💥رونمایی از Alphafold 3

آیا زمان خداحافظی با ابزارهای کلاسیک داکینگ مولکولی فرا رسیده‌است؟

📣 به‌تازگی شرکت‌های Isomorphic Labs و Google DeepMind از آلفافولد ۳ رونمایی‌کرده‌اند. از ویژگی‌های آلفافولد ۳ می‌توان به برخوداری از Diffusion based Model اشاره‌کرد.

🔍 این مدل که جزو مدل‌های Generative (مولد) به حساب می‌آید، باعث شده تا آلفافولد ۳ به ابزار قدرتمندی برای مدل‌سازی دقیق ساختار کمپلکس‌های حاوی پروتئین‌ها، اسیدهای نوکلئیک، رشته‌های DNA و RNA، مولکول‌های کوچک، یون‌ها و غیره تبدیل گردد.

📌درواقع مزیت اصلی این مدل در پیش‌بینی دقیق ساختار سه‌بعدی کمپلکس‌های زیستی با استفاده از مختصات اولیه‌ی اتم‌های تشکیل دهنده آن است.

🖥 برخی معتقدند که به‌علت ویژگی‌های متمایز آلفافولد ۳ از سایر ابزارهای داکینگ مولکولی، به‌زودی می‌بایست با ابزارها و روش‌های داکینگ کلاسیک خداحافظی کنیم!

🌐 در حال حاضر این مدل تنها از طریق سرور در دسترس می‌باشد.

لینک مقاله

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#مقاله
#بیوانفورماتیک
#زیست‌شناسی_سلولی

⁉️در سیزدهمین جلسه از مجموعه ژورنال‌کلاب‌های شاخه‌ی دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران، قرار است به چه موضوعی بپردازیم؟

✔️درک نقش حلقه‌ی Wnt palmitoleylated و پیوندهای دی‌سولفید حفظ‌شده در ساختار پیچیده‌ی Wnt-Frizzled به‌وسیله‌ی شبیه‌سازی دینامیک مولکولی✔️

🟢این مقاله بر نقش پیوندهای دی‌سولفیدی مشخصی در پروتئین‌های Wnt و اهمیت آن‌ها در دینامیک ساختاری درهنگام تعامل این پروتئین‌ها با گیرنده‌های Frizzled تمرکز دارد. این تعامل برای مسیر سیگنالینگ Wnt که نقش مهمی در رشد سلولی و بیماری‌های مختلف دارد، بسیار مهم است.

🟢این مطالعه با استفاده از شبیه‌سازی‌های دینامیک مولکولی، بررسی می‌کند که چگونه پیوندهای دی‌سولفیدی حفظ‌شده در حلقه‌ی پالمیتولیله‌شده(palmitoleylated loop) پروتئین‌های Wnt، بر توانایی آن‌ها برای اتصال به Frizzled تأثیر می‌گذارد. این شبیه‌سازی‌ها نگرش دقیقی از برهم‌کنش‌های مولکولی و تغییرات ساختاری در طول فرآیند اتصال ارائه می‌کنند.

🟢یافته‌های این تحقیق می تواند در درک مفاهیم مکانیسم‌های اساسی سیگنالینگ Wnt، تأثیر داشته باشد. درک بهتر این مکانیسم‌ها می‌تواند منجر به پیشرفت‌ در استراتژی‌های درمانی شود، به‌ویژه در هدف‌گیری بیماری‌هایی که سیگنال‌های Wnt به‌طور نابجا فعال می‌شوند مانند برخی از انواع سرطان‌ها، آلزایمر، پارکینسون، برخی بیماری‌های قلبی و عروقی، دیابت نوع دو، کبد چرب غیرالکلی و...

🔍چنین مطالعاتی در ارتباط با دینامیک مولکولی برای حوزه‌های بیوشیمی و زیست‌شناسی مولکولی حیاتی هستند، چون پنجره‌ای نو را به برهم‌کنش‌های دینامیکی در سطح مولکولی باز می‌کنند که اساس فرآیندهای بیولوژیکی حیاتی هستند.

✔️به‌طور کلی، این تحقیق به ما کمک می‌کند تا درک علمی بهتری از نحوه‌ی عملکرد پروتئین‌ها در سطح مولکولی به دست آوریم، به‌ویژه در زمینه‌ی مسیرهای سیگنالینگ که برای عملکردهای سلول و نمو سلولی حیاتی هستند.

🖥برای آشنایی بیش‌تر با اصطلاحات خلاصه‌ی ارائه‌شده و مقاله‌ی مورد نظر، توصیه می‌کنیم به لینک‌های منابع داخل متن مراجعه نمائید.

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#ژورنال_کلاب
#زیست‌شناسی_سلولی
#زیست‌شناسی_محاسباتی

📣📣📣📣CB TALK 📣📣📣📣

🔔به اطلاع می‌رساند که شاخه‌ی دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران در نظر دارد سلسله جلساتی را تحت‌عنوان CB Talk (Computaional Biology Talk)
براساس بازخوردهای مثبتی که از شما دوستان عزیز دریافت کرده‌ایم، برگزار کند.

✨این جلسات اختصاصاً به بررسی آخرین دستاوردها و نوآوری‌های روز دنیا در زمینه‌ی زیست‌شناسی محاسباتی می‌پردازند و موقعیت مناسبی را برای علاقه‌مندان به این حوزه برای کاوش و گفت‌وگوی بیش‌تر به وجود می‌آورد.

📌 برنامه جلسات:

🗓جلسات CB Talk به‌صورت ماهانه برگزار خواهند شد و هر جلسه به معرفی و بررسی جامع یک حوزه‌ی خاص در زیست‌شناسی محاسباتی اختصاص دارد.
  
💬در این جلسات، اساتید برجسته و صاحب‌نظر در حوزه‌های مختلف، تجربیات و پژوهش‌های خود را به اشتراک می‌گذارند که این امکان را به شرکت‌کنندگان می‌دهد تا با جدیدترین تحقیقات و رویکردهای علمی آشنا شوند.


🟢این سلسله جلسات به‌عنوان یک فرصت استثنایی برای به‌روزرسانی دانش و ارتباط با فعالین پیشروی علمی حوزه زیست‌شناسی محاسباتی، فراهم آمده است. لذا از شما علاقه‌مندان به حوزه‌ی زیست‌شناسی محاسباتی دعوت می‌کنیم تا با شرکت در این جلسات حمایت خود را از این سلسله جلسات نشان دهید و از تجربیات و دانش ارائه شده بهره‌مند شوید.

🖥برای کسب اطلاعات بیش‌تر و ثبت‌نام در جلسات، لطفاً به وب‌سایت رایازی مراجعه فرمائید.

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#رویداد
#CB_Talk

📣 «چهاردهمین #ژورنال_کلاب شاخه‌ی دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران»

✔️موضوع:

"Estimation of bladder pressure and volume from the neural activity of Lumbosacral dorsal horn using a long-short-term-memory-based Deep Neural Network"

🧑🏻‍💻 با حضور جناب آقای میلاد جباری

🔹«ایشان هم‌اکنون دانشجوی دکترای ماشین لرنینگ، زیست‌شناسی محاسباتی و نوروساینس محاسباتی در دانشگاه Edinburgh اسکاتلند هستند و پیش از این مدرک کارشناسی‌ارشد خود را در رشته‌ی مهندسی پزشکی از دانشگاه علم و صنعت ایران دریافت کردند.
علاقه و حوزه‌ی تحقیقاتی ایشان Signal Processing، نوروساینس محاسباتی، ماشین لرنینگ و دیپ لرنینگ با تمرکز بیشتر بر روی LSTM، انواع CNN و TCN است.»

❗️جهت کسب اطلاعات بیش‌تر درمورد سابقه‌ی آموزشی و پژوهشی ایشان، می‌توانید به صفحه‌ی گوگل اسکالر و لینکدین ایشان مراجعه نمائید.

🗓 تاریخ: یکشنبه، ۳۰ اردیبهشت ۱۴۰۳(۱۹ می)
⏰ ساعت: ۲۰ الی ۲۲

🔗 لینک ثبت‌نام: سایت رایازی
🌐 این رویداد به صورت آنلاین برگزار می‌گردد.

🔖 دوستان علاقه‌مند جهت شرکت در ژورنال‌کلاب توجه داشته‌باشند که جهت ایجاد پیش‌زمینه‌ی ذهنی بهتر و بهره‌مندی و مشارکت بیش‌تر شما عزیزان، مطالعه‌ی مقاله‌ی زیر پیشنهاد می‌شود.

📌 لینک مقاله

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#ژورنال_کلاب

✨دوازدهم مِی، روز جهانی زن در ریاضیات✨

⭐️زادروز مریم میرزاخانی، بیست‌ و دوم اردیبهشت(دوازدهم می)، از سوی اتحادیه‌ی‌ بین‌المللی انجمن‌های ریاضی جهان با پیشنهاد کمیته‌ی بانوان انجمن ریاضی ایران به‌عنوان روز جهانی زن در ریاضیات نام‌گذاری شده‌است.
این روز را به همه‌ی مردم ایران، خصوصاً بانوان اندیشمند و الهام‌بخش در عرصه‌های علمی تبریک می‌گوییم.
بیایید کمی بیش‌تر با کارهای ارزشمند این نابغه ایرانی آشنا شویم؛ #مریم_میرزاخانی اولین زنی بود که توانست جایزه‌ی فیلدز که مهم‌ترین نشان علمی ریاضیات است را دریافت کند.

💎بخشی از افتخارات مریم میرزاخانی:
-دو دوره مدال طلای کشوری المپیاد ریاضی
-دو دوره مدال طلای المپیاد جهانی ریاضی در سال‌های ۱۹۹۴ و ۱۹۹۵
(در سال ۱۹۹۵ با کسب نمره کامل، اولین ایرانی‌ای بود که طلای یکم شد)
-نخستین دختری که به تیم المپیاد ریاضی ایران راه یافت(به‌همراه رویا بهشتی زواره)
-همچنین وی نخستین کسی بود که در المپیاد ریاضی، در دو سالِ متوالی مدال طلا گرفت.

🟢میرزاخانی دوره‌ی کارشناسی خود را در دانشگاه صنعتی شریف طی کرد. در این دوره، اثبات ساده‌ای برای قضیه‌ی شُر یافت که در ماه‌نامه‌ی انجمن ریاضی آمریکا چاپ شد.

✔️وی سپس به دانشگاه هاروارد رفت. کورتیس مک‌مالن، استاد مریم میرزاخانی در هاروارد، او را این‌طور به یاد می‌آورد که بر سر کلاس‌هایش سوال‌های زیادی می‌پرسید و با عجله به فارسی یادداشت برمی‌داشت.

🔍مریم میرزاخانی روی چه موضوعی کار می کرد و به چه علت جایزه گرفت؟
بعد از اخذ دکترا، میرزاخانی با عنوان استادیار در دانشگاه پرینستون به تدریس مشغول شد. در سال ۲۰۰۶ نشریه پاپیولار ساینس آمریکا او را به‌عنوان یکی از ۱۰ ذهنِ جوان جهان برگزید. میرزاخانی در پرینستون به درجه‌ی استادی ارتقا یافت. سپس او به استنفورد رفت و در ۳۱ سالگی به‌عنوان استاد تمام در این دانشگاه به کار مشغول شد.

➕مریم میرزاخانی، ریاضی‌دان برجسته‌ی ایرانی، به‌خاطر کارهایش در هندسه به‌ویژه در رابطه با سطوح ریمان و فضاهای مدولی آن‌ها در سال ۲۰۱۴ مدال فیلدز را دریافت کرد.

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#مریم_میرزاخانی

☄️ تقاطع علوم اعصاب و هوش مصنوعی

🔼برآورد عملکرد مثانه از طریق فعالیت عصبی

😶 وظایف اصلی دستگاه ادراری تحتانی، ذخیره‌سازی و دفع به‌موقع ادرار است. با این حال، بیماری‌های عصبی یا آسیب‌های نخاعی می‌توانند این عملکردها را مختل کنند و منجر به شرایطی مانند دیس‌سینرژی اسفنکتر دتروزور (DSD) و فعالیت بیش از حد نوروژنیک دتروزور (NDO) شوند. این شرایط با انقباضات ناخواسته مشخص می‌شوند و می‌توانند منجر به بی‌اختیاری یا فشارهای بالای مثانه شوند که بر کیفیت زندگی بیمار تأثیر شدیدی می‌گذارند. شبکه‌های LSTM، نوعی از شبکه‌های عصبی بازگشتی هستند و در درک وابستگی‌های بلندمدت در داده‌های دنباله‌ای استفاده می‌شوند.

🧐کاربردهای بالینی این تحقیقات بسیار وسیع است. برای بیماران مبتلا به اختلال عملکرد ادراری تحتانی نوروژنیک، این فناوری می‌تواند جایگزینی غیرتهاجمی و مؤثرتر از درمان‌های سنتی ارائه دهد. این تکنولوژی دری به سوی پزشکی شخص‌محور باز می‌کند، جایی که درمان‌ها و مداخلات می‌توانند متناسب با پاسخ‌های فیزیولوژیکی فرد ارائه شوند.

😮علاوه بر این، تحقیقات راه را برای بررسی بیشتر سایر عملکردهای فیزیولوژیک که می‌توانند از فعالیت عصبی برآورد شوند، هموار می‌کند. پتانسیل شبکه‌های عصبی مبتنی بر LSTM برای کمک به زمینه نوروپروتزها بسیار زیاد است.

🤯در عرصه علوم پزشکی، توانایی برآورد دقیق عملکردهای فیزیولوژیک از طریق فعالیت عصبی، مرزی است که مدت‌هاست توجه پژوهشگران را به خود جلب کرده است.

📌در این ژورنال کلاب به بررسی پیچیدگی‌های استفاده از شبکه عصبی عمیق مبتنی برLSTM برای این منظور می‌پردازیم و تأثیرات آن برای بیماران مبتلا به بیماری‌های عصبی یا آسیب‌های نخاعی را بررسی می‌کنیم.

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#ژورنال_کلاب
#نوروساینس

🔈شاخه‌ی دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران، تقدیم می‌کند:

✨دومین سخنرانی، از مجموعه سخنرانی‌های CB TALK✨

🗓تاریخ: دوشنبه، ۷ خرداد(۲۷می)
⏰ ساعت: ۲۰ الی ۲۲

🎙در این سخنرانی میزبان جناب آقای محمد قدرتی گهر و خانم دکتر مریم صادقی خواهیم بود.

✅ سرکار خانم دکتر مریم صادقی CEO و Co-founder شرکت Metaoptima هستند. ایشان مدرک دکترای خود را از دانشگاه Simon Fraser دریافت کرده‌اند و حوزه‌ی تحقیقاتی ایشان Medical Image Analysis, Dermoscopy, Image Processing, Computer Vision و Mobile Applications است. 

📌جهت کسب اطلاعات بیش‌تر در مورد سابقه‌ی آموزشی و پژوهشی ایشان، می‌توانید به صفحه‌ی گوگل اسکالر و لینکدین ایشان مراجعه نمائید.

✅ جناب آقای محمد قدرتی گهر هم اکنون Senior ML Cloud Solution Architect شرکت Microsoft هستند. ایشان مدرک کارشناسی ارشد خود را از دانشگاه Ottawa کانادا دریافت کرده و در حوزه‌ی Biomedical Engineering و Artificial Intelligence فعالیت می‌کنند.  حوزه‌ی تحقیقاتی ایشان Signal Processing و Machine Learning است. 

📌جهت کسب اطلاعات بیش‌تر در مورد سابقه‌ی آموزشی و پژوهشی ایشان، می‌توانید به صفحه‌ی گوگل اسکالر و لینکدین ایشان مراجعه نمائید.

🔴لطفا سوالات خود در رابطه با موضوع CB Talk و سخنرانان محترم را از طریق این لینک مطرح بفرمایید. (به دلیل محدودیت زمانی اولویت پرسش با سوالاتی است که در این بخش مطرح می‌گردد.)

🌐لینک ثبت‌نام: سایت رایازی

🚀Telegram 
🖼LinkedIn 
🖼Instagram

#رویداد
#CB_Talk

📣 با افتخار اعلام می‌دارد، اختتامیه اولین دوره باهمخوانی انجمن جهانی زیست شناسی محاسباتی با‌محوریت کتاب
“Deep Learning for the Life Sciences”
🔜 امروز ۸ام خرداد ماه ساعت ۲۰ الی ۲۲  برگزار خواهد شد.

➕ در این جلسه افتخار حضور اساتید بزرگوار زیر را داریم:

🔖 هدایت جلسه و ارائه فصل:

✨ سرکار خانم دکتر زهرا رضوانی (LinkedIn)


میهمانان افتخاری:

⭐️ جناب آقای دکتر علی شریفی زارچی (LinkedIn) 

⭐️ سرکار خانم دکتر محبوبه ضرابی (LinkedIn)

⭐️ سرکار خانم دکتر مهسا ابراهیمی (LinkedIn)


📌 لینک دانلود کتاب


🔽 لطفا با توجه به محدودیت زمانی و تلاش برای برنامه‌ریزی بهتر جهت بهره‌گیری از زمان و دانش ارزشمند اساتید بزرگوار، سوالات خود را از طریق لینک زیر مطرح بفرمایید:

لینک سوالات

✅ امتیاز دهی به سوالات موجود نیز بسیار در بهبود کار کمک کننده خواهد بود.

🚀 Telegram
🖼 Linkedin
🖼 Instagram

#باهم‌خوانی

⚡️ برای دسترسی به لینک سوالات از بارکد در تصویر نیز می‌توانید استفاده کنید.

📣 نورالینک‌، تراشه‌ی مغزی ایلان ماسک، مجوز FDA برای شروع مطالعات انسانی روی نفر دوم را گرفت!

🌐پروژه Neuralink با هدف توسعه رابط‌های بین مغز و ماشین راه‌اندازی شد تا با کاشت الکترود ارتباط مستقیم بین مغز و کامپیوتر ممکن شود.

☄️ از جذاب‌ترین جنبه‌های آن، قابلیت درمان اختلالات عصبی مانند بیماری پارکینسون و صرع است. می‌توان با تحریک مناطق خاصی از مغز، توانایی‌های حرکتی ازدست‌رفته را برگرداند یا از بروز تشنج جلوگیری کرد.

⚡️در فوریه 2024، اولین آزمایش انسانی روی مردی 29 ساله که بعد از یک حادثه غواصی از شانه به پایین فلج شده‌بود، انجام شد.
این مرد در پلتفرم اجتماعی X، گفت که با استفاده از دستگاه نورالینک می‌تواند به‌صورت آنلاین شطرنج بازی کند.

⚠️ بعد از حدود یک ماه، مشکلاتی پیش آمد؛ سیم‌های الکترود چون نازک و قابل انعطاف هستند، اثربخشی دستگاه کم شده‌بود. از مشکلات دیگر، حرکات زیاد مغز انسان است. برای رفع آن، تصمیم گرفته شد که سیم‌ها را به عمق بیش‌تری وارد کنند.

⚠️ مانند هر پروژه‌ی بزرگی، نورالینک هم با چالش‌هایی روبه‌روست؛ آیا تراشه‌ها قابل اطمینان هستند؟ حریم شخصی افراد حفظ می‌شود؟

📈با این وجود، تا کنون بیش از 1000 نفر از افراد دارای معلولیت جسمی در این مطالعه ثبت‌نام کرده‌‌‌اند.

👀به‌نظر شما آینده‌ی تراشه‌های مغزی و نقش هوش مصنوعی در زندگی انسان‌ها به چه‌ جاهایی می‌رسد؟

🚀 Telegram
🖼 Linkedin
🖼 Instagram

#تکنولوژی
#نوروساینس
#زیست‌شناسی_سلولی

1️⃣یک‌‌‌سال از حضور و فعالیت شاخه‌ی دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران گذشت...

🎆امروز یک ژوئن ۲۰۲۴ میلادی، سالگرد یک‌‌سالگی شاخه‌ی دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران است و در این‌جا گوشه‌ای از فعالیت‌ها و دستاوردهایی که در این مدت داشته‌ایم را باهم مرور می‌کنیم.

💐در ابتدا از تک‌تک شما عزیزانی که در این مسیر در کنار ما حضور داشته‌اید، تشکر و قدردانی می‌کنیم؛ بی‌شک بدون حضور شما همراهان گران‌قدر این موفقیت‌ها امکان‌پذیر نبودند و ما قدردان همراهی ارزشمند شما هستیم.

▶️با مراسم افتتاحیه شروع می‌کنیم...
این مراسم به‌صورت حضوری برگزار شد و ما میزبان اساتید بزرگی همچون آقایان دکتر علی‌ شریفی زارچی، دکتر محمد لطف‌اللهی، دکتر مهدی صادقی و احسان‌الدین عسگری بودیم؛ همچنین توانستیم پذیرای حضور گرم شما عزیزان باشیم که این هم‌پیمانی مایه‌ی دل‌گرمی ما در شروع این راه پر پیچ‌وخم بود و سبب شد تا تمامی اعضای انجمن با تلاش بیش‌تر و تعهد جدی‌تری فعالیت‌ها را پیگیری کنند و گامی رو به جلو برای ایران عزیزمان بردارند...

🎙از اولین رویدادهای جدی انجمن، ژورنال‌کلاب‌ها‌ بودند؛ اولین جلسه از ژورنال‌کلاب‌ها، در تاریخ ۱۹ آذر ۱۴۰۲ برگزار شد و با استقبال و همراهی شما عزیزان، تاکنون به‌صورت هفتگی ادامه داشته‌است و میزبان ۱۴ جلسه #ژورنال‌کلاب در حوزه‌های متفاوت و گسترده‌ای از نوروساینس محاسباتی تا #بیوانفورماتیک ساختاری بوده‌ایم؛ نوید این را می‌دهیم که در آینده‌ای نزدیک و به‌زودی تعداد و گستردگی این ژورنال‌کلاب‌ها افزایش خواهد یافت و ما همچون گذشته منتظر حضور و استقبال گرم و ارزشمند شما هستیم.

💬دوره‌ی باهم‌خوانی؛ هدف ما همواره یادگیری و مطالعه‌ی عمیق‌تر زیست‌شناسی محاسباتی بوده‌است و بدین‌منظور، در اولین دوره‌ی #باهم‌خوانی، کتاب Deep Learning for the Life Science با نظارت سرکار خانم دکتر زهرا رضوانی جهت مطالعه‌ی گروهی و افزایش آگاهی طی ۱۲ جلسه برگزار شد که به‌تازگی به‌‌ پایان رسیده‌است و با استقبال شما همراهان گرامی، به‌زودی دوره‌های بعدی آن را شروع خواهیم کرد.

⚡️در یک‌سالی که گذشت توانستیم طی وبینارهای یک‌جلسه‌ای، میزبان اساتید برجسته‌ای نظیر دکتر امیرحسین سعیدیان و سرکار خانم دکتر محبوبه ضرابی باشیم.

🔍همچنین، رویداد پژوهشگران بیوانفورماتیک به‌صورت یک دورهمی حضوری و مجازی در دانشگاه شریف با میزبانی از دو مهمان ویژه، دکتر سینا مجیدیان و دکتر امیر وجدی، برگزار شد.

🔥و اما رویدادی به‌ وسعت HBC، نقطه‌ی عطف رویدادهای انجمن...
از مهم‌ترین دستاوردهای تیم #RSG_Iran در یک سال گذشته، رویداد HBC بوده‌است که با افتخار می‌توانیم اعلام‌ کنیم میزبان بهترین اساتید این حوزه از برترین دانشگاه‌ها و مراکز تحقیقاتی معتبر دنیا بوده‌ایم که منجر به استقبال بی‌نظیر شما عزیزان گردید؛ به‌طور تقریبی، در طی دو هفته‌ی اول، ۸۰۰ نفر ثبت‌نام‌کننده داشته‌ایم که این اعتماد و استقبال باعث دل‌گرمی هرچه بیش‌تر ماست و ما به آن افتخار می‌کنیم...

🌐کمپین AI FUSION در نوروز ۱۴۰۳؛ در ایام نوروز، با کمپین ۱۴ روزه‌ی #AI_FUSION همراه شما بودیم و هر روز با یکی از کاربردهای #هوش_مصنوعی در زیست‌شناسی محاسباتی و کاربردهای آن آشنا شدیم.

❓سلسله جلسات CB Talk، جدیدترین رویدادِ جاری ما؛ جدیدترین فعالیت ما یعنی CB Talkها به‌تازگی آغاز شده‌اند و به صورت ماهانه برگزار می‌شوند و در این جلسات میزبان اساتید و پژوهشگران برتر زیست‌شناسی محاسباتی از سراسر جهان هستیم و در آن به‌‌صورت گفت‌وگو محور در ارتباط با مسائل این حوزه بحث می‌کنیم.

⭐️تمامی این فعالیت‌ها فقط بخشی از مسیر تا به این‌جای این انجمن می‌باشد که همراهی شما عزیزان سبب شده‌است تا روز‌به‌روز به سوی اهداف بزرگ‌تری پیش برویم و این مایه‌ی مباهات و افتخار ما است...

⭐️با افتخار، سالگرد یک‌سالگی شاخه‌ی دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران را تبریک می‌گوییم و دل‌گرمی و الطاف شما همراهان گران‌قدر را توشه‌ی مسیر خود می‌کنیم و در راه گسترش علم و آگاهی در ایران عزیزمان گام برمی‌داریم...

💐از همه‌ی همراهان گران‌قدری که در یک‌سال گذشته همراه ما بوده‌اند، کمال تشکر را داریم و قدردان این همراهی هستیم...💐

🎆با مهر و احترام،
تیم اجرایی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی، شاخه‌ی دانشجویی ایران،
خردادماه ۱۴۰۳ شمسی.

🚀 Telegram
🖼 Linkedin
🖼 Instagram

#معرفی_انجمن
#افتتاحیه
#رویداد
#ژورنال_کلاب
#باهم‌خوانی
#HBC2024
#CB_Talk

📣 «پانزدهمین #ژورنال_کلاب شاخه‌ی دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران»

✔️موضوع:

"Temporal population structure, a genetic dating method for ancient Eurasian genomes from the past 10,000 years"

🧑🏻‍💻 با حضور سرکار خانم دکتر بهنامیان

🔹«دکتر سارا بهنامیان هم اکنون پست داک دانشگاه Copenhagen هستند. ایشان مدرک دکتری خود را در رشته‌ی ریاضی، از دانشگاه علوم‌ و تحقیقات گرفته و پست داک اول خود را از دانشگاه Lund سوئد در رشته‌ی #بیوانفورماتیک دریافت کرده‌اند.
حوزه‌ی فعالیت و تحقیقات ایشان شامل #Machine_learning و Population Genetics است.»

❗️جهت کسب اطلاعات بیش‌تر درمورد سابقه‌ی آموزشی و پژوهشی ایشان، می‌توانید به صفحه‌ی گوگل اسکالر و لینکدین ایشان مراجعه نمائید.

🗓 تاریخ: یکشنبه، ۲۰ خرداد ۱۴۰۳(۹ ژوئن)
⏰ ساعت: ۲۰ الی ۲۲

🔗 لینک ثبت‌نام: سایت رایازی
🌐 این رویداد به صورت آنلاین برگزار می‌گردد.

🔖 دوستان علاقه‌مند جهت شرکت در ژورنال‌کلاب توجه داشته‌باشند که جهت ایجاد پیش‌زمینه‌ی ذهنی بهتر و بهره‌مندی و مشارکت بیش‌تر شما عزیزان، مطالعه‌ی مقاله‌ی زیر پیشنهاد می‌شود.

📌 لینک مقاله

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#ژورنال_کلاب

📣ژنوم ریبوزومی(Ribosomal DNA)، عاملی مهم در عملکرد کلیه‌ها و سیستم ایمنی📣

❗️طبق مطالعه‌ی جدید دانشگاه کوئین مری لندن بر روی داده‌های ۵۰۰۰۰۰ نفر از بیوبانک بریتانیا، افرادی با تعداد بالاتر کپی‌های DNA #ریبوزومی(rDNA)، بیشتر در معرض التهاب و برخی بیماری‌ها قرار دارند.

🔖در این پژوهش که بر اهمیت تحلیل کامل #ژنوم برای بهبود تشخیص و درمان تاکید دارد، از تکنیک‌های پیشرفته‌ی توالی‌یابی ژنوم استفاده شده است.

🔖پژوهشگران نشان داده‌اند که افزایش تعداد کپی‌های rDNA با کاهش عملکرد کلیه و تغییراتی در ترکیب نوتروفیل‌ها مرتبط است.

🖥مقاله‌ی کامل را از این لینک می‌توانید دنبال کنید.

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#زیست‌شناسی_سلولی
#بیوتکنولوژی

📣شناسایی تغییرات سلول به سلول، در پیوند قلب و کلیه‌ی خوک به انسان📣

❌از کار افتادن اندام‌ها، به صورت غیرقابل ترمیم، باعث نیاز حیاتی بیمار به دریافت عضو می‌شود. با توجه به مشکلاتی مانند کمبود اعضای اهدایی و رد پیوند به دلیل ناسازگاری عضو دریافتی با بدن بیمار، این مسئله یکی از مهم‌ترین چالش‌های پزشکی بوده و هست.

✔️در سال‌های اخیر تکنولوژی‌های جدید در این حیطه به سرعت درحال رشد هستند. هرکدام از این روش‌ها، مزایا و چالش‌های مختلفی دارند. یکی از جذاب‌ترین روش ها، پیوند اعضای مهندسی شده در حیوانات به انسان است.

💥تیم جراحی در NYU Langone Health در سال‌های ۲۰۲۱ و ۲۰۲۲ به ترتیب اولین کلیه و قلب مهندسی شده در خوک را به انسان پیوند زدند. این مطالعات بر روی بیماران #مرگ_مغزی انجام شده بود. در سال ۲۰۲۴ برای اولین بار پیوند #زنوگرفت کلیه‌ی خوک به انسان برای یک بیمار زنده توسط همین تیم انجام شد.


🟢در مقاله‌ای که اخیرا در مجله‌ی med چاپ شده، محققان موسسه Broad و NYU Langone Health با استفاده از روش‌های single-cell RNA sequencing و آنالیز longitudinal RNA-seq بر روی کلیه‌ی مهندسی شده در خوک، دینامیک سلولی مرتبط با پیوند کلیه‌ی خوک به انسان و برهم‌کنش‌های بین عضو دریافتی و بدن بیمار را بررسی کردند.

🟢آنها همچنین جهت مشاهده پاسخ ایمنی بیمار در طول زمان، سلول‌های تک هسته‌ای خون (PBMCs) بیمار را به روش longitudinal scRNA-seq بررسی کردند.

❓نتایج مطالعه:
آنالیز scRNA-seq پیوندهای #زنوگرافت شواهدی از سلول‌های اندوتلیال و فعال‌سازی پاسخ ایمنی را نشان داد که نشان‌دهنده علائم اولیه رد پیوند به واسطه آنتی‌بادی است.

➕نفوذ سلول‌های ایمنی انسان در هر دو پیوند زنوگرافت و بیان کموکاین ناشی از اینترفرون گاما، پس از پیوند خارجی مشاهده شد. scRNA-seq longitudinal در PBMCها دو مرحله از پاسخ‌های ایمنی گیرندگان را در 12 و 48-53 ساعت نشان داد.

➕علاوه بر این، بیان ژن‌های مرتبط با آسیب بافت کلیه در پیوندهای زنوگرافت مشاهده شد. به طرز شگفت‌انگیزی، سلول‌های تکثیرشونده به سرعت در هر دو پیوند زنوگرافت افزایش یافت که نشان‌دهنده فعال شدن برنامه ترمیم بافت خوک است.

⭐️این یافته‌ها بینش‌هایی را برای طراحی ویرایش‌های ژنی و رژیم‌های سرکوب سیستم ایمنی برای بهبود نتایج زنوگرافت ارائه می‌دهند.

🖥مقاله‌ی کامل را از این لینک می‌توانید دنبال کنید.

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#زیست‌شناسی_سلولی
#بیوتکنولوژی
#مهندسی‌ژنتیک

🔔با #PyData آشنا شوید!🔔

❓دوست دارید به محتوای یکی از بزرگ‌ترین و معتبرترین رویدادهای علمی در زمینه‌ی علم داده و هوش مصنوعی دسترسی داشته‌باشید؟!

📣اکنون این فرصت رو دارید که به‌طور کاملاً رایگان از مجموعه ویدیوهای آموزشی و محتوای غنی این رویداد در طی چند سال گذشته استفاده کنید و با جدیدترین ابزارها و تجربیات برترین دانشمندان داده‌ی دنیا آشنا شوید!

❓چگونه به محتوای PyData Global 2023 و سال‌های گذشته دسترسی داشته‌باشیم؟

💥لینک دسترسی به این آموزش‌ها، تقدیم به شما همراهان عزیز RSG ایران:

🎥PyData Global 2023
🎥PyData Global 2022
🎥PyData Global 2021
🎥PyData Global 2020
🎥PyData Youtube Channel
🌐PyData Website


🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#معرفی_سایت
#بیوانفورماتیک
#هوش‌مصنوعی

❓ساختار ژنتیکی جمعیت‌ها، در طول زمان، چگونه تغییر کرده است؟❓

✔️روش تاریخ‌گذاری رادیوکربن، روشی است که در طی آن قدمت هر شی حاوی مواد آلی را با استفاده از ایزوتوپ کربن-۱۴، مورد بررسی قرار می‌دهند. اگرچه روش #رادیوکربن یک روش طلایی در باستان‌شناسی برای تخمین قدمت و منشا نمونه‌های یافت شده‌است اما بسیاری از ژنوم‌های باستانی منتشر شده به این روش، قدمت و منشا تاریخی دقیقی ندارند و این باعث می‌شود که نتایج برای تعیین روابط تکاملی موجودات زنده نامفهوم و متناقض باشند.

🔼در روشی جدید به اسم TPS، که اخیراً توسط دکتر سارا بهنامیان و همکارانشان توسعه داده شده‌ است، از #ماشین‌لرنینگ برای تخمین قدمت و روابط تکاملی موجودات زنده بر اساس توالی #DNA آن‌ها استفاده می‌شود.
این روش با بررسی ۳۵۹۱ ژنوم باستانی و ۱۳۰۷ ژنوم مدرن از منطقه‌ی اوراسیا، به نتایجی رسید که با تاریخ‌های شناخته‌شده هم‌خوانی دارند و روابط خویشاوندی را به درستی متصور می‌شود. TPS می‌تواند در مواردی که روش رادیوکربنی ممکن نیست یا نامطمئن است و یا برای ایجاد فرضیه‌های جایگزین برای نمونه‌های کمتر از ۱۰ هزار سال پیش استفاده شود.

📣خبر خوب!📣
در پانزدهمین ژورنال کلاب RSG ایران ما میزبان دکتر بهنامیان، محقق پست دکتری در دانشگاه Copenhagen، هستیم و ایشان جدیدترین دستاوردهای خود را در این زمینه با ما به اشتراک خواهند گذاشت.

⚠️این فرصت را از دست ندهید!⚠️

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

📣«شانزدهمین #ژورنال_کلاب شاخه‌ی دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران»

✔️موضوع:

"Brain Tumor Classification Using
Convolutional Neural Networks"

🧑🏻‍💻 با حضور جناب آقای علیرضا نظری

⭐️«آقای علیرضا نظری، مهندس #یادگیری‌ماشین از شرکت آسترابایونیکس(AstraBionics)، به عنوان دولوپر و محقق روی پردازش تصویر و #بینایی_ماشین در حوزه رباتیک و #بایونیکس در حال فعالیت هستند. ایشان علاقمند به تحقیق و توسعه مدل‌های هوشمند مبتنی بر یادگیری‌عمیق و یادگیری‌تقویتی هستند.»

❗️جهت کسب اطلاعات بیش‌تر درمورد سابقه‌ی آموزشی و پژوهشی ایشان، می‌توانید به صفحه‌ی لینکدین ایشان مراجعه نمائید.

🗓 تاریخ: یکشنبه، ۲۷ خرداد ۱۴۰۳(۱۶ ژوئن)
⏰ ساعت: ۲۰ الی ۲۲

🔗 لینک ثبت‌نام: سایت رایازی
🌐 این رویداد به صورت آنلاین برگزار می‌گردد.

🔖 دوستان علاقه‌مند جهت شرکت در ژورنال‌کلاب توجه داشته‌باشند که جهت ایجاد پیش‌زمینه‌ی ذهنی بهتر و بهره‌مندی و مشارکت بیش‌تر شما عزیزان، مطالعه‌ی مقاله‌ی زیر پیشنهاد می‌شود.

📌 لینک مقاله

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#ژورنال_کلاب

📣شاخه‌ی دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران(RSG-Iran)

✨"دومین دوره‌ی باهم‌خوانی خود را با موضوع زیست‌شناسی سامانه‌ای(System Biology) و با هدف افزایش آگاهی در زمینه‌ی زیست‌شناسی محاسباتی" برگزار می‌کند.✨

🟢در این دوره، طی ۱۳ جلسه، ۷ فصل از کتاب Network Science و ۶ فصل از کتاب Systems Biology را با یکدیگر مطالعه خواهیم کرد و تحت نظارت سرکار خانم دکتر سوده مهدیان(پژوهشگر فوق دکتری در پژوهشگاه رویان و استاد دانشگاه علم و فرهنگ) به تبادل نظر می‌پردازیم.

🌐برای کسب اطلاعات بیش‌تر در ارتباط با سوابق آموزش و پژوهشی ایشان، می‌توانید از صفحه گوگل اسکولار ایشان دیدن فرمایید.

💬در هر جلسه، دو‌ نفر از شرکت کنندگان عزیز که سابقه فعالیت در این حوزه را دارند، مطالب هر فصل را ارائه خواهند داد و به بررسی مقاله ای در زمینه مطرح شده در فصل خواهند پرداخت.
در نتیجه اگر داوطلب ارائه هستید، لطفا مشخصات خود را در لینک مورد نظر نیز وارد نمایید.

🔗لینک ثبت نام

🔗لینک دانلود کتاب Network Science
🔗لینک دانلود کتاب Systems Biology

🔗لینک مخصوص داوطلبان ارائه


🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#باهم‌خوانی