📚 کتاب هفته:
📙 Clinical Bioinformatics
✒️ Author: Ronald Trent
⏳ Year: 2014
💾 Size: 6 MB
✨ #Bioinformatics #Book
🌐 www.ParsSilico.com
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

📙 Clinical Bioinformatics
✒️ Author: Ronald Trent
⏳ Year: 2014
💾 Size: 6 MB
✨ #Bioinformatics #Book
🌐 www.ParsSilico.com
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

https://goo.gl/mhtHN8
🔔معرفی نرم افزار PathVisio

📝ابزار PathVisio یک نرم افزار منبع باز رایگان،برای رسم، ویرایش و تجزیه و تحلیل مسیرهای بیولوژیک می باشد. شما می توانید داده های آزمایشگاهی خودتان را در مسیر بیولوژی مصور سازی کنید و مسیر مربوطه، که در دیتا های شما بیش از حد نشان داده شده، را پیدا کنید.

📝نسخه 3.2.4 این نرم افزار به تازگی منتشر شده است.

📝همراهان پارس سیلیکو می توانند نسخه جدید این نرم افزار را از کانال دریافت نمایید.

▫️لینک مربوط به خودآموزهای نرم افزار
https://goo.gl/C2LhTW

👁 آزمایشگاه پارس سیلیکو
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

🖥 PathVisio
✒️ pathway analysis and drawing software
⏳ 3.2.4
💾 Size: 17 MB
✨ #biological_pathways #tools
🌐 www.ParsSilico.com
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

💫یه روز معمولی، آزمایشگاه پارس سیلیکو 😉😄

آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

📚 کتاب برگزیده
🔔کتاب پیشنهادی پارس سیلیکو، کتاب بسیار زیبای The Emperor of All Maladies (سرطان، امپراطور همه بیماری ها) می باشد. این کتاب ارزشمند، برنده جایزه پولیتزر، اثر نویسنده توانمند آمریکایی هندی تبار Siddhartha Mukherjee می باشد سیدهارتا موکرجی یک سرطان شناس می باشد. این کتاب که تاریخچه ای از سرطان و جنبه های مختلف آن را به زیبایی به خواننده ارایه میدهد، تا به اکنون به ده ها زبان ترجمه شده است . در ایران هم این کتاب توسط اقای دکتر حمید‌رضا عارف ترجمه و توسط خانه زیست شناسی به چاپ رسیده است.

❤️ آزمایشگاه پارس سیلیکو خرید نسخه فارسی و مطالعه این کتاب را به اعضای کانال پیشنهاد می کند.

👈در ادامه قسمتی از مصاحبه مترجم این کتاب و فایل زبان اصلی کتاب به فرمت های PDF و EPUB را خدمت شما عزیزان تقدیم می کنم.
@practicalbioinformatics
🔸🔸«سرطان امپراتور ‌بیماری‌ها» یک شاهنامه علمی است/ کتابی که عمر سرطان را بیش از 2500 سال می‌داند🔸🔸

▪️آقای دکتر عارف،‌ ترجمه کتاب سرطان امپراتور بیماری‌ها به پایان رسید و از سوی انتشارات خانه زیست‌شناسی منتشر شد. درباره کتاب و نویسنده آن توضیح دهید.
https://goo.gl/26cL6Z
📝دکتر سیدهارتا موکرجی بعد از مهاجرت به آمریکا در رشته زیست‌شناسی از دانشگاه استنفورد مدرک لیسانس می‌گیرد و سپس برای تحصیل در دانشگاه آکسفورد در آزمون ورودی رشته پزشکی شرکت می‌کند و موفق به کسب پذیرش از دانشگاه هاروارد مدیکال اسکول شد. نویسنده در این دانشگاه موفق به سپری کردن تخصص‌های سرطان‌شناسی می‌‌شود و بعد از دوره رزیدنتی به مقام استاد‌یاری دانشگاه کلمبیای نیویورک می‌رسد.
تألیف کتاب «سرطان امپراتور بیماری‌ها» نزدیک به 6 سال به‌طول می‌‌انجامد. کتاب با بهره‌گیری از چهار هزار و 500 منبع پزشکی مانند کتاب‌هایی از دو هزار و 500 سال پیش از میلاد مسیح، سرشار از اطلاعاتی بسیار غنی است. بنابراین «سرطان امپراتور بیماری‌ها» با توجه به ارائه مطالبی مانند تاریخچه ورود بحث سرطان در کتاب‌های پزشکی، یک نوع بیوگرافی سرطان محسوب می‌شود. نویسنده کتاب مدعی است که خیلی قبل‌تر از دو هزار و 500 سال پیش از میلاد مسیح (ع)، بیماری سرطان وجود داشته است. بنابراین براساس منابع کهن معتقد است سرطان یک بیماری جدید نیست.

▪️موکرجی برای ادعایش به چه نمونه‌هایی اشاره دارد؟
@practicalbioinformatics
📝در کتاب اشاره شده که در اجساد مومیایی مصر نشانه‌هایی از ابتلا به سرطان وجود دارد. نویسنده در «سرطان امپراتور بیماری‌‌‌ها» کشف نخستین‌ بیماری‌ را «کنسر سینه» آتوسا، دختر کوروش هخامنشی، پادشاه ایرانی اعلام می‌کند. شکل‌گیری سرطان در طول تاریخ یکی دیگر از مباحث این اثر است.

▪️دکتر سیدهارتا موکرجی منابع تحقیقاتی خود را از کجا به‌دست آورده است؟

📝بزرگترین اسناد پزشکی دنیا اعم از نسخه‌های الکترونیکی و کاغذی در کتابخانه‌‌های دانشگاه‌ هاروارد و«BRITISH LIBRARY» و کتابخانه جامع نیویورک نگهداری می‌‌شود. عمده منابع دکتر موکرجی از این مراکز تأمین شده است. در سخنرانی‌هایی که خودم در آن‌ها حضور داشتم، مؤلف به سفر‌هایی برای تأمین منابع مختلف اشاره کرده بود.
بسیاری از داستان‌های کتاب به سفر‌های نویسنده برای گفت‌و‌گو با درمان‌ شده‌های سرطان مربوط می‌شود؛ به‌عنوان مثال،‌ نویسنده با نخستین فرد بهبود یافته از بیماری سرطان خون در ایالت Maine آمریکا گفت‌و‌گو کرده است.
@practicalbioinformatics
▪️ علاوه بر تاریخچه سرطان، نویسنده به چه موضوعات دیگری پرداخته است؟

📝این کتاب، ضمن معرفی افراد دخیل در جمع‌آوری کمک‌های مردمی، به جامعه مخاطب آموزش می‌دهد که چگونه برای درمان سرطان پول جمع‌ کنند. خیرین در آمریکا، با جمع‌آوری پول‌های کلان توانستند موقعیتی را فراهم کنند تا موضوع سرطان به مجلس سنای آمریکا برسد و پول‌های دولتی به آن‌ها تزریق شود. سازمان‌های بزرگی مانند «NIH» شکل گرفت. نیکسون در کشور آمریکا طرحی را برنامه‌ریزی کرد تا براساس آن سرطان در کشورش درمان شود.
تلاش شرکت‌های تولیدکننده سیگار در آمریکا موجب شد تا در برهه‌ای تحقیقات سرطان متوقف شود. نویسنده در قالب یک فصل همه این ماجرا‌ها را به زیبایی تشریح کرده تا مخاطب متوجه شود که کشور‌های سرمایه‌دار یا شرکت‌های بزرگ دارو‌سازی چطور می‌توانند از منابع مالی استفاده کنند که حتی بر سر راه تحقیقات پزشکی مانع ایجاد کنند؛ فقط برای کسب منافع مالی بیشتر.
سیدهارتا موکرجی نشان می‌دهد که شرکت‌‌های بزرگ تولیدکننده سیگار به مدت 20 سال به هیچ عنوان اجازه پیشرفتی را در پژوهش‌های درمانی در حوزه سرطان نمی‌دانند. شکایت همسر مبتلا به سرطان از شرکت‌های تولیدکننده سیگار موجب شد تا دادگاه فدرال، حکم پرداخت 400 میلیون دلار غرامت را صادر کند.
...
🖥 آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

📙 The Emperor of All Maladies: A Biography of Cancer
✒️ Author: Siddhartha Mukherjee
⏳ Year: 2010
💫Extension: pdf
💾 Size: 4 MB
✨ #cancer #Book
🌐 www.ParsSilico.com
@practicalbioinformatics

📙 The Emperor of All Maladies: A Biography of Cancer
✒️ Author: Siddhartha Mukherjee
⏳ Year: 2010
💫Extension: epub
💾 Size: 4 MB
✨ #cancer #Book
🌐 www.ParsSilico.com
@practicalbioinformatics

🔔 گوگل متخصص زیست شناسی محاسباتی و بیوانفورماتیک استخدام می کند.

👤 شرکت Verily Life Sciences از زیرمجموعه های گوگل، در زمینه های استفاده از تکنولوژی در مراقبت های بهداشتی، سلامت فعالیت دارد. به تازگی این شرکت اگهی برای استخدام افرادی متخصص در زمینه های زیست شناسی محاسباتی و بیوانفورماتیک ارایه کرده است.

🔸حداقل شرایط برای تکمیل فرم درخواست:

▫️داشتن مدرک فوق لیسانس در زمینه های ( زیست شناسی محاسباتی، بیوانفورماتیک، کامپیوتر، ریاضی، امار و..) و یا داشتن تجربه کاری در این زمینه ها
▫️تجربه در برنامه نویسی پایتون و یا R و اسکریپت نویسی
https://goo.gl/IUlAL4
🔸متقاضیانی که شرایط زیر را نیز داشته باشند در اولویت قرار می گیرند:

▫️تجربه در زبان های دیتابیس مانند SQL
▫️تجربه در زمینه زیست شناسی سلولی و مولکولی
▫️آشنا به مباحث یادگیری ماشین، آمار و ریاضی

📝اطلاعات بیشتر:
https://www.google.com/about/careers/search?src=Online/Job+Board/indeed#!t=jo&jid=228815001&


▫️ آزمایشگاه پارس سیلیکو
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

🖥 دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی با همکاری پارس سیلیکو
🔔کارگاه طراحی دارو
⏳25 و 26 آذر
📉20%تخفیف دانشجویان
📉10%تخفیف ثبت نام قبل از 16 آذر
🔹اطلاعات بیشتر
DrugDesign.ir
@practicalbioinformatics

https://goo.gl/zRwP5c
🔔در همایش 2016 AGBT Precision Health Meeting چه گذشت؟
✍گزارشی از همایش Advances in Genome Biology and Technology 2016
🔹مناظره ی بزرگ با عنوان : "پانل ها، اگزوم سکوئنسینگ یا ژنوم سکوئنسینگ ؟ ( کدام یک بهتر هستند؟)" ( بخش اول )
👥شرکت کنندگان:
👤 ریچارد گیبس- کالج پزشکی بایلور
👤 هیدی رهم- دانشگاه پزشکی هاروارد
👤 استیون کینگزمور- بیمارستان کودکان رادی
💥در ابتدا هیدی رهم صحبت می کند.
▫️هیچکدام از تست ها کامل نیستند. انتخاب نوع تست تحت تاثیر موارد مختلفی هستند از قبیل فنوتیپ، ژن مورد مطالعه و حتی حق بیمه... . کار کردن روی بعضی ژنها (مانند ژنهای ناشنوایی) واقعا مشکل است. در این موارد پانل ها بهترهستند. 30 درصد از موارد ناشنوایی CNV (کپی نامبر واریانت) ها هستند که تشخیص آنها از طریق اگزوم سکوئنسینگ بسیار مشکل است. اگر تشخیص واقعا دشوار است، و اگر پانلی که ما را به نشانه های بیماری برساند، وجود نداشته باشد، از ژنوم سکوئنسینگ استفاده کنید.
ما قبلا با آزمایشگاه هایی کار می کردیم که روی تک ژنها تمرکز کرده بودند، اما اکنون دامنه ی کار آزمایشگاه های ما گسترش یافته اند . در این محیط مدیریت دانش بسیار سخت شده است. گاهی ژنوم سکوئنسینگ چیزهایی را از قلم می اندازد که پانل ها آنها را کشف می کنند و برعکس. این امری است که به زمینه ی آزمایش بستگی دارد. اگر شما باید پوشش هزینه های بیمه ای را لحاظ کنید، باید بدانید که شرکت های بیمه ای به این یافته های تکمیلی علاقه ای ندارند!
پیچیدگی های دیگری نیز وجود دارند: SVs، CNVs و موارد دیگر، این تست ها بسیار گران هستند و هنوز پزشکان آزمایشگاه های ارزان را ترجیح می دهند.
@practicalbioinformatics
▫️ریچارد گیبس نفر بعدیست.
دو دیدگاه وجود دارد:
1) تمام ژنوم (whole genomes ) بهتر است.
2) نه، بعضی نکات ظریف وجود دارند، این مسئله به نوع کار بستگی دارد.
بیشتر ما اگر تحت فشار قرار بگیریم، احتمالا با نظر دوم موافق می شویم.
کیفیت ژنوم سکوئنسینگها، اگزوم سکوئنسینگ ها و پانل ها هنوز یک فاکتور مهم در این قضاوت هاست. البته که ژنوم سکوئنسینگ ها بعضی چیزها را از قلم می اندازند.
اگزوم سکوئنسینگ ها در حال بهتر شدن هستند. ما در حال رسیدن به حدود 84 درصد پوشش تمام بازها در تمام ژنها در ناحیه ی کدینگ ژنوم هستیم. همه ژنها را داریم و تنها تعداد کمی از بازها از قلم می افتند.
پوشش CNV در اگزوم سکوئنسینگ ها ضعیف است اما در ژنوم ها و پانل ها خوب است.
هزینه به صورت خطی بین پانل، اگزوم سکوئنسینگ ها و ژنوم سکوئنسینگ ها افزایش می یابد، همانطور که میزان اطلاعات دریافتی نیز افزایش می یابد. اما اگر می خواهید کار بیشتری روی یک ژنوم انجام دهید باید بیشتر هزینه کنید.
اگر دارای حق انتخاب بین هر سه مورد هستید، باز هم مورد بالا را لحاظ کنید.
فروشندگان در حال فروش تجهیزاتی هستند که قیمت ها را برای اگزوم سکوئنسینگ طوری تغییر داده اند که اگر بخواهند می تواند به ارزانی پانل ها باشد.
▫️ استیون کینگزمور:
ژنوم سکوئنسینگ آزمایش نهایی است و به طرز اعجاب آوری حاوی اطلاعات زیادی است. همه به یک ژنوم سکوئنسینگ نیاز دارند.
🔸ژنوم سکوئنسینگ اگزوم های یک ژن را از قلم نمی اندازد
🔸شما تمام واریانت های اینترونی را از دست نمی دهید
🔸شما می توانید به تمام readها نگاهی بیندازید تا ببینید چه قسمتی از ژن مورد مطالعه ی تان از قلم افتاده است. در حالیکه نمی توانید چنین دیدگاهی را در اگزوم سکوئنسینگ ها یا پانل ها بدست بیاورید.
مشکل اینجاست که آنها گران هستند. دست کم چهار برابر یک اگزوم سکوئنسینگ ( و چهار برابر یک پانل). پرداخت کنندگان اینقدرها به ما پول نمی دهند.
در موارد خاص مانند سرطان که نیاز به جستجوی عمیق است، 30X برای جهش های سوماتیک کافی نیست. اینجا اگزوم سکوئنسینگ ها برنده اند.
🔸روش بزرگ بعدی ژنوم های هیبرید هستند: تطابق "توالی یابی با readهای بلند با توالی یابی با readهای کوتاه". منبع غنی از indels/SVs. بسیار هیجان اگیز!
🔹رده بندی 👇
پانل < < اگزوم سکوئنسینگ « ژنوم « ژنوم هیبرید/غنی
@practicalbioinformatics

👁مدیر جلسه: چرا هیبریدها گزینه خوبی هستند؟ ما همین الان هم می توانیم SVs را ببینیم، انتظار داریم چه چیزی دیگری را ببینیم؟

▫️ ریچارد گیبس: ما در آستانه ی بدست آوردن تمام اطلاعات غنی که می خواهیم از ژنوم هستیم. اگر محدودیت هزینه نباشد، می توانیم این کار را با حدود چهل هزار دلار برای هر ژنوم انجام دهیم. بله ما دوست داریم انسان به مریخ بفرستیم، ولی ایا از نظر هزینه به صرفه است؟ قیمت و هزینه مسئله بسیار اساسی است.
▫️ استیون کینگزمور: همه افراد بودجه مشابهی را برای مجموعه ای از تست ها هزینه می کنند، اما ژنوم همه یاطلاعات ان تست ها را به نوعی به ما می دهد.
▫️ ریچارد گیبس: ولی ما هنوز هم اطلاعات زیادی را بخاطر تکنولوژی از دست می دهیم . شما همچنان مناطق گسترده و با اهمیتی از ژنوم را از دست خواهید داد.
ما بسیار فراتر از جایی هستیم که پزشکان هستند، اما در نهایت این ما هستیم که در حال دست و پنجه نرم کردن با مفاهیم غیر قابل تفسیر در ژنوم هستیم . سئوال اصلی: ما اگر بخواهیم این حرفها را به زبان بالینی ترجمه کنیم، چگونه می توانیم آنها را در مورد فواید هر کدام از این تست ها متقاعد کنیم؟
@practicalbioinformatics
▫️ هیدی رهم: استراتژی برای جواب دهی و گزارش نویسی بین پانل، اگزوم و ژنوم متفاوت است. پانل ها مستلزم بررسی تمام واریانت های ژن ها هستند. حتی اگر شما VUS داشته باشید، می توانید آن را پیگیری کنید. در اگزوم و ژنوم نمی توانید همه ی واریانت ها را تفسیر کنید، پس فیلتر می کنید. گاهی این فیلتر کردن ها کار درستی نیست. بنابراین ما چیزهایی را از قلم می اندازیم نه بخاطر اینکه از نظر فنی جا مانده اند، بلکه به این خاطر که متخصصان بالینی و متخصصان بیوانفورماتیک کارشان را درست انجام نداده اند.
اولین دادخواهی حقوقی در رابطه با سوء تفسیر واریانت اینگونه اتفاق افتاد: آزمایشگاه واریانت را گزارش کرد، و درخواست کرد که آزمایشات بر روی والدین برای اثبات پاتوژنیک بودن انجام شود. پزشک این موارد را به خانواده انتقال نداد و آن خانواده این مسئله را سالها بعد فهمیدند. پزشکان نیز باید در این موارد توجیه شوند.
▫️استیون کینگزمور: باید به هیدی رهم پاسخ دهم. پانل ها به تشخیص اضافی (overdiagnose) گرایش دارند. شما 10 ژن دارید و می خواهید یک تشخیص انجام دهید. شما به فراخوان (call) یک چیزی گرایش پیدا می کنید. (Under diagnosis) سر دیگر ماجراست، زیرا شما بررسی دیگر ژنها را از دست می دهید. پانل ها ارزان هستند و به همین خاطر ما آنها را انجام می دهیم، اما در نهایت ژنوم ها جای انها را خواهند گرفت.
▫️ریچارد گیبس: آیا واقعا پانل ها تشخیص اضافی (over diagnosed ) انجام می دهند؟ این یک مشکل مستمر و مزمن است.
▫️هیدی رهم: به بسیاری از تشخیص های اضافی در ژنوم ها و اگزوم ها نگاهی بیندازید. این مسئله مختص پانل ها نیست.
🔔ادامه دارد....

آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

.
✍پاکت های مخفی چگونه شکل می گیرند؟

▪️How do cryptic pockets form?

🖥 آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🔔پاکت های مخفی (cryptic pockets) چگونه شکل می گیرند؟
در ابتدای امسال کارهای کریستالوگرافی شرکت Astex نشان داد که وجود جایگاه های اتصال ثانویه لیگاند برروی پروتئین ها امری رایج است. در هر آنزیم علاوه بر جایگاه فعال، ممکن است چندین پاکت دیگر داشته باشد که قابلیت اتصال مولکول های کوچک را داشته باشد. تعدادی از این جایگاه های ثانویه حتی در غیاب یک لیگاند هم وجود دارند. اما در عین حال پاکت های اتصال "مخفی" ای یافت شده اند که تنها هنگامی پدیدار می شوند که یک لیگاند متصل شده باشد. این پاکت ها موضوع مقاله ای هستند که در نشریه ی J. Am. Chem. Soc. و توسط فرانچسکو گراوتسیو و همکارانش در دانشگاه کالج لندن و UCB Pharma منتشر شده است.
پاکت های مخفی جذاب هستند زیرا می توانند به یک تارگت unligandable و بی مصرف، ارزشی دوباره ببخشند. یک سطح صاف بی خاصیت در یک میانکنش پروتئین-پروتئین ممکن است ترک خورده و دهان باز کند تا شکافی با قابلیت اتصال مولکول های کوچک، نمایان گردد. کشف این پاکت ها به صورت محاسباتی بسیار سخت است. در این مقاله، پژوهشگران شبیه سازی دینامیک مولکولی را روی سه پروتئین مختلف دارای پاکت های استتاری شناخته شده انجام دادند و این پاکت ها عموما در طول صدها نانوثانیه بسته باقی ماندند. افزایش دما کمکی نکرد. حتی وقتی شبیه سازی ها با ساختارهای مجموعه ی پروتئین-مولکولهای کوچک شروع شد (با مولکولهای کوچک حذف شده)، این پاکت ها بسرعت و با شدت بسته می شدند. محاسبات بیشتر نشان داد که شکل های باز این پروتئین ها از نظر ترمودینامیکی ناپایدار هستند.
@practicalbioinformatics
نکته ی مثبت در مورد رویکردهای محاسباتی این است که شما می توانید قوانین فیزیک را تغییر دهید. در این مورد خاص، پژوهشگران مولکول های آب شبیه سازی شده را طوری تغییر دادند که قدرت جذب بیشتری به اتمهای کربن و سولفور پروتئین ها داشته باشند. آنها نام این رویکرد را SWISH گذاشتند که مخفف Sampling Water Interfaces through Scaled Hamiltonians است. این تغییر باعث شد تا جایگاه های مخفی در طی شبیه سازی دینامیک مولکولی حتی در غیاب لیگاند، باز شوند.
سپس، پژوهشگران قطعات بسیار کوچکی (مانند benzene) را اضافه کردند و پی بردند که این عمل باعث می شود تا پاکت های مخفی بازتر شوند. آنها حدس زدند که این رخداد بیانگر نحوه ی باز شدن پاکت های مخفی در دنیای واقعی هستند: یک لیگاند می تواند راهش را با پیچ و تاب دادن یک پاکت موقت باز کند، آن را پایدار کند و فضای بیشتری را در اختیار یک لیگاند دیگر یا قسمت دیگری از همان لیگاند قرار دهد تا بچسبد.
@practicalbioinformatics
البته که ، اگر در محیط مجازی چیزی مشاهده شود، دلیل نمی شود در محیط واقعی هم رخ دهد، باید راهی برای جلوگیری از مشاهده نتایج مثبت های کاذب احتمالی یافت. در ابتدا پژوهشگران با استفاده از آب تقویت شده، پاکت های مخفی را یافتند و در ادامه شبیه سازی را با پارامترهای استاندارد دوباره انجام دادند تا بفهمند که کدام یک از پاکت ها باقی خواهد ماند. آنها پی بردند که کاستن از چگالی قطعاتی که در یک شبیه سازی دینامیک مولکولی عادی می چسبند، نسبت به چگالی قطعاتی که در یک شبیه سازی SWISH به کار می روند، باعث می شود که پاکت های مینور و نامربوط در هر سه آزمایش پروتئین ناپدید شوند و تنها پاکت های شناخته شده باقی بمانند. انجام این آزمایش کاهشی روی پروتئین یوبی کویتین باعث ناپدید شدن دو پاکت سطحی ضعیف شد که با فرضیه عدم وجود پاکت های مخفی در این پروتئین مطابقت داشت .
تکنیک SWISH یک رویکرد جالب است. باید منتظر بمانیم تا ارزیابی و مقایسه آن با دیگر برنامه ها مانند Fragment Hotspots و FTMap انجام شود. بکارگیری آینده نگرانه ی SWISH برای تارگت های درمانی که فعلا undruggable هستند هم جالب خواهد بود و به ما نشان خواهد داد که این دیدگاه جدید ارزش بکارگیری در این موارد را دارد یا نه.

🖥 آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

📝 Understanding Cryptic Pocket Formation in Protein Targets by Enhanced Sampling Simulations
✒️ Author: V. Oleinikovas
⏳ Year: 2016
✨ #Cryptic_Protein
🌐 www.ParsSilico.com
@practicalbioinformatics

📢اولین پس لرزه های گزارش نیچر از تقلب در مقالات دانشمندان ایرانی :

🔔 5 استاد دانشگاه دخیل در تقلب ها اخراج شدند.

به گزارش خبرنگار صدا و سیما پس از پیگیری های انجام شده در سطح وزراتخانه های بهداشت و علوم، نسبت به گزارش نیچر از تعلیق مقالات دانشمندان ایرانی، در اولین واکنش، 5 نفر از اساتیدی که در این پرونده دخیل بودند اخراج شدند.
همچنین زمزمه هایی مبنی بر لغو اجباری بودن چاپ مقاله پیش از دفاع از پایان نامه های دانشجویی نیز به گوش رسیده بود که هنوز به طور رسمی مصوبه ای در این رابطه صادر نشده است.
گفتنی است کانال پارس سیلیکو برای اولین بار، ساعاتی پس از انتشار گزارش نشریه ی نیچر اقدام به ترجمه و باز نشر این گزارش کرده بود که منجر به شکل گیری گفتگوهای فراوان موافق و مخالف و حتی تحت اعمال فشار برای حذف و عذرخواهی بابت انتشار این مطلب نیز قرار گرفته بود.
👇خبر اصلی مقاله نیچر را اینجا بخوانید:👇
https://telegram.me/PracticalBioinformatics/521
🖥 آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

✍ آیا دعوا بر سر توالی یابی با خوانش های بلند پایان یافته است؟

🖥 آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🔔آیا دعوا بر سر توالی یابی با خوانش های بلند پایان یافته است؟
💡 ( مقایسه MinION با Sequel )
👤 دکتر مایک واتسون

https://goo.gl/s48uZA
✍از اشتیاق من به توالی یابی نانوحفره (nanopore) مطلع هستید. ما تعدادی نرم افزار برای کار کردن با داده های آن داریم. ما یک بودجه ی پژوهشی برای این کار را دریافت کردیم و یک ژنوم باکتریایی بسیار مشکل را با موفقیت اسمبل کردیم. این موارد باعث شد تا من یک مقاله برای Nature Methods بنویسیم. بنابراین مقداری طرفداری نسبت به MinION از سوی من وجود دارد.
با MinION که اینقدر انقلابی و شگفت آور بود ما در هر run نزدیک 100 Mb را توالی یابی می کردیم! یک تکنولوژی بسیار حیرت آور، یک توالی یاب سیار، قابلیت tricorder، که محصول یک مهندسی غیر قابل باور است. اما 100 Mb نمی تواند دنیا را تغییر دهد. برای بعضی اهداف مفید است، اما برای اهداف دیگر نیاز به داده های بیشتری داریم.
در عین حال از اینکه PacBio برای معرفی Sequel اعلان عمومی داده است، واقعا هیجان زده هستم.
خب به Sequel بپردازیم.
ظاهرا معلوم شده است که Sequel به قول هایی که داده بود عمل نکرده است. بجای run های ده گیگا بازی، استفاده کنندگان بین 3 تا 5 گیگا باز را از Sequel بدست آورده اند.
در همین حال MinION با توپ پر به میدان آمده است: رسیدن به سطح توالی یابی 5-10 گیگاباز در هر run !!!
در همین حال که ما در مورد ادعاهای ONT درباره ی توالی یاب شان مشکوک هستیم، افراد دیگری که از MinION استفاده کردند این ادعاها را تایید کرده اند و گفته اند که نمودارهایی شبیه به این را بدست آورده اند. اگر باور نمی کنید، به این آدرس بروید و اولین داده های انسانی توالی یابی نانوحفره در جهان را ببینید:
https://goo.gl/G21hsi
همچنین PacBio هم مقداری داده ی بدست امده از Sequel را در اینجا قرار داده است:
https://goo.gl/6KEw0f
بیایید این دو را با هم مقایسه کنیم. فعلا کاری با دقت نداریم. اما می توانیم نگاهی به readها، read length و توان عملیاتی بیندازیم. ما این دسته داده ها را با هم مقایسه کردیم:
https://goo.gl/1n94fO
https://goo.gl/dPRhR4
https://goo.gl/GnoZFr
🔸هیستوگرام طول های خوانده شده : (تصویر 1 »»» انتهای مطلب)
همانطوری که می بینید read های بلند تر در هر دو نمودار تقریبا طول برابری دارند، اما MinION در میان readهای کوتاه، تعداد بسیار بیشتری read دارد. من می دانم که نمونه های PacBio روی Blue Pippin از نظر اندازه غربال می شوند، اما در مورد داده های MinION مطمئن نیستم.
مجموعه داده ی MinION دربرگیرنده ی 466,325 است یعنی بیش از دو برابر تعدادی که مجموعه داده ی Sequel با 208,573 عدد read دارد.
در رابطه با توان عملیاتی، MinION دوباره بالاتر است، با 2.4Gbase داده در مقایسه با فقط 2Gbase برای Sequel.
🔸می توانیم برای readها محدودیت >1000 bp بگذاریم و کمی دقیقتر نگاه کنیم:(تصویر 2 »»» انتهای مطلب)
• داده های MinION دارای 326,466 عدد read بالاتر از 1000 bp است با مجموع 2.3Gb.
• داده های Sequel دارای 192,718 عدد read بالاتر از 1000 bp است با مجموع 2Gb.
🔹در نهایت، برای READهای بالای 10000 bp:
• داده های MinION دارای 84,803 عدد read بالاتر از 10000 bp است با مجموع 1.36Gb.
• داده های Sequel دارای 83,771 عدد read بالاتر از 10000 bp است با مجموع 1.48Gb.
اینها امارهای بسیار جالبی هستند.
🔸این خبر بدی برای PacBio است. اگر شما قیمت های پایین تر MinION ، و قیمت 300 هزار یورویی Sequel را هم به موارد بالا بیفزایید، این حقیقت که MinION عملکردی با همان کیفیت Sequel دارد،بسیار جالب توجه است. هر دو دستگاه راه درازی را پیش رو دارند. PacBio به نقشه راهش تاکید می کند، برنامه ریزی برای readهای طویل تر و بهبود بخش شیمیایی و flowcells.
در مقابل، ONT به گسترش باورنکردنی مسیر MinION، افزایش سرعت توالی یابی و flowcell های بزرگتر اشاره می کند. و در ادامه PromethION را معرفی خواهد کرد.
🔹پس آیا جنگ تمام شده است؟ نه هنوز! اما PacBio برای بقا می جنگد!

🖥 آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🔔 نکته هایی در مورد کاربردهای NGS
👥 استفان کینگزمور، فوزان الکورایه
🗒 22 سپتامبر 2016
💫اینها خلاصه نوشته های من از کنفرانس AGBTPH 2016 هستش. مشخصا احتمال اینکه اشتباه برداشت کرده باشم وجود دارد. بنابراین نقایص در مطلب، از جانب من است نه سخنرانان 😔
https://goo.gl/zRwP5c
👤فوزان الکورایه، دانشگاه الفیصل
🔸کیس 1
دختر 13 ماهه، تاخیر رشدی، والدین غیر فامیل، MRI brain atrophy، کاریوتایپ: 45,X
در گذشته به این موارد گفته می شد: “atypical Turner Syndrome” اما امروزه این اطلاق خیلی هم مناسب نیست. دیگر نباید از لفظ “Atypical” (غیرمعمولی، بیقاعده) استفاده کرد.
اگزوم سکوئنسینگ:
جهش در ADRA2B
ADRA2B – Arg222* -> homozygous truncating mutation
• درسی که میگیریم: به خودتون نگیرید، اما دیگر هیچ عذر و بهانه ای برای استفاده از “atypical” در عصر ژنومیک ندارید!

🔸کیس 2
فرد 4 ساله مشکوک به اوتیسم
سابقه خانوادگی غیر موثر با برادر سالم. به این نکته توجه کنید: اوتیسم در پسرها شایعتر از دختران است. آیا یا یک شکل مندلی از اوتیسم روبرو هستیم؟
اختلال شناختی ثبت شده، در غیر این صورت نرمال است.
تمام گایدلاینها: کاریوتایپ مولکولی: حذف 300 kb روی کروموزوم 10 به صورت de novo
آیا این پاتوژنیک است؟
از دیتابیس واریانت های ساختاری Decipher استفاده کنید.
ما پژوهشی را انجام دادیم که شامل راهبرد ژنومیک بالینی بود و اگزوم سکوئنسینگ نشان داد که:
جهش هموزیگوت در CC2D1A. جا افتادن اگزون 6. گرچه در جستجوگر exac وجود نداشت اما در عربهای سعودی یافت شد. (1 در 500) که کاملا با رشد ذهنی در ارتباط است.
• درسها: از جهش های اساسی در گروههای قومی مختلف آگاه باشید. اگزوم سکوئنسینگ را به صورت موازی با کاریوتایپینگ مولکولی برای ناهنجاری های عصبی تکاملی انجام دهید.

🔸کیس 3
زوج (فامیل) دو فرزند را با لاکتیک اسیدوزیس شدید از دست دادند.
فرزند اول در روز دوم و دومی طی چند ساعت از تولد فوت کردند.
زنجیره الکترون ترانسپورت طبیعی. توالی یابی ژنهای کاندیدا منفی بود. کلینیکال اگزوم سکوئنسینگ: طبیعی.
توالی یابی کلینیکال تمام ژنوم: منفی
توالی یابی اگزوم Research grade: یافتن یک جهش اسپلایسینگ در ECHS1، که به عنوان عامل اسیدوز شناخته می شود.
کاهش شدید در NMD.
30 تا 50 درصد موارد در اگزوم سکوئنسینگ بدون تشخیص باقی می مانند. آیا ما به صورت طبیعی جهش ها را در مرحله ی گرفتن و توالی یابی از دست می دهیم یا در مرحله ی تفسیر؟
33 کیس که دارای توالی یابی اگزوم/ژنوم کلینیکال منفی بودند، بررسی شدند. این مسئله در 29 مورد یافت شد.در 18 مورد، ژن جدید بود یا در 6 ماه گذشته کشف شده بود که احتمالا تا آن موقع گزارش نشده بودند. در 11 مورد ژن مورد نظر در میان ژنهای شناخته شده قرار داشت. مراجع بالینی احتمالا این موارد را برای این گزارش نکرده بودند که مشکلاتی در فیلترینگ و تفسیر داشته اند.
• درسها: اگر یک جهش جدید دارید، این احتمال وجود دارد که در کلینیکال سکوئنسینگ نادیده گرفته شده باشد .
@practicalbioinformatics
👤استفان کینگزمور، بیمارستان کودکان Rady:
🔸کیس 1 ، ad birth، نارسایی حاد کبدی، نقایص ستون فقرات که با جراحی اصلاح شده، نقایص کلیوی که با اعمال جراحی قابل اصلاح است. تا حدود 40 روزگی بدون مشکل، از آن زمان نقص کبدی آغاز می شود. بررسی های تشخیصی چیزی را نشان نداد. در روز 55 بیمارستان Rady وارد عمل شد. بسیار به سرعت. توالی یابی تمام ژنوم ظرف تنها 26 ساعت انجام شد.
🔹 اخذ رضایت نامه در زمان 00:00
انتقال نمونه، جداسازی نمونه (یک ساعت) ، 18 ساعت ژنوم سکوئنسینگ، در ساعت 24 و 30 دقیقه از زمان شروع، کامل شد.
ژنوم 40X در حدود 12 میلیارد باز،
5 و 1 دهم میلیون واریانت،
1 و 3 دهم میلیون واریانت با بکارگیری فیلتر 1%،
هزار و سیصد پاتوژنیک یا احتمالا پاتوژنیک.
دو واریانت که می تواند عامل 341 وضعیت باشد، هر دو در ژن perforin 1.
خیلی معمولی اما باید بسیار سریع انجام می شد. با استفاده از FPGA informatincs.
• از گایدلاینهای ACGM در مورد چگونگی حل موارد استفاده کنید.
• بر پاتوژنیک ها و پاتوژنیک های احتمالی تمرکز کنید.
اولین واریانت بسیار نادر بود. دومین واریانت در 3% وجود داشت.
اگر واریانت دوم با یک واریانت پاتوژنیک در حالت ترانس بود، احتمالا خودش هم پاتوژنیک است.
تشخیص مشروط. FDA این اجازه را داده است که در مواردی که زندگی یک کودک در معرض خطر حتمی است، تشخیص های شفاهی احتمالی ارایه بدهیم.
آزمایش تکمیلی انجام شد و تشخیص مثبت بود. خوشبختانه راه درمان وجود داشت و آن کودک اکنون کودک موفقی است. البته که دارای ناهنجاری هایی هم هست که شاید نیاز باشد پیوند استخوان انجام دهند، اما زندگی او نجات یافته.

🖥 آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🔔 CryptoSite: Predicting Cryptic Binding Sites

🖥 CryptoSite is a computational tool for predicting the location of cryptic binding sites in proteins and protein complexes.👇

🌐 https://modbase.compbio.ucsf.edu/cryptosite/

▫️ آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics