Читаю статью "Понимание Эволюционных Деревьев"
Там много материала про ошибки восприятия, при рассматривании эволюционных деревьев.
Выписал только некоторые ошибки, которые свойственны и мне.
Ошибка 1
На рисунке "а" показано эволюционное древо антропоидных приматов в том виде, в котором его часто изображают, а именно в виде несбалансированного древа с правой лестницей, на вершине которого находятся люди.
Многие читатели сочтут, что есть основная линия эволюционного прогресса от примитивного предка к человеку, а другие группы являются ответвлениями от этой линии. Но это неверная интерпретация.
Порядок расположения конечных узлов не имеет значения, все внутренние узлы можно повернуть, не нарушая топологию,
Дерево на рисунке "b" столь же достоверно, но нарушает иллюзию, что всё стремится к человеку.

Ошибка 2
При просмотре несбалансированных филогенетических деревьев (рис а), многие люди склонны неверно интерпретировать самую длинную ветвь ( New World Monkey ).
Хотя на самом деле эта ветка является современником всех остальных видов на древе, многим кажется, что этот вид является предком других линий или, по крайней мере, больше похож на общего предка, чем любой другой вид, включенный в древо.
Все конечные узлы (если существуют сейчас), эволюционировали в течение абсолютно одинакового периода времени с момента их отделения от далёкого общего предка (точка Z).

Ошибка 3
Многим кажется, что чем больше промежуточных узлов, тем слабее родство.
То есть на рисунке между гиббоном и орагутаном два узла,
а между гиббоном и шимпанзе четыре узла.
Это не значит, что между гиббоном и орагутаном больше родства,
чем между гиббоном и шимпанзе.
И орагутан и шимпанзе отстоят на одном растоянии от точки W (их общий предок)
А вот как раз орагутан и шимпанзе являются более близкими родствениками,
чем они же по отношению к гиббону.

(https://evolution-outreach.biomedcentral.com/articles/10.1007/s12052-008-0035-x)

Прототип shorts для ютуб.

Есть две концепции:
- Мы живём в симуляции.
- Мир был создан Творцом.

В каждой из них создатель трансендентен.
Он может влиять на мир(симуляцию), играть за персонажа, оставлять пасхалки, но его самого в этом мире(симуляции) нет.

Концепция симуляции свободно обсуждается в академической среде.
Теологическую концепцию в приличном обществе не обсуждают.

Но они (на мой взгляд) полностью эквивалентны.
Всё дело в использовании более научных терминов?

Попалась статья. Я сильно не погружался, вот выжимка:

Исследования в области Искусственной Жизни (создание симуляций, демонстрирующих свойства живых систем, таких как самоорганизация, эволюция и репликация) традиционно полагались на ручной дизайн правил симуляции или метод проб и ошибок. Из-за сложности emergent (возникающих) феноменов очень трудно заранее предсказать, какие правила приведут к интересным, живым структурам.

ASAL впервые успешно применяет фундаментальные модели для автоматизации поиска интересных симуляций ALife. ASAL использует эти модели для оценки "интересности" симуляции с человеческой точки зрения, анализируя видео, которые она генерирует.

ASAL продемонстрировал свою эффективность на широком спектре симуляций:

Boids (Стая): Обнаружение экзотических, ранее невиданных паттернов слёживания (flocking behavior).

Lenia: Обнаружение разнообразных динамических, самоорганизующихся "клеток", похожих на реальные.

Game of Life (Жизнь) и Life-Like CAs: Открытие новых правил клеточного автомата, которые являются более "открытыми" и выразительными, чем классическая "Игра Жизни" Конвея.

Particle Life (Жизнь Частиц) и Neural Cellular Automata (Нейро-Клеточные Автоматы).

Особо важный результат заключается в том, что ASAL смог количественно оценить то, что раньше было чисто качественным феноменом (например, "интересность" или "открытость"), используя представления, выработанные фундаментальными моделями. Эти представления более согласованы с человеческим восприятием, чем традиционные математические метрики сложности.

Статья представляет новую парадигму для исследований в области Искусственной Жизни, в которой вместо ручного поиска правил мира, исследователи могут сфокусироваться на описании явлений, которые они хотят увидеть, а поиск соответствующих правил мира (симуляции) берёт на себя автоматизированная система на базе больших моделей (ASAL). Это обещает значительно ускорить открытия в ALife.

( https://pub.sakana.ai/asal/ )

В четверг иду на мероприятие для IT-шников.
Там будет спиртное и 3 доклада с последующим обсуждением.
Первый доклад про нечёткую логику, второй про 3d-принтеры и робототехнику.
Тему третьего доклада пока не объявили.
Ностальгия.
Вспомнил про свои эксперименты с 3d-принтером и микроконтролером.
Это мой любимый проект тех античных времён.
Проект подлодки максимально бюджетный.
Моторчики обычные из игрушек, распечатал для них капсулу с отсеком для солидола, через который проходит вал.
Сервы самые дешёвые. То же спроектировал для них гермеричный бокс.
Повороты наружу передавались с помощью магнитов.
Электронная плата обёрнута туалетной бумагой и упакована в обычный полиэтиленовый пакет.
Но вода всё равно попадала внутрь, с ней туалетная бумага боролась.
Принтер купил из дешёвых самодельных (Prusa).
Намучился с ним знатно. Половина пластика в брак уходило.
Пару лет назад продал 3д принтер, поняв, что уже несколько лет он не используется.
Про нечёткую логику интересно послушать.
Как то (много лет назад) скачал книжку по ней, но так и не понял, зачем её выделили из обычной.

У меня новый китайский друг, нейросеть Qween3-Max.
Когда коту делать нечего, он что то лижет, а я пробую писать код с помощью новой бесплатной нейросети.
Первым делом попросил сделать диаграммы Вороного (выложу в комментах).
Сразу выдала рабочий код.
Дополнительными промтами легко менял внешний облик диаграммы.
Затем решил сделать что то посложнее.
Для ролика нужно, что бы древо из одной точки разрасталось и заполняло свободное пространство.
И тут что то пошло не так.
Промучился пару часов.
Самое бесячее, что когда просишь исправить один косяк, нейросеть переписывает сразу весь код и добавляет новые косяки.
Надеюсь, платные нейросети переписывают только проблемное место.
Нейросети пока легко делают то, что было тысячи раз сделано и выложено в сеть кожанными мешками. Я таким образом сделал себе библеотеку для постройки разных графиков, в том числе 3d.
Но стоит задумать что то не типичное, возникает недопонимание.
Романтический период закончился, начались будни.
В итоге, написал всё сам.

У Онигири был ролик, где он заставил нейросеть играть за персонажей игры Among Us.
Сегодня мне попался бенчмарк где эта игра используется для сравнение социальных способностей разных нейросетей.
За каждого персонажа играет своя нейросеть.
Происходит 60 игр.
Общий результат в таблице.

https://www.4wallai.com/amongais

PS насколько понимаю, в этой игре для победы нужно уметь убедительно обманывать. Это называют социальным интеллектом ))

Пишу код для финального эпизода ролика.
В этом эпизоде будет про расплывчивость понятия вида в биологии.
Есть популяция, где все могут скрещиватся со всеми.
Всегда считал, что в этом случае будет достигаться максимальное разнообразие в популяции.

Для вычисления разнообразия, я сравниваю геном каждого организма с геномами всех остальных и вычисляю, на сколько нуклеотидов в среднем различаются два представителя популяции.
Разнообразие около 150 отличий.

Затем я разбиваю популяцию на 4 касты и теперь они могут скрещиватся только внутри своей касты.
Разнообразие резко возрастает.
Разрешаю скрещиваться всех со всеми, разнообразие падает.
И так два раза.

Я в шоке. Но быстро сообразил, что происходит.
Все касты начинают расходится в отдельные виды, отсюда и мнимый рост разнообразия, который я наблюдаю на графике.

На самом деле количество вариантов генома может и уменьшаться, просто они разбились на отдельные кластеры и стали разъежаться.

Попробовал это изобразить:

_____АААААА_____

А_____А____А_____А

Интерактивное погружение в теорию игр.
Эволюция доверия

https://notdotteam.github.io/trust/

Кстати, в интернетах креационисты часто требуют продемонстрировать появление новых видов.
Если в качестве примера предложить дога и чихуахуа, которые появились на глазах нескольких поколений людей, то они будут оспаривать это тем, что это один вид.
Хотя они совершенно разные.
В этом плане всё, что сейчас может появится, это только подвид какого то существующего вида.
Другого материала для эволюции нет.
Новый род, отряд, вид уже появится не может, уже прошло то время, когда Жизнь разделилась на эти категории. (систематики присвоили ярлыки)
Осталось только деление видов на подвиды.
Затем подвиды будут делиться на подподвиды....
Затем подподвиды будут делиться на подподподвиды....

"А вы покажите мне, как собака превращается в кошку (макака в человека,...), тогда и поверю в эту вашу эволюцию"

Проведём мысленный эксперимент:

Берём колонию одноклеточных эукариот (например, амёб) и помещаем их в благоприятную среду.

Берём колонию многоклеточных эукариот (например, губок или водорослей) и помещаем их в другую благоприятную среду.

Ждём миллионы лет и смотрим, где выше биоразнообразие.

Есть предположение, что более сложные организмы дадут на порядки большее разнообразие.

У них просто больше параметров, которые можно изменить и это открывает большее число комбинаций и сложных экологических ниш.

В истории Земли как раз и наблюдается этот эффект: большую часть времени всё было на уровне бактериальных плёнок и простейших одноклеточных, и резкий всплеск сложности и разнообразия произошел относительно недавно - во время Кембрийского взрыва (около 540 миллионов лет назад), когда сформировались основные типы многоклеточных животных.

То есть эволюция продемонстрировала экспоненциальный рост сложности и разнообразия, как только появился ключевой инструмент — многоклеточность.

То есть, по мере накопления сложности, скорость эволюции нарастает.
Но, возможно мы уже достигли предела биологической сложности и вышли на плато.

Если будем открывать новые планеты с Жизнью, то скорее всего это будет жизнь простейших.

Если придерживаться концепции "тёмный лес" из произведения "Задача трёх тел", мы должны их уничтожить (осуждаю), так как не успеем моргнуть, как они уже космическое пространство осваивают и угрожают нам.
Правда в книге шла речь про технологическую революцию, которая развивается экспоненциально.

https://www.youtube.com/shorts/u66jhxcZtJ0

Здесь в комментариях писали про взаимодействие летучих мышей, стрижей и прочих организмов при массовых полётах.
Вспомнил это видео с пчёлами.

Получается мы ближе к окуню, чем окунь к акуле?
Ближайший общий предок Человека и Окуня - это Древняя Костная Рыба ∼400−420 млн. лет назад
Ближайший общий предок Окуня и Акулы - это Челюстноротое Позвоночное ∼450 млн. лет назад

Ответ от Gemini:
В зависимости от используемой систематики, результаты могут быть разными. Именно кладистика поддерживает вывод о том, что человек ближе к окуню, чем окунь к акуле.

Традиционная (Линнеевская) Систематика
В традиционной систематике, основанной на внешнем и функциональном сходстве, доминирует понятие класса:

Окунь и Акула оба входят в класс Рыбы (Pisces) (в широком смысле). Они оба живут в воде, имеют жабры и плавники.

Человек входит в класс Млекопитающие (Mammalia).

Результат: Традиционно считается, что Окунь ближе к Акуле, потому что они разделяют класс "Рыбы", а человек отделен в класс "Млекопитающие".

Кладистика (Филогенетическая Систематика)
Кладистика игнорирует традиционные классы, если они не являются монофилетическими группами (кладами), то есть не включают всех потомков общего предка. Она фокусируется исключительно на времени расхождения ветвей.

1. Почему класс "Рыбы" неверен с точки зрения кладистики?
Класс "Рыбы" (Pisces) является парафилетической группой – он включает общего предка (ранних позвоночных) и большинство его потомков (акул, окуней), но исключает одну ветвь, которая произошла от этого предка — Четвероногих (Tetrapoda), к которым относится человек.

Если бы группа "Рыбы" была кладой, она должна была бы включать и человека.

В четверг на прошлой неделе ходил на посиделки IT-шников в Нижнем Новгороде. (Gorky DrinkUp)
Там одна из лекций была про 3d-принтеры.
Это кубик из металла, распечатанный на 3d принтере спикера.
Словно губка. Прозрачный, если смотреть под нужным углом. Детализация поражает.
Я бы пирамиду Серпинского или губка Менгера распечатал.