#Biostar_handbook

🔔بخش اول پاسخ به سوالات متداول بیوانفورماتیک

▪️آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🔷بیوانفورماتیک چیست؟
علم بیوانفورماتیک شاخه‌ای جدید و کامپیوتر محور در حوزه علوم زیستی است. هدف این علم بازیابی و تحلیل داده‌های نهفته در موجودات زنده است. درواقع بیوانفورماتیک به ترکیب مفاهیم و روش‌های علوم زیستی، کامپیوتر و تحلیل داده متکی است. مفهوم و تعریف موفقیت این علم بر پایه روش‌های نوین تحلیل اطلاعات ژنومیک در فرآیندهای زیستی است.
بیوانفورماتیک یک علم داده هست که چگونگی ذخیره و تحلیل اطلاعات در درون موجودات زنده را بررسی می‌کند.


🔷چگونه بیوانفورماتیک در طول زمان تغییر کرد؟
در روزهای آغازین؛ احتمالاً اوایل سال 2000 علم بیوانفورماتیک با تحلیل سکانس ژنی مترادف بود و این علم به تحلیل سکانس‌های اندک DNA که توسط برخی دانشمندان انجام می‌گرفت خلاصه می‌شد. امروزه تحلیل سکانس‌های ژنی بخش مهمی از این علم را شامل می‌شود، اما بیوانفورماتیک در دنیای امروز، علمی فراتر از تحلیل سکانس ژنی است.
در اواسط سال 2000 با معرفی توالی یابی نسل جدید یا Next Generation Sequencing ابزارهای توالی یابی؛ برای مثال Illumina HiSeq به طرز چشمگیری افزایش یافتند و دانشمندان را قادر ساخت تا بدین طریق تمام محتوی ژنی یک سلول را تنها در یک دوره آزمایشگاهی اندازه‌گیری کنند. بعد از آن، میزان داده‌های ژنی به‌اندازه‌ای زیاد شد که دانشمندان قادر بودند به تمام آنچه وابسته به محتوی ژنی سلول بود، دسترسی یابند.
فنّاوری‌های امروز بیوانفورماتیک را تماماً به زمینه جدیدی از «علم داده» مبدل کرده که بر پایه تعریف کلاسیک بیوانفورماتیک بناشده و هدف آن پردازش، جستجو و خلاصه کردن حجم عظیمی از داده‌های فرا پیچیده زیستی است.

🔷چه زیرشاخه‌هایی از بیوانفورماتیک وجود دارد؟
توالی یابی سکانس DNA تنها در مراحل نخستین کشف محتوی ژنی یک سلول باارزش به شمار می‌رود و شاید برای برخی شگفت‌آور به نظر رسد اما آینده علم بیوانفورماتیک در دیگر کاربردهای آن است. عموماً می‌توان گفت مسائل علم بیوانفورماتیک به چهار دسته تقسیم می‌شوند:
‏1. Assembly: ‏ تعیین محتوای نوکلئوتیدی ژنوم ⁧⁨‏
2. ‏Resequencing: شناسایی موتانت ها و واریانت های ژنوم
‏3. Clasification : تعیین محتوای گونه‌ای در جمعیت ارگانیسم‌ها
4.‏Quantification: استفاده از توالی ژنی جهت کشف ویژگی‌های سلول

🔔 برگرفته از کتاب Biostar Handbook

▫️آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

📣 دوستانی که تمایل به شرکت در سمینار و استفاده از تخفیف 20 درصدی (🎁ویژه اعضای کانال پارس سیلیکو ) دارند به مدیر کانال اطلاع دهند.👇👇

@bioinformatics1

🗣 سمينار "استفاده از شيمي كوانتومي محاسباتي در مطالعات دارويي"

💠ارائه دهنده: خانم دكتر باقري💠

⏱ زمان: چهارشنبه يكم آذر ۱۱ صبح
📍مكان: آزمايشگاه بيوانفورماتيك پارس سيليكو

@practicalbioinformatics

📚 #Biostar_handbook

🔔بخش دوم پاسخ به سوالات متداول بیوانفورماتیک

▪️آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🔔بخش دوم پاسخ به سوالات متداول بیوانفورماتیک

❔کامپیوتر پیشنهادی برای بیوانفورماتیک چیست؟

✍️با توجه به تجربه ما، استفاده از کامپیوتر دارای سیستم عامل Mac OS برای راه اندازی و تست روش ها، بسیار مناسب و پر کاربرد می باشد و در ادامه یک ورک استیشن لینوکسی با توان بالا یا کلاستر برای اجرا پاپلاین ها برروی دیتا ها مورد استفاده قرار میگیرد. البته با ارایه نسخه Windows 10 Creator Edition یک شل لینوکسی برروی ویندوز قابل نصب می باشد که می توان ابزار ها را برروی ویندوز ران و اجرا کرد.

❔چه مقدار توان محاسباتی نیاز داریم ؟

✍️روش های بیوانفورماتیکی به سرعت در حال پیشرفت هستند. یک ورک استیشن معمولی اغلب همه نیاز های شما را برای انالیز داده های حاصل از یک ران توالی یابی معمولی، با حجم بالا را براورده می کند.برای مثال، شما با یک کامپیوتر iMac هشت هسته ای با رم 32 گیگ، در طی یک روز می توانید از پس انالیز داده RNA-Seq با الاینر hisat2 بر بیایید. انالیز های بزرگتر مانند اسمبلی ژنوم، نیاز به میزان بیشتری از مموری دارند. همانطور که داده های با کیفیت پایین ( دارای الودگی، اماده سازی غلط نمونه و..) انالیز و محاسبات بیشتری را نسبت به داده های دارای کیفیت بالا نیاز دارند.

❔آیا برای یادگیری بیوانفورماتیک به سیستم با توان محاسباتی بالا نیاز داریم؟

✍️ خیر!!
یادگیری بیوانفورماتیک نیاز به چیزی ندارد به جز یک لپتاپ استاندارد یونیکسی. شما می توانید بیوانفورماتیک را تنها با یک کروم بوک 100 دلاری بیاموزید.
البته که توان محاسباتی مورد نیاز برای به کاربردن روش های بیوانفورماتیک برروی مسائل بخصوص به حجم و میزان داده ها بستگی دارد.یک کورم بوک 100 دلاری ابزار های مورد نیاز را دارد اما احتمالا توان محاسباتی، فضای ذخیرسازی و مموری لازم برای اجرای ابزار ها و تحلیل ها برروی دیتاست ها حجیم را ندارد.
شما از اینکه با یک کروم بوک چه کار های می شود کرد، شگفت زده خواهید شد!
یادتون باشه. شما نیازی به یک سیستم قدرتمند و گرانقیمت برای تبدیل شدن به یکی از بهترین متخصصین بیوانفورماتیک دنیا، ندارید! شما تنها با یک سیستم ساده یونیکسی می توانید آموزش ببینید، تمرین کنید و درک بالایی از تمامی حوزه های بیوانفورماتیک بدست آورید .

🔔 برگرفته از کتاب Biostar Handbook

▫️آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🗣 هم اکنون سمينار "استفاده از شيمي كوانتومي محاسباتي در مطالعات دارويي" در حال برگزاری است.

💠ارائه دهنده: خانم دكتر باقري💠


📍مكان: آزمايشگاه بيوانفورماتيك پارس سيليكو

@practicalbioinformatics

🏳تحقیقات جدید نشان داده که اینترلوکین 8 بیومارکر مناسبی برای سرطان پروستات نیست!
https://goo.gl/3tJrjr

▪️آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🔔پایگاه Sci Hub از دسترس خارج شده!
🏳برای دسترسی از دی ان اس های 80.82.77.83 و 80.82.77.84 استفاده کنید.

آدرس جدید سایت🎁

💡 http://sci-hub.bz
▪️آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🔔مقاله جدید که نشان میدهد چطور در کمتر از 30 ثانیه DNA یا RNA موجودات مختلف را با کاغذ صافی و یا حتی دستمال کاغذی استخراج کرد.

https://goo.gl/ZwdxqC

▪️آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

✍️ژن های محبوب ژنوم انسان
🏳مقاله جذاب از nature که ژن های محبوبی که برروی انها بیشتر مطالعه شده، را معرفی می کند. 👇

📃https://goo.gl/pyVhP6
▪️آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

✍️10 تا ژن که در مقالات بیشتر گزارش شده است.
🏳مقاله جذاب از nature 👇

📃https://goo.gl/pyVhP6
▪️آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

✍️ژن های محبوب ژنوم انسان
🏳مقاله جذاب که دیروز در مجله nature چاپ شده و ژن های محبوبی که بیشتر در مقالات گزارش شده، را معرفی می کند.

📃22 November 2017
▪️آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

▫️اندر احوالات بیوانفورماتیک😄🙃


▪️آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

▫️اندر احوالات بیوانفورماتیک🙃
😴وقتی عسل بیوانفورماتیک را هم در میارن🍯


▪️آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

Gates Cambridge Scholarship
🎓فرصت های تحصيل در رشته مختلف زیستی در Gates Cambridge

📌زمينه هاي تحقيقاتي:
field of Interest:
Allergy, oncology, cancer, cardiology, Gastroenterology, Genetics, Immunology, Pediatrics, Surgery, Neurosciences, Orthopedics, Nephrology, Neurology, Critical Care Medicine, Pulmonology, Emergency Medicine, Infertility, Infectious Diseases, Molecular Biology, Global Health, Tropical Diseases, Hepatology, Hematology, Obstetrics, Gynecology, Diabetes, Pathology, Public Health, Ophthalmology, Microbiology, Radiology, Anesthesia, Stem cells, Informatics, Data, Geriatrics, Cell biology, Bioinformatics, all other fields


✍️فرصت تکمیل فرم: 6دسامبر ٢٠١٧



🌍اطلاعات بيشتر در لينك:
https://goo.gl/2jE33m

⏳ آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

@practicalbioinformatics

🎁اسلاید سخنرانی خانم دکتر باقري
با عنوان "کاربرد شيمي كوانتومي محاسباتي در مطالعات دارويي"

▫️ارائه شده در پارس سیلیکو

▪️آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🔔با ابزار آنلاین LiteMol به آسانی می توانید ساختار های ۳ بعدی بسیار حجیم را، حتی بر روی تبلت خود، مشاهده و انالیز کنید!!

▫️لینک 👇
goo.gl/56Zn8A

▪️آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

👏خوش آمد بگویید به آینده

▫️توالی یابی DNA بر روی تلفن همراه

▫️با استفاده از دستگاه SmidgION شرکت Oxford Nanopore و نرم افزار اندروید BaseCaller

▪️آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

📚مجموعه کتاب در زمینه های Precision Medicine و Personalized Medicine

▪️آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics