Последние несколько дней мы функционируем в режиме сразу двух Джонов Сноу - того, который ничего не знает, и того, который изучал связь холеры с водопроводом и канализацией.

Ситуация с омикроном в США выглядит мистически - новый вариант повсеместно выявляется в сточных водах при отсутствии лабораторно подтвержденных случаев.

Хьюстон (Техас) сообщил об обнаружении омикрона в образцах с 8 из 39 очистных станций города от 29-30 ноября. В Калифорнии самая ранняя омикрон-положительная проба стоков датируется 25 ноября. В первых числах декабря новый вариант выявили в сточных водах Боулдера (Колорадо), в последнюю неделю он обнаруживался в стоках по всему штату Флорида, а пару часов назад округ Оранж (Орландо, Диснейворлд) отчитался о преобладании омикрона в сточных водах - при этом в округе лабораторно не подтверждено ни одного случая омикрон-ковида.

По данным бостонской компании Biobot Analytics, которая собирает и анализирует пробы из ряда штатов, концентрация SARS-CoV2 в стоках сейчас растет так, как никогда прежде - и начало этого взрывного роста отчетливо заметно в конце октября.

Резкий рост концентрации SARS-CoV2 в сточных водах был замечен и в Гаутенге - в Тшване он стартовал в последнюю неделю октября, примерно за 20 дней до того, как в округе начало расти число госпитализаций.

Откуда и как давно омикрон распространяется по миру не особо понятно, но он очевидно пролетал под радарами европейцев и американцев не одну неделю, возможно, не один месяц. Похоже, омикрон-волна уже некоторое время успешно развивается параллельно дельта-волне.

Как вы могли заметить, канал поставил на паузу новости по омикрону. В рождественский сезон тошно писать о том, как "живая вакцина" укладывает в больницы детей (теперь уже не только в ЮАР, но и в Дании, Великобритании, США), и о том, чем чреват режим mass infection, который врубили западные страны (а в России другого никогда и не было).

Впрочем, все главное о новом варианте мы уже рассказали, ковидная статистика рождественских недель сумбурна, и анализировать её пока не следует, а наши мрачные оценки и прогнозы еще немного подождут, никуда не денутся.

Пандемии официально два года. 27 декабря 2019 пульмонолог Чжан Цзисянь, заведующая отделением респираторной медицины одного из госпиталей Уханя, сообщила органам местного здравоохранения о вспышке нового коронавируса. За два года мир погрузился в худший кризис со времен Второй мировой - глупость, трусость, корыстолюбие и цинизм раскручивают спираль трагедии, и это возможно благодаря тому, что большинство жителей планеты до сих пор не готовы принять сам факт этой трагедии.

Те же два года - примерно с момента, как в Китае начал распространяться SARS-CoV2 - авторы канала ждали новый фильм Адама Маккея Don't Look Up. Формально это кино о сближении кометы с Землей, фигурально оно должно было быть о глобальном потеплении, а на самом деле оно оказалось о пандемии ковида - точнее о том, какие силы и какие фигуры какого рода действиями и мотивами загоняют мир все глубже в жопу.

В отличие от предыдущих фильмов Маккея The Big Short и Vice и будущего кино про Элизабет Холмс и ее Theranos, Don't Look Up не основан на реальных событиях, поэтому для работы над сценарием был приглашен Дейвид Сирота - политический консультант, фандрейзер, руководитель нескольких избирательных кампаний, в том числе старший советник и спичрайтер Берни Сандерса на выборах 2020 года. Получившиеся образы оказались так красноречивы, что мы решили использовать их для подведения ковидных итогов - после Нового года ждите лонгрид о комете, президентах, корпорациях, нобелевских лауреатах и всех-всех-всех, в котором мы разъебем тех, кого недоразъебали в 2021.

Look up
Get your head out of your ass
Listen to the goddamn qualified scientists

Поздравляем с праздниками.
Спасибо, что остаетесь с нами.

Как мы и ожидали, статистику ноября Росстат опубликовал в 7 вечера 30 декабря, когда мало кому есть до нее дело, и как мы и ожидали, она ужасна: 87 527 ковид-ассоциированных смертей, из них в 80 126 случаях ковид стал основной причиной смерти. 75 544 - уточненная ковид-ассоциированная смертность октября.

Между тем, в Москве растут очереди за «живой вакциной» из жителей регионов страны

Импортозамещение в российской фармацевтической промышленности привело к росту доходов бенефициаров бизнеса и заодно - к росту смертности населения.

Хотя тренд более, чем очевиден, достоверно посчитать и оценить детали невозможно в силу российских особенностей сбора данных (в этой статье - патологоанатомических). Особенности состоят в том, что вместо разумного реагирования на тенденции заболеваемости и смертности, номенклатура предпочитает заказывать рядовым исполнителям предпочитаемые для них данные: сколько людей чем болеют и от чего умирают. А потом, уже на камеру, реагировать на информацию, которую они сами же и заказали. Получается иллюзия полной управляемости процессом, который на самом деле протекает по своим законам.

Как ещё недавно выставляли ковид, все видели: диагноз легко менялся в зависимости от указаний партии, это породило многочисленные шутки и утвердило антиваксеров во мнении, что история с короной - выгодный кому-то цирк.

@paragnomen

Этим рождественским утром мы снова с вами, и для начала у нас есть новости штаммобесия и экстремального зимнего вождения.

Ритмический занос - запаздывающая реакция водителя на возникающие заносы, когда резонанс увеличивает амплитуду каждого последующего заноса и в итоге приводит потерявший управление автомобиль на обочину или на встречку.

Похоже, научное сообщество вошло именно в это состояние. Сначала ученые проебали опасный омикрон и слишком круто от него отвернули. Потом слишком поздно заметили на обочине толпу культистов живой вакцины, адвокатов снижающейся вирулентности, свидетелей близкого окончания пандемии и прочего народа, по брови загруженного hopiumом (украли словечко у Кристины Пейгл) - и снова слишком резко крутанули руль.

В результате уже почти месяц ученых, которые традиционно не особо сильны в экстремальном вождении, мотает от мрачного алармизма к беспочвенному оптимизму. Вот бы всем им остановиться и успокоиться - но нет.

Том Пикок, вирусолог Института инфекционных болезней Империал Колледжа и один из главных по тарелочкам в Панго Тим, имел несчастье в последних числах ноября обнаружить в недрах гисейда того самого гипермутанта, который позже получил название омикрон, и с ходу назвать его очень опасным. Этим он выставил себя паникером в глазах той части прогрессивного человечества, которая спустя миллионы ранних смертей ковидных реконвалесцентов и миллионы случаев лонгковида и постковида все еще не готова считать какой-либо новый вариант опасным раньше, чем горы трупов и дым от погребальных костров становится видно из космоса.

Британцу стыдно быть паникером в глазах кого угодно. Неудивительно, что при первой же возможности Том реабилитировался и разнес в пух и прах коллег, встревоженных вариантом B.1.640.2.

Пикок сообщил читателям ковидного сегмента твиттера, что B.1.640.2 предшествует омикрону, но дал миру за это время только 20 сиквенсов против >120к у омикрона, что вариант французов имеет "всего" 6 мутаций в RBD в отличие от аж 15 у найденного Пикоком омикрон-зверя, и еще разное жизнеутверждающее по мелочи.

В комментарии были выгружены рекордные объемы ад хоминема в адрес Дидье Раульта (автор легенды о гидроксихлорохине и директор Institut Hospitalo Universitaire Méditerranée Infection, где обнаружили B.1.640.2), негатива в адрес издания Thailand Medical News, которое публикует о ковиде много толковых новостей с кликбейтными заголовками, и разного ковид-диссидентского дерьма.

Том Пикок больше не выглядит паникером - но теперь он выглядит весьма поверхностным экспертом, поскольку вариант B.1.640.2. в высшей степени заслуживает внимания. Судите сами⬇️

В такой ситуации не зазорно, а совершенно правильно тревожиться и пытаться установить/исключить связь между происходящим на юге Франции и вновь обнаруженным вариантом, community spread которого описан в препринте.

Первый случай B.1.640.2 в Форкалькье (городок в Альпах, 5000 человек, 100 км от Марселя и 100 - от Авиньона) был обнаружен с помощью qPCR во второй половине ноября у полностью вакцинированного пациента, который вернулся из Камеруна за 3 дня до сдачи теста и почувствовал первые симптомы ковида накануне теста - этого пациента авторы исследования условно считают индексным случаем.

Этот и еще 7 образцов от ков+ пациентов из Форкалькье с аналогичным профилем мутаций на qPCR, в том числе от 5 детей младше 15 лет, были переданы в IHU - во всех был обнаружен новый вариант.

В период с середины по конец ноября B.1.640.2 был подтвержден секвенированием у 12 ков+ пациентов из Форкалькье - в 10 случаях из 12 Ct было ниже 24 (это высокая вирусная нагрузка и заразные пациенты, подробнее, например, здесь), в 5 случаях из 12 - 15/16 (а это очень высокая вирусная нагрузка). На начало декабря еще 9 случаев нового варианта были подтверждены ПЦР-генотипированием.

Institut Hospitalo Universitaire Méditerranée Infection выполняет секвенирование изолятов по запросу местной системы здравоохранения (рутина, никак не связанная с персоной, амбициями и репутацией Дидье Раульта), за время пандемии специалисты института выявили 15 вариантов, включая Марсель-4 предположительно с норочьей фермы. Вариант из Форкалькье выделили в новую ветвь B.1.640.2:

Мутации в спайке- P9L, E96Q, Δ136–144, R190S, D215H, R346S, N394S, Y449N, E484K, F490S, N501Y, D614G, P681H, T859N, D1139H
Мутации вне спайка - NSP2 - P129L; NSP4 - D459N; NSP6 - Δ106–108, T181I; NSP12 - P323L; NSP13 - V371A; NSP14 - P46S, V437F; ORF3a - T32I, Q57H; M - I82S; ORF8 - Q27*STOP; N - D22Y, T205I

Для сравнения, B.1.640.1 (бывшая B.1.640):

Мутации в спайке - P9L, E96Q, Δ136–144, R190S*, I210T, R346S, N394S, Y449N, F490R, N501Y, D614G, P681H, T859N, D936H
Мутации вне спайка - NSP2 - P129L, E272G; NSP3 - L1301F, A1537S; NSP4 - S386F, R401H, T492I; NSP6 - V149A; NSP12 - P323L; T32I, Q57H; M - I82T; ORF8 - Q27*STOP; N- D22Y, T205I, E378Q; S2m deletion

B.1.640.1 и B.1.640.2 имеют сходный спайк, а вот в остальном их мутационные профили существенно отличаются (уже одно это заслуживает внимания).

Еще важнее, что новая клада - не локальный кластер (как, например, в случае самого опасного из известных нам вариантов, B.1.616 с летальностью 44% и 85% ложноотрицательных ПЦР, который не вышел за пределы Ланьона). Ученые IHU в процессе подготовки препринта в начале декабря нашли в гисейде еще три генома этого варианта:

Она [новая клада] включает существующие геномы [12] и три других генома, составляющих сестринскую группу, включая ген, извлеченный в конце октября 2021 года во Франции, Иль-де-Франс (EPI_ISL_5926666), и два дополнительных генома, полученных из образцов, собранных в конце ноября в Англии (EPI_ISL_7181977) и Уэльсе (EPI_ISL_7402094).

Том Пикок нашел уже 20 сиквенсов, а вот специалисты UZ Leuven & KU Leuven - целых 22 генома нового варианта:

🔸самый ранний из загруженных кластер из Парижского региона (25 октября, 2 сиквенса) плюс еще 1 сиквенс оттуда же от середины ноября
🔸13 сиквенсов из региона Прованс-Альпы-Лазурный берег
🔸2 сиквенса от конца ноября из Англии, 1 из Уэльса
🔸1 из Германии (Северный Рейн-Вестфалия, 24 ноября)
🔸2 из Техаса (19 ноября)

🔸Плюс к этим 22 сообщили о 3 случаях B.1.640.2 в Бельгии - в частности, в одном из случаев пациентка привезла вариант из пока не уточненной страны красного списка.

🔸Итого 25, но 3 января Марсель загрузил еще два сиквенса, это декабрьские пациенты (отметим, что западные страны на месяц превратились в Россию и от взятия образца до загрузки сиквенса в базу проходят в лучшем случае несколько недель).

🔸Наконец, сегодня Фло Дебарр выложила самостоятельно обработанные данные ПЦР-генотипирования по региону Прованс-Альпы-Лазурный берег⬇️

⬆️

Данные ПЦР-генотипирования по региону Прованс-Альпы-Лазурный берег от Фло Дебарр: доля случаев B.1.640.2 (отличается от дельты отсутствием L452R, а от омикрона наличием E484К) буквально за 10 дней с 14 до 24 декабря выросла с 0% до 5%.
Если верить данным недели после Рождества, сейчас омикрон придавил IHU, но это не отменяет одинаковых темпов роста доли омикрона в первую декаду декабря и доли IHU во вторую декаду. Ничего себе dud, Том.

⬇️

Начало⬆️

Согласно расчетам специалистов IHU, новая клада отделилась от B.1.640 в районе января 2021 - а значит, вариант IHU вовсе не предшествовал омикрону, как написал Пикок, считающий за "возникновение" загрузку сиквенса в гисейд - оми отпочковался почти на год раньше, весной 2020 года.

Еще два месяца назад многие вирусологи считали гипермутантов типа омикрона или B.1.640.2 гипотетической угрозой, неконкурентоспособными вариантами, обреченными на быстрое угасание. Но вот у нас уже два черта из табакерки - два гипермутированных вируса с иммунным ускользанием, сидящих на длинных ветвях филогенетического дерева, которые очень много месяцев прятались в шкафу.

Как и омикрон, IHU вызывает симптомный ковид у детей. Как и омикрон, IHU прибывает в Европу в полностью вакцинированных хозяевах. Где-то в Африке, где есть и Камерун, и соседняя с ним Нигерия, и много других прекрасных стран, но нет мониторинга ситуации с ковидом, идет под радарами распространение B.1.640.2 - как шло (возможно, все еще идет) оно и в регионе Прованс-Альпы-Лазурный берег.

Вызвана ли ситуация на юге Франции новым вариантом? Нет, там, по всей видимости бушует дельта.

Означает ли это, что B.1.640.2 не вызывает опасений? Конечно, вызывает - у него есть иммунное ускользание, он способен к быстрому распространению в популяции и требует самого пристального внимания.

Бесконтрольно распространяющийся омикрон (о текущей ситуации в разных странах вчера много писал @dragan_covid) будет вытеснять и до поры подавлять другие варианты, но эволюцию вируса это не только не отменяет - такое колоссальное число случаев её подстегивает. И в этих изменившихся реалиях особенно опасна ситуация, когда научное сообщество бьется в ритмическом заносе, пытаясь делать свою работу (изучать негативные сценарии и защищать человечество от рисков), но в то же время не выглядеть паникерами, не выглядеть алармистами, быть одобряемыми и популярными. Такой занос часто заканчивается отбойником или кюветом.

Мы вчера написали, что B.1.640.1 и B.1.640.2 имеют сходный спайк, а вот в остальном их мутационные профили существенно отличаются, и уже одно это заслуживает внимания - и знаете почему? Потому что мы уже год ожидаем, когда ковид откроет личико целиком и покажет красивого жизнеспособного рекомбинанта (подробнее здесь и здесь).

И мы не одиноки в этом ожидании - в середине декабря доктор Пол Бертон, до июля прошлого года вице-президент Janssen, а теперь Chief Medical Officer Модерны, выступая перед Комитетом по науке и технологиям нижней палаты британского парламента, рассказал, что уже в ближайшие недели можно ожидать рекомбинации омикрона и дельты и появления нового варианта:

Конечно, есть данные, ранее в ходе пандемии были опубликованы некоторые работы из Южной Африки [и не только из ЮАР, например. вот свежая декабрьская публикация о рекомбинации гаммы и дельты из Рио], о том, что люди — и, конечно, люди с ослабленным иммунитетом — могут быть носителями обоих вирусов. Сейчас это было бы возможно, особенно учитывая давление, количество случаев инфекции, которое мы наблюдаем.

В обсуждении выступления Бертона поклонники аниме тут же окрестили новый гипотетический вариант дельтакроном, так что кипрским ученым, которые впервые встретились с рекомбинантом в реальности, не пришлось ничего выдумывать⬇️

Кипрские вперед

25 из 1377 (почти 2%) секвенированных в декабре геномов - это, конечно, большой успех и для дельтакрона, и для профессора Кострикиса, директора Лаборатории биотехнологии и молекулярной вирусологии Университета Кипра.

По его словам, кипрский дельтакрон - это основа от дельты плюс 10 мутаций, специфичных для омикрона. Он распространяется в популяции, и его частота в образцах госпитализированных выше, чем в образцах от пациентов с легким течением:

Из 25 пациентов, у которых была обнаружена новая мутация, 11 были госпитализированы, а 14 человек относятся к общей популяции. Частота новой мутации была выше у стационарных пациентов, чем у амбулаторных. Можно сказать, что связь дельтакрона с течением, требующим госпитализации, не является случайной.

Кострикис сообщил, что согласно его собственному анализу, новый вариант может вытеснить омикрон. Препринт ожидается на следующей неделе.