آموزش زبان زیستشناسی به مدلهای زبانی بزرگ
🧬سال 2024 مقاله Cell2Sentence منتشر شد. ایده کلی این مقاله فهماندن زبان سلولها (میزان بیان ژنها) به مدلهای زبانی بزرگ(LLM) بود. اگر ژنهای یک سلول را بر اساس میزان بیان آنها مرتب کنیم، سپس نام آنها را با فاصله کنار هم قرار بدهیم، میتوانیم وضعیت یک سلول را به یک جمله قابل گنجایش در ورودی LLM ها قرار بدیم. از طرفی اگر مدل زبانی بخواهد یک سلول تولید کند، صرفا یک جمله متشکل از اسم ژنها که با فاصله از هم جدا شدند خروجی میدهد و ما با یک تبدیل خطی به سطح بیان ژن هرکدام میرسیم.
🔬با این ایده کارهای مختلفی میتوان انجام داد. مثلا پیشبینی نوع سلول، اثر تغییر (دارو، محیط، ...) روی سلول، تولید سلول از نوع خاص و پرسش و پاسخ در مورد یک سلول. اما این مقاله مدل کوچکی استفاده کرده بود و دقت خوبی روی این مسائل نداشت. طبق قانونی که در مسائل یادگیری عمیق دیدیم، با افزایش تعداد پارامترهای مدل میتوانیم بطور پیوسته افزایش دقت ببینیم. برای همین سال 2025 به کمک Google Research و Google Deepmind مدل خیلی بزرگتر Scale-C2S معرفی شد که پیشرفت چشمگیری روی درک عمیق مفاهیم زیستشناسی داشت.
💡یکی از این پیشرفتها توسط Google در تاریخ Oct 15, 2025 منتشر شد که C2S-Scale 27B یک درمان جدید محتمل برای تومورهای سرطانی سرد ارائه داد. این تومورها برای سیستم ایمنی قابل ردیابی نیستند. مدل دارو silmitasertib که kinase CK2 inhibitor هست پیشنهاد داد. این پیشنهاد در آزمایشگاه اجرا و تایید شد. این نشان میدهد با افزایش حجم، مدل میتواند فرضیههای جدید ارائه بده، نه اینکه حقیقتهای شناخته شده را تکرار کند.
🔍سوالی که پیش میآید، آیا با بزرگتر کردن مدلهای زیستشناسی میتوان به تراپیهای جدید زودتر رسید؟ دسترسی به C2S-Scale در گیتهاب و hugging face عمومی شده.
✍محمد شفیعزاده
لینک مقالات:
How a Gemma model helped discover a new potential cancer therapy pathway
Scaling Large Language Models for Next-Generation Single-Cell Analysis
Cell2Sentence: Teaching Large Language Models the Language of Biology
🔗Telegram
🔗LinkedIn
🔗Instagram
🧬سال 2024 مقاله Cell2Sentence منتشر شد. ایده کلی این مقاله فهماندن زبان سلولها (میزان بیان ژنها) به مدلهای زبانی بزرگ(LLM) بود. اگر ژنهای یک سلول را بر اساس میزان بیان آنها مرتب کنیم، سپس نام آنها را با فاصله کنار هم قرار بدهیم، میتوانیم وضعیت یک سلول را به یک جمله قابل گنجایش در ورودی LLM ها قرار بدیم. از طرفی اگر مدل زبانی بخواهد یک سلول تولید کند، صرفا یک جمله متشکل از اسم ژنها که با فاصله از هم جدا شدند خروجی میدهد و ما با یک تبدیل خطی به سطح بیان ژن هرکدام میرسیم.
🔬با این ایده کارهای مختلفی میتوان انجام داد. مثلا پیشبینی نوع سلول، اثر تغییر (دارو، محیط، ...) روی سلول، تولید سلول از نوع خاص و پرسش و پاسخ در مورد یک سلول. اما این مقاله مدل کوچکی استفاده کرده بود و دقت خوبی روی این مسائل نداشت. طبق قانونی که در مسائل یادگیری عمیق دیدیم، با افزایش تعداد پارامترهای مدل میتوانیم بطور پیوسته افزایش دقت ببینیم. برای همین سال 2025 به کمک Google Research و Google Deepmind مدل خیلی بزرگتر Scale-C2S معرفی شد که پیشرفت چشمگیری روی درک عمیق مفاهیم زیستشناسی داشت.
💡یکی از این پیشرفتها توسط Google در تاریخ Oct 15, 2025 منتشر شد که C2S-Scale 27B یک درمان جدید محتمل برای تومورهای سرطانی سرد ارائه داد. این تومورها برای سیستم ایمنی قابل ردیابی نیستند. مدل دارو silmitasertib که kinase CK2 inhibitor هست پیشنهاد داد. این پیشنهاد در آزمایشگاه اجرا و تایید شد. این نشان میدهد با افزایش حجم، مدل میتواند فرضیههای جدید ارائه بده، نه اینکه حقیقتهای شناخته شده را تکرار کند.
🔍سوالی که پیش میآید، آیا با بزرگتر کردن مدلهای زیستشناسی میتوان به تراپیهای جدید زودتر رسید؟ دسترسی به C2S-Scale در گیتهاب و hugging face عمومی شده.
