زیست رایانش(Biocomputation)، ایده ای بلندپروازانه یا آینده ای روشن؟!
🖥🖥🖥🖥🖥🖥🖥🖥🖥🖥🖥🖥
در سال ۱۹۹۴ بود که Adleman، پروفسور علوم کامپیوتر و مهندسی برق دانشگاه کالیفرنیای جنوبی با انتشار مقاله ای پر سر و صدا، حوزه ی جدیدی از تحقیقات در زمینه رایانش (Computation) باز کرد. میدانیم که اساس کار کامپیوتر گرفتن اطلاعات ورودی، پردازش آن و دادن خروجی است. کامپیوتر این کار را بوسیله الگوریتم ها و مدارهای الکتریکی که در آن تعریف شده انجام میدهد. آنچه امروزه بعنوان Biocomputing تعریف میشود ساختن کامپیوترهایی است که براساس مواد زیستی(DNA,Protein) کار میکنند تا موجودات زنده را شبیه سازی کنند یا برای مطالعه موجودات زنده استفاده شوند. توالی DNA شامل تعداد بیشماری کُد است. میتوان گفت تفاوت کدُهای DNA و کُدهای صفر و یک، در تعداد و ماهیت آنهاست وگرنه اساس ذخیره اطلاعات در هردو مشابه است. همین اصل، ایده ذخیره ی اطلاعات در DNA و استفاده از آن در محاسبات را مطرح کرد. دو مورد اصلی که در زیست رایانش مطرح است الگوریتم های ژنتیکی و شبکه های عصبی(Neural Network) میباشد. این دو روش به سیستم های محاسباتی( لپ تاپ شما یا یک باکتری) این امکان را میدهد که با توجه به اطلاعات ورودی تصمیم گیری کند.شبکه های عصبی سیستم های مصنوعی ای هستند که از شبکه اعصاب مغز الهام گرفته شده اند. کامپیوترهای معمولی برای هر عمل باید برنامه نویسی شوند ولی موجودات زنده قدرت ارزیابی و تصمیم گیری دارند که فرآیند محاسبات را سادهتر میکند. اکثر بیماری های ژنتیکی شامل یک یا چند خطا در توالی DNA میباشد، مانند میلیونها خط کُد که بخاطر جا انداختن یک کاما اجرا نمیشود! شاید در آینده کامپیوترهای زیستی ای ساخته شود که بتواند این خطاها را تشخیص داده و ترمیم کند.
🧬🧬🧬🧬🧬🧬🧬🧬🧬🧬🧬🧬
#System_Biology
#Synthetic_Biology
#Computational_Biology
@PrimerSBU
🖥🖥🖥🖥🖥🖥🖥🖥🖥🖥🖥🖥
در سال ۱۹۹۴ بود که Adleman، پروفسور علوم کامپیوتر و مهندسی برق دانشگاه کالیفرنیای جنوبی با انتشار مقاله ای پر سر و صدا، حوزه ی جدیدی از تحقیقات در زمینه رایانش (Computation) باز کرد. میدانیم که اساس کار کامپیوتر گرفتن اطلاعات ورودی، پردازش آن و دادن خروجی است. کامپیوتر این کار را بوسیله الگوریتم ها و مدارهای الکتریکی که در آن تعریف شده انجام میدهد. آنچه امروزه بعنوان Biocomputing تعریف میشود ساختن کامپیوترهایی است که براساس مواد زیستی(DNA,Protein) کار میکنند تا موجودات زنده را شبیه سازی کنند یا برای مطالعه موجودات زنده استفاده شوند. توالی DNA شامل تعداد بیشماری کُد است. میتوان گفت تفاوت کدُهای DNA و کُدهای صفر و یک، در تعداد و ماهیت آنهاست وگرنه اساس ذخیره اطلاعات در هردو مشابه است. همین اصل، ایده ذخیره ی اطلاعات در DNA و استفاده از آن در محاسبات را مطرح کرد. دو مورد اصلی که در زیست رایانش مطرح است الگوریتم های ژنتیکی و شبکه های عصبی(Neural Network) میباشد. این دو روش به سیستم های محاسباتی( لپ تاپ شما یا یک باکتری) این امکان را میدهد که با توجه به اطلاعات ورودی تصمیم گیری کند.شبکه های عصبی سیستم های مصنوعی ای هستند که از شبکه اعصاب مغز الهام گرفته شده اند. کامپیوترهای معمولی برای هر عمل باید برنامه نویسی شوند ولی موجودات زنده قدرت ارزیابی و تصمیم گیری دارند که فرآیند محاسبات را سادهتر میکند. اکثر بیماری های ژنتیکی شامل یک یا چند خطا در توالی DNA میباشد، مانند میلیونها خط کُد که بخاطر جا انداختن یک کاما اجرا نمیشود! شاید در آینده کامپیوترهای زیستی ای ساخته شود که بتواند این خطاها را تشخیص داده و ترمیم کند.
🧬🧬🧬🧬🧬🧬🧬🧬🧬🧬🧬🧬
#System_Biology
#Synthetic_Biology
#Computational_Biology
@PrimerSBU
adleman-science.pdf
1.1 MB
📚⬅️ برای مطالعه بیشتر در این زمینه میتوانید از این مقاله استفاده نمایید.
#System_Biology
#Synthetic_Biology
#Computational_Biology
@PrimerSBU
#System_Biology
#Synthetic_Biology
#Computational_Biology
@PrimerSBU
#اخبار_هفته
دانشمندان ژنی را شناسایی کردند که کشت بافت را متوقف میکند.🧬
http://dx.doi.org/10.1016/j.cub.2019.11.068
محققان استراتژی جدیدی را در مبارزه با مقاومت آنتی بیوتیکی کشف کردند🦠
http://dx.doi.org/10.1038/s41467-019-13660-x
دانشمندان موفق شدند کبد انسان را یک هفته خارج از بدن زنده نگه دارند.🧪
http://dx.doi.org/10.1002/prot.25856
دانشمندان موفق به کشف یک پروتئین جدید در پلاکهای بیماری آلزایمر شدند.🧫
https://doi.org/10.1038/s41467-019-13962-0
@PrimerSBU
دانشمندان ژنی را شناسایی کردند که کشت بافت را متوقف میکند.🧬
http://dx.doi.org/10.1016/j.cub.2019.11.068
محققان استراتژی جدیدی را در مبارزه با مقاومت آنتی بیوتیکی کشف کردند🦠
http://dx.doi.org/10.1038/s41467-019-13660-x
دانشمندان موفق شدند کبد انسان را یک هفته خارج از بدن زنده نگه دارند.🧪
http://dx.doi.org/10.1002/prot.25856
دانشمندان موفق به کشف یک پروتئین جدید در پلاکهای بیماری آلزایمر شدند.🧫
https://doi.org/10.1038/s41467-019-13962-0
@PrimerSBU
Nature Communications
Inhibiting bacterial cooperation is an evolutionarily robust anti-biofilm strategy
Bacterial biofilms rely on shared extracellular polymeric substances (EPS) and are often highly tolerant to antibiotics. Here, the authors show in in vitro experiments that Salmonella does not evolve resistance to EPS inhibition because such strains are outcompeted…
Forwarded from TaHouRaa
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
چاپ سه بعدی بینی
نمونه های دیگر از کاربرد چابگر سه بعدی برای چاپ اعضای بدن با سلول های بدن بیمار.
@PrimerSBU
نمونه های دیگر از کاربرد چابگر سه بعدی برای چاپ اعضای بدن با سلول های بدن بیمار.
@PrimerSBU
Forwarded from TaHouRaa
اانتشار تصاویر سه بعدی جنین در ژاپن
بسیاری از زوجها میخواهند تصویر جنینشان را پیش از تولد ببینند...
🧬🦠🧪💊
https://youtu.be/rALIwQN2zUE
چابگر های سه بعدی قلب انسان چاپ میکنند
🧬💉🧪📚
https://youtu.be/Xl1ALoglgCM
@PrimerSBU
بسیاری از زوجها میخواهند تصویر جنینشان را پیش از تولد ببینند...
🧬🦠🧪💊
https://youtu.be/rALIwQN2zUE
چابگر های سه بعدی قلب انسان چاپ میکنند
🧬💉🧪📚
https://youtu.be/Xl1ALoglgCM
@PrimerSBU
YouTube
انتشار تصاویر سه بعدی جنین در ژاپن - hi-tech
بسیاری از زوجها می خواهند تصویر فرزندانشان را پیش از...
یورونیوز، پربیننده ترین شبکه خبری در اروپا
برای دریافت گزیده اخبار بین المللی روز، مشترک شویدhttp://eurone.ws/Xw5imz
یورونیوز به دوازده زبان دیگر در دسترس شماستhttp://eurone.ws/16UnLKq
http://pers…
یورونیوز، پربیننده ترین شبکه خبری در اروپا
برای دریافت گزیده اخبار بین المللی روز، مشترک شویدhttp://eurone.ws/Xw5imz
یورونیوز به دوازده زبان دیگر در دسترس شماستhttp://eurone.ws/16UnLKq
http://pers…
ارتباط یا عدم ارتباط میکروب های روده ی ماهی سالمون با رنگدانه های گوشت این ماهی ؟
🔎در استرالیا مشاهده شده است که در تابستان رنگدانه های گوشتی به شدت کاهش پیدا میکند و معتقدند به علت دمای بالای آب است (>20) اما این مکانیسم کاهش ناشناخته بود ؛ از آنجا که میکروب های روده ی ماهی سالمون نیز نسبت به دمای آب بسیار حساسند و تعداد آن ها تغییر میکند پس ممکن است این دو به یکدیگر مربوط باشند .
🔍در آزمایش این گروه از محققین 68 ماهی را در بازه ی انتهای تابستان تا زمستان رنگ گوشتشان را بررسی کردند از دو طریق : میانگین رنگ در کل قسمت گوشتی یا یکنواختی رنگ که با بررسی 16S rRNAحاصل شد و در نهایت نتیجه این بود که همبستگی بین رنگ فیله و میکروب ها وجود داشت .
🔎 در خانواده با رنگ های گوشت تیره باکتری های سازنده ی کارتونوئید بیشتر یافت میشدند ؛ کارتونوئید ها (caretoneid) رنگ های ارگانیک مسئول رنگ نمکی گوشت ها هستند ؛ ماهی سالمون وحشی اقیانوس اطلس دارای کارتونوئید است که یا با تغذیه ی زئوپلانکتون ها یا طعمه هایی که کارتونوئید مصرف میکردند آن را به دست میاورد . در نتیجه این ماهی ها به شکل طبیعی یا مصنوعی به کارتونوئید وابسته اند که در تجاری سازی موثر است و امروزه از برخی میکروجلبک ها یا مخمر ها در رژیم های غذایی این ماهی ها استفاده میشود ؛ اما حدود 30 تا 70 درصد کارتونوئید ها از طریق مدفوع دفع میشوند و قابلیت هضم کم کارتونوئید ها منجر به دریافت کم ماهیچه از روده میشود.
🔍رابطه ی بین قرمزی گوشت (از نظر بصری) و میزان کارتنوئید ها غیر خطی است . تا به امروز ، متابولیسم کاروتنوئیدها و احتباس آن در سالمون اقیانوس اطلس ، و همچنین ژنهای مسئول کل فرآیند متابولیک ، به خوبی درک نشده اند .
از طرف دیگر ، اجتماع میکروبی در سیستم روده ی سالمون و ماهی های دیگر نشان داده شده است که در متابولیسم میزبان دخیل هستند (یعنی تبدیل اجزای رژیم غذایی به متابولیت های فعال زیستی و تعامل سیگنال ایمنی)به عنوان مثال ، هیدرولیز کننده پروتئین و باکتریهای اسید لاکتیک(Carnobacterium divergens )به عنوان یک پروبیوتیک در ماهی سالمون گزارش شده است .
همچنین ، کاروتنوئیدها به عنوان متابولیتهای ثانویه شناخته شده و به عنوان استراتژی محافظت در برابر گونه های اکسیژن واکنش پذیر (ROS) در برخی باکتریها استفاده می شوند ؛ آن ها در تحمل تنش های محیطی مانند دما ، pH و شوری در شرایط زندگی این میکروارگانیسم ها نقش اساسی دارند .
🔎اشکال بسیاری از کاروتنوئیدها از طریق میکروارگانیسم های مختلف و مسیر های متابولیکی متفاوت تولید میشوند که تحت عنوان تکامل مسیرهای بیوسنتز کاروتنوئیدها معرفی می شوند .
جالب اینجاست که آنزیم های بیوسنتز کاروتنوئید کاملاً قدرتمند هستند و هر میکروارگانیسم می تواند ماده پیش ساز مورد نیاز مسیر بیوسنتز کاروتنوئید مهندسی شده را فراهم کند و ژنهای بیوسنتز کاروتنوئید مهندسی شده را می توان در بسیاری از میکروارگانیسم ها بیان کرد از همه مهمتر ، مسیر بیوسنتز کاروتنوئید مهندسی شده می تواند مسیر موجود کاروتنوئید موجود را در میزبان تغییر دهد . که ایده های زیادی برای بررسی این ماده در موجودات مختلف و مسیر های متابولیکی متفاوت به میدهد .
reference:
https://link.springer.com/article/10.1007/s10126-019-09939-1
@PrimerSBU
#marine_biotechnology
#بیوتکنولوژی_دریا
🔎در استرالیا مشاهده شده است که در تابستان رنگدانه های گوشتی به شدت کاهش پیدا میکند و معتقدند به علت دمای بالای آب است (>20) اما این مکانیسم کاهش ناشناخته بود ؛ از آنجا که میکروب های روده ی ماهی سالمون نیز نسبت به دمای آب بسیار حساسند و تعداد آن ها تغییر میکند پس ممکن است این دو به یکدیگر مربوط باشند .
🔍در آزمایش این گروه از محققین 68 ماهی را در بازه ی انتهای تابستان تا زمستان رنگ گوشتشان را بررسی کردند از دو طریق : میانگین رنگ در کل قسمت گوشتی یا یکنواختی رنگ که با بررسی 16S rRNAحاصل شد و در نهایت نتیجه این بود که همبستگی بین رنگ فیله و میکروب ها وجود داشت .
🔎 در خانواده با رنگ های گوشت تیره باکتری های سازنده ی کارتونوئید بیشتر یافت میشدند ؛ کارتونوئید ها (caretoneid) رنگ های ارگانیک مسئول رنگ نمکی گوشت ها هستند ؛ ماهی سالمون وحشی اقیانوس اطلس دارای کارتونوئید است که یا با تغذیه ی زئوپلانکتون ها یا طعمه هایی که کارتونوئید مصرف میکردند آن را به دست میاورد . در نتیجه این ماهی ها به شکل طبیعی یا مصنوعی به کارتونوئید وابسته اند که در تجاری سازی موثر است و امروزه از برخی میکروجلبک ها یا مخمر ها در رژیم های غذایی این ماهی ها استفاده میشود ؛ اما حدود 30 تا 70 درصد کارتونوئید ها از طریق مدفوع دفع میشوند و قابلیت هضم کم کارتونوئید ها منجر به دریافت کم ماهیچه از روده میشود.
🔍رابطه ی بین قرمزی گوشت (از نظر بصری) و میزان کارتنوئید ها غیر خطی است . تا به امروز ، متابولیسم کاروتنوئیدها و احتباس آن در سالمون اقیانوس اطلس ، و همچنین ژنهای مسئول کل فرآیند متابولیک ، به خوبی درک نشده اند .
از طرف دیگر ، اجتماع میکروبی در سیستم روده ی سالمون و ماهی های دیگر نشان داده شده است که در متابولیسم میزبان دخیل هستند (یعنی تبدیل اجزای رژیم غذایی به متابولیت های فعال زیستی و تعامل سیگنال ایمنی)به عنوان مثال ، هیدرولیز کننده پروتئین و باکتریهای اسید لاکتیک(Carnobacterium divergens )به عنوان یک پروبیوتیک در ماهی سالمون گزارش شده است .
همچنین ، کاروتنوئیدها به عنوان متابولیتهای ثانویه شناخته شده و به عنوان استراتژی محافظت در برابر گونه های اکسیژن واکنش پذیر (ROS) در برخی باکتریها استفاده می شوند ؛ آن ها در تحمل تنش های محیطی مانند دما ، pH و شوری در شرایط زندگی این میکروارگانیسم ها نقش اساسی دارند .
🔎اشکال بسیاری از کاروتنوئیدها از طریق میکروارگانیسم های مختلف و مسیر های متابولیکی متفاوت تولید میشوند که تحت عنوان تکامل مسیرهای بیوسنتز کاروتنوئیدها معرفی می شوند .
جالب اینجاست که آنزیم های بیوسنتز کاروتنوئید کاملاً قدرتمند هستند و هر میکروارگانیسم می تواند ماده پیش ساز مورد نیاز مسیر بیوسنتز کاروتنوئید مهندسی شده را فراهم کند و ژنهای بیوسنتز کاروتنوئید مهندسی شده را می توان در بسیاری از میکروارگانیسم ها بیان کرد از همه مهمتر ، مسیر بیوسنتز کاروتنوئید مهندسی شده می تواند مسیر موجود کاروتنوئید موجود را در میزبان تغییر دهد . که ایده های زیادی برای بررسی این ماده در موجودات مختلف و مسیر های متابولیکی متفاوت به میدهد .
reference:
https://link.springer.com/article/10.1007/s10126-019-09939-1
@PrimerSBU
#marine_biotechnology
#بیوتکنولوژی_دریا
Marine Biotechnology
Atlantic Salmon (Salmo salar L., 1758) Gut...
Marine Biotechnology - In Tasmania (Australia), during the marine phase, it has been observed that flesh pigmentation significantly drops in summer, possibly due to high water temperatures...
👍1
🧬کشف یک عامل رونویسی مهم درگیر در تحمل خشکی گندم🧬
📌عوامل رونویسی میتوانند گزینههای شگفت انگیزی برای اصلاح گیاهان باشند. به عنوان مثال افزایش بیان عامل رونویسی TaWRKY2 میزان زیستتوده و محصول بذری را تحت تنش خشکی در گندم افزایش داد. همچنین ثابت شد این عامل رونویسی، تنظیم کننده چندین ژن کلیدی درگیر در تنش خشکی بوده و میتواند به عنوان یک ژن هدف برای تولید گندم تحمل کننده خشکی معرفی شود.
#مهندسی_ژنتیک
@primerSBU
📌عوامل رونویسی میتوانند گزینههای شگفت انگیزی برای اصلاح گیاهان باشند. به عنوان مثال افزایش بیان عامل رونویسی TaWRKY2 میزان زیستتوده و محصول بذری را تحت تنش خشکی در گندم افزایش داد. همچنین ثابت شد این عامل رونویسی، تنظیم کننده چندین ژن کلیدی درگیر در تنش خشکی بوده و میتواند به عنوان یک ژن هدف برای تولید گندم تحمل کننده خشکی معرفی شود.
#مهندسی_ژنتیک
@primerSBU
🧬مطالعات قبلی نشان داده اند عامل رونویسی TaWRKY2 نقش کلیدی در تحمل به تنش خشکی در گیاه گندم ایفا میکند. پروموتر این عامل رونویسی دارای cis-elementهای تنظیمی است که طی تنش خشکی، شوری، گرما و هورمون اسید آبسیزیک القا میشود. پروموتر این عامل رونویسی دارای جایگاه اتصال برای پروتئینهای ABRE-binding ،zinc finger ،MYB و فاکتور AP2/ERF بود.
به منظور بررسیهای بیشتر، افزایش بیان TaWRKY2 در گندم تراریخته مورد بررسی قرار گرفت و مشاهده شد مقاومت گیاهچههای تراریخته به طور معنیداری نسبت به تنش خشکی افزایش یافته بود. این گیاهچهها نسبت به گونههای وحشی نرخ زندهماندن بالاتر و هدررفت آب کمتری داشتند. در عین حال تغییرات در پارامترهای فیزیولوژیکی از جمله افزایش محتوای پرولین، قندهای محلول و کلروفیل مشاهده شد که نشان میدهد عامل رونویسی TaWRKY2 تنظیم کنندهای مثبت برای سازگاری گندم در برابر تنش خشکی در مرحله گیاهچه است.
درحالی که در طول دوره تنش خشکی و قبل از خوشهدهی، رشد در گونههای وحشی متوقف خواهد شد، ورود به مرحله خوشه دهی در لاینهای تراریخته مشاهده شد. گیاهان تراریخته دوره خوشه دهی طولانیتر، طول طوقه و تعداد بذر بیشتر در سنبله و در نتیجه افزایش عملکرد بیشتری نسبت به گیاه وحشی تحت تنش خشکی داشتند.
سطوح بیان چندین ژن پاسخ دهنده به تنش خشکی مانند DREBs ،GST6 ،ERF5a ،TIP2 و WRKY19 در گیاهچههای تراریخته افزایش داشت. این یافتهها نقش تنظیمی عامل رونویسی TaWRKY2 را در پاسخ به خشکی تایید کرد. TaWRKY2 گیاه را قادر به افزایش تحمل خشکی و افزایش عملکرد دانه به طور همزمان میکند. در نتیجه میتواند بهعنوان کاندیدی برای توسعه و گسترش گندم متحمل به خشکی با عملکرد بالا از طریق مهندسی ژنتیک معرفی شود.
🖇لینک مقاله :
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpls.2018.00997/full
#مهندسی_ژنتیک
@primerSBU
به منظور بررسیهای بیشتر، افزایش بیان TaWRKY2 در گندم تراریخته مورد بررسی قرار گرفت و مشاهده شد مقاومت گیاهچههای تراریخته به طور معنیداری نسبت به تنش خشکی افزایش یافته بود. این گیاهچهها نسبت به گونههای وحشی نرخ زندهماندن بالاتر و هدررفت آب کمتری داشتند. در عین حال تغییرات در پارامترهای فیزیولوژیکی از جمله افزایش محتوای پرولین، قندهای محلول و کلروفیل مشاهده شد که نشان میدهد عامل رونویسی TaWRKY2 تنظیم کنندهای مثبت برای سازگاری گندم در برابر تنش خشکی در مرحله گیاهچه است.
درحالی که در طول دوره تنش خشکی و قبل از خوشهدهی، رشد در گونههای وحشی متوقف خواهد شد، ورود به مرحله خوشه دهی در لاینهای تراریخته مشاهده شد. گیاهان تراریخته دوره خوشه دهی طولانیتر، طول طوقه و تعداد بذر بیشتر در سنبله و در نتیجه افزایش عملکرد بیشتری نسبت به گیاه وحشی تحت تنش خشکی داشتند.
سطوح بیان چندین ژن پاسخ دهنده به تنش خشکی مانند DREBs ،GST6 ،ERF5a ،TIP2 و WRKY19 در گیاهچههای تراریخته افزایش داشت. این یافتهها نقش تنظیمی عامل رونویسی TaWRKY2 را در پاسخ به خشکی تایید کرد. TaWRKY2 گیاه را قادر به افزایش تحمل خشکی و افزایش عملکرد دانه به طور همزمان میکند. در نتیجه میتواند بهعنوان کاندیدی برای توسعه و گسترش گندم متحمل به خشکی با عملکرد بالا از طریق مهندسی ژنتیک معرفی شود.
🖇لینک مقاله :
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpls.2018.00997/full
#مهندسی_ژنتیک
@primerSBU
Frontiers
Overexpression of a WRKY Trannoscription Factor TaWRKY2 Enhances Drought Stress Tolerance in Transgenic Wheat
Drought is a major environmental stress that severely restricts plant growth and crop productivity. A previous study showed that TaWRKY2 from wheat (Triticum aestivum) plays an important role in drought stress tolerance. In the present study, we isolated…
🔎#اخبار_هفته
🧪ساخت باکتری های مهندسی شده برای محافظت زنبور در برابر سموم آفت کش و پاتوژن ها.🐝
https://m.phys.org/news/2020-01-bacteria-bees-pests-pathogens.html
*
🧬"ژن های جهنده" به تثبیت الگو های فولدینگ DNA کمک میکنند.📂
https://m.phys.org/news/2020-01-genes-stabilize-dna-patterns.html
*
🔎چرا سیستم ایمنی CRISPR-CAS در بسیاری از باکتری ها غایب است ؟✂️
https://m.phys.org/news/2020-01-autoimmunity-important-immune-absent-bacteria.html
***
🧾مطالعات نشان می دهد که بیماری پارکینسون ممکن است قبل از تولد پیش بینی شود و داروی سرطان پوست به عنوان یک درمان احتمالی معرفی می شود.💊
https://www.genengnews.com/news/study-finds-parkinsons-disease-may-be-predestined-before-birth-and-identifies-skin-cancer-drug-as-potential-treatment/
*
🧬دسته ژن های مربوط به سندرم داون، در ارتباط با یک سری مشکلات شناختی خاص و اختلات عصبی هستند.📝
https://www.genengnews.com/news/down-syndrome-gene-clusters-in-mice-linked-with-specific-cognitive-deficits-and-neuronal-communication/
*
🧬 @PrimerSBU 🧬
🧪ساخت باکتری های مهندسی شده برای محافظت زنبور در برابر سموم آفت کش و پاتوژن ها.🐝
https://m.phys.org/news/2020-01-bacteria-bees-pests-pathogens.html
*
🧬"ژن های جهنده" به تثبیت الگو های فولدینگ DNA کمک میکنند.📂
https://m.phys.org/news/2020-01-genes-stabilize-dna-patterns.html
*
🔎چرا سیستم ایمنی CRISPR-CAS در بسیاری از باکتری ها غایب است ؟✂️
https://m.phys.org/news/2020-01-autoimmunity-important-immune-absent-bacteria.html
***
🧾مطالعات نشان می دهد که بیماری پارکینسون ممکن است قبل از تولد پیش بینی شود و داروی سرطان پوست به عنوان یک درمان احتمالی معرفی می شود.💊
https://www.genengnews.com/news/study-finds-parkinsons-disease-may-be-predestined-before-birth-and-identifies-skin-cancer-drug-as-potential-treatment/
*
🧬دسته ژن های مربوط به سندرم داون، در ارتباط با یک سری مشکلات شناختی خاص و اختلات عصبی هستند.📝
https://www.genengnews.com/news/down-syndrome-gene-clusters-in-mice-linked-with-specific-cognitive-deficits-and-neuronal-communication/
*
🧬 @PrimerSBU 🧬
phys.org
Bacteria engineered to protect bees from pests and pathogens
Scientists from The University of Texas at Austin report in the journal Science that they have developed a new strategy to protect honey bees from a deadly trend known as colony collapse: genetically ...
#کرونا 🦠
📌یک تیم تحقیقاتی با نرم افزار Sequence Alignment توالی ژنی "ویروس کرونای ۲۰۱۹" و ویروس های هم خانواده اش و ویروس عامل SARSمقایسه کردند و متوجه چهار ژن کد کننده ی پروتئین غیر طبیعی در توالی آن شدند.
غیر طبیعی یعنی این توالی ها در حالت عادی در ژنوم چنین ویروس هایی وجود ندارند و احتمالا به وسیله انسان وارد ماده ژنتیک ویروس شده اند.
این ژن ها که پروتئین های غشایی خاصی از ویروس را کد میکنند شبیه ژن های کد کننده ی پروتئین های سطحی HIV-1هستند.
📝لینک مقاله:
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.30.927871v1
***
🧬@PrimerSBU 🧬
📌یک تیم تحقیقاتی با نرم افزار Sequence Alignment توالی ژنی "ویروس کرونای ۲۰۱۹" و ویروس های هم خانواده اش و ویروس عامل SARSمقایسه کردند و متوجه چهار ژن کد کننده ی پروتئین غیر طبیعی در توالی آن شدند.
غیر طبیعی یعنی این توالی ها در حالت عادی در ژنوم چنین ویروس هایی وجود ندارند و احتمالا به وسیله انسان وارد ماده ژنتیک ویروس شده اند.
این ژن ها که پروتئین های غشایی خاصی از ویروس را کد میکنند شبیه ژن های کد کننده ی پروتئین های سطحی HIV-1هستند.
📝لینک مقاله:
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.30.927871v1
***
🧬@PrimerSBU 🧬
bioRxiv
Uncanny similarity of unique inserts in the 2019-nCoV spike protein to HIV-1 gp120 and Gag
We are currently witnessing a major epidemic caused by the 2019 novel coronavirus (2019-nCoV). The evolution of 2019-nCoV remains elusive. We found 4 insertions in the spike glycoprotein (S) which are unique to the 2019-nCoV and are not present in other coronaviruses.…
#معرفی_منابع_اطلاعاتی
#expasy
سایت expasy معروف ترین سایت طراحی پروتئین است که اطلاعات جامعی درباره ساختار سه بعدی یعنی ساختار سوم و چهارم پروتئین
با دادن توالی به نرم افزار به سادگی میتوان به ساختار آن پی برد و با توجه با شباهت ها با موارد مشابه به عملکرد آن مشخص خواهد شد
این سایت بانک اطلاعاتی خوبی دارد و کارکردن با آن بسیار راحت است.
بررسی و شناسایی ساختار 3بعدی پروتئین ها یک منبع بسیارمهم از اطلاعات برای درک عملکرد و فعالیت پروتئین ها ، میانکنش آنها با لیگاندها ، پروتئین ، DNA و … همچنین درک اثرات جهش ها میباشد.
ساختار سه بعدی پروتئین بر اساس سه روش اصلی طبقه بندی شود :
روش مدل سازی همولوژیکی: در این روش اساس پیشبینی ساختار سه بعدی پروتئین ها توسط مدل سازی همولوژیکی ای می باشد که در آن توالی پروتئین با یک یا تعداد بیشتری از پروتئین ها که ساختار آن ها از قبل شناخته شده و دارای شباهت هستند، می باشد. اساس این روش که مدل سازی مقایسه ای نیز نامیده می شود این است که که پروتئینهایی با توالی ها ی مشابه دارای ساختارهای مشابه نیز می باشند . زیرا وقتی ساختار یک پروتئین از یک خانواده ژنی بهوسیلهی آزمایش تعیین می گردد، پروتئین های دیگر آن خانواده نیز میتوانند بر اساس شباهتشان با ساختار پروتئین شناخته شده، مدل سازی شوند. در این روش دقت پیش گویی به میزان تشابه بین توالی پروتئین هدف و پروتئین الگو بستگی دارد. مشکل اصلی پیش بینی ساختار سوم پروتئین ها با روش مدل سازی همولوژیکی در یافتن توالی هدفی است که به عنوان الگو استفاده می گردد و تقریبا 57 درصد همهی توالی های شناخته شده حداقل یک دمین دارند که به یک پروتئین با ساختار شناخته شده وابسته میباشد.
در روش AB initio سعی می شود تا مدل ساختار سهبعدی پروتئین ها با استفاده از توالی و بررسی و پیش بینی نیروهای بیم اتم های پروتئین ها ایجاد گردد. و از اطلاعات ساختار سه بعدی موجود استفاده نمی شود. این روش همچنین روش دنوو نیز نامیده می شود.
با این که این روش از لحاظ کامپیوتری بسیار پیچیده و فاقد دقت کافی می باشد اما به چند ازا ین روش استفاده میشود و در حال گسترش میباشند. اول این که در برخی از موارد حتی یک ساختار همولوگ وابسته خیلی دورهم ممکن است در دسترس نباشد. در این موارد ab initio تنها روش پیش بینی ساختار سه بعدی پروتئین مربوطه میباشد . دلیل دوم این است که ممکن است ساختارهای جدیدی شناسایی شوند که بهوسیلهی روشهایی که اساس شان مقایسهی ساختارهای شناخته شده است قابل شناسایی نباشند.
@primerSBU
#expasy
سایت expasy معروف ترین سایت طراحی پروتئین است که اطلاعات جامعی درباره ساختار سه بعدی یعنی ساختار سوم و چهارم پروتئین
با دادن توالی به نرم افزار به سادگی میتوان به ساختار آن پی برد و با توجه با شباهت ها با موارد مشابه به عملکرد آن مشخص خواهد شد
این سایت بانک اطلاعاتی خوبی دارد و کارکردن با آن بسیار راحت است.
بررسی و شناسایی ساختار 3بعدی پروتئین ها یک منبع بسیارمهم از اطلاعات برای درک عملکرد و فعالیت پروتئین ها ، میانکنش آنها با لیگاندها ، پروتئین ، DNA و … همچنین درک اثرات جهش ها میباشد.
ساختار سه بعدی پروتئین بر اساس سه روش اصلی طبقه بندی شود :
روش مدل سازی همولوژیکی: در این روش اساس پیشبینی ساختار سه بعدی پروتئین ها توسط مدل سازی همولوژیکی ای می باشد که در آن توالی پروتئین با یک یا تعداد بیشتری از پروتئین ها که ساختار آن ها از قبل شناخته شده و دارای شباهت هستند، می باشد. اساس این روش که مدل سازی مقایسه ای نیز نامیده می شود این است که که پروتئینهایی با توالی ها ی مشابه دارای ساختارهای مشابه نیز می باشند . زیرا وقتی ساختار یک پروتئین از یک خانواده ژنی بهوسیلهی آزمایش تعیین می گردد، پروتئین های دیگر آن خانواده نیز میتوانند بر اساس شباهتشان با ساختار پروتئین شناخته شده، مدل سازی شوند. در این روش دقت پیش گویی به میزان تشابه بین توالی پروتئین هدف و پروتئین الگو بستگی دارد. مشکل اصلی پیش بینی ساختار سوم پروتئین ها با روش مدل سازی همولوژیکی در یافتن توالی هدفی است که به عنوان الگو استفاده می گردد و تقریبا 57 درصد همهی توالی های شناخته شده حداقل یک دمین دارند که به یک پروتئین با ساختار شناخته شده وابسته میباشد.
در روش AB initio سعی می شود تا مدل ساختار سهبعدی پروتئین ها با استفاده از توالی و بررسی و پیش بینی نیروهای بیم اتم های پروتئین ها ایجاد گردد. و از اطلاعات ساختار سه بعدی موجود استفاده نمی شود. این روش همچنین روش دنوو نیز نامیده می شود.
با این که این روش از لحاظ کامپیوتری بسیار پیچیده و فاقد دقت کافی می باشد اما به چند ازا ین روش استفاده میشود و در حال گسترش میباشند. اول این که در برخی از موارد حتی یک ساختار همولوگ وابسته خیلی دورهم ممکن است در دسترس نباشد. در این موارد ab initio تنها روش پیش بینی ساختار سه بعدی پروتئین مربوطه میباشد . دلیل دوم این است که ممکن است ساختارهای جدیدی شناسایی شوند که بهوسیلهی روشهایی که اساس شان مقایسهی ساختارهای شناخته شده است قابل شناسایی نباشند.
@primerSBU
#معرفی_منابع_اطلاعاتی
روش مدل سازی threading پروتئین برای پیش بینی ساختار سه بعدی پروتئین ها
این روش که گاهی نیز تشخیص فولد پروتئین نامیده می شود یک رویکرد حد واسط دو روش قبلی می باشد که هم از تشابه همولوژی توالی (البته در صورت وجود) و هم از اطلاعات مربوط به تطابقهای ساختاری استفاده می نماید. در این روش هدف تطابق توالی پروتئین هدف با ساختار شناخته شده در کتابخانهای از فولد ها میباشد.
آموزش پیش بینی ساختار سه بعدی پروتئین ها با روش swissmodel
در ادامه آموزش سایت swissmodel برای پیشبینی ساختار سهبعدی پروتئینها بر اساس روش مدل سازی همولوژیکی ارائه میگردد.
در این روش پیشبینی ساختار سهبعدی پروتئین بر اساس توالی پروتئین صورت میپذیرد. پیشبینی ساختار سهبعدی پروتئین در سایت swissmodel با دو روش امکانپذیر است
در روش اول سایت swissmodel به صورت خودکار الگوهای لازم برای پیشبینی ساختار سهبعدی پروتئین را تعیین مینماید
در روش دوم باید فایل الگو برای پیشبینی ساختار سهبعدی پروتئین را در سایت swissmodel وارد نماییم.
https://swissmodel.expasy.org/interactive
در روش دوم باید فایل الگو برای پیشبینی ساختار سهبعدی پروتئین را در سایت swissmodel وارد نماییم.
@primerSBU
روش مدل سازی threading پروتئین برای پیش بینی ساختار سه بعدی پروتئین ها
این روش که گاهی نیز تشخیص فولد پروتئین نامیده می شود یک رویکرد حد واسط دو روش قبلی می باشد که هم از تشابه همولوژی توالی (البته در صورت وجود) و هم از اطلاعات مربوط به تطابقهای ساختاری استفاده می نماید. در این روش هدف تطابق توالی پروتئین هدف با ساختار شناخته شده در کتابخانهای از فولد ها میباشد.
آموزش پیش بینی ساختار سه بعدی پروتئین ها با روش swissmodel
در ادامه آموزش سایت swissmodel برای پیشبینی ساختار سهبعدی پروتئینها بر اساس روش مدل سازی همولوژیکی ارائه میگردد.
در این روش پیشبینی ساختار سهبعدی پروتئین بر اساس توالی پروتئین صورت میپذیرد. پیشبینی ساختار سهبعدی پروتئین در سایت swissmodel با دو روش امکانپذیر است
در روش اول سایت swissmodel به صورت خودکار الگوهای لازم برای پیشبینی ساختار سهبعدی پروتئین را تعیین مینماید
در روش دوم باید فایل الگو برای پیشبینی ساختار سهبعدی پروتئین را در سایت swissmodel وارد نماییم.
https://swissmodel.expasy.org/interactive
در روش دوم باید فایل الگو برای پیشبینی ساختار سهبعدی پروتئین را در سایت swissmodel وارد نماییم.
@primerSBU
swissmodel.expasy.org
SWISS-MODEL Interactive Workspace
The SWISS-MODEL Interactive Workspace provides a personal area for each user in which protein homology models can be built and the results of completed modelling projects are stored and visualized.
#بیوممتیک
🐀 موشهای صحرایی برهنه
حساسیتی نسبت به درد ندارند و پژوهشگران امیدوارند درک مکانیسم مرتبط، به کنار گذاشتن مصرف اپیوئیدها در انسان کمک کند.
پژوهشگران درحال بررسی این موضوع هستند که چگونه ژنها و محیط در تعامل با هم، خطر درد مزمن را تعیین میکنند. هدف آنها، استفاده از این دانش درجهت توسعهی درمانهای جدیدی برای درمان بهتر درد بدون نیاز به اپیوئیدها است. اپیوئیدها ابزار قدرتمندی برای درمان درد و بهویژه درد حاد هستند اما بهطور دقیقی یک مکانیسم درد خاص یا سیگنال خاص را مورد هدف قرار نمیدهند. بهجای آن، اپیوئیدها عمدتا ازطریق کاهش توانایی سلولها برای انتقال پیامهای درد عمل میکنند و خود پیام درد را خاموش نمیکنند.
در این راستا، توجه پژوهشگران به موشهای صحرایی برهنه جلب شده است، زیرا این موجودات دربرابر انواع خاصی از محرکهای دردآور بهشدت تکامل پیدا کردهاند. این امر بهعنوان پیامدی از تفاوتهای ظریف در فعالیت ژن و ساختار پژوتئین و نه حذفها یا جهش ژنتیکی اتفاق میافتد. پژوهشگران بر این باورند که تفاوت در فعالیت ژنها شاید بتواند علت اختلافات فردی در حساسیت نسبتبه درد در انسانها و خطر توسعهی درد مزمن را توضیح دهد. مهمتر اینکه، اگر پژوهشگران حوزهی درد بتوانند این فرایندها را در جوندگان بشناسند و نتایج را به انسانها تعمیم دهند، این امر طبیعتا منجر به توسعهی روشهای نوینی برای تسکین ایمن و مؤثر درد خواهد شد.
🧐🔎 مطالعه بیشتر در این زمینه :
https://www.zoomit.ir/2019/6/2/336630/african-rats-dont-feel-pain/
@primerSBU
🐀 موشهای صحرایی برهنه
حساسیتی نسبت به درد ندارند و پژوهشگران امیدوارند درک مکانیسم مرتبط، به کنار گذاشتن مصرف اپیوئیدها در انسان کمک کند.
پژوهشگران درحال بررسی این موضوع هستند که چگونه ژنها و محیط در تعامل با هم، خطر درد مزمن را تعیین میکنند. هدف آنها، استفاده از این دانش درجهت توسعهی درمانهای جدیدی برای درمان بهتر درد بدون نیاز به اپیوئیدها است. اپیوئیدها ابزار قدرتمندی برای درمان درد و بهویژه درد حاد هستند اما بهطور دقیقی یک مکانیسم درد خاص یا سیگنال خاص را مورد هدف قرار نمیدهند. بهجای آن، اپیوئیدها عمدتا ازطریق کاهش توانایی سلولها برای انتقال پیامهای درد عمل میکنند و خود پیام درد را خاموش نمیکنند.
در این راستا، توجه پژوهشگران به موشهای صحرایی برهنه جلب شده است، زیرا این موجودات دربرابر انواع خاصی از محرکهای دردآور بهشدت تکامل پیدا کردهاند. این امر بهعنوان پیامدی از تفاوتهای ظریف در فعالیت ژن و ساختار پژوتئین و نه حذفها یا جهش ژنتیکی اتفاق میافتد. پژوهشگران بر این باورند که تفاوت در فعالیت ژنها شاید بتواند علت اختلافات فردی در حساسیت نسبتبه درد در انسانها و خطر توسعهی درد مزمن را توضیح دهد. مهمتر اینکه، اگر پژوهشگران حوزهی درد بتوانند این فرایندها را در جوندگان بشناسند و نتایج را به انسانها تعمیم دهند، این امر طبیعتا منجر به توسعهی روشهای نوینی برای تسکین ایمن و مؤثر درد خواهد شد.
🧐🔎 مطالعه بیشتر در این زمینه :
https://www.zoomit.ir/2019/6/2/336630/african-rats-dont-feel-pain/
@primerSBU
زومیت
نوعی موش آفریقایی درد را احساس نمیکند
موشهای صحرایی برهنه حساسیتی نسبتبه درد ندارند و پژوهشگران امیدوارند درک مکانیسم مرتبط، به کنار گذاشتن مصرف اپیوئیدها در انسان کمک کند.
✔️✔️✔️ انسولین هورمونی است که در تنظیم قند خون نقش داشته و کمبود آن باعث بیماری دیابت نوع 1 می گردد. هزینه های سالیانه جهانی دیابت در سال2025 به رقمی در حدود 300 میلیارد دلار می رسد. در این بررسی برخی از خصوصیات بیوانفورماتیکی این ژن با استفاده از اطلاعات پایگاه هایNCBI و Expasy مورد ارزیابی قرار گرفت. هورمون انسولین، پپتیدی با 15 اسید آمینه است که 5.8 KDa وزن دارد و از پیش ماده پروانسولین مشتق می شود. پروانسولین نیز در پانکراس ترشح می گردد و شامل 110 اسید آمینه است که از این میان ،42 اسید آمینه در نقش توالی سیگنالی بوده و68 اسید آمینه باقیمانده نیز عبارتند از B-chain (30 اسید آمینه)، C peptide (43 اسید آمینه) و A-chain (30 اسید آمینه). طی بیوسنتز انسولین در پانکراسC peptide بوسیله prohormone convertase های 2 و 3 به ترتیب در محل هایB-chain/C-peptide و C-peptide⁄A-chain شکسته می شود وانسولین 15 اسید آمینه ای با تشکیل یک پیوند دی سولفیدی بینA-chain و B-chain ایجاد می گردد. داده هایMap viewer نشان می دهدپروانسولین بر روی کروموزوم شماره 11 قرار دارد. از برنامه Smart برای تعیین دامین های پروانسولین استفاده شد و یک سیگنال پپتاید و نیز دامینIIGF در آن یافت گردید. همچنین برای تعیین ترکیب نوکلئوتیدهای این ژن از پایگاه Genomatix استفاده شده و مشخص گردید که در این ژن بیش از 31٪ از نوکلئوتیدها گوانین هستند، علاوه بر این با استفاده از Protoparm، ترکیب اسیدهای آمینه تعیین گردید به صورتی که فراوان ترین اسیدآمینه آن لوسین وگلایسین (به ترتیب 81 و 11 ٪) می باشند. نیز نقطه ایزوالکتریک آن 22/5 و نیمه عمر آن در سلول های پستانداران 30 ساعت محاسبه شد. همچنین بااستفاده از نرم افزار Mega 5.0 درخت فیلوژنتیکی برای بررسی روابط تکاملی ژن پروانسولین انسانی با سایر گونه های جانوری رسم گردیده و مشخص شدکه بیشترین نزدیکی با ژن متناظر در موش وجود دارد. همچنین آنالیز منطقه پروموتری با استفاده از پایگاه PLACE منجر به یافتن تعدادی از توالی های تنظیمی چون GATABOX و ARR1AT گردید. برای رسم ساختارهای دو بعدی و سه بعدی پروتئین نیز به ترتیب ازPSIPRED و Swiss-Model استفاده شد. اطلاعات این بررسی می تواند در انتخاب ناقل ها و سیستم های کارآمد برای بیان هورمون انسولین مناسب باشد.
#Synthetic_Biology
#Systems_Biology
#Bioinformatic
@PrimerSBU
#Synthetic_Biology
#Systems_Biology
#Bioinformatic
@PrimerSBU
#اخبارهفته
🧠ترکیبی جدید برای مبارزه با بیماری آلزایمر کشف شده که از تشکیل آمیلوئید های دخیل در این بیماری جلوگیری می کند.
http://dx.doi.org/10.1039/C9CC09170J
🦠مطالعات سلولی نوعی مکانیسم مولکولی را کشف کرده که باعث ایجاد نوع نادر دیستروفی عضلانی می شود.
doi.org/10.1016/j.celrep.2019.12.080
🧪محققان روشی جدید را برای درمان ملانوما (نوعی سرطان پوست) کشف کردند
doi.org/10.1016/j.ejso.2019.10.039
🧬واریانت های ژن مسبب بیماری آلزایمر شناسایی شدند.
doi.org/10.1111/ahg.12375
@primerSBU
🧠ترکیبی جدید برای مبارزه با بیماری آلزایمر کشف شده که از تشکیل آمیلوئید های دخیل در این بیماری جلوگیری می کند.
http://dx.doi.org/10.1039/C9CC09170J
🦠مطالعات سلولی نوعی مکانیسم مولکولی را کشف کرده که باعث ایجاد نوع نادر دیستروفی عضلانی می شود.
doi.org/10.1016/j.celrep.2019.12.080
🧪محققان روشی جدید را برای درمان ملانوما (نوعی سرطان پوست) کشف کردند
doi.org/10.1016/j.ejso.2019.10.039
🧬واریانت های ژن مسبب بیماری آلزایمر شناسایی شدند.
doi.org/10.1111/ahg.12375
@primerSBU
pubs.rsc.org
Substrate interaction inhibits γ-secretase production of amyloid-β peptides - Chemical Communications (RSC Publishing)
Combining NMR, mass spectrometry, AlphaLISA and cell assays, we discovered a compound C1 that binds C-terminal juxtamembrane lysines at the transmembrane domain of the amyloid precursor protein (APPTM) and inhibits γ-secretase production of amyloid-β with…
#بیوپرینتر
محققان آلمانی با استفاده از یک فناوری جدید موفق به تولید ارگانهای شفاف شده اند که راه را برای چاپ سه بعدیاندام های بدن نظیر کلیه هموار می سازد.
گروهی از محققان دانشگاه «لودویگ ماکسیمیلیان» مونیخ به سرپرستی «علی ارترک»، تکنیکی را توسعه داده اند که با استفاده از نوعی حلال ارگان هایی نظیر مغز و کلیه را به صورت شفاف ایجاد می کند.
محققان سپس با اسکن این اندام ها از طریق لیزرهای میکروسکوپی، مکان و شکل ساختارهای مختلف نظیر رگ های خونی و تکتک سلول ها را ثبت کرده و داربست ارگان را تولید می کنند. در مرحله بعد سلول های بنیادی به عنوان جوهر پرینتر سه بعدی مورد استفاده قرار گرفته و در مکان صحیح به داربست تزریق می شوند تا ارگان شکل واقعی به خود بگیرد.
هرچند پرینت سه بعدی پیش از این بارها برای تولید اندام مورد استفاده قرار گرفته اما همه آنها به خاطر مبتنی بودن بر تصاویر تومورگرافی مقطعی یا اسکنرهای MRI فاقد ساختارهای سلولی دقیق بوده اند. ارترک مزیت فناوریجدید را اینگونه بیان می کند:
به دلیل شفاف بودن ارگان های تولیدی قادر به مشاهده مکان همه سلول ها هستیم. در نتیجه می توان با استفاده از فناوری بیوچاپگر همان ساختار را تکرار کرده و ارگانی کاربردی را پرینت کنیم. در نهایت فکر می کنم برای اولین بار به تولید ارگان واقعی انسان بسیار نزدیک شده ایم.
این تیم امیدوار است طی دو یا سه سال دیگر پانکراس را چاپ کرده و حداکثر تا ۵ تا ۶ سال دیگر به پرینت کلیه بپردازد. محققان ابتدا ارگان های تولیدی را روی حیوانات تست می کنند و آزمایش های بالینی نیز ۵ تا ۱۰ سال دیگر کلید خواهد کرد.
چند روز پیش یک تیم دیگر توانسته بود با استفاده از بافت و رگ انسانی یک قلب را به صورت سه بعدی چاپ کند.
@PrimerSBU
محققان آلمانی با استفاده از یک فناوری جدید موفق به تولید ارگانهای شفاف شده اند که راه را برای چاپ سه بعدیاندام های بدن نظیر کلیه هموار می سازد.
گروهی از محققان دانشگاه «لودویگ ماکسیمیلیان» مونیخ به سرپرستی «علی ارترک»، تکنیکی را توسعه داده اند که با استفاده از نوعی حلال ارگان هایی نظیر مغز و کلیه را به صورت شفاف ایجاد می کند.
محققان سپس با اسکن این اندام ها از طریق لیزرهای میکروسکوپی، مکان و شکل ساختارهای مختلف نظیر رگ های خونی و تکتک سلول ها را ثبت کرده و داربست ارگان را تولید می کنند. در مرحله بعد سلول های بنیادی به عنوان جوهر پرینتر سه بعدی مورد استفاده قرار گرفته و در مکان صحیح به داربست تزریق می شوند تا ارگان شکل واقعی به خود بگیرد.
هرچند پرینت سه بعدی پیش از این بارها برای تولید اندام مورد استفاده قرار گرفته اما همه آنها به خاطر مبتنی بودن بر تصاویر تومورگرافی مقطعی یا اسکنرهای MRI فاقد ساختارهای سلولی دقیق بوده اند. ارترک مزیت فناوریجدید را اینگونه بیان می کند:
به دلیل شفاف بودن ارگان های تولیدی قادر به مشاهده مکان همه سلول ها هستیم. در نتیجه می توان با استفاده از فناوری بیوچاپگر همان ساختار را تکرار کرده و ارگانی کاربردی را پرینت کنیم. در نهایت فکر می کنم برای اولین بار به تولید ارگان واقعی انسان بسیار نزدیک شده ایم.
این تیم امیدوار است طی دو یا سه سال دیگر پانکراس را چاپ کرده و حداکثر تا ۵ تا ۶ سال دیگر به پرینت کلیه بپردازد. محققان ابتدا ارگان های تولیدی را روی حیوانات تست می کنند و آزمایش های بالینی نیز ۵ تا ۱۰ سال دیگر کلید خواهد کرد.
چند روز پیش یک تیم دیگر توانسته بود با استفاده از بافت و رگ انسانی یک قلب را به صورت سه بعدی چاپ کند.
@PrimerSBU
Forwarded from | رهنشان سلامت |
📍بزرگترین مسابقه زیست فناوری کشور
ویژه دانشجویان رشته های #علوم_مهندسی، #علوم_پزشکی و #علوم_پایه
🎖اعطای امتیاز به برگزیدگان رویداد از طرف بنیاد ملی نخبگان برای بهره مندی از تسهیلات بنیاد
💸 بیش از ۶۰ میلیون تومان سرمایه گذاری بر روی هر تیم مسابقه + ۲۵ میلیون تومان جایزه نقدی
👨🔬 جذب نفرات برتر مسابقه در شرکت های مطرح حوزه زیست فناوری
📕بیش از ۲۵ عنوان کارگاه آموزشی در طول فرآیند ۶ ماهه
🔬ارائه تجهیزات آزمایشگاهی و محل استقرار اختصاصی به هر تیم
🔴 برای پیشثبتنام در #رهزیست۲ میتوانید از طریق یکی از لینکهای زیر اقدام کنید:
🌐 rahzist.ir/register
🤖 @rahzist_bot
🆔 @rahzist
ویژه دانشجویان رشته های #علوم_مهندسی، #علوم_پزشکی و #علوم_پایه
🎖اعطای امتیاز به برگزیدگان رویداد از طرف بنیاد ملی نخبگان برای بهره مندی از تسهیلات بنیاد
💸 بیش از ۶۰ میلیون تومان سرمایه گذاری بر روی هر تیم مسابقه + ۲۵ میلیون تومان جایزه نقدی
👨🔬 جذب نفرات برتر مسابقه در شرکت های مطرح حوزه زیست فناوری
📕بیش از ۲۵ عنوان کارگاه آموزشی در طول فرآیند ۶ ماهه
🔬ارائه تجهیزات آزمایشگاهی و محل استقرار اختصاصی به هر تیم
🔴 برای پیشثبتنام در #رهزیست۲ میتوانید از طریق یکی از لینکهای زیر اقدام کنید:
🌐 rahzist.ir/register
🤖 @rahzist_bot
🆔 @rahzist
شناسایی و تکامل RNA طویل غیر کد شونده در نوعی مارماهی (Red Cusk_Eel )
ماهی ها در معرض چندین عامل استرس زا هستند که تا کنون اطلاعاتی راجع به نقش (lncRNAs ) long noncoding RNA در آنها وجود نداشت . تنظیم بیان متفات در کبد ، کلیه و ماهیچه ی اسکلتی در پاسخ به استرس مشاهده شده است . lncRNAs دسته ای از RNA های غیر کدشونده هستند که نقش های مربوط به تنظیم بیان ژن را دارند و به مقدار ضعیفی حفاظت شده اند ؛ دارای بیش از ۲۰۰ نوکلئوتیدی که پروتئین را کد نمیکنند هستند و حاصل رونوشت نواحی بین ژنی اند؛ جهت گیری داشته و شباهت هایی با mRNA دارند مثلا '5 capping و '3 polyadenylation
تعداد lncRNAs شناسایی شده در پستانداران و همینطور نقش آن ها در تنظیم بیان ژن در رونویسی ، پس از رونویسی ، ترجمه و پس از ترجمه در حال افزایش است . مطالعات زیادی نشان میدهند lncRNAs در فعالیت اساسی زیستی نقش دارند مانند پاسخ های ایمنی ، درک ، رشد و استرس . lncRNAs بیشتر در پستانداران بررسی شده و در ماهی ها هم سالمون اقیانوس اطلس ؛ و چون نقش دقیق آن ها و نیز ارتباطشان با استرس در این گونه از ماهی نیز ناشناخته است کار این گروه پژوهشی دشوار بوده .
ماهی ها در معرض چندین عامل استرس زا هستند که تا کنون اطلاعاتی راجع به نقش (lncRNAs ) long noncoding RNA در آنها وجود نداشت . تنظیم بیان متفات در کبد ، کلیه و ماهیچه ی اسکلتی در پاسخ به استرس مشاهده شده است . lncRNAs دسته ای از RNA های غیر کدشونده هستند که نقش های مربوط به تنظیم بیان ژن را دارند و به مقدار ضعیفی حفاظت شده اند ؛ دارای بیش از ۲۰۰ نوکلئوتیدی که پروتئین را کد نمیکنند هستند و حاصل رونوشت نواحی بین ژنی اند؛ جهت گیری داشته و شباهت هایی با mRNA دارند مثلا '5 capping و '3 polyadenylation
تعداد lncRNAs شناسایی شده در پستانداران و همینطور نقش آن ها در تنظیم بیان ژن در رونویسی ، پس از رونویسی ، ترجمه و پس از ترجمه در حال افزایش است . مطالعات زیادی نشان میدهند lncRNAs در فعالیت اساسی زیستی نقش دارند مانند پاسخ های ایمنی ، درک ، رشد و استرس . lncRNAs بیشتر در پستانداران بررسی شده و در ماهی ها هم سالمون اقیانوس اطلس ؛ و چون نقش دقیق آن ها و نیز ارتباطشان با استرس در این گونه از ماهی نیز ناشناخته است کار این گروه پژوهشی دشوار بوده .
مارماهی سرخ به خاطر کیفیت گوشت و ارزش غذایی گونه ی مهمی است که تحمل کمی نسبت به استرس دارد و کنترل استرس چندین بافتش را اعم از ماهیچه اسکلتی ،کلیه و کبد را درگیر کرده و باعث واکنش ایمنی ،لاغر شدن و آسیب های اکسایشی میشود .
🧬 برای ارزیابی پاسخ استرس ، از دوگروه شاهد و آزمایش استفاده کردند که ابتدا در شرایط عادی خونگیری کردند سپس گروه آزمایش در معرض یک پروتوکل استاندارد تنش (شامل پهن کردن تور و دنبال کردن ماهی ها به مدت مشخص) قرار گرفتند و بعد از بی حسی نمونه های کبد ، کلیه و ماهیچه اسکلتی را جدا کرده تا RNA از آن تخلیص شود .داده های کمتر از 50bp حذف شدند و از داده های توالی یابی (RNA_seq data) برای تمایز بین mRNA و lncRNA استفاده شد .هر بافت میزان بیان خاص خودش را داشت و نتایج نشان دادند بین میزان lncRNA و mRNA ارتباط وجود دارد
🧬در کبد 👈 ۷۶ درصد ژن ها در یکی از این شبکه ها وجود دارند : شبکه ی اول شامل افزایش بیان رونوشت ها است ( 19 lncRNAs و 185 mRNAs ) شبکه ی دوم و سوم شامل کاهش بیان رونوشت ها است (29 , 11 lncRNAs و 130 ,86 mRNAs ) و میزان بیان رونوشت های این دو RNA در فرایند های متابولیکی و اکسیداسیون کبد نقش اساسی دارند ؛ کبد به عنوان عضو اصلی متابولیک در پاسخ به استرس مهره داران و هدف اصلی فعالیت کورتیزول است . که در مطالعات پیشین نشان داده شده استرس باعث افزایش پراکسیداسیون چربی و اکسیداسیون DNA و کربونیلاسیون پروتئین در کبد شده .که lncRNAs ها در اکسیداسیون_احیا نقش دارند .
🧬در کلیه 👈 تعداد 17230 ارتباط بین شبکه ی lncRNAs و mRNAs نشان داده شد که 70 درصد ژن ها در دو شبکه ی اصلی وجود دارند . کلیه نقش های فیزیولوژیک مهمی ایفا میکند که از جمله ی آن نقش کلیدی در واکنش ایمنی است و استرس بر آن تاثیر میگذراد ولی اطلاعاتی راجع به چگونگی تاثیر lncRNAs بر کلیه وجود ندارد
🧬در بافت عضلانی 👈 واکنش کمتری به کنترل استرس نشان داده شد و 108 تفاوت بیان lncRNAs گروه شاهد با آزمایش وجود داشت که از این مقدار 64 افزایش بیان رونوشت و 44 کاهش بیان آن بود .89 درصد ژن ها در یکی از سه شبکه وجود دارند . ماهیچه ی اسکلتی در ماهیان استخوانی نقش های مربوط به رشد و متابولیسم پروتئین دارند و در گونه های تجاری ماهیان ، ماهیچه از مهم ترین بافت های اقتصادی است و رشد آن لازم است . مشاهده شده استرس میتواند بر رشد عضلات اسکلتی با تاثیر گذاشتن بر تعادل بین فعالیت های آنابولیک و کاتابولیک موثر باشد
🧬reference: https://link.springer.com/article/10.1007/s10126-019-09934-6
🧬لینک دانلود مقاله : https://freepaper.me/PDF/87/87ae69e8b155d7d7b85fe740f4793191.pdf?hash=6GI-NkdM7srYe3Ml-zvp9A&doi=10.1007/s10126-019-09934-6&hash2=YHKkJQF5yYoOafd6YYFEqw
#marine_biotechnology #بیوتکنولوژی_دریا
@PrimerSBU
🧬 برای ارزیابی پاسخ استرس ، از دوگروه شاهد و آزمایش استفاده کردند که ابتدا در شرایط عادی خونگیری کردند سپس گروه آزمایش در معرض یک پروتوکل استاندارد تنش (شامل پهن کردن تور و دنبال کردن ماهی ها به مدت مشخص) قرار گرفتند و بعد از بی حسی نمونه های کبد ، کلیه و ماهیچه اسکلتی را جدا کرده تا RNA از آن تخلیص شود .داده های کمتر از 50bp حذف شدند و از داده های توالی یابی (RNA_seq data) برای تمایز بین mRNA و lncRNA استفاده شد .هر بافت میزان بیان خاص خودش را داشت و نتایج نشان دادند بین میزان lncRNA و mRNA ارتباط وجود دارد
🧬در کبد 👈 ۷۶ درصد ژن ها در یکی از این شبکه ها وجود دارند : شبکه ی اول شامل افزایش بیان رونوشت ها است ( 19 lncRNAs و 185 mRNAs ) شبکه ی دوم و سوم شامل کاهش بیان رونوشت ها است (29 , 11 lncRNAs و 130 ,86 mRNAs ) و میزان بیان رونوشت های این دو RNA در فرایند های متابولیکی و اکسیداسیون کبد نقش اساسی دارند ؛ کبد به عنوان عضو اصلی متابولیک در پاسخ به استرس مهره داران و هدف اصلی فعالیت کورتیزول است . که در مطالعات پیشین نشان داده شده استرس باعث افزایش پراکسیداسیون چربی و اکسیداسیون DNA و کربونیلاسیون پروتئین در کبد شده .که lncRNAs ها در اکسیداسیون_احیا نقش دارند .
🧬در کلیه 👈 تعداد 17230 ارتباط بین شبکه ی lncRNAs و mRNAs نشان داده شد که 70 درصد ژن ها در دو شبکه ی اصلی وجود دارند . کلیه نقش های فیزیولوژیک مهمی ایفا میکند که از جمله ی آن نقش کلیدی در واکنش ایمنی است و استرس بر آن تاثیر میگذراد ولی اطلاعاتی راجع به چگونگی تاثیر lncRNAs بر کلیه وجود ندارد
🧬در بافت عضلانی 👈 واکنش کمتری به کنترل استرس نشان داده شد و 108 تفاوت بیان lncRNAs گروه شاهد با آزمایش وجود داشت که از این مقدار 64 افزایش بیان رونوشت و 44 کاهش بیان آن بود .89 درصد ژن ها در یکی از سه شبکه وجود دارند . ماهیچه ی اسکلتی در ماهیان استخوانی نقش های مربوط به رشد و متابولیسم پروتئین دارند و در گونه های تجاری ماهیان ، ماهیچه از مهم ترین بافت های اقتصادی است و رشد آن لازم است . مشاهده شده استرس میتواند بر رشد عضلات اسکلتی با تاثیر گذاشتن بر تعادل بین فعالیت های آنابولیک و کاتابولیک موثر باشد
🧬reference: https://link.springer.com/article/10.1007/s10126-019-09934-6
🧬لینک دانلود مقاله : https://freepaper.me/PDF/87/87ae69e8b155d7d7b85fe740f4793191.pdf?hash=6GI-NkdM7srYe3Ml-zvp9A&doi=10.1007/s10126-019-09934-6&hash2=YHKkJQF5yYoOafd6YYFEqw
#marine_biotechnology #بیوتکنولوژی_دریا
@PrimerSBU
Marine Biotechnology
Identification and Evaluation of Long Noncoding RNAs in Response to Ha
The red cusk-eel (Genypterus chilensis) is a native species with strong potential to support Chilean aquaculture diversification. Under commercial conditions, fish are exposed to several stressors. To date, little is known about the mechanism involved in…