن است دیده باشید که همکاران شما برای صرفه جویی در زمان و تعامل با مجموعه داده های بزرگ، برنامه نویسی می کنند.
ممکن است مسئول شما از شما خواسته باشد تا برای پروژه آینده تان برنامه نویسی بیاموزید.
ممکن است شما در میان آگهی های شغلی جستجو کرده باشید و متوجه شده باشید که چه تعداد از آنها مهارت های برنامه نویسی را از شما طلب می کنند.
ممکن است ، جهت ادامه تحصیل در رشته های مرتبط در ایران و دیگر کشور ها، داشتن مهارت برنامه نویسی یکی از ملزومات پذیرش دانشگاه باشد.
@practicalbioinformatics
🔹فهرست مطالب
🔸در جلسات ابتدایی، شما خواهید آموخت که چرا پایتون انتخاب مناسبی برای زیست شناس ها و مبتدیان است. همچنین می آموزید که چگونه پایتون را بر روی سیستم عامل خود نصب کنید و نیز چگونه محیط برنامه نویسی خود را تنظیم کنید. این جلسات با مرتبط کردن شما با تمام نرم افزارهای رایگان مورد نیاز شما تکمیل می شود.
🔸در ادامه، شما خواهید آموخت که چگونه می توانید مانند توالی های DNA و پروتئین را دستکاری کنید و چگونه اشتباهاتتان در برنامه نویسی را برطرف کنید. مثال: محاسبه ی محتوای GC و AT، تبدیل توالی DNA و RNA به یکدیگر و پروتئین. و..
🔸در بخش سوم، چگونگی خواندن و نوشتن داده ها در فایلها را فرا خواهید گرفت. همچنین می آموزید که چگونه با مسیرهای فایل ها و فرمت فایل FASTA دست و پنجه نرم کنید. مثال: تقسیم DNAی ژنومی، نوشتن یک فایل FASTA. و..
🔸در بخش پنجم، می آموزید که چگونه در یک برنامه واحد، قسمت های مختلف و زیادی از داده ها را پردازش کنید و با ابزارهای پیشرفته تری برای دستکاری توالی ها آشنا خواهید شد. مثال: مقایسه و الایمنت توالی ها، تریم کردن (پیرایش) توالی ها، الحاق اگزون ها. پیدا کردن موتیف ها و..
🔸همچنین، خواهید آموخت که چگونه با خلق دستورالعمل های شخصی خودتان، می توانید پایتون را مفیدتر کنید و نیز بهترین راه ارزیابی آن دستورالعمل ها در جهت بالا بردن سرعت کار را فرا می گیرید. مثال: تحلیل ترکیب آمینواسیدی توالی پروتئین. ابزار تحلیل متون و مقالات موجود در pubmed . و..
....
@practicalbioinformatics
🔹جامعه ی مخاطبان
این کارگاه برای تمام پژوهشگران و محققین و دانشجویان در زمینه ی زیست شناسی که می خواهند برنامه نویسی بیاموزند، طراحی شده است. سرفصل دروس برای افراد مبتدی تنظیم شده است، از افرادی که تجربه های قبلی در برنامه نویس دارند با افتخار دعوت می شود تا در این کارگاه جهت یادآوری حضور پیدا کنند، اما احتمالا سرعت پیشرفت کلاس برای این افراد کمی کند به نظر خواهد رسید. اگر هنوز مردد هستید جهت مشاوره و دریافت اطلاعات بیشتر با ما تماس بگیرید
👇🏻👇🏻👇🏻👇🏻👇🏻👇🏻👇🏻👇🏻
📞 09106665590
☎️ 02188347723
🌐www.DrugDesign.ir
🌐www.ParsSilico.com
@practicalbioinformatics
🏴نشاني: خیابان طالقاني -خیابان سميه - بین مفتح و موسوی - جنب هتل آزادی پلاک 132-طبقه 4 - واحد 44
🔵دوره آموزشی زبان برنامه نویسی پایتون و کاربرد آن در بیوانفورماتیک
مدت دوره: 14 جلسه 22 ساعت
هزینه دوره: 450 هزار تومان
تاریخ جلسات: روزهای پنجشنبه و جمعه، از ساعت 14 تا 19 برگزار می گردد
هفته اول: 14 -13 آبان ماه 95
هفته دوم: 20 - 21 آبان ماه 95
⏳ آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
🔗https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ
@practicalbioinformatics
🔹چرا برنامه نویسی بیاموزیم؟
ممکن است دیده باشید که همکاران شما برای صرفه جویی در زمان و تعامل با مجموعه داده های بزرگ، برنامه نویسی می کنند.
ممکن است مسئول شما از شما خواسته باشد تا برای پروژه آینده تان برنامه نویسی بیاموزید.
ممکن است شما در میان آگهی های شغلی جستجو کرده باشید و متوجه شده باشید که چه تعداد از آنها مهارت های برنامه نویسی را از شما طلب می کنند.
ممکن است ، جهت ادامه تحصیل در رشته های مرتبط در ایران و دیگر کشور ها، داشتن مهارت برنامه نویسی یکی از ملزومات پذیرش دانشگاه باشد.
@practicalbioinformatics
🔹فهرست مطالب
🔸در جلسات ابتدایی، شما خواهید آموخت که چرا پایتون انتخاب مناسبی برای زیست شناس ها و مبتدیان است. همچنین می آموزید که چگونه پایتون را بر روی سیستم عامل خود نصب کنید و نیز چگونه محیط برنامه نویسی خود را تنظیم کنید. این جلسات با مرتبط کردن شما با تمام نرم افزارهای رایگان مورد نیاز شما تکمیل می شود.
🔸در ادامه، شما خواهید آموخت که چگونه می توانید مانند توالی های DNA و پروتئین را دستکاری کنید و چگونه اشتباهاتتان در برنامه نویسی را برطرف کنید. مثال: محاسبه ی محتوای GC و AT، تبدیل توالی DNA و RNA به یکدیگر و پروتئین. و..
🔸در بخش سوم، چگونگی خواندن و نوشتن داده ها در فایلها را فرا خواهید گرفت. همچنین می آموزید که چگونه با مسیرهای فایل ها و فرمت فایل FASTA دست و پنجه نرم کنید. مثال: تقسیم DNAی ژنومی، نوشتن یک فایل FASTA. و..
🔸در بخش پنجم، می آموزید که چگونه در یک برنامه واحد، قسمت های مختلف و زیادی از داده ها را پردازش کنید و با ابزارهای پیشرفته تری برای دستکاری توالی ها آشنا خواهید شد. مثال: مقایسه و الایمنت توالی ها، تریم کردن (پیرایش) توالی ها، الحاق اگزون ها. پیدا کردن موتیف ها و..
🔸همچنین، خواهید آموخت که چگونه با خلق دستورالعمل های شخصی خودتان، می توانید پایتون را مفیدتر کنید و نیز بهترین راه ارزیابی آن دستورالعمل ها در جهت بالا بردن سرعت کار را فرا می گیرید. مثال: تحلیل ترکیب آمینواسیدی توالی پروتئین. ابزار تحلیل متون و مقالات موجود در pubmed . و..
....
@practicalbioinformatics
🔹جامعه ی مخاطبان
این کارگاه برای تمام پژوهشگران و محققین و دانشجویان در زمینه ی زیست شناسی که می خواهند برنامه نویسی بیاموزند، طراحی شده است. سرفصل دروس برای افراد مبتدی تنظیم شده است، از افرادی که تجربه های قبلی در برنامه نویس دارند با افتخار دعوت می شود تا در این کارگاه جهت یادآوری حضور پیدا کنند، اما احتمالا سرعت پیشرفت کلاس برای این افراد کمی کند به نظر خواهد رسید. اگر هنوز مردد هستید جهت مشاوره و دریافت اطلاعات بیشتر با ما تماس بگیرید
👇🏻👇🏻👇🏻👇🏻👇🏻👇🏻👇🏻👇🏻
📞 09106665590
☎️ 02188347723
🌐www.DrugDesign.ir
🌐www.ParsSilico.com
@practicalbioinformatics
🏴نشاني: خیابان طالقاني -خیابان سميه - بین مفتح و موسوی - جنب هتل آزادی پلاک 132-طبقه 4 - واحد 44
🔵دوره آموزشی زبان برنامه نویسی پایتون و کاربرد آن در بیوانفورماتیک
مدت دوره: 14 جلسه 22 ساعت
هزینه دوره: 450 هزار تومان
تاریخ جلسات: روزهای پنجشنبه و جمعه، از ساعت 14 تا 19 برگزار می گردد
هفته اول: 14 -13 آبان ماه 95
هفته دوم: 20 - 21 آبان ماه 95
⏳ آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
🔗https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ
📊نظر سنجی پارس سیلیکو
📢با سلام جهت پر بار بودن و کارایی بهتر کانال پارس سیلیکو، با شرکت در نظر سنجی و ارسال آن به دیگران ما را این امر یاری بفرمایید.
🙏با تشکر
🔹مدیریت آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics
📊نظر سنجی پارس سیلیکو 👇👇
🔔به کدامیک از مباحث زیر بیشتر علاقه مند هستید؟
💡تمایل دارید مطالب کدامیک از مباحث زیر بیشتر در کانال پوشش داده شود؟
@practicalbioinformatics
📢با سلام جهت پر بار بودن و کارایی بهتر کانال پارس سیلیکو، با شرکت در نظر سنجی و ارسال آن به دیگران ما را این امر یاری بفرمایید.
🙏با تشکر
🔹مدیریت آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics
📊نظر سنجی پارس سیلیکو 👇👇
🔔به کدامیک از مباحث زیر بیشتر علاقه مند هستید؟
💡تمایل دارید مطالب کدامیک از مباحث زیر بیشتر در کانال پوشش داده شود؟
@practicalbioinformatics
🔔 28 اکتبر 1955 تولد بیل گیتس
🎂🎉 تولدتون مبارک آقای #بیل_گیتس! ممنون به خاطر همهی ابزارهای خوب و البته ارورهای نوستالژیکشون 😉
📚آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics
🎂🎉 تولدتون مبارک آقای #بیل_گیتس! ممنون به خاطر همهی ابزارهای خوب و البته ارورهای نوستالژیکشون 😉
📚آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics
🔔اهمیت توالی یابی نسل جدید در مطالعات سرطان
📚آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics
📚آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics
Forwarded from آزمایشگاه پارس سیلیکو
📣کارگاه های فصل پاییز
✔️طراحی دارو، مدلسازی پروتئین،دینامیک مولکولی، لینوکس، زبان R و..
⌛️برگزارکننده: آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
📞تماس: ۰۹۱۰۶۶۶۵۵۹۰
👇اطلاعات بیشتر
https://goo.gl/EQNKW6
✔️طراحی دارو، مدلسازی پروتئین،دینامیک مولکولی، لینوکس، زبان R و..
⌛️برگزارکننده: آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
📞تماس: ۰۹۱۰۶۶۶۵۵۹۰
👇اطلاعات بیشتر
https://goo.gl/EQNKW6
🔔 مقاله برتر
⬅️ این مقاله جالب با عنوان "متاژنومیکس: ابزارها و بینش مورد نیاز برای آنالیز داده های توالی یابی نسل بعد (NGS) که از پژوهش های تنوع زیستی بدست آمده اند.
پیشرفت در روش توالی یابی نسل بعد (NGS) موجبات وقوع جهش های عظیمی در مطالعات اکولوژی میکروبی را فراهم آورده است. این امر به توسعه ی سریع پژوهشهایی در درون محیط طبیعی زندگی میکروبها و شکل گیری علمی با نام "متاژنومیکس" منجر شده است. این عبارت غالبا تحت عنوان "آنالیز DNA درون اجتماعات میکروبی و در نمونه های محیطی بدون نیاز به کشت دادن آنها" تعریف می شود. بسیاری از ابزارهای محاسباتی/آماری متاژنومیکس و پایگاه های داده ی مربوط به آنها به منظور بهره برداری از هجوم عظیم داده هایی که مرتبا تولید می شوند، ایجاد شده اند.
دراین مقاله ی مروری ما به بررسی این موضوع پرداخته ایم که چگونه فناوریهای توالی یابی به طرز بی نظیری با انواع مختلف پژوهش های متاژنومیکس وفق داده و سازگار شده اند. دراین میانه تمرکز ما بر تکنیک ها، ابزارها و روش های بیوانفورماتیکی بوده است که در حال حاضر در دسترس ما هستند تا بتوانیم هر بخش منحصر بفرد از آنالیز مجموعه داده های متاژنومیک خاص را انجام دهیم. از سوی دیگر، سرنوشت و روند آینده ی این مطالعات را با توجه به توسعه ی ابزارها و فناوری های موجود، مورد بررسی قرار داده ایم. علاوه بر تمام اینها، ما ابزارهای مدیریت، توزیع و یکپارچه سازی داده ها را مورد بحث قرار داده ایم. ابزارهایی که ظرفیت و توان بالقوه ی انجام تحلیل های مقایسه ای متاژنومیک را بر روی مجموعه داده های چندگانه، دارا هستند و این عمل را از طریق استفاده از دیتابیس های خوش ساخت و استانداردهای تفسیر موجود انجام می دهند.
📝 Metagenomics: Tools and Insights for Analyzing Next-Generation Sequencing Data Derived from Biodiversity Studies
💾 Bioinformatics and Biology Insights (2015)
💡 doi:10.1093/gbe/evw046
✨ #Metagenomics #NGS
🌐 www.ParsSilico.com
🖥 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ
⬅️ این مقاله جالب با عنوان "متاژنومیکس: ابزارها و بینش مورد نیاز برای آنالیز داده های توالی یابی نسل بعد (NGS) که از پژوهش های تنوع زیستی بدست آمده اند.
پیشرفت در روش توالی یابی نسل بعد (NGS) موجبات وقوع جهش های عظیمی در مطالعات اکولوژی میکروبی را فراهم آورده است. این امر به توسعه ی سریع پژوهشهایی در درون محیط طبیعی زندگی میکروبها و شکل گیری علمی با نام "متاژنومیکس" منجر شده است. این عبارت غالبا تحت عنوان "آنالیز DNA درون اجتماعات میکروبی و در نمونه های محیطی بدون نیاز به کشت دادن آنها" تعریف می شود. بسیاری از ابزارهای محاسباتی/آماری متاژنومیکس و پایگاه های داده ی مربوط به آنها به منظور بهره برداری از هجوم عظیم داده هایی که مرتبا تولید می شوند، ایجاد شده اند.
دراین مقاله ی مروری ما به بررسی این موضوع پرداخته ایم که چگونه فناوریهای توالی یابی به طرز بی نظیری با انواع مختلف پژوهش های متاژنومیکس وفق داده و سازگار شده اند. دراین میانه تمرکز ما بر تکنیک ها، ابزارها و روش های بیوانفورماتیکی بوده است که در حال حاضر در دسترس ما هستند تا بتوانیم هر بخش منحصر بفرد از آنالیز مجموعه داده های متاژنومیک خاص را انجام دهیم. از سوی دیگر، سرنوشت و روند آینده ی این مطالعات را با توجه به توسعه ی ابزارها و فناوری های موجود، مورد بررسی قرار داده ایم. علاوه بر تمام اینها، ما ابزارهای مدیریت، توزیع و یکپارچه سازی داده ها را مورد بحث قرار داده ایم. ابزارهایی که ظرفیت و توان بالقوه ی انجام تحلیل های مقایسه ای متاژنومیک را بر روی مجموعه داده های چندگانه، دارا هستند و این عمل را از طریق استفاده از دیتابیس های خوش ساخت و استانداردهای تفسیر موجود انجام می دهند.
📝 Metagenomics: Tools and Insights for Analyzing Next-Generation Sequencing Data Derived from Biodiversity Studies
💾 Bioinformatics and Biology Insights (2015)
💡 doi:10.1093/gbe/evw046
✨ #Metagenomics #NGS
🌐 www.ParsSilico.com
🖥 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ
Metagenomics_Tools_and_Insights.pdf
594.4 KB
📝 Metagenomics: Tools and Insights for Analyzing Next-Generation Sequencing Data Derived from Biodiversity Studies
💾 Bioinformatics and Biology Insights (2015)
✨ @practicalbioinformatics
💾 Bioinformatics and Biology Insights (2015)
✨ @practicalbioinformatics
🔔 مجموعه ویدیو های آموزشی در زمینه توالی یابی نسل جدید از شرکت ®abm
https://goo.gl/ozrS0E
⬅️ این مجموعه کلیپ آموزشی در 4 قسمت ارایه شده است.
1) Next Generation Sequencing (NGS) - An Introduction
2) Next Generation Sequencing (NGS) - Sample Preparation
3) Next Generation Sequencing (NGS) - Coverage & Sample Quality Control
4) Next Generation Sequencing (NGS) - Data Analysis
👁@practicalbioinformatics
🔸تماشایی این کلیپ های آموزشی را برای آن دسته از دوستانی که آشنایی چندانی با مبحث Next Generation Sequencing ندارند، پیشنهاد میکنیم.
🔹بزودی کلیپ های آموزشی در سطح پیشرفته، در زمینه کنترل کیفیت و انالیز دیتای NGS خدمت اعضایی کانال ارائه خواهیم کرد.
🌐 www.ParsSilico.com
🖥 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
👁@practicalbioinformatics
https://goo.gl/ozrS0E
⬅️ این مجموعه کلیپ آموزشی در 4 قسمت ارایه شده است.
1) Next Generation Sequencing (NGS) - An Introduction
2) Next Generation Sequencing (NGS) - Sample Preparation
3) Next Generation Sequencing (NGS) - Coverage & Sample Quality Control
4) Next Generation Sequencing (NGS) - Data Analysis
👁@practicalbioinformatics
🔸تماشایی این کلیپ های آموزشی را برای آن دسته از دوستانی که آشنایی چندانی با مبحث Next Generation Sequencing ندارند، پیشنهاد میکنیم.
🔹بزودی کلیپ های آموزشی در سطح پیشرفته، در زمینه کنترل کیفیت و انالیز دیتای NGS خدمت اعضایی کانال ارائه خواهیم کرد.
🌐 www.ParsSilico.com
🖥 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
👁@practicalbioinformatics
Media is too big
VIEW IN TELEGRAM
🎥 1) Next Generation Sequencing (NGS) - An Introduction
⏳ Duration: 10 min
💾 Size: 17 MB
✨ #NGS
🌐 www.ParsSilico.com
آزمایشگاه پارس سیلیکو
⏳ Duration: 10 min
💾 Size: 17 MB
✨ #NGS
🌐 www.ParsSilico.com
آزمایشگاه پارس سیلیکو
Media is too big
VIEW IN TELEGRAM
🎥 2) Next Generation Sequencing (NGS) - Sample Preparation
⏳ Duration: 13 min
💾 Size: 20 MB
✨ #NGS
🌐 www.ParsSilico.com
آزمایشگاه پارس سیلیکو
⏳ Duration: 13 min
💾 Size: 20 MB
✨ #NGS
🌐 www.ParsSilico.com
آزمایشگاه پارس سیلیکو
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
🎥 3) Next Generation Sequencing (NGS) - Coverage & Sample Quality Control
⏳ Duration: 6 min
💾 Size: 11 MB
✨ #NGS
🌐 www.ParsSilico.com
آزمایشگاه پارس سیلیکو
⏳ Duration: 6 min
💾 Size: 11 MB
✨ #NGS
🌐 www.ParsSilico.com
آزمایشگاه پارس سیلیکو
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
🎥 4) Next Generation Sequencing (NGS) - Data Analysis
⏳ Duration: 7 min
💾 Size: 10 MB
✨ #NGS
🌐 www.ParsSilico.com
آزمایشگاه پارس سیلیکو
⏳ Duration: 7 min
💾 Size: 10 MB
✨ #NGS
🌐 www.ParsSilico.com
آزمایشگاه پارس سیلیکو
🔔آیا میدانستید که...
🎖تقریبا فیل ها به سرطان مبتلا نمی شوند.
فیلها حیواناتی بزرگ با سلولهایی بسیار بیشتر از انسان ها هستند و بنابراین باید آسیب های DNA که مقدمه ی سرطان هستند را در ابعاد وسیعتری در مقایسه با انسان ها تجربه کنند. همچنین به عنوان یک موجود با عمر طولانی، فیلها چرخه های زیادی از تقسیم سلولی را در طول عمر خود متحمل می شوند که بطور بالقوه می تواند منجر به جهش هایی شود که به سرطان ختم شود. اما به نظر نمی رسد که سرطان مسئله ی عمده ای برای این غولهای دوست داشتنی باشد.
https://goo.gl/CRKzrY
این عدم ارتباط بین اندازه و سرطان در حیوانات بزرگ مانند فیل ها و وال ها را پارادوکس پتو (Peto’s paradox) نامیده اند.
@practicalbioinformatics
تا همین اواخراطلاعات اندکی درباره اینکه چگونه فیل ها سرطان را از خود دور می کنند، وجود داشت. مقاله ای که در ژورنال انجمن پزشکی آمریکا منتشر شده است آغاز گره گشایی از این راز است.
دکتر Joshua Schiffman از دانشگاه یوتا و همکارانش دریافته اند که فیل ها دارای 40 کپی از از ژن تومور پروتئین p53 هستند. انسان ها دو کپی از این ژن مهم مقابله کننده با تومور را دارند. TP53 مستقیما به DNAی آسیب دیده (که توسط توکسین ها، تشعشع UV،یا دیگر علل برسازنده ی سرطان صدمه دیده است) درون سلول متصل می شود و تعیین می کند که آیا این قسمت قابل تعمیر است یا نه. اگر DNA قابل تعمیر بود، TP53 فرایند تعمیر را کلید می زند. اگر DNA غیرقابل تعمیر تشخیص داده شد، پروتئین TP53 سیگنال مرگ برنامه ریزی شده ی سلولی یا آپوپتوز را صادر می کند.
@practicalbioinformatics
در فیل ها پروتئین های TP53 گرایش دارند که به سمت آپوپتوز تغییر جهت دهند که از هر رشد احتمالی تومور ناشی از تقسیم سلولی کنترل نشده جلوگیری می کند.
این امید وجود دارد که با این یافته ها بتوانیم به کاهش نرخ سرطان نزدیکتر شویم، بویژه برای آنهایی که دارای نسخه ی جهش یافته ی ژن TP53 هستند.
افراد دارای این نسخه ی جهش یافته با سندرم Li-Fraumeni تشخیص داده می شوند و ریسک بالاتری برای بروز بعضی سرطان های خاص (سرطان پستان و لوکمیا) را دارا هستند.
جای تعجب نیست که فیل ها نماد خوش شانسی لقب گرفته اند.
🖥آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics
🎖تقریبا فیل ها به سرطان مبتلا نمی شوند.
فیلها حیواناتی بزرگ با سلولهایی بسیار بیشتر از انسان ها هستند و بنابراین باید آسیب های DNA که مقدمه ی سرطان هستند را در ابعاد وسیعتری در مقایسه با انسان ها تجربه کنند. همچنین به عنوان یک موجود با عمر طولانی، فیلها چرخه های زیادی از تقسیم سلولی را در طول عمر خود متحمل می شوند که بطور بالقوه می تواند منجر به جهش هایی شود که به سرطان ختم شود. اما به نظر نمی رسد که سرطان مسئله ی عمده ای برای این غولهای دوست داشتنی باشد.
https://goo.gl/CRKzrY
این عدم ارتباط بین اندازه و سرطان در حیوانات بزرگ مانند فیل ها و وال ها را پارادوکس پتو (Peto’s paradox) نامیده اند.
@practicalbioinformatics
تا همین اواخراطلاعات اندکی درباره اینکه چگونه فیل ها سرطان را از خود دور می کنند، وجود داشت. مقاله ای که در ژورنال انجمن پزشکی آمریکا منتشر شده است آغاز گره گشایی از این راز است.
دکتر Joshua Schiffman از دانشگاه یوتا و همکارانش دریافته اند که فیل ها دارای 40 کپی از از ژن تومور پروتئین p53 هستند. انسان ها دو کپی از این ژن مهم مقابله کننده با تومور را دارند. TP53 مستقیما به DNAی آسیب دیده (که توسط توکسین ها، تشعشع UV،یا دیگر علل برسازنده ی سرطان صدمه دیده است) درون سلول متصل می شود و تعیین می کند که آیا این قسمت قابل تعمیر است یا نه. اگر DNA قابل تعمیر بود، TP53 فرایند تعمیر را کلید می زند. اگر DNA غیرقابل تعمیر تشخیص داده شد، پروتئین TP53 سیگنال مرگ برنامه ریزی شده ی سلولی یا آپوپتوز را صادر می کند.
@practicalbioinformatics
در فیل ها پروتئین های TP53 گرایش دارند که به سمت آپوپتوز تغییر جهت دهند که از هر رشد احتمالی تومور ناشی از تقسیم سلولی کنترل نشده جلوگیری می کند.
این امید وجود دارد که با این یافته ها بتوانیم به کاهش نرخ سرطان نزدیکتر شویم، بویژه برای آنهایی که دارای نسخه ی جهش یافته ی ژن TP53 هستند.
افراد دارای این نسخه ی جهش یافته با سندرم Li-Fraumeni تشخیص داده می شوند و ریسک بالاتری برای بروز بعضی سرطان های خاص (سرطان پستان و لوکمیا) را دارا هستند.
جای تعجب نیست که فیل ها نماد خوش شانسی لقب گرفته اند.
🖥آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics
📢 خبر فوری
🔹اختصاصی از کانال پارس سیلیکو🔹
🔔امروز به تاریخ 11 آبان، 1 نوامبر 2016 ناشر مجلات نیچر 58 مقاله دانشمندان ایرانی را بخاطر جعل علمی و دستکاری توسط نویسندگان تعلیق کرد.
@practicalbioinformatics
💡ناشر مجلات نیچر 58 مقاله دانشمندان ایرانی را بخاطر دستکاری توسط نویسندگان تعلیق کرد.
گزینش این مقالات در ادامه ی موارد کشف شده ی مشابه در سال 2015 می باشد.
به گزارش سرویس خبری آزمایشگاه پارس سیلیکو ، قسمتی از این 58 مقاله که توسط 282 پژوهشگر ایرانی نوشته شده اند، امروز توسط یک ناشر علمی پیشرو جمع آوری شدند. گفته می شود نشانه هایی یافت شده اند دال بر اینکه در روندهای ارزیابی علمی و انتشار آنها تبانی صورت گرفته است.
موسسه ی BioMed Central (BMC تعداد 28 مقاله را جمع آوری کرده و 40 مورد دیگر را نیز مورد بررسی قرار داده است. در همین حال موسسه ی Springer نیز 30 مقاله را تعلیق و 9 مورد دیگر را نیز مورد بررسی قرار داده است. هر دوی این سازمانها تحت مدیریت Springer Nature هستند که ناشر مجلات Nature است.
@practicalbioinformatics
این اقدامات در پی یک تحقیق و توسط یک افشاگر انجام شده که به شواهدی دال بر سرقت ادبی، دستکاری در نام نویسندگان و نیز دستکاری درفرایند ارزیابی علمی دست یافته است که به هدف فریب سیستم ارزیابی علمی و انتشار و اختصاص غیرقانونی نویسندگی مقاله صورت گرفته است.
تمام مقالاتی که توسط Springer جمع آوری شده اند، دارای دستکاری هایی در نام نویسندگان و در فرایند داوری و ارزیابی علمی بودند و 70 درصد آنها نیز نشانی از سرقت ادبی و علمی را در خود داشتند. در مورد مقالات BMC نیز تمام موارد دارای دستکاری در نویسندگی بودند، 57 درصد آنها دارای شواهدی در مورد دستکاری در فرایند داوری و ارزیابی علمی و 93 درصد نیز دارای سرقت ادبی و علمی بودند.
https://goo.gl/sHC9Cn
سال پیش نیز Springer 64 مقاله را بعلت نگرانی هایی در مورد "ارزیابی علمی تقلبی" جمع آوری کرد که در آنها گزارشهای داوری و ارزیابی علمی از طریق ایمیل های جعلی منتسب به نام دانشمندان واقعی ثبت شده بودند. در همان سال موسسه ی BMC نیز 43 مورد دیگر را به دلایل مشابهی تعلیق و لغو کرد. چندین ناشر عمده ی دیگر نیز کشفیات مشایهی از ارزیابی های علمی جعلی را گزارش کرده بودند.
این دو سازمان می گویند که آنها در پی این رخدادها به مبارزه با ارزیابی علمی جعلی اقدام کرده اند و موسسه ی BMC در همین راستا به فرایند پیشنهاد دادن داوران و ارزیابی کنندگان مقاله توسط خود نویسندگان به طور مستقیم پایان داده است. حالا این پیشنهادات عموما از طریق یک نامه ی ضمیمه ارایه می شود که در آن سندیت و اعتبار داور و ارزیابی کننده محرز شده باشد. همچنین این موسسه شرایط سختگیرانه تری را برای تغییر نام نویسنده در طول فرایند انتشار وضع کرده است.
@practicalbioinformatics
نویسندگان این مقالات از این موضوع آگاه شده اند و بعضی نیز پاسخهایی داده اند. جمع آوری و تعلیق ها در سه نشریه ی اسپرینگر رخ داده است، یکی در Comparative Clinical Pathology، چهار تا در Journal of Parasitic Diseases و 25 مورد نیز در Tumour Biology
در موسسه ی BMC نیز 4 نشریه درگیر هستند.
23 مقاله در Diagnostic Pathology،
و دو تا در Cancer Cell International و Journal of Ovarian Research
و یکی در World Journal of Surgical Oncology
آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ
🔹اختصاصی از کانال پارس سیلیکو🔹
🔔امروز به تاریخ 11 آبان، 1 نوامبر 2016 ناشر مجلات نیچر 58 مقاله دانشمندان ایرانی را بخاطر جعل علمی و دستکاری توسط نویسندگان تعلیق کرد.
@practicalbioinformatics
💡ناشر مجلات نیچر 58 مقاله دانشمندان ایرانی را بخاطر دستکاری توسط نویسندگان تعلیق کرد.
گزینش این مقالات در ادامه ی موارد کشف شده ی مشابه در سال 2015 می باشد.
به گزارش سرویس خبری آزمایشگاه پارس سیلیکو ، قسمتی از این 58 مقاله که توسط 282 پژوهشگر ایرانی نوشته شده اند، امروز توسط یک ناشر علمی پیشرو جمع آوری شدند. گفته می شود نشانه هایی یافت شده اند دال بر اینکه در روندهای ارزیابی علمی و انتشار آنها تبانی صورت گرفته است.
موسسه ی BioMed Central (BMC تعداد 28 مقاله را جمع آوری کرده و 40 مورد دیگر را نیز مورد بررسی قرار داده است. در همین حال موسسه ی Springer نیز 30 مقاله را تعلیق و 9 مورد دیگر را نیز مورد بررسی قرار داده است. هر دوی این سازمانها تحت مدیریت Springer Nature هستند که ناشر مجلات Nature است.
@practicalbioinformatics
این اقدامات در پی یک تحقیق و توسط یک افشاگر انجام شده که به شواهدی دال بر سرقت ادبی، دستکاری در نام نویسندگان و نیز دستکاری درفرایند ارزیابی علمی دست یافته است که به هدف فریب سیستم ارزیابی علمی و انتشار و اختصاص غیرقانونی نویسندگی مقاله صورت گرفته است.
تمام مقالاتی که توسط Springer جمع آوری شده اند، دارای دستکاری هایی در نام نویسندگان و در فرایند داوری و ارزیابی علمی بودند و 70 درصد آنها نیز نشانی از سرقت ادبی و علمی را در خود داشتند. در مورد مقالات BMC نیز تمام موارد دارای دستکاری در نویسندگی بودند، 57 درصد آنها دارای شواهدی در مورد دستکاری در فرایند داوری و ارزیابی علمی و 93 درصد نیز دارای سرقت ادبی و علمی بودند.
https://goo.gl/sHC9Cn
سال پیش نیز Springer 64 مقاله را بعلت نگرانی هایی در مورد "ارزیابی علمی تقلبی" جمع آوری کرد که در آنها گزارشهای داوری و ارزیابی علمی از طریق ایمیل های جعلی منتسب به نام دانشمندان واقعی ثبت شده بودند. در همان سال موسسه ی BMC نیز 43 مورد دیگر را به دلایل مشابهی تعلیق و لغو کرد. چندین ناشر عمده ی دیگر نیز کشفیات مشایهی از ارزیابی های علمی جعلی را گزارش کرده بودند.
این دو سازمان می گویند که آنها در پی این رخدادها به مبارزه با ارزیابی علمی جعلی اقدام کرده اند و موسسه ی BMC در همین راستا به فرایند پیشنهاد دادن داوران و ارزیابی کنندگان مقاله توسط خود نویسندگان به طور مستقیم پایان داده است. حالا این پیشنهادات عموما از طریق یک نامه ی ضمیمه ارایه می شود که در آن سندیت و اعتبار داور و ارزیابی کننده محرز شده باشد. همچنین این موسسه شرایط سختگیرانه تری را برای تغییر نام نویسنده در طول فرایند انتشار وضع کرده است.
@practicalbioinformatics
نویسندگان این مقالات از این موضوع آگاه شده اند و بعضی نیز پاسخهایی داده اند. جمع آوری و تعلیق ها در سه نشریه ی اسپرینگر رخ داده است، یکی در Comparative Clinical Pathology، چهار تا در Journal of Parasitic Diseases و 25 مورد نیز در Tumour Biology
در موسسه ی BMC نیز 4 نشریه درگیر هستند.
23 مقاله در Diagnostic Pathology،
و دو تا در Cancer Cell International و Journal of Ovarian Research
و یکی در World Journal of Surgical Oncology
آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