1️⃣یک‌‌‌سال از حضور و فعالیت شاخه‌ی دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران گذشت...

🎆امروز یک ژوئن ۲۰۲۴ میلادی، سالگرد یک‌‌سالگی شاخه‌ی دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران است و در این‌جا گوشه‌ای از فعالیت‌ها و دستاوردهایی که در این مدت داشته‌ایم را باهم مرور می‌کنیم.

💐در ابتدا از تک‌تک شما عزیزانی که در این مسیر در کنار ما حضور داشته‌اید، تشکر و قدردانی می‌کنیم؛ بی‌شک بدون حضور شما همراهان گران‌قدر این موفقیت‌ها امکان‌پذیر نبودند و ما قدردان همراهی ارزشمند شما هستیم.

▶️با مراسم افتتاحیه شروع می‌کنیم...
این مراسم به‌صورت حضوری برگزار شد و ما میزبان اساتید بزرگی همچون آقایان دکتر علی‌ شریفی زارچی، دکتر محمد لطف‌اللهی، دکتر مهدی صادقی و احسان‌الدین عسگری بودیم؛ همچنین توانستیم پذیرای حضور گرم شما عزیزان باشیم که این هم‌پیمانی مایه‌ی دل‌گرمی ما در شروع این راه پر پیچ‌وخم بود و سبب شد تا تمامی اعضای انجمن با تلاش بیش‌تر و تعهد جدی‌تری فعالیت‌ها را پیگیری کنند و گامی رو به جلو برای ایران عزیزمان بردارند...

🎙از اولین رویدادهای جدی انجمن، ژورنال‌کلاب‌ها‌ بودند؛ اولین جلسه از ژورنال‌کلاب‌ها، در تاریخ ۱۹ آذر ۱۴۰۲ برگزار شد و با استقبال و همراهی شما عزیزان، تاکنون به‌صورت هفتگی ادامه داشته‌است و میزبان ۱۴ جلسه #ژورنال‌کلاب در حوزه‌های متفاوت و گسترده‌ای از نوروساینس محاسباتی تا #بیوانفورماتیک ساختاری بوده‌ایم؛ نوید این را می‌دهیم که در آینده‌ای نزدیک و به‌زودی تعداد و گستردگی این ژورنال‌کلاب‌ها افزایش خواهد یافت و ما همچون گذشته منتظر حضور و استقبال گرم و ارزشمند شما هستیم.

💬دوره‌ی باهم‌خوانی؛ هدف ما همواره یادگیری و مطالعه‌ی عمیق‌تر زیست‌شناسی محاسباتی بوده‌است و بدین‌منظور، در اولین دوره‌ی #باهم‌خوانی، کتاب Deep Learning for the Life Science با نظارت سرکار خانم دکتر زهرا رضوانی جهت مطالعه‌ی گروهی و افزایش آگاهی طی ۱۲ جلسه برگزار شد که به‌تازگی به‌‌ پایان رسیده‌است و با استقبال شما همراهان گرامی، به‌زودی دوره‌های بعدی آن را شروع خواهیم کرد.

⚡️در یک‌سالی که گذشت توانستیم طی وبینارهای یک‌جلسه‌ای، میزبان اساتید برجسته‌ای نظیر دکتر امیرحسین سعیدیان و سرکار خانم دکتر محبوبه ضرابی باشیم.

🔍همچنین، رویداد پژوهشگران بیوانفورماتیک به‌صورت یک دورهمی حضوری و مجازی در دانشگاه شریف با میزبانی از دو مهمان ویژه، دکتر سینا مجیدیان و دکتر امیر وجدی، برگزار شد.

🔥و اما رویدادی به‌ وسعت HBC، نقطه‌ی عطف رویدادهای انجمن...
از مهم‌ترین دستاوردهای تیم #RSG_Iran در یک سال گذشته، رویداد HBC بوده‌است که با افتخار می‌توانیم اعلام‌ کنیم میزبان بهترین اساتید این حوزه از برترین دانشگاه‌ها و مراکز تحقیقاتی معتبر دنیا بوده‌ایم که منجر به استقبال بی‌نظیر شما عزیزان گردید؛ به‌طور تقریبی، در طی دو هفته‌ی اول، ۸۰۰ نفر ثبت‌نام‌کننده داشته‌ایم که این اعتماد و استقبال باعث دل‌گرمی هرچه بیش‌تر ماست و ما به آن افتخار می‌کنیم...

🌐کمپین AI FUSION در نوروز ۱۴۰۳؛ در ایام نوروز، با کمپین ۱۴ روزه‌ی #AI_FUSION همراه شما بودیم و هر روز با یکی از کاربردهای #هوش_مصنوعی در زیست‌شناسی محاسباتی و کاربردهای آن آشنا شدیم.

❓سلسله جلسات CB Talk، جدیدترین رویدادِ جاری ما؛ جدیدترین فعالیت ما یعنی CB Talkها به‌تازگی آغاز شده‌اند و به صورت ماهانه برگزار می‌شوند و در این جلسات میزبان اساتید و پژوهشگران برتر زیست‌شناسی محاسباتی از سراسر جهان هستیم و در آن به‌‌صورت گفت‌وگو محور در ارتباط با مسائل این حوزه بحث می‌کنیم.

⭐️تمامی این فعالیت‌ها فقط بخشی از مسیر تا به این‌جای این انجمن می‌باشد که همراهی شما عزیزان سبب شده‌است تا روز‌به‌روز به سوی اهداف بزرگ‌تری پیش برویم و این مایه‌ی مباهات و افتخار ما است...

⭐️با افتخار، سالگرد یک‌سالگی شاخه‌ی دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران را تبریک می‌گوییم و دل‌گرمی و الطاف شما همراهان گران‌قدر را توشه‌ی مسیر خود می‌کنیم و در راه گسترش علم و آگاهی در ایران عزیزمان گام برمی‌داریم...

💐از همه‌ی همراهان گران‌قدری که در یک‌سال گذشته همراه ما بوده‌اند، کمال تشکر را داریم و قدردان این همراهی هستیم...💐

🎆با مهر و احترام،
تیم اجرایی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی، شاخه‌ی دانشجویی ایران،
خردادماه ۱۴۰۳ شمسی.

🚀 Telegram
🖼 Linkedin
🖼 Instagram

#معرفی_انجمن
#افتتاحیه
#رویداد
#ژورنال_کلاب
#باهم‌خوانی
#HBC2024
#CB_Talk

📣 «پانزدهمین #ژورنال_کلاب شاخه‌ی دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران»

✔️موضوع:

"Temporal population structure, a genetic dating method for ancient Eurasian genomes from the past 10,000 years"

🧑🏻‍💻 با حضور سرکار خانم دکتر بهنامیان

🔹«دکتر سارا بهنامیان هم اکنون پست داک دانشگاه Copenhagen هستند. ایشان مدرک دکتری خود را در رشته‌ی ریاضی، از دانشگاه علوم‌ و تحقیقات گرفته و پست داک اول خود را از دانشگاه Lund سوئد در رشته‌ی #بیوانفورماتیک دریافت کرده‌اند.
حوزه‌ی فعالیت و تحقیقات ایشان شامل #Machine_learning و Population Genetics است.»

❗️جهت کسب اطلاعات بیش‌تر درمورد سابقه‌ی آموزشی و پژوهشی ایشان، می‌توانید به صفحه‌ی گوگل اسکالر و لینکدین ایشان مراجعه نمائید.

🗓 تاریخ: یکشنبه، ۲۰ خرداد ۱۴۰۳(۹ ژوئن)
⏰ ساعت: ۲۰ الی ۲۲

🔗 لینک ثبت‌نام: سایت رایازی
🌐 این رویداد به صورت آنلاین برگزار می‌گردد.

🔖 دوستان علاقه‌مند جهت شرکت در ژورنال‌کلاب توجه داشته‌باشند که جهت ایجاد پیش‌زمینه‌ی ذهنی بهتر و بهره‌مندی و مشارکت بیش‌تر شما عزیزان، مطالعه‌ی مقاله‌ی زیر پیشنهاد می‌شود.

📌 لینک مقاله

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#ژورنال_کلاب

📣ژنوم ریبوزومی(Ribosomal DNA)، عاملی مهم در عملکرد کلیه‌ها و سیستم ایمنی📣

❗️طبق مطالعه‌ی جدید دانشگاه کوئین مری لندن بر روی داده‌های ۵۰۰۰۰۰ نفر از بیوبانک بریتانیا، افرادی با تعداد بالاتر کپی‌های DNA #ریبوزومی(rDNA)، بیشتر در معرض التهاب و برخی بیماری‌ها قرار دارند.

🔖در این پژوهش که بر اهمیت تحلیل کامل #ژنوم برای بهبود تشخیص و درمان تاکید دارد، از تکنیک‌های پیشرفته‌ی توالی‌یابی ژنوم استفاده شده است.

🔖پژوهشگران نشان داده‌اند که افزایش تعداد کپی‌های rDNA با کاهش عملکرد کلیه و تغییراتی در ترکیب نوتروفیل‌ها مرتبط است.

🖥مقاله‌ی کامل را از این لینک می‌توانید دنبال کنید.

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#زیست‌شناسی_سلولی
#بیوتکنولوژی

📣شناسایی تغییرات سلول به سلول، در پیوند قلب و کلیه‌ی خوک به انسان📣

❌از کار افتادن اندام‌ها، به صورت غیرقابل ترمیم، باعث نیاز حیاتی بیمار به دریافت عضو می‌شود. با توجه به مشکلاتی مانند کمبود اعضای اهدایی و رد پیوند به دلیل ناسازگاری عضو دریافتی با بدن بیمار، این مسئله یکی از مهم‌ترین چالش‌های پزشکی بوده و هست.

✔️در سال‌های اخیر تکنولوژی‌های جدید در این حیطه به سرعت درحال رشد هستند. هرکدام از این روش‌ها، مزایا و چالش‌های مختلفی دارند. یکی از جذاب‌ترین روش ها، پیوند اعضای مهندسی شده در حیوانات به انسان است.

💥تیم جراحی در NYU Langone Health در سال‌های ۲۰۲۱ و ۲۰۲۲ به ترتیب اولین کلیه و قلب مهندسی شده در خوک را به انسان پیوند زدند. این مطالعات بر روی بیماران #مرگ_مغزی انجام شده بود. در سال ۲۰۲۴ برای اولین بار پیوند #زنوگرفت کلیه‌ی خوک به انسان برای یک بیمار زنده توسط همین تیم انجام شد.


