اطلاعات بیشتر پیرامون نحوه ی انجام آزمایش
@PrimerSBU
#marine_biotechnology

🧬کشف یک عامل رونویسی مهم درگیر در تحمل خشکی گندم🧬

📌عوامل رونویسی می‌توانند گزینه‌های شگفت انگیزی برای اصلاح گیاهان باشند. به عنوان مثال افزایش بیان عامل رونویسی TaWRKY2 میزان زیست‌توده و محصول بذری را تحت تنش خشکی در گندم افزایش داد. هم‌چنین ثابت شد این عامل رونویسی، تنظیم کننده چندین ژن کلیدی درگیر در تنش خشکی بوده و می‌تواند به عنوان یک ژن هدف برای تولید گندم تحمل کننده خشکی معرفی شود.
#مهندسی_ژنتیک
@primerSBU

🧬مطالعات قبلی نشان داده اند عامل رونویسی TaWRKY2 نقش کلیدی در تحمل به تنش خشکی در گیاه گندم ایفا می‌کند. پروموتر این عامل رونویسی دارای cis-element‌های تنظیمی است که طی تنش خشکی، شوری، گرما و هورمون اسید آبسیزیک القا می‌شود. پروموتر این عامل رونویسی دارای جایگاه اتصال برای پروتئین‌های ABRE-binding ،zinc finger ،MYB و فاکتور AP2/ERF بود.

به منظور بررسی‌های بیشتر، افزایش بیان TaWRKY2 در گندم تراریخته مورد بررسی قرار گرفت و مشاهده شد مقاومت گیاهچه‌های تراریخته به طور معنی‌داری نسبت به تنش خشکی افزایش یافته بود. این گیاهچه‌ها نسبت به گونه‌های وحشی نرخ زنده‌ماندن بالاتر و هدررفت آب کمتری داشتند. در عین حال تغییرات در پارامترهای فیزیولوژیکی از جمله افزایش محتوای پرولین، قندهای محلول و کلروفیل مشاهده شد که نشان می‌دهد عامل رونویسی TaWRKY2 تنظیم کننده‌ای مثبت برای سازگاری گندم در برابر تنش خشکی در مرحله گیاهچه‌ است.

درحالی که در طول دوره تنش خشکی و قبل از خوشه‌دهی، رشد در گونه‌های وحشی متوقف خواهد شد، ورود به مرحله خوشه دهی در لاین‌های تراریخته مشاهده شد. گیاهان تراریخته دوره خوشه دهی طولانی‌تر، طول طوقه و تعداد بذر بیشتر در سنبله و در نتیجه افزایش عملکرد بیشتری نسبت به گیاه وحشی تحت تنش خشکی داشتند.

سطوح بیان چندین ژن پاسخ دهنده به تنش خشکی مانند DREBs ،GST6 ،ERF5a ،TIP2 و WRKY19 در گیاهچه‌های تراریخته افزایش داشت. این یافته‌ها نقش تنظیمی عامل رونویسی TaWRKY2 را در پاسخ به خشکی تایید کرد. TaWRKY2 گیاه را قادر به افزایش تحمل خشکی و افزایش عملکرد دانه به طور همزمان می‌کند. در نتیجه می‌تواند به‌عنوان کاندیدی برای توسعه و گسترش گندم‌ متحمل به خشکی با عملکرد بالا از طریق مهندسی ژنتیک معرفی شود.
🖇لینک مقاله :

https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpls.2018.00997/full
#مهندسی_ژنتیک
@primerSBU

🔎#اخبار_هفته

🧪ساخت باکتری های مهندسی شده برای محافظت زنبور در برابر سموم آفت کش و پاتوژن ها.🐝

https://m.phys.org/news/2020-01-bacteria-bees-pests-pathogens.html

*

🧬"ژن های جهنده" به تثبیت الگو های فولدینگ DNA کمک میکنند.📂

https://m.phys.org/news/2020-01-genes-stabilize-dna-patterns.html

*
🔎چرا سیستم ایمنی CRISPR-CAS در بسیاری از باکتری ها غایب است ؟✂️

https://m.phys.org/news/2020-01-autoimmunity-important-immune-absent-bacteria.html

***

🧾مطالعات نشان می دهد که بیماری پارکینسون ممکن است قبل از تولد پیش بینی شود و داروی سرطان پوست به عنوان یک درمان احتمالی معرفی می شود.💊


https://www.genengnews.com/news/study-finds-parkinsons-disease-may-be-predestined-before-birth-and-identifies-skin-cancer-drug-as-potential-treatment/

*

🧬دسته ژن های مربوط به سندرم داون، در ارتباط با یک سری مشکلات شناختی خاص و اختلات عصبی هستند.📝

https://www.genengnews.com/news/down-syndrome-gene-clusters-in-mice-linked-with-specific-cognitive-deficits-and-neuronal-communication/

*

🧬 @PrimerSBU 🧬

#کرونا 🦠
📌یک تیم تحقیقاتی با نرم افزار Sequence Alignment توالی ژنی "ویروس کرونای ۲۰۱۹" و ویروس های هم خانواده اش و ویروس عامل SARSمقایسه کردند و متوجه چهار ژن کد کننده ی پروتئین غیر طبیعی در توالی آن شدند.
غیر طبیعی یعنی این توالی ها در حالت عادی در ژنوم چنین ویروس هایی وجود ندارند و احتمالا به وسیله انسان وارد ماده ژنتیک ویروس شده اند.
این ژن ها که پروتئین های غشایی خاصی از ویروس را کد میکنند شبیه ژن های کد کننده ی پروتئین های سطحی HIV-1هستند.

📝لینک مقاله:
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.30.927871v1


***
🧬@PrimerSBU 🧬

#معرفی_منابع_اطلاعاتی
#expasy
سایت expasy معروف ترین سایت طراحی پروتئین است که اطلاعات جامعی درباره ساختار سه بعدی یعنی ساختار سوم و چهارم پروتئین
با دادن توالی به نرم افزار به سادگی می‌توان به ساختار آن پی برد و با توجه با شباهت ها با موارد مشابه به عملکرد آن مشخص خواهد شد
این سایت بانک اطلاعاتی خوبی دارد و کارکردن با آن بسیار راحت است.
بررسی و شناسایی ساختار 3‌بعدی پروتئین ها یک منبع بسیارمهم از اطلاعات برای درک عملکرد و فعالیت پروتئین ها ، میانکنش آنها با لیگاندها ، پروتئین ، DNA و … همچنین درک اثرات جهش ها می‌باشد.
ساختار سه‌ بعدی پروتئین بر اساس سه روش اصلی طبقه بندی شود :

روش مدل سازی همولوژیکی: در این روش اساس پیش‌بینی ساختار سه بعدی پروتئین ها توسط مدل سازی همولوژیکی ای می باشد که در آن توالی پروتئین با یک یا تعداد بیشتری از پروتئین ها که ساختار آن ها از قبل شناخته شده و دارای شباهت هستند، می باشد. اساس این روش که مدل سازی مقایسه ای نیز نامیده می شود این است که که پروتئین‌هایی با توالی ها ی مشابه دارای ساختارهای مشابه نیز می باشند . زیرا وقتی ساختار یک پروتئین از یک خانواده ژنی به‌وسیله‌ی آزمایش تعیین می گردد، پروتئین های دیگر آن خانواده نیز می‌توانند بر اساس شباهتشان با ساختار پروتئین شناخته شده، مدل سازی شوند. در این روش دقت پیش گویی به میزان تشابه بین توالی پروتئین هدف و پروتئین الگو بستگی دارد. مشکل اصلی پیش بینی ساختار سوم پروتئین ها با روش مدل سازی همولوژیکی در یافتن توالی هدفی است که به عنوان الگو استفاده می گردد و تقریبا 57 درصد همه‌ی توالی های شناخته شده حداقل یک دمین دارند که به یک پروتئین با ساختار شناخته شده وابسته می‌باشد.

در روش AB initio سعی می شود تا مدل ساختار سه‌بعدی پروتئین ها با استفاده از توالی و بررسی و پیش بینی نیروهای بیم اتم های پروتئین ها ایجاد گردد. و از اطلاعات ساختار سه بعدی موجود استفاده نمی شود. این روش همچنین روش دنوو نیز نامیده می شود.

با این که این روش از لحاظ کامپیوتری بسیار پیچیده و فاقد دقت کافی می باشد اما به چند ازا ین روش استفاده می‌شود و در حال گسترش می‌باشند. اول این که در برخی از موارد حتی یک ساختار همولوگ وابسته خیلی دورهم ممکن است در دسترس نباشد. در این موارد ab initio تنها روش پیش بینی ساختار سه بعدی پروتئین مربوطه می‌باشد . دلیل دوم این است که ممکن است ساختارهای جدیدی شناسایی شوند که به‌وسیله‌ی روش‌هایی که اساس شان مقایسه‌ی ساختارهای شناخته شده است قابل شناسایی نباشند.
@primerSBU

#معرفی_منابع_اطلاعاتی
روش مدل سازی threading پروتئین برای پیش بینی ساختار سه بعدی پروتئین ها
این روش که گاهی نیز تشخیص فولد پروتئین نامیده می شود یک رویکرد حد واسط دو روش قبلی می باشد که هم از تشابه همولوژی توالی (البته در صورت وجود) و هم از اطلاعات مربوط به تطابق‌های ساختاری استفاده می نماید. در این روش هدف تطابق توالی پروتئین هدف با ساختار شناخته شده در کتابخانه‌ای از فولد ها می‌باشد.

آموزش پیش بینی ساختار سه بعدی پروتئین ها با روش swissmodel
در ادامه آموزش سایت swissmodel برای پیش‌بینی ساختار سه‌بعدی پروتئین‌ها بر اساس روش مدل سازی همولوژیکی ارائه می‌گردد.

در این روش پیش‌بینی ساختار سه‌بعدی پروتئین بر اساس توالی پروتئین صورت می‌پذیرد. پیش‌بینی ساختار سه‌بعدی پروتئین در سایت swissmodel با دو روش امکان‌پذیر است

در روش اول سایت swissmodel به صورت خودکار الگوهای لازم برای پیش‌بینی ساختار سه‌بعدی پروتئین را تعیین می‌نماید
در روش دوم باید فایل الگو برای پیش‌بینی ساختار سه‌بعدی پروتئین را در سایت swissmodel وارد نماییم.

https://swissmodel.expasy.org/interactive

در روش دوم باید فایل الگو برای پیش‌بینی ساختار سه‌بعدی پروتئین را در سایت swissmodel وارد نماییم.
@primerSBU

#بیوممتیک
🐀 موش‌های صحرایی برهنه
حساسیتی نسبت ‌به درد ندارند و پژوهشگران امیدوارند درک مکانیسم مرتبط، به کنار گذاشتن مصرف اپیوئیدها در انسان کمک کند.
پژوهشگران درحال بررسی این موضوع هستند که چگونه ژن‌ها و محیط در تعامل با هم، خطر درد مزمن را تعیین می‌کنند. هدف آن‌ها، استفاده از این دانش درجهت توسعه‌ی درمان‌های جدیدی برای درمان بهتر درد بدون نیاز به اپیوئیدها است. اپیوئیدها ابزار قدرتمندی برای درمان درد و به‌ویژه درد حاد هستند اما به‌طور دقیقی یک مکانیسم درد خاص یا سیگنال خاص را مورد هدف قرار نمی‌دهند. به‌جای آن، اپیوئیدها عمدتا ازطریق کاهش توانایی سلول‌ها برای انتقال پیام‌های درد عمل می‌کنند و خود پیام درد را خاموش نمی‌کنند.
در این راستا، توجه پژوهشگران به موش‌های صحرایی برهنه جلب شده است، زیرا این موجودات دربرابر انواع خاصی از محرک‌های دردآور به‌شدت تکامل پیدا کرده‌اند. این امر به‌عنوان پیامدی از تفاوت‌های ظریف در فعالیت ژن و ساختار پژوتئین و نه حذف‌ها یا جهش ژنتیکی اتفاق می‌افتد. پژوهشگران بر این باورند که تفاوت در فعالیت ژن‌ها شاید بتواند علت اختلافات فردی در حساسیت نسبت‌به درد در انسان‌ها و خطر توسعه‌ی درد مزمن را توضیح دهد. مهم‌تر اینکه، اگر پژوهشگران حوزه‌ی درد بتوانند این فرایندها را در جوندگان بشناسند و نتایج را به انسان‌ها تعمیم دهند، این امر طبیعتا منجر به توسعه‌ی روش‌های نوینی برای تسکین ایمن و مؤثر درد خواهد شد.

🧐🔎 مطالعه بیشتر در این زمینه :

https://www.zoomit.ir/2019/6/2/336630/african-rats-dont-feel-pain/

@primerSBU

✔️✔️✔️ انسولین هورمونی است که در تنظیم قند خون نقش داشته و کمبود آن باعث بیماری دیابت نوع 1 می گردد. هزینه های سالیانه جهانی دیابت در سال2025 به رقمی در حدود 300 میلیارد دلار می رسد. در این بررسی برخی از خصوصیات بیوانفورماتیکی این ژن با استفاده از اطلاعات پایگاه هایNCBI و Expasy مورد ارزیابی قرار گرفت. هورمون انسولین، پپتیدی با 15 اسید آمینه است که 5.8 KDa وزن دارد و از پیش ماده پروانسولین مشتق می شود. پروانسولین نیز در پانکراس ترشح می گردد و شامل 110 اسید آمینه است که از این میان ،42 اسید آمینه در نقش توالی سیگنالی بوده و68 اسید آمینه باقیمانده نیز عبارتند از B-chain (30 اسید آمینه)، C peptide (43 اسید آمینه) و A-chain (30 اسید آمینه). طی بیوسنتز انسولین در پانکراسC peptide بوسیله prohormone convertase های 2 و 3 به ترتیب در محل هایB-chain/C-peptide و C-peptide⁄A-chain شکسته می شود وانسولین 15 اسید آمینه ای با تشکیل یک پیوند دی سولفیدی بینA-chain و B-chain ایجاد می گردد. داده هایMap viewer نشان می دهدپروانسولین بر روی کروموزوم شماره 11 قرار دارد. از برنامه Smart برای تعیین دامین های پروانسولین استفاده شد و یک سیگنال پپتاید و نیز دامینIIGF در آن یافت گردید. همچنین برای تعیین ترکیب نوکلئوتیدهای این ژن از پایگاه Genomatix استفاده شده و مشخص گردید که در این ژن بیش از 31٪ از نوکلئوتیدها گوانین هستند، علاوه بر این با استفاده از Protoparm، ترکیب اسیدهای آمینه تعیین گردید به صورتی که فراوان ترین اسیدآمینه آن لوسین وگلایسین (به ترتیب 81 و 11 ٪) می باشند. نیز نقطه ایزوالکتریک آن 22/5 و نیمه عمر آن در سلول های پستانداران 30 ساعت محاسبه شد. همچنین بااستفاده از نرم افزار Mega 5.0 درخت فیلوژنتیکی برای بررسی روابط تکاملی ژن پروانسولین انسانی با سایر گونه های جانوری رسم گردیده و مشخص شدکه بیشترین نزدیکی با ژن متناظر در موش وجود دارد. همچنین آنالیز منطقه پروموتری با استفاده از پایگاه PLACE منجر به یافتن تعدادی از توالی های تنظیمی چون GATABOX و ARR1AT گردید. برای رسم ساختارهای دو بعدی و سه بعدی پروتئین نیز به ترتیب ازPSIPRED و Swiss-Model استفاده شد. اطلاعات این بررسی می تواند در انتخاب ناقل ها و سیستم های کارآمد برای بیان هورمون انسولین مناسب باشد.

#Synthetic_Biology
#Systems_Biology
#Bioinformatic
@PrimerSBU

#اخبارهفته
🧠ترکیبی جدید برای مبارزه با بیماری آلزایمر کشف شده که از تشکیل آمیلوئید های دخیل در این بیماری جلوگیری می کند.
http://dx.doi.org/10.1039/C9CC09170J

🦠مطالعات سلولی نوعی مکانیسم مولکولی را کشف کرده که باعث ایجاد نوع نادر دیستروفی عضلانی می شود.
doi.org/10.1016/j.celrep.2019.12.080

🧪محققان روشی جدید را برای درمان ملانوما (نوعی سرطان پوست) کشف کردند
doi.org/10.1016/j.ejso.2019.10.039

🧬واریانت های ژن مسبب بیماری آلزایمر شناسایی شدند.
doi.org/10.1111/ahg.12375

@primerSBU

#بیوپرینتر
محققان آلمانی با استفاده از یک فناوری جدید موفق به تولید ارگان‌های شفاف شده اند که راه را برای چاپ سه بعدیاندام های بدن نظیر کلیه هموار می سازد.

گروهی از محققان دانشگاه «لودویگ ماکسیمیلیان» مونیخ به سرپرستی «علی ارترک»، تکنیکی را توسعه داده اند که با استفاده از نوعی حلال ارگان هایی نظیر مغز و کلیه را به صورت شفاف ایجاد می کند. 

محققان سپس با اسکن این اندام ها از طریق لیزرهای میکروسکوپی، مکان و شکل ساختارهای مختلف نظیر رگ های خونی و تک‌تک سلول ها را ثبت کرده و داربست ارگان را تولید می کنند. در مرحله بعد سلول های بنیادی به عنوان جوهر پرینتر سه بعدی مورد استفاده قرار گرفته و در مکان صحیح به داربست تزریق می شوند تا ارگان شکل واقعی به خود بگیرد.

هرچند پرینت سه بعدی پیش از این بارها برای تولید اندام مورد استفاده قرار گرفته اما همه آنها به خاطر مبتنی بودن بر تصاویر تومورگرافی مقطعی یا اسکنرهای MRI فاقد ساختارهای سلولی دقیق بوده اند. ارترک مزیت فناوریجدید را اینگونه بیان می کند:

به دلیل شفاف بودن ارگان های تولیدی قادر به مشاهده مکان همه سلول ها هستیم. در نتیجه می توان با استفاده از فناوری بیوچاپگر همان ساختار را تکرار کرده و ارگانی کاربردی را پرینت کنیم. در نهایت فکر می کنم برای اولین بار به تولید ارگان واقعی انسان بسیار نزدیک شده ایم.

این تیم امیدوار است طی دو یا سه سال دیگر پانکراس را چاپ کرده و حداکثر تا ۵ تا ۶ سال دیگر به پرینت کلیه بپردازد. محققان ابتدا ارگان های تولیدی را روی حیوانات تست می کنند و آزمایش های بالینی نیز ۵ تا ۱۰ سال دیگر کلید خواهد کرد.

چند روز پیش یک تیم دیگر توانسته بود با استفاده از بافت و رگ انسانی یک قلب را به صورت سه بعدی چاپ کند.

 @PrimerSBU

تماشا کنید: این پرینتر سه بعدی با نور سازه ها را تولید می‌کند
#بیوپرینتر
@PrimerSBU

📍بزرگترین مسابقه زیست فناوری کشور
ویژه دانشجویان رشته های #علوم_مهندسی، #علوم_پزشکی و #علوم_پایه

🎖اعطای امتیاز به برگزیدگان رویداد از طرف بنیاد ملی نخبگان برای بهره مندی از تسهیلات بنیاد

💸 بیش از ۶۰ میلیون تومان سرمایه گذاری بر روی هر تیم مسابقه + ۲۵ میلیون تومان جایزه نقدی

👨‍🔬 جذب نفرات برتر مسابقه در شرکت های مطرح حوزه زیست فناوری

📕بیش از ۲۵ عنوان کارگاه آموزشی در طول فرآیند ۶ ماهه

🔬ارائه تجهیزات آزمایشگاهی و محل استقرار اختصاصی به هر تیم



🔴 برای پیش‌ثبت‌نام در #ره‌زیست۲ می‌توانید از طریق یکی از لینکهای زیر اقدام کنید:
🌐 rahzist.ir/register
🤖 @rahzist_bot


🆔 @rahzist

شناسایی و تکامل RNA طویل غیر کد شونده در نوعی مارماهی (Red Cusk_Eel )
ماهی ها در معرض چندین عامل استرس زا هستند که تا کنون اطلاعاتی راجع به نقش (lncRNAs ) long noncoding RNA در آنها وجود نداشت . تنظیم بیان متفات در کبد ، کلیه و ماهیچه ی اسکلتی در پاسخ به استرس مشاهده شده است . lncRNAs دسته ای از RNA های غیر کدشونده هستند که نقش های مربوط به تنظیم بیان ژن را دارند و به مقدار ضعیفی حفاظت شده اند ؛ دارای بیش از ۲۰۰ نوکلئوتیدی که پروتئین را کد نمیکنند هستند و حاصل رونوشت نواحی بین ژنی اند؛ جهت گیری داشته و شباهت هایی با mRNA دارند مثلا '5 capping و '3 polyadenylation
تعداد lncRNAs شناسایی شده در پستانداران و همینطور نقش آن ها در تنظیم بیان ژن در رونویسی ، پس از رونویسی ، ترجمه و پس از ترجمه در حال افزایش است . مطالعات زیادی نشان میدهند lncRNAs در فعالیت اساسی زیستی نقش دارند مانند پاسخ های ایمنی ، درک ، رشد و استرس . lncRNAs بیشتر در پستانداران بررسی شده و در ماهی ها هم سالمون اقیانوس اطلس ؛ و چون نقش دقیق آن ها و نیز ارتباطشان با استرس در این گونه از ماهی نیز ناشناخته است کار این گروه پژوهشی دشوار بوده .

مارماهی سرخ به خاطر کیفیت گوشت و ارزش غذایی گونه ی مهمی است که تحمل کمی نسبت به استرس دارد و کنترل استرس چندین بافتش را اعم از ماهیچه اسکلتی ،کلیه و کبد را درگیر کرده و باعث واکنش ایمنی ،لاغر شدن و آسیب های اکسایشی میشود .
🧬 برای ارزیابی پاسخ استرس ، از دوگروه شاهد و آزمایش استفاده کردند که ابتدا در شرایط عادی خونگیری کردند سپس گروه آزمایش در معرض یک پروتوکل استاندارد تنش (شامل پهن کردن تور و دنبال کردن ماهی ها به مدت مشخص) قرار گرفتند و بعد از بی حسی نمونه های کبد ، کلیه و ماهیچه اسکلتی را جدا کرده تا RNA از آن تخلیص شود .داده های کمتر از 50bp حذف شدند و از داده های توالی یابی (RNA_seq data) برای تمایز بین mRNA و lncRNA استفاده شد .هر بافت میزان بیان خاص خودش را داشت و نتایج نشان دادند بین میزان lncRNA و mRNA ارتباط وجود دارد
🧬در کبد 👈 ۷۶ درصد ژن ها در یکی از این شبکه ها وجود دارند : شبکه ی اول شامل افزایش بیان رونوشت ها است ( 19 lncRNAs و 185 mRNAs ) شبکه ی دوم و سوم شامل کاهش بیان رونوشت ها است (29 , 11 lncRNAs و 130 ,86 mRNAs ) و میزان بیان رونوشت های این دو RNA در فرایند های متابولیکی و اکسیداسیون کبد نقش اساسی دارند ؛ کبد به عنوان عضو اصلی متابولیک در پاسخ به استرس مهره داران و هدف اصلی فعالیت کورتیزول است . که در مطالعات پیشین نشان داده شده استرس باعث افزایش پراکسیداسیون چربی و اکسیداسیون DNA و کربونیلاسیون پروتئین در کبد شده .که lncRNAs ها در اکسیداسیون_احیا نقش دارند .
🧬در کلیه 👈 تعداد 17230 ارتباط بین شبکه ی lncRNAs و mRNAs نشان داده شد که 70 درصد ژن ها در دو شبکه ی اصلی وجود دارند . کلیه نقش های فیزیولوژیک مهمی ایفا میکند که از جمله ی آن نقش کلیدی در واکنش ایمنی است و استرس بر آن تاثیر میگذراد ولی اطلاعاتی راجع به چگونگی تاثیر lncRNAs بر کلیه وجود ندارد
🧬در بافت عضلانی 👈 واکنش کمتری به کنترل استرس نشان داده شد و 108 تفاوت بیان lncRNAs گروه شاهد با آزمایش وجود داشت که از این مقدار 64 افزایش بیان رونوشت و 44 کاهش بیان آن بود .89 درصد ژن ها در یکی از سه شبکه وجود دارند . ماهیچه ی اسکلتی در ماهیان استخوانی نقش های مربوط به رشد و متابولیسم پروتئین دارند و در گونه های تجاری ماهیان ، ماهیچه از مهم ترین بافت های اقتصادی است و رشد آن لازم است . مشاهده شده استرس میتواند بر رشد عضلات اسکلتی با تاثیر گذاشتن بر تعادل بین فعالیت های آنابولیک و کاتابولیک موثر باشد
🧬reference: https://link.springer.com/article/10.1007/s10126-019-09934-6

🧬لینک دانلود مقاله : https://freepaper.me/PDF/87/87ae69e8b155d7d7b85fe740f4793191.pdf?hash=6GI-NkdM7srYe3Ml-zvp9A&doi=10.1007/s10126-019-09934-6&hash2=YHKkJQF5yYoOafd6YYFEqw

#marine_biotechnology #بیوتکنولوژی_دریا
@PrimerSBU

اتفاقات سلولی نظیر گذر زمان و فرمان های سلولی در DNA ثبت می شوند.

🧬مهندسان ژنتیک ابزارهای ویرایش پایه(Base Editing) را به کار گرفته اند تا امکان ذخیره و پردازش اطلاعات در DNA سلولهای باکتریایی و پستانداران را فراهم کنند.
📌این یک استفاده بسیار هوشمندانه از روش ویرایش پایه(Base Editing) برای خواندن و نوشتن اطلاعات در داخل سلولهای زنده است.
🧬تبدیل سلول ها به ضبط کننده های مولکولی به معنای برنامه ریزی ژنتیکی برای ایجاد تغییرات دائمی در DNA آنها در پاسخ به وقایع خاص مولکولی است که دارای چندین کاربرد بالقوه بیوتکنولوژیک و زیست پزشکی می باشد.
📌فن آوری های ضبط مولکولی قبلی از آنزیم های CRISPER یا نوترکیب ها برای واردکردن یا جهش بخش های خاص DNA استفاده می کرد.
----------------------------------------------------
🌐مشاهده مقاله
https://www.the-scientist.com/news-opinion/timing-and-order-of-molecular-events-recorded-in-live-cells-dna-66330
----------------------------------------------------
#مهندسی_ژنتیک
#genetics_engineering

🆔 @PrimerSBU

کانال انجمن علمی بیوتکنولوژی دانشگاه شهید بهشتی
https://news.1rj.ru/str/SBUbiotechnology

📰 #اخبار_هفته

🦠تحقیقات جدید در مورد کرونا : سیستم ایمنی خفاش ویروس ها را به سمت قوی تر شدن و مرگباری بیشتر سوق داده است. 🦇

https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200210144854.htm

*
🧬چگونه یک کروموزوم X غیر فعال میشود؟


https://www.nature.com/articles/d41586-020-00207-0

*

🔬چرا برخی افراد در برابر ویروس ها مقاومت کمتری نشان میدهند؟ اولین آنفلوانزای دوران کودکی شما پاسخ گوی این سوال است. 💊

https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200204094722.htm

*

🔖استفاده از آنتی بادی های پلاستیکی برای درمان سرطان! نانوژل های پلی مری که میتوانند پروتئین های سطح سلول را بلاک کنند و اسفروید تومور هارا مختل کنند.🧪

https://www.nature.com/articles/s41557-019-0415-6

*

🧾انتشار ساختار پروتئاز ویروس جدید کرونا توسط بانک داده ی پروتئین.🦠

https://www.news-medical.net/news/20200210/Protein-Data-Bank-archive-releases-new-Coronavirus-protease-structure.aspx

#CoronaVirus

*

📝کشف ارتباط بین سرطان مثانه و رسپتور های کلاژن📋

https://www.news-medical.net/news/20200209/Study-finds-link-between-bladder-cancer-and-collagen-receptor.aspx

#Cancer

*

⏳چگونه برخی پستانداران رشد و تکامل جنین در رحم خود را به تعویق می اندازند؟🦦

https://m.phys.org/news/2020-02-mammals-pregnancies.html

***

🧬@PrimerSBU 🧬

#معرفی_نرم_افزار_comsol

در سال ۱۹۸۶، اسوانت لیت مارک (Svante Littmarck) که در آن زمان دانشجوی دکترا در زمینه ی آنالیز عددی و علوم کامپیوتری در مؤسسه سلطنتی فناوری استکهلم سوئد (KTH) بود، به همراه دو هم دانشگاهی خود به نام های فرهاد سعیدی و سعید زهرای (Said Zahrai) که بعدها ازتیم جدا شد، شروع به دریافت و انجام سفارشات برنامه نویسی نمودند. آنها پس از مدتی اقدام به تاسیس شرکت، بازاریابی و فروش تولیدات خود در زمینه ی آنالیز عددی گرفتند. عقد قرارداد با شرکت آمریکایی MathWorks (شرکت صاحب امتیاز MATLAB) سبب شکوفایی و توسعه ی شرکت آنها گردید. پس از اتمام همکاری با شرکت Mathwork، اسوانت و سعیدی تصمیم گرفتند که سود عاید از قرارداد های قبلی خود را در زمینه ی توسعه ی محصول نرم افزاری به نام FEMLAB سرمایه گذاری کنند. این طرح با موفقیت رو به رو شد و FEMLAB توانست جایگاهی در میان سایر نرم افزار های حل عددی پیدا کند. امروزه دفتر اصلی شرکت در استکهلم سوئد واقع گردیده ودر کشورهایی نظیر امریکا و هند نیز دارای نمایندگی فروش و توسعه است.

از سال ۲۰۰۵، نام FEMLAB به COMSOL Multiphysics تغییر داده شد. در حال حاضر کاربرد این نرم افزار با سرعت چشم­گیری در میان طرفداران تکنولوژی­های سطح بالا (High Tech) در حال گسترش بوده و دانشگاه های معتبری نظیر Stanford و MIT از این محصول در آزمایشگاه های خود استفاده می کنند. هم چنین بزرگ ترین مشتری تجاری این نرم افزار سازمان فضایی امریکا (NASA) می باشد. از دیگر مشتریان مطرح کامسول می توان به شرکت های General Electrics و شرکت Millipore اشاره نمود. شرکت General Electrics از این نرم افزار جهت طراحی و شبیه سازی باتری های هیبریدی و شرکت Millipore به منظور توسعه محصولات بیوتکنولوژی خود از این محصول استفاده می کنند.

نرم افزار COMSOL Multiphysics همه منظوره بوده و با استفاده از روش­های حل عددی پیشرفته اقدام به مدل­سازی و شبیه ­سازی مسائل فیزیک ­محور می کند. با استفاده از این نرم ­افزار شما قادر خواهید بود که پدیده­ های شامل چند فیزیک و یا پدیده­ های جفت شده به هم (coupled) رابه کمک بیش از ۳۰ ماژول موجود در این نرم ­افزار تحلیل کنید. همچنین قادر خواهید بود که پلتفرم شبیه­سازی را با استفاده از ابزارها و رابط­های اختصاصی برای کاربردهای الکتریکی، مکانیکی، شیمیایی و جریان سیال توسعه دهید. افزونه های (Add-Ons) این نرم افزار امکان اتصال شبیه ­سازی های شما در محیط  COMSOL Multiphysics را با سایر روش های محاسباتی و نرم افزارهای طراحی دو بعدی و سه بعدی (CAD) و نرم افزارهای طراحی قطعات الکترونیکی (ECAD) به صورت همزمان (real-time) فراهم می­آورد.

هر سه مرحله ی پیش پردازش، پردازش و پس پردازش در محیط کامسول قابل انجام است. جهت سهولت در طراحی و شبیه‌سازی امکان برقرای ارتباط هم زمان (Live Link) با سایر نرم افزارها نظیر متلب (MATLAB)، اکسل (Excel)، اتوکد (AutoCAD)، سالیدورک (SolidWorks)، سالید اج (Solid Edge)، رویت (Revit)، کتیا (CATIA) و اینونتور (Inventor) وجود دارد که به هنگام نصب نرم افزار در صورت موجود بودن نرم افزارهای ذکرشده، پلاگین های (plug in) نرم افزار به صورت خودکار در نرم افزارهای مقصد بارگذاری می شود.

محیط کار (Desktop) نرم افزار COMSOL  به صورت یکپارچه می باشد که سبب سهولت در انجام شبیه سازی های مابین رشته­ای می شود. ماژول های افزودنی به نرم افزار نیز این یکپارچگی را حفظ نموده و نحوه تعامل شما با نرم ­افزار حتی در حضور این ماژول­ها به هیچ عنوان تغییر نمی­کند. با استفاده از این نرم ­افزار به راحتی می­توانید با قابلیت اطمینان بالایی مدل­هایی از یک نوع فیزیک را در محیط و بسترهایی با چند فیزیک توسعه دهید تا چندین پدیده به صورت همزمان درحل مساله لحاظ شوند. دستیابی به این امکان حتی این قدرت را به شما می­دهد که بدون دانستن معلومات عمیق از مدل ریاضی مساله و روش­های حل عددی، مسایل خود را حل نمایید.

به عنوان مثال، شما در  COMSOL Multiphysics قادر خواهید بود که معادلات دلخواه خود را که می تواند شامل خواص ماده، مرزها، ترم­های مربوط به منبع و چاه (sink and source) و یا یک جفت معادلات دیفرانسیل جزئی (PEDs) باشد را وارد مساله کنید.
@PrimerSBU

#بیوممتیک

🧐رُبات کوچکی که می تواند راه برود، بخزد، غلت بخورد، بپرد و شنا کند، اما زنده نیست

این ربات بسیار کوچک که با الهام از کرم پیله ساز و عروس دریایی توسعه یافته است، قادر به انجام حرکات پیچیده ای در مقیاسی کوچک داخل بدن انسان می باشد، از جمله راه رفتن، خزیدن، پرش، غلتیدن و شنا کردن.

محققان موسسه ماس پلانک این ربات را توسعه داده اند و در نگاه اول چیزی به غیر از یک تیکه نوارساده مستطیل شکل لاستیکی نمی باشد، ولی ناگهان شروع به حرکت می کند. از دیگر قابلیت های این ربات، خارج شدن از استخر یا جایی پر آب به داخل خشکی می باشد.
به گفته Metin Sitti رییس دپارتمان هوش فیزیکی مرکز سیستم های هوشمند موسسه ماکس پلانک که هدایت این این تیم تحقیقاتی را به عهده دارد، این ربات به اندازه ای کوچک است که می تواند به راحتی در سیستم معده و سیستم ادراری انسان حرکت کند. این ربات هنوز در انسان ازمایش نشده، ولی هدف آن بهبود فرایندهای پزشکی می باشد، از جمله رساندن دارو به بخش خاصی از بدن انسان.

به گفته دکتر سیتی، آنچه در مورد این ربات جالب است این است که برای محیط های پیچیده می توان آنرا مجهز به حرکت ها و حالت های مختلف برنامه ریزی کرد.
دکتر ریستروف، ریاضیدان، از موسسه Courant دانشگاه نیویورک که قبلا با الهام از حرکات عروس دریایی، رباتی را توسعه داده بود در مورد این محصول در ایمیل خود به دکتر سیتی گفته است که آرایه های رفتاری و قابلیت های این ربات بسیار چشمگیر می باشد و قطعا جایگاهی جدا از دیگر محصولات دارد. این مخلوقات بسیار زیبا هستند. واضح است که هرکس که کنترل میدان های مغناطیسی حرکت این مخلوقات را به عهده دارد، به مهارتی بسیار بالا که حاصل تجربه و سعی و خطاهای مکرر است رسیده است.
به گفته دکتر سیتی، این ربات از یک لاستیک الاستومر ساخته شده است که سطح آن بوسیله ذرات کوچک و مغناطیسی پر شده است. خواص مغناطیسی این ذرات را برنامه ریزی می کنیم به طوری که از خارج، هنگامی که یک میدان مغناطیسی را اعمال می کنیم، ربات تغییرشکل دهنده ی الاستیک، شکل خود را به هر چیزی که می خواهیم تغییر می دهد.

🔍 ادامه اطلاعات مربوط به این ربات جالب را در لینک زیر دنبال کنید و ویدیو مربوط را مشاهده کنید.

https://www.nytimes.com/2018/01/24/science/tiny-robot-medical.html

@primerSBU

گارگاه دو روزه :
✅اصول و مبانی* SDS-PAGE&Western blot*
✅انجام کلیه مراحل به صورت عملی ✍️ظرفیت کارگاه محدود