Стажер центра инфохимии Юлия Качина в апреле строила 3D-модель сосуда, пораженного стенозом
💬 Девушка поделилась с нами впечатлениями о стажировке.
– Я учусь на химической технологии природных энергоносителей, поэтому биология и медицина от меня очень далеки. Шла на стажировку с надеждой получить опыт работы в лаборатории, а оказалась у ребят, занимающихся моделированием. Я сперва расстроилась, но практика в центре все же оказалась полезной.
Мой ментор Алексей Фотин дал задание: создать идеализированную модель пораженного стенозом сосуда и проанализировать ее. За неделю я приобрела некоторые навыки моделирования в пакете FeBio и научилась создавать проекты в программе FreeCAD.
Мне понравилось разбираться в разных программах, самостоятельно искать инструкции по установке, смотреть туториалы на английском. Я очень благодарна Алексею за помощь и за его терпение, потому что я донимала его вопросами каждую секунду 🥹
Возможно, если столкнусь с применением компьютерных методов, то продолжу изучать их. Можно моделировать клеточный рост артериальной стенки, физические взаимодействия, возникающие из-за того, что стент растягивает сосуд, а также то, как лекарственные вещества со стента проникают вглубь тканей. Это пригодится при создании мультимасштабной модели виртуальной артерии. Такая артерия позволит избежать длительных тестов и позволит разрабатывать препараты без вреда для живых существ, и, возможно, даже уменьшит роль испытаний на людях.
🤖Алексей рассказывает:
– Исследование патологий и различных процессов в сердечно-сосудистой системе является основным для нашей лаборатории. Конкретно моя работа заключается в мультимасштабном моделировании коронарных артерий со стенозом, а также в верификации существующей модели рестеноза ISR3D. Как результат работы я вижу систему диагностики, которая позволит с высокой точностью определить необходимость установки стента в поврежденный сосуд.
👩🏻🔬Юлия работает в научном центре Горного университета по направлению «Производство биотоплива». Из учебных дисциплин больше всего предпочитает математику, процессы и аппараты химической технологии и, конечно же, всевозможные вариации химии (общая и неорганическая, органическая, физическая, химия нефти и газа). Мечтает быть частью реального исследования. Летом 2022 года опубликовала свой первый патент на изобретение.
#Читать далее#
💬 Девушка поделилась с нами впечатлениями о стажировке.
– Я учусь на химической технологии природных энергоносителей, поэтому биология и медицина от меня очень далеки. Шла на стажировку с надеждой получить опыт работы в лаборатории, а оказалась у ребят, занимающихся моделированием. Я сперва расстроилась, но практика в центре все же оказалась полезной.
Мой ментор Алексей Фотин дал задание: создать идеализированную модель пораженного стенозом сосуда и проанализировать ее. За неделю я приобрела некоторые навыки моделирования в пакете FeBio и научилась создавать проекты в программе FreeCAD.
Мне понравилось разбираться в разных программах, самостоятельно искать инструкции по установке, смотреть туториалы на английском. Я очень благодарна Алексею за помощь и за его терпение, потому что я донимала его вопросами каждую секунду 🥹
Возможно, если столкнусь с применением компьютерных методов, то продолжу изучать их. Можно моделировать клеточный рост артериальной стенки, физические взаимодействия, возникающие из-за того, что стент растягивает сосуд, а также то, как лекарственные вещества со стента проникают вглубь тканей. Это пригодится при создании мультимасштабной модели виртуальной артерии. Такая артерия позволит избежать длительных тестов и позволит разрабатывать препараты без вреда для живых существ, и, возможно, даже уменьшит роль испытаний на людях.
🤖Алексей рассказывает:
– Исследование патологий и различных процессов в сердечно-сосудистой системе является основным для нашей лаборатории. Конкретно моя работа заключается в мультимасштабном моделировании коронарных артерий со стенозом, а также в верификации существующей модели рестеноза ISR3D. Как результат работы я вижу систему диагностики, которая позволит с высокой точностью определить необходимость установки стента в поврежденный сосуд.
👩🏻🔬Юлия работает в научном центре Горного университета по направлению «Производство биотоплива». Из учебных дисциплин больше всего предпочитает математику, процессы и аппараты химической технологии и, конечно же, всевозможные вариации химии (общая и неорганическая, органическая, физическая, химия нефти и газа). Мечтает быть частью реального исследования. Летом 2022 года опубликовала свой первый патент на изобретение.
#Читать далее#
Совсем скоро начинаем ДОД магистратуры "Химический софт / Chemistry Soft"
Подключайтесь по ссылкам:
👉 https://vk.com/video-188764969_456239439
👉 https://www.youtube.com/live/r563eso1JV8?feature=share
Кто внимательно следил за Хакатоном по цифровой фармакологии в Центре инфохимии ИТМО с Синтелли и Medtech.Moscow
и хочет узнать о подходах, применяемых участниками для моделирования побочных эффектов лекарственных и биоактивных соединений?
Узнать ответ на вопрос: как и зачем используется искусственный интеллект для создания химического поисковика?
И как можно стать разработчиком таких систем?
🔥 Когда? Сегодня, в понедельник, 15 мая, в 16:00. Не пропустите! 👈
Спикеры:
Максим Федоров – профессор, д.х.н., член корреспондент РАН, сооснователь компании «Синтелли».
Екатерина Скорб – профессор, директор научно-образовательного центра инфохимии, основоположник направления "Инфохимия" и руководитель программы "Химический софт".
Тимур Алиев – научный сотрудник образовательного центра инфохимия, участник экспертной комиссии хакатона, специализирующийся на вычислительных методах, системах искусственного интеллекта и методах обработки больших данных в химии.
Родион Головинский – бакалавр образовательной программы "Инфохимия", участник ITMO.COLLAB и проекта в рамках программы развития 2030 по созданию химического поисковика.
А также участники хакатона для открытой дискуссии на тему: зачем химикам программирование и как применить свои навыки IT в химических науках.
Подключайтесь по ссылкам:
👉 https://vk.com/video-188764969_456239439
👉 https://www.youtube.com/live/r563eso1JV8?feature=share
Кто внимательно следил за Хакатоном по цифровой фармакологии в Центре инфохимии ИТМО с Синтелли и Medtech.Moscow
и хочет узнать о подходах, применяемых участниками для моделирования побочных эффектов лекарственных и биоактивных соединений?
Узнать ответ на вопрос: как и зачем используется искусственный интеллект для создания химического поисковика?
И как можно стать разработчиком таких систем?
🔥 Когда? Сегодня, в понедельник, 15 мая, в 16:00. Не пропустите! 👈
Спикеры:
Максим Федоров – профессор, д.х.н., член корреспондент РАН, сооснователь компании «Синтелли».
Екатерина Скорб – профессор, директор научно-образовательного центра инфохимии, основоположник направления "Инфохимия" и руководитель программы "Химический софт".
Тимур Алиев – научный сотрудник образовательного центра инфохимия, участник экспертной комиссии хакатона, специализирующийся на вычислительных методах, системах искусственного интеллекта и методах обработки больших данных в химии.
Родион Головинский – бакалавр образовательной программы "Инфохимия", участник ITMO.COLLAB и проекта в рамках программы развития 2030 по созданию химического поисковика.
А также участники хакатона для открытой дискуссии на тему: зачем химикам программирование и как применить свои навыки IT в химических науках.
Vk
ДОД магистратуры "Химический софт / Chemistry Soft"
Кто внимательно следил за Хакатоном по цифровой фармакологии в Центре инфохимии ИТМО с Синтелли и Medtech.Moscow и хочет узнать о подходах, применяемых участниками для моделирования побочных эффектов лекарственных и биоактивных соединений? Узнать ответ на…
Химический хакатон, или как в Школе №619 помогают обучить нейросеть
🧬 11 мая в 9 утра в Школе 619 стартовала Стратегическая сессия «Генерация данных для инфохимического поисковика», которая проводится под эгидой Университета ИТМО.
В работе сессии приняли участие более 40 учеников старших классов, а также студенты ИТМО Родион Головинский, Елена Щербакова, Илья Тонкий, Алина Лузанова, Иван Малышев. Итоги этой работы вечером подвела директор, ведущий профессор Научно-образовательного центра инфохимии ИТМО Екатерина Скорб.
👉 Перед учениками поставили реальную задачу – собрать данные для обучения нейросети, которая способна переводить изображения молекул в единый стандартный формат химических формул.
✅ О корне проблемы, над которой работают ребята, доступно и интересно рассказывает сайт colab.ws. «К сожалению, описания молекул из работ до компьютерной эры остались на бумаге в виде разномастных рисунков, - говорится в источнике. - Их слишком много, а потому обработка вручную займет неоправданно много времени. На помощь могут прийти технологии искусственного интеллекта.
Именно такую систему предложили в компании «Синтелли». Она способна преобразовывать изображения органических молекул в SMILES-строку. Такой способ представления однозначно описывает даже циклическую молекулу как цепочку атомов с указанием типа связей и того, какие группы атомов к ней прикреплены.
Для обучения нейросети также был разработан генератор данных, который случайным образом моделирует различные стили рисования, функциональные группы и возможное художественное оформление, мешающее компьютеру выделить то, что необходимо.
Представленная нейросеть может стать основой для быстрого и эффективного извлечения информации из рисунков молекул, что окажется полезным для пополнения общей базы химических структур».
Статья полностью: https://colab.ws/news/92
#Читать далее#
🧬 11 мая в 9 утра в Школе 619 стартовала Стратегическая сессия «Генерация данных для инфохимического поисковика», которая проводится под эгидой Университета ИТМО.
В работе сессии приняли участие более 40 учеников старших классов, а также студенты ИТМО Родион Головинский, Елена Щербакова, Илья Тонкий, Алина Лузанова, Иван Малышев. Итоги этой работы вечером подвела директор, ведущий профессор Научно-образовательного центра инфохимии ИТМО Екатерина Скорб.
👉 Перед учениками поставили реальную задачу – собрать данные для обучения нейросети, которая способна переводить изображения молекул в единый стандартный формат химических формул.
✅ О корне проблемы, над которой работают ребята, доступно и интересно рассказывает сайт colab.ws. «К сожалению, описания молекул из работ до компьютерной эры остались на бумаге в виде разномастных рисунков, - говорится в источнике. - Их слишком много, а потому обработка вручную займет неоправданно много времени. На помощь могут прийти технологии искусственного интеллекта.
Именно такую систему предложили в компании «Синтелли». Она способна преобразовывать изображения органических молекул в SMILES-строку. Такой способ представления однозначно описывает даже циклическую молекулу как цепочку атомов с указанием типа связей и того, какие группы атомов к ней прикреплены.
Для обучения нейросети также был разработан генератор данных, который случайным образом моделирует различные стили рисования, функциональные группы и возможное художественное оформление, мешающее компьютеру выделить то, что необходимо.
Представленная нейросеть может стать основой для быстрого и эффективного извлечения информации из рисунков молекул, что окажется полезным для пополнения общей базы химических структур».
Статья полностью: https://colab.ws/news/92
#Читать далее#
Смотрите лекцию Екатерины Козловой "Разработка методов синтеза g-C3N4 для процессов альтернативной энергетики" на нашем ютуб-канале 🎬
Екатерина Козлова – доктор химических наук, ведущий научный сотрудник Института катализа СО РАН, с недавнего времени профессор РАН. Екатерина возглавляет научный коллектив по альтернативной энергетике. Под ее руководством разработаны активные и стабильные фотокатализаторы, работающие под действием видимого света. Кроме того, Екатерина заведует отделом аспирантуры Института катализа СО РАН и является заместителем руководителя по образовательному направлению Центра компетенций Национальной технологической инициативы «Водород как основа низкоуглеродной экономики».
⭐ Научная работа профессора нацелена на развитие фотокаталитических процессов, в частности, процессов расщепления воды с выделением водорода и восстановления углекислого газа. Эти процессы перспективны с точки зрения преобразования солнечной энергии в энергию химических связей, и, соответственно, важны для освоения доступных возобновляемых источников энергии. В настоящее время ведет работу по масштабированию и внедрению процесса фотокаталитического получения водорода. Екатерина Козлова – соавтор более 80 статей, индексируемых WoS и Scopus, и девяти патентов РФ.
Премьера: https://youtu.be/lmLu4KNOPik
Весь апрель и май делимся выступлениями ученых январской конференции «Инфохимия: методы IT и математического моделирования в химии». Полное расписание: https://vk.com/infochemistry?w=wall-188764969_914
#Читать далее#
Екатерина Козлова – доктор химических наук, ведущий научный сотрудник Института катализа СО РАН, с недавнего времени профессор РАН. Екатерина возглавляет научный коллектив по альтернативной энергетике. Под ее руководством разработаны активные и стабильные фотокатализаторы, работающие под действием видимого света. Кроме того, Екатерина заведует отделом аспирантуры Института катализа СО РАН и является заместителем руководителя по образовательному направлению Центра компетенций Национальной технологической инициативы «Водород как основа низкоуглеродной экономики».
⭐ Научная работа профессора нацелена на развитие фотокаталитических процессов, в частности, процессов расщепления воды с выделением водорода и восстановления углекислого газа. Эти процессы перспективны с точки зрения преобразования солнечной энергии в энергию химических связей, и, соответственно, важны для освоения доступных возобновляемых источников энергии. В настоящее время ведет работу по масштабированию и внедрению процесса фотокаталитического получения водорода. Екатерина Козлова – соавтор более 80 статей, индексируемых WoS и Scopus, и девяти патентов РФ.
Премьера: https://youtu.be/lmLu4KNOPik
Весь апрель и май делимся выступлениями ученых январской конференции «Инфохимия: методы IT и математического моделирования в химии». Полное расписание: https://vk.com/infochemistry?w=wall-188764969_914
#Читать далее#
Подведем итоги первого совместного хакатона Центра инфохимии Университета ИТМО х Синтелли х Medtech.moscow
В борьбе за призовой фонд в размере 1 000 000 рублей 379 участников решали кейс платформы Синтелли. На протяжении 48 часов 80 команд занимались построением моделей машинного обучения для прогнозирования параметров характеризующих токсичность химического соединения. На финише представлено 27 алгоритмов.
Итак, наши победители 🎉
👉 1 место – 500 000 рублей;
команда «MML» (МФТИ/Москва)
Участники: Кутузов Николай, Новиков Сергей
👉 2 место – 300 000 рублей;
команда «Billy QSAR» (Иннополис/Казань, ТПУ/Томск)
Участники: Лукин Руслан, Пякилля Борис
👉 3 место – 200 000 рублей.
команда «SCD Lab» (МГУ им М. В. Ломоносова/РГГУ, Москва)
Участники: Иван Пикулин, Анастасия Юдина, Руденко Михаил, Владислав Ярышев
16 мая состоится торжественное награждение победителей и презентации лучших решений, будет ссылка на трансляцию.
Поздравляем победителей ⚡
Технологический партнер мероприятия Selectel - ведущий провайдер IT-инфраструктуры.
#Читать далее#
В борьбе за призовой фонд в размере 1 000 000 рублей 379 участников решали кейс платформы Синтелли. На протяжении 48 часов 80 команд занимались построением моделей машинного обучения для прогнозирования параметров характеризующих токсичность химического соединения. На финише представлено 27 алгоритмов.
Итак, наши победители 🎉
👉 1 место – 500 000 рублей;
команда «MML» (МФТИ/Москва)
Участники: Кутузов Николай, Новиков Сергей
👉 2 место – 300 000 рублей;
команда «Billy QSAR» (Иннополис/Казань, ТПУ/Томск)
Участники: Лукин Руслан, Пякилля Борис
👉 3 место – 200 000 рублей.
команда «SCD Lab» (МГУ им М. В. Ломоносова/РГГУ, Москва)
Участники: Иван Пикулин, Анастасия Юдина, Руденко Михаил, Владислав Ярышев
16 мая состоится торжественное награждение победителей и презентации лучших решений, будет ссылка на трансляцию.
Поздравляем победителей ⚡
Технологический партнер мероприятия Selectel - ведущий провайдер IT-инфраструктуры.
#Читать далее#
В записи ДОД магистратуры "Химический софт / Chemistry Soft" по ссылкам:
👉 https://vk.com/video-188764969_456239439
👉 https://www.youtube.com/live/r563eso1JV8?feature=share
👉 https://vk.com/video-188764969_456239439
👉 https://www.youtube.com/live/r563eso1JV8?feature=share
⚡ Трансляция торжественного награждения победителей Хакатона «Цифровая фармакология: предсказательное моделирование»
Тут нас ждут презентации лучших решений-победителей. Уже не терпится узнать подробности: какие данные использовали ребята, как обучали модели и какие методы оказались самыми эффективными в данном кейсе.
Подключайтесь в 18:00 сегодня 16 мая: https://vk.com/video-211270993_456239094 🫶
#Читать далее#
Тут нас ждут презентации лучших решений-победителей. Уже не терпится узнать подробности: какие данные использовали ребята, как обучали модели и какие методы оказались самыми эффективными в данном кейсе.
Подключайтесь в 18:00 сегодня 16 мая: https://vk.com/video-211270993_456239094 🫶
#Читать далее#