✍محمد شفیعزاده
لینک مقالات:
How a Gemma model helped discover a new potential cancer therapy pathway
Scaling Large Language Models for Next-Generation Single-Cell Analysis
Cell2Sentence: Teaching Large Language Models the Language of Biology
🔗Telegram
Google
How a Gemma model helped discover a new potential cancer therapy pathway
We’re launching a new 27 billion parameter foundation model for single-cell analysis built on the Gemma family of open models.
❤10🔥2👍1
بعضی اوقات وقت خواندن کتاب و رفرنس و مقاله نیست.
میتوانیم بهجای اینکه فقط اکسپلور خودمان را چک کنیم، پادکست گوش بدهیم یا یوتیوب تماشا کنیم.
در این متن به چند تا از پادکستها و چنلهای یوتیوب مربوط به حوزهی بیوانفورماتیک اشاره میکنیم.
پادکستها
The Bioinformatics CRO Podcast
میزبان این پادکست شرکت The Bioinformatics CRO Inc است؛ شرکتی فعال در حوزهی بیوانفورماتیک و ژنومیکس که بهعنوان یک شرکت تحقیقاتی (CRO) فعالیت میکند.
در هر قسمت از این پادکست، با پژوهشگران، مدیران شرکتهای بیوتک و متخصصان حوزههای مختلف گفتوگو میشود تا مسیر شغلی و تجربیات و چالشهای آنها بررسی میشود.
موضوعات اصلی این پادکست شامل تحلیل دادههای ژنومی، هوش مصنوعی در زیستفناوری و زیرساختهای محاسباتی در علوم زیستی است.
📎 YouTube Music
The Bioinformatics and Beyond Podcast
میزبان این پادکست Leo Elworth است.
او در هر قسمت با متخصصان بیوانفورماتیک و حوزههای مرتبط گفتوگو میکند.
محورهای اصلی برنامه شامل زیستشناسی محاسباتی، بیوتکنولوژی، ژنتیک و آمار، برنامهنویسی و مسیرهای شغلی در علوم زیستی است.
اگر بهدنبال پادکستی با تمرکز بر رشد حرفهای در بیوانفورماتیک هستید، این یکی از بهترین گزینههاست.
📎 Spotify
Micro Binfie Podcast
این پادکست با میزبانی Lee Katz به «بیوانفورماتیک میکروبی» (Microbial Bioinformatics) میپردازد؛ یعنی ترکیب زیستشناسی میکروبی و محاسبات.
محتوای این پادکست برای دانشجویان و پژوهشگرانی مناسب است که میخواهند در حوزهی میکروبیولوژی و دادههای ژنومی میکروبی بهروز بمانند.
📎 Spotify
The OmicsCast
این پادکست موضوعات مرتبط با ژنومیکس، پروتئومیکس، ترنسکریپتومیکس و سایر شاخههای Omics را بررسی میکند و برای علاقهمندان به تحلیل دادههای چندلایه (Multi-Omics) منبعی بسیار مفید است.
اگر میخواهید درک عمیقتری از کاربرد تحلیلهای داده در زیستفناوری مدرن پیدا کنید، این پادکست عالی است.
📎 YouTube Music
کانالهای یوتیوب
Bioinformatics Coach
این کانال یوتیوب به آموزش بیوانفورماتیک و تحلیل دادههای بزرگ اختصاص دارد و برای سطوح مبتدی تا پیشرفته مناسب است.
موضوعاتی مانند تحلیل دادههای ژنومی، برنامهنویسی با Python و R در بیوانفورماتیک پوشش داده میشود.
اگر در حال یادگیری پایتون هستید و میخواهید آن را در بیوانفورماتیک به کار بگیرید، این کانال گزینهی بسیار خوبی است.
📎 YouTube
Bioinformatics DotCa
این کانال زیرمجموعهی وبسایت Bioinformatics.ca است؛ سازمانی آموزشی در حوزهی بیوانفورماتیک کانادا.
در این کانال، آموزشها و کارگاههای ضبطشدهای منتشر میشود که شامل مباحث پایه، معرفی ابزارها و روشهای تحلیلی بیوانفورماتیک هستند.
برای دانشجویانی که میخواهند مفاهیم و ابزارهای اصلی بیوانفورماتیک را مرور کنند، منبعی عالی است.
📎 YouTube
SIB – Swiss Institute of Bioinformatics
مؤسسهی SIB یک سازمان مستقر در سوئیس است که در سطح بینالمللی منابع آموزشی و دورههای بیوانفورماتیکی ارائه میدهد.
کانال یوتیوب آن شامل وبینارها، کارگاهها و آموزشهاست.
اگر بهدنبال یادگیری علمی و معتبر در زمینهی بیوانفورماتیک هستید، این منبع بسیار ارزشمند است.
📎 YouTube
✍️ مهیار ابارقی
🔗Telegram
🔗LinkedIn
🔗Instagram
میتوانیم بهجای اینکه فقط اکسپلور خودمان را چک کنیم، پادکست گوش بدهیم یا یوتیوب تماشا کنیم.
در این متن به چند تا از پادکستها و چنلهای یوتیوب مربوط به حوزهی بیوانفورماتیک اشاره میکنیم.
پادکستها
The Bioinformatics CRO Podcast
میزبان این پادکست شرکت The Bioinformatics CRO Inc است؛ شرکتی فعال در حوزهی بیوانفورماتیک و ژنومیکس که بهعنوان یک شرکت تحقیقاتی (CRO) فعالیت میکند.
در هر قسمت از این پادکست، با پژوهشگران، مدیران شرکتهای بیوتک و متخصصان حوزههای مختلف گفتوگو میشود تا مسیر شغلی و تجربیات و چالشهای آنها بررسی میشود.
موضوعات اصلی این پادکست شامل تحلیل دادههای ژنومی، هوش مصنوعی در زیستفناوری و زیرساختهای محاسباتی در علوم زیستی است.
📎 YouTube Music
The Bioinformatics and Beyond Podcast
میزبان این پادکست Leo Elworth است.
او در هر قسمت با متخصصان بیوانفورماتیک و حوزههای مرتبط گفتوگو میکند.
محورهای اصلی برنامه شامل زیستشناسی محاسباتی، بیوتکنولوژی، ژنتیک و آمار، برنامهنویسی و مسیرهای شغلی در علوم زیستی است.
اگر بهدنبال پادکستی با تمرکز بر رشد حرفهای در بیوانفورماتیک هستید، این یکی از بهترین گزینههاست.
📎 Spotify
Micro Binfie Podcast
این پادکست با میزبانی Lee Katz به «بیوانفورماتیک میکروبی» (Microbial Bioinformatics) میپردازد؛ یعنی ترکیب زیستشناسی میکروبی و محاسبات.
محتوای این پادکست برای دانشجویان و پژوهشگرانی مناسب است که میخواهند در حوزهی میکروبیولوژی و دادههای ژنومی میکروبی بهروز بمانند.
📎 Spotify
The OmicsCast
این پادکست موضوعات مرتبط با ژنومیکس، پروتئومیکس، ترنسکریپتومیکس و سایر شاخههای Omics را بررسی میکند و برای علاقهمندان به تحلیل دادههای چندلایه (Multi-Omics) منبعی بسیار مفید است.
اگر میخواهید درک عمیقتری از کاربرد تحلیلهای داده در زیستفناوری مدرن پیدا کنید، این پادکست عالی است.
📎 YouTube Music
کانالهای یوتیوب
Bioinformatics Coach
این کانال یوتیوب به آموزش بیوانفورماتیک و تحلیل دادههای بزرگ اختصاص دارد و برای سطوح مبتدی تا پیشرفته مناسب است.
موضوعاتی مانند تحلیل دادههای ژنومی، برنامهنویسی با Python و R در بیوانفورماتیک پوشش داده میشود.
اگر در حال یادگیری پایتون هستید و میخواهید آن را در بیوانفورماتیک به کار بگیرید، این کانال گزینهی بسیار خوبی است.
📎 YouTube
Bioinformatics DotCa
این کانال زیرمجموعهی وبسایت Bioinformatics.ca است؛ سازمانی آموزشی در حوزهی بیوانفورماتیک کانادا.
در این کانال، آموزشها و کارگاههای ضبطشدهای منتشر میشود که شامل مباحث پایه، معرفی ابزارها و روشهای تحلیلی بیوانفورماتیک هستند.
برای دانشجویانی که میخواهند مفاهیم و ابزارهای اصلی بیوانفورماتیک را مرور کنند، منبعی عالی است.
📎 YouTube
SIB – Swiss Institute of Bioinformatics
مؤسسهی SIB یک سازمان مستقر در سوئیس است که در سطح بینالمللی منابع آموزشی و دورههای بیوانفورماتیکی ارائه میدهد.
کانال یوتیوب آن شامل وبینارها، کارگاهها و آموزشهاست.
اگر بهدنبال یادگیری علمی و معتبر در زمینهی بیوانفورماتیک هستید، این منبع بسیار ارزشمند است.
📎 YouTube
✍️ مهیار ابارقی
🔗Telegram
❤26👍6😍1
انجمن RSG Iran، شاخهی دانشجویی انجمن جهانی زیستشناسی محاسباتی (ISCB) است و طبق قوانین، هر سال برای انتخاب مدیر و دبیر جدید، انتخابات برگزار میکند.
✨تیم مدیریت شامل مدیر و دبیر انجمن است و انتخاب معاونین پس از انتخابات و توسط مدیر انجمن صورت میگیرد.
دورهی مدیر و دبیر فعلی در تاریخ ۱ ژانویه ۲۰۲۶ (۱۱ دی ۱۴۰۴) به پایان میرسد و برای یک سال آینده، مدیر و دبیر جدید از طریق انتخابات، انتخاب خواهند شد.
⚡️تنها اعضای انجمن میتوانند:
۱. به عنوان کاندیدای یکی از دو سمت «مدیر» یا «دبیر» ثبتنام کنند.
۲. در انتخابات شرکت کرده و رای بدهند.
🌟عضویت در انجمن منوط به داشتن حساب کاربری در سایت ISCB RSG-Iran
است و پس از تایید عضویت، امکان ثبتنام بهعنوان کاندیدا و شرکت در رایگیری فراهم میشود.
💫انتخابات در دههی اول دسامبر برگزار خواهد شد و از تاریخ ۲ دسامبر ۲۰۲۵ (۱۱ آذر ۱۴۰۴)، امکان عضویت جدید در وبسایت انجمن غیرفعال خواهد شد.
🔗Telegram
🔗LinkedIn
🔗Instagram
✨تیم مدیریت شامل مدیر و دبیر انجمن است و انتخاب معاونین پس از انتخابات و توسط مدیر انجمن صورت میگیرد.
دورهی مدیر و دبیر فعلی در تاریخ ۱ ژانویه ۲۰۲۶ (۱۱ دی ۱۴۰۴) به پایان میرسد و برای یک سال آینده، مدیر و دبیر جدید از طریق انتخابات، انتخاب خواهند شد.
⚡️تنها اعضای انجمن میتوانند:
۱. به عنوان کاندیدای یکی از دو سمت «مدیر» یا «دبیر» ثبتنام کنند.
۲. در انتخابات شرکت کرده و رای بدهند.
🌟عضویت در انجمن منوط به داشتن حساب کاربری در سایت ISCB RSG-Iran
است و پس از تایید عضویت، امکان ثبتنام بهعنوان کاندیدا و شرکت در رایگیری فراهم میشود.
💫انتخابات در دههی اول دسامبر برگزار خواهد شد و از تاریخ ۲ دسامبر ۲۰۲۵ (۱۱ آذر ۱۴۰۴)، امکان عضویت جدید در وبسایت انجمن غیرفعال خواهد شد.
🔗Telegram
❤4🔥3
یک پادکستهای بسیار موفق و مورد استقبال در زمینه بیوانفورماتیک و بیوتکنولوژی The Bioinformatics CRO میباشد.
در این متن میخواهیم به سه قسمت از این پادکست اشاره کنیم.
📎 AI and the future of biotechnology
در این قسمت، میزبان با Nick Wisniewski دربارهی هوش مصنوعی و نحوهی ارتباط آن با بیوتکنولوژی صحبت میکند و در مورد آیندهی این موضوع گفتوگو میکنند.
📎 Connecting biologists and bioinformaticians
موضوع این قسمت، ارتباط میان زیستشناسان و فعالان حوزهی بیوانفورماتیک است.
میزبان با Alfredo Andere، دکترای بیوانفورماتیک، در این پادکست صحبت میکند؛ اینکه چرا این دو به هم متصل هستند و به چگونگی و سؤالات این موضوع میپردازند.
📎 Remote work in biotech
یکی از دغدغههای جهان امروزی، کار به صورت دور از محل کار یا به اصطلاح ریموت است.
مهمان این قسمت، Grant Belgard، دربارهی تجربهی خود در این موضوع توضیح میدهد و روشهای مختلفی برای این کار ارائه میدهد.
✍️ مهیار ابارقی
🔗Telegram
🔗LinkedIn
🔗Instagram
در این متن میخواهیم به سه قسمت از این پادکست اشاره کنیم.
📎 AI and the future of biotechnology
در این قسمت، میزبان با Nick Wisniewski دربارهی هوش مصنوعی و نحوهی ارتباط آن با بیوتکنولوژی صحبت میکند و در مورد آیندهی این موضوع گفتوگو میکنند.
📎 Connecting biologists and bioinformaticians
موضوع این قسمت، ارتباط میان زیستشناسان و فعالان حوزهی بیوانفورماتیک است.
میزبان با Alfredo Andere، دکترای بیوانفورماتیک، در این پادکست صحبت میکند؛ اینکه چرا این دو به هم متصل هستند و به چگونگی و سؤالات این موضوع میپردازند.
📎 Remote work in biotech
یکی از دغدغههای جهان امروزی، کار به صورت دور از محل کار یا به اصطلاح ریموت است.
مهمان این قسمت، Grant Belgard، دربارهی تجربهی خود در این موضوع توضیح میدهد و روشهای مختلفی برای این کار ارائه میدهد.
✍️ مهیار ابارقی
🔗Telegram
❤13❤🔥2
روشن و خاموش کردن حافظه با اپیژنتیک
📚تحقیقات زیادی نشان میدهند که تغییرات اپیژنتیک مثل استیله شدن هیستون در شکل گیری حافظه نقش دارد. اما یک رابطه علّی که یک اصلاح اپیژنتیک در مکان خاص چه تاثیری بر حافظه دارد هنوز کشف نشده. در سالهای اخیر شواهد نشان میدهند خاطرات تا حدی در جمعیتی کم و پراکنده از سلولهای مغزی به نام انگرام (engram) نوشته میشوند. امروزه سلولهای انگرام نزدیکترین تقریب نگهداری حافظه در مغز هستند.
📌در این تحقیق جدید، محققان ژن Arc که در یادگیری نقش دارد را نشان کردند. آنها دو آزمایش انجام دادند که متوجه شدند بیان این ژن با یادآوری خاطرات رابطه مستقیم دارد. در هر آزمایش، ابتدا موش تحت شک الکتریکی قرار میگیرد که هرچقدر تکان بخورد بیشتر آسیب (البته قابل تحمل) به آن میرسد (contextual fear conditioning). موش یاد میگیرد که دفعه بعدی که در این شرایط قرار گرفت نباید خیلی تکان بخورد. محققان بعد از تغییر اپیژنتیکی موردنظر، دوباره موش را در محیط شک الکتریکی قرار میدهدند و با حالتی که تغییر ندادهاند مقایسه میکنند و میزان ثابت ماندن موش (freezing) را اندازهگیری میکنند. برای انجام این آزمایش آنها از روشهای مبتنی بر CRISPR–dCas9 (که اپیژنتیکی میتوانند یک ژن را خاموش یا تقویت کنند) به همراه راهنمای sgRNA تقویتکننده Arc استفاده کردند.
🧪در آزمایش اول، dCas9-KRAB-MeCP2 برای خاموش کردن Arc استفاده شد. باید اثر این سرکوبکننده را زمانی (بعد تجربه اول موش) و مکانی (فقط سلولهای انگرام) کنترل کرد. هنگام یادگیری، سلولهای عصبی که فعال میشوند، ژن c-Fos بیان میکنند که منجر به بیان tTA میشود. این سرکوبکننده فقط در حضور TRE که به tTA وصل شده فعال میشود. این شرایط فقط در سلولهای انگرام برقرار است. همچنین اگر در بدن موش DOX وجود داشته باشد، DOX به tTA میچسبد و از فعال شدن سرکوبکننده جلوگیری میکند. همانطور که در شکل میبینید، بعد از اینکه موش شرایط ترس را تجربه کرد، sgRNA یکبار بطور هدفنمند Arc و یکبار بدون هدف (Non Targeting) انتخاب میشود. در هر دوحالت میزان ثابت ماندن موش در تجربه مجدد شرایط ترس بیشتر میشود اما به طور معناداری در حالت Arc sgRNA کمتر است.
🎯در آزمایش دوم از فعالکننده dCas9-VPR استفاده میشود. روند انجام آزمایش شبیه قبلی است. نتیجه تایید کننده فرضیه محققان بود. میزان freezing موش در حالت Arc sgRNA به طرز معناداری بیشتر بود. این نشان میدهد که با افزایش بیان ژن Arc میتوان حافظه را در موش تقویت کرد. و برعکس، با کاهش بیان آن، حافظه تضعیف میشود. تمام این تاثیرها رشته DNA را تغییر ندادند و صرفا با تغییر تراکم رشته DNA (epigenetic) بوسیله تکنیکهای بر پایه CRISPR–dCas9 انجام شدند
✍محمد شفیعزاده
نحوه عملکرد CRISPR–dCas9
لینک مقاله
🔗Telegram
🔗LinkedIn
🔗Instagram
📚تحقیقات زیادی نشان میدهند که تغییرات اپیژنتیک مثل استیله شدن هیستون در شکل گیری حافظه نقش دارد. اما یک رابطه علّی که یک اصلاح اپیژنتیک در مکان خاص چه تاثیری بر حافظه دارد هنوز کشف نشده. در سالهای اخیر شواهد نشان میدهند خاطرات تا حدی در جمعیتی کم و پراکنده از سلولهای مغزی به نام انگرام (engram) نوشته میشوند. امروزه سلولهای انگرام نزدیکترین تقریب نگهداری حافظه در مغز هستند.
📌در این تحقیق جدید، محققان ژن Arc که در یادگیری نقش دارد را نشان کردند. آنها دو آزمایش انجام دادند که متوجه شدند بیان این ژن با یادآوری خاطرات رابطه مستقیم دارد. در هر آزمایش، ابتدا موش تحت شک الکتریکی قرار میگیرد که هرچقدر تکان بخورد بیشتر آسیب (البته قابل تحمل) به آن میرسد (contextual fear conditioning). موش یاد میگیرد که دفعه بعدی که در این شرایط قرار گرفت نباید خیلی تکان بخورد. محققان بعد از تغییر اپیژنتیکی موردنظر، دوباره موش را در محیط شک الکتریکی قرار میدهدند و با حالتی که تغییر ندادهاند مقایسه میکنند و میزان ثابت ماندن موش (freezing) را اندازهگیری میکنند. برای انجام این آزمایش آنها از روشهای مبتنی بر CRISPR–dCas9 (که اپیژنتیکی میتوانند یک ژن را خاموش یا تقویت کنند) به همراه راهنمای sgRNA تقویتکننده Arc استفاده کردند.
🧪در آزمایش اول، dCas9-KRAB-MeCP2 برای خاموش کردن Arc استفاده شد. باید اثر این سرکوبکننده را زمانی (بعد تجربه اول موش) و مکانی (فقط سلولهای انگرام) کنترل کرد. هنگام یادگیری، سلولهای عصبی که فعال میشوند، ژن c-Fos بیان میکنند که منجر به بیان tTA میشود. این سرکوبکننده فقط در حضور TRE که به tTA وصل شده فعال میشود. این شرایط فقط در سلولهای انگرام برقرار است. همچنین اگر در بدن موش DOX وجود داشته باشد، DOX به tTA میچسبد و از فعال شدن سرکوبکننده جلوگیری میکند. همانطور که در شکل میبینید، بعد از اینکه موش شرایط ترس را تجربه کرد، sgRNA یکبار بطور هدفنمند Arc و یکبار بدون هدف (Non Targeting) انتخاب میشود. در هر دوحالت میزان ثابت ماندن موش در تجربه مجدد شرایط ترس بیشتر میشود اما به طور معناداری در حالت Arc sgRNA کمتر است.
🎯در آزمایش دوم از فعالکننده dCas9-VPR استفاده میشود. روند انجام آزمایش شبیه قبلی است. نتیجه تایید کننده فرضیه محققان بود. میزان freezing موش در حالت Arc sgRNA به طرز معناداری بیشتر بود. این نشان میدهد که با افزایش بیان ژن Arc میتوان حافظه را در موش تقویت کرد. و برعکس، با کاهش بیان آن، حافظه تضعیف میشود. تمام این تاثیرها رشته DNA را تغییر ندادند و صرفا با تغییر تراکم رشته DNA (epigenetic) بوسیله تکنیکهای بر پایه CRISPR–dCas9 انجام شدند
✍محمد شفیعزاده
نحوه عملکرد CRISPR–dCas9
لینک مقاله
🔗Telegram
❤5❤🔥3👍1🔥1
♦️سومین رویداد آموزشی CB Insight
انجمن جهانی زیستشناسی محاسباتی در ایران با همکاری آزمایشگاه نورالب دانشگاه صنعتی شریف برگزار میکند.
❓ موضوع:
"GNNs For Chemists: Implementations of Graph Neural Networks from Scratch for Chemical Applications"
👨🏻💻 مدرس جناب آقای حسین فولادی
✨ آقای فولادی پژوهشگر دکتری شیمیمحاسباتی (Cheminformatics) و یادگیری ماشین در گروه تحقیقاتی COMP3D Lab دانشگاه وین هستند. ایشان کارشناسی ارشد مهندسی پزشکی را از دانشگاه صنعتی شریف و کارشناسی مهندسی مکانیک را از دانشگاه صنعتی امیرکبیر دریافت کردهاند.
❗️ جهت کسب اطلاعات بیشتر میتوانید به صفحهی LinkedIn و Google Scholar آقای فولادی مراجعه نمایید.
🗓 تاریخ: سهشنبه ۹ دسامبر ۲۰۲۵ (۱۸ آذر)
⏰ ساعت: ۲۰ الی ۲۲ به وقت ایران
🔗 لینک ثبتنام
🌐 برگزاری به صورت آنلاین
🔖 علاقهمندان میتوانند برای ایجاد پیشزمینهی ذهنی بهتر، مقالات زیر را مطالعه کنند:
📌 گیتهاب
📌 مقاله اول
📌 مقاله دوم
📌مقاله سوم
🔗Telegram
🔗LinkedIn
🔗Instagram
انجمن جهانی زیستشناسی محاسباتی در ایران با همکاری آزمایشگاه نورالب دانشگاه صنعتی شریف برگزار میکند.
❓ موضوع:
"GNNs For Chemists: Implementations of Graph Neural Networks from Scratch for Chemical Applications"
👨🏻💻 مدرس جناب آقای حسین فولادی
✨ آقای فولادی پژوهشگر دکتری شیمیمحاسباتی (Cheminformatics) و یادگیری ماشین در گروه تحقیقاتی COMP3D Lab دانشگاه وین هستند. ایشان کارشناسی ارشد مهندسی پزشکی را از دانشگاه صنعتی شریف و کارشناسی مهندسی مکانیک را از دانشگاه صنعتی امیرکبیر دریافت کردهاند.
❗️ جهت کسب اطلاعات بیشتر میتوانید به صفحهی LinkedIn و Google Scholar آقای فولادی مراجعه نمایید.
🗓 تاریخ: سهشنبه ۹ دسامبر ۲۰۲۵ (۱۸ آذر)
⏰ ساعت: ۲۰ الی ۲۲ به وقت ایران
🔗 لینک ثبتنام
🌐 برگزاری به صورت آنلاین
🔖 علاقهمندان میتوانند برای ایجاد پیشزمینهی ذهنی بهتر، مقالات زیر را مطالعه کنند:
📌 گیتهاب
📌 مقاله اول
📌 مقاله دوم
📌مقاله سوم
🔗Telegram
😍4❤2🔥2
📯شروع بازهی کاندیداتوری
⏳بازهی اعلام کاندیداتوری امروز، ۲ دسامبر (۱۱ آذر) آغاز شده است و تا ساعت ۲۴ روز ۳دسامبر (۱۲ آذر) ادامه خواهد داشت.
🔆از علاقهمندانی که در سایت ISCB RSG-Iran عضو هستند، دعوت میشود جهت کاندید شدن در دو پست مدیر و دبیر انجمن به لینک زیر مراجعه کنند:
🔗اعلام کاندیداتوری
🗳زمان برگزاری انتخابات در سایت: ۵ دسامبر (۱۴ آذر)
⌛️اکانتهایی که در این بازه در سایت ساخته میشوند، از روز ۶ دسامبر (۱۵ آذر)، یعنی بعد از اعلام نتایج تائید خواهند شد.
⏳بازهی اعلام کاندیداتوری امروز، ۲ دسامبر (۱۱ آذر) آغاز شده است و تا ساعت ۲۴ روز ۳دسامبر (۱۲ آذر) ادامه خواهد داشت.
🔆از علاقهمندانی که در سایت ISCB RSG-Iran عضو هستند، دعوت میشود جهت کاندید شدن در دو پست مدیر و دبیر انجمن به لینک زیر مراجعه کنند:
🔗اعلام کاندیداتوری
🗳زمان برگزاری انتخابات در سایت: ۵ دسامبر (۱۴ آذر)
⌛️اکانتهایی که در این بازه در سایت ساخته میشوند، از روز ۶ دسامبر (۱۵ آذر)، یعنی بعد از اعلام نتایج تائید خواهند شد.
👍2❤1🕊1
یکی دیگر از پادکستهای بسیار مفید در زمینهٔ بیوانفورماتیک، The Bioinformatics and Beyond میباشد.
این پادکست از سال 2021 فعالیت خود را شروع کرد و همچنان محتواهای خود را در اسپاتیفای پادکست و اپل موزیک قرار میدهد.
📎 Dr. Afshin Beheshti: The Hazards and Molecular Features of Spaceflight
در این قسمت، دکتر افشین بهشتی، دانشمند ناسا، در مورد زیست شناسی فضایی، خطرات مهم در سفرهای فضایی و ویژگیهای مولکولی مربوط به آن صحبت میکند.
📎 Dr. Afshin Beheshti: MicroRNAs and COVID-19
در این قسمت، بار دیگر دکتر افشین بهشتی در مورد microRNA ها و دلیل مهم بودن آنها در پژوهشهای زیستی صحبت خود را آغاز کرده و در ادامه توضیح میدهد که چگونه microRNA ها میتوانند محرک عفونت COVID-19 یا همان کرونا باشند.
📎 Dr. Justin Siegel: Lab Automation, Cloud Labs, and the Future of the Wet Lab
در این قسمت، دکتر جاستین سیگل دربارهٔ گذشته و حال و آیندهٔ wet lab و چگونگی خودکارسازی کار در آن را توضیح داده و میگوید چگونه زمانی کار خود را برای عملهای تکراری در آزمایشگاه هدر ندهیم.
✍️ مهیار ابارقی
🔗Telegram
🔗LinkedIn
🔗Instagram
این پادکست از سال 2021 فعالیت خود را شروع کرد و همچنان محتواهای خود را در اسپاتیفای پادکست و اپل موزیک قرار میدهد.
📎 Dr. Afshin Beheshti: The Hazards and Molecular Features of Spaceflight
در این قسمت، دکتر افشین بهشتی، دانشمند ناسا، در مورد زیست شناسی فضایی، خطرات مهم در سفرهای فضایی و ویژگیهای مولکولی مربوط به آن صحبت میکند.
📎 Dr. Afshin Beheshti: MicroRNAs and COVID-19
در این قسمت، بار دیگر دکتر افشین بهشتی در مورد microRNA ها و دلیل مهم بودن آنها در پژوهشهای زیستی صحبت خود را آغاز کرده و در ادامه توضیح میدهد که چگونه microRNA ها میتوانند محرک عفونت COVID-19 یا همان کرونا باشند.
📎 Dr. Justin Siegel: Lab Automation, Cloud Labs, and the Future of the Wet Lab
در این قسمت، دکتر جاستین سیگل دربارهٔ گذشته و حال و آیندهٔ wet lab و چگونگی خودکارسازی کار در آن را توضیح داده و میگوید چگونه زمانی کار خود را برای عملهای تکراری در آزمایشگاه هدر ندهیم.
✍️ مهیار ابارقی
🔗Telegram
❤🔥4🔥2❤1😍1
🟡 همانگونه که اطلاع دارید،
انتخابات مدیر و دبیر شاخه دانشجویی انجمن جهانی زیستشناسی محاسباتی در ایران در روز جمعه ۱۴ آذر (۵ دسامبر) برگزار خواهد شد.
📌 در ادامه کاندیداهای هر سمت به ترتیب حروف الفبا معرفی میگردند:
انتخابات مدیر و دبیر شاخه دانشجویی انجمن جهانی زیستشناسی محاسباتی در ایران در روز جمعه ۱۴ آذر (۵ دسامبر) برگزار خواهد شد.
📌 در ادامه کاندیداهای هر سمت به ترتیب حروف الفبا معرفی میگردند:
🔥اعضای محترم! انتخابات سومین دورهی انجمن ISCB RSG-Iran برگزار میشود.
🗳برای رای دادن از این 《لینک》 استفاده کنید.
⭐️توجه بفرمایید که:
1️⃣ ابتدا باید لاگین کنید.
2️⃣انتخابات مدیر و دبیر جداگانه است؛ در هر دو انتخابات شرکت کنید.
3️⃣ روز جمعه ۱۴ آذر ساعت ۱۲ شب، انتخابات به پایان میرسد.
✨منتظر حضور گرم شما در انتخابات هستیم.
-کمیتهی برگزاری انتخابات
🗳برای رای دادن از این 《لینک》 استفاده کنید.
⭐️توجه بفرمایید که:
1️⃣ ابتدا باید لاگین کنید.
2️⃣انتخابات مدیر و دبیر جداگانه است؛ در هر دو انتخابات شرکت کنید.
3️⃣ روز جمعه ۱۴ آذر ساعت ۱۲ شب، انتخابات به پایان میرسد.
✨منتظر حضور گرم شما در انتخابات هستیم.
-کمیتهی برگزاری انتخابات
❤8
🔴 اعلام نتایج انتخابات انجمن زیست شناسی محاسباتی ایران (RSG IRAN)
✨ با افتخار، نتایج انتخابات برای تعیین مدیر و دبیر انجمن اعلام میشود:
🟢 پست مدیر:
سرکار خانم یاسمین رضائی آشتیانی: 94.1 درصد از آرا
جناب آقای محمد ساجدی نسب: 5.9 درصد از آرا
✅ مدیر منتخب: سرکار خانم یاسمین رضائی آشتیانی
🟢 پست دبیر:
سرکار خانم زهرا چیذری: 42.1 درصد از آرا
جناب آقای امیرمهدی محمودی: 57.9 درصد از آرا
✅ دبیر منتخب: جناب آقای امیرمهدی محمودی
🌸از همه اعضای محترم که در این انتخابات شرکت کردند، صمیمانه سپاسگزاریم.
✨ برای همکاری و همفکری در پیشبرد اهداف انجمن، منتظر پیشنهادات شما هستیم!
- کمیته برگزاری انتخابات
✨ با افتخار، نتایج انتخابات برای تعیین مدیر و دبیر انجمن اعلام میشود:
🟢 پست مدیر:
سرکار خانم یاسمین رضائی آشتیانی: 94.1 درصد از آرا
جناب آقای محمد ساجدی نسب: 5.9 درصد از آرا
✅ مدیر منتخب: سرکار خانم یاسمین رضائی آشتیانی
🟢 پست دبیر:
سرکار خانم زهرا چیذری: 42.1 درصد از آرا
جناب آقای امیرمهدی محمودی: 57.9 درصد از آرا
✅ دبیر منتخب: جناب آقای امیرمهدی محمودی
🌸از همه اعضای محترم که در این انتخابات شرکت کردند، صمیمانه سپاسگزاریم.
✨ برای همکاری و همفکری در پیشبرد اهداف انجمن، منتظر پیشنهادات شما هستیم!
- کمیته برگزاری انتخابات
❤12❤🔥2
♦️سومین رویداد آموزشی CB Insight
انجمن جهانی زیستشناسی محاسباتی در ایران با همکاری آزمایشگاه نورالب دانشگاه صنعتی شریف برگزار میکند.
❓ موضوع:
"GNNs For Chemists: Implementations of Graph Neural Networks from Scratch for Chemical Applications"
👨🏻💻 مدرس جناب آقای حسین فولادی
✨ آقای فولادی پژوهشگر دکتری شیمیمحاسباتی (Cheminformatics) و یادگیری ماشین در گروه تحقیقاتی COMP3D Lab دانشگاه وین هستند. ایشان کارشناسی ارشد مهندسی پزشکی را از دانشگاه صنعتی شریف و کارشناسی مهندسی مکانیک را از دانشگاه صنعتی امیرکبیر دریافت کردهاند.
❗️ جهت کسب اطلاعات بیشتر میتوانید به صفحهی LinkedIn و Google Scholar آقای فولادی مراجعه نمایید.
🗓 تاریخ: سهشنبه ۹ دسامبر ۲۰۲۵ (۱۸ آذر)
⏰ ساعت: ۲۰ الی ۲۲ به وقت ایران
🔗 لینک ثبتنام
🌐 برگزاری به صورت آنلاین
🔖 علاقهمندان میتوانند برای ایجاد پیشزمینهی ذهنی بهتر، مقالات زیر را مطالعه کنند:
📌 گیتهاب
📌 مقاله اول
📌 مقاله دوم
📌مقاله سوم
🔗Telegram
🔗LinkedIn
🔗Instagram
انجمن جهانی زیستشناسی محاسباتی در ایران با همکاری آزمایشگاه نورالب دانشگاه صنعتی شریف برگزار میکند.
❓ موضوع:
"GNNs For Chemists: Implementations of Graph Neural Networks from Scratch for Chemical Applications"
👨🏻💻 مدرس جناب آقای حسین فولادی
✨ آقای فولادی پژوهشگر دکتری شیمیمحاسباتی (Cheminformatics) و یادگیری ماشین در گروه تحقیقاتی COMP3D Lab دانشگاه وین هستند. ایشان کارشناسی ارشد مهندسی پزشکی را از دانشگاه صنعتی شریف و کارشناسی مهندسی مکانیک را از دانشگاه صنعتی امیرکبیر دریافت کردهاند.
❗️ جهت کسب اطلاعات بیشتر میتوانید به صفحهی LinkedIn و Google Scholar آقای فولادی مراجعه نمایید.
🗓 تاریخ: سهشنبه ۹ دسامبر ۲۰۲۵ (۱۸ آذر)
⏰ ساعت: ۲۰ الی ۲۲ به وقت ایران
🔗 لینک ثبتنام
🌐 برگزاری به صورت آنلاین
🔖 علاقهمندان میتوانند برای ایجاد پیشزمینهی ذهنی بهتر، مقالات زیر را مطالعه کنند:
📌 گیتهاب
📌 مقاله اول
📌 مقاله دوم
📌مقاله سوم
🔗Telegram
❤8😍1
🔥برای رقم زدن عصر ماشینهای اندیشمند، برای همزمان شگفتزده و نگران کردن بشر و برای دگرگون کردن اکنون و عبور از مرزهای ممکن، «معماران هوش مصنوعی» بهعنوان «شخصیت سال ۲۰۲۵» مجلهٔ تایم برگزیده شدهاند.
🎆معماران هوش مصنوعی در تابلویی از جیسن سایلر به تصویر کشیده شدهاند؛ تابلویی که با ارجاع به عکس نمادین سال ۱۹۳۲، «ناهار بر فراز آسمانخراش»، چهرهٔ رهبران جهان فناوری یعنی مارک زاکربرگ، لیزا سو، ایلان ماسک، جنسن هوانگ، سم آلتمان، دِمیس هسابیس، داریو آمودی و فیفی لی را نشان میدهد.
🔗Telegram
🔗LinkedIn
🔗Instagram
🎆معماران هوش مصنوعی در تابلویی از جیسن سایلر به تصویر کشیده شدهاند؛ تابلویی که با ارجاع به عکس نمادین سال ۱۹۳۲، «ناهار بر فراز آسمانخراش»، چهرهٔ رهبران جهان فناوری یعنی مارک زاکربرگ، لیزا سو، ایلان ماسک، جنسن هوانگ، سم آلتمان، دِمیس هسابیس، داریو آمودی و فیفی لی را نشان میدهد.
🔗Telegram
🔥5❤1