#اخبار_هفته

🦠انتشار بیماری تنفسی ناشناخته در چین🧪

https://edition.cnn.com/2020/01/08/health/china-wuhan-pneumonia-virus-intl-hnk/index.html

#Virus

*
🦑ستاره شکننده قرمز توانایی دیدن به وسیله سلول های پوستی حساس به نور را دارد.🌕


http://www.sci-news.com/biology/red-brittle-stars-light-sensitive-skin-cells-07983.html

*
🧬مطالعات نشان میدهد که جانداران تک سلولی توانایی گرفتن تصمیمات پیچیده را دارند.📖

http://www.sci-news.com/biology/stentor-roeseli-decisions-07886.html

*

🔍نانوپارتیکل ها ژن خودکشی را به درون سلول های تومور مغزی میفرستند.✂️

https://www.genengnews.com/news/nanoparticle-slips-suicide-gene-into-pediatric-brain-cancer-cells/

#Nanotechnology

*

💉 روش Antibody combination از انتقال HIV از مادر به جنین جلوگیری میکند.📚

https://www.genengnews.com/news/antibody-combination-prevents-hiv-transmission-from-mother-to-infant/

#HIV

*

🧬 @PrimerSBU 🧬

*

#معرفی_منابع_اطلاعاتی
Www.ansfoundation.org
با توجه به شرایط فعلی و عدم دسترسی کافی به منابع اطلاعاتی معتبر، دسترسی راحت به مقالات و کتابهای متنوع به صورت open access اولین ویژگی مثبت این سایت خواهد بود.
نکته ی بعد اینکه یک منبع اطلاعاتی جامع است که در حوزه های علمی، فنی و آماری خواهد بود.
تمامی مطالب به روز هستند و در مدت کوتاهی پس از نشر در اختیار قرار می‌گیرند.
تمامی حقوق استفاده و نشر از این مقالات در فضای مجازی رعایت شده اند و همانند سایت های مشابه داخلی نسخه های غیر قانونی آپلود نمی‌شوند.

با احترام به جامعه ی محققان در این سایت تبادل اطلاعات امکان پذیر است اگر مقاله شما دارای استاندارد های کافی باشد از طرف سایت حمایت و چاپ خواهد شد.
هدف آنها افزایش آگاهی و دسترسی همگان به تازه های علم و فناوری و صنعت است.
@primerSBU

#بیوممتیک
Kicksrtart Metafly✈️
" پهپادی که مانند خفاش پرواز می کند "
پهپاد ها یا همان هواپیماهای بدون سرنشین استاندارد quadcopter، طی یک یا دو دهه اخیر آنقدر محبوب شده اند که اکنون برای پرواز بسیار ارزان و آسان هستند. آنها برای عکاسی هوایی، ویدئوگرافی و مسابقات پهپاد ها بسیار مناسب اند. اما این سهولت استفاده، برای خلبانان با تجربه، به اندازه گذشته جالب و سرگرم کننده نیست. اکنون یک دستگاه جدید به نام Metafly، به تازگی توسط Kickstartor راه اندازي شده است و قول می دهد که پرواز یک پهپاد را سرگرم کننده کند. Metafly، حداقل به معنای متعارف، یک پهپاد نیست؛ اما لزوما این نزدیک ترین مقایسه نیست. برخلاف quadcopter که با استفاده از مجموعه ای از چهار غرفه پرواز می کند، Metafly، بیشتر شبیه خفاش یا پروانه یا سنجاقک است.🦇🦋
✔️ این محصول،پیرامون اصول بیوممتیک ساخته شده است که ترکیبی از هنر و علم از تکثیر مصنوعی سیستم های طبیعی موجود در گیاهان و جانوران است که این بال زدن با این گونه بال ها برای پرواز کردن است.
" ادامه متن در پست بعد " ⬅️
@PrimerSBU

#بیوممتیک
✔️ این روش منحصر به فرد، باعث می شود Metafly بتواند به مراتب بیشتر از یک پهپاد سنتی مانور یابد. این وسیله در مسیر مستقیم به اندازه پهپاد سریع نیست؛ اما می تواند به سهولت در هوا بچرخد و این باعث می شود که برای پرواز های داخلی ایده آل شود. این وسیله می تواند با حداکثر سرعت ۱ مایل بر ساعت یا ۱۸۰ کیلومتر بر ساعت و برد ۳۶۰ پا یا ۱۰۰ متر بر ساعت تا ۸ دقیقه پرواز کند و تنها ۱۲ دقیقه طول می کشد تا شارژ شود. این پهپاد، شامل کنترل از راه دور است و برای ضربه طراحی شده است؛ بنابراین اگر با آن تصادف کنید، خراب نمی شود.
🎥 ویدئویی در رابطه با این مطلب ⬇️
@PrimerSBU

MetaFly RC Unique Flying Biomimetic Creature | Technology 2019 🦋🦇✈️
#بیوممتیک
@primerSBU

🧬درمان تالاسمی با ژن‌ درمانی🧬

📌محققان با تصحیح جهش‌های ژنی در تالاسمی بتا، توانسته‌اند سلول‌های خون‌ساز این بیماران را وادار به تولید گلبول‌های قرمز سالم کنند. این موفقیت بزرگی در ژن‌درمانی است.

✳ حدود 288 هزار نفر در سراسر دنیا مبتلا به تالاسمی بتا هستند. در این بیماری ژنتیکی، بدن قادر به ساخت درست پروتئین بتای هموگلوبین نیست و لذا اکسیژن‌رسانی توسط گلبول‌های قرمز به درستی انجام نمی‌گیرد. از این رو لازم است که این بیماران هر 3 تا 4 هفته خون دریافت کنند. این فرآیند از 6ماهگی تا پایان عمر ادامه می‌یابد، حدود 4 تا 6 ساعت به طول می‌انجامد و معمولا در طی تزریق غلظت آهن بالا می‌رود که این اتفاق عوارض جانبی خطرناکی ایجاد می‌کند.

#مهندسی_ژنتیک
@primerSBU

🧬درمان تالاسمی با ژن درمانی🧬

✳ در یک کارآزمایی‌بالینی 15 نفر از 22 بیمار مبتلا به تالاسمی بتا بعد از دریافت درمان به طور کلی از تزریق خون بی‌نیاز شدند و 7 نفر دیگر نیز که اغلب مبتلا به انواع خیلی شدید بیماری بودند، توانستند که دفعات تزریق را کمتر کنند. در طول 3 و نیم سال اثرات درمان در بیماران کمرنگ نشده بود و بدون دریافت خون به زندگی خود ادامه می‌دادند.

✳ در طی این ژن‌درمانی سلول‌های‌بنیادی از مغز استخوان بیمار جدا می‌شوند و در خارج از بدن توسط ویروس مهندسی‌شده برای حمل کپی‌های درست ژن جهش‌یافته (HBB)، اصلاح می‌شوند. این سلول‌ها دوباره به بدن بیمار بازگردانده شده و شروع به ساختن گلبول‌های قرمز سالم می‌کنند. بدین وسیله بیمارانی که مجبور به صرف هزینه‌های‌ سنگین و انجام فرایند سخت تزریق خون برای کل مدت زندگی‌شان بودند با ژن‌درمانی می‌توانند به آرزوی خود تحقق ببخشند.

✳ شرکت Bluebird همچنین در حال توسعه‌ ژن‌درمانی برای سندروم کم خونی داسی‌شکل و آدرنالکودیستروفی مغزی است. این شرکت اظهار داشته‌است که کودک مبتلا به کم‌خونی داسی‌شکل که در سال 2017 درمان را دریافت‌کرده‌، تاکنون هیچ علامتی از بیماری بروز نداده‌است. Bluebird امسال نسبت به دریافت تأییدیه FDA  درمان تالاسمی بتای خود اقدام خواهد کرد و پس از آن این درمان در سراسر اروپا و آمریکا قابل دسترس خواهدبود.

🖇لینک خبر و مقاله:
📎https://eurekalert.org/pub_releases/2018-04/uob-bru042718.php
📎https://www.embopress.org/doi/10.15252/emmm.201708454

#مهندسی_ژنتیک
@primerSBU

#اخبار_هفته

🤖۱-ساخته شدن ربات های زنده با استفاده از سلول های قورباغه🐸

https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200113175653.htm

#Frog
*

🦠۲-محققان چند صد رشته RNA ی ویروسی جدید را در حشرات کشف کردند.🦗

http://www.sci-news.com/biology/rna-viruses-insects-07999.html

#Virus #RNA

*
📝۳-توانایی تخریب انواعی از پلاستیک توسط لارو حشره Mealworm 🐛

http://www.sci-news.com/biology/mealworms-toxic-plastic-07974.html

#Mealworm

*
🌎۴-در انقراض دایناسور ها آتش فشان ها نقشی نداشتند . 🔥

https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200116141708.htm

*
💉۵- پژوهشگران گلبول های قرمز "اَبَر انسانی" تولید کردند که میتواند به سلول های خاصی از بدن دارو رسانی انجام دهد.💊

https://m.phys.org/news/2020-01-physicists-super-human-red-blood-cells.html

#DrugDelivery

***

@PrimerSBU

زیست رایانش(Biocomputation)، ایده ای بلندپروازانه یا آینده ای روشن؟!

🖥🖥🖥🖥🖥🖥🖥🖥🖥🖥🖥🖥
در سال ۱۹۹۴ بود که Adleman، پروفسور علوم کامپیوتر و مهندسی برق دانشگاه کالیفرنیای جنوبی با انتشار مقاله ای پر سر و صدا، حوزه ی جدیدی از تحقیقات در زمینه رایانش (Computation) باز کرد. میدانیم که اساس کار کامپیوتر گرفتن اطلاعات ورودی، پردازش آن و دادن خروجی است. کامپیوتر این کار را بوسیله الگوریتم ها و مدارهای الکتریکی که در آن تعریف شده انجام میدهد. آنچه امروزه بعنوان Biocomputing تعریف میشود ساختن کامپیوترهایی است که براساس مواد زیستی(DNA,Protein) کار میکنند تا موجودات زنده را شبیه سازی کنند یا برای مطالعه موجودات زنده استفاده شوند. توالی DNA شامل تعداد بیشماری کُد است. میتوان گفت تفاوت کدُهای DNA و کُدهای صفر و یک، در تعداد و ماهیت آنهاست وگرنه اساس ذخیره اطلاعات در هردو مشابه است. همین اصل، ایده ذخیره ی اطلاعات در DNA و استفاده از آن در محاسبات را مطرح کرد. دو مورد اصلی که در زیست رایانش مطرح است الگوریتم های ژنتیکی و شبکه های عصبی(Neural Network) میباشد. این دو روش به سیستم های محاسباتی( لپ تاپ شما یا یک باکتری) این امکان را میدهد که با توجه به اطلاعات ورودی تصمیم گیری کند.شبکه های عصبی سیستم های مصنوعی ای هستند که از شبکه اعصاب مغز الهام گرفته شده اند. کامپیوترهای معمولی برای هر عمل باید برنامه نویسی شوند ولی موجودات زنده قدرت ارزیابی و تصمیم گیری دارند که فرآیند محاسبات را ساده‌تر میکند. اکثر بیماری های ژنتیکی شامل یک یا چند خطا در توالی DNA میباشد، مانند میلیونها خط کُد که بخاطر جا انداختن یک کاما اجرا نمیشود! شاید در آینده کامپیوترهای زیستی ای ساخته شود که بتواند این خطاها را تشخیص داده و ترمیم کند.
🧬🧬🧬🧬🧬🧬🧬🧬🧬🧬🧬🧬

#System_Biology
#Synthetic_Biology
#Computational_Biology


@PrimerSBU

📚⬅️ برای مطالعه بیشتر در این زمینه میتوانید از این مقاله استفاده نمایید.