🟢در مقاله‌ای که اخیرا در مجله‌ی med چاپ شده، محققان موسسه Broad و NYU Langone Health با استفاده از روش‌های single-cell RNA sequencing و آنالیز longitudinal RNA-seq بر روی کلیه‌ی مهندسی شده در خوک، دینامیک سلولی مرتبط با پیوند کلیه‌ی خوک به انسان و برهم‌کنش‌های بین عضو دریافتی و بدن بیمار را بررسی کردند.

🟢آنها همچنین جهت مشاهده پاسخ ایمنی بیمار در طول زمان، سلول‌های تک هسته‌ای خون (PBMCs) بیمار را به روش longitudinal scRNA-seq بررسی کردند.

❓نتایج مطالعه:
آنالیز scRNA-seq پیوندهای #زنوگرافت شواهدی از سلول‌های اندوتلیال و فعال‌سازی پاسخ ایمنی را نشان داد که نشان‌دهنده علائم اولیه رد پیوند به واسطه آنتی‌بادی است.

➕نفوذ سلول‌های ایمنی انسان در هر دو پیوند زنوگرافت و بیان کموکاین ناشی از اینترفرون گاما، پس از پیوند خارجی مشاهده شد. scRNA-seq longitudinal در PBMCها دو مرحله از پاسخ‌های ایمنی گیرندگان را در 12 و 48-53 ساعت نشان داد.

➕علاوه بر این، بیان ژن‌های مرتبط با آسیب بافت کلیه در پیوندهای زنوگرافت مشاهده شد. به طرز شگفت‌انگیزی، سلول‌های تکثیرشونده به سرعت در هر دو پیوند زنوگرافت افزایش یافت که نشان‌دهنده فعال شدن برنامه ترمیم بافت خوک است.

⭐️این یافته‌ها بینش‌هایی را برای طراحی ویرایش‌های ژنی و رژیم‌های سرکوب سیستم ایمنی برای بهبود نتایج زنوگرافت ارائه می‌دهند.

🖥مقاله‌ی کامل را از این لینک می‌توانید دنبال کنید.

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#زیست‌شناسی_سلولی
#بیوتکنولوژی
#مهندسی‌ژنتیک

🔔با #PyData آشنا شوید!🔔

❓دوست دارید به محتوای یکی از بزرگ‌ترین و معتبرترین رویدادهای علمی در زمینه‌ی علم داده و هوش مصنوعی دسترسی داشته‌باشید؟!

📣اکنون این فرصت رو دارید که به‌طور کاملاً رایگان از مجموعه ویدیوهای آموزشی و محتوای غنی این رویداد در طی چند سال گذشته استفاده کنید و با جدیدترین ابزارها و تجربیات برترین دانشمندان داده‌ی دنیا آشنا شوید!

❓چگونه به محتوای PyData Global 2023 و سال‌های گذشته دسترسی داشته‌باشیم؟

💥لینک دسترسی به این آموزش‌ها، تقدیم به شما همراهان عزیز RSG ایران:

🎥PyData Global 2023
🎥PyData Global 2022
🎥PyData Global 2021
🎥PyData Global 2020
🎥PyData Youtube Channel
🌐PyData Website


🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#معرفی_سایت
#بیوانفورماتیک
#هوش‌مصنوعی

❓ساختار ژنتیکی جمعیت‌ها، در طول زمان، چگونه تغییر کرده است؟❓

✔️روش تاریخ‌گذاری رادیوکربن، روشی است که در طی آن قدمت هر شی حاوی مواد آلی را با استفاده از ایزوتوپ کربن-۱۴، مورد بررسی قرار می‌دهند. اگرچه روش #رادیوکربن یک روش طلایی در باستان‌شناسی برای تخمین قدمت و منشا نمونه‌های یافت شده‌است اما بسیاری از ژنوم‌های باستانی منتشر شده به این روش، قدمت و منشا تاریخی دقیقی ندارند و این باعث می‌شود که نتایج برای تعیین روابط تکاملی موجودات زنده نامفهوم و متناقض باشند.

🔼در روشی جدید به اسم TPS، که اخیراً توسط دکتر سارا بهنامیان و همکارانشان توسعه داده شده‌ است، از #ماشین‌لرنینگ برای تخمین قدمت و روابط تکاملی موجودات زنده بر اساس توالی #DNA آن‌ها استفاده می‌شود.
این روش با بررسی ۳۵۹۱ ژنوم باستانی و ۱۳۰۷ ژنوم مدرن از منطقه‌ی اوراسیا، به نتایجی رسید که با تاریخ‌های شناخته‌شده هم‌خوانی دارند و روابط خویشاوندی را به درستی متصور می‌شود. TPS می‌تواند در مواردی که روش رادیوکربنی ممکن نیست یا نامطمئن است و یا برای ایجاد فرضیه‌های جایگزین برای نمونه‌های کمتر از ۱۰ هزار سال پیش استفاده شود.

📣خبر خوب!📣
در پانزدهمین ژورنال کلاب RSG ایران ما میزبان دکتر بهنامیان، محقق پست دکتری در دانشگاه Copenhagen، هستیم و ایشان جدیدترین دستاوردهای خود را در این زمینه با ما به اشتراک خواهند گذاشت.

⚠️این فرصت را از دست ندهید!⚠️

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

📣«شانزدهمین #ژورنال_کلاب شاخه‌ی دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران»

✔️موضوع:

"Brain Tumor Classification Using
Convolutional Neural Networks"

🧑🏻‍💻 با حضور جناب آقای علیرضا نظری

⭐️«آقای علیرضا نظری، مهندس #یادگیری‌ماشین از شرکت آسترابایونیکس(AstraBionics)، به عنوان دولوپر و محقق روی پردازش تصویر و #بینایی_ماشین در حوزه رباتیک و #بایونیکس در حال فعالیت هستند. ایشان علاقمند به تحقیق و توسعه مدل‌های هوشمند مبتنی بر یادگیری‌عمیق و یادگیری‌تقویتی هستند.»

❗️جهت کسب اطلاعات بیش‌تر درمورد سابقه‌ی آموزشی و پژوهشی ایشان، می‌توانید به صفحه‌ی لینکدین ایشان مراجعه نمائید.

🗓 تاریخ: یکشنبه، ۲۷ خرداد ۱۴۰۳(۱۶ ژوئن)
⏰ ساعت: ۲۰ الی ۲۲

🔗 لینک ثبت‌نام: سایت رایازی
🌐 این رویداد به صورت آنلاین برگزار می‌گردد.

🔖 دوستان علاقه‌مند جهت شرکت در ژورنال‌کلاب توجه داشته‌باشند که جهت ایجاد پیش‌زمینه‌ی ذهنی بهتر و بهره‌مندی و مشارکت بیش‌تر شما عزیزان، مطالعه‌ی مقاله‌ی زیر پیشنهاد می‌شود.

📌 لینک مقاله

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#ژورنال_کلاب

📣شاخه‌ی دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران(RSG-Iran)

✨"دومین دوره‌ی باهم‌خوانی خود را با موضوع زیست‌شناسی سامانه‌ای(System Biology) و با هدف افزایش آگاهی در زمینه‌ی زیست‌شناسی محاسباتی" برگزار می‌کند.✨

🟢در این دوره، طی ۱۳ جلسه، ۷ فصل از کتاب Network Science و ۶ فصل از کتاب Systems Biology را با یکدیگر مطالعه خواهیم کرد و تحت نظارت سرکار خانم دکتر سوده مهدیان(پژوهشگر فوق دکتری در پژوهشگاه رویان و استاد دانشگاه علم و فرهنگ) به تبادل نظر می‌پردازیم.

🌐برای کسب اطلاعات بیش‌تر در ارتباط با سوابق آموزش و پژوهشی ایشان، می‌توانید از صفحه گوگل اسکولار ایشان دیدن فرمایید.

💬در هر جلسه، دو‌ نفر از شرکت کنندگان عزیز که سابقه فعالیت در این حوزه را دارند، مطالب هر فصل را ارائه خواهند داد و به بررسی مقاله ای در زمینه مطرح شده در فصل خواهند پرداخت.
در نتیجه اگر داوطلب ارائه هستید، لطفا مشخصات خود را در لینک مورد نظر نیز وارد نمایید.

🔗لینک ثبت نام

🔗لینک دانلود کتاب Network Science
🔗لینک دانلود کتاب Systems Biology

🔗لینک مخصوص داوطلبان ارائه


🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#باهم‌خوانی

📍"نقشه‌ی راه دومین باهم‌خوانی شاخه‌ی دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران"

✨از جذابیت‌های دیگر این دوره:

۱) مشارکت و کار تیمی تمامی شرکت‌کنندگان در ایجاد فایل مخصوص هر فصل حاوی لینک ویدئوهای مرتبط و سایر منابع تکمیل‌کننده‌ی بحث

۲) تلاش برای دعوت از متخصصانی فرهیخته در برخی از جلسات برای بهره‌مندی از دانش ارزشمند ایشان

۳) یادگیری ترفندهای جذاب و کاربردی از متخصصین

۴) یادگیری اجرای پروژه‌های پایه

۵) در پایان دوره برای افرادی که در بیش از ۸۰ درصد جلسات حضور فعال داشته باشند گواهی صادر می‌گردد.

🔗لینک ثبت نام

🔗لینک دانلود کتاب Network Science
🔗لینک دانلود کتاب Systems Biology

🔗لینک مخصوص داوطلبان ارائه


🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#باهم‌خوانی

❓ارتباط میان تنوع میکروبیوم تومور و تأثیر آن بر بقای بیماران سرطان پانکراس❓

🔴محققان دریافته‌اند که بازماندگان طولانی‌مدت(Long term servival) سرطان پانکراس، تنوع میکروبی تومور بیش‌تری در مقایسه با بازماندگان کوتاه‌مدت(Short term survival) دارند که شامل گونه‌ها و سویه‌های باکتریایی خاصی هستند که به‌طور معناداری منجر به بقای طولانی‌مدت بیماران می‌شوند.

این تنوع، با افزایش سلول‌های +T-CD8 و بهبود پاسخ‌های ایمنی ضد‌تومور مرتبط است. از طریق آزمایش‌های پیوند میکروبیوتای مدفوع(FMT) در موش‌ها، این مطالعه نشان داد که میکروبیوم روده می‌تواند #میکروبیوم تومور را تغییر دهد و اصلاح کند(انتقال میکروب‌ها از روده به تومور) و بر رشد تومور و نفوذ #سیستم_ایمنی در تومور تأثیر بگذارد.
انجام FMT از بازماندگان طولانی‌مدت به نمونه‌ی آزمایشگاهی، رشد تومور را به‌طور قابل ملاحظه‌ای کاهش داد و ایمنی ضد‌تومور را در این موش‌ها افزایش داد، درحالی‌که انجام FMT از بازماندگان کوتاه.مدت اثر معکوس داشته‌است. این یافته‌ها نشان می‌دهد که میکروبیوم تومور نقش مهمی در شکل دادن به پاسخ ایمنی و تأثیرگذاری بر پیشرفت سرطان پانکراس دارد.

✨این تحقیق، پتانسیل پیش‌بینی زودهنگام مبتنی‌ بر میکروبیوم و مداخلات درمانی از جمله تغییر میکروبیوم تومور را در سرطان لوزالمعده نشان می‌دهد و راه‌های جدیدی را برای بهبود نتایج بیمار در این نوع سرطان تهاجمی با نرخ بقای پایین و گزینه‌های درمانی محدود ارائه می‌دهد.

🔗مقاله‌ی کامل را از این لینک می‌توانید دنبال کنید.

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#زیست‌شناسی_سلولی
#سرطان

📣«هفدهمین #ژورنال_کلاب شاخه‌ی دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران»

✔️موضوع:

"MEDITRON-70B: Scaling Medical Pretraining for Large Language Models"

🧑🏻‍💻 با حضور جناب آقای امیر رضا آل‌یاسین

✨«ایشان دانشجوی ترم چهار #زیست‌شناسی_محاسباتی و #بیوانفورماتیک دانشگاه گوتینگن هستند. علاقه‌ی اصلی ایشان حوزه‌ی personalized medicine است و در حال حاظر مشغول به انجام پروژه‌ی ارشد خود در دپارتمان Clinical decision support systems هستند.
ایشان پس از پایان مقطع کارشناسی خود در رشته‌ی زیست‌شناسی سلولی و مولکولی دانشگاه علوم و تحقیقات، به دانشگاه گوتینگن آمده و هم‌اکنون بر روی موضوعات machine learning و NLP تمرکز دارند.»

❗️جهت کسب اطلاعات بیش‌تر درمورد سابقه‌ی آموزشی و پژوهشی ایشان، می‌توانید به صفحه‌ی لینکدین ایشان مراجعه نمائید.

🗓 تاریخ: یکشنبه، ۱۷ تیر ۱۴۰۳(۷ ژوئیه)
⏰ ساعت: ۲۰ الی ۲۲

🔗 لینک ثبت‌نام: سایت رایازی
🌐 این رویداد به صورت آنلاین برگزار می‌گردد.

🔖 دوستان علاقه‌مند جهت شرکت در ژورنال‌کلاب توجه داشته‌باشند که جهت ایجاد پیش‌زمینه‌ی ذهنی بهتر و بهره‌مندی و مشارکت بیش‌تر شما عزیزان، مطالعه‌ی مقاله‌ی زیر پیشنهاد می‌شود.

📌 لینک مقاله

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#ژورنال_کلاب

❓"از ریاضیات به پزشکی: مدل‌های ریاضی چگونه فارماکولوژی را پیش‌بینی می‌کنند؟"

❗️شاید عجیب به نظر برسد، اما پیش‌بینی چگونگی تأثیر داروها بر بیماری‌ها و بدن بسیار شبیه پیش‌بینی وضعیت آب و هوا است.

🔴برای فهمیدن دلیل آن، تصور کنید که برای بررسی پیش‌بینی وضعیت آب و هوا برای آخر هفته آینده، یک برنامه هواشناسی را روی گوشی هوشمند خود باز می‌کنید. می‌بینید که هوا آفتابی خواهد بود، 72 درجه فارنهایت با نسیمی ملایم؛ هوای ایده‌آل.

👀اما دانشمندان چگونه این شرایط فیزیکی دقیق را از قبل پیش‌بینی کرده‌اند؟
✔️با استفاده از #مدل‌های_ریاضی.

➕دانشمندان در رشته‌های مختلف از مدل‌های ریاضی برای پیش‌بینی و درک سیستم‌های پیچیده دنیای واقعی مانند هواشناسی، الگوهای ترافیکی و زیست‌شناسی استفاده می‌کنند. برای هواشناسی، متخصصان داده‌های مربوط به هوا را از ماهواره‌ها، ایستگاه‌های مشاهده و دستگاه‌های اندازه‌گیری دیگر جمع‌آوری می‌کنند. سپس این اطلاعات را در معادلاتی وارد می‌کنند که عوامل تعیین‌کننده هوا مانند دما و سرعت باد را توصیف می‌کنند. با حل این معادلات، هواشناسان پیش‌بینی‌هایی تولید می‌کنند که در برنامه‌های هواشناسی ما نمایش داده می‌شود.

🟢به همان شیوه، دانشمندان مدل‌هایی برای مطالعه بیماری‌های انسانی و درمان‌های بالقوه قبل از مصرف یک داروی جدید توسط یک بیمار می‌سازند. این حوزه به نام #فارماکولوژی سیستم‌های کمی (QSP) شناخته می‌شود، که در آن مدل‌های ریاضی فرآیندهای پیچیده بیولوژیکی و بیماری را #شبیه‌سازی می‌کنند.

➕فارماکولوژیست‌های سیستم‌های کمی مدل‌های ریاضی با معادلاتی که رفتار داروها، بیماری‌ها و بدن را توصیف می‌کنند، می‌سازند. آنها می‌توانند داروهای جدید یا دوزها را به مدل وارد کنند و به طور ایمن مطالعه کنند که چگونه ممکن است بر یک بیمار تأثیر بگذارد، همانند پیش‌بینی‌های هواشناسی.

🖼در پست جدید اینستاگرام، دیدگاه معاون تحقیقات علمی و رئیس QSP شرکت فایزر را درباره مراحل اساسی ایجاد، آزمون و اجرای یک مدل فارماکولوژی سیستم‌های کمی، بررسی می کنیم. این پست را از دست ندهید!🖼

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#زیست‌شناسی_محاسباتی
#بیوانفورماتیک
#اینستاگرام

📣"یک روش بهینه‌سازی شده‌ یادگیری عمیق جدید، برای پیش‌بینی تعاملات پروتئین-پروتئین در بیوانفورماتیک"

🗓این مقاله در سال ۲۰۲۴ در مجله بین‌المللی #مهندسی برق و کامپیوتر (IJECE) منتشر شد. این پژوهش توسط پریتی تارجا و آر. اس. چیلار، محققان هندی، منتشر شد.

❓این مقاله به چه موضوعی می‌پردازد؟
در دنیای پیچیده #زیست‌شناسی_سلولی، #پروتئین‌ها نقشی اساسی در حفظ حیات و امکان تکثیر سلول‌ها دارند. پیش‌بینی تعاملات بین پروتئین‌ها، معروف به تعاملات پروتئین-پروتئین (PPI)، وظیفه‌ای حیاتی در بیوانفورماتیک است، اما روش‌های سنتی در این زمینه ناکارآمد بوده‌اند. این مطالعه یک مدل یادگیری عمیق جدید را برای افزایش دقت و کارایی پیش‌بینی‌های PPI معرفی می‌کند. تیم تحقیقاتی یک مدل دو مرحله‌ای توسعه داده که ابتدا با استفاده از تکنیک‌های شباهت معنایی، ویژگی‌ها را استخراج می‌کند و سپس از طریق #شبکه‌های_عصبی پیشرفته، تعاملات پروتئین-پروتئین را پیش‌بینی می‌نماید.


✔️از دیدگاه زیست‌شناسی، پروتئین‌ها نقش‌های حیاتی در فرآیندهای سلولی دارند، که پیش‌بینی PPI را ضروری می‌سازد. روش‌های مرکزی سنتی اغلب در پرداختن به پیچیدگی‌های شبکه‌های PPI ناموفق هستند. مدل یادگیری عمیق ارائه شده در این مقاله شبکه‌های حافظه کوتاه‌مدت طولانی (LSTM) و ماشین‌های بولتزمن محدود (RBM) را ترکیب می‌کند. این مدل در دو مرحله کار می‌کند:

1⃣ استخراج ویژگی با استفاده از شباهت معنایی

2⃣ پیش‌بینی با استفاده از یک شبکه عصبی ترکیبی که از #الگوریتم شکار دقیق عقاب و حس بویایی قدرتمند کوسه الهام گرفته و بهینه‌سازی شده است(ASN).

➕این روش از ابعاد داده‌های زیستی زمانی و مکانی بهره می‌برد و دقت و کارایی را در پیش‌بینی‌های PPI بهبود می‌بخشد.


🔍برای درک بهتر این موضوع یک ساختمان اداری بزرگ با صدها کارمند را تصور کنید.
برای اینکه این اداره به خوبی کار کند، هر کارمند باید بداند که برای انجام وظایفش با چه کسانی باید در ارتباط باشد. حالا، پیش‌بینی این تعاملات شبیه به درک چگونگی ارتباط پروتئین‌ها در یک سلول است. این کار بسیار مهم است، زیرا همکاری پروتئین‌ها باعث سالم ماندن سلول‌ها و بدن ما می‌شود.
این مطالعه مانند یک مدیر دفتر هوشمند است که دقیقاً می‌داند کدام کارمندان باید با هم همکاری کنند. مدیران سنتی ممکن است برخی ارتباطات را نادیده بگیرند، اما این مدیر هوشمند از روشی جدید استفاده می‌کند. ابتدا، اطلاعات دقیقی درباره نقش و روابط هر کارمند جمع‌آوری می‌کند. سپس، با استفاده از الگوریتم‌های پیشرفته، تعاملات را با دقت پیش‌بینی می‌کند. این رویکرد نوآورانه به دانشمندان کمک می‌کند تا تعاملات پروتئینی را بهتر درک کنند و راه را برای پیشرفت‌های تحقیقات پزشکی و درمان‌ها هموار می‌سازد.

🔗مقاله‌ی کامل را از این لینک می‌توانید دنبال کنید.

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#زیست‌شناسی_سلولی
#بیوانفورماتیک
#مقاله

❓مدل‌های زبانی بزرگ(Large Language Models) چیست و چه کاربردهایی در علوم پزشکی دارند؟

مدل‌های زبانی بزرگ(LLMs)، #مدل‌های_هوش_مصنوعی هستند که با استفاده از حجم بزرگی از داده‌های متنی آموزش داده می‌شوند. این مدل‌ها قادر به #پردازش_زبان_طبیعی، تولید متن، ترجمه زبان و انجام وظایف مرتبط با زبان هستند. یکی از معروف‌ترین این مدل‌ها،  GPT-4 است.


🟢برخی از کاربردهای LLMها در علوم پزشکی:

➕کمک به تشخیص بیماری‌ها
➕پیشنهاد درمان بر اساس پزشکی دقیق
➕تحلیل سریع مقالات و متون پزشکی
➕مدیریت و تحلیل اطلاعات و پرونده‌ی پزشکی بیماران
➕پشتیبانی از تصمیمات بالینی با استفاده از Clinical Decision Support System (CDS)ها: این مدل‌ها می‌توانند به پزشکان در تصمیم‌گیری‌های پیچیده کمک کنند. به عنوان مثال: آیا یک جراحی پرریسک باتوجه به شرایط بیمار می‌تواند نتیجه مطلوبی داشته باشد؟ یا اینکه در شرایط پاندمی و در صورت کمبود منابع و امکانات بیمارستانی، چه بیمارانی را به مراکز تخصصی‌تر منتقل کنیم و چه بیمارانی را ترخیص کنیم؟


❓مدل Meditron-70B چیست؟

✔️اخیرا محققان دانشگاه EPFL و Yale مدل Meditron-70B را توسعه داده‌اند که یک مدل زبانی بزرگ است و به طور خاص برای کاربردهای پزشکی طراحی و آموزش داده شده است. این مدل دارای 70 میلیارد پارامتر است و بر پایه مدل Llama-2 ساخته شده است. محققان برای آموزش Meditron-70B از یک کورپوس جامع پزشکی شامل مقالات PubMed و گایدلاین‌های پزشکی بین‌المللی بهره‌ برده‌اند.

➕مدل‌های زبانی بزرگ مثل Meditron-70B می‌توانند متن‌های پزشکی را بخوانند و بفهمند، به #پزشکان در تشخیص و درمان کمک کنند و اطلاعات مهم را به سرعت و دقت بالا تحلیل کنند.
مدل Meditron-70B، یک مدل منبع باز است که در آزمون‌های مختلف پزشکی عملکرد و دقت بهتری نسبت به مدل‌های دیگر نشان داده و توانسته است از مدل‌های بسته مانند GPT-3.5 و Med-PaLM پیشی بگیرد.


⭐️در هفدهمین ژورنال کلاب RSG ایران، میزبان آقای امیررضا آل یاسین هستیم.
ایشان دانشجوی #زیست‌شناسی_محاسباتی و #بیوانفورماتیک دانشگاه گوتینگن هستند. علاقه‌ی اصلی ایشان حوزه‌ی personalized medicine است و در حال حاضر مشغول به انجام پروژه‌ی ارشد خود در دپارتمان Clinical decision support systems هستند و هم‌اکنون بر روی موضوعات machine learning و NLP تمرکز دارند.
آقای آل یاسین در این ژورنال کلاب راجع به LLMها و Meditron-70B سخنرانی خواهند کرد.

💥اگر علاقه دارید راجع به این موضوعات اطلاعات بیشتری کسب کنید، این ژورنال کلاب را از دست ندهید.


🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#زیست‌شناسی_محاسباتی
#یادگیری‌ماشین_ML

🗓تقویم آموزشی شاخه‌ی دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی، شامل جلسات باهم‌خوانی و ژورنال کلاب‌های تیر ماه ۱۴۰۳

🔥ژورنال کلاب‌ها، از سری رویدادهای آموزشی انجمن هستند که در آن‌ها مطالعات‌ اخیر در حوزه‌های مختلف #بیوانفورماتیک و #زیست‌شناسی_محاسباتی مورد بحث قرار می‌گیرند. با شرکت در این جلسات می‌توانید از دانش اساتید و افراد متخصص بهره ببرید و با مشارکت در بحث‌ها به پویایی و مفید بودن جلسات کمک‌کرده و دیگران را از دانش خود بهره‌مند سازید.🔥

🔔با ما همراه باشید تا از این برنامه‌ها بی‌خبر نمونید!

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#تقویم‌ماهانه
#ژورنال_کلاب
#CB_Talk

⚡️دیتابیس جامع و کاربردی برای آنالیز مسیرهای سیگنالینگ و برهم‌کنش‌های زیستی⚡️

🟢علم #زیست‌شناسی سرشار از پیچیدگی و جذابیت است. یکی از کاربردی‌ترین مباحث در #علوم زیستی، شناخت مسیرهای پیام‌رسانی و برهم‌کنش‌های مولکولی است و این موضوع ضرورت فراوانی در انجام تحقیقات، خصوصاً شناخت بیماری‌ها و طراحی دارو دارد.

🖥دیتابیس Reactome یک پایگاه‌ داده‌ی رایگان و جامع از مسیرهای #بیوشیمیایی و سیگنالینگ در موجودات مختلف، به‌ویژه انسان، است.
این #دیتابیس اطلاعات دقیقی درباره واکنش‌های بیوشیمیایی و مسیرهای #بیولوژیک ارائه می‌دهد و به‌ عنوان یک ابزار مهم در تحقیقات #بیولوژی_مولکولی و زیست‌شناسی سامانه‌ای استفاده می‌شود.


✔️کاربردهای دیتابیس Reactome✔️
۱. تحلیل مسیرهای بیوشیمیایی
۲. شناخت مکانیسم بیماری‌ها
۳. کشف دارو: اطلاعات موجود در Reactome می‌تواند به شناسایی اهداف دارویی جدید و طراحی داروهای موثرتر کمک کند.
۴. آموزش و پژوهش: تصاویر و اطلاعات ارزشمند این دیتابیس می‌تواند کمک بزرگی به یادگیری و آموزش شما بکند.
۵. تجزیه و تحلیل داده‌های اومیکس

⭐️روش استفاده از دیتابیس Reactome⭐️

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#معرفی_پایگاه‌داده
#زیست‌شناسی_سلولی
#سیگنالینگ
#اینستاگرام

🔈شاخه‌ی دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران، تقدیم می‌کند:

✨سومین سخنرانی، از مجموعه سخنرانی‌های CB TALK✨

🗓تاریخ: پنجشنبه، ۲۸ تیر(۱۸ژوئیه)
⏰ ساعت: ۱۶:۳۰ الی ۱۸:۳۰

🎙در این سخنرانی میزبان جناب آقای دکتر علی مدنی و خانم دکتر راضیه کرم‌زاده خواهیم بود.

🟢 جناب آقای دکتر علی مدنی، در این جلسه در مورد "AI inearly stages of drug discovery" برای‌ما سخنرانی می‌کنند.
ایشان هم‌اکنون به عنوان Staff Machine Learning Scientist در شرکت Recursion فعالیت دارند.
ایشان مدرک دکترای خود را از دانشگاه Toronto دریافت کرده‌اند و حوزه‌ی تحقیقات ایشان Machine Learning Computtional Biology، Deep Learning، Drug Discovery، Cancer است.

📌جهت کسب اطلاعات بیش‌تر در مورد سابقه‌ی آموزشی و پژوهشی ایشان، می‌توانید به صفحه‌ی گوگل‌اسکالر و لینکدین ایشان مراجعه نمائید.

🟢 سرکار خانم دکتر راضیه کرم‌زاده، در این جلسه در مورد "Functional targeting of glioblastoma heterogeneity using engineered DNA-lipid nanoparticles" برای ما سخنرانی می‌کنند.
ایشان هم‌اکنون به عنوان Research Scientist در Karolinska Institute در کشور سوئد بر روی موضوع Division of Molecular Neurobiology تحقیق می‌کنند.
ایشان مدرک دکترای خود را از دانشگاه تهران دریافت کرده‌اند و حوزه تحقیقاتی ایشان Drug Discovery, DNA-Lipid Nanoparticles, Structural Bioinformatics, RNAseq and Patient-Derived Organoids است.

📌جهت کسب اطلاعات بیش‌تر در مورد سابقه‌ی آموزشی و پژوهشی ایشان، می‌توانید به صفحه‌ی گوگل‌اسکالر و لینکدین ایشان مراجعه نمائید.


🌐لینک ثبت‌نام: سایت رایازی

🚀Telegram 
🖼LinkedIn 
🖼Instagram

#رویداد
#CB_Talk

📣«هجدهمین #ژورنال_کلاب شاخه‌ی دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران»

✔️موضوع:

"Interpersonal alignment of neural evidence accumulation to social exchange of confidence"

🧑🏻‍💻 با حضور جناب آقای جمال اسماعیلی

✨«ایشان هم‌اکنون کاندیدای دکترای رشته‌ی Computational Neuroscience در موسسه‌ی Ludwig Maximilian University of Munich هستند. ایشان پیش‌ از این مدرک کارشناسی‌ارشد خود را از دانشگاه تربیت دبیر شهید رجایی در رشته‌ی هوش مصنوعی دریافت کردند و اکنون بر روی شناخت ساز و کار محاسباتی فرآیند تصمیم‌گیری و یادگیری در مغز، کار می‌کنند.»

❗️جهت کسب اطلاعات بیش‌تر درمورد سابقه‌ی آموزشی و پژوهشی ایشان، می‌توانید به صفحه‌ی لینکدین و گوگل‌اسکالر ایشان مراجعه نمائید.

🗓تاریخ: یکشنبه، ۳۱ تیر ۱۴۰۳(۲۱ ژوئیه)
⏰ ساعت: ۲۰ الی ۲۲

🔗 لینک ثبت‌نام: سایت رایازی
🌐 این رویداد به صورت آنلاین برگزار می‌گردد.

🔖 دوستان علاقه‌مند جهت شرکت در #ژورنال‌کلاب توجه داشته‌باشند که جهت ایجاد پیش‌زمینه‌ی ذهنی بهتر و بهره‌مندی و مشارکت بیش‌تر شما عزیزان، مطالعه‌ی مقاله‌ی زیر پیشنهاد می‌شود.

📌 لینک مقاله

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#ژورنال_کلاب