⚡️ Пятничная подборка вакансий за рубежом

🇨🇭 Постдок, структурная биоинформатика (Швейцария)
Лаборатория Pedro Beltrao в ETH Zurich ищет постдоков в проект по исследованию структуры белков современными методами (AlphaFold2). Нужен опыт в структурной биоинформатике, степень PhD, знание методов глубокого обучения и проектирования белков. Дедлайн: 20 июля.

🇺🇸 Машинлернер, нейросайнс (США)
Группа Dr. Kinreich применяет ИИ для изучения сетей нейронов, генетики и факторов риска, лежащих в основе заболеваний мозга. Нужна степень PhD или магистра, знание Python и Matlab, опыт в области нейровизуализации, машинного обучения и вычислительного моделирования будет плюсом.

🇬🇧 Биоинформатик в Illumina (Великобритания)
Предстоит разрабатывать алгоритмы для молекулярной диагностики рака с помощью NGS. Требования: PhD, знание статистики и методов биоинформатического анализа, опыт в геномике, языков Python или C++.

🇩🇪 Стажировка по биоинформатике в Roche (Германия)
Команда генной терапии рекомбинантными AAV компании Roche приглашает студентов на стажировку. Предстоит применять биоинформатические тулы в анализе омиксных данных (метаболомика, протеомика). Требования: знание R и Python, опыт анализа данных, работы с Docker.

🇫🇷 Постдок, биоинформатика (Франция)
Проект ESCALATE в Университете Лилля занимается исследованиями рака с помощью РНК-сек. Предстоит оптимизировать алгоритмы количественной оценки РНК. Нужен опыт в области биоинформатики и знание компилируемых языков Rust или С/C++.

👉 Больше вакансий всегда на сайте blastim.ru

#бластим_вакансии

И швец, и жнец, и на дуде игрец!

В нашей любимой рубрике #про_карьеру_по_субботам выкладываем ролик про самую универсальную профессию во Вселенной — ТЫЖБИОЛОГ 🐸🦜💊☘️ 🧪🐠

Слышали про такую? А какие обязательства на вас накладывает ваш диплом? 🎓

Оригинал видео в 📱

Хотите охладиться? ❄️

🏔 Мы тоже! Поэтому давайте перенесемся в норвежские фьорды. Глубоко под землей в горном массиве внутри переоборудованной шахты Лефдаль раскинулся огромный дата-центр. Именно там в 2025 году установят самый скоростной суперкомпьютер в стране, и значительные вычислительные ресурсы станут доступны ученым всей Норвегии. Но какова цель? Не отстать в гонке искусственного интеллекта, конечно!

Кстати, тоже самое делает и американское правительство. 6 мая Национальный научный фонд в рамках инициативы по поддержке изучения ИИ предоставил 35 лучшим исследователям суперкомпьютерное время на имеющихся в распоряжении государства машинах.

🤖 Хотя многие ИИ-лаборатории США давно получают достойное финансирование, они всё же ограничены в своих исследованиях из-за недоступности передовых компьютеров. Скажем, чтобы обучить GPT-3 понадобилась работа 1024 высокопроизводительных графических процессоров A100 на суперкомпьютере Microsoft в течение месяца. Это обошлось Open AI в несколько миллионов долларов. У вузов таких возможностей не было. Теперь государство, пытаясь сократить разрыв между академией и индустрией, подготовило 6-летний план наращивания ИИ-ресеча стоимостью $2,6 млрд.

Среди первых победителей половина связана с науками о жизни. Например, экологическая модель Lake-GPT для прогнозирования влияния климата и землепользования на качество воды в озерах получила 750 тыс. GPU часов на суперкомпьютере Summit. Специалисты из университета Айовы добились себе 920 тыс. GPU часов на машине Frontera для обучения ИИ-системы InsectNet, которая поможет фермерам выявлять сельхоз-вредителей по фото на смартфон 🐛 Другие любопытные проекты: скрининг лигандов асиалогликопротеинового рецептора, базовая модель единичных клеток для биологии растений, мультимодальная модель для онкологических приложений, белковый дизайн с помощью диффузии.

Контекст. Суперкомпьютеры построены по тем же принципам, что и обычные ПК, но имеют тысячи мощных центральных и графических процессоров (как раз таких, что Nvidia делает). Для их функционирования требуется специальная инфраструктура, системы отвода тепла. Например, в Норвегии суперкомпьютер будет охлаждать морская вода из фьорда, связанного с ледником, что очень удобно.

Суперкомпьютеры могут анализировать гигантские объемы данных и характеризуются невероятной скоростью вычислений. Ключевая характеристика — число операций с плавающей запятой в секунду (или флопс). В 2022 году был запущен первый в мире экзафлопсный компьютер Frontier, который осуществляет 1,2 квинтиллиона операций в секунду и удерживает первенство в рейтинге TOP500 суперкомпьютеров на Земле. К слову, 100% машин из списка работают на операционных системах семейства Linux 🐧

Суперкомпьютеры пользуются спросом в науке: они применяются для прогнозирования погоды, исследований рака, термояда, палеонтологии, поиска лекарств и уже демонстрировали замечательные результаты, когда еще в мире ИИ наблюдалась «зима» 🧊

#выходные_у_бластим

Кстати, опрос основан на реальных событиях отзывах 🙃

Если вы еще далеки от принятия, то всегда можете рассчитывать на дружеское плечо от Blastim на этом пути 🤗

Давайте начнем отрицать отрицание 🤐

Почему же Linux нужен и важен:

🟢 Незаменимые навыки
Умение работать с командной строкой и на сервере позволит быть независимым от других специалистов и быстрее решать задачи
🟢 Оптимизация
Биоинформатические программы часто написаны под Linux – знание Bash поможет ускорить работу и сделать ее эффективнее
🟢 Актуальные задачи
Начните самостоятельно анализировать NGS данные. Это не так сложно, как кажется
🟢 Новые карьерные горизонты
Возможность удаленной работы, перспективы в науке и IT

А если вы уже готовы перейти на следующие этапы, то пора на супер-интенсив «Экспресс Linux для NGS»

Что будет:

🔘 Основы работы в Linux, терминале и Bash
🔘 Знакомство с сервером и настройками
🔘 Работа с текстовыми файлами и таблицами
🔘 Скачивание файлов
🔘 Использование tmux для управления сессиями
🔘 Основы текстового редактора vim
🔘 Практическое задание по анализу данных NGS

Дата: 17-18 августа
Время: с 10:00 до 15:00 (Мск)
Формат: онлайн
Стоимость: 3500 р. Успейте до повышения цен 17 июля!

Больше подробностей здесь

Пссс ⚡️ Все зарегистрированные на курс «Анализ NGS-данных» получат доступ к «Экспресс Linux для NGS» в подарок😏

Мальчик: перезагружает компьютер 15 раз, чтобы избавиться от синего экрана Windows
Мужчина: запускает Linux

😵 19 июля при загрузке компьютеров на операционной системе Windows пользователи массово наблюдали синий экран смерти (BSoD), появляющийся при системных ошибках. Причиной стало обновление сторонней программы от компании CrowdStrike, которая занимается кибербезопасностью. Сейчас обновление уже откатили. Полным ходом идут консультации пострадавших пользователей. В результате возможно крупнейшего сбоя в истории нарушилась работа авиаперевозчиков, банков, теле-, радиовещательных компаний и других организаций по всему миру. Пока еще сложно оценить масштабы недовольства клиентов и убытки компаний.

Подобные случаи, к сожалению, не единичны. За последние 10 лет произошло более десятка крупных сбоев в работе облачной платформы Microsoft Azure, длившихся по несколько часов.

Можно ли предотвратить последствия неминуемых ошибок? 🆘
Сбой не затронул пользователей macOS и Linux. Поэтому использование дублирующих операционных систем позволит компаниям подстраховаться в случае возникновения подобных ситуаций и защитить себя от последствий.

😳 А вы бы справились с острой необходимостью пообщаться с «дублером»? Предлагаем проверить навыки общения с командной строкой Linux с помощью нашего теста туть

Есть только одно средство стать культурным человеком – чтение секвенирование🤓

Лишь год назад была опубликована статья, в которой сообщалось, что секвенирование недостающих участков Y-хромосомы завершено и проект «Геном человека» можно считать выполненным.

📖Часто геном сравнивают с книгой, в которой записана вся информация о человеке. Казалось бы, полное «руководство» к жизни уже в наших руках… Но книги хороши только для тех, кто умеет их интерпретировать. Вот и после прочтения ДНК необходим правильный анализ. Так, множество полученных данных стимулировало изучение сложности генома и функций его отдельных генов.

А что с другими «книгами»?

В 2002 году группа исследователей под руководством Крейга Вентера, одного из лидеров проекта «Геном человека», опубликовала статью, описывающую разнообразие морской микробной жизни по результатам секвенирования ДНК из образцов воды. Анализ метагеномов практически сразу вышел за рамки простой таксономической идентификации. Он стал полноценной функциональной геномикой, позволив идентифицировать новые ферменты и метаболические пути – Клондайк XXI века 🪙

Изучение геномов произвело революцию во многих областях, доведя ее до таких масштабов, которые невозможно было себе представить всего 20 лет назад. Сейчас нам доступно секвенирование отдельных клеток, а лаборатории по всему миру могут похвастаться секвенаторами как обычным инструментом. Тенденции подталкивают к миру, где еще через 20 лет мы будем привычны к тому, о чем сегодня боимся мечтать.

Бутылочное горлышко современной геномики – качественный анализ невероятного количества уже полученной информации. Но вы же знаете, что так просто начать путешествие в океане данных вместе с Blastim 😏

#выходные_у_бластим

Подумаю об этом завтра сегодня 🦥

Некоторые эксперты считают, что прокрастинация — это побочный продукт эволюции: нашим далеким предкам было невыгодно заглядывать в далекое будущее, нужно было выживать здесь и сейчас. Но кто же знал, что из-за таких установок людей в 21 веке ждет страшная битва стремления к саморазвитию и желания позалипать в короткие видосики? 🤨

Хорошо, что мы давно на другой ступени эволюции и умеем побеждать коварную прокрастинацию благодаря нашей префронтальной коре. Главное — найти причину откладывания дел. Чаще всего это страх неудачи.

План борьбы:
🫥 Разбить большую задачу на маленькие
🤨 Представить самое плохое, что произойдет в случае неудачи
☹️ Обесценить страхи

Например, вы хотите сменить работу, но боитесь остаться ни с чем. Неизвестность пугает, и это нормально. Давайте снизим уровень глобальности задачи: для смены сферы нужны новые навыки. Это тоже страшно из-за вероятности сделать неправильный выбор. Не хочется проходить долгие и дорогостоящие курсы — а вдруг это не ваше? Для того, чтобы убедиться в правильности решения, попробуйте войти в новую профессию на короткий интервал времени с минимумом вложений. В таком случае, если вам не понравится, вы больше не будете тратить ресурсы и продолжите поиск в другом направлении. Да, возможно, будет грустно, что попытка не удалась, но сколько времени и сил можно сэкономить, не возводя воздушные замки.

Специально для профессионального «переобувания» создан супер-интенсив «Экспресс Linux для NGS». Здесь те, кто сомневаются в своих силах и мотивации, смогут погрузиться в будни биоинформатиков на два дня.

📆 17-18 августа, с 10:00 до 15:00 (Мск), онлайн

🔗 Больше подробностей здесь

А если захотите продолжить погружение в мир анализа данных, то мы предлагаем индивидуальные скидки (равные стоимости интенсива) на прохождение полного курса по анализу NGS 🎁

🧐 Учёные часто суют свой нос в чужие дела увлекаются «расследованиями» в разных областях знаний и достигают успехов. Так, Дерек Эбботт, профессор электротехники из Университета Аделаиды (Австралия), помог идентифицировать загадочного «человека из Сомертона».

😳 В 1948 году на пляже Сомертон нашли тело мужчины. Тайна его личности сохранялась 70 лет. В 2009 году Эбботт начал собственное расследование. Он пытался с помощью ИИ воссоздать лицо погибшего по посмертной маске, хранящейся в Музее полиции. В ходе работы с маской было найдено нечто более ценное: пучки волос, т.е. потенциальный источник генетического материала.
👨‍👩‍👧‍👦 Для поиска родственников используют информацию об однонуклеотидных полиморфизмах (SNP) в геноме. Это вариации в одной паре нуклеотидов ДНК, которые встречаются с определённой частотой в популяции. Совпадения по набору SNP между пользователями позволяют определить родственников. Для анализа нужно от 500 тысяч до 2 миллионов SNP. Однако, при исследовании волос погибшего генетики получили ДНК низкого качества и только 50 000 SNP.
⚡️ Но хорошо, что Эбботт не биолог. Он предложил попытаться выделить ДНК из стержня волос, вопреки стандартным методам криминалистики, где используются только корни. В определении личности полагаются на короткие тандемные повторы (STR) в геноме и длина изучаемой ДНК должна быть большой. Стержень же содержит очень фрагментированную ДНК – это неподходящий материал для получения образцов ДНК нужного качества. Но Эбботт решил, что для анализа SNP подойдет и раздробленная ДНК.
🥳 В итоге Эбботт и коллеги действительно получили образцы ДНК из стержня, детектировали 2 миллиона SNP и построили генеалогическое дерево. Так, личность «человека из Сомертона» была установлена. Вскоре исследователи вышли на живых родственников покойного, проанализировали их ДНК и подтвердили свои результаты.

🤔 Но в этой истории остается еще много интригующего: шпионы, шифры, Хайям, яд... Кто знает, может эти загадки тоже ждут человека, который поменяет правила игры.

#выходные_у_бластим

Свежая подборка вакансий за рубежом ⚡️

💻 Computer Vision – Бельгия
Присоединяйтесь к VIB-KU Leuven Center for Cancer Biology в качестве вычислительного биолога, специализирующегося на анализе изображений и компьютерном зрении. Внесите вклад в исследование рака, развивая передовые методы обработки изображений.

😎 PhD в Молекулярной Микробиологии – Швейцария
The Boeck Lab из University of Basel, ищет PhD студента для изучения легочных инфекций с использованием CRISPR технологий. Идеально подходит для тех, кто имеет опыт в молекулярной биологии и микробиологии.

💻 Научный Сотрудник – Швеция
Umeå Plant Science Centre ищет научного сотрудника для поддержки Metabolomics Platform SciLifeLab. Работайте с продвинутыми методами масс-спектрометрии и разрабатывайте биоинформатические инструменты для анализа данных метаболомики.

📊 Биоинформатик – Великобритания
Immunocore предлагает вакансию биоинформатика в проекте разработки алгоритмов и инструментов анализа биологических данных для борьбы с онкологиями, инфекционными и аутоиммунными заболеваниями.

🤘 Постдок – США
Fischer Lab из Dana-Farber Cancer Institute ищет научного сотрудника для изучения убиквитиновых систем с использованием методов биохимии и структурной биологии.

👩‍💻 Постдоки и PhD студенты – Финляндия
The University of Jyväskylä приглашает присоединиться к проекту DYNANOINT. Группа исследует физические и химические свойства различных наносистем, используя вычислительные методы, основанные на теории функционала плотности, динамических симуляциях и искусственном интеллекте.

👉 Больше вакансий всегда на сайте blastim.ru

#бластим_вакансии

🧬 Метагеномика… Нет, это не приложение от создателей фейсбука. А большое направление в биоинформатике, которое выясняет как устроены те или иные сообщества организмов.

Как функционирует современная метагеномика в эпоху NGS читайте в нашем материале.

1/3

👉 Технологии секвенирования долго применялись для установления последовательности ДНК клеток только одного вида (то есть «чистых культур»), а вот при попытке секвенировать материал из природных образцов возникало немало проблем.

Собственно метагеномика стартовала с секвенирования отдельных ампликонов. И здесь, безусловно, самый известный маркер для прокариот — ген 16s rRNA. По его последовательностям можно оценить разнообразие организмов сообщества. Благодаря этому методу в 1977 году ученые открыли новый домен жизни — Архей.

🌡 Но особенно преобразилась метагеномика с началом эры NGS. А именно стало распространяться полногеномное секвенирование и, соотвественно, Shotgun метагеномика. Она позволила определять таксономию и давать количественную оценку организмов вплоть до вида. Но главное ее отличие заключалось в том, что благодаря упорядочиванию множества различных частей генома каждого организма стало возможно выяснять еще и их функции в сообществе.