روشن و خاموش کردن حافظه با اپی‌ژنتیک

📚تحقیقات زیادی نشان می‌دهند که تغییرات اپی‌ژنتیک مثل استیله شدن هیستون در شکل گیری حافظه نقش دارد. اما یک رابطه علّی که یک اصلاح اپی‌ژنتیک در مکان خاص چه تاثیری بر حافظه دارد هنوز کشف نشده. در سال‌های اخیر شواهد نشان می‌دهند خاطرات تا حدی در جمعیتی کم و پراکنده از سلول‌های مغزی به نام انگرام (engram) نوشته می‌شوند. امروزه سلول‌های انگرام نزدیک‌ترین تقریب نگهداری حافظه در مغز هستند.

📌در این تحقیق جدید، محققان ژن Arc که در یادگیری نقش دارد را نشان کردند. آنها دو آزمایش انجام دادند که متوجه شدند بیان این ژن با یادآوری خاطرات رابطه مستقیم دارد. در هر آزمایش، ابتدا موش تحت شک الکتریکی قرار می‌گیرد که هرچقدر تکان بخورد بیشتر آسیب (البته قابل تحمل) به آن می‌رسد (contextual fear conditioning). موش یاد میگیرد که دفعه بعدی که در این شرایط قرار گرفت نباید خیلی تکان بخورد. محققان بعد از تغییر اپی‌ژنتیکی موردنظر، دوباره موش را در محیط شک الکتریکی قرار می‌دهدند و با حالتی که تغییر نداده‌اند مقایسه می‌کنند و میزان ثابت ماندن موش (freezing) را اندازه‌گیری می‌کنند. برای انجام این آزمایش آنها از روش‌های مبتنی بر CRISPR–dCas9 (که اپی‌ژنتیکی می‌توانند یک ژن را خاموش یا تقویت کنند) به همراه راهنمای sgRNA تقویت‌کننده Arc استفاده کردند.

🧪در آزمایش اول، dCas9-KRAB-MeCP2 برای خاموش کردن Arc استفاده شد. باید اثر این سرکوب‌کننده را زمانی (بعد تجربه اول موش) و مکانی (فقط سلول‌های انگرام) کنترل کرد. هنگام یادگیری، سلول‌های عصبی که فعال می‌شوند، ژن c-Fos بیان می‌کنند که منجر به بیان tTA می‌شود. این سرکوب‌کننده فقط در حضور TRE که به tTA وصل شده فعال می‌شود. این شرایط فقط در سلول‌های انگرام برقرار است. همچنین اگر در بدن موش DOX وجود داشته باشد، DOX به tTA می‌چسبد و از فعال شدن سرکوب‌کننده جلوگیری می‌کند. همانطور که در شکل می‌بینید، بعد از اینکه موش شرایط ترس را تجربه کرد، sgRNA یکبار بطور هدفنمند Arc و یکبار بدون هدف (Non Targeting) انتخاب می‌شود. در هر دوحالت میزان ثابت ماندن موش در تجربه مجدد شرایط ترس بیشتر می‌شود اما به طور معناداری در حالت Arc sgRNA کمتر است.

🎯در آزمایش دوم از فعال‌کننده dCas9-VPR استفاده می‌شود. روند انجام آزمایش شبیه قبلی است. نتیجه تایید کننده فرضیه محققان بود. میزان freezing موش در حالت Arc sgRNA به طرز معناداری بیشتر بود. این نشان می‌دهد که با افزایش بیان ژن Arc می‌توان حافظه را در موش تقویت کرد. و برعکس، با کاهش بیان آن، حافظه تضعیف می‌شود. تمام این تاثیرها رشته DNA را تغییر ندادند و صرفا با تغییر تراکم رشته DNA (epigenetic) بوسیله تکنیک‌های بر پایه CRISPR–dCas9 انجام شدند

✍محمد شفیع‌زاده


نحوه عملکرد CRISPR–dCas9
لینک مقاله


🔗Telegram
🔗LinkedIn
🔗Instagram

♦️سومین رویداد آموزشی CB Insight
انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران با همکاری آزمایشگاه نورالب دانشگاه صنعتی شریف برگزار می‌کند.

❓ موضوع:
"GNNs For Chemists: Implementations of Graph Neural Networks from Scratch for Chemical Applications"

👨🏻‍💻 مدرس جناب آقای حسین فولادی

✨ آقای فولادی پژوهشگر دکتری شیمی‌محاسباتی (Cheminformatics) و یادگیری ماشین در گروه تحقیقاتی COMP3D Lab دانشگاه وین هستند. ایشان کارشناسی ارشد مهندسی پزشکی را از دانشگاه صنعتی شریف و کارشناسی مهندسی مکانیک را از دانشگاه صنعتی امیرکبیر دریافت کرده‌اند.

❗️ جهت کسب اطلاعات بیش‌تر می‌توانید به صفحه‌ی LinkedIn و Google Scholar آقای فولادی مراجعه نمایید.

🗓 تاریخ: سه‌شنبه ۹ دسامبر ۲۰۲۵ (۱۸ آذر)
⏰ ساعت: ۲۰ الی ۲۲ به وقت ایران

🔗 لینک ثبت‌نام
🌐 برگزاری به صورت آنلاین

🔖 علاقه‌مندان می‌توانند برای ایجاد پیش‌زمینه‌ی ذهنی بهتر، مقالات زیر را مطالعه کنند:
📌 گیتهاب
📌 مقاله اول
📌 مقاله دوم
📌مقاله سوم

🔗Telegram
🔗LinkedIn
🔗Instagram

📯شروع بازه‌‌ی کاندیداتوری

⏳بازه‌ی اعلام کاندیداتوری امروز، ۲ دسامبر (۱۱ آذر) آغاز شده است و تا ساعت ۲۴ روز ۳دسامبر (۱۲ آذر) ادامه خواهد داشت.

🔆از علاقه‌مندانی که در سایت ISCB RSG-Iran عضو هستند، دعوت می‌شود جهت کاندید شدن در دو پست مدیر و دبیر انجمن به لینک زیر مراجعه کنند:

🔗اعلام کاندیداتوری

🗳زمان برگزاری انتخابات در سایت: ۵ دسامبر (۱۴ آذر)

⌛️اکانت‌هایی که در این بازه در سایت ساخته می‌شوند، از روز ۶ دسامبر (۱۵ آذر)، یعنی بعد از اعلام نتایج تائید خواهند شد.

یکی دیگر از پادکست‌های بسیار مفید در زمینهٔ بیوانفورماتیک، The Bioinformatics and Beyond می‌باشد.
این پادکست از سال 2021 فعالیت خود را شروع کرد و همچنان محتواهای خود را در اسپاتیفای پادکست و اپل موزیک قرار می‌دهد.

📎 Dr. Afshin Beheshti: The Hazards and Molecular Features of Spaceflight

در این قسمت، دکتر افشین بهشتی، دانشمند ناسا، در مورد زیست‌ شناسی فضایی، خطرات مهم در سفرهای فضایی و ویژگی‌های مولکولی مربوط به آن صحبت می‌کند.

📎 Dr. Afshin Beheshti: MicroRNAs and COVID-19

در این قسمت، بار دیگر دکتر افشین بهشتی در مورد microRNA ها و دلیل مهم بودن آن‌ها در پژوهش‌های زیستی صحبت خود را آغاز کرده و در ادامه توضیح می‌دهد که چگونه microRNA ها می‌توانند محرک عفونت COVID-19 یا همان کرونا باشند.

📎 Dr. Justin Siegel: Lab Automation, Cloud Labs, and the Future of the Wet Lab

در این قسمت، دکتر جاستین سیگل دربارهٔ گذشته و حال و آیندهٔ wet lab و چگونگی خودکارسازی کار در آن را توضیح داده و می‌گوید چگونه زمانی کار خود را برای عمل‌های تکراری در آزمایشگاه هدر ندهیم.

✍️ مهیار ابارقی

🔗Telegram
🔗LinkedIn
🔗Instagram

🟡 همانگونه که اطلاع دارید،
انتخابات مدیر و دبیر شاخه دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران در روز جمعه ۱۴ آذر (۵ دسامبر) برگزار خواهد شد.

📌 در ادامه کاندیداهای هر سمت به ترتیب حروف الفبا معرفی می‌گردند:

🔴سرکار خانم یاسمین رضائی آشتیانی

کاندیدای سمت مدیر
لینکدین
مشخصات و برنامه‌های اعلامی

🔴جناب آقای محمد ساجدی‌ نسب

کاندیدای سمت مدیر
لینکدین
مشخصات و برنامه‌های اعلامی

🟠سرکار خانم زهرا چیذری

کاندیدای سمت دبیر
لینکدین
مشخصات و برنامه‌های اعلامی

🟠جناب آقای امیرمهدی محمودی

کاندیدای سمت دبیر
لینکدین
مشخصات و برنامه‌های اعلامی

🔥اعضای محترم! انتخابات سومین دوره‌‌ی انجمن ISCB RSG-Iran برگزار می‌شود.

🗳برای رای دادن از این 《لینک》 استفاده کنید.

⭐️توجه بفرمایید که:

1️⃣ ابتدا باید لاگین کنید.

2️⃣انتخابات مدیر و دبیر جداگانه است؛ در هر دو انتخابات شرکت کنید.

3️⃣ روز جمعه ۱۴ آذر ساعت ۱۲ شب، انتخابات به پایان میرسد.

✨منتظر حضور گرم شما در انتخابات هستیم.

-کمیته‌ی برگزاری انتخابات

♦️سومین رویداد آموزشی CB Insight
انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران با همکاری آزمایشگاه نورالب دانشگاه صنعتی شریف برگزار می‌کند.

❓ موضوع:
"GNNs For Chemists: Implementations of Graph Neural Networks from Scratch for Chemical Applications"

👨🏻‍💻 مدرس جناب آقای حسین فولادی

✨ آقای فولادی پژوهشگر دکتری شیمی‌محاسباتی (Cheminformatics) و یادگیری ماشین در گروه تحقیقاتی COMP3D Lab دانشگاه وین هستند. ایشان کارشناسی ارشد مهندسی پزشکی را از دانشگاه صنعتی شریف و کارشناسی مهندسی مکانیک را از دانشگاه صنعتی امیرکبیر دریافت کرده‌اند.

❗️ جهت کسب اطلاعات بیش‌تر می‌توانید به صفحه‌ی LinkedIn و Google Scholar آقای فولادی مراجعه نمایید.

🗓 تاریخ: سه‌شنبه ۹ دسامبر ۲۰۲۵ (۱۸ آذر)
⏰ ساعت: ۲۰ الی ۲۲ به وقت ایران

🔗 لینک ثبت‌نام
🌐 برگزاری به صورت آنلاین

🔖 علاقه‌مندان می‌توانند برای ایجاد پیش‌زمینه‌ی ذهنی بهتر، مقالات زیر را مطالعه کنند:
📌 گیتهاب
📌 مقاله اول
📌 مقاله دوم
📌مقاله سوم

🔗Telegram
🔗LinkedIn
🔗Instagram

استنتاج نوع سلول در بیوپسی مایع

در سال‌های اخیر شاهد پیشرفت استفاده از داده رونویسی تک‌سلولی (single-cell trannoscriptomic) برای تشخیص بیماری یا نظارت بر آن بودیم. یک پیش‌نیازی که این دسته از داده برای جمع‌آوری دارد، بیوپسی (biopsy) است که با استفاده از وسیله‌ای شبیه سوزن، بخش کوچکی از بافت مورد نظر از بدن خارج می‌شود. یک جایگزین برای این داده می‌تواند استفاده از نوکلئیک اسیدهای آزاد (cfNA) موجود در خون یا هر مایع دیگر بدن باشد که تهیه آن به نسبت کمتر تهاجمی است و liquid biopsy نام دارد.

منشا cfNA می‌تواند از نقاط مختلف بدن باشد که معمولا یا متعلق به سلول‌های مرده است یا با انتقال فعال از سلول خارج شده است. با پیشرفت تشخیص cfNA در کنار تحلیل نوع سلول در سطح مولکولی، می‌توان انواع سلول در این داده را پیدا کرد. بطور کلی دو دسته تحلیل وجود دارد.

در دسته اول میخواهیم مقدار نسبی هر نوع سلول را نسبت به هم پیدا کنیم. با استفاده از داده رونویسی تک‌سلولی می‌دانیم هر نوع سلول چه مثلا ژن‌هایی دارد. از آن به عنوان مرجع استفاده می‌کنیم. یک متود آن الگوریتم رگرسیون کمترین مربعات نامنفی (Nonnegative Least Squares) است که به کمک آن مقدار نسبی هر نوع سلول حساب می‌شود. در دسته دوم به جای همه انواع سلول، تاثیر یک دسته خاصی از آنها بررسی می‌شود. این تحلیل برای بررسی نوع سلول بیماری مفید است. یک متود محاسبه آن تست آماری است که چک کند آیا ویژگی‌های یک نوع سلول خاص از حالت عادی بیشتر مشاهده می‌شود.

سه کاربرد تحلیل نوع سلول از cfNA در شکل می‌بینید. در بیماری‌هایی که در چند عضو علائم دارند یا در یک بافت حساس مثل مغز قرار دارند، استفاده از بیوپسی سخت یا غیر ممکن است. از دیدگاه نویسندگان این مقاله، یکپارچه‌سازی این نوع داده با انواع داده (omics) دیگر از مسیرهای آینده می‌تواند باشد.

✍️محمد شفیع‌زاده

لینک مقاله
🔗Telegram
🔗Instagram
🔗LinkedIn

یکی دیگر از پادکست‌های مفید در بیوانفورماتیک، پادکست micro binfie است.
این پادکست در هر قسمت به موضوع‌های مختلفی در زمینه بیوتکنولوژی و بیوانفورماتیک می‌پردازد.
در این متن به سه قسمت مفید در این پادکست می‌پردازیم.

📎 Chatgpt the bioinformatic calculator

در این قسمت درباره موضوعی بسیار جالب صحبت می‌شود.
((استفاده از چت جی‌پی‌تی در محاسبات بیوانفورماتیک))
مواردی مانند نحوه کار و انواع مختلف ابزارها.

📎 What language should I learn ?

یکی از مواردی که در بحث بیوانفورماتیک از اهمیت زیادی برخوردار هست، برنامه‌نویسی هست.
هر دانشجو یا محقق در این زمینه باید با برنامه‌نویسی و ابزارها آشنایی کافی داشته باشند.
در این قسمت در مورد اینکه کدام زبان برنامه‌نویسی مناسب هست صحبت می‌شود.

📎 13 question not to ask

این قسمت با قسمت‌های دیگر این پادکست کاملاً متفاوت هست.
هر فردی در بعضی مواقع به‌جای انجام کار خود، را در سوالاتی درباره موضوعی که پیش رو دارد غرق می‌کند.
در این قسمت از 13 سوالی که نباید در اولین مسیر از خودتون بپرسید صحبت می‌شود.

✍️ مهیار ابارقی

🔗Telegram
🔗LinkedIn
🔗Instagram

✨ پنجمین کنفرانس بین‌المللی و چهاردهمین کنفرانس ملی بیوانفورماتیک ایران (ICB14)

💫 برای اولین بار، پنجمین کنفرانس بین‌المللی و چهاردهمین کنفرانس ملی بیوانفورماتیک ایران (ICB14)، با همکاری مشترک دو قطب علمی برتر کشور، دانشگاه تهران و دانشگاه علوم پزشکی تهران، برگزار خواهد شد.

📃محورهای اصلی کنفرانس:

1️⃣هوش مصنوعی و یادگیری ماشین در علوم زیستی
2️⃣پزشکی دقیق و مدل‌سازی بیماری‌های پیچیده
3️⃣طراحی و کشف دارویی محاسباتی
4️⃣تحلیل داده‌های اُمیکس و تصویر و سایر زمینه‌های پیشرو


✔️ مزایای شرکت:

1️⃣ارائه آخرین دستاوردهای پژوهشی ملی و بین‌المللی
2️⃣برگزاری کارگاه‌های آموزشی تخصصی پیش از همایش
3️⃣دارای امتیاز بازآموزی برای متخصصان زیرمجموعه وزارت بهداشت
4️⃣شبکه‌سازی با اساتید و پژوهشگران برجسته

🌐 وبسایت انجمن:
ibis.org.ir

🔗 ثبت‌نام و اطلاعات تکمیلی:
conf.ibis.org.ir/icb14

⏳ مهلت ارسال چکیده: ۱ بهمن ۱۴۰۴ (۲۱ ژانویه ۲۰۲۶)

LinkedIn | Instagram | Telegram