Можно строить родословное древо семьи
Можно строить филогенетическое древо, где показаны родственные отношения разных видов.
А можно строить древо клеток внутри одного организма. (Cell lineage)

https://news.1rj.ru/str/foo52ruTS?boost
Понятия не имею, что это, но обещают дополнительные возможности для канала

Нередко приходится сталкиваться с выражением:
«Исключение лишь подтверждает правило.»
Однако кажется нелогичным: ведь каждое исключение подрывает правило, а когда количество исключений достигает критической массы, само правило перестает существовать.
Эта фраза всю мою жизнь вызывала недоумение. Вероятно, мое понимание изначально неверно?
Не хочется уйти из жизни, так и не узнав скрытого значения этой поговорки.
Кто может объяснить, пишите в комментах.

Часто от биологов можно услышать, что так называемая "мусорная ДНК" (или, точнее, некодирующая ДНК) служит буфером для мутаций.
Чем больше "мусорное" ДНК, тем с большей вероятностью мутация произойдёт в ней, а не в важной части генома.
Давайте разберём это утверждение.

1. Чаще всего ошибки (мутации) происходят при копировании ДНК. Большинство ошибок исправляется механизмами клетки, но часть остаётся незамеченными.
Количество ошибок пропорционально размеру ДНК.
Например, при копировании происходит 1 ошибка на миллион нуклеотидов.
Если важная часть имеет размер в миллион нуклеотидов, то в ней будет происходить (в среднем) одна ошибка.
Если мы увеличим размер генома в 100 раз за счёт мусорной ДНК, то и количество ошибок при копировании увеличится в 100 раз.
То есть в важной части ДНК всё равно будет происходить (в среднем) одна ошибка.

2. Мутации могут возникать при пролёте сквозь клетку заряженной частицы (радиация).
Но вероятность попадания частицы в важный участок ДНК не зависит от размера некодирующей ДНК — она определяется только размером самого участка.

3. Транспозоны. Эти "прыгающие" фрагменты ДНК перемещаются по геному. Чем больше некодирующей ДНК, тем ниже шанс, что транспозон повредит важный участок. Но ирония в том, что сами транспозоны существуют благодаря некодирующей ДНК. Без неё они повредили бы геном при первом же перемещении и не передались бы дальше.

Это мои размышления. Я не биолог и могу ошибаться. Что думаете?

"Бесконечное число самых прекрасных форм"
Шон Б. Кэрролл
(оригинал: "Endless Forms Most Beautiful: The New Science of Evo Devo", 2005, русское издание 2015)
Книга фокусируется на том, как эволюция создаёт разнообразие форм жизни через изменения в развитии эмбрионов. Кэрролл вводит понятие "тулкит-генов" (toolkit genes), таких как Hox-гены, которые консервативны у разных видов, но их регуляция приводит к вариациям (например, почему у мух шесть ног, а у бабочек — с "узорами").
Автор подчёркивает, что некодирующая ДНК содержит регуляторные последовательности ("свичи" или enhancers), которые определяют, где, когда и как гены активируются в развитии. Около 3% этой "мусорной" ДНК — регуляторные элементы, отвечающие за паттерны тела, цвета и форм. Это опровергает идею полного "мусора": мутации в этих участках могут приводить к эволюционным инновациям без изменения самих генов.
Книга написана доступно, с примерами из природы, и подойдёт для неспециалистов.

"Мусорная ДНК. Путешествие в темную материю генома"
Несса Кэри (2015, русское издание 2016)
Увлекательное и доступное исследование некодирующей ДНК, ранее считавшейся "мусорной".
Автор, доктор вирусологии, объясняет, почему эти 98% генома, не кодирующие белки, играют ключевую роль в регуляции генов, эволюции и болезнях.

Некодирующая ДНК — не "мусор", а "тёмная материя" генома, управляющая сложными процессами.
Её изучение открывает новые горизонты в понимании эволюции, старения и лечения генетических болезней.

Тут спонтанно с женой приехали в Москву на несколько дней и почти прямо с поезда пошли в Москвариум. Там много любопытных существ.
Причëм, многие никак не описаны на табличках и присутствуют в виде фона для основных экспонатов.
Например, мы обнаружили много небольших 6-лучевых звëзд или множество странных существ похожих на чëрный огурец (во многих аквариумах), которые или постоянно какают или яйца откладывают.
На видео рыбы с какими то щупальцами вместо плавников

7 сентября 2025 года с 18:28 до 23:55 по московскому времени произойдет полное лунное затмение. Луна пробудет в тени Земли 1 час 22 минуты (с 20:31 мск до 21:53 мск).

Его будет видно из Москвы на юго-восточном небе. В середине затмения Луна будет находиться на высоте 16° над горизонтом столицы.

Если погода будет нормальная, пойду смотреть с территории ВДНХ

Если кто хочет прийти на встречу, то примерно в 19 часов я подойду к арке ворот на ВДНХ, напротив гостиницы Космос. Затмения не обещаю, так как Луна будет низко.
Должен подойти Илья, автор ютуб-канала оптозоракс.

Панчин VS Савватеев. Дебаты: Происхождение и эволюция жизни. Нужен ли науке Творец?

На ютубе были любопытные дебаты между Панчиным и Савватеевым, которые стали мемными и их можно найти на ютубе по запросу "зелёные дебаты".
Там поднималась интересная тема про ландшафт приспособленности.

Если создать многомерное пространство возможных геномов и посмотреть, какие из геномов жизнеспособны, то получится, что ландшафт приспособленности настолько разреженный, что очень сложно отыскать в нём что то жизнеспособное.
Этот постулат Саватеев и использовал для того, что бы доказать невозможность макроэволюции.

Есть небольшие островки, где жизнь возможна и только внутри островка могут происходить изменения (микроэволюция).
То есть, в мирвозрении Саватеева, каждый вид - это отдельный островок и переход между видами невозможен.

Например, есть островок, где меняя, добавляя, удаляя по одной букве, можно изменятся в широких пределах:
СТОЛ - СТОН - СЛОН - КЛОН - КЛАН - КРАН - КОРАН

Но мы не сможем, идя по существующим словам, перейти на другой островок:
РОТ - РОСТ - ПОСТ - ПУСТ - ПУСТО - КУСТО - КУСТЫ

(Я не проверял, может кто то и найдёт дорожку)

Переход небольшими шагами с одного островка на другому невозможен.
Нет тропинки между разными видами, значит нет макроэволюции.

Зафиксируем.

Главная ошибка Саватеева в том, что никто не знает, как реально выглядит ландшафт приспособленности.
Возможно это многомерная паутина, а не островки, но Саватеев выбрал вариант с островками.
На мой взгляд, там могут быть отдельные островки, расположенные на большом расстоянии.
Но вся наблюдаемая Жизнь во всех проявлениях - это и есть один островок.
Если мы возьмём правильно построеное филогенетическое древо всей Жизни, то на нём как раз и виден весь островок и между любыми отдельными листьями можно совершить переход небольшими шагами по ветвям.
То есть, гипотетически, взяв человека и потихоньку меняя геном, получим баобаб.
(человек - LUCA - баобаб)
Каждая переходная форма будет жизнеспособна, надо только учитывать изменения окружающей среды.

После дебатов меня заинтересовал вопрос:
Возможно ли создать другую форму жизни на тех же нуклеотидах и аминокислотах, что и та, которая нас окружает, но что бы было невозможно эволюционным путём получить одну из другой?

Смогли бы мы отличить жизнь с другого островка на ландшафте приспособленности, если бы нам такая попалась?

Когда писал пост, то первую последовательность СЛОВ придумал сам, а вторую решил сгенерировать с помощью Deep Seek.
Кажется я его сломал, пришлось нажимать кнопку "стоп"

Размышляя про ландшафт приспособленности, вспомнил про такую любопытную вещь, как "Эдемский сад" в клеточных автоматах.

Эдемский сад (Garden of Eden) в теории клеточных автоматов — это конфигурация, которая не имеет предшественника. Это означает, что её невозможно получить из какой-либо другой конфигурации путём применения правил автомата. Такая конфигурация может быть только начальной, то есть, она может существовать только в начальный момент времени, и никогда не возникнет в результате эволюции системы.
Наличие Эдемских садов тесно связано с понятием обратимости (reversibility) клеточных автоматов. Если клеточный автомат обратим, то есть, для любой конфигурации можно однозначно определить её предшественника, то у него не может быть Эдемских садов. Это связано с тем, что в обратимых автоматах количество возможных конфигураций на каждом шаге остаётся постоянным, и нет "потерянных" состояний.

Поиск Эдемских садов — это вычислительно сложная задача, так как нужно доказать отсутствие предшественников для данной конфигурации.

На картинке один из первых найденных "эдемских садов" для игры "жизнь" Конвея.

y-Адам и mt-Ева в биологии, Эдемские сады в клеточных автоматах.
Иследователи знают, как привлечь внимание :)

А знаете ли вы, что если взять геномы от разных организмов, например человека и дрожжей, и сравнить между собой произвольные участки, то будет примерно 25% совпадений.
Догадаетесь почему?

Ещё вспомнил про ландшафты.
Ландшафт потерь (loss landscape) — это многомерная поверхность, где значение функции потерь зависит от параметров нейросети (весов). Цель обучения — минимизировать функцию потерь, то есть найти точку, где значение потерь минимально.
Когда нейросети были совсем маленькие, то они часто застревали в локальных оптиумах, не достигая самой низкой точки и с этим эффектом боролись разными способами.
Через несколько лет нейросети значительно выросли.
Я смотрел запись семинара по нейросетям и вопрос про застревание в локальных оптиумах задал один из участников.
Спикер сказал, что с ростом количество параметров проблема почти исчезла. С ростом мерности пространства с большей вероятностью по какой нибудь оси находится выход из локального оптиума.
Если это так, то, возможно нет никаких отдельных островов и ландшафт приспособленности генома больше похож на многомерную паутину и любой её участок может быть достигнут эволюционно.

Вчера у Onigiri вышел ролик про красивости, которые делают в играх с помощью кода. Например про диаграмму Воронова.
Тоже когда то хотел сделать серию роликов про подобные алгоритмы.
Там много простых алгоритмов с красивым результатом.
Опишу алгоритм differential line
Создаём по замкнутой траектории набор точек. Случайно добавляем новые точки между двумя другими. Точки стараются держатся на определённом расстоянии от двух своих соседей и стараются держаться подальше от остальных точек, которые находятся в пределах заданного расстояния от них.

Вот описание от автора:
They want to be close, but not too close, to their two neighbors. At the same time they want to be as far away as possible from all other nodes within a certain distance.