🔔 سمینار "زیست شناسی سامانه ای: از داده های اومیک تا ترسیم و آنالیز شبکه"

▫️زیست شناسی سامانه ای (systems biology) رویکردی است کل نگر در مطالعات زیست شناسی که از اطلاعات عظیم بدست آمده از مطالعات امیک (omics) همانند ژنومیک، ترنسکریپتومیک، پروتئومیک و متابولومیک برای درک فرآیندهای زیستی استفاده می کند. دانشمندان با استفاده از این رویکرد و با همکاری تخصص های متعددی همچون زیست شناسی، ریاضی، آمار و کامپیوتر در پی درک بیشتر، مدلسازی و پیش بینی فرآیندهای زیستی هستند.

این کنفرانس یکروزه شامل چهار بخش به شرح زیر خواهد بود:


1) رویکرد زیست شناسی سامانه ای و کاربرد آن در طراحی و آنالیز پروژه های علوم پایه پزشکی (ژنتیک، ایمنی شناسی، میکروب شناسی، علوم سلولی و مولکولی، پزشکی مولکولی) و علوم پزشکی و دارویی در سال های اخیر معرفی خواهد شد.

2) کاربرد و اهمیت روش های امیک (ژنومیک، ترنسکریپتومیک، پروتئومیک و متابولومیک) در تولید داده های عظیم در مطالعات زیستی بررسی خواهد شد.

3) نحوه ترسیم انواع مختلف شبکه های زیستی (پیام رسانی، متابولیکی، تنظیم بیان ژن و ...) با دو رویکرد مبتنی بر دانش و مبتنی بر داده شرح داده خواهد شد.

4) متدهای محاسباتی آنالیز شبکه های زیستی پیچیده با استفاده از نظریه گراف توضیح داده خواهد شد.

▫️مجری برگزاری :
پژوهشکده سیستم بیولوژی، مرکز تحقیقات آسیب های شیمیایی، دانشگاه علوم پزشکی بقیه الله (عج)

▪️هزینه ثبت نام:

30000 تومان ارشد و دکتری
20000 تومان کارشناسی

▫️تاریخ برگزاری : پنج‌شنبه ۲ آذر 96.9.2


▫️از طریق لینک زیر می‌توانید در آن ثبت‌نام کنید.
https://evnd.co/re9OP
▫️پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

▫️پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🍝🔹صفحه توييتر Protein Data Bank به مناسبت روز جهاني پاستا؛ ٢٥ اكتبر دامین هاي پروتئيني با نام PASTA را معرفی كرد. ‼️

@practicalbioinformatics

🎓تحصيل در مقطع دكترا در رشته سيستم بيولوژي در مركز تحقيقاتي Max-Delbrück برلين

📌زمينه هاي تحقيقاتي:

*  Bioinformatics, Computational Biology and Mathematical Modeling
* Gene Regulation: microRNAs,Epigenetics, Trannoscription, RNA Biology
* Genomics, Proteomics, Metabolomics, Single Cell Analysis and Imaging
* Cell Fate Conversion, Neuronal Differentiation, Reprogramming and
* Signaling, Developmental Biology

📎توضيحات:
The Berlin Institute for Medical Systems Biology at the Max-Delbrück Center for Molecular Medicine (MDC) offers an exceptional PhD Program to support interdisciplinary research projects and international PhD education. Training is based on our major spectrum of medical systems biology research and technologies. Candidates educated in disciplines such as computational sciences mathematics, physics, biochemistry or molecular biology and sharing our interest in gene regulatory networks are strongly encouraged to apply.

We also offer a Berlin based PhD Exchange Program together with the Center for Genomics and Systems Biology at New York University (NYU). The program is embedded into the research and training activities of the Helmholtz Graduate School Molecular Cell Biology (MDC) and the Department of Biology (NYU). Doctoral training with up to four year funded positions plus travel allowances and housing support is provided.

The program offers:

interdisciplinary research training in top ranking labs projects that are dually mentored by a group leader from MDC and NYU students are supported to spend up to fifty percent of their time at NYUaccess to and training in high-end technologies, such as deep sequencing,mass spectrometry, bioinformatics an extensive and comprehensive archive of animal model systems participation in interdisciplinary classes, soft skills courses, student focused seminars and specialized summer schools regular opportunities to present your research at the BIMSB Student Seminar and attend the Systems Biology Lecture Series.


✍️فرصت تکمیل فرم: ١دسامبر ٢٠١٧

⏱تاریخ شروع کلاس: September ٢٠١٨

🌍اطلاعات بيشتر در لينك:
http://systems-biology.org/jobs/2017/001201.html

⏳ آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

@practicalbioinformatics

🗣 سمينار "معرفي نرم افزار NAMD و كاربرد آن در ديناميك مولكولي"

💠ارائه دهنده: خانم دكتر فراهاني💠

⏱ زمان: سه شنبه ١٦ آبان
📍مكان: آزمايشگاه بيوانفورماتيك پارس سيليكو

@practicalbioinformatics

⬅️بازار تشخیص ژنتیکی پیش از لانه گزینی؛ پیش بینی سال 2022


بر اساس نوع (تشخیص ژنتیکی/غربالگری ژنتیکی)، تکنولوژی (NGS، PCR، FISH، CGH، SNP)، تولیدات و خدمات، کاربرد (آنیوپلوئیدی، ترانسلوکیشن ها)، مصرف کننده ی نهایی (کلینیک های باروری، پژوهش).

قسمت اول

✅بازار جهانی آزمایشات ژنتیکی پیش از لانه گزینی از رقم 344 میلیون دلار فعلی در سال 2017 به 542 میلیون دلار در سال 2022 خواهد رسید.

⬅️با افزایش نگرانی های عمومی و آگاهی های جمعی در رابطه با بیماری های ژنتیکی و همچنین افزایش تاکیدها بر بهبود نتایج بالینی فرایند های IVF و ART، نیاز بازار برای روش های تشخیص و غربالگری ژنتیکی پیش از لانه گزینی در دهه ی گذشته به طور چشمگیری افزایش یافته است. FISH یک تکنیک انالیز ژنتیکی است که در سطح جهانی مقبولیت دارد و بخاطر کارایی بالایش در مطالعات کروموزومی، دقت در آنالیز قطعات DNA، و نیاز کم به نمونه مورد استفاده قرار می گیرد. به همین ترتیب، PCR نیز به طور گسترده در روندهای تشخیص ژنتیکی پیش از لانه گزینی به طور گسترده ای مورد استفاده است، عمدتا به این دلیل که کارایی خوبی برای تکثیر DNA و زمان جوابدهی کوتاه دارد.

بازار جهانی تشخیص و غربالگری ژنتیکی پیش از لانه گزینی در سال 2022 از 336 دلار فعلی در 2017 به حدود 540 میلیون دلار می رسد. این بازار تحت تاثیر عواملی چون نرخ رو به رشد ناباروری در سرتاسر جهان، افزایش سرمایه گذاری های دولتی-خصوصی در زمینه ی آزمایشات ژنتیکی پیش از لانه گزینی، افزایش شمار کلینیک های ناباروری در سطح جهان، پیشرفت های فناورانه در زمینه ی آنالیز ژنتیکی و افزایش ریسک ناهنجاری های کروموزومی در جنین ناشی از سن بالای مادری است. از سوی دیگر هزینه های بالای فرایندهای مرتبط با تشخیص ژنتیکی پیش از لانه گزینی و عدم حمایت های قوانین دولتی عوامل اصلی محدود کننده ی رشد این بازار در دوره ی مورد پیش بینی است.

از سوی دیگر، نگرانی های اخلاقی مرتبط با آزمایشات جنینی و بکارگیری محدود تکنیک های جدید PGD&PGS مانند NGS و SNP در میان متخصصان چالش بزرگی برای سازندگان محصول بر سر راه رسیدن به رشد درآمدی هستند؛ بویژه در میان کشورهای حوزه آسیا پاسیفیک و و نیز کشور های دیگر. گرچه دولت های گوناگونی در میان بازارهای موجود و نوظهور تمرکز بیشتری بر روی تامین تسهیلات بهتر و موثرتری در بخش سلامت را برای درصد بیشتری از جمعیت خود به کار بسته اند. با شناخت مزایایی که توسط تکنیک های PGD و PGS در دسترس قرار گرفته اند و با در نظر گرفتن افزایش شیوع ناهنجاری های ژنومی، دولت های بیشتری در جهان بر روی افزایش بکارگیری عمومی تکنیک های PGD و PGS تمرکز کرده اند و تامین هزینه های پژوهشی برای توسعه ی تولیدات جدید برای روندهای PGD&PGS را افزایش داده اند.

بازار تشخیص و غربالگری ژنتیکی پیش از لانه گزینی بازاری رقابتی با شمار فزاینده ای از سازندگان محصولات و تامین کنندگان خدمات است. مانند سال 2016 بزرگترین سازندگان محصولات حاضر در بازار جهانی عبارتند از ایلومینا (آمریکا) کوپر سرژیکال (آمریکا)، ترموفیشر ساینتیفیک (آمریکا)، اجیلنت تکنولوجیز (آمریکا)، پرکین المر (آمریکا)، آزمایشگاه ای آبوت (آمریکا) ناترا (آمریکا)، جنیالینیتد (استرالیا)، روبیکون ژنومیکس (آمریکا)، آکسفوردجین تکنولوجی (بریتانیا) ییکون ژنومیکس (چین) و سایجین (آمریکا). در میان آنان همانند سال 2016 بزرگترین تامین کنندگان خدمات فعال در بازار جهانی شامل کامبی ماتریکس کرپوریشن (آمریکا)، گود استارت ژنتیک (آمریکا)، بی جی آی (چین) اینویکتاژنتیکس (لهستان) و پروجنسیس (آمریکا) است.

⬅️بر مبنای فناوری، تشخیص و غربالگری ژنتیکی پیش از لانه گزینی به دسته های زیر تقسیم بندی می شود: PCR، NGS، FISH، CGH و پلیمورفیسم تک نوکلئوتیدی یا SNP. بخش NGS بزرگترین سهم بازار را در سال 2016 اختیار داشت. این سهم بزرگ می تواند مدیون عوامل مختلفی مانند کاهش هزینه ها، توانایی بالاتر برای تشخیص جنین دارای موزائیسم، تشخیص بهتر ناهنجاری های ساختاری مانند کروموزوم های دارای قطعات حذف یا اضافه شده و کاهش اشتباهات انسانی با اتوماتیک شدن فرایندها باشد.

اما PCR دومین بخش بزرگ بازار را در سال 2016 به خود اختصاص داده بود. PCR چندین مزیت مانند افزایش حساسیت، بازده بالا، افزایش دقت، کاهش زمان واکنش ها، تخمین قطعی مولکول هدف، تولرانس بالا نسبت به اینهیبیتورها و توانایی بررسی میکسچرهای پیچیده را از خود نشان داده است و این عوامل پیشران رشد این بخش بوده اند.
https://goo.gl/5hNrBh
fa.exirlabs.com
@exirlabs

🎁اسلاید سخنرانی خانم دکتر تنوری با عنوان :
▫️Text mining in bioinformatics
ارائه شده در پارس سیلیکو

▪️آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🎁اسلاید سخنرانی خانم دکتر تنوری با عنوان:

▫️computational approaches for drug target interaction prediction

ارائه شده در پارس سیلیکو

▪️آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

#Biostar_handbook

🔔بخش اول پاسخ به سوالات متداول بیوانفورماتیک

▪️آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🔷بیوانفورماتیک چیست؟
علم بیوانفورماتیک شاخه‌ای جدید و کامپیوتر محور در حوزه علوم زیستی است. هدف این علم بازیابی و تحلیل داده‌های نهفته در موجودات زنده است. درواقع بیوانفورماتیک به ترکیب مفاهیم و روش‌های علوم زیستی، کامپیوتر و تحلیل داده متکی است. مفهوم و تعریف موفقیت این علم بر پایه روش‌های نوین تحلیل اطلاعات ژنومیک در فرآیندهای زیستی است.
بیوانفورماتیک یک علم داده هست که چگونگی ذخیره و تحلیل اطلاعات در درون موجودات زنده را بررسی می‌کند.


🔷چگونه بیوانفورماتیک در طول زمان تغییر کرد؟
در روزهای آغازین؛ احتمالاً اوایل سال 2000 علم بیوانفورماتیک با تحلیل سکانس ژنی مترادف بود و این علم به تحلیل سکانس‌های اندک DNA که توسط برخی دانشمندان انجام می‌گرفت خلاصه می‌شد. امروزه تحلیل سکانس‌های ژنی بخش مهمی از این علم را شامل می‌شود، اما بیوانفورماتیک در دنیای امروز، علمی فراتر از تحلیل سکانس ژنی است.
در اواسط سال 2000 با معرفی توالی یابی نسل جدید یا Next Generation Sequencing ابزارهای توالی یابی؛ برای مثال Illumina HiSeq به طرز چشمگیری افزایش یافتند و دانشمندان را قادر ساخت تا بدین طریق تمام محتوی ژنی یک سلول را تنها در یک دوره آزمایشگاهی اندازه‌گیری کنند. بعد از آن، میزان داده‌های ژنی به‌اندازه‌ای زیاد شد که دانشمندان قادر بودند به تمام آنچه وابسته به محتوی ژنی سلول بود، دسترسی یابند.
فنّاوری‌های امروز بیوانفورماتیک را تماماً به زمینه جدیدی از «علم داده» مبدل کرده که بر پایه تعریف کلاسیک بیوانفورماتیک بناشده و هدف آن پردازش، جستجو و خلاصه کردن حجم عظیمی از داده‌های فرا پیچیده زیستی است.

🔷چه زیرشاخه‌هایی از بیوانفورماتیک وجود دارد؟
توالی یابی سکانس DNA تنها در مراحل نخستین کشف محتوی ژنی یک سلول باارزش به شمار می‌رود و شاید برای برخی شگفت‌آور به نظر رسد اما آینده علم بیوانفورماتیک در دیگر کاربردهای آن است. عموماً می‌توان گفت مسائل علم بیوانفورماتیک به چهار دسته تقسیم می‌شوند:
‏1. Assembly: ‏ تعیین محتوای نوکلئوتیدی ژنوم ⁧⁨‏
2. ‏Resequencing: شناسایی موتانت ها و واریانت های ژنوم
‏3. Clasification : تعیین محتوای گونه‌ای در جمعیت ارگانیسم‌ها
4.‏Quantification: استفاده از توالی ژنی جهت کشف ویژگی‌های سلول

🔔 برگرفته از کتاب Biostar Handbook

▫️آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

📣 دوستانی که تمایل به شرکت در سمینار و استفاده از تخفیف 20 درصدی (🎁ویژه اعضای کانال پارس سیلیکو ) دارند به مدیر کانال اطلاع دهند.👇👇

@bioinformatics1

🗣 سمينار "استفاده از شيمي كوانتومي محاسباتي در مطالعات دارويي"

💠ارائه دهنده: خانم دكتر باقري💠

⏱ زمان: چهارشنبه يكم آذر ۱۱ صبح
📍مكان: آزمايشگاه بيوانفورماتيك پارس سيليكو

@practicalbioinformatics

📚 #Biostar_handbook

🔔بخش دوم پاسخ به سوالات متداول بیوانفورماتیک

▪️آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🔔بخش دوم پاسخ به سوالات متداول بیوانفورماتیک

❔کامپیوتر پیشنهادی برای بیوانفورماتیک چیست؟

✍️با توجه به تجربه ما، استفاده از کامپیوتر دارای سیستم عامل Mac OS برای راه اندازی و تست روش ها، بسیار مناسب و پر کاربرد می باشد و در ادامه یک ورک استیشن لینوکسی با توان بالا یا کلاستر برای اجرا پاپلاین ها برروی دیتا ها مورد استفاده قرار میگیرد. البته با ارایه نسخه Windows 10 Creator Edition یک شل لینوکسی برروی ویندوز قابل نصب می باشد که می توان ابزار ها را برروی ویندوز ران و اجرا کرد.

❔چه مقدار توان محاسباتی نیاز داریم ؟

✍️روش های بیوانفورماتیکی به سرعت در حال پیشرفت هستند. یک ورک استیشن معمولی اغلب همه نیاز های شما را برای انالیز داده های حاصل از یک ران توالی یابی معمولی، با حجم بالا را براورده می کند.برای مثال، شما با یک کامپیوتر iMac هشت هسته ای با رم 32 گیگ، در طی یک روز می توانید از پس انالیز داده RNA-Seq با الاینر hisat2 بر بیایید. انالیز های بزرگتر مانند اسمبلی ژنوم، نیاز به میزان بیشتری از مموری دارند. همانطور که داده های با کیفیت پایین ( دارای الودگی، اماده سازی غلط نمونه و..) انالیز و محاسبات بیشتری را نسبت به داده های دارای کیفیت بالا نیاز دارند.

❔آیا برای یادگیری بیوانفورماتیک به سیستم با توان محاسباتی بالا نیاز داریم؟

✍️ خیر!!
یادگیری بیوانفورماتیک نیاز به چیزی ندارد به جز یک لپتاپ استاندارد یونیکسی. شما می توانید بیوانفورماتیک را تنها با یک کروم بوک 100 دلاری بیاموزید.
البته که توان محاسباتی مورد نیاز برای به کاربردن روش های بیوانفورماتیک برروی مسائل بخصوص به حجم و میزان داده ها بستگی دارد.یک کورم بوک 100 دلاری ابزار های مورد نیاز را دارد اما احتمالا توان محاسباتی، فضای ذخیرسازی و مموری لازم برای اجرای ابزار ها و تحلیل ها برروی دیتاست ها حجیم را ندارد.
شما از اینکه با یک کروم بوک چه کار های می شود کرد، شگفت زده خواهید شد!
یادتون باشه. شما نیازی به یک سیستم قدرتمند و گرانقیمت برای تبدیل شدن به یکی از بهترین متخصصین بیوانفورماتیک دنیا، ندارید! شما تنها با یک سیستم ساده یونیکسی می توانید آموزش ببینید، تمرین کنید و درک بالایی از تمامی حوزه های بیوانفورماتیک بدست آورید .

🔔 برگرفته از کتاب Biostar Handbook

▫️آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🗣 هم اکنون سمينار "استفاده از شيمي كوانتومي محاسباتي در مطالعات دارويي" در حال برگزاری است.

💠ارائه دهنده: خانم دكتر باقري💠


📍مكان: آزمايشگاه بيوانفورماتيك پارس سيليكو

@practicalbioinformatics

🏳تحقیقات جدید نشان داده که اینترلوکین 8 بیومارکر مناسبی برای سرطان پروستات نیست!
https://goo.gl/3tJrjr

▪️آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🔔پایگاه Sci Hub از دسترس خارج شده!
🏳برای دسترسی از دی ان اس های 80.82.77.83 و 80.82.77.84 استفاده کنید.

آدرس جدید سایت🎁

💡 http://sci-hub.bz
▪️آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🔔مقاله جدید که نشان میدهد چطور در کمتر از 30 ثانیه DNA یا RNA موجودات مختلف را با کاغذ صافی و یا حتی دستمال کاغذی استخراج کرد.

https://goo.gl/ZwdxqC

▪️آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

✍️ژن های محبوب ژنوم انسان
🏳مقاله جذاب از nature که ژن های محبوبی که برروی انها بیشتر مطالعه شده، را معرفی می کند. 👇

📃https://goo.gl/pyVhP6
▪️آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics