📢موقعیت پسا دکتری ،در زمینه لوسمی ‌میلوئید حاد

🔔تقاضا کننده : دانشگاه مینسوتا، امریکا

💫واجدین شرایط: متقاضیان باید دارای سابقه در زمینه های زیست شناسی سرطان ، ایمونولوژی و تخصص و تجربه کار با فلوسایتمتری و مدل های حیوانی و... داشته باشند


Post-doc position available – acute myelogenous leukemia
https://goo.gl/QwTXsn

🔹Employer – University of Minnesota
🔹Website – http://twin-cities.umn.edu/
🔸Location – Minneapolis, MN, United States
🔸Expires – January 13, 2017
🔸Job type – PostdoctoralSalary – $45,000 – $55,000
🔸Qualifications – Postgraduate – Doctorate/PhD
🔸Employment type – Permanent
🔸Job hours – Full-time
@practicalbioinformatics
💫A post-doctoral associate is sought to lead a basic and translational project in acute myelogenous leukemia (AML). Our goal is to identify the molecular pathways required for self-renewal in a murine model of AML and in primary human AML samples. Our lab focuses on unraveling the signaling and gene expression behavior at the single-cell level using whole trannoscriptome single-cell RNA sequencing and high dimensional mass cytometry in murine models and primary human samples. This position is ideal for a motivated scientist with training in the field of cancer biology or immunology, experience with flow cytometry and animal models, and an interest in using large-scale datasets to address biological questions. Please include specific information regarding your interest in this position in the text of your reply email.
APPLY👇👇
http://www.nature.com/naturejobs/science/jobs/597991-post-doctoral-associate

👁 آزمایشگاه پارس سیلیکو
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

🎦 گزارش زنده از سمینار کاربرد NGS در تشخیص پیش از لانه گزینی (PGS )
🎙نکات عمده ای که در سخنرانی خانم سهیلا انصاری پور مطرح شد:
📝آیا تکنیک های فریز هم به موازات ان جی اس بهبود پیداکرده؟
📝فریز یک روش تشخیصی درمانی است که برای اندومتریوز توصیه میشود.
📝برای توصیه ان جی اس باید بفهمیم اصلا تا بحال جنینی که تا مرحله ی بلاستوسیست پیش رفته داشته یا نه؟
📝بحث سر موافقان و مخالفان تجویز پی جی اس به طور گسترده ای ادامه دار بوده است.
📝 اکثرا گفته می شد برای اندیکاسیون AMA توصیه پی جی اس فایده ندارد
گرچه مقالاتی هم هست که مفید بودن پی جی اس رو نتیجه می گرفت.
@practicalbioinformatics
📝از سال 2013 به بعد با گسترش تکنیک ان جی اس این اکثریت دارد کاهش پیدا می کند و کلیت پی جی اس تحت تاثیر این تکنیک دارد قرار می گیرد.
📝در مقالات جدید پریگنانسی ریت 84 درصد هم گزارش شده
البته 84 درصد از جنین هایی که یوپلویید تشخیص داده میشه و منتقل میشه نه 84 درصد بیماران یا کل تخمک ها!
📝نتیجه نهایی این که PGS یا تکیه بر NGS می تواند برای کسانی بیشتر مفید باشد که پروگنوز خوبی دارند و برای افراد پور پروگنوز کمتر مفید است.
📝تمام این موارد کاملا متکی است به محیط کشت مناسب و افراد آموزش دیده و شرایط فنی مناسب
📝ضمنا این روش می تواند کاهش هزینه و زمان را در پی داشته باشد
⏳ آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

شروع سمینار دکتر صادقی
جنین شناس

📝هدف از جنین شناسی در IVF یافتن بهترین جنین جهت انتقال به رحم است.
اما هدف امروزی افزایش نرخ بارداری تنها نیست بلکه بهترین دوره بارداری و سلامت آینده جنین نیز مطرح شده است.
📝درین راه باید بایومارکرهایی برای بهترین تشخیص یافت شوند.
📝سابق بر این تکیه بر مورفولوژی بعنوان یک مارکر مطرح بوده است، اما ان جی اس ابزار بسیار جدیدتری است در بحث بیومارکر ژنتیکی.
📝بررسی متابولیسم جنین هم می تواند بیومارکر جدیدی باشد.
📝پروتءوم جنین نیز در آینده بسیار مطرح شود.
📝بیومارکرهای کیفیت اسپرم و تخمک هم قبل از لقاح بسیار مهم هستند.
📝در مورد تخمک به علت محدودیت در تعداد، روش های غیر مستقیم مطرح هستند.
📝سیستم های تایم لپس جنین را در خارج از رحم بصورت مداوم چک می کنند تا مورفولوژی بصورت کاراتری بررسی شود.
📝بررسی های ژنتیکی invasive محسوب می شود و نیازمند بیوپسی است.
📝روش بررسی میکروفلویدیک روش جدید دیگریست که غیر تهاجمی است.
📝تمام این روشها در کنار هم مفید هستند.
📝از مزایای بیوپسی از بلاستوسیست اینست که چون تنها 50 درصد جنین ها به این مرحله می رسند، اگر در مرحله قبل بیوپسی انجام شود، شاید آن جنین اصلا به مرحله ی بعد نرسد. بنابراین این انتظار بی فایده نیست.
آزمایشگاه پارس سیلیکو
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

🔔سامانه اطلاع رسانی تخصصی همایش، کنفرانس و کارگاه

⬅️ علوم زیستی، پزشکی و داروسازی

🏆مجهز به سامانه ارسال ایمیل📩 و پیامک 📞

📝عضویت در سامانه از طریق تکمیل فرم زیر👇
🌐http://goo.gl/leBmuB

🖥 دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی با همکاری پارس سیلیکو
🔔کارگاه طراحی دارو
⏳25 و 26 آذر
📉20%تخفیف دانشجویان
📉10%تخفیف ثبت نام قبل از 16 آذر
🔹اطلاعات بیشتر
DrugDesign.ir
@practicalbioinformatics

📚 کتاب هفته:
📙 Clinical Bioinformatics
✒️ Author: Ronald Trent
⏳ Year: 2014
💾 Size: 6 MB
✨ #Bioinformatics #Book
🌐 www.ParsSilico.com
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

📙 Clinical Bioinformatics
✒️ Author: Ronald Trent
⏳ Year: 2014
💾 Size: 6 MB
✨ #Bioinformatics #Book
🌐 www.ParsSilico.com
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

https://goo.gl/mhtHN8
🔔معرفی نرم افزار PathVisio

📝ابزار PathVisio یک نرم افزار منبع باز رایگان،برای رسم، ویرایش و تجزیه و تحلیل مسیرهای بیولوژیک می باشد. شما می توانید داده های آزمایشگاهی خودتان را در مسیر بیولوژی مصور سازی کنید و مسیر مربوطه، که در دیتا های شما بیش از حد نشان داده شده، را پیدا کنید.

📝نسخه 3.2.4 این نرم افزار به تازگی منتشر شده است.

📝همراهان پارس سیلیکو می توانند نسخه جدید این نرم افزار را از کانال دریافت نمایید.

▫️لینک مربوط به خودآموزهای نرم افزار
https://goo.gl/C2LhTW

👁 آزمایشگاه پارس سیلیکو
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

🖥 PathVisio
✒️ pathway analysis and drawing software
⏳ 3.2.4
💾 Size: 17 MB
✨ #biological_pathways #tools
🌐 www.ParsSilico.com
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

💫یه روز معمولی، آزمایشگاه پارس سیلیکو 😉😄

آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

📚 کتاب برگزیده
🔔کتاب پیشنهادی پارس سیلیکو، کتاب بسیار زیبای The Emperor of All Maladies (سرطان، امپراطور همه بیماری ها) می باشد. این کتاب ارزشمند، برنده جایزه پولیتزر، اثر نویسنده توانمند آمریکایی هندی تبار Siddhartha Mukherjee می باشد سیدهارتا موکرجی یک سرطان شناس می باشد. این کتاب که تاریخچه ای از سرطان و جنبه های مختلف آن را به زیبایی به خواننده ارایه میدهد، تا به اکنون به ده ها زبان ترجمه شده است . در ایران هم این کتاب توسط اقای دکتر حمید‌رضا عارف ترجمه و توسط خانه زیست شناسی به چاپ رسیده است.

❤️ آزمایشگاه پارس سیلیکو خرید نسخه فارسی و مطالعه این کتاب را به اعضای کانال پیشنهاد می کند.

👈در ادامه قسمتی از مصاحبه مترجم این کتاب و فایل زبان اصلی کتاب به فرمت های PDF و EPUB را خدمت شما عزیزان تقدیم می کنم.
@practicalbioinformatics
🔸🔸«سرطان امپراتور ‌بیماری‌ها» یک شاهنامه علمی است/ کتابی که عمر سرطان را بیش از 2500 سال می‌داند🔸🔸

▪️آقای دکتر عارف،‌ ترجمه کتاب سرطان امپراتور بیماری‌ها به پایان رسید و از سوی انتشارات خانه زیست‌شناسی منتشر شد. درباره کتاب و نویسنده آن توضیح دهید.
https://goo.gl/26cL6Z
📝دکتر سیدهارتا موکرجی بعد از مهاجرت به آمریکا در رشته زیست‌شناسی از دانشگاه استنفورد مدرک لیسانس می‌گیرد و سپس برای تحصیل در دانشگاه آکسفورد در آزمون ورودی رشته پزشکی شرکت می‌کند و موفق به کسب پذیرش از دانشگاه هاروارد مدیکال اسکول شد. نویسنده در این دانشگاه موفق به سپری کردن تخصص‌های سرطان‌شناسی می‌‌شود و بعد از دوره رزیدنتی به مقام استاد‌یاری دانشگاه کلمبیای نیویورک می‌رسد.
تألیف کتاب «سرطان امپراتور بیماری‌ها» نزدیک به 6 سال به‌طول می‌‌انجامد. کتاب با بهره‌گیری از چهار هزار و 500 منبع پزشکی مانند کتاب‌هایی از دو هزار و 500 سال پیش از میلاد مسیح، سرشار از اطلاعاتی بسیار غنی است. بنابراین «سرطان امپراتور بیماری‌ها» با توجه به ارائه مطالبی مانند تاریخچه ورود بحث سرطان در کتاب‌های پزشکی، یک نوع بیوگرافی سرطان محسوب می‌شود. نویسنده کتاب مدعی است که خیلی قبل‌تر از دو هزار و 500 سال پیش از میلاد مسیح (ع)، بیماری سرطان وجود داشته است. بنابراین براساس منابع کهن معتقد است سرطان یک بیماری جدید نیست.

▪️موکرجی برای ادعایش به چه نمونه‌هایی اشاره دارد؟
@practicalbioinformatics
📝در کتاب اشاره شده که در اجساد مومیایی مصر نشانه‌هایی از ابتلا به سرطان وجود دارد. نویسنده در «سرطان امپراتور بیماری‌‌‌ها» کشف نخستین‌ بیماری‌ را «کنسر سینه» آتوسا، دختر کوروش هخامنشی، پادشاه ایرانی اعلام می‌کند. شکل‌گیری سرطان در طول تاریخ یکی دیگر از مباحث این اثر است.

▪️دکتر سیدهارتا موکرجی منابع تحقیقاتی خود را از کجا به‌دست آورده است؟

📝بزرگترین اسناد پزشکی دنیا اعم از نسخه‌های الکترونیکی و کاغذی در کتابخانه‌‌های دانشگاه‌ هاروارد و«BRITISH LIBRARY» و کتابخانه جامع نیویورک نگهداری می‌‌شود. عمده منابع دکتر موکرجی از این مراکز تأمین شده است. در سخنرانی‌هایی که خودم در آن‌ها حضور داشتم، مؤلف به سفر‌هایی برای تأمین منابع مختلف اشاره کرده بود.
بسیاری از داستان‌های کتاب به سفر‌های نویسنده برای گفت‌و‌گو با درمان‌ شده‌های سرطان مربوط می‌شود؛ به‌عنوان مثال،‌ نویسنده با نخستین فرد بهبود یافته از بیماری سرطان خون در ایالت Maine آمریکا گفت‌و‌گو کرده است.
@practicalbioinformatics
▪️ علاوه بر تاریخچه سرطان، نویسنده به چه موضوعات دیگری پرداخته است؟

📝این کتاب، ضمن معرفی افراد دخیل در جمع‌آوری کمک‌های مردمی، به جامعه مخاطب آموزش می‌دهد که چگونه برای درمان سرطان پول جمع‌ کنند. خیرین در آمریکا، با جمع‌آوری پول‌های کلان توانستند موقعیتی را فراهم کنند تا موضوع سرطان به مجلس سنای آمریکا برسد و پول‌های دولتی به آن‌ها تزریق شود. سازمان‌های بزرگی مانند «NIH» شکل گرفت. نیکسون در کشور آمریکا طرحی را برنامه‌ریزی کرد تا براساس آن سرطان در کشورش درمان شود.
تلاش شرکت‌های تولیدکننده سیگار در آمریکا موجب شد تا در برهه‌ای تحقیقات سرطان متوقف شود. نویسنده در قالب یک فصل همه این ماجرا‌ها را به زیبایی تشریح کرده تا مخاطب متوجه شود که کشور‌های سرمایه‌دار یا شرکت‌های بزرگ دارو‌سازی چطور می‌توانند از منابع مالی استفاده کنند که حتی بر سر راه تحقیقات پزشکی مانع ایجاد کنند؛ فقط برای کسب منافع مالی بیشتر.
سیدهارتا موکرجی نشان می‌دهد که شرکت‌‌های بزرگ تولیدکننده سیگار به مدت 20 سال به هیچ عنوان اجازه پیشرفتی را در پژوهش‌های درمانی در حوزه سرطان نمی‌دانند. شکایت همسر مبتلا به سرطان از شرکت‌های تولیدکننده سیگار موجب شد تا دادگاه فدرال، حکم پرداخت 400 میلیون دلار غرامت را صادر کند.
...
🖥 آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

📙 The Emperor of All Maladies: A Biography of Cancer
✒️ Author: Siddhartha Mukherjee
⏳ Year: 2010
💫Extension: pdf
💾 Size: 4 MB
✨ #cancer #Book
🌐 www.ParsSilico.com
@practicalbioinformatics

📙 The Emperor of All Maladies: A Biography of Cancer
✒️ Author: Siddhartha Mukherjee
⏳ Year: 2010
💫Extension: epub
💾 Size: 4 MB
✨ #cancer #Book
🌐 www.ParsSilico.com
@practicalbioinformatics

🔔 گوگل متخصص زیست شناسی محاسباتی و بیوانفورماتیک استخدام می کند.

👤 شرکت Verily Life Sciences از زیرمجموعه های گوگل، در زمینه های استفاده از تکنولوژی در مراقبت های بهداشتی، سلامت فعالیت دارد. به تازگی این شرکت اگهی برای استخدام افرادی متخصص در زمینه های زیست شناسی محاسباتی و بیوانفورماتیک ارایه کرده است.

🔸حداقل شرایط برای تکمیل فرم درخواست:

▫️داشتن مدرک فوق لیسانس در زمینه های ( زیست شناسی محاسباتی، بیوانفورماتیک، کامپیوتر، ریاضی، امار و..) و یا داشتن تجربه کاری در این زمینه ها
▫️تجربه در برنامه نویسی پایتون و یا R و اسکریپت نویسی
https://goo.gl/IUlAL4
🔸متقاضیانی که شرایط زیر را نیز داشته باشند در اولویت قرار می گیرند:

▫️تجربه در زبان های دیتابیس مانند SQL
▫️تجربه در زمینه زیست شناسی سلولی و مولکولی
▫️آشنا به مباحث یادگیری ماشین، آمار و ریاضی

📝اطلاعات بیشتر:
https://www.google.com/about/careers/search?src=Online/Job+Board/indeed#!t=jo&jid=228815001&


▫️ آزمایشگاه پارس سیلیکو
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

🖥 دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی با همکاری پارس سیلیکو
🔔کارگاه طراحی دارو
⏳25 و 26 آذر
📉20%تخفیف دانشجویان
📉10%تخفیف ثبت نام قبل از 16 آذر
🔹اطلاعات بیشتر
DrugDesign.ir
@practicalbioinformatics

https://goo.gl/zRwP5c
🔔در همایش 2016 AGBT Precision Health Meeting چه گذشت؟
✍گزارشی از همایش Advances in Genome Biology and Technology 2016
🔹مناظره ی بزرگ با عنوان : "پانل ها، اگزوم سکوئنسینگ یا ژنوم سکوئنسینگ ؟ ( کدام یک بهتر هستند؟)" ( بخش اول )
👥شرکت کنندگان:
👤 ریچارد گیبس- کالج پزشکی بایلور
👤 هیدی رهم- دانشگاه پزشکی هاروارد
👤 استیون کینگزمور- بیمارستان کودکان رادی
💥در ابتدا هیدی رهم صحبت می کند.
▫️هیچکدام از تست ها کامل نیستند. انتخاب نوع تست تحت تاثیر موارد مختلفی هستند از قبیل فنوتیپ، ژن مورد مطالعه و حتی حق بیمه... . کار کردن روی بعضی ژنها (مانند ژنهای ناشنوایی) واقعا مشکل است. در این موارد پانل ها بهترهستند. 30 درصد از موارد ناشنوایی CNV (کپی نامبر واریانت) ها هستند که تشخیص آنها از طریق اگزوم سکوئنسینگ بسیار مشکل است. اگر تشخیص واقعا دشوار است، و اگر پانلی که ما را به نشانه های بیماری برساند، وجود نداشته باشد، از ژنوم سکوئنسینگ استفاده کنید.
ما قبلا با آزمایشگاه هایی کار می کردیم که روی تک ژنها تمرکز کرده بودند، اما اکنون دامنه ی کار آزمایشگاه های ما گسترش یافته اند . در این محیط مدیریت دانش بسیار سخت شده است. گاهی ژنوم سکوئنسینگ چیزهایی را از قلم می اندازد که پانل ها آنها را کشف می کنند و برعکس. این امری است که به زمینه ی آزمایش بستگی دارد. اگر شما باید پوشش هزینه های بیمه ای را لحاظ کنید، باید بدانید که شرکت های بیمه ای به این یافته های تکمیلی علاقه ای ندارند!
پیچیدگی های دیگری نیز وجود دارند: SVs، CNVs و موارد دیگر، این تست ها بسیار گران هستند و هنوز پزشکان آزمایشگاه های ارزان را ترجیح می دهند.
@practicalbioinformatics
▫️ریچارد گیبس نفر بعدیست.
دو دیدگاه وجود دارد:
1) تمام ژنوم (whole genomes ) بهتر است.
2) نه، بعضی نکات ظریف وجود دارند، این مسئله به نوع کار بستگی دارد.
بیشتر ما اگر تحت فشار قرار بگیریم، احتمالا با نظر دوم موافق می شویم.
کیفیت ژنوم سکوئنسینگها، اگزوم سکوئنسینگ ها و پانل ها هنوز یک فاکتور مهم در این قضاوت هاست. البته که ژنوم سکوئنسینگ ها بعضی چیزها را از قلم می اندازند.
اگزوم سکوئنسینگ ها در حال بهتر شدن هستند. ما در حال رسیدن به حدود 84 درصد پوشش تمام بازها در تمام ژنها در ناحیه ی کدینگ ژنوم هستیم. همه ژنها را داریم و تنها تعداد کمی از بازها از قلم می افتند.
پوشش CNV در اگزوم سکوئنسینگ ها ضعیف است اما در ژنوم ها و پانل ها خوب است.
هزینه به صورت خطی بین پانل، اگزوم سکوئنسینگ ها و ژنوم سکوئنسینگ ها افزایش می یابد، همانطور که میزان اطلاعات دریافتی نیز افزایش می یابد. اما اگر می خواهید کار بیشتری روی یک ژنوم انجام دهید باید بیشتر هزینه کنید.
اگر دارای حق انتخاب بین هر سه مورد هستید، باز هم مورد بالا را لحاظ کنید.
فروشندگان در حال فروش تجهیزاتی هستند که قیمت ها را برای اگزوم سکوئنسینگ طوری تغییر داده اند که اگر بخواهند می تواند به ارزانی پانل ها باشد.
▫️ استیون کینگزمور:
ژنوم سکوئنسینگ آزمایش نهایی است و به طرز اعجاب آوری حاوی اطلاعات زیادی است. همه به یک ژنوم سکوئنسینگ نیاز دارند.
🔸ژنوم سکوئنسینگ اگزوم های یک ژن را از قلم نمی اندازد
🔸شما تمام واریانت های اینترونی را از دست نمی دهید
🔸شما می توانید به تمام readها نگاهی بیندازید تا ببینید چه قسمتی از ژن مورد مطالعه ی تان از قلم افتاده است. در حالیکه نمی توانید چنین دیدگاهی را در اگزوم سکوئنسینگ ها یا پانل ها بدست بیاورید.
مشکل اینجاست که آنها گران هستند. دست کم چهار برابر یک اگزوم سکوئنسینگ ( و چهار برابر یک پانل). پرداخت کنندگان اینقدرها به ما پول نمی دهند.
در موارد خاص مانند سرطان که نیاز به جستجوی عمیق است، 30X برای جهش های سوماتیک کافی نیست. اینجا اگزوم سکوئنسینگ ها برنده اند.
🔸روش بزرگ بعدی ژنوم های هیبرید هستند: تطابق "توالی یابی با readهای بلند با توالی یابی با readهای کوتاه". منبع غنی از indels/SVs. بسیار هیجان اگیز!
🔹رده بندی 👇
پانل < < اگزوم سکوئنسینگ « ژنوم « ژنوم هیبرید/غنی
@practicalbioinformatics

👁مدیر جلسه: چرا هیبریدها گزینه خوبی هستند؟ ما همین الان هم می توانیم SVs را ببینیم، انتظار داریم چه چیزی دیگری را ببینیم؟

▫️ ریچارد گیبس: ما در آستانه ی بدست آوردن تمام اطلاعات غنی که می خواهیم از ژنوم هستیم. اگر محدودیت هزینه نباشد، می توانیم این کار را با حدود چهل هزار دلار برای هر ژنوم انجام دهیم. بله ما دوست داریم انسان به مریخ بفرستیم، ولی ایا از نظر هزینه به صرفه است؟ قیمت و هزینه مسئله بسیار اساسی است.
▫️ استیون کینگزمور: همه افراد بودجه مشابهی را برای مجموعه ای از تست ها هزینه می کنند، اما ژنوم همه یاطلاعات ان تست ها را به نوعی به ما می دهد.
▫️ ریچارد گیبس: ولی ما هنوز هم اطلاعات زیادی را بخاطر تکنولوژی از دست می دهیم . شما همچنان مناطق گسترده و با اهمیتی از ژنوم را از دست خواهید داد.
ما بسیار فراتر از جایی هستیم که پزشکان هستند، اما در نهایت این ما هستیم که در حال دست و پنجه نرم کردن با مفاهیم غیر قابل تفسیر در ژنوم هستیم . سئوال اصلی: ما اگر بخواهیم این حرفها را به زبان بالینی ترجمه کنیم، چگونه می توانیم آنها را در مورد فواید هر کدام از این تست ها متقاعد کنیم؟
@practicalbioinformatics
▫️ هیدی رهم: استراتژی برای جواب دهی و گزارش نویسی بین پانل، اگزوم و ژنوم متفاوت است. پانل ها مستلزم بررسی تمام واریانت های ژن ها هستند. حتی اگر شما VUS داشته باشید، می توانید آن را پیگیری کنید. در اگزوم و ژنوم نمی توانید همه ی واریانت ها را تفسیر کنید، پس فیلتر می کنید. گاهی این فیلتر کردن ها کار درستی نیست. بنابراین ما چیزهایی را از قلم می اندازیم نه بخاطر اینکه از نظر فنی جا مانده اند، بلکه به این خاطر که متخصصان بالینی و متخصصان بیوانفورماتیک کارشان را درست انجام نداده اند.
اولین دادخواهی حقوقی در رابطه با سوء تفسیر واریانت اینگونه اتفاق افتاد: آزمایشگاه واریانت را گزارش کرد، و درخواست کرد که آزمایشات بر روی والدین برای اثبات پاتوژنیک بودن انجام شود. پزشک این موارد را به خانواده انتقال نداد و آن خانواده این مسئله را سالها بعد فهمیدند. پزشکان نیز باید در این موارد توجیه شوند.
▫️استیون کینگزمور: باید به هیدی رهم پاسخ دهم. پانل ها به تشخیص اضافی (overdiagnose) گرایش دارند. شما 10 ژن دارید و می خواهید یک تشخیص انجام دهید. شما به فراخوان (call) یک چیزی گرایش پیدا می کنید. (Under diagnosis) سر دیگر ماجراست، زیرا شما بررسی دیگر ژنها را از دست می دهید. پانل ها ارزان هستند و به همین خاطر ما آنها را انجام می دهیم، اما در نهایت ژنوم ها جای انها را خواهند گرفت.
▫️ریچارد گیبس: آیا واقعا پانل ها تشخیص اضافی (over diagnosed ) انجام می دهند؟ این یک مشکل مستمر و مزمن است.
▫️هیدی رهم: به بسیاری از تشخیص های اضافی در ژنوم ها و اگزوم ها نگاهی بیندازید. این مسئله مختص پانل ها نیست.
🔔ادامه دارد....

آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

.
✍پاکت های مخفی چگونه شکل می گیرند؟

▪️How do cryptic pockets form?

🖥 آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🔔پاکت های مخفی (cryptic pockets) چگونه شکل می گیرند؟
در ابتدای امسال کارهای کریستالوگرافی شرکت Astex نشان داد که وجود جایگاه های اتصال ثانویه لیگاند برروی پروتئین ها امری رایج است. در هر آنزیم علاوه بر جایگاه فعال، ممکن است چندین پاکت دیگر داشته باشد که قابلیت اتصال مولکول های کوچک را داشته باشد. تعدادی از این جایگاه های ثانویه حتی در غیاب یک لیگاند هم وجود دارند. اما در عین حال پاکت های اتصال "مخفی" ای یافت شده اند که تنها هنگامی پدیدار می شوند که یک لیگاند متصل شده باشد. این پاکت ها موضوع مقاله ای هستند که در نشریه ی J. Am. Chem. Soc. و توسط فرانچسکو گراوتسیو و همکارانش در دانشگاه کالج لندن و UCB Pharma منتشر شده است.
پاکت های مخفی جذاب هستند زیرا می توانند به یک تارگت unligandable و بی مصرف، ارزشی دوباره ببخشند. یک سطح صاف بی خاصیت در یک میانکنش پروتئین-پروتئین ممکن است ترک خورده و دهان باز کند تا شکافی با قابلیت اتصال مولکول های کوچک، نمایان گردد. کشف این پاکت ها به صورت محاسباتی بسیار سخت است. در این مقاله، پژوهشگران شبیه سازی دینامیک مولکولی را روی سه پروتئین مختلف دارای پاکت های استتاری شناخته شده انجام دادند و این پاکت ها عموما در طول صدها نانوثانیه بسته باقی ماندند. افزایش دما کمکی نکرد. حتی وقتی شبیه سازی ها با ساختارهای مجموعه ی پروتئین-مولکولهای کوچک شروع شد (با مولکولهای کوچک حذف شده)، این پاکت ها بسرعت و با شدت بسته می شدند. محاسبات بیشتر نشان داد که شکل های باز این پروتئین ها از نظر ترمودینامیکی ناپایدار هستند.
@practicalbioinformatics
نکته ی مثبت در مورد رویکردهای محاسباتی این است که شما می توانید قوانین فیزیک را تغییر دهید. در این مورد خاص، پژوهشگران مولکول های آب شبیه سازی شده را طوری تغییر دادند که قدرت جذب بیشتری به اتمهای کربن و سولفور پروتئین ها داشته باشند. آنها نام این رویکرد را SWISH گذاشتند که مخفف Sampling Water Interfaces through Scaled Hamiltonians است. این تغییر باعث شد تا جایگاه های مخفی در طی شبیه سازی دینامیک مولکولی حتی در غیاب لیگاند، باز شوند.
سپس، پژوهشگران قطعات بسیار کوچکی (مانند benzene) را اضافه کردند و پی بردند که این عمل باعث می شود تا پاکت های مخفی بازتر شوند. آنها حدس زدند که این رخداد بیانگر نحوه ی باز شدن پاکت های مخفی در دنیای واقعی هستند: یک لیگاند می تواند راهش را با پیچ و تاب دادن یک پاکت موقت باز کند، آن را پایدار کند و فضای بیشتری را در اختیار یک لیگاند دیگر یا قسمت دیگری از همان لیگاند قرار دهد تا بچسبد.
@practicalbioinformatics
البته که ، اگر در محیط مجازی چیزی مشاهده شود، دلیل نمی شود در محیط واقعی هم رخ دهد، باید راهی برای جلوگیری از مشاهده نتایج مثبت های کاذب احتمالی یافت. در ابتدا پژوهشگران با استفاده از آب تقویت شده، پاکت های مخفی را یافتند و در ادامه شبیه سازی را با پارامترهای استاندارد دوباره انجام دادند تا بفهمند که کدام یک از پاکت ها باقی خواهد ماند. آنها پی بردند که کاستن از چگالی قطعاتی که در یک شبیه سازی دینامیک مولکولی عادی می چسبند، نسبت به چگالی قطعاتی که در یک شبیه سازی SWISH به کار می روند، باعث می شود که پاکت های مینور و نامربوط در هر سه آزمایش پروتئین ناپدید شوند و تنها پاکت های شناخته شده باقی بمانند. انجام این آزمایش کاهشی روی پروتئین یوبی کویتین باعث ناپدید شدن دو پاکت سطحی ضعیف شد که با فرضیه عدم وجود پاکت های مخفی در این پروتئین مطابقت داشت .
تکنیک SWISH یک رویکرد جالب است. باید منتظر بمانیم تا ارزیابی و مقایسه آن با دیگر برنامه ها مانند Fragment Hotspots و FTMap انجام شود. بکارگیری آینده نگرانه ی SWISH برای تارگت های درمانی که فعلا undruggable هستند هم جالب خواهد بود و به ما نشان خواهد داد که این دیدگاه جدید ارزش بکارگیری در این موارد را دارد یا نه.

🖥 آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

📝 Understanding Cryptic Pocket Formation in Protein Targets by Enhanced Sampling Simulations
✒️ Author: V. Oleinikovas
⏳ Year: 2016
✨ #Cryptic_Protein
🌐 www.ParsSilico.com
@practicalbioinformatics