25 из 1377 (почти 2%) секвенированных в декабре геномов - это, конечно, большой успех и для дельтакрона, и для профессора Кострикиса, директора Лаборатории биотехнологии и молекулярной вирусологии Университета Кипра.

По его словам, кипрский дельтакрон - это основа от дельты плюс 10 мутаций, специфичных для омикрона. Он распространяется в популяции, и его частота в образцах госпитализированных выше, чем в образцах от пациентов с легким течением:

Из 25 пациентов, у которых была обнаружена новая мутация, 11 были госпитализированы, а 14 человек относятся к общей популяции. Частота новой мутации была выше у стационарных пациентов, чем у амбулаторных. Можно сказать, что связь дельтакрона с течением, требующим госпитализации, не является случайной.

Кострикис сообщил, что согласно его собственному анализу, новый вариант может вытеснить омикрон. Препринт ожидается на следующей неделе.

А вот Северинов говорит, что дельтакроны это вранье и перемешанные вирусы - все 25 геномов. Видите, как сильно ученые хотят вам нравиться, и к чему это приводит?

Кстати, Кострикис сказал, что все 25 вральных геномов уже депонированы в гисейд.

Если ты живешь в Токио и тебя отправили на карантин по ковиду, то мэрия присылает тебе домой продуктовый набор. Бесплатно. По три коробки в расчете на 1 человека.

В некоторых странах пандемия пошла на пользу личному состоянию граждан. Личные сбережения японцев благодаря пандемии выросли до рекордной суммы в 1992 трлн иен. Почти два квадриллиона иен это примерно 18 трлн долларов. То есть 140 с лишним тысяч долларов на одного человека.

Сбережения выросли на 6,3% по сравнению с прошлым годом. В первую очередь это связано с тем, что в условиях ограничений люди меньше ходили по магазинам, ресторанам и, соответственно, тратили меньше денег. Еще один немаловажный фактор — рост активов, которые люди имеют в акциях, выросли на 30% благодаря росту биржевых котировок.

Бедными в Японии считаются люди, получающие меньше 3 тысяч долларов в месяц.

В Москве и Московской области не ведут статистику смертности среди привитых

«Официальная статистика по смертности среди вакцинированных против новой коронавирусной инфекции не ведется в связи с отсутствием соответствующих учетных форм и требований по ведению такой статистики», — заявили «Красной весне» в Минздраве Московской области.

В Управлении Федеральной службы государственной статистики по городу Москве и Московской области изданию также сообщили, что не получают данных по количеству умерших от коронавируса привитых граждан, «так как это не предусмотрено Федеральным планом статистических работ, утвержденным правительством РФ от 06.05.2008 № 681-р (с изменениями)».

В Роспотребнадзоре по Москве и вовсе не стали предоставлять информацию.

С большим удовольствием репостим нормальность из официального канала Спутника. А можно ли как-нибудь Логунова сделать доступным не только первым лицам государства, а всему населению, у которого уже скулы сводит от сладкоречивых академиков на основе пальмового масла? Где подписать петицию, куда задонатить?

Отдельно отметим, что Логунов прямым текстом говорит Путину о том, что "главная информация" по Спутнику и Спутнику Лайт получена в Аргентине и Сан-Марино, плюс озвучивает данные когортного исследования на военном контингенте, проведенного в дельта-волну в Москве и Московской области. РФПИ в полной мере заслуживает благодарности за то, что у нас есть независимые данные из других стран по Спутнику и Спутнику Лайт - но получат ли и российские регуляторы то, чего они заслуживают за отсутствие в публичном доступе отечественных данных по безопасности и эффективности вакцин? Или никакой связи между этим отсутствием и недоверием населения к вакцинам не прослеживается?

Есть такое национальное развлечение: на основе симптомов пытаться определить, ковид ли это, и если ковид — то что за вариант. Так прошлой зимой светобоязнь и боли в пояснице считались характерными признаками варианта альфа, летом в расстройствах ЖКТ все массово усматривали дельту, а сейчас каждая простуда с соплями, головной болью и потерей аппетита будет считаться, конечно же, омикроном. Легенд много, СМИ пересказывают одно и то же, а надёжных данных по-прежнему нет.

Что на самом деле известно про симптомы омикрона, есть ли среди них специфичные, чем омикрон отличается от дельты, правда ли протекает как обычная простуда и пропадает ли при нём обоняние — разобрал в этом тексте.

К отличному разбору Александра Драгана добавим следующие два соображения:

1️⃣Почти все взрослые британцы и более 95% взрослых американцев к сегодняшнему дню переболели ковидом или/и вакцинировались, поэтому наиболее распространенные симптомы по ZOE (насморк, головная боль, слабость, чихание, боль и першение в горле) - это симптоматика повторного или прорывного ковида, которая начала доминировать в данных ZOE еще с дельты. Вот что еще в июне 2021 сообщал по этому поводу Тим Спектор из лондонского Кингс Колледж:

С начала мая мы следим за топом симптомов, и они уже не те, что были раньше. Номер один – это головная боль, за которой следуют боль в горле, насморк и лихорадка. Все это не старые классические симптомы, номер пять — кашель, поэтому он встречается реже, и мы даже не видим, чтобы потеря обоняния входила в первую десятку.

Как мы уже писали, пока не установлено обратное, "мягкость" омикрона следует связывать с тем, что доля иммунологически наивных взрослых в странах, из которых поступают данные, крайне мала. Скорее всего, мы видим не столько мягкость нового варианта, сколько работу человеческой иммунной системы.

2️⃣Субъективные симптомы, указанные пациентами при опросе, это реальность+ипохондрия+информационное поле: некоторая часть пациентов будет ощущать те или иные симптомы при их объективном отсутствии только потому, что они слышали или читали о них. Ниже мы продублируем наш старый, но не потерявший актуальности пост о желательных и нежелательных явлениях о том, как сильны когнитивные искажения в оценке пациентами своего состояния.

6️⃣Важный пост о желательных и нежелательных явлениях

Разбавим нудноту, интересную только специалистам и тем въедливым персонажам, кто выбирает вакцину как корову (среди авторов канала тоже такие есть).

Мы знаем, что в России есть много людей, в том числе медицинских работников, которые не понимают, зачем нужна доказательная медицина с ее долгими и дорогими плацебо-контролируемыми исследованиями. А вот же скрин из раздела "системные нежелательные явления, зафиксированные путем опроса участников в течение 7 дней после процедуры" - он показывает, зачем.

Среди всех участников 3 фазы вакцины Ad26 от Janssen была выделена Safety Subset из 6736 человек: 3356 в группе вакцины, 3380 в контроле. Нижний ряд на картинке - группа плацебо, получившая инъекцию физраствора (мы специально проверили, это точно был физраствор, а не какая-то другая вакцина как, к примеру, у Астразенеки/Оксфорда).

Как видите, примерно 20% этой плацебо-группы при опросе сообщили организаторам, что чувствуют усталость и/или головную боль после инъекции, около 10% ощущали мышечные боли и/или тошноту. Некоторые (светло-зеленые) даже оценивали эти симптомы не на 1, а на 2 по шкале тяжести от 1 до 4. При этом там, где речь шла об объективных НЯ (повышенная температура тела), почти у всей группы плацебо всё было в порядке - но даже тут 1 или 2% группы (несколько десятков человек) зафиксировали у себя повышение температуры - от похода на вакцинацию и инъекции 0,5 мл физраствора в мышцу.

Оцените частоту побочек от вакцины только по верхнему ряду, что вы видите? Вакцину с массой побочек. Обратите отдельное внимание на тошноту у пожилых.
Теперь оцените её же, но отминусуйте от зеленых столбиков верхнего ряда соответствующие зеленые столбики эффекта плацебо в нижнем ряду, что вы видите? Вакцину с минимумом побочек. И пожилых снова тошнит примерно с той же частотой. Не потому что они обманщики - потому что мы сложные, высокоорганизованные организмы, и да, наш мозг умеет в такие вот фокусы.

Мы настоятельно рекомендуем всем, кто сомневается в докмеде, сохранить себе этот пост и периодически его перечитывать - потому что это и есть тот самый знаменитый эффект плацебо, который вносит искажения (иногда очень мощные) в представления исследователей о реальности всегда, когда нет контрольной группы.

А те, кто от докмеда далек - просто вспомните этот пост, когда читаете чьи-то сообщения об очень неприятных и даже мучительных побочках от вакцинации и эмоциональные отзывы формата "вакцинация хуже самого ковида". И делайте поправку на эффект плацебо, который документально зафиксирован в недрах 118-страничного отчета Janssen о вакцине Ad26.COV2.S - ближайшем родственнике отечественного Спутника V.

История с дельтакроном разворачивается интересно. Израильский биолог Шай Флейшон удалил твит, в котором называл отсутствие кластеризации кипрских геномов доказательством того, что дельтакроны являются контаминацией. Параллельно Кострикис сообщил, что в воскресенье вечером при участии посольства Израиля на Кипре он связался с израильскими учеными:

У меня была возможность изучить и проанализировать феномен с двумя израильскими учеными, и они подтвердили находки. Они полностью согласны с объяснением, которое я привел. Вот так правильно обсуждать науку, а не через фейсбук.

⬇️

⬆️

Находки команды Кострикиса были сделаны в рамках докторского исследования Андреаса Хризостомоса и в контексте геномного надзора, который лаборатория Кострикиса осуществляет в сотрудничестве с Минздравом Кипра.

В этом контексте каждую неделю из различных источников, таких как больницы и аэропорты, собирается 200 образцов, которые секвенируются и изучаются. Наше внимание привлекли геномы дельты, которые в регионе, экспрессирующем важный спайк-белок, имели аминокислотные полиморфизмы, изменения в белке, такие же, как мы обнаруживали в омикроне.

Это наблюдение было сделано впервые в середине декабря и постоянно увеличивалось, пока не приобрело 7 характеристик варианта, встречающихся только у омикрона.

В дополнение к 25 случаям, обнаруженным на Кипре и имеющим все мутации омикрона на N-конце белка S, мы обнаружили еще 52 с разными количествами полиморфизмов в этом сайте. Эти 52 относятся к 12 разным генеалогиям дельты, как это может быть неправильно?

Результаты показывают, что на дельта-предка оказывалось эволюционное давление, которое привело к возникновению полиморфизмов как в омикроне, и он эволюционировал в дельтакрон-генеалогии.

В ближайшее время находки и выводы Кострикиса прокомментируют другие ученые, но кое с чем мы безоговорочно согласны уже сейчас - с комментарием, который Кострикис адресовал своему греческому коллеге Майоркинису (тот вчера со ссылкой на Тома Пикока написал в фейсбуке, что дельтакрон это техническая ошибка):

Больше всего мне неприятно, что этот конкретный ученый, поскольку знаком со мной лично, мог позвонить мне, высказать свои сомнения относительно результатов и проанализировать выводы. Вместо этого, он предпочел сделать публичное высказывание, которое разошлось по новостям.

Доброе утро

В Китае от ковида могло погибнуть около 2 млн человек? Forbes вслед за The Economist подверг низкую статистику заболеваемости в Китае критике: по подсчетам исследователей в последних публикациях начала января - реальная смертность от коронавируса в Китае может достигать 1,7 млн человек, а не 4636 человек, как сообщают официальные источники.

Сторонники резкого занижения статистики заболеваемости и смертности от ковида в Китае подкрепляют эти подсчеты резким ростом уровнем смертности в 2020 году по сравнению с медианными показателями за последние пять лет в 10 млн человек - в 2020 году смертность составила 14,61 млн человек.

Информация активно обсуждается в китайской блогосфере, что оказывает мощный негативный эффект на внутриполитическую ситуацию в Китае, который придерживается линии на декларирование нулевой статистики. Высокие показатели заболевомости и смертности, опровергающие информацию официальной пропаганды, влияют на негативную оценку населением жестких карантинных мер, фактически нанесших мощный удар по экономике и в первую очередь малому и среднему бизнесу.

Любое подтверждение высокой статистики окажет мощное влияние на фондовый рынок в Китае и листингующиеся в США китайские компании. Помимо очевидного негативного политического эффекта для политической группы Си Цзиньпина, предложенная концепция сверхсмертности в Китае показывает усилия американской стороны по борьбе с заболеванием в более выгодном свете - смертность в США оказывается в два раза ниже китайской.

Смертность от ковида в США и Китае отличается в 800 раз – в Китае 0,321 человека на 100 000 человек, в США – 248 человек. Обозреватель Forbes указывает на очевидную неправдоподность показателей смертности в Китае.

Увы, в России в «экспертной» (кавычки не случайны) среде очевидную сторону пропагандисткой политической стороны официальной ковид-статистики никто не подверал сомнению, указывая в СМИ, что «эпидемию в Китае помог победить Мао Цзэдун» (жесткие локдауны), даже не позволив себе усомниться в типично политизированной для Китая области - статистике. Хотя де факто локдауны приводили не к победе над пандемией – а к дестабилизации социальной и экономической сферы, в конечном счете были направлены на дестабилизацию политической группы Си Цзиньпина в преддверии 20-ого съезда.

Тем не менее, тема о сверхсмерности в Китае, раздуваемая американскими СМИ имеет намерение характер влияние на внутреннюю политику КНР в преддверии 20-ого съезда Компартии, на котором Си Цзиньпин может быть вновь выбран генсеком на следующий пятилетний срок (либо оппонент от проамериканской группы в той или иной властной комбинации), а в последствии в 2023 году занять пост председателя КНР в третий раз. Обращая внимание на статистику в Южной Корее и Японии, около года назад я отмечал, что медианная заболеваемость в Китае не может сильно отличаться от этих двух государств с учетом того, что уровень гигиены, доступности средств защиты и медицины, иммунитет и уровень жизни в Корее и Японии гораздо выше, чем в Китае и может составлять показатели 500 - 1000 заболевших на каждую провинцию в день – то есть адекватные показатели для Китая должны были составлять от 15 до 30 тысяч заболевших ежедневно при благоприятной ситуации.

Разумеется, американские и британские подсчеты о почти 2 млн погибших от ковида могут не соответствовать реальности, пусть и скрываемой китайскими властями с целью купировать панические настроения в обществе – в реальности смертность от ковид могла составлять до полумиллиона в год, что гораздо ниже показателей в США с учетом разницы в количестве населения с Китаем. Даже при такой высокой смертности общее число погибших не составляет порядковой разницы с острыми формами новых штаммов гриппа в условиях масштабной психологического давления и ухудшения условий жизни, вызванных беспрецедентным сбоем работы экономики страны. https://news.1rj.ru/str/shuohuaxia/2623

О местном распространении омикрона сообщил главный санитарный врач Ростовской области:

Ростовский противочумный институт провел секвенирование биоматериала от шестимесячного ребенка и женщины из Ростова-на-Дону и выявил новый коронавирус, относящийся к генному варианту «омикрон». Заболевшие, члены семьи и их близкие не выезжали за границу, не имели контакта с вернувшимися из-за рубежа. Следовательно, вариант «омикрон» уже имеет местное распространение со всеми вытекающими отсюда рисками.

В середине декабря омикрон был подтвержден у студента Ростовского меда из Конго:

Очаг «омикрона» в РостГМУ находится на контроле. Все контакты изолированы и находятся под наблюдением до завтрашнего дня. Если новых случаев не будет выявлено, то этот очаг мы закроем. Пока распространение за пределы общежития удается предупредить.

Интересно, что по данным секвенирования образцов из Ростовской области альфа все ещё жив, курилка: более, чем у 90% заболевших ковидом выявляется индийский штамм, примерно у 4% — британский.

Собянин считает, что Москва в зоне риска по омикрону:

Мы смотрим, что происходит в соседних государствах, больших городах. Мы наблюдаем там взрывной рост заболеваемости на фоне нового штамма омикрон. В Москве, к сожалению, мы видим уже значительное количество заболевших именно штаммом омикрон. И это количество, этот процент достаточно быстро нарастает.

Это означает, что мы действительно тоже находимся в зоне риска, и в течение 7-10 дней, я думаю, что будем наблюдать значительный рост заболеваемости.

В связи с этим необходимо мобилизовать дополнительный коечный фонд, мобилизовать систему здравоохранения, усилить контроль за выполнением требований Роспотребнадзора и, конечно, привлекать население для вакцинации. Все эти меры стандартные, отработанные, но тем не менее в сегодняшней ситуации они приобретают новое значение, потому что, как вы правильно сказали, вполне возможно, что мы столкнемся с более критической ситуацией, чем в предыдущие волны заболеваемости.

Оценка справедливая - и у нас есть не менее справедливый вопрос: зачем в этих обстоятельствах детей вчера вывели с каникул?

В Китае ПЦР-тест берут даже через окно.

Что именно говорил о бустерах Марко Кавалери (EMA) на вчерашней пресс-конференции:

Как я сказал во вступительной речи, мы еще не видели данных касательно четвертой дозы и мы хотели бы видеть такие данные прежде, чем давать рекомендации, но в то же время у нас вызывает озабоченность стратегия, предполагающая повторяющиеся вакцинации через короткий промежуток времени. Это должно быть элементом всеобъемлющей стратегии, определяющей как будет проводиться вакцинация в дальнейшем, но нужно ясно понимать, что мы не можем постоянно давать людям бустерные дозы с интервалом 3-4 месяца. Разумеется, когда мы говорим об уязвимой части населения, то есть об иммунокомпрометированных людях, это немного другая история, и мы ожидаем, что для иммунокомпрометированных пациентов уже сейчас будет рассмотрена возможность получения четвертой дозы.

[На совещании 12 января] мы будем рассматривать данные, имеющиеся к настоящему времени по уже используемым вакцинам: до какой степени они сохраняют эффективность, и можем ли мы считать, что бустерная доза является наилучшей стратегией.

У нас есть два опасения: если мы пойдем по пути введения бустеров каждые, допустим, 4 месяца, мы можем потенциально прийти к проблемам с иммунным ответом, когда иммунный ответ не будет таким хорошим, как мы ожидаем, поэтому мы должны быть осторожны и не перегрузить иммунную систему повторяющейся иммунизацией. И во-вторых есть риск, что население устанет (the risk of fatiguing the population) от повторяющихся бустеров.

Если ситуация с эпидемиологической точки зрения такова, что это самое лучшее решение из имеющихся в моменте, то это может быть сделано один раз, может быть два, но это не то, что по нашему мнению следует повторять на постоянной основе<...>

У нас нет коррелята защиты, точного количества антител, которое может быть ассоциировано и транслировано в уровень защиты от инфекции, симптомного ковида или тяжелого ковида. Предпринимается много усилий, и мы знаем, что нейтрализующие антитела коррелируют с защитой, но очень трудно установить порог, который будет определять, кто защищен, а кто нет. Мы не должны переоценивать уровни циркулирующих антител, потому что они могут вводить в заблуждение: на индивидуальном уровне, в том числе в КИ, мы видим людей с крайне высокими уровнями нейтрализующих антител, которые были инфицированы, и напротив, людей с низкими уровнями нейтрализующих антител, которые не заболели в ходе испытаний. Я думаю, в настоящее время очень трудно говорить о какой-то стратегии, связывающей бустерную дозу с уровнями антител<...>

Если спустя полтора месяца после обнаружения омикрона в десятках стран, после месяца явно выраженного экспоненциального роста в Европе и США, власти вдруг расчехляются и внезапно начинают бурно опасаться надвигающейся катастрофы - это политика, а не эпидемиология.

В тренде естественность: вслед за естественной вакциной приходят естественные локдауны.

Доброе утро

Решили показать вам несколько стран, которые по данным секвенирования утонули в омикрон-волне еще в конце 2021.

Искренне надеемся, что эта картинка и без наших комментариев объясняет всю глупость заявлений типа Доля «омикрона» среди новых инфицированных может достигать 44% по России и 59% в Москве и любой другой квазиэпидемиологической аналитики на основе данных из гисейда.