#System_Biology
#Synthetic_Biology
#Computational_Biology


@PrimerSBU

#اخبار_هفته

دانشمندان ژنی را شناسایی کردند که کشت بافت را متوقف میکند.🧬
http://dx.doi.org/10.1016/j.cub.2019.11.068


محققان استراتژی جدیدی را در مبارزه با مقاومت آنتی بیوتیکی کشف کردند🦠
http://dx.doi.org/10.1038/s41467-019-13660-x


دانشمندان موفق شدند کبد انسان را یک هفته خارج از بدن زنده نگه دارند.🧪
http://dx.doi.org/10.1002/prot.25856


دانشمندان موفق به کشف یک پروتئین جدید در پلاکهای بیماری آلزایمر شدند.🧫
https://doi.org/10.1038/s41467-019-13962-0

@PrimerSBU

چاپ سه بعدی بینی


نمونه های دیگر از کاربرد چابگر سه بعدی برای چاپ اعضای بدن با سلول های بدن بیمار.

@PrimerSBU

اانتشار تصاویر سه بعدی جنین در ژاپن
بسیاری از زوجها میخواهند تصویر جنینشان را پیش از تولد ببینند...
🧬🦠🧪💊

https://youtu.be/rALIwQN2zUE



چابگر های سه بعدی قلب انسان چاپ میکنند

🧬💉🧪📚

https://youtu.be/Xl1ALoglgCM

@PrimerSBU

ارتباط یا عدم ارتباط میکروب های روده ی ماهی سالمون با رنگدانه های گوشت این ماهی ؟
🔎در استرالیا مشاهده شده است که در تابستان رنگدانه های گوشتی به شدت کاهش پیدا میکند و معتقدند به علت دمای بالای آب است (>20) اما این مکانیسم کاهش ناشناخته بود ؛ از آنجا که میکروب های روده ی ماهی سالمون نیز نسبت به دمای آب بسیار حساسند و تعداد آن ها تغییر میکند پس ممکن است این دو به یکدیگر مربوط باشند .
🔍در آزمایش این گروه از محققین 68 ماهی را در بازه ی انتهای تابستان تا زمستان رنگ گوشتشان را بررسی کردند از دو طریق : میانگین رنگ در کل قسمت گوشتی یا یکنواختی رنگ که با بررسی 16S rRNAحاصل شد و در نهایت نتیجه این بود که همبستگی بین رنگ فیله و میکروب ها وجود داشت .
🔎 در خانواده با رنگ های گوشت تیره باکتری های سازنده ی کارتونوئید بیشتر یافت میشدند ؛ کارتونوئید ها (caretoneid) رنگ های ارگانیک مسئول رنگ نمکی گوشت ها هستند ؛ ماهی سالمون وحشی اقیانوس اطلس دارای کارتونوئید است که یا با تغذیه ی زئوپلانکتون ها یا طعمه هایی که کارتونوئید مصرف میکردند آن را به دست میاورد . در نتیجه این ماهی ها به شکل طبیعی یا مصنوعی به کارتونوئید وابسته اند که در تجاری سازی موثر است و امروزه از برخی میکروجلبک ها یا مخمر ها در رژیم های غذایی این ماهی ها استفاده میشود ؛ اما حدود 30 تا 70 درصد کارتونوئید ها از طریق مدفوع دفع میشوند و قابلیت هضم کم کارتونوئید ها منجر به دریافت کم ماهیچه از روده میشود.
🔍رابطه ی بین قرمزی گوشت (از نظر بصری) و میزان کارتنوئید ها غیر خطی است . تا به امروز ، متابولیسم کاروتنوئیدها و احتباس آن در سالمون اقیانوس اطلس ، و همچنین ژنهای مسئول کل فرآیند متابولیک ، به خوبی درک نشده اند .
از طرف دیگر ، اجتماع میکروبی در سیستم روده ی سالمون و ماهی های دیگر نشان داده شده است که در متابولیسم میزبان دخیل هستند (یعنی تبدیل اجزای رژیم غذایی به متابولیت های فعال زیستی و تعامل سیگنال ایمنی)به عنوان مثال ، هیدرولیز کننده پروتئین و باکتریهای اسید لاکتیک(Carnobacterium divergens )به عنوان یک پروبیوتیک در ماهی سالمون گزارش شده است .
همچنین ، کاروتنوئیدها به عنوان متابولیتهای ثانویه شناخته شده و به عنوان استراتژی محافظت در برابر گونه های اکسیژن واکنش پذیر (ROS) در برخی باکتریها استفاده می شوند ؛ آن ها در تحمل تنش های محیطی مانند دما ، pH و شوری در شرایط زندگی این میکروارگانیسم ها نقش اساسی دارند .
🔎اشکال بسیاری از کاروتنوئیدها از طریق میکروارگانیسم های مختلف و مسیر های متابولیکی متفاوت تولید میشوند که تحت عنوان تکامل مسیرهای بیوسنتز کاروتنوئیدها معرفی می شوند .
جالب اینجاست که آنزیم های بیوسنتز کاروتنوئید کاملاً قدرتمند هستند و هر میکروارگانیسم می تواند ماده پیش ساز مورد نیاز مسیر بیوسنتز کاروتنوئید مهندسی شده را فراهم کند و ژنهای بیوسنتز کاروتنوئید مهندسی شده را می توان در بسیاری از میکروارگانیسم ها بیان کرد از همه مهمتر ، مسیر بیوسنتز کاروتنوئید مهندسی شده می تواند مسیر موجود کاروتنوئید موجود را در میزبان تغییر دهد . که ایده های زیادی برای بررسی این ماده در موجودات مختلف و مسیر های متابولیکی متفاوت به میدهد .

reference:
https://link.springer.com/article/10.1007/s10126-019-09939-1

@PrimerSBU
#marine_biotechnology
#بیوتکنولوژی_دریا

اطلاعات بیشتر پیرامون نحوه ی انجام آزمایش
@PrimerSBU
#marine_biotechnology

🧬کشف یک عامل رونویسی مهم درگیر در تحمل خشکی گندم🧬

📌عوامل رونویسی می‌توانند گزینه‌های شگفت انگیزی برای اصلاح گیاهان باشند. به عنوان مثال افزایش بیان عامل رونویسی TaWRKY2 میزان زیست‌توده و محصول بذری را تحت تنش خشکی در گندم افزایش داد. هم‌چنین ثابت شد این عامل رونویسی، تنظیم کننده چندین ژن کلیدی درگیر در تنش خشکی بوده و می‌تواند به عنوان یک ژن هدف برای تولید گندم تحمل کننده خشکی معرفی شود.
#مهندسی_ژنتیک
@primerSBU

🧬مطالعات قبلی نشان داده اند عامل رونویسی TaWRKY2 نقش کلیدی در تحمل به تنش خشکی در گیاه گندم ایفا می‌کند. پروموتر این عامل رونویسی دارای cis-element‌های تنظیمی است که طی تنش خشکی، شوری، گرما و هورمون اسید آبسیزیک القا می‌شود. پروموتر این عامل رونویسی دارای جایگاه اتصال برای پروتئین‌های ABRE-binding ،zinc finger ،MYB و فاکتور AP2/ERF بود.

به منظور بررسی‌های بیشتر، افزایش بیان TaWRKY2 در گندم تراریخته مورد بررسی قرار گرفت و مشاهده شد مقاومت گیاهچه‌های تراریخته به طور معنی‌داری نسبت به تنش خشکی افزایش یافته بود. این گیاهچه‌ها نسبت به گونه‌های وحشی نرخ زنده‌ماندن بالاتر و هدررفت آب کمتری داشتند. در عین حال تغییرات در پارامترهای فیزیولوژیکی از جمله افزایش محتوای پرولین، قندهای محلول و کلروفیل مشاهده شد که نشان می‌دهد عامل رونویسی TaWRKY2 تنظیم کننده‌ای مثبت برای سازگاری گندم در برابر تنش خشکی در مرحله گیاهچه‌ است.

درحالی که در طول دوره تنش خشکی و قبل از خوشه‌دهی، رشد در گونه‌های وحشی متوقف خواهد شد، ورود به مرحله خوشه دهی در لاین‌های تراریخته مشاهده شد. گیاهان تراریخته دوره خوشه دهی طولانی‌تر، طول طوقه و تعداد بذر بیشتر در سنبله و در نتیجه افزایش عملکرد بیشتری نسبت به گیاه وحشی تحت تنش خشکی داشتند.

سطوح بیان چندین ژن پاسخ دهنده به تنش خشکی مانند DREBs ،GST6 ،ERF5a ،TIP2 و WRKY19 در گیاهچه‌های تراریخته افزایش داشت. این یافته‌ها نقش تنظیمی عامل رونویسی TaWRKY2 را در پاسخ به خشکی تایید کرد. TaWRKY2 گیاه را قادر به افزایش تحمل خشکی و افزایش عملکرد دانه به طور همزمان می‌کند. در نتیجه می‌تواند به‌عنوان کاندیدی برای توسعه و گسترش گندم‌ متحمل به خشکی با عملکرد بالا از طریق مهندسی ژنتیک معرفی شود.
🖇لینک مقاله :

https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpls.2018.00997/full
#مهندسی_ژنتیک
@primerSBU

🔎#اخبار_هفته

🧪ساخت باکتری های مهندسی شده برای محافظت زنبور در برابر سموم آفت کش و پاتوژن ها.🐝

https://m.phys.org/news/2020-01-bacteria-bees-pests-pathogens.html

*

🧬"ژن های جهنده" به تثبیت الگو های فولدینگ DNA کمک میکنند.📂

https://m.phys.org/news/2020-01-genes-stabilize-dna-patterns.html

*
🔎چرا سیستم ایمنی CRISPR-CAS در بسیاری از باکتری ها غایب است ؟✂️

https://m.phys.org/news/2020-01-autoimmunity-important-immune-absent-bacteria.html

***

🧾مطالعات نشان می دهد که بیماری پارکینسون ممکن است قبل از تولد پیش بینی شود و داروی سرطان پوست به عنوان یک درمان احتمالی معرفی می شود.💊


https://www.genengnews.com/news/study-finds-parkinsons-disease-may-be-predestined-before-birth-and-identifies-skin-cancer-drug-as-potential-treatment/

*

🧬دسته ژن های مربوط به سندرم داون، در ارتباط با یک سری مشکلات شناختی خاص و اختلات عصبی هستند.📝

https://www.genengnews.com/news/down-syndrome-gene-clusters-in-mice-linked-with-specific-cognitive-deficits-and-neuronal-communication/

*

🧬 @PrimerSBU 🧬

#کرونا 🦠
📌یک تیم تحقیقاتی با نرم افزار Sequence Alignment توالی ژنی "ویروس کرونای ۲۰۱۹" و ویروس های هم خانواده اش و ویروس عامل SARSمقایسه کردند و متوجه چهار ژن کد کننده ی پروتئین غیر طبیعی در توالی آن شدند.
غیر طبیعی یعنی این توالی ها در حالت عادی در ژنوم چنین ویروس هایی وجود ندارند و احتمالا به وسیله انسان وارد ماده ژنتیک ویروس شده اند.
این ژن ها که پروتئین های غشایی خاصی از ویروس را کد میکنند شبیه ژن های کد کننده ی پروتئین های سطحی HIV-1هستند.

📝لینک مقاله:
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.30.927871v1


***
🧬@PrimerSBU 🧬

#معرفی_منابع_اطلاعاتی
#expasy
سایت expasy معروف ترین سایت طراحی پروتئین است که اطلاعات جامعی درباره ساختار سه بعدی یعنی ساختار سوم و چهارم پروتئین
با دادن توالی به نرم افزار به سادگی می‌توان به ساختار آن پی برد و با توجه با شباهت ها با موارد مشابه به عملکرد آن مشخص خواهد شد
این سایت بانک اطلاعاتی خوبی دارد و کارکردن با آن بسیار راحت است.
بررسی و شناسایی ساختار 3‌بعدی پروتئین ها یک منبع بسیارمهم از اطلاعات برای درک عملکرد و فعالیت پروتئین ها ، میانکنش آنها با لیگاندها ، پروتئین ، DNA و … همچنین درک اثرات جهش ها می‌باشد.
ساختار سه‌ بعدی پروتئین بر اساس سه روش اصلی طبقه بندی شود :

روش مدل سازی همولوژیکی: در این روش اساس پیش‌بینی ساختار سه بعدی پروتئین ها توسط مدل سازی همولوژیکی ای می باشد که در آن توالی پروتئین با یک یا تعداد بیشتری از پروتئین ها که ساختار آن ها از قبل شناخته شده و دارای شباهت هستند، می باشد. اساس این روش که مدل سازی مقایسه ای نیز نامیده می شود این است که که پروتئین‌هایی با توالی ها ی مشابه دارای ساختارهای مشابه نیز می باشند . زیرا وقتی ساختار یک پروتئین از یک خانواده ژنی به‌وسیله‌ی آزمایش تعیین می گردد، پروتئین های دیگر آن خانواده نیز می‌توانند بر اساس شباهتشان با ساختار پروتئین شناخته شده، مدل سازی شوند. در این روش دقت پیش گویی به میزان تشابه بین توالی پروتئین هدف و پروتئین الگو بستگی دارد. مشکل اصلی پیش بینی ساختار سوم پروتئین ها با روش مدل سازی همولوژیکی در یافتن توالی هدفی است که به عنوان الگو استفاده می گردد و تقریبا 57 درصد همه‌ی توالی های شناخته شده حداقل یک دمین دارند که به یک پروتئین با ساختار شناخته شده وابسته می‌باشد.

در روش AB initio سعی می شود تا مدل ساختار سه‌بعدی پروتئین ها با استفاده از توالی و بررسی و پیش بینی نیروهای بیم اتم های پروتئین ها ایجاد گردد. و از اطلاعات ساختار سه بعدی موجود استفاده نمی شود. این روش همچنین روش دنوو نیز نامیده می شود.

با این که این روش از لحاظ کامپیوتری بسیار پیچیده و فاقد دقت کافی می باشد اما به چند ازا ین روش استفاده می‌شود و در حال گسترش می‌باشند. اول این که در برخی از موارد حتی یک ساختار همولوگ وابسته خیلی دورهم ممکن است در دسترس نباشد. در این موارد ab initio تنها روش پیش بینی ساختار سه بعدی پروتئین مربوطه می‌باشد . دلیل دوم این است که ممکن است ساختارهای جدیدی شناسایی شوند که به‌وسیله‌ی روش‌هایی که اساس شان مقایسه‌ی ساختارهای شناخته شده است قابل شناسایی نباشند.
@primerSBU

#معرفی_منابع_اطلاعاتی
روش مدل سازی threading پروتئین برای پیش بینی ساختار سه بعدی پروتئین ها
این روش که گاهی نیز تشخیص فولد پروتئین نامیده می شود یک رویکرد حد واسط دو روش قبلی می باشد که هم از تشابه همولوژی توالی (البته در صورت وجود) و هم از اطلاعات مربوط به تطابق‌های ساختاری استفاده می نماید. در این روش هدف تطابق توالی پروتئین هدف با ساختار شناخته شده در کتابخانه‌ای از فولد ها می‌باشد.

آموزش پیش بینی ساختار سه بعدی پروتئین ها با روش swissmodel
در ادامه آموزش سایت swissmodel برای پیش‌بینی ساختار سه‌بعدی پروتئین‌ها بر اساس روش مدل سازی همولوژیکی ارائه می‌گردد.

در این روش پیش‌بینی ساختار سه‌بعدی پروتئین بر اساس توالی پروتئین صورت می‌پذیرد. پیش‌بینی ساختار سه‌بعدی پروتئین در سایت swissmodel با دو روش امکان‌پذیر است

در روش اول سایت swissmodel به صورت خودکار الگوهای لازم برای پیش‌بینی ساختار سه‌بعدی پروتئین را تعیین می‌نماید
در روش دوم باید فایل الگو برای پیش‌بینی ساختار سه‌بعدی پروتئین را در سایت swissmodel وارد نماییم.

https://swissmodel.expasy.org/interactive

در روش دوم باید فایل الگو برای پیش‌بینی ساختار سه‌بعدی پروتئین را در سایت swissmodel وارد نماییم.
@primerSBU