⭐️"هر فناوری که به‌‌ اندازه‌ی کافی پیشرفته باشد، غیرقابل‌تشخیص از جادو است."
- آرتور سی‌. کلارک

👀تصور کنید که می‌خواهید متنی را ویرایش کنید؛ اما، ابزاری که در دست دارید یک قیچی‌‌ است. می‌توانید کلماتی را که دوست ندارید برش دهید، شاید چند کلمه‌ی جدید بچسبانید، اما ویرایش دقیق؟ فراموشش کنید.

✔️حالا تصور کنید کسی یک قلم به شما می‌دهد تا هرچه می‌خواهید را در هرجای دل‌خواهی بنویسید. این همان نوع جهشی است که در دنیای ویرایش #ژنوم می‌بینیم.

➕در چند دهه‌ی گذشته، ما با ابزارهایی مانند کریسپر(CRISPR) در حال برش ژنوم‌ها بودیم و پیشرفت‌های چشمگیری داشتیم؛ اما، همیشه محدود به ماهیت اساسی ابزارهایمان بودیم: آنها DNA را برش می‌دهند.

❓چه می‌‌شد اگر می‌توانستیم مستقیماً درون ژنوم، هرچه می‌خواهیم را در هرجای دل‌خواه بنویسیم بدون اینکه حتی یک برش ایجاد کنیم؟

😮این دیگر فقط یک رویا نیست!
🔥محققان موسسه Arc یک سیستم جدید کشف کرده‌اند که دقیقاً این کار را انجام می‌دهد. این سیستم را  "Bridge Recombination" یا "بازآرایی پل" نامیده‌اند که ممکن است بزرگترین انقلاب در مهندسی ژنتیک از زمان کریسپر باشد.

💥با سیستم بازآرایی پل که مکانیسم دقیق آن در ویدئو توضیح داده شده، ما دیگر فقط ژنوم را ویرایش نمی‌کنیم؛ بلکه، آن را می‌نویسیم و این بسیار نزدیک به جادو است.


🔗مقالات کامل را از لینک‌های می‌توانید دنبال کنید.
مقاله۱
مقاله۲

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#مقاله
#بیوتکنولوژی

🟢معرفی ابزار BLAST و انواع آن🟢


✨BLAST(Basic Local Alignment Search Tool):

ابزاری‌ است که برای مقایسه‌ی سریع توالی‌های نوکلئوتیدی و پروتئینی استفاده می‌شود.
این ابزار به دانشمندان این امکان را می‌دهد تا توالی‌های ژنتیکی یا پروتئینی را با پایگاه داده‌های بزرگ موجود مقایسه کرده و شباهت‌ها یا هم‌ترازی‌های مهم را شناسایی کنند.


✔️کاربردهای اصلی BLAST عبارتند از:

➕تعیین هومولوژی توالی‌ها: یافتن شباهت‌ها و تفاوت‌های توالی‌های نوکلئوتیدی یا پروتئینی با توالی‌های موجود در پایگاه داده‌ها.

➕شناسایی ژن‌ها و پروتئین‌ها: یافتن ژن‌ها و پروتئین‌های ناشناخته از طریق مقایسه توالی‌های جدید با توالی‌های شناخته شده.

➕پیش‌بینی عملکرد ژن‌ها و پروتئین‌ها: با مقایسه توالی‌ها و شناسایی هومولوگ‌ها، می‌توان به عملکرد احتمالی ژن‌ها و پروتئین‌ها پی برد.

➕تحلیل فیلوژنتیکی: یافتن روابط تکاملی میان موجودات از طریق مقایسه توالی‌های ژنتیکی آن‌ها.

➕شناسایی نواحی حفاظتی: یافتن نواحی از توالی که در طول تکامل تغییرات کمی داشته‌اند و احتمالاً اهمیت عملکردی بالایی دارند.

➕پیدا کردن موتیف‌ها: شناسایی الگوهای خاص در توالی‌ها که می‌توانند نشان‌دهنده محل‌های اتصال پروتئین‌ها یا نواحی فعال آنزیمی باشند.


🎮برخی‌از انواع مختلف BLAST عبارتند از:

➡️BLASTN:
برای مقایسه‌ی توالی‌های نوکلئوتیدی با یکدیگر استفاده می‌شود.

➡️BLASTP:
برای مقایسه‌ی توالی‌های پروتئینی با یکدیگر استفاده می‌شود.

➡️BLASTX:
یک توالی نوکلئوتیدی را به تمام توالی‌های پروتئینی ممکن ترجمه کرده و سپس آن‌ها را با پایگاه داده‌های پروتئینی مقایسه می‌کند.

➡️TBLASTN:
یک توالی پروتئینی را با پایگاه داده‌های نوکلئوتیدی که به توالی‌های پروتئینی ترجمه شده‌اند، مقایسه می‌کند.

➡️TBLASTX:
توالی‌های نوکلئوتیدی را به #پروتئین ترجمه کرده و سپس این توالی‌های پروتئینی را با یکدیگر مقایسه می‌کند.

🔗 لینک دسترسی به ابزار BLAST🔗


🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#معرفی_سایت
#BLAST

🔥پاندمی کووید-۱۹ با وجود تمام بحران‌هایی که در دنیا ایجاد کرد، باعث شتاب در نوآوری‌های علمی و تقویت همکاری‌های جهانی در علم پزشکی شد. یکی از مهمترین دستاوردها، طراحی واکسن با استفاده از هوش مصنوعی است.🔥

🔼این فناوری‌های نوین امکان بهبود کارایی و پایداری واکسن‌ها را فراهم کرده‌اند و روند توسعه آن‌ها را به طور قابل توجهی تسریع نمودند.

⭐️ابزار AI به نام LinearDesign توسط محققان دانشگاه ایالتی اورگان و با همکاری شرکت Baidu Research طراحی شده است. این ابزار قادر است ساختارهای mRNA را بهینه‌سازی کرده و واکسن‌هایی با پایداری حرارتی بالا و پاسخ ایمنی قوی‌تر تولید کند. این تکنولوژی جدید در واکسن‌های mRNA به کار گرفته شده است.
🖥بیشتر بخوانید
🖥بیشتر بخوانید



✨یکی دیگر از دستاوردهای مهم، پلتفرم RAVEN است که توسط شرکت Evaxion Biotech توسعه یافته است. این پلتفرم با استفاده از هوش مصنوعی، کاندیداهای واکسن را در برابر ویروس‌های موجود و نوظهور شناسایی کرده و واکسن‌هایی تولید می‌کند که پاسخ ایمنی قوی و پایدار ایجاد می‌کنند. این تکنولوژی توانایی تولید واکسن‌هایی را دارد که قادر به پوشش طیف گسترده‌ای از ویروس‌ها هستند.
🖥بیشتر بخوانید


⭐️محققان MIT نیز با استفاده از سیستم‌های یادگیری ماشین، واکسن‌هایی طراحی کرده‌اند که قادر به مقابله با گونه‌های مختلف ویروس COVID-19 هستند. این واکسن‌ها بر پاسخ ایمنی سلول‌های T تمرکز دارند و می‌توانند در آینده برای تولید واکسن‌های مؤثرتر علیه ویروس‌های دیگر نیز مورد استفاده قرار گیرند.
بیشتر بخوانید
بیشتر بخوانید


🟢استفاده از هوش مصنوعی در طراحی واکسن با تسریع فرآیند توسعه و امکان بهبود کیفیت و کارایی واکسن‌ می‌تواند نقش مهمی در مبارزه با بیماری‌های عفونی و سرطان ایفا کند.

🟢اخیرا مدل جدیدی به نام DiscoTope-3.0 توسط محققان دانشگاه کپنهاگ و دانشگاه فنی دانمارک (DTU) ابداع شده با دقت بالایی می تواند اپی‌توپ‌های (نواحی آنتی ژنی که می‌توانند به آنتی‌بادی‌ها متصل و پاسخ ایمنی را تحریک کنند) سلول‌های B را پیش‌بینی کند.
مدل DiscoTope-3.0 از یک روش یادگیری عمیق به نام PU bagging و همچنین مدل‌سازی معکوس ساختار #پروتئین استفاده می‌کند. این مدل هوش مصنوعی می‌تواند اپی‌توپ‌های خطی و غیر خطی را در ساختار پروتئین‌ها به خوبی تشخیص دهد.

🟢در نوزدهمین ژورنال کلاب RSG ایران، میزبان آقای دکتر اردوان عبیری هستیم. ایشان هم‌اکنون به عنوان محقق در دانشگاه ییل (Yale University) آمریکا مشغول هستند و پیش از این مدرک دکترای حرفه‌ای داروسازی خود را از دانشگاه علوم‌پزشکی کرمان با پایان‌نامه‌ای در خصوص طراحی محاسباتی #دارو دریافت کردند. دکتر عبیری در حال حاضر بر روی طراحی واکسن با استفاده از هوش مصنوعی و #یادگیری‌ماشین_ML، خصوصاً ترنسفرمر، فعالیت می‌کنند.

🔥در این ژورنال کلاب با مدل DiscoTope-3.0 و کاربردهای هوش مصنوعی در ایمونولوژی آشنا خواهیم شد. فرصت را از دست ندهید!🔥


🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram


#بیوانفورماتیک
#زیست‌شناسی_محاسباتی

📣«بیستمین #ژورنال_کلاب شاخه‌ی دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران»

❓موضوع:

"Multi Omics Analysis increase the accuracy of biomarkers discovery in cancers"

🧑🏻‍💻 با حضور جناب آقای احمد بریمی‌پور

✨«ایشان هم اکنون دانشجوی دکترای دانشگاه تگزاس شمالی هستند و به طور تخصصی بر روی یافتن بیومارکرها در سلول‌های بنیادی سرطانی به عنوان یک نئوادجوانت تراپی کار می‌کنند. از دیگر فعالیت‌های ایشان، بررسی محور ارتباطی بین گات میکروبیوتا با سلول‌های سرطانی و ریزمحیط آن‌ها است. آقای بریمی‌پور پیش‌تر مدرک کارشناسی‌ارشد خود را از پژوهشگاه رویان دریافت کردند و کار تحقیقاتی ایشان بر روی پیدا کردن miRNAs و ژن‌های هدف آن‌ها در #سرطان رتینوبلاستوما تمرکز داشت.»

❗️جهت کسب اطلاعات بیش‌تر درمورد سابقه‌ی آموزشی و پژوهشی ایشان، می‌توانید به صفحه‌ی لینکدین و گوگل‌اسکالر ایشان مراجعه نمائید.

🗓تاریخ: یکشنبه، ۱۴ مرداد ۱۴۰۳(۴ اوت)
⏰ ساعت: ۲۰ الی ۲۲

🔗 لینک ثبت‌نام: سایت رایازی
🌐 این رویداد به صورت آنلاین برگزار می‌گردد.

🔖 دوستان علاقه‌مند جهت شرکت در #ژورنال_کلاب توجه داشته‌باشند که جهت ایجاد پیش‌زمینه‌ی ذهنی بهتر و بهره‌مندی و مشارکت بیش‌تر شما عزیزان، مطالعه‌ی مقاله‌ی زیر پیشنهاد می‌شود.

📌 لینک مقاله

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#ژورنال_کلاب

📣یک برش مکعبی یک میلی‌متری از مغز انسان، ۱/۴ پتابایت دیتا تولید کرد📣

⚡️مقاله‌ی اخیر چاپ‌شده در مجله‌ی Science بزرگ‌ترین مجموعه داده‌ای از اتصالات عصبی را ارائه داده است که بینشی درباره پیچیدگی‌های مغز فراهم کرده است.
این حجم به ظاهر کوچک(یک میلی‌متر مکعب) شامل تعداد قابل توجه ۵۷۰۰۰ سلول، ۱۵۰ میلیون سیناپس، و ۲۳۰ میلی‌متر رگ‌های خونی است.

🔥این دستاورد جدید، نتیجه‌ی همکاری بین تیمی از دانشگاه هاروارد و Google Research است. تیم هاروارد با استفاده از میکروسکوپ الکترونی برش‌های متوالی نمونه‌ای از قشر تمپورال انسانی را تصویرسازی کرد، در حالی که تیم گوگل این تصاویر را به صورت سه‌بعدی بازسازی نمود. این مقاله یک گام مهم اولیه را نشان می‌دهد. محققان در تلاش هستند این استراتژی را به نمونه‌های بزرگ‌تر برای نقشه‌برداری از کانکتوم مغز گسترش دهند.

🌐همه‌ی نتایج و ابزارهای این مطالعه به صورت آنلاین در دسترس هستند. یافته‌های قابل توجه در این مطالعه شامل یک خوشه از نورون‌ها با جهت‌گیری تصویر آینه‌ای، شناسایی اتصالات بسیار قوی بین برخی نورون‌ها، و همچنین چرخه‌های آکسونی با عملکردهای ناشناخته می‌باشد. احتمالاً این تنها بخشی از کشفیات درون ۱/۴ پتابایت دیتا است.

🔗مقاله‌ی کامل این خبر را از این لینک‌ می‌توانید دنبال کنید.
🔗دیتای منتشر شده از این تحقیق را می‌توانید از این لینک مشاهده کنید.
🎥مشاهده ویدئو کامل یوتوب .


🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#مقاله
#یوتوب‌گردی

🟢پایپلاین محاسبات کوانتومی ترکیبی برای کشف دارو در دنیای واقعی🟢

✔️مساله مطرح‌شده در این مقاله، کاربرد محاسبات کوانتومی در کشف داروهای واقعی است که شامل تعیین پروفایل‌های انرژی آزاد Gibbs برای فعال‌سازی prodrug و شبیه‌سازی تعاملات پیوند کووالانسی در طراحی دارو می‌شود. روش‌های سنتی دقت و کارایی لازم را ندارند و با سیستم‌های شیمیایی پیچیده به‌خوبی سازگار نیستند.

➕پژوهشگران یک پایپلاین ترکیبی از محاسبات کوانتومی و کلاسیک توسعه دادند. این پایپلاین شامل #الگوریتم Variational Quantum Eigensolver (VQE) برای محاسبه انرژی‌های مولکولی، شبیه‌سازی‌های QM/MM برای شبیه‌سازی تعاملات مولکولی، و مدل Polarizable Continuum Model (PCM) برای در نظر گرفتن اثرات راه حل در محاسبات است.

➕دو مطالعه‌ی اصلی در این پژوهش انجام شد.
🥇اول، فعال‌سازی prodrug که بر شکستن پیوند کربن-کربن در β-lapachone تمرکز داشت و نشان داد که محاسبات کوانتومی می‌تواند به‌طور دقیق موانع انرژی را تعیین کند.
🥈دوم، مهار کووالانسی KRAS که شبیه‌سازی تعامل بین Sotorasib و جهش G12C KRAS اطلاعات دقیقی در مورد پایداری و کارایی دارو ارائه داد.
🎮این نتایج نشان داد که محاسبات کوانتومی می‌تواند به‌طور مؤثر مشکلات پیچیده طراحی دارو را حل کند، اگرچه محدودیت‌های کنونی دستگاه‌های کوانتومی نیاز به پیشرفت‌های بیشتر دارد.

➕فعال‌سازی β-lapachone برای کاهش عوارض جانبی و بهبود اثربخشی درمان سرطان بود.
➕در مهار کووالانسی، جهش‌های KRAS اهداف مهمی در انکولوژی هستند و شبیه‌سازی‌ها بینش‌های ارزشمندی در مورد مکانیسم‌های اتصال دارو ارائه دادند.
✔️تحلیل فنی نیز نشان داد که الگوریتم VQE به‌طور مؤثر محاسبات انرژی مولکولی را انجام می‌دهد و ادغام مدل PCM در محاسبات کوانتومی، مدل‌سازی واقعی‌تر رفتار دارو در محیط‌های زیستی را امکان‌پذیر می‌کند.

🔖برای مثال، در طراحی دارو برای درمان #سرطان ، Imatinib (Gleevec) یک مهارکننده مولکولی کوچک است که برای درمان لوسمی میلوئید مزمن استفاده می‌شود. روش‌های محاسباتی سنتی به طراحی آن کمک کردند، اما محاسبات کوانتومی می‌تواند دقت را در پیش‌بینی برهمکنش‌های مولکولی افزایش دهد.
🔖در درمان HIV، مداروهایی مانند Saquinavir با استفاده از شیمی محاسباتی کلاسیک برای مهار آنزیم پروتئاز HIV طراحی شده اند. محاسبات کوانتومی می تواند بینش عمیق تری در مورد تعاملات آنزیم-بازدارنده ارائه دهد، که به طور بالقوه منجر به درمان های موثرتر می شود.

🔗مقاله‌ی کامل را از این لینک می‌توانید دنبال کنید.

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#مقاله

🔥جذاب‌ترین اخبار اخیر در علم زیست‌شناسی محاسباتی🔥


1️⃣مدل‌های هوش مصنوعی جدید، قادر به تشخیص سرطان در یک چشم به هم زدن هستند.
➕محققان دانشگاه گوتنبرگ یک مدل هوش مصنوعی به نام "Candycrunch" توسعه داده‌اند که توانایی تشخیص #سرطان از طریق تحلیل قندها را افزایش می‌دهد. این مدل نسبت به روش‌های فعلی سریع‌تر و بهتر عمل می‌کند و قادر است در چند ثانیه ساختارهای قند در نمونه‌ها را شناسایی کند.
مدل Candycrunch با استفاده از یک پایگاه داده شامل بیش از ۵۰۰۰۰۰ نمونه آموزش دیده و می‌تواند در ۹۰ درصد موارد ساختار دقیق قندها را تعیین کند.
✔️این مدل می‌تواند به تشخیص زودهنگام سرطان کمک کند.

➡️Predicting glycan structure from tandem mass spectrometry via deep learning, Nature Methods (2024).


2️⃣درمان آلزایمر با اسپری بینی
➕پروتئین‌های پیچ‌خورده، در مغز بسیاری از افراد مبتلا به بیماری آلزایمر یافت می‌شوند و برخی دانشمندان معتقدند این گره‌ها به سلول‌های مغزی آسیب می‌زنند و حتی می‌توانند آن‌ها را بکشند.
داروهای قبلی در هدف‌گیری این #پروتئین‌ ها موفقیت کمی داشتند، اما یک داروی جدید توسط تیمی بین‌المللی به رهبری دانشگاه تگزاس معرفی شده است.
✔️این اسپری بینی می‌تواند از سد خونی-مغزی عبور کرده و پروتئین‌های تاو را  نابود کند.

➡️Nasal tau immunotherapy clears intracellular tau pathology and improves cognitive functions in aged tauopathy mice


3️⃣داروی پیشگیری از ایدز
➕یک آزمایش بالینی بزرگ در آفریقای‌جنوبی و اوگاندا نشان‌داده است که تزریق دوبار در سال یک داروی جدید پیشگیری از HIV به نام لنکاپاویر، به زنان جوان محافظت کامل از عفونت HIV می‌دهد.
✔️نتایج نشان داد که هیچ‌کدام از ۲۱۳۴ زنی که لنکاپاویر دریافت کرده بودند، به HIV مبتلا نشدند.

➡️HIV breakthrough: drug trial shows injection twice a year is 100% effective against infection


4️⃣راننده‌های کوچک، در بدن‌ما
➕مهندسان دانشگاه توکیو، روشی ابداع کرده‌اند که ساختارهای میکروسکوپی را بدون نیاز به منبع تغذیه‌ی خارجی به حرکت درمی‌آورد.
آن‌ها از جلبک‌های سبز Chlamydomonas reinhardtii که با دو تاژک حرکت می‌کنند، به عنوان موتور استفاده کرده‌اند. این جلبک‌ها درون سبدهای مخصوصی قرار می‌گیرند و ماشین‌های میکروسکوپی را که پنج برابر اندازه خود هستند، به حرکت درمی‌آورند.
✔️این تحقیقات می‌تواند به فناوری‌هایی برای پایش محیطی در محیط‌های آبی و حمل مواد با استفاده از میکروارگانیسم‌ها، مانند جابه‌جایی آلاینده‌ها منجر شود و روزی ممکن است به تحقق رویای میکرو‌ ربات‌های #دارو رسان در خون منجر شود.

➡️Harnessing the Propulsive Force of Microalgae with Microtrap to Drive Micromachines



5️⃣پیش‌بینی رد پیوند
➕دانشمندان یک آزمایش خون پیش‌گامانه توسعه داده‌اند که می‌تواند پیش‌بینی کند آیا یک عضو پیوندی رد خواهد شد یا خیر. این آزمایش جدید نشانگرهای خاصی در خون را شناسایی می‌کند که نشانه‌های اولیه رد شدن عضو را قبل از ظهور علائم نشان می‌دهد.
این فرایند در یک آزمایش بالینی بزرگ با بیماران پیوند کلیه تأیید شده و دقت بالایی در پیش‌بینی رد شدن پیوند نشان‌داده است.
✔️برخلاف روش‌های فعلی که به بیوپسی‌ها متکی هستند، این آزمایش خون غیرتهاجمی است و می‌تواند نتایج را سریعاً ارائه دهد و مداخلات پزشکی به موقع را ممکن سازد.

➡️Decoding the hallmarks of allograft dysfunction with a comprehensive pan-organ trannoscriptomic atlas


🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#خبر
#مقاله
#بیوانفورماتیک
#زیست‌شناسی_محاسباتی
#زیست‌شناسی_سلولی

🙂به عنوان یک محقق، مطالعه‌ی ژنومیک، پروتئومیک، و دیگر اُمیکس‌ها در تشخیص و درمان سرطان‌ها بسیار مهم است. این روش‌ها به ما اجازه می‌دهند تا بیشترین اطلاعات را از نمونه‌های با ارزش کم استخراج کنیم.🙂

✔️در تحقیقات جهانی، محققان از ارزش چند اُمیکس برای کشف بیومارکرهای جدید سرطان استفاده می‌کنند.

🟢به طور کلی، ترکیب داده‌های اُمیکس از لایه‌های مختلف با استفاده از روش‌های یکپارچه‌سازی، درک بهتری از زیست‌شناسی یک بیماری پیچیده مانند #سرطان را فراهم می‌کند. کشف #بیومارکر های مرتبط با توسعه یا پیش‌بینی سرطان به ما کمک می‌کند تا گزینه‌های درمانی موثرتری را پیدا کنیم.

👀در ژورنال کلاب بیستم این موضوع جذاب مورد بررسی قرار خواهد گرفت👀.


🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#ژورنال_کلاب

✨ اولین کارگاه شاخه‌ی دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران✨

⭐️با کمال افتخار اعلام می‌داریم که در این کارگاه، میزبان علاقمندان به علم زیست‌شناسی محاسباتی خواهیم بود. سرکار خانم دکتر فاطمه فروتن، که پیش‌تر در ژورنال کلاب دوازدهم انجمن ما حضور داشتند، به عنوان مدرس این دوره با ما خواهند بود.

👀این کارگاه عملی، فرصتی استثنایی برای یادگیری و تجربه‌ی مستقیم در زمینه‌ی زیست‌شناسی محاسباتی فراهم می‌آورد و در فضایی دوستانه و همکاری‌محور، یک پروژه کوچک را روی یک پروتئین اجرا خواهیم کرد.

🗓 تاریخ برگزاری(حضوری):

- پنج‌شنبه ۲۵ مرداد
- جمعه ۲۶ مرداد
⏰ از ساعت ۸ الی ۱۳

🖥 جلسه‌ی پرسش و پاسخ(آنلاین):

- یکشنبه ۱۸ شهریور
⏰ از ساعت ۱۰ الی ۱۲

⚠️⚠️ ظرفیت محدود: ۲۰ نفر ⚠️⚠️

🟢سرفصل‌های اصلی که در این ورکشاپ ارائه می شوند:
۱. تحلیل ویژگی‌های ژنومیک و پروتئومیک پروتئین هدف
۲. تنظیم تغییرات پس از ترجمه در پروتئین
۳. مدیریت ساختار سه‌بعدی پروتئین هدف
۴. ادغام توالی‌های مختلف به توالی هدف برای ترشح یا ذخیره‌سازی درون سلول‌ها
۵. توسعه یک ساختار سنتزی بر اساس میزبان انتخابی و طراحی پلاسمید
۶.  شبیه‌سازی کانفورماسیون سه‌بعدی پروتئین


⚡️تخفیف‌های ویژه⚡️
اگر:
- تا ۲۱ مرداد ماه ثبت‌نام کنید🔽
۸۵۰ هزار تومان
- دانشجو باشید🔽
۷۸۰ هزار تومن
- در رویداد HBC شرکت کرده باشید🔽
۷۵۰ هزارتومان

🔥شما شامل تخفیف خواهید شد!

🙂جهت دریافت کد تخفیف با ما در ارتباط باشید.🙂

🔗لینک ثبت‌نام🔗

💎خانم دکتر فاطمه فروتن، مدیر R&D شرکت Maya Milk ترکیه، دارای مدرک دکترا در رشته‌ی بیوتکنولوژی از دانشگاه Yıldız Technical ترکیه هستند و دوره‌ی پسادکتری خود را در پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست‌فناوری گذرانده‌اند. ایشان به تحقیق در زمینه‌های مهندسی پروتئین و آنزیم، مهندسی متابولیک و بیوانفورماتیک، به ویژه ایمونوانفورماتیک علاقه‌مند هستند.

برای کسب اطلاعات بیشتر درباره‌ی سابقه‌ی آموزشی و پژوهشی ایشان، به صفحات لینکدین و گوگل‌اسکالر ایشان مراجعه فرمایید.

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#ورکشاپ
#پروتئین
#زیست‌شناسی_محاسباتی

👀"دم‌های Poly(A) شاخه‌دار اصلاح شده به‌صورت شیمیایی، ظرفیت ترجمه mRNA را افزایش می‌دهند"👀

🟢این مقاله که در ژورنال Nature منتشر شده است، به معرفی و ارزیابی دم‌هایpoly(A) شاخه‌دار اصلاح شده می‌پردازد که به طور قابل توجهی بازدهی ترجمه و پایداری mRNA را افزایش می‌دهند.

✔️محققین این دم‌هایpoly(A) شاخه‌دار را به گونه‌ای طراحی کردند که نقاط اتصال بیشتری برای پروتئین‌های اتصال‌دهنده (PABPs) ایجاد کنند و به این ترتیب اتصال mRNA به ریبوزوم‌ها را تسهیل کرده و سنتز پروتئین را بهبود ببخشند.
داده‌های تجربی نشان داد که mRNAهای با دم‌هایpoly(A) شاخه‌دار، افزایش ۲ تا ۴ برابری در تولید پروتئین نسبت به mRNAهای غیر اصلاح شده نشان می‌دهند.

😮این افزایش در بازدهی ترجمه در سلول‌های مختلف از جمله HEK293T و HeLa تأیید شده است.

📈بر اساس این مطالعه دم‌هایpoly(A) شاخه‌دار پایداری mRNA را بهبود بخشیدند و نیمه‌عمر آن ها حدود ۱/۵ برابر بیشتر از mRNAهای غیراصلاح شده، اندازه‌گیری شده است.

🎮این فرآیند با سنتز شیمیایی آنالوگ‌های آدنوزین اصلاح‌شده که می‌توانند ساختارهای شاخه‌ای ایجاد کنند، آغاز می‌شود. سپس این آنالوگ‌ها با استفاده از روش‌های آنزیمی در دمpoly(A) قرار می‌گیرند. آنزیم‌های استفاده شده برای این منظور poly(A) پلی‌مرازها هستند که می‌توانند نوکلئوتیدهای اصلاح شده را به انتهای 3' mRNA اضافه کنند.

➕مطالعه همچنین به ایمنی‌زایی این mRNAهای اصلاح‌شده پرداخته و نشان داد که دم‌هایpoly(A) شاخه‌دار، فعال‌سازی TLRs که معمولاً توسط RNAهای خارجی تحریک می‌شوند را کاهش می‌دهند و بنابراین می‌توانند واکنش‌های ایمنی نامطلوب را کاهش دهند.

➕آزمایش‌های In-vivo در موش‌ها نشان داد که تزریق عضلانی mRNAهای با دم‌هایpoly(A) شاخه‌دار منجر به سطح بالاتری از بیان پروتئین در بافت‌های عضلانی نسبت به گروه کنترل شده، می‌شود.
پایداری و بازدهی ترجمه بهبود یافته به ساختار شاخه‌دار نسبت داده شد که نقاط متعدد اتصال برای PABPs فراهم می‌کند و mRNA را در محل اتصال تثبیت کرده و شکل‌گیری ریبوزوم و آغاز ترجمه را نیز تسهیل می‌کند. برای این تغییرات ساختاری، تأثیر منفی بر عملکرد mRNA یا توانایی آن برای ترجمه به پروتئین‌های کاربردی در این مقاله گزارش نشده است.

✨این یافته‌ها تأثیرات عمیقی بر حوزه‌ی درمان‌های مبتنی بر mRNA، از جمله توسعه #واکسن‌ ها و درمان‌های اختلالات ژنتیکی دارند و با بهبود بازدهی و مدت زمان بیان پروتئین، عملکرد این دسته از داروها را افزایش می‌دهند.

🔗مقاله‌ی کامل را از این لینک می‌توانید دنبال کنید.

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#مقاله

🔥چرا نباید این کارگاه را از دست بدهید؟🔥

🥇در این کارگاه افتخار این را داریم تا در محیطی دوستانه میزبان شما عزیزان و خانم دکتر فاطمه فروتن، که مدت محدودی در ایران حضور دارند، باشیم.

🥈در طول این کارگاه دو روزه، شرکت‌کنندگان به منظور ثمربخشی هرچه بیشتر فرآیند یادگیری، با نظارت خانم دکتر فاطمه فروتن پروژه‌ای عملی را روی یک پروتئین پیش می‌برند.

✨ثبت‌نام✨

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

👀تصور کنید به گنجینه‌ای از اطلاعات ژنتیکی تقریباً از همه موجودات روی زمین دسترسی دارید.
🙂این دقیقاً همان چیزی است که GenBank ارائه میدهد!

🎮بانک اطلاعاتی GenBank که توسط مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژی (NCBI) نگهداری می‌شود، یکی از جامع‌ترین و پرکاربردترین پایگاه‌های داده در زمینه زیست‌شناسی محاسباتی است. مجموعه‌ی گسترده‌ای از توالی‌های نوکلئوتیدی از آرایه‌های متنوعی از گونه‌ها، ویروس‌ها و باکتری‌ها گرفته تا گیاهان و حیوانات را در خود جای داده است.

🖥اهمیت GenBank فراتر از حجم انبوه داده آن است. توضیحات و فراداده‌های دقیق برای هر دنباله ارائه می‌دهد و بینش‌هایی را در مورد عملکرد ژن، ساختار و روابط تکاملی ارائه می‌دهد. محققان می‌توانند از این اطلاعات برای کاربردهای مختلف مانند هم‌ترازی #توالی ، پیش‌بینی ژن و تجزیه و تحلیل فیلوژنتیک استفاده کنند.

🕯علاوه بر این، GenBank با مجموعه‌ای از ابزارهای #بیوانفورماتیک قدرتمند ارائه شده توسط NCBI یکپارچه شده است. این ابزارها کاربران را قادر می‌سازند تا تجزیه و تحلیل‌های پیچیده را انجام دهند، داده‌ها را تجسم کنند و اطلاعات را به طور موثر بازیابی کنند.

✔️چه در حال بررسی اساس ژنتیکی یک بیماری، کاوش الگوهای تکاملی یا توسعه برنامه‌های بیوتکنولوژیکی جدید باشید، GenBank داده‌های اساسی و قابلیت‌های تحلیلی مورد نیاز برای پیشبرد تحقیقات شما را فراهم می‌کند. در دسترس بودن و ماهیت جامع، آن را به منبعی ضروری برای هر کسی که در #زیست‌شناسی_محاسباتی کار می‌کند تبدیل می‌کند.✔️

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#معرفی_پایگاه‌داده

✨همراهان عزیز RSG ایران توجه فرمایید:

🚩مهلت استفاده از تخفیف ثبت‌نام زودهنگام تنها تا فردا شب اعتبار دارد!!
.
⭐️درصورتی که هنوز ثبت‌نام خود را نهایی نکرده اید، می‌توانید تا فردا شب با تخفیف ثبت‌نام زودهنگام از این کارگاه بهره‌مند شوید.

📣«بیست و یکمین #ژورنال_کلاب شاخه‌ی دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران»

❓موضوع:

"Fast and accurate peptide-MHC modeling and Binding probability prediction"

🧑🏻‍💻 با حضور جناب آقای امیرحسین حاجی علی‌عسگری

✨«آقای امیرحسین حاجی‌ علی‌عسگری، مدرک کارشناسی ارشد خود را از دانشگاه گوتینگن در رشته‌ی زیست‌شناسی مولکولی دریافت کرده و در حال حاضر کاندیدای دکترای گروه زیست‌شناسی محاسباتی در موسسه‌ی Max Planck است. زمینه‌ی تخصصی ایشان در توسعه‌ی روش‌های نوین مدل‌سازی و پیش‌بینی تعاملات ساختاری بین #پروتئین‌ ها و کاربرد این دانش در ایمونولوژی محاسباتی است.»

❗️جهت کسب اطلاعات بیش‌تر درمورد سابقه‌ی آموزشی و پژوهشی ایشان، می‌توانید به صفحه‌ی لینکدین و گوگل‌اسکالر ایشان مراجعه نمائید.

🗓تاریخ: یکشنبه، ۲۸ مرداد ۱۴۰۳(۱۸ اوت)
⏰ ساعت: ۲۰ الی ۲۲

🔗 لینک ثبت‌نام: سایت رایازی
🌐 این رویداد به صورت آنلاین برگزار می‌گردد.

🔖 دوستان علاقه‌مند جهت شرکت در #ژورنال_کلاب توجه داشته‌باشند که جهت ایجاد پیش‌زمینه‌ی ذهنی بهتر و بهره‌مندی و مشارکت بیش‌تر شما عزیزان، مطالعه‌ی مقالات زیر پیشنهاد می‌شود.

📌 لینک مقاله اول
📌 لینک مقاله دوم

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#ژورنال_کلاب

🙂با این پادکست ها خلاقیت و کسب و کار دانش‌بنیان رو یاد بگیر🙂

⏸پادکست طبقه ۱۶
⭐️این پادکست به میزبانی سهیل علوی اجرا می‌شود و دوستان او در طبقه شانزدهم اقامتگاهش در تورنتو گرد هم می‌آیند تا در مورد استارتاپ‌ها، فناوری و جنبه‌های مختلف زندگی و تجربیات شخصی و حرفه‌ای کارآفرینان صحبت کنند.
این پادکست شامل گفتگوهای جذابی با کارآفرینان، مدیران شرکت‌ها و افراد موفق در زمینه‌های مختلف است.
سهیل، بنیان‌گذار یک استارت‌آپ موفق در زمینه‌ی ارتباطات است.
✔️برخی اپیزودهای پیشنهادی ما از این پادکست: اپیزودهای ۱۲۰، ۱۲۳، ۱۳۲


⏸پادکست‌‌های Axial
⭐️شرکت Axial، یک شرکت سرمایه‌گذاری است که با تمرکز بر شرکت‌های علوم‌زیستی فعالیت می‌کند.
این شتاب‌دهنده با بنیان‌گذاران و مخترعان بزرگ همکاری می‌کند و روی شرکت‌هایی مانند Appia Bio و Seranova Bio سرمایه‌گذاری کرده است.
🎮سه مجموعه پادکست با نام‌های inventors، founders (Axial) و Axial podcast توسط این شرکت ساخته می‌شود.
✔️این پادکست‌ها شامل مصاحبه‌هایی با مخترعان و کارآفرینان بزرگ حیطه‌ی بیوتک و داستان‌های واقعی از سرگذشت شرکت‌ها و محصولات بیوتک است.
➕در بسیاری از اپیزودهای آن راجع به کاربردهای #بیوانفورماتیک و #زیست‌شناسی_محاسباتی در صنعت خواهید شنید.


⏸کانال یوتیوب Kooshiar
⭐️کسی که می‌خواست ریاضی‌دان شود و الان، مولکول طراحی می‌کند!
کوشیار عظیمیان یک متخصص برجسته در زمینه #هوش‌مصنوعی و دیتاساینس است که تجربه‌ی کار در شرکت‌هایی نظیر فیس‌بوک را دارد.
🔥او اولین دستیار هوش مصنوعی text-to-protein را ابداع کرده است.
مطالب کانال کوشیار شامل موضوعات مختلفی از تکنولوژی، هوش‌مصنوعی و کاربرد آن‌ها در علوم زیستی و پزشکی می‌شود. او همچنین تلاش می‌کند برخی اخبار روز #هوش‌مصنوعی را پوشش دهد و محتواهای آموزنده‌ای در زمینه‌ی نوآوری و کسب‌وکار تولید می‌کند.


⏸پادکست Founders
⭐️دیوید سنرا هر هفته بیوگرافی یک کارآفرین بزرگ تاریخ را بررسی می‌کند. هدف این پادکست این است که از تجربه‌های این کارآفرینان درس‌هایی برای کار و زندگی خود بگیرید.


⏸کانال یوتیوبGV(Google Ventures)
⭐️کانال یوتیوبGV به انتشار محتواهای مرتبط با سرمایه‌گذاری، استارتاپ‌ها و کارآفرینی می‌پردازد. این کانال میزبان مصاحبه‌ها و گفتگوهایی با بنیان‌گذاران و کارآفرینان موفق است و به بررسی روندهای جدید و نوآوری‌های صنعتی می‌پردازد.
✔️در برخی اپیزودها، شاهد حضور کارآفرینان برتر عرصه‌ی علوم کامپیوتر و علوم زیستی و پزشکی هستیم.


⏸پادکست Learning with Lowell
⭐️این پادکست توسط لوول تامپسون میزبانی می‌شود و به بررسی موضوعات مرتبط با رهبری، علم و کارآفرینی می‌پردازد.
هدف این پادکست، کاوش عمیق در زندگی و تجربیات افرادی است که در حال ایجاد تغییرات مثبت در جهان هستند.
لوول تامپسون، میزبان پادکست، خود یک یادگیرنده‌ی مادام‌العمر و بنیان‌گذار استارتاپ‌ها است که تجربیات ارزشمندی را با مخاطبان به اشتراک می‌گذارد.
در هر قسمت از این پادکست، مهمانانی از زمینه‌های مختلف مانند #بیوتکنولوژی ، روان‌شناسی، ریاضیات و علوم زیستی حضور دارند.
➕برای مثال، برخی از اپیزودهای اخیر شامل مباحثی درباره تحقیقات ضد پیری، چالش‌های تأمین غذا برای فضانوردان و کشاورزی در سایر سیاره‌ها و brain-cmputer interface هستند.

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

🔍بینش‌های جدید در مورد زیست‌شناسی تومور با استفاده از فناوری توالی‌یابی نانوپور در مطالعات #سینگل_سل🔍

🔥مطالعات تک سلول یا Single-Cell آن‌چنان فضای #ژنومیکس و #ترنسکریپتومیکس را متحول کرده است که در سال‌ ۲۰۱۳ به‌خاطر توسعه‌ی اولیه و در سال ۲۰۱۹ برای اضافه شدن قابلیت‌های چندوجهی اومیکس، به عنوان مِتُد سال در مجله‌ی Nature معرفی شده است.
✔️در این روش، پژوهشگران می‌توانند نسبت به روش‌های سنتی(انداز‌ه‌گیری میانگین تمام سلول‌های نمونه یا Bulk) ویژگی‌های سلولی مثل بیان ژن را عمیق‌تر بررسی کنند.
➕دستگاه شرکت 10xGenomics با روش مبتنی بر میکروسیال، مطالعات در سطح سلول یعنی پایه و اساس حیات را امکان پذیر کرده است.

❓توالی‌یابی نانوحفره یا Nanopore Sequencing یک فناوری است که در آن حفره‌ی کوچکی روی یک غشا تعبیه شده است. هنگامی که مولکول‌های تک‌رشته‌ای DNA یا RNA از این نانوپور عبور می‌کنند، تغییرات مربوط به نوکلئوتیدهای مختلف در یک جریان یونی اندازه‌گیری می‌شوند.
➕این فناوری علاوه‌بر خوانش‌های بلند، داده‌‌ی real-time و استفاده‌ی میدانی به دلیل قابل‌حمل بودن دستگاه، با بی‌نیاز ساختن مطالعات سینگل سل از انجام PCR amplification خطاهای احتمالی آن را کاهش می‌دهند. شناخته‌شده‌ترین پلتفرم متعلق بهOxford Nanopore Technologies می‌باشد.

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram