Update: Решили перенести заседание на следующую неделю, по организационным причинам.

Запись сегодняшнего заседания (ничего не вырезано, не перекодировано).

А также презентация к докладу

Article::
Кажется вполне заслуженный хайп вокруг этой статьи: ищем докладчика по ней (и может быть парабиозу в целом) на наш семинар :
https://www.nature.com/articles/s43587-021-00143-2#Fig7

Post::
by Алексей Алексеев

https://telegra.ph/Perehod-mezhdu-fazam-ehmpiricheskih-krivyh-veroyatnosti-smerti-ot-vozrasta--nezasluzhenno-zabytyj-no-krajne-vazhnyj-fakt-12-18

Art::
by Ekaterina Kuzmina

EpiHisteria or epigenetic rejuvenation by pluripotent reprogramming factors

Review::
Обзоры по матметодам в старении являются, увы, не часто. Но этот в своё время оказался приятным.

Code::
by Vladimir Shakirov
Полезные скрипты для начала работы с базой биомедицинских данных NHANES
https://github.com/Schakirov/nhanes

Article::
Майская статья Calico о том как именно репрограммирование омолаживает клетки на уровне single-cell. Читая её в мае, я конечно не оценил масштаба катастрофы (плохо соображал тогда). Работа конечно шикарная, наверное лучшая работа по математике и биологии старения, которую мне приходилось видеть. Приведу просто несколько тэгов о том, что вас ждёт внутри: Single-cell RNA-seq, AutoEncoder, Dynamical systems modeling, Yamanaka factors combinations, GAN, RNA velocity, GSEA, Gene Regulatory Networks...

В общем, цените сами:
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.05.21.444556v2

Course::
Хочу порекомендовать курс по динамическим системам в биологии. Сам прослушал уже 8 лекций и полностью доволен подачей, уровнем сложности и качеством материала.

https://www.youtube.com/channel/UCEtVHpLOWhaelIoDRP9nt4w/videos

АНОНС: В это воскресенье на нашем семинаре выступит Владимир Алипов с докладом на тему: Память, её изменение и стирание. Перенос памяти на электронные носители. Цифровое бессмертие. - крайне щепетильная трансгуманистическая тема.
Доклад состоится в это воскресенье (16.01.22) в сити в 14.00.
Будем также транслировать доклад в телеграм (в основном чате).
Запись затем будет добавлена на YouTube канал.

Ссылка на запись сегодняшнего семинара. Также прикрепляю презентацию. Благодарим Владимира Алипова за доклад.

Book:
Подсказали очень неплохую книгу про мат. моделирование жизни. A. Garfinkel et. al. Modelling Life. Внутри куча динамических систем с необходимыми математическими выкладками. Рабочий язык программирования учебника - SageMath (обёртка над питоном, как я понял).

АНОНС:
В эту пятницу в 19.30 (время МСК) с докладом выступит Александр Фединцев.
Тема: Кривые дожития, Закон Гомпертца и корреляция Стрелера—Милдвана
Доклад будет транслироваться онлайн в этом телеграмм чате (запись будет загружена на наш youtube канал).

Кажется получился очень годный семинар с лаконичным и качественным контентом. Рекомендую к просмотру!
https://www.youtube.com/watch?v=kdO44AO4l-4

Tutorial:
Correlation is not causation! Так говорят, и обычно это правильно, но не всегда. Ниже прикрепляю туториал в causality inference in dynamic systems. Туториал в рамках курса Computational Neuroscience, но не обращайте внимания. Все выводы могут быть с лёгкостью адаптированы под нужды Aging science. Сам прошёл тутор за 4 часа и остался чрезвычайно доволен. Там есть еще много интересного, оставляю ссылку:

https://compneuro.neuromatch.io/tutorials/W3D5_NetworkCausality/W3D5_Intro.html

Article::
Хочу поделиться безупречным обзором про связь старения и метилирования ДНК. Внутри:
- Красивые картинки и сводная таблица с описанием наиболее распространённых методов анализа метиломов (включая epigenetic clocks, entropy, EWAS etc.)
- Вдумчивая попытка объяснить почему же метилирование таки способно предсказывать; "биологический" возраст (лично мне зашла гипотеза про ассиметричное деление стволовых клеток;
- Внимательный разбор биологических механизмов, влияющих на механизмы метилирования ДНК.
Рекомендую!