Друзья, пока мы досчитываем эксперименты с GENA на архитектурах Memup и RMT, быстро подготовили препринт по уже проделанной работе с остальными моделями семейства. Здесь вы найдете и подробное описание как обучали модели, и чем отличаются между собой, и сравнение на 5 задачах: поиск промоторов, аннотация сайтов сплайсинга, профилирование хроматина, полиаденилирование и определение энхансеров и дрозофилы. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.06.12.544594v1 .

Подключайтесь, будет интересно

Съездила сегодня на завод Biocad. Теперь я знаю как из 120 мл клеток яичников китайского хомячка с вектором нужного содержания получают 12 кг антител. Очень впечатлило.

Не могу не поделиться этой новостью. Вообще-то, это невероятный успех победить в таком соревновании. Часто пиарят разработки на основе ИИ, которые выглядят как что-то очень крутое, но если начинать вникать и копать - то находишь решения и получше, и в большом количестве. А тут ребята показали, что могут лучше, чем другие команды в мире решать задачи навигации роботов. Это очень круто! Возвращает к пониманию, что мы способны не догонять в своих разработках, а задавать тренды. Коллеги, поздравляю! https://news.1rj.ru/str/airi_research_institute/284

Как же тяжело упрощать информацию в живой беседе. Нет-нет и случайно соврешь. Не потому, что хочешь обмануть, а лишь потому, что неудачно сократил или пример выбрал. И обычному слушателю это непонятно, а сама, когда переслушиваю, ловлю, что вот тут не совсем так, но близко. А вот тут могла бы и удачнее пример использовать. А вот здесь какое-то дурацкое слово: и не русское, и не английское. И отдельно озадачивает, когда после, на мой взгляд, максимально упрощенного и переформулированного материала для широкой публики после лекции подходят слушатели и говорят: «Спасибо, Ольга! Невероятно интересно. Но ничего не понятно)))» Ох, когда-нибудь натренирую навык и просто, и понятно, и не соврав ни разу. А пока делюсь крайним интервью о себе любимой, группе и наших проектах: https://news.1rj.ru/str/dl_stories/772
Интервью записывалось по заранее собранным вопросам в анонсе подкаста.

Завтра вечером Вениамин с Юрой расскажут про семейство GENA на журнальном клубе биоинформатиков из discord. Приходите послушать: https://news.1rj.ru/str/airi_research_institute/287

Кстати, мы тут поняли, что Гена стал Джиной на английском) первое женское имя в названиях наших моделей

Сегодня к нам в гости приходил сам великий и прекрасный Антон Чугунов!!! Ученый-биолог, занимающийся моделированием белков в ИБХ, автор образовательных курсов, учредитель и главный редактор «Биомолекулы», а еще человек - «делать». Со студенческой скамьи восхищаюсь Антоном и очень рада, что появилась идея совместного проекта.
А еще Антон в этом году сделал совершенно новый классный курс на Физтехе "Новости компьютерного моделирования биосистем". Все лекции выложил на ютуб, чтобы как всегда хорошо было всем) а 7-8 лекции про современные AI - подходы. В общем, рекомендую очень! А Антону большое спасибо за проделанную работу и открытый доступ к знаниям.

Ссылки по темам лекций:

1. Моделирование рецепторов
2. Моделирование ионных каналов
3. Моделирование больших и сверхбольших систем
4. Без коронавируса не обошлось
5. Фолдинг и взаимодействие молекул
6. Новые технологии молекулярной динамики
7. AlphaFold и RoseTTAFold — нейросетевое шаманство?
8. Белковый дизайн — технология будущего

Или всё это в плейлисте

Если вы вдруг пропустили семинар OpenBioML по семейству языковых моделей ДНК GENA-LM - не беда. Уже доступна запись на ютубе: https://youtu.be/AiVTdcdpq-g

Меня часто спрашивают, где можно поучиться анализу геномов. Вот очень крутой курс придумали коллеги из Сколтеха. Осенью, по субботам, целый день с геномами растений и людьми, которые в этой теме точно глубоко и по-настоящему… что может быть лучше. И бесплатно. В общем, до 1 августа прием заявок здесь

Пока некоторые кураторы программ в одном ведущем ВУЗе РФ считают, что студентов надо учить гуглить, я уверенно заявляю что студентов надо учить писать промты и после критически проверять полученный результат. Вот по первому пункту есть курс от создателей chatGPT. Намереваюсь пройти (хотя бы по диагонали). https://news.1rj.ru/str/dl_stories/780

Наконец-то, 8 июля 2023 вышла книга «Artificial Intelligence for Healthy Longevity» под редакцией А. Москалева, И. Стамблера и А. Жаворонкова. В начале 2021 Алексей Москалев пригласил нас поучаствовать в создании этой книги и написать главу про AI в геномике и эпигеномике. Пока раскачались, пока написали - уже начало 2022. Дальше больше года редакторской работы по объединению всех глав, структурированию материала и в 2023 книга вышла в свет. С нетерпением жду бумажный вариант, знаю кто с интересом ее прочитает и оценит. И я рада, что удалось поучаствовать в этом проекте.

https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-031-35176-1_11

P.S. как верно подметил Никита Иванисенко, за это время пора уже новую главу писать. Что-то устарело, много нового появилось

Прилетела прямо в руки) приятно

Наткнулась на хороший пост, рассказывающий, что такое языковые модели и как они используются для работы с геномными данными. Для тех, кому надо «просто и понятно», рекомендую Large Language Models in Molecular Biology на Medium

Готовлюсь выступать на баттле «Биоинформатик vs ИИ» за сторону ИИ (хотя какой тут баттл… Мир, дружба, жвачка …и вместе в светлое будущее). И что я вижу? В Science вчера вышла статья про AlphaMissence - модель, для предсказания патогенности мутаций в кодирующих областях генома, объединившая в себе и Alphafold, и Enformer! Вот здесь ! Жду окончания баттла, чтобы дочитать спокойно об этой подающей надежды архитектуре.

Ps. Нет там никакого энформера, видимо померещилось перед докладом, где его упоминала. Evoformer в архитектуре.

Нобелевская премия по физиологии и медицине только что выдана Каталин Карико и Дрю Вейссман за мРНК вакцины от ковида. Очень быстро в этот раз награда нашла своих героев. И да, не все в этом мире делается при помощи ИИ. Хотя сколько моделей было натренировано для короновируса и ковида… плохих и … интересных)

У нас в группе открыта позиция NLP researcher!

Позиция примерно middle-senior грейда, хотя, как часто бывает при поиске сотрудника, финальные условия достаточно гибкие и зависят от результатов собеседований. Ожидаем, что наш лучший кандидат усилит подгруппу, занимающуюся языковыми моделями для ДНК и будет плотно работать в связке с Вениамином Фишманом, чье описание вакансии я сейчас правлю для вас, но некоторые вещи оставлю без изменений. :)

«Не привожу формальных требований к скилам. Они +/- обычные для DS-позиции. На всякий случай: "я уже знаю, как на питоне запустить градиентный бустинг, правда ещё не очень представляю как эта штука работает, и считаю, что нормальное распределение - это когда результаты получаются нормальные" - нет, этого не достаточно. <…>

Для меня очень важно чтобы человек был мотивирован, относился к делу не как к работе "от сих до сих", а как к возможности на базе Института либо сделать великое открытие, либо подготовить почву для своего будущего стартапа. Опыт работы в академии и степень приветствуется, но не является обязательным.»

🧬 откликнуться на вакансию нужно тут

🧬 прочитать про семейство языковых моделей GENA-LM можно тут

🧬 вопросы по вакансии можно задать нашему прекрасному рекрутеру - Елене Мунировой (tg: @Elena_Munirova)