В такой ситуации не зазорно, а совершенно правильно тревожиться и пытаться установить/исключить связь между происходящим на юге Франции и вновь обнаруженным вариантом, community spread которого описан в препринте.

Первый случай B.1.640.2 в Форкалькье (городок в Альпах, 5000 человек, 100 км от Марселя и 100 - от Авиньона) был обнаружен с помощью qPCR во второй половине ноября у полностью вакцинированного пациента, который вернулся из Камеруна за 3 дня до сдачи теста и почувствовал первые симптомы ковида накануне теста - этого пациента авторы исследования условно считают индексным случаем.

Этот и еще 7 образцов от ков+ пациентов из Форкалькье с аналогичным профилем мутаций на qPCR, в том числе от 5 детей младше 15 лет, были переданы в IHU - во всех был обнаружен новый вариант.

В период с середины по конец ноября B.1.640.2 был подтвержден секвенированием у 12 ков+ пациентов из Форкалькье - в 10 случаях из 12 Ct было ниже 24 (это высокая вирусная нагрузка и заразные пациенты, подробнее, например, здесь), в 5 случаях из 12 - 15/16 (а это очень высокая вирусная нагрузка). На начало декабря еще 9 случаев нового варианта были подтверждены ПЦР-генотипированием.

Institut Hospitalo Universitaire Méditerranée Infection выполняет секвенирование изолятов по запросу местной системы здравоохранения (рутина, никак не связанная с персоной, амбициями и репутацией Дидье Раульта), за время пандемии специалисты института выявили 15 вариантов, включая Марсель-4 предположительно с норочьей фермы. Вариант из Форкалькье выделили в новую ветвь B.1.640.2:

Мутации в спайке- P9L, E96Q, Δ136–144, R190S, D215H, R346S, N394S, Y449N, E484K, F490S, N501Y, D614G, P681H, T859N, D1139H
Мутации вне спайка - NSP2 - P129L; NSP4 - D459N; NSP6 - Δ106–108, T181I; NSP12 - P323L; NSP13 - V371A; NSP14 - P46S, V437F; ORF3a - T32I, Q57H; M - I82S; ORF8 - Q27*STOP; N - D22Y, T205I

Для сравнения, B.1.640.1 (бывшая B.1.640):

Мутации в спайке - P9L, E96Q, Δ136–144, R190S*, I210T, R346S, N394S, Y449N, F490R, N501Y, D614G, P681H, T859N, D936H
Мутации вне спайка - NSP2 - P129L, E272G; NSP3 - L1301F, A1537S; NSP4 - S386F, R401H, T492I; NSP6 - V149A; NSP12 - P323L; T32I, Q57H; M - I82T; ORF8 - Q27*STOP; N- D22Y, T205I, E378Q; S2m deletion

B.1.640.1 и B.1.640.2 имеют сходный спайк, а вот в остальном их мутационные профили существенно отличаются (уже одно это заслуживает внимания).

Еще важнее, что новая клада - не локальный кластер (как, например, в случае самого опасного из известных нам вариантов, B.1.616 с летальностью 44% и 85% ложноотрицательных ПЦР, который не вышел за пределы Ланьона). Ученые IHU в процессе подготовки препринта в начале декабря нашли в гисейде еще три генома этого варианта:

Она [новая клада] включает существующие геномы [12] и три других генома, составляющих сестринскую группу, включая ген, извлеченный в конце октября 2021 года во Франции, Иль-де-Франс (EPI_ISL_5926666), и два дополнительных генома, полученных из образцов, собранных в конце ноября в Англии (EPI_ISL_7181977) и Уэльсе (EPI_ISL_7402094).

Том Пикок нашел уже 20 сиквенсов, а вот специалисты UZ Leuven & KU Leuven - целых 22 генома нового варианта:

🔸самый ранний из загруженных кластер из Парижского региона (25 октября, 2 сиквенса) плюс еще 1 сиквенс оттуда же от середины ноября
🔸13 сиквенсов из региона Прованс-Альпы-Лазурный берег
🔸2 сиквенса от конца ноября из Англии, 1 из Уэльса
🔸1 из Германии (Северный Рейн-Вестфалия, 24 ноября)
🔸2 из Техаса (19 ноября)

🔸Плюс к этим 22 сообщили о 3 случаях B.1.640.2 в Бельгии - в частности, в одном из случаев пациентка привезла вариант из пока не уточненной страны красного списка.

🔸Итого 25, но 3 января Марсель загрузил еще два сиквенса, это декабрьские пациенты (отметим, что западные страны на месяц превратились в Россию и от взятия образца до загрузки сиквенса в базу проходят в лучшем случае несколько недель).

🔸Наконец, сегодня Фло Дебарр выложила самостоятельно обработанные данные ПЦР-генотипирования по региону Прованс-Альпы-Лазурный берег⬇️

⬆️

Данные ПЦР-генотипирования по региону Прованс-Альпы-Лазурный берег от Фло Дебарр: доля случаев B.1.640.2 (отличается от дельты отсутствием L452R, а от омикрона наличием E484К) буквально за 10 дней с 14 до 24 декабря выросла с 0% до 5%.
Если верить данным недели после Рождества, сейчас омикрон придавил IHU, но это не отменяет одинаковых темпов роста доли омикрона в первую декаду декабря и доли IHU во вторую декаду. Ничего себе dud, Том.

⬇️

Начало⬆️

Согласно расчетам специалистов IHU, новая клада отделилась от B.1.640 в районе января 2021 - а значит, вариант IHU вовсе не предшествовал омикрону, как написал Пикок, считающий за "возникновение" загрузку сиквенса в гисейд - оми отпочковался почти на год раньше, весной 2020 года.

Еще два месяца назад многие вирусологи считали гипермутантов типа омикрона или B.1.640.2 гипотетической угрозой, неконкурентоспособными вариантами, обреченными на быстрое угасание. Но вот у нас уже два черта из табакерки - два гипермутированных вируса с иммунным ускользанием, сидящих на длинных ветвях филогенетического дерева, которые очень много месяцев прятались в шкафу.

Как и омикрон, IHU вызывает симптомный ковид у детей. Как и омикрон, IHU прибывает в Европу в полностью вакцинированных хозяевах. Где-то в Африке, где есть и Камерун, и соседняя с ним Нигерия, и много других прекрасных стран, но нет мониторинга ситуации с ковидом, идет под радарами распространение B.1.640.2 - как шло (возможно, все еще идет) оно и в регионе Прованс-Альпы-Лазурный берег.

Вызвана ли ситуация на юге Франции новым вариантом? Нет, там, по всей видимости бушует дельта.

Означает ли это, что B.1.640.2 не вызывает опасений? Конечно, вызывает - у него есть иммунное ускользание, он способен к быстрому распространению в популяции и требует самого пристального внимания.

Бесконтрольно распространяющийся омикрон (о текущей ситуации в разных странах вчера много писал @dragan_covid) будет вытеснять и до поры подавлять другие варианты, но эволюцию вируса это не только не отменяет - такое колоссальное число случаев её подстегивает. И в этих изменившихся реалиях особенно опасна ситуация, когда научное сообщество бьется в ритмическом заносе, пытаясь делать свою работу (изучать негативные сценарии и защищать человечество от рисков), но в то же время не выглядеть паникерами, не выглядеть алармистами, быть одобряемыми и популярными. Такой занос часто заканчивается отбойником или кюветом.

Мы вчера написали, что B.1.640.1 и B.1.640.2 имеют сходный спайк, а вот в остальном их мутационные профили существенно отличаются, и уже одно это заслуживает внимания - и знаете почему? Потому что мы уже год ожидаем, когда ковид откроет личико целиком и покажет красивого жизнеспособного рекомбинанта (подробнее здесь и здесь).

И мы не одиноки в этом ожидании - в середине декабря доктор Пол Бертон, до июля прошлого года вице-президент Janssen, а теперь Chief Medical Officer Модерны, выступая перед Комитетом по науке и технологиям нижней палаты британского парламента, рассказал, что уже в ближайшие недели можно ожидать рекомбинации омикрона и дельты и появления нового варианта:

Конечно, есть данные, ранее в ходе пандемии были опубликованы некоторые работы из Южной Африки [и не только из ЮАР, например. вот свежая декабрьская публикация о рекомбинации гаммы и дельты из Рио], о том, что люди — и, конечно, люди с ослабленным иммунитетом — могут быть носителями обоих вирусов. Сейчас это было бы возможно, особенно учитывая давление, количество случаев инфекции, которое мы наблюдаем.

В обсуждении выступления Бертона поклонники аниме тут же окрестили новый гипотетический вариант дельтакроном, так что кипрским ученым, которые впервые встретились с рекомбинантом в реальности, не пришлось ничего выдумывать⬇️

Кипрские вперед

25 из 1377 (почти 2%) секвенированных в декабре геномов - это, конечно, большой успех и для дельтакрона, и для профессора Кострикиса, директора Лаборатории биотехнологии и молекулярной вирусологии Университета Кипра.

По его словам, кипрский дельтакрон - это основа от дельты плюс 10 мутаций, специфичных для омикрона. Он распространяется в популяции, и его частота в образцах госпитализированных выше, чем в образцах от пациентов с легким течением:

Из 25 пациентов, у которых была обнаружена новая мутация, 11 были госпитализированы, а 14 человек относятся к общей популяции. Частота новой мутации была выше у стационарных пациентов, чем у амбулаторных. Можно сказать, что связь дельтакрона с течением, требующим госпитализации, не является случайной.

Кострикис сообщил, что согласно его собственному анализу, новый вариант может вытеснить омикрон. Препринт ожидается на следующей неделе.

А вот Северинов говорит, что дельтакроны это вранье и перемешанные вирусы - все 25 геномов. Видите, как сильно ученые хотят вам нравиться, и к чему это приводит?

Кстати, Кострикис сказал, что все 25 вральных геномов уже депонированы в гисейд.

Если ты живешь в Токио и тебя отправили на карантин по ковиду, то мэрия присылает тебе домой продуктовый набор. Бесплатно. По три коробки в расчете на 1 человека.

В некоторых странах пандемия пошла на пользу личному состоянию граждан. Личные сбережения японцев благодаря пандемии выросли до рекордной суммы в 1992 трлн иен. Почти два квадриллиона иен это примерно 18 трлн долларов. То есть 140 с лишним тысяч долларов на одного человека.

Сбережения выросли на 6,3% по сравнению с прошлым годом. В первую очередь это связано с тем, что в условиях ограничений люди меньше ходили по магазинам, ресторанам и, соответственно, тратили меньше денег. Еще один немаловажный фактор — рост активов, которые люди имеют в акциях, выросли на 30% благодаря росту биржевых котировок.

Бедными в Японии считаются люди, получающие меньше 3 тысяч долларов в месяц.

В Москве и Московской области не ведут статистику смертности среди привитых

«Официальная статистика по смертности среди вакцинированных против новой коронавирусной инфекции не ведется в связи с отсутствием соответствующих учетных форм и требований по ведению такой статистики», — заявили «Красной весне» в Минздраве Московской области.

В Управлении Федеральной службы государственной статистики по городу Москве и Московской области изданию также сообщили, что не получают данных по количеству умерших от коронавируса привитых граждан, «так как это не предусмотрено Федеральным планом статистических работ, утвержденным правительством РФ от 06.05.2008 № 681-р (с изменениями)».

В Роспотребнадзоре по Москве и вовсе не стали предоставлять информацию.

С большим удовольствием репостим нормальность из официального канала Спутника. А можно ли как-нибудь Логунова сделать доступным не только первым лицам государства, а всему населению, у которого уже скулы сводит от сладкоречивых академиков на основе пальмового масла? Где подписать петицию, куда задонатить?

Отдельно отметим, что Логунов прямым текстом говорит Путину о том, что "главная информация" по Спутнику и Спутнику Лайт получена в Аргентине и Сан-Марино, плюс озвучивает данные когортного исследования на военном контингенте, проведенного в дельта-волну в Москве и Московской области. РФПИ в полной мере заслуживает благодарности за то, что у нас есть независимые данные из других стран по Спутнику и Спутнику Лайт - но получат ли и российские регуляторы то, чего они заслуживают за отсутствие в публичном доступе отечественных данных по безопасности и эффективности вакцин? Или никакой связи между этим отсутствием и недоверием населения к вакцинам не прослеживается?

Есть такое национальное развлечение: на основе симптомов пытаться определить, ковид ли это, и если ковид — то что за вариант. Так прошлой зимой светобоязнь и боли в пояснице считались характерными признаками варианта альфа, летом в расстройствах ЖКТ все массово усматривали дельту, а сейчас каждая простуда с соплями, головной болью и потерей аппетита будет считаться, конечно же, омикроном. Легенд много, СМИ пересказывают одно и то же, а надёжных данных по-прежнему нет.

Что на самом деле известно про симптомы омикрона, есть ли среди них специфичные, чем омикрон отличается от дельты, правда ли протекает как обычная простуда и пропадает ли при нём обоняние — разобрал в этом тексте.

К отличному разбору Александра Драгана добавим следующие два соображения:

1️⃣Почти все взрослые британцы и более 95% взрослых американцев к сегодняшнему дню переболели ковидом или/и вакцинировались, поэтому наиболее распространенные симптомы по ZOE (насморк, головная боль, слабость, чихание, боль и першение в горле) - это симптоматика повторного или прорывного ковида, которая начала доминировать в данных ZOE еще с дельты. Вот что еще в июне 2021 сообщал по этому поводу Тим Спектор из лондонского Кингс Колледж:

С начала мая мы следим за топом симптомов, и они уже не те, что были раньше. Номер один – это головная боль, за которой следуют боль в горле, насморк и лихорадка. Все это не старые классические симптомы, номер пять — кашель, поэтому он встречается реже, и мы даже не видим, чтобы потеря обоняния входила в первую десятку.

Как мы уже писали, пока не установлено обратное, "мягкость" омикрона следует связывать с тем, что доля иммунологически наивных взрослых в странах, из которых поступают данные, крайне мала. Скорее всего, мы видим не столько мягкость нового варианта, сколько работу человеческой иммунной системы.

2️⃣Субъективные симптомы, указанные пациентами при опросе, это реальность+ипохондрия+информационное поле: некоторая часть пациентов будет ощущать те или иные симптомы при их объективном отсутствии только потому, что они слышали или читали о них. Ниже мы продублируем наш старый, но не потерявший актуальности пост о желательных и нежелательных явлениях о том, как сильны когнитивные искажения в оценке пациентами своего состояния.

6️⃣Важный пост о желательных и нежелательных явлениях

Разбавим нудноту, интересную только специалистам и тем въедливым персонажам, кто выбирает вакцину как корову (среди авторов канала тоже такие есть).

Мы знаем, что в России есть много людей, в том числе медицинских работников, которые не понимают, зачем нужна доказательная медицина с ее долгими и дорогими плацебо-контролируемыми исследованиями. А вот же скрин из раздела "системные нежелательные явления, зафиксированные путем опроса участников в течение 7 дней после процедуры" - он показывает, зачем.

Среди всех участников 3 фазы вакцины Ad26 от Janssen была выделена Safety Subset из 6736 человек: 3356 в группе вакцины, 3380 в контроле. Нижний ряд на картинке - группа плацебо, получившая инъекцию физраствора (мы специально проверили, это точно был физраствор, а не какая-то другая вакцина как, к примеру, у Астразенеки/Оксфорда).

Как видите, примерно 20% этой плацебо-группы при опросе сообщили организаторам, что чувствуют усталость и/или головную боль после инъекции, около 10% ощущали мышечные боли и/или тошноту. Некоторые (светло-зеленые) даже оценивали эти симптомы не на 1, а на 2 по шкале тяжести от 1 до 4. При этом там, где речь шла об объективных НЯ (повышенная температура тела), почти у всей группы плацебо всё было в порядке - но даже тут 1 или 2% группы (несколько десятков человек) зафиксировали у себя повышение температуры - от похода на вакцинацию и инъекции 0,5 мл физраствора в мышцу.

Оцените частоту побочек от вакцины только по верхнему ряду, что вы видите? Вакцину с массой побочек. Обратите отдельное внимание на тошноту у пожилых.
Теперь оцените её же, но отминусуйте от зеленых столбиков верхнего ряда соответствующие зеленые столбики эффекта плацебо в нижнем ряду, что вы видите? Вакцину с минимумом побочек. И пожилых снова тошнит примерно с той же частотой. Не потому что они обманщики - потому что мы сложные, высокоорганизованные организмы, и да, наш мозг умеет в такие вот фокусы.

Мы настоятельно рекомендуем всем, кто сомневается в докмеде, сохранить себе этот пост и периодически его перечитывать - потому что это и есть тот самый знаменитый эффект плацебо, который вносит искажения (иногда очень мощные) в представления исследователей о реальности всегда, когда нет контрольной группы.

А те, кто от докмеда далек - просто вспомните этот пост, когда читаете чьи-то сообщения об очень неприятных и даже мучительных побочках от вакцинации и эмоциональные отзывы формата "вакцинация хуже самого ковида". И делайте поправку на эффект плацебо, который документально зафиксирован в недрах 118-страничного отчета Janssen о вакцине Ad26.COV2.S - ближайшем родственнике отечественного Спутника V